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Rui Silva (Silva R) is currently a Junior Researcher at the Centre of Biological Engineering (CEB) - University of Minho and the Associate Director at the Molecular Biotechnology Laboratory (LBM). He holds a PhD degree in Chemical and Biological Engineering from the University of Minho (2019). His research focuses on the development of microbial cell factories using metabolic engineering approaches for the production of high-value chemicals by fermentation. During his PhD, he systematically characterized a filamentous fungus (Ashbya gossypii) at physiological, cellular and molecular level and designed strategies for its development as a cell factory. In 2017, he performed a scientific mission at University of Salamanca (Spain). To date, he is author of seven publications in international peer-reviewed journals, three oral communications and six poster communications in peer-reviewed scientific conferences. Additionally, Rui complemented his laboratory experience with training on innovation management (product development), entrepreneurship (intellectual property and regulation, market analysis and financial and funding strategy) and effective communication skills and public speaking. Since 2019, as Associate Director of LBM, Rui is directly involved in the management of the laboratory that receives 10+ researchers. He is also regularly involved in scientific outreach activities.
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
RUI MIGUEL CORREIA DA SILVA

Nomes de citação

  • SILVA, RUI

Identificadores de autor

Ciência ID
AA1D-2865-5DB1
ORCID iD
0000-0002-5803-0769
Scopus Author Id
56431966900

Endereços de correio eletrónico

  • rsilva@ceb.uminho.pt (Profissional)
  • rui.mcorreiasilva@gmail.com (Pessoal)

Telefones

Telefone
  • (+351) 253601973 (Profissional)

Moradas

  • Centro de Engenharia Biológica (Universidade do Minho) - Campus de Gualtar, 4710-057, Braga, Braga, Portugal (Profissional)

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências da Engenharia e Tecnologias - Biotecnologia Industrial - Biotecnologia Industrial

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C1)
Espanhol; Castelhano Utilizador elementar (A2) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A2) Utilizador elementar (A1)
Formação
Grau Classificação
2015/03 - 2019/09
Concluído
 Chemical and Biological Engineering (Doutoramento)
Universidade do Minho Escola de Engenharia, Portugal
"Designing synthetic Ashbya cell factories" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 Very good
2012/09 - 2014/12
Concluído
 Bioengineering (Mestrado)
Universidade do Minho Escola de Engenharia, Portugal
"Exploitation of Ashbya gossypii for the production of high-value products from glycerol feedstocks" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 18 (out of 20)
2009/09 - 2012/07
Concluído
 Biochemistry (Licenciatura)
Universidade do Minho Escola de Ciências, Portugal
 14 (out of 20)
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2020/03/05 - Atual Investigador Contratado (Investigação) Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2019/10/01 - 2019/12/31 Pós-doutorado (Investigação) Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2015/10/01 - 2019/09/16 Investigador (Investigação) Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2017/05 - 2017/07 Investigador visitante (Investigação) Universidad de Salamanca, Espanha

Cargos e Funções

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2019/05 - Atual Dirigente de laboratório, instituto, museu, centro ou observatório Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
Laboratory of Molecular Biotechnology, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2019/10/01 - 2019/12/31 Development of new microbial production systems using advanced molecular biotechnology tools
UID/BIO/04469/2019
Bolseiro de Investigação
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
 Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica
Concluído
2015/10/01 - 2019/09/16 Designing synthetic Ashbya cell factories
PD/ BD/113812/2015
Bolseiro de Doutoramento
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído

