Ricardo Bruno da Costa Oliveira (441A-683A-40E8)

Curriculum Vitae

Ricardo Bruno da Costa Oliveira

Graduated in Biochemistry from the Faculty of Sciences of the University of Porto (FCUP) and the Abel Salazar Institute of Biomedical Sciences (ICBAS) since 2015 (Class A - Top Student in the ECTS Grading scale), having completed his final internship at the Science for Life Laboratory (SciLifeLab) / Stockholm University, Sweden, under the Erasmus+ program. Awarded the Prize Prof. Dr. Fernando Serrão from the Faculty of Sciences of the University of Porto (FCUP, 2015) for his distinction in the area of Organic Chemistry. Master in Biotechnology from the University of Minho (UM) since 2017, having carried out his master's dissertation at the company Biomode SA. In 2018, he was awarded an FCT PhD scholarship (first place in the Agricultural and Food Technologies panel) for the development of aptamers for staphylococcal enterotoxins using nucleic acid mimics (NAMs), at the Faculty of Engineering of the University of Porto (FEUP) in collaboration with the National Institute for Agricultural and Veterinary Research, I. P. (INIAV). During this period, he was a visiting PhD student at the Department of Cell Biology and Molecular Genetics, University of Maryland, USA, where he strengthened his knowledge in aptamer selection approaches with NAMs. He completed his PhD in Chemical and Biological Engineering in 2023. Currently, PhD researcher at National Institute for Agricultural and Veterinary Research, I. P. (INIAV) focusing on bacteriology, food safety and diagnostic and/or therapeutic solutions (special interest in the development of aptamers).

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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo: Ricardo Bruno da Costa Oliveira

Nomes de citação

Oliveira, Ricardo

Identificadores de autor

Ciência ID: 441A-683A-40E8
ORCID iD: 0000-0001-9175-4278

Endereços de correio eletrónico

up201200365@fe.up.pt (Profissional)
ricardo.oliveira@iniav.pt (Profissional)

Domínios de atuação

Ciências Agrárias - Biotecnologia Agrária e Alimentar - Diagnóstico
Ciências da Engenharia e Tecnologias - Outras Ciências da Engenharia e Tecnologias - Engenharia e Tecnologia Alimentar
Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Microbiologia
Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Métodos de Investigação Bioquímica
Ciências Médicas e da Saúde - Biotecnologia Médica - Biotecnologia Aplicada à Saúde

Idiomas

Idioma	Conversação	Leitura	Escrita	Compreensão	Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)

Formação

	Grau	Classificação
2018/10 - 2023/10 Concluído	Chemical and Biological Engineering (Doutoramento) Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal "Application of nucleic acid mimics (NAM) in the selection of aptamers against staphylococcal enterotoxins" (TESE/DISSERTAÇÃO)	Approved unanimously
2023/05/08 - 2023/06/12 Concluído	Transferable skills for engineering: basic teaching skills (Pós-Graduação) Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal	18
2016 - 2017 Concluído	Biotechnology (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal "Design and validation of an alternative molecular method using peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA FISH) for the detection of Campylobacter spp. in food samples" (TESE/DISSERTAÇÃO)	19
2012/10 - 2015/10 Concluído	Biochemistry (Licenciatura) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal "Identification of multi-drug resistant Mycobacterium tuberculosis by padlock probes and lateral flow nucleic acid biosensors" (TESE/DISSERTAÇÃO)	17 (ECTS Grading scale: Class A - Top Student)

Percurso profissional

Ciência

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2023/12 - Atual	Pós-doutorado (Investigação)	Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, I. P. , Portugal
	Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, I. P. , Portugal
2018/10 - 2023/10	Estagiário de Investigação (Investigação)	Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, I. P. , Portugal
	Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, I. P. , Portugal
2023/02 - 2023/05	Investigador Contratado (Investigação)	Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
	Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2018/10 - 2023/02	Estagiário de Investigação (Investigação)	Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
	Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2019/05 - 2019/07	Investigador visitante (Investigação)	Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
	University of Maryland at College Park Cell Biology and Molecular Genetics, Estados Unidos
2018/02 - 2018/09	Investigador Contratado (Investigação)	Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
	Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2016/09 - 2017/11	Estagiário de Investigação (Investigação)	Biomode SA, Portugal
	International Iberian Nanotechnology Laboratory, Portugal
2015/02 - 2015/07	Estagiário de Investigação (Investigação)	Stockholms Universitet, Suécia
	Science for Life Laboratory (SciLifeLab), Suécia
2013/11 - 2014/06	Estagiário de Investigação (Investigação)	REQUIMTE LAQV Porto, Portugal
	Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Projetos