Projeto

Designação Financiadores
2020/03/05 - Atual BBRI - Biomass and Bioenergy Research Infrastructure
PINFRA/22059/2016
Investigador
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
Em curso
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. David Díaz-Fernández; Tatiana Q. Aguiar; Victoria Isabel Martín; Aloia Romaní; SILVA, RUI (AA1D-2865-5DB1); Lucília Domingues; José Luis Revuelta; Alberto Jiménez. "Microbial lipids from industrial wastes using xylose-utilizing Ashbya gossypii strains". Bioresource Technology 293 (2019): 122054-122054. https://doi.org/10.1016/j.biortech.2019.122054.
    10.1016/j.biortech.2019.122054
  2. SILVA, RUI (AA1D-2865-5DB1); Tatiana Q. Aguiar; Carla Oliveira; Lucília Domingues. "Physiological characterization of a pyrimidine auxotroph exposes link between uracil phosphoribosyltransferase regulation and riboflavin production in Ashbya gossypii". New Biotechnology 50 (2019): 1-8. https://doi.org/10.1016/j.nbt.2018.12.004.
    10.1016/j.nbt.2018.12.004
  3. SILVA, RUI (AA1D-2865-5DB1); Aguiar, Tatiana Q.; Coelho, Eduardo; Jiménez, Alberto; Revuelta, José Luis; Domingues, Lucília. "Metabolic engineering of Ashbya gossypii for deciphering the de novo biosynthesis of y-lactones". Microbial Cell Factories 18 1 (2019): http://dx.doi.org/10.1186/s12934-019-1113-1.
    10.1186/s12934-019-1113-1
  4. SILVA, RUI (AA1D-2865-5DB1); Tatiana Q. Aguiar; Rui Oliveira; Lucília Domingues. "Light exposure during growth increases riboflavin production, reactive oxygen species accumulation and DNA damage in Ashbya gossypii riboflavin-overproducing strains". FEMS Yeast Research (2019): https://academic.oup.com/femsyr/advance-article-abstract/doi/10.1093/femsyr/foy114/5129140?redirectedFrom=fulltext.
    doi.org/10.1093/femsyr/foy114
  5. Aguiar, T.Q.; SILVA, RUI (AA1D-2865-5DB1); Domingues, L.. "New biotechnological applications for Ashbya gossypii: Challenges and perspectives". Bioengineered 8 4 (2017): 309-315. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84992482230&partnerID=MN8TOARS.
    10.1080/21655979.2016.1234543
  6. SILVA, RUI (AA1D-2865-5DB1); Tatiana Q. Aguiar; Lucília Domingues. "Blockage of the pyrimidine biosynthetic pathway affects riboflavin production in Ashbya gossypii". Journal of Biotechnology (2015): https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614009730.
    10.1016/j.jbiotec.2014.11.009
  7. Aguiar, T.Q.*; SILVA, RUI (AA1D-2865-5DB1)*; Domingues, L.. "Ashbya gossypii beyond industrial riboflavin production: A historical perspective and emerging biotechnological applications". Biotechnology Advances 33 8 (2015): 1774-1786. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84951046225&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.biotechadv.2015.10.001
Poster em conferência
  1. SILVA, RUI; Eduardo Coelho; Tatiana Q. Aguiar; Alberto Jiménez; José Luis Revuelta; Lucília Domingues. "Volatile compounds’ profiling and engineering of Ashbya gossypii strains for de novo biosynthesis of lactones". Trabalho apresentado em Metabolic Engineering 12 - Munich, Germany, 2018.
  2. Tatiana Q. Aguiar; SILVA, RUI; Carla Oliveira; Lucília Domingues. "Substrate inhibition of uracil phosphoribosyltransferase (UPRT) in distinct microbial species and its implications in the phenotype of uracil auxotrophs". Trabalho apresentado em ” MICROBIOTEC’17 - Porto, Portugal, 2017.
  3. SILVA, RUI; Rui Oliveira; Tatiana Q. Aguiar; Lucília Domingues. "The Ashbya gossypii Comet Assay: measuring oxidative and non-oxidative damage in the DNA". Trabalho apresentado em 30 years Molecular Biology of Ashbya gossypii - Basel, Switzerland, 2017.
  4. SILVA, RUI; Tatiana Q. Aguiar; Lucília Domingues. "Deciphering the uracil growth sensitivity of Ashbya gossypii pyrimidine auxotrophs". Trabalho apresentado em 30 years Molecular Biology of Ashbya gossypii - Basel, Switzerland, 2017.
  5. SILVA, RUI; Tatiana Q. Aguiar; Lucília Domingues. "Why does uridine supplementation properly rescues the growth of Ashbya gossypii uracil auxotrophs, but not uracil?". Trabalho apresentado em XIX National Congress of Biochemistry - Guimarães, Portugal, 2016.
  6. SILVA, RUI. "Analysis of the sensitivity of different fungal species to uracil". Trabalho apresentado em PYFF6 - 6th Conference on Physiology of Yeast and Filamentous Fungi - Lisbon, Portugal, 2016.
Resumo em conferência
  1. SILVA, RUI; Tatiana Q. Aguiar; Lucília Domingues. "Towards the valorization of crude glycerol to high-value chemicals by engineered Ashbya gossypii (Oral Communication)". Trabalho apresentado em 7th Conference on Physiology of Yeasts and Filamentous Fungi (PYFF7), Milan, 2019.
    Publicado
  2. SILVA, RUI; Tatiana Q. Aguiar; Rui Oliveira; Lucília Domingues. "Ashbya gossypii riboflavin overproducing strains are highly susceptible to light-induced oxidative DNA damage (Oral Communication)". Trabalho apresentado em MICROBIOTEC’17 - Book of Abstracts, 61. Porto, Portugal, December 7-9, Porto, 2017.
    Publicado
  3. SILVA, RUI; Tatiana Q. Aguiar; Lucília Domingues. "Engineering osmotic stress tolerance in the riboflavin producer Ashbya gossypii (Oral Communication)". Trabalho apresentado em BIOIBEROAMÉRICA 2016 - Book of Abstracts, 494. Salamanca, Spain, June 5-8, Salamanca, 2016.
    Publicado
Tese / Dissertação
  1. SILVA, RUI. "Designing synthetic Ashbya cell factories". Doutoramento, Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, 2019. http://hdl.handle.net/1822/66077.
  2. SILVA, RUI. "Exploitation of Ashbya gossypii for the production of high-value products from glycerol feedstocks". Mestrado, Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, 2014. http://hdl.handle.net/1822/41689.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2021/03/10 The filamentous fungus Ashbya gossypii as an alternative cell factory Seminário da Unidade Curricular de Biotecnologia Microbiana do Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas
Faculdade de Farmácia da Universidade Porto (Porto, Portugal)
2020/02/19 Diversifying beyond Saccharomyces cerevisiae: the engineering potential of the filamentous fungus Ashbya gossypii for biomass-based products and energy 1st Workshop of BBRI – Biomass and Bioenergy Research Infrastructure
LNEG - Laboratório Nacional de Energia e Geologia (Lisbon, Portugal)
2020/02/11 The filamentous fungus Ashbya gossypii as an alternative cell factory 8th Workshop of the Doctoral Program in Applied and Environmental Microbiology
IB-S (Institute of Science And Innovation for Bio-Sustainability) - Universidade do Minho (Braga, Portugal)
2019/06/24 Towards the valorization of crude glycerol to high-value chemicals by engineered Ashbya gossypii 7th Conference on Physiology of Yeasts and Filamentous Fungi (PYFF7)
University of Milano Bicocca (Milan, Itália)
2018/07/11 Improved de novo biosynthesis of lactones by engineered Ashbya gossypii 3rd Joint BIOTECnico and AEM PhD Programs Workshop
Instituto Superior Técnico (Lisbon, Portugal)
2017/09/25 Designing synthetic Ashbya cell factories 2nd Joint Workshop of the PhD Programs In Applied and Environmental Microbiology (DP_AEM) and Molecular and Environmental Biology (PDBMA)
Universidade do Minho (Braga, Portugal)
2017/02/15 Designing synthetic terpenoid-producing fungal cell factories: Metabolic profiling of aroma volatile compounds produced by Ashbya gossypii wild strains 2nd Joint BIOTECnico and AEM PhD Programs Workshop
Instituto Superior Técnico (Lisbon, Portugal)
2016/01/21 Ashbya gossypii beyond industrial riboflavin production: A historical perspective and emerging biotechnological applications. 1st Joint BIOTECnico and AEM PhD Programs Workshop
Instituto Superior Técnico (Lisbon, Portugal)

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento 		Nome do evento
Instituição / Organização
2019/12 - 2019/12 OUTREACH ACTIVITY "O Melhor Estudante na UMinho"
Universidade do Minho, Portugal
2019/09 - 2019/12 OUTREACH ACTIVITY "Pequenos Cientistas" - 2 events
Associação Moinho de Vermoim, Portugal
2019/11 - 2019/11 OUTREACH ACTIVITY "Semana C&T"
Universidade do Minho, Portugal
2019/07 - 2019/07 OUTREACH ACTIVITY "Verão no Campus"
Universidade do Minho, Portugal
2019/05 - 2019/05 OUTREACH ACTIVITY "Cientificamente Provável"
Universidade do Minho, Portugal
2019/05 - 2019/05 OUTREACH ACTIVITY "ExpoBiotec’19"
Universidade do Minho, Portugal
2018/11 - 2018/11 OUTREACH ACTIVITY "Open Day CEB"
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2018/06 - 2018/06 OUTREACH ACTIVITY "Verão no Campus"
Universidade do Minho, Portugal
2016/09 - 2017/07 Effective Communication and Public Speaking
Oficina (workshop)
 Effective Communication and Public Speaking
Universidade do Minho, Portugal
2016/07 - 2016/07 OUTREACH ACTIVITY "Verão no Campus"
Universidade do Minho, Portugal
2016/04 - 2016/04 OUTREACH ACTIVITY "QUALIFICA 2016" - EXPONOR, Porto
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal

Consultoria / Parecer

Descrição da atividade Instituição / Organização
2015 - 2019 Voluntary assistant in the Molecular Biotechnology course - Module “Planning and in silico simulation of molecular cloning” of the MSc in Bioengineering and integrated MSc in Biological Engineering (5 different classes). Universidade do Minho Escola de Engenharia, Portugal

Membro de associação

Nome da associação Tipo de participação
2019 - Atual Portuguese Society of Microbiology (SPM) Member
2019 - Atual National Association of Science and Technology Researchers (ANICT) Member
2016 - Atual Portuguese Society of Biotechnology (SPBT) Member