Projeto

	Designação	Financiadores
2022/01/01 - Atual	APTAcoli: NAM-aptamers for blocking enterotoxins in pig colibacillosis PTDC/CVT-CVT/4620/2021 Bolseiro de Pós-Doutoramento International Iberian Nanotechnology Laboratory, Portugal Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2018/10 - 2023/07	NAM4toxins - De novo selection of toxin-specific aptamers using nucleic acid mimics POCI-01-0145-FEDER- 028659 Bolseiro de Doutoramento Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2023/02/01 - 2023/05/31	FLUDS - Desenvolvimento de sistemas baseados em espectroscopia de fluorescência para deteção microbiana NORTE-01-0247-FEDER-046970 Bolseiro de Investigação Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2018/10 - 2022/10	Locked nucleic acid (LNA) aptamers for the detection of Staphylococcal Enterotoxins SFRH/BD/138883/2018	Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2018/02 - 2018/09	Coded-FISH: Development of a novel colour-coded RING FISH method: an innovative tool for the detection of antibiotic resistant clinical pathogens PTDC/DTP-PIC/4562/2014 Bolseiro de Mestrado Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído

Outro

	Designação	Financiadores
2023/09 - Atual	BeSafeBeeHoney - BEekeeping products valorization and biomonitoring for the SAFEty of BEEs and HONEY CA22105 Investigador Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal	European Cooperation in Science and Technology Em curso
2022/09 - Atual	EURESTOP - European Network for diagnosis and treatment of antibiotic-resistant bacterial infections CA21145 Investigador Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal	European Cooperation in Science and Technology Em curso
2022/05 - Atual	BETTER - Biosecurity Enhanced Through Training Evaluation and Raising Awareness CA20103 Investigador Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal	European Cooperation in Science and Technology Em curso
2022/01 - 2023/06	NAMShield - Controlo de Salmonella spp, na indústria pecuária, através de aptâmeros nanoensapsulados POCI-01-0247-FEDER-069756 Investigador Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2020/05 - 2020/12	NAM4Covid19 - Nucleic acid mimic lateral flow assay (NAM-LFA) for the detection of Covid19 19128_596771122 Investigador Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído

Produções

Publicações

Artigo em conferência	Oliveira, Hugo Alexandre Mendes; Duarte, José; Domingues, Rita; Vieira, Maria; Silva, Sónia Carina; Santos, Sílvio Roberto Branco; Oliveira, Ricardo; et al. "Understanding the complete reservoir of bacteriophage depolymerases against A. baumannii capsules". 2022.
Artigo em revista	Oliveira, Ricardo; Barbosa, Ana; Sousa, Mário; Azevedo, Nuno Filipe (BE1B-918B-A853); Cerqueira, Laura; Almeida, Carina. "Using peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA-FISH) to detect Campylobacter spp. in food samples". LWT (2024): 115922. http://dx.doi.org/10.1016/j.lwt.2024.115922. 10.1016/j.lwt.2024.115922 Castro, J; Oliveira, Ricardo; Fernandes, L; Carvalho; Oliveira, H; Brinks, E; Cyu-Sung, Cho; et al. "Molecular characterization and virulence profile of Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca isolated from ill cats and dogs in Portugal". Veterinary Microbiology (2024): 110056. http://dx.doi.org/10.1016/j.vetmic.2024.110056. 10.1016/j.vetmic.2024.110056 Nunes, Bárbara; Barata, Ana Rita; Oliveira, Ricardo; Guedes, Hugo; Almeida, Carina; da Silva, Gabriela Jorge; Nogueira, Teresa; Saavedra, Maria José; Almeida, Gonçalo. "Occurrence and diversity of Listeria monocytogenes in Portuguese dairy farms". The Microbe (2024): 100063. http://dx.doi.org/10.1016/j.microb.2024.100063. Publicado • 10.1016/j.microb.2024.100063 Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe (BE1B-918B-A853); Almeida, Carina. "In vitro selection of DNA aptamers against staphylococcal enterotoxin A". Scientific Reports (2024): Em revisão Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe (BE1B-918B-A853); Almeida, Carina. "Post-SELEX modifications with locked nucleic acids (LNA) of a SEA-specific DNA aptamer assisted by in silico modelling". Molecular Systems Design & Engineering (2024): Em revisão Araújo, D.; Castro, J.; Matos, F.; Oliveira, R.; Ramos, C.; Almeida, C.; Silva, S.. "Exploring the prevalence and antibiotic resistance profile of Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca isolated from clinically ill companion animals from North of Portugal". Research in Veterinary Science 159 (2023): 183-188. http://dx.doi.org/10.1016/j.rvsc.2023.04.009. 10.1016/j.rvsc.2023.04.009 Barros, Maria Margarida; Castro, Joana; Araújo, Daniela; Campos, Ana Maria; Oliveira, Ricardo; Silva, Sónia; Outor-Monteiro, Divanildo; Almeida, Carina. "Swine Colibacillosis: Global Epidemiologic and Antimicrobial Scenario". Antibiotics 12 4 (2023): 682. http://dx.doi.org/10.3390/antibiotics12040682. 10.3390/antibiotics12040682 Oliveira, Ana; Dias, Carla; Oliveira, Ricardo; Almeida, Carina; Fuciños, Pablo; Sillankorva, Sanna; Oliveira, Hugo. "Paving the way forward: Escherichia coli bacteriophages in a One Health approach". Critical Reviews in Microbiology (2023): 1-18. http://dx.doi.org/10.1080/1040841x.2022.2161869. 10.1080/1040841x.2022.2161869 Barata, Ana Rita; Nunes, Bárbara; Oliveira, Ricardo; Guedes, Hugo; Almeida, Carina; Saavedra, Maria José; da Silva, Gabriela Jorge; Almeida, Gonçalo. "Occurrence and seasonality of Campylobacter spp. in Portuguese dairy farms". International Journal of Food Microbiology 383 (2022): 109961. http://dx.doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2022.109961. 10.1016/j.ijfoodmicro.2022.109961 Oliveira, Ricardo; Castro, Joana; Silva, Sónia; Oliveira, Hugo; Saavedra, Maria José; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Exploring the Antibiotic Resistance Profile of Clinical Klebsiella pneumoniae Isolates in Portugal". Antibiotics 11 11 (2022): 1613. http://dx.doi.org/10.3390/antibiotics11111613. Publicado • 10.3390/antibiotics11111613 Castro, Joana; Barros, Maria Margarida; Araújo, Daniela; Campos, Ana Maria; Oliveira, Ricardo; Silva, Sónia; Almeida, Carina. "Swine enteric colibacillosis: Current treatment avenues and future directions". Frontiers in Veterinary Science 9 (2022): http://dx.doi.org/10.3389/fvets.2022.981207. Publicado • 10.3389/fvets.2022.981207 Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Sousa, Ana Luísa; Dias, Óscar; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Modelling aptamers with nucleic acid mimics (NAM): From sequence to three-dimensional docking". PLOS ONE 17 3 (2022): e0264701. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0264701. Acesso aberto • 10.1371/journal.pone.0264701 Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Almeida, Gonçalo; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Prevalence and diversity of Staphylococcus aureus and staphylococcal enterotoxins in raw milk from northern Portugal". Frontiers in Microbiology (2022): https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2022.846653/abstract. Acesso aberto • No prelo • 10.3389/fmicb.2022.846653 Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Sousa, Ana Luísa; DeStefano, Jeffrey J.; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Improving aptamer performance with nucleic acid mimics: de novo and post-SELEX approaches". Trends in Biotechnology (2021): http://dx.doi.org/10.1016/j.tibtech.2021.09.011. 10.1016/j.tibtech.2021.09.011 Fernandes, Ricardo M; Silva, Hélder; Oliveira, Ricardo; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno Filipe; Vieira, Maria J. "Morphological transition of Helicobacter pyloriadapted to water". Future Microbiology 12 13 (2017): 1167-1179. http://dx.doi.org/10.2217/fmb-2016-0174. 10.2217/fmb-2016-0174
Artigo em revista (magazine)	Castro, Joana; Barros, Maria Margarida; Oliveira, Ricardo; Araújo, Daniela; Campos, Ana Maria; Ana Margarida Duarte; FAGULHA, TERESA; et al. "Coinfecção pelo Vírus da Síndrome Respiratória e Reprodutiva dos Suínos (PRRS), Actinobacillus pleuropneumoniae, Pasteurella multocida e Streptococcus suis 2 - Relato de um caso numa exploração familiar de suínos em Portugal", Revista Portuguesa de Ciências Veterinárias 119, 625, 2024
Capítulo de livro	Oliveira, Ricardo; Azevedo, Andreia S.; Mendes, Luzia. "Application of Nucleic Acid Mimics in Fluorescence In Situ Hybridization". In Fluorescence In-Situ Hybridization (FISH) for Microbial Cells, 69-86. Springer US, 2021. Publicado • 10.1007/978-1-0716-1115-9_5 Oliveira, Ricardo; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno Filipe. "Detection of Microorganisms by Fluorescence In Situ Hybridization Using Peptide Nucleic Acid". In Methods in Molecular Biology, 217-230. Springer US, 2020. 10.1007/978-1-0716-0243-0_13
Poster em conferência	Oliveira, Ricardo; Araújo, Daniela; Beatriz Loureiro; Castro, Joana; Silva, Sónia; Almeida, Carina. "ST8475: a new sequence type identified in methicillin-resistant staphylococci (MRS) in Portugal". Trabalho apresentado em Congress of Microbiology and Biotechnology 2023, 2023. Barros, Maria Margarida; Oliveira, Ricardo; Castro, Joana; Campos, Ana Maria; Almeida, Gonçalo; Araújo, Daniela; Silva, Sónia; Outor-Monteiro, Divanildo; Almeida, Carina. "Detecting Enterotoxigenic Escherichia coli in animal production: method development and validation". Trabalho apresentado em Congress of Microbiology and Biotechnology 2023, 2023. Araújo, Daniela; Castro, Joana; Oliveira, Ricardo; Oliveira, Hugo; Fernandes, Liliana; Carvalho, Isabel; Cho, GS; et al. "Characterization of molecular features and virulence profile of Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca isolates from companion animals in Portugal.". Trabalho apresentado em Congress of Microbiology and Biotecnology, 2023. Castro, Joana; Araújo, Daniela; Oliveira, Hugo; Fernandes, Liliana; Oliveira, Ricardo; Cho, GS; Franz, C; et al. "Genomic and phenotypic profiling of multidrug- resistant Klebsiella pneumoniae and Klebsiella variicola isolated from northern Portuguese hospitals". Trabalho apresentado em Congress of Microbiology and Biotecnology, 2023. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Selection of nucleic acid mimic (NAM) aptamers: from de novo SELEX to post-SELEX enhancement". Trabalho apresentado em 5th Doctoral Congress Engineering (DCE23), 2023. Barros, Maria Margarida ; Oliveira, Ricardo; Campos, Ana Maria; Castro, Joana; Araújo, Daniela ; Silva, Sónia; Outor-Monteiro, Divanildo; Almeida, Carina. "Aptamers for blocking Enterotoxigenic Escherichia coli". Trabalho apresentado em Dare2Change: Inovattion-Driven Agrifood Business, 2023. Barros, Maria Margarida; Campos, Ana Maria; Oliveira, Ricardo; Castro, Joana; Almeida, Gonçalo; Silva, Sónia; Outor-Monteiro, Divanildo; Almeida, Carina. "Detecting Enterotoxigenic Escherichia coli in animal production: method development and validation". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2023. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. Autor correspondente: Oliveira, Ricardo. "Development of an aptamer based-biosensor for the detection of food toxins". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2023. Nunes, Bárbara; Barata, Ana; Oliveira, Ricardo; Guedes, Hugo; Almeida, Carina; Silva, Gabriela; M. J. Saavedra; Almeida, Gonçalo. "Fecal carriage of Listeria monocytogenes in dairy cows". Trabalho apresentado em Under One Health Concept, 2022. Bárbara Nunes; Ana Rita Barata; Oliveira, Ricardo; Guedes, Hugo; Carina Manuela Fernandes Almeida; da Silva, Gabriela Jorge; Saavedra, Maria José ; Almeida, Gonçalo. Autor correspondente: Almeida, Gonçalo. "Fecal carriage of Listeria monocytogenes in dairy". Trabalho apresentado em I International Congress on Animal and Veterinary Sciences ¿Under One Health Concept¿, 2022. Campos, Ana Maria; Oliveira, Ricardo; Vieira, Filipa ; Silva, Regina A.; Silva, Regina ; Almeida, Carina. ""Optimisation of a molecular methodology for the detection of virulence factors of enterotoxigenic Escherichia coli in the diagnosis of swine colibacillosis"". 2022. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Almeida, Gonçalo; Nuno Azevedo; Carina Manuela Fernandes Almeida. Autor correspondente: Carina Manuela Fernandes Almeida. "Prevalence and diversity of Staphylococcus aureus and staphylococal enterotoxins in raw milk from the North of Portugal". Trabalho apresentado em Microbiology 2022, 2022. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Almeida, Gonçalo; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Characterization of Staphylococcus aureus and staphylococcal enterotoxins in raw milk from northern Portugal". Trabalho apresentado em FEMS Conference on Microbiology, 2022. Bárbara Nunes; Ana Rita Barata; Oliveira, Ricardo; Guedes, Hugo; Carina Manuela Fernandes Almeida; Gabriela Silva; Saavedra, Maria José ; Almeida, Gonçalo. Autor correspondente: Almeida, Gonçalo. "Raw milk as a source of Listeria monocytogenes". Trabalho apresentado em workshop of the National Reference Laboratories for Listeria monocytogenes, 2022. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; DeStefano, Jeffrey; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Aptamers For Detection of Staphylococcal Enterotoxins in Food Samples". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2021. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Almeida, Gonçalo; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Prevalence of Staphylococcus aureus and staphylococcal enterotoxins in raw milk from Northern Portugal". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2021. Ana Rita Barata; Oliveira, Ricardo; Bárbara Nunes; Guedes, Hugo; Almeida, Carina; Saavedra, Maria José ; Silva, Gabriela; Almeida, Gonçalo. "Raw milk as a source of food zoonotic pathogens". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2021. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "In silico prediction of the functional 3D conformation of NAM aptamers". Trabalho apresentado em 1st Symposium on Oligonucleotide Technologies and Therapeutics, 2021. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Prediction of single-stranded nucleic acids structure: from the sequence to the three-dimensional docking of aptamers". Trabalho apresentado em World Microbe Forum 2021, 2021. Vindeirinho, Joao; Pinho, Eva; Oliveira, Ricardo; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "SARS-CoV-2 detection: a simple solution for end-point sensing of RT-PCR products". Trabalho apresentado em 1st Symposium on Oligonucleotide Technologies and Therapeutics, 2021. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "De novo SELEX of toxin specific aptamers using nucleic acid mimics (NAMs)". Trabalho apresentado em Encontro Ciência 2020, 2020. Oliveira, Ricardo; Sousa, Ana Luísa; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Prediction and design of aptamer structures and their interaction with a target molecule". Trabalho apresentado em Microbiotec 19 - Congress of Microbiology and Biotechnology 19, Coimbra, Portugal, 2019. Oliveira, Ricardo; Ferreira-Bravo, Irani A; Sousa, Ana Luísa; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; DeStefano, Jeffrey; Almeida, Carina. "Application of nucleic acid mimics (NAMs) in the selection of aptamers against staphylococcal enterotoxins". Trabalho apresentado em 1º Simpósio INIAV para a Segurança Alimentar - Rumo à Alimentação do Futuro, Vila do Conde, Portugal, 2019. Ana Sousa; Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Prediction of aptamers´ structures and their interaction with staphylococcal enterotoxin A". Trabalho apresentado em 1º Simpósio INIAV para a Segurança Alimentar, 2019. Oliveira, Ricardo; Azevedo, Andreia S; Fernandes, Ricardo; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Identification of genes associated with beta lactam resistance in clinical isolates of Gram negative bacteria". Trabalho apresentado em FEMS 2019 - 8th Congress of European Microbiologists, Glasgow, Scotland, 2019. Oliveira, Ricardo; Sousa, Ana Luísa; Pinho, Eva; Almeida, Gonçalo; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "De novo selection of toxin-specific aptamers using nucleic acid mimics". Trabalho apresentado em Doctoral Congress in Engineering 2019 - FEUP, Porto, Portugal, 2019. Oliveira, Ricardo; Rocha, Rui; Sousa, Mário; Cerqueira, Laura; Azevedo, Nuno Filipe (BE1B-918B-A853); Almeida, Carina. "Rapid identification of Campylobacter spp. using peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA-FISH) in food samples". Trabalho apresentado em V AEICBAS Biomedical Congress - Abel Salazar Biomedical Sciences Institute (ICBAS), Porto, Portugal, 2017.
Resumo em conferência	Margarida Barros; Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Selection of DNA aptamers for the detection of foodborne toxins". Trabalho apresentado em 36th EFFoST International Conference 2022, Dublin, 2022. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva. "Prevalência e diversidade de Staphylococcus aureus e enterotoxinas estafilocócicas em leite cru na região norte de Portugal". Trabalho apresentado em Microbiologia 2022, 2022. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "In silico prediction of three-dimensional structure and docking of aptamers containing nucleic acid mimics (NAMs)". Trabalho apresentado em 4th Doctoral Congress in Engineering, Porto, 2021. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina; Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Easy-to-use pipeline to predict NAM-aptamers 3D structure and docking". Trabalho apresentado em World Microbe Forum, 2021. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Surveillance study of Staphylococcus aureus in raw milk from Northern Portugal: enterotoxins and resistance genetic profiles". Trabalho apresentado em Microbiotec'21, 2021. Oliveira, Ricardo; Ana Sousa; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Jeffrey Destefano; Almeida, Carina. "De novo selection of toxin-specific aptamers using nucleic acid mimic". Trabalho apresentado em Microbiotec 19, 2019.
Tese / Dissertação	"Application of nucleic acid mimics (NAM) in the selection of aptamers against staphylococcal enterotoxins". Doutoramento, Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, 2023. Oliveira, Ricardo. "Design and validation of an alternative molecular method using peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA FISH) for the detection of Campylobacter spp. in food samples". Mestrado, Universidade do Minho Departamento de Engenharia Biológica, 2017. Oliveira, Ricardo. "Identification of multi-drug resistant Mycobacterium tuberculosis by padlock probes and lateral flow nucleic acid biosensors". Licenciatura, Universidade do Porto, 2015.

Artística / Interpretação

Arte visual

Barros, Maria Margarida; Castro, Joana; Araújo, Daniela; Oliveira, Ricardo; Silva, Sónia; Almeida, Carina. Impacto da Colibacilose Suína: da Quinta ao Homem.
Rúben Fernandes; Vindeirinho, João M. ; Castro, Joana; Araújo, Daniela; Barros, Maria Margarida; Oliveira, Ricardo; Campos, Ana Maria; Silva, Sónia; Almeida, Carina. Os Vilões Invisíveis.

Atividades

Apresentação oral de trabalho

	Título da apresentação	Nome do evento Anfitrião (Local do evento)
2022/11/08	Selection of DNA aptamers for the detection of foodborne toxins	36th EFFoST International Conference 2022 (Dublin, Irlanda)
2022/10/18	Prevalência e diversidade de Staphylococcus aureus e enterotoxinas estafilocócicas em leite cru na região norte de Portugal	Microbiologia 2022 Sociedade Portuguesa de Microbiologia (Portugal)
2022/01/20	Staphylococcal enterotoxins and mycotoxins in raw milk: a combined risk?	SciMonday National Institute for Agricultural and Veterinary Research (INIAV) (Vairão, Portugal)
2021/11/25	Surveillance study of Staphylococcus aureus in raw milk from Northern Portugal: Enterotoxins and resistance genetic profiles.	Microbiotec'21 NOVA University of Lisbon (Lisboa, Portugal)
2021/06/28	In silico prediction of three-dimensional structure and docking of aptamers containing nucleic acid mimics (NAMs)	4th Doctoral Congress in Engineering Faculty of Engineering, University of Porto (Porto, Portugal)
2019/12	Application of nucleic acid mimics in the selection of aptamers against staphylococcal enterotoxins	Microbiotec'19 - Congress of Microbiology and Biotechnology 2019 Faculdade de Ciências da Universidade de Coimbra (Coimbra, Portugal)

Orientação

	Título / Tema Papel desempenhado	Curso (Tipo) Instituição / Organização
2024/01/08 - 2024/01/27	Selection and characterization of aptamers against enterotoxigenic E. coli Orientador	Ciências Biomédicas Laboratoriais (Licenciatura/Bacharelato) Instituto Politécnico do Porto Escola Superior de Saúde, Portugal
2021/01 - 2021/07	Aptamers for Staphylococcal enterotoxin A: effects on incorporating nucleic acid mimics Coorientador	Biotecnologia Medicinal (Licenciatura/Bacharelato) Instituto Politécnico do Porto Escola Superior de Saúde, Portugal

Participação em evento

	Descrição da atividade Tipo de evento	Nome do evento Instituição / Organização
2023/09/06 - Atual	COST Academy Leadership Workshop Oficina (workshop)	European Cooperation in Science and Technology, Bélgica
2019/03/21 - Atual	Design and Synthesis of Nucleic Acids Mimics Oficina (workshop)	Syddansk Universitet, Dinamarca
2020/08/27 - 2020/08/28	Antimicrobial drugs, drug delivery vectors, bio-barriers and characterization assays. Oficina (workshop)	DelNAM’s Workshop 3 - “Drug Delivery meets Bacteria" Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2019/05 - 2019/06	Radiation Protection Training for Use of Radiation-Producing Materials Oficina (workshop)	University of Maryland at College Park, Estados Unidos
2018/11/21 - 2018/11/23	XXIV Encontro Luso-Galego de Química Encontro	XXIV Encontro Luso-Galego de Química Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Júri de grau académico

	Tema Tipo de participação	Nome do candidato (Tipo de grau) Instituição / Organização
2022	Development and optimization of a PCR methodology for the detection of the main virulence factors (i.e., toxins and fimbriae) of enterotoxigenic E. coli (ETEC) Orientador	Ana Campos (Outro) Instituto Politécnico do Porto Escola Superior de Saúde, Portugal

Membro de associação

	Nome da associação	Tipo de participação
2019 - Atual	Portuguese Society of Microbiology	Member

Tutoria

	Tópico	Nome do aluno
2022/04 - 2022/05	Development and optimization of a PCR methodology for the detection of the main virulence factors (i.e., toxins and fimbriae) of enterotoxigenic E. coli (ETEC)	Ana Ferraz
2021/09/06 - 2021/09/24	Characterization of resistance/virulence genes by PCR of Staphylococcus aureus isolates obtained from raw milk samples.	Ana Campos
2021/01 - 2021/07	Aptamers for Staphylococcal enterotoxin A: effects on incorporating nucleic acid mimics	Roberto Miguel Pais Pinto

Distinções

Prémio

2023	FEMS Early Career Scientist Meeting Grant Federation Of European Microbiological Societies, Países Baixos
2021	Best Presentation Award - 1st place Universidade do Porto Laboratorio de Engenharia de Processos Ambiente Biotecnologia e Energia, Portugal Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2017	2nd Best Scientific Poster Award - V AEICBAS Biomedical Congress Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal
2015	Prize Prof. Doutor Fernando Serrão Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2015	Erasmus+ Scholarship Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal

Outra distinção

2018	FCT PhD Studentship - SFRH/BD/138883/2018 Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal