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Ricardo Oliveira is graduated in Biochemistry from the Faculty of Sciences of the University of Porto (FCUP) and the Abel Salazar Institute of Biomedical Sciences (ICBAS) since 2015, having completed his final internship at the Science for Life Laboratory (SciLifeLab) / Stockholm University, Sweden under the Erasmus+ program. Master in Biotechnology from the University of Minho (UM) since 2017, having carried out his master's dissertation at the company Biomode SA. In 2018, he was awarded an FCT PhD scholarship (first place in the Agricultural and Food Technologies panel) for the development of aptamers for staphylococcal enterotoxins using nucleic acid mimics (NAMs) at the Faculty of Engineering of the University of Porto (FEUP) in collaboration with the National Institute for Agricultural and Veterinary Research, I. P. (INIAV). During this period, he was a visiting PhD student at the Department of Cell Biology and Molecular Genetics, University of Maryland, USA, where he strengthened his knowledge in aptamer selection approaches with NAMs. He completed his PhD in Chemical and Biological Engineering in 2023. Currently, Postdoctoral Fellow at National Institute for Agricultural and Veterinary Research, I. P. (INIAV) focusing on bacteriology, food safety and diagnostic/therapeutic solutions (special interest in the development of aptamers). Awarded the Prize Prof. Dr. Fernando Serrão by FCUP (2015) for his distinction in the area of Organic Chemistry. He was recognised by the Federation of European Microbiology Societies (FEMS) as one of the 20 most talented and promising researchers from around the world and invited to the FEMS Summer School for Postdocs 2024, where he won the best scientific project proposal. To date, R. Oliveira has authored or co-authored 21 papers in peer-reviewed international journals and 5 book chapters. He has more than 150 citations and an H-index of 8 (ResearchGate. September 2024). He was also involved on 7 oral communications (two invited) and 28 poster communications in international congresses. He participates (or participated) as researcher in several FCT-funded projects (PTDC/CVT-CVT/4620/2021, FCT_128_596771122, POCI-01-0145-FEDER-028659, PTDC/DTP-PIC/4562/2014) and in three European Cost Actions (CA22105, CA21145 and CA20103). To date, he successfully completed the supervision of 4 bachelor students and mentored several other bachelor's, master's and doctoral students. R. Oliveira reviews manuscripts for several Q1 journals and is on the editorial boards of Frontiers in Microbiology, Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, Frontiers in Antibiotics, Molecular and Cellular Probes and PloS one. He has been a member of the organising committee for the "Simpósios INIAV para a Segurança Alimentar", practical courses for primary/secondary school teachers and various study visits to INIAV. R. Oliveira has also taught theoretical and practical courses for the Masters in Bioengineering at FEUP.
Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Ricardo Bruno da Costa Oliveira

Nomes de citação

  • Oliveira, Ricardo

Identificadores de autor

Ciência ID
441A-683A-40E8
ORCID iD
0000-0001-9175-4278

Endereços de correio eletrónico

  • ricardo.oliveira@iniav.pt (Profissional)

Domínios de atuação

  • Ciências Agrárias - Biotecnologia Agrária e Alimentar - Diagnóstico
  • Ciências da Engenharia e Tecnologias - Outras Ciências da Engenharia e Tecnologias - Engenharia e Tecnologia Alimentar
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Microbiologia
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Métodos de Investigação Bioquímica
  • Ciências Médicas e da Saúde - Biotecnologia Médica - Biotecnologia Aplicada à Saúde

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Formação
Grau Classificação
2018/10 - 2023/10
Concluído
Chemical and Biological Engineering (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
"Application of nucleic acid mimics (NAM) in the selection of aptamers against staphylococcal enterotoxins" (TESE/DISSERTAÇÃO)
Approved unanimously
2023/05/08 - 2023/06/12
Concluído
Transferable skills for engineering: basic teaching skills (Pós-Graduação)
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
18
2016 - 2017
Concluído
Biotechnology (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
"Design and validation of an alternative molecular method using peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA FISH) for the detection of Campylobacter spp. in food samples" (TESE/DISSERTAÇÃO)
19
2012/10 - 2015/10
Concluído
Biochemistry (Licenciatura)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal
"Identification of multi-drug resistant Mycobacterium tuberculosis by padlock probes and lateral flow nucleic acid biosensors" (TESE/DISSERTAÇÃO)
17 (ECTS Grading scale: Class A - Top Student)
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2023/12 - Atual Pós-doutorado (Investigação) Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, I. P. , Portugal
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, I. P. , Portugal
2023/05 - 2023/11 Investigador (Investigação) Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, I. P. , Portugal
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, I. P. , Portugal
2023/02 - 2023/05 Investigador (Investigação) Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2019/05 - 2019/07 Investigador visitante (Investigação) Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
University of Maryland at College Park Cell Biology and Molecular Genetics, Estados Unidos
2018/02 - 2018/09 Investigador (Investigação) Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2015/02 - 2015/07 Estagiário de Investigação (Investigação) Stockholms Universitet, Suécia
Science for Life Laboratory (SciLifeLab), Suécia
2013/11 - 2014/06 Estagiário de Investigação (Investigação) REQUIMTE LAQV Porto, Portugal
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2018/10 - 2023/02 PhD student Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
(...)
2016/09 - 2017/11 Master Student Biomode SA, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2018/10 - 2022/10 Locked nucleic acid (LNA) aptamers for the detection of Staphylococcal Enterotoxins
SFRH/BD/138883/2018
Bolseiro de Doutoramento
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído

Projeto

Designação Financiadores
2023/05 - Atual APTAcoli: NAM-aptamers for blocking enterotoxins in pig colibacillosis
PTDC/CVT-CVT/4620/2021
Bolseiro de Pós-Doutoramento
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2023/02 - 2023/05 FLUDS - Desenvolvimento de sistemas baseados em espectroscopia de fluorescência para deteção microbiana
NORTE-01-0247-FEDER-046970
Bolseiro de Investigação
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2018/10 - 2023/02 NAM4toxins - De novo selection of toxin-specific aptamers using nucleic acid mimics
POCI-01-0145-FEDER- 028659
Bolseiro de Doutoramento
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal

Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2018/02 - 2018/09 Coded-FISH: Development of a novel colour-coded RING FISH method: an innovative tool for the detection of antibiotic resistant clinical pathogens
PTDC/DTP-PIC/4562/2014
Bolseiro de Investigação
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído

Outro

Designação Financiadores
2023/09 - Atual BeSafeBeeHoney - BEekeeping products valorization and biomonitoring for the SAFEty of BEEs and HONEY
CA22105
Investigador
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
European Cooperation in Science and Technology
Em curso
2022/09 - Atual EURESTOP - European Network for diagnosis and treatment of antibiotic-resistant bacterial infections
CA21145
Investigador
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
European Cooperation in Science and Technology
Em curso
2022/05 - Atual BETTER - Biosecurity Enhanced Through Training Evaluation and Raising Awareness
CA20103
Investigador
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
European Cooperation in Science and Technology
Em curso
2022/01 - 2023/06 NAMShield - Controlo de Salmonella spp, na indústria pecuária, através de aptâmeros nanoensapsulados
POCI-01-0247-FEDER-069756
Investigador
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2020/05 - 2020/12 NAM4Covid19 - Nucleic acid mimic lateral flow assay (NAM-LFA) for the detection of Covid19
19128_596771122
Investigador
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em conferência
  1. Oliveira, Hugo Alexandre Mendes; Duarte, José; Domingues, Rita; Vieira, Maria; Silva, Sónia Carina; Santos, Sílvio Roberto Branco; Oliveira, Ricardo; et al. "Understanding the complete reservoir of bacteriophage depolymerases against A. baumannii capsules". 2022.
Artigo em revista
  1. Castro, Joana; Araújo, Daniela; Oliveira, Hugo Alexandre Mendes; Fernandes, Liliana; Oliveira, Ricardo; Brinks, Erick; Cho, Gyu-Sung; et al. "Multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae and Klebsiella variicola isolated from patients in Portuguese hospitals: Genomic and phenotypic characterization". The Microbe 5 (2024): 100172. http://dx.doi.org/10.1016/j.microb.2024.100172.
    Publicado • 10.1016/j.microb.2024.100172
  2. Domingues, Rita; Oliveira, Ricardo; Silva, Sónia; Araújo, Daniela; Almeida, Carina; Cho, Gyu-Sung; Franz, Charles M.A.P.; et al. "Molecular Detection of Carbapenemases in Acinetobacter baumannii Strains of Portugal and Association With Sequence Types, Capsular Types, and Virulence". Clinical Therapeutics (2024): http://dx.doi.org/10.1016/j.clinthera.2024.09.005.
    Publicado • 10.1016/j.clinthera.2024.09.005
  3. Barros, Maria Margarida; Castro, Joana; Araújo, Daniela; Oliveira, Ricardo; Campos, Ana Maria; Silva, Sónia; Outor-Monteiro, Divanildo; Almeida, Carina. "Application of DNA aptamers to block enterotoxigenic Escherichia coli toxicity in a Galleria mellonella larval model". Frontiers in Chemistry 12 (2024): http://dx.doi.org/10.3389/fchem.2024.1425903.
    Publicado • 10.3389/fchem.2024.1425903
  4. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Barros, Maria Margarida; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "In vitro selection of DNA aptamers against staphylococcal enterotoxin A". Scientific Reports 14 1 (2024): http://dx.doi.org/10.1038/s41598-024-61094-3.
    Publicado • 10.1038/s41598-024-61094-3
  5. Vindeirinho, João M.; Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Guiomar, Raquel; Azevedo, Nuno F.; Almeida, Carina. "The potential of tailed amplicons for SARS-CoV-2 detection in Nucleic Acid Lateral Flow Assays". PLOS ONE 19 5 (2024): e0301234. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0301234.
    Publicado • 10.1371/journal.pone.0301234
  6. Araújo, Daniela; Silva, Ana Rita; Fernandes, Rúben; Serra, Patrícia; Barros, Maria Margarida; Campos, Ana Maria; Oliveira, Ricardo; et al. "Emerging Approaches for Mitigating Biofilm-Formation-Associated Infections in Farm, Wild, and Companion Animals". Pathogens 13 4 (2024): 320. http://dx.doi.org/10.3390/pathogens13040320.
    Publicado • 10.3390/pathogens13040320
  7. Oliveira, Ricardo; Barbosa, Ana; Sousa, Mário; Azevedo, Nuno Filipe (BE1B-918B-A853); Cerqueira, Laura; Almeida, Carina. "Using peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA-FISH) to detect Campylobacter spp. in food samples". LWT (2024): 115922. http://dx.doi.org/10.1016/j.lwt.2024.115922.
    Publicado • 10.1016/j.lwt.2024.115922
  8. Castro, J; Oliveira, Ricardo; Fernandes, L; Carvalho; Oliveira, H; Brinks, E; Cyu-Sung, Cho; et al. "Molecular characterization and virulence profile of Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca isolated from ill cats and dogs in Portugal". Veterinary Microbiology (2024): 110056. http://dx.doi.org/10.1016/j.vetmic.2024.110056.
    Publicado • 10.1016/j.vetmic.2024.110056
  9. Nunes, Bárbara; Barata, Ana Rita; Oliveira, Ricardo; Guedes, Hugo; Almeida, Carina; da Silva, Gabriela Jorge; Nogueira, Teresa; Saavedra, Maria José; Almeida, Gonçalo. "Occurrence and diversity of Listeria monocytogenes in Portuguese dairy farms". The Microbe (2024): 100063. http://dx.doi.org/10.1016/j.microb.2024.100063.
    Publicado • 10.1016/j.microb.2024.100063
  10. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Post-SELEX modifications with locked nucleic acids (LNA) of a SEA-specific DNA aptamer assisted by in silico modelling". Molecular Systems Design and Engineering (2024): http://dx.doi.org/10.1039/d4me00043a.
    Publicado • 10.1039/d4me00043a
  11. Araujo, D.; Oliveira, Ricardo; Silva, B. L.; Castro, J.; Ramos, C.; Matos, F.; Almeida, C.; Silva, S.. "Antimicrobial resistance patterns of Staphylococcus spp. isolated from clinical specimens of companion animals in Northern Portugal, 2021-2023". The Veterinary Journal (2024): https://publons.com/wos-op/publon/68247629/.
    Publicado • 10.1016/J.TVJL.2024.106153
  12. Araújo, D.; Castro, J.; Matos, F.; Oliveira, R.; Ramos, C.; Almeida, C.; Silva, S.. "Exploring the prevalence and antibiotic resistance profile of Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca isolated from clinically ill companion animals from North of Portugal". Research in Veterinary Science 159 (2023): 183-188. http://dx.doi.org/10.1016/j.rvsc.2023.04.009.
    10.1016/j.rvsc.2023.04.009
  13. Barros, Maria Margarida; Castro, Joana; Araújo, Daniela; Campos, Ana Maria; Oliveira, Ricardo; Silva, Sónia; Outor-Monteiro, Divanildo; Almeida, Carina. "Swine Colibacillosis: Global Epidemiologic and Antimicrobial Scenario". Antibiotics 12 4 (2023): 682. http://dx.doi.org/10.3390/antibiotics12040682.
    10.3390/antibiotics12040682
  14. Oliveira, Ana; Dias, Carla; Oliveira, Ricardo; Almeida, Carina; Fuciños, Pablo; Sillankorva, Sanna; Oliveira, Hugo. "Paving the way forward: Escherichia coli bacteriophages in a One Health approach". Critical Reviews in Microbiology (2023): 1-18. http://dx.doi.org/10.1080/1040841x.2022.2161869.
    10.1080/1040841x.2022.2161869
  15. Barata, Ana Rita; Nunes, Bárbara; Oliveira, Ricardo; Guedes, Hugo; Almeida, Carina; Saavedra, Maria José; da Silva, Gabriela Jorge; Almeida, Gonçalo. "Occurrence and seasonality of Campylobacter spp. in Portuguese dairy farms". International Journal of Food Microbiology 383 (2022): 109961. http://dx.doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2022.109961.
    10.1016/j.ijfoodmicro.2022.109961
  16. Oliveira, Ricardo; Castro, Joana; Silva, Sónia; Oliveira, Hugo; Saavedra, Maria José; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Exploring the Antibiotic Resistance Profile of Clinical Klebsiella pneumoniae Isolates in Portugal". Antibiotics 11 11 (2022): 1613. http://dx.doi.org/10.3390/antibiotics11111613.
    Publicado • 10.3390/antibiotics11111613
  17. Castro, Joana; Barros, Maria Margarida; Araújo, Daniela; Campos, Ana Maria; Oliveira, Ricardo; Silva, Sónia; Almeida, Carina. "Swine enteric colibacillosis: Current treatment avenues and future directions". Frontiers in Veterinary Science 9 (2022): http://dx.doi.org/10.3389/fvets.2022.981207.
    Publicado • 10.3389/fvets.2022.981207
  18. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Sousa, Ana Luísa; Dias, Óscar; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Modelling aptamers with nucleic acid mimics (NAM): From sequence to three-dimensional docking". PLOS ONE 17 3 (2022): e0264701. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0264701.
    Acesso aberto • 10.1371/journal.pone.0264701
  19. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Almeida, Gonçalo; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Prevalence and diversity of Staphylococcus aureus and staphylococcal enterotoxins in raw milk from northern Portugal". Frontiers in Microbiology (2022): https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2022.846653/abstract.
    Acesso aberto • No prelo • 10.3389/fmicb.2022.846653
  20. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Sousa, Ana Luísa; DeStefano, Jeffrey J.; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Improving aptamer performance with nucleic acid mimics: de novo and post-SELEX approaches". Trends in Biotechnology (2021): http://dx.doi.org/10.1016/j.tibtech.2021.09.011.
    10.1016/j.tibtech.2021.09.011
  21. Fernandes, Ricardo M; Silva, Hélder; Oliveira, Ricardo; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno Filipe; Vieira, Maria J. "Morphological transition of Helicobacter pyloriadapted to water". Future Microbiology 12 13 (2017): 1167-1179. http://dx.doi.org/10.2217/fmb-2016-0174.
    10.2217/fmb-2016-0174
Artigo em revista (magazine)
  1. Castro, Joana; Barros, Maria Margarida; Oliveira, Ricardo; Araújo, Daniela; Campos, Ana Maria; Ana Margarida Duarte; FAGULHA, TERESA; et al. "Coinfecção pelo Vírus da Síndrome Respiratória e Reprodutiva dos Suínos (PRRS), Actinobacillus pleuropneumoniae, Pasteurella multocida e Streptococcus suis 2 - Relato de um caso numa exploração familiar de suínos em Portugal", Revista Portuguesa de Ciências Veterinárias 119, 625, 2024
Capítulo de livro
  1. Araújo, Daniela; Ana Rita Silva; Oliveira, Ricardo; Campos, Ana Maria; Barros, Maria Margarida; Rosca, Aliona S.; Mira, Nuno Pereira; et al. "Probiotics, Prebiotics, and Synbiotics as Antimicrobials: One-Health Perspective". In Advances in Health and Disease, editado por Lowel T.Duncan. Estados Unidos: Nova Science Publishers, 2024.
    Publicado
  2. Araújo, Daniela; Oliveira, Ricardo; Ana Maria Campos; Maria Margarida Barros; Andreia S. Azevedo; Ana Barbosa; Laura Cerqueira; et al. "Exploring the Spectrum of Biofilm Complexity". In Microbial Biofilm Dynamics.. Taylor & Francis Group, LLC, 2024.
    Aceite para publicação
  3. Castro, Joana; Oliveira, Ricardo; Campos, Ana Maria; Barros, Maria Margarida; Andreia Azevedo; Barbosa, Ana; Cerqueira, Laura; et al. "Laboratory Models for Biofilm Studies". In Microbial Biofilm Dynamics. Reino Unido: Taylor and Francis, 2024.
    Aceite para publicação
  4. Oliveira, Ricardo; Azevedo, Andreia S.; Mendes, Luzia. "Application of Nucleic Acid Mimics in Fluorescence In Situ Hybridization". In Fluorescence In-Situ Hybridization (FISH) for Microbial Cells, 69-86. Springer US, 2021.
    Publicado • 10.1007/978-1-0716-1115-9_5
  5. Oliveira, Ricardo; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno Filipe. "Detection of Microorganisms by Fluorescence In Situ Hybridization Using Peptide Nucleic Acid". In Methods in Molecular Biology, 217-230. Springer US, 2020.
    Publicado • 10.1007/978-1-0716-0243-0_13
Poster em conferência
  1. Oliveira, Ricardo; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Development of an aptasensor for the detection of staphylococcal enterotoxin A". Trabalho apresentado em Encontro Ciência 2024, 2024.
  2. Campos, Ana Maria; Barros, Maria Margarida; Oliveira, Ricardo; Castro, Joana; Araújo, Daniela; Outor-Monteiro, Divanildo; Carina Almeida. "Aptamers as Novel Therapeutics Against Enterotoxigenic Escherichia coli: Targeting Fimbrial Adhesion". Trabalho apresentado em Ciência 2024, 2024.
  3. Oliveira, Ricardo; Araújo, Daniela; Beatriz Loureiro; Castro, Joana; Silva, Sónia; Almeida, Carina. "ST8475: a new sequence type identified in methicillin-resistant staphylococci (MRS) in Portugal". Trabalho apresentado em Congress of Microbiology and Biotechnology 2023, 2023.
  4. Barros, Maria Margarida; Oliveira, Ricardo; Castro, Joana; Campos, Ana Maria; Almeida, Gonçalo; Araújo, Daniela; Silva, Sónia; Outor-Monteiro, Divanildo; Almeida, Carina. "Detecting Enterotoxigenic Escherichia coli in animal production: method development and validation". Trabalho apresentado em Congress of Microbiology and Biotechnology 2023, 2023.
  5. Araújo, Daniela; Castro, Joana; Oliveira, Ricardo; Oliveira, Hugo; Fernandes, Liliana; Carvalho, Isabel; Cho, GS; et al. "Characterization of molecular features and virulence profile of Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca isolates from companion animals in Portugal.". Trabalho apresentado em Congress of Microbiology and Biotecnology, 2023.
  6. Castro, Joana; Araújo, Daniela; Oliveira, Hugo; Fernandes, Liliana; Oliveira, Ricardo; Cho, GS; Franz, C; et al. "Genomic and phenotypic profiling of multidrug- resistant Klebsiella pneumoniae and Klebsiella variicola isolated from northern Portuguese hospitals". Trabalho apresentado em Congress of Microbiology and Biotecnology, 2023.
  7. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Selection of nucleic acid mimic (NAM) aptamers: from de novo SELEX to post-SELEX enhancement". Trabalho apresentado em 5th Doctoral Congress Engineering (DCE23), 2023.
  8. Barros, Maria Margarida ; Oliveira, Ricardo; Campos, Ana Maria; Castro, Joana; Araújo, Daniela ; Silva, Sónia; Outor-Monteiro, Divanildo; Almeida, Carina. "Aptamers for blocking Enterotoxigenic Escherichia coli". Trabalho apresentado em Dare2Change: Inovattion-Driven Agrifood Business, 2023.
  9. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. Autor correspondente: Oliveira, Ricardo. "Development of an aptamer based-biosensor for the detection of food toxins". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2023.
  10. Nunes, Bárbara; Barata, Ana; Oliveira, Ricardo; Guedes, Hugo; Almeida, Carina; Silva, Gabriela; M. J. Saavedra; Almeida, Gonçalo. "Fecal carriage of Listeria monocytogenes in dairy cows". Trabalho apresentado em Under One Health Concept, 2022.
  11. Bárbara Nunes; Ana Rita Barata; Oliveira, Ricardo; Guedes, Hugo; Carina Manuela Fernandes Almeida; da Silva, Gabriela Jorge; Saavedra, Maria José ; Almeida, Gonçalo. Autor correspondente: Almeida, Gonçalo. "Fecal carriage of Listeria monocytogenes in dairy". Trabalho apresentado em I International Congress on Animal and Veterinary Sciences ¿Under One Health Concept¿, 2022.
  12. Campos, Ana Maria; Oliveira, Ricardo; Vieira, Filipa ; Silva, Regina A.; Silva, Regina ; Almeida, Carina. ""Optimisation of a molecular methodology for the detection of virulence factors of enterotoxigenic Escherichia coli in the diagnosis of swine colibacillosis"". 2022.
  13. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Almeida, Gonçalo; Nuno Azevedo; Carina Manuela Fernandes Almeida. Autor correspondente: Carina Manuela Fernandes Almeida. "Prevalence and diversity of Staphylococcus aureus and staphylococal enterotoxins in raw milk from the North of Portugal". Trabalho apresentado em Microbiology 2022, 2022.
  14. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Almeida, Gonçalo; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Characterization of Staphylococcus aureus and staphylococcal enterotoxins in raw milk from northern Portugal". Trabalho apresentado em FEMS Conference on Microbiology, 2022.
  15. Bárbara Nunes; Ana Rita Barata; Oliveira, Ricardo; Guedes, Hugo; Carina Manuela Fernandes Almeida; Gabriela Silva; Saavedra, Maria José ; Almeida, Gonçalo. Autor correspondente: Almeida, Gonçalo. "Raw milk as a source of Listeria monocytogenes". Trabalho apresentado em workshop of the National Reference Laboratories for Listeria monocytogenes, 2022.
  16. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; DeStefano, Jeffrey; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Aptamers For Detection of Staphylococcal Enterotoxins in Food Samples". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2021.
  17. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Almeida, Gonçalo; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Prevalence of Staphylococcus aureus and staphylococcal enterotoxins in raw milk from Northern Portugal". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2021.
  18. Ana Rita Barata; Oliveira, Ricardo; Bárbara Nunes; Guedes, Hugo; Almeida, Carina; Saavedra, Maria José ; Silva, Gabriela; Almeida, Gonçalo. "Raw milk as a source of food zoonotic pathogens". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2021.
  19. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "In silico prediction of the functional 3D conformation of NAM aptamers". Trabalho apresentado em 1st Symposium on Oligonucleotide Technologies and Therapeutics, 2021.
  20. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Prediction of single-stranded nucleic acids structure: from the sequence to the three-dimensional docking of aptamers". Trabalho apresentado em World Microbe Forum 2021, 2021.
  21. Vindeirinho, Joao; Pinho, Eva; Oliveira, Ricardo; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "SARS-CoV-2 detection: a simple solution for end-point sensing of RT-PCR products". Trabalho apresentado em 1st Symposium on Oligonucleotide Technologies and Therapeutics, 2021.
  22. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "De novo SELEX of toxin specific aptamers using nucleic acid mimics (NAMs)". Trabalho apresentado em Encontro Ciência 2020, 2020.
  23. Oliveira, Ricardo; Sousa, Ana Luísa; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Prediction and design of aptamer structures and their interaction with a target molecule". Trabalho apresentado em Microbiotec 19 - Congress of Microbiology and Biotechnology 19, Coimbra, Portugal, 2019.
  24. Oliveira, Ricardo; Ferreira-Bravo, Irani A; Sousa, Ana Luísa; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; DeStefano, Jeffrey; Almeida, Carina. "Application of nucleic acid mimics (NAMs) in the selection of aptamers against staphylococcal enterotoxins". Trabalho apresentado em 1º Simpósio INIAV para a Segurança Alimentar - Rumo à Alimentação do Futuro, Vila do Conde, Portugal, 2019.
  25. Ana Sousa; Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Prediction of aptamers´ structures and their interaction with staphylococcal enterotoxin A". Trabalho apresentado em 1º Simpósio INIAV para a Segurança Alimentar, 2019.
  26. Oliveira, Ricardo; Azevedo, Andreia S; Fernandes, Ricardo; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Identification of genes associated with beta lactam resistance in clinical isolates of Gram negative bacteria". Trabalho apresentado em FEMS 2019 - 8th Congress of European Microbiologists, Glasgow, Scotland, 2019.
  27. Oliveira, Ricardo; Sousa, Ana Luísa; Pinho, Eva; Almeida, Gonçalo; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "De novo selection of toxin-specific aptamers using nucleic acid mimics". Trabalho apresentado em Doctoral Congress in Engineering 2019 - FEUP, Porto, Portugal, 2019.
  28. Oliveira, Ricardo; Rocha, Rui; Sousa, Mário; Cerqueira, Laura; Azevedo, Nuno Filipe (BE1B-918B-A853); Almeida, Carina. "Rapid identification of Campylobacter spp. using peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA-FISH) in food samples". Trabalho apresentado em V AEICBAS Biomedical Congress - Abel Salazar Biomedical Sciences Institute (ICBAS), Porto, Portugal, 2017.
Resumo em conferência
  1. Margarida Barros; Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Selection of DNA aptamers for the detection of foodborne toxins". Trabalho apresentado em 36th EFFoST International Conference 2022, Dublin, 2022.
  2. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva. "Prevalência e diversidade de Staphylococcus aureus e enterotoxinas estafilocócicas em leite cru na região norte de Portugal". Trabalho apresentado em Microbiologia 2022, 2022.
  3. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "In silico prediction of three-dimensional structure and docking of aptamers containing nucleic acid mimics (NAMs)". Trabalho apresentado em 4th Doctoral Congress in Engineering, Porto, 2021.
  4. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina; Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Easy-to-use pipeline to predict NAM-aptamers 3D structure and docking". Trabalho apresentado em World Microbe Forum, 2021.
  5. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Surveillance study of Staphylococcus aureus in raw milk from Northern Portugal: enterotoxins and resistance genetic profiles". Trabalho apresentado em Microbiotec'21, 2021.
  6. Oliveira, Ricardo; Ana Sousa; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Jeffrey Destefano; Almeida, Carina. "De novo selection of toxin-specific aptamers using nucleic acid mimic". Trabalho apresentado em Microbiotec 19, 2019.
Tese / Dissertação
  1. "Application of nucleic acid mimics (NAM) in the selection of aptamers against staphylococcal enterotoxins". Doutoramento, Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, 2023. https://hdl.handle.net/10216/153643.
  2. Oliveira, Ricardo. "Design and validation of an alternative molecular method using peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA FISH) for the detection of Campylobacter spp. in food samples". Mestrado, Universidade do Minho Departamento de Engenharia Biológica, 2017. https://hdl.handle.net/1822/77457.
  3. Oliveira, Ricardo. "Identification of multi-drug resistant Mycobacterium tuberculosis by padlock probes and lateral flow nucleic acid biosensors". Licenciatura, Universidade do Porto, 2015.

Artística / Interpretação

Arte visual
  1. Barros, Maria Margarida; Castro, Joana; Araújo, Daniela; Oliveira, Ricardo; Silva, Sónia; Almeida, Carina. Impacto da Colibacilose Suína: da Quinta ao Homem.
  2. Rúben Fernandes; Vindeirinho, João M. ; Castro, Joana; Araújo, Daniela; Barros, Maria Margarida; Oliveira, Ricardo; Campos, Ana Maria; Silva, Sónia; Almeida, Carina. Os Vilões Invisíveis.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2024/10/23 Action Tank "Food Security" BIN@PORTO 2024 ‘Innovation for Resilience"
Faculty of Engineering, University of Porto (Porto, Portugal)
2022/11/08 Selection of DNA aptamers for the detection of foodborne toxins 36th EFFoST International Conference 2022
European Federation of Food Science and Technology (Dublin, Irlanda)
2022/10/18 Prevalência e diversidade de Staphylococcus aureus e enterotoxinas estafilocócicas em leite cru na região norte de Portugal Microbiologia 2022
Sociedade Portuguesa de Microbiologia (Portugal)
2022/01/20 Staphylococcal enterotoxins and mycotoxins in raw milk: a combined risk? SciMonday
National Institute for Agricultural and Veterinary Research (INIAV) (Vairão, Portugal)
2021/11/25 Surveillance study of Staphylococcus aureus in raw milk from Northern Portugal: Enterotoxins and resistance genetic profiles. Microbiotec'21
NOVA University of Lisbon (Lisboa, Portugal)
2021/06/28 In silico prediction of three-dimensional structure and docking of aptamers containing nucleic acid mimics (NAMs) 4th Doctoral Congress in Engineering
Faculty of Engineering, University of Porto (Porto, Portugal)
2020/06/26 NAM4Covid19 – What if you could know the test results in less than 1 hour? LEPABE talks
Faculty of Engineering, University of Porto (Porto, Portugal)
2019/12 Application of nucleic acid mimics in the selection of aptamers against staphylococcal enterotoxins Microbiotec'19 - Congress of Microbiology and Biotechnology 2019
Faculdade de Ciências da Universidade de Coimbra (Coimbra, Portugal)

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado
Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2024/09/09 - 2024/09/27 Characterisation of Staphylococcus sp. isolates from animals in the INIAV collection using culturomics methods.
Orientador
Ciências Biomédicas Laboratoriais (Iniciação científica)
Instituto Politécnico do Porto Escola Superior de Saúde, Portugal
2024/04/29 - 2024/06/17 Própolis português e infeções bacterianas de animais domésticos: que potencial?
Coorientador de Rui Francisco Sousa Almeida
Licenciatura em Bioquímica (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade do Minho Departamento de Biologia, Portugal
2024/01/08 - 2024/01/27 Selection and characterization of aptamers against enterotoxigenic E. coli
Orientador de Denise Marques
Ciências Biomédicas Laboratoriais (Licenciatura/Bacharelato)
Instituto Politécnico do Porto Escola Superior de Saúde, Portugal
2021/01 - 2021/07 Aptamers for Staphylococcal enterotoxin A: effects on incorporating nucleic acid mimics
Coorientador de Roberto Pinto
Biotecnologia Medicinal (Licenciatura/Bacharelato)
Instituto Politécnico do Porto Escola Superior de Saúde, Portugal

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação)
Instituição / Organização
2024/11/27 - Atual 2º Simpósio INIAV para a Segurança Alimentar- “Sistemas Alimentares Sustentáveis e Seguros (2024/11/27)
Simpósio (Membro da Comissão Organizadora)
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária - Polo de Vairão, Portugal
2023/03/17 - Atual Co-organização da visita de estudo ao INIAV dedicada a alunos do secundário (escolas secundárias de Viana do Castelo e da Galícia), no tema “Papel da PAC na promoção da inovação”, 17 de Março de 2023. Total de 40 alunos. Breve seminário seguido de atividades laboratoriais: identificação de agentes patogénicos em amostras alimentares; pesquisa de antibióticos em alimentos; modelo larvar para estudo de citotoxicidade. (2023/03/17)
Outro (Coorganizador)
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária - Polo de Vairão, Portugal
2024/04/03 - 2024/04/03 Co-organização da visita de estudo ao INIAV, alunos da Licenciatura de Ciências Biomédicas (Escola Universitária Vasco da Gama, Coimbra), 3 de Abril de 2024. Total de 15 alunos. Atividades: visita aos laboratórios de Segurança Alimentar e Saúde Animal; avaliação de toxicidade em modelo animal. (2024/04/03)
Outro (Coorganizador)
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária - Polo de Vairão, Portugal
2023/07/13 - 2023/07/13 Co-organização da visita de estudo ao INIAV de alunos da escola primária e pré-escolar da escola de Vairão e Fornelo, 13 de Julho de 2023, com organização de 4 atividades de ciência dedicadas as crianças dos 4 aos 11 anos. Total de 51 alunos. Atividades de ciência organizadas: (1) O ciclo de vida das larvas; (2) Morfologia de bactérias e os fungos; (3) O vulcão: conceito de reação química; (4) A família dos coronavírus. (2023/07/13)
Outro (Coorganizador)
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária - Polo de Vairão, Portugal
2023/04/04 - 2023/04/04 Co-organização da visita de estudo ao INIAV dedicada a alunos do ensino primário (1º ao 4º ano), das freguesias de Vairão e Fornelo (Vila do Conde), 4 de Abril de 2023. Total de 20 alunos. Vista ao polo com atividades de ciência dedicadas às crianças: formação de arco-íris com soluções salinas, crescimento de larvas, morfologia das bactérias no microscópio, moldagem da morfologia de bactérias com plasticina. (2024/04/04)
Outro (Coorganizador)
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária - Polo de Vairão, Portugal
2023/02/01 - 2023/02/01 Co-organização da visita de estudo ao INIAV, alunos do secundário (Curso Profissional de Análises Laboratoriais), da escola Oliveira Júnior, de S. João da Madeira, 1 de fevereiro de 2023. Total de 13 alunos. Atividades: analise de contaminantes por cromatografia fina; deteção de patogénicos por PCR em tempo real, avaliação de toxicidade em modelo animal. (2023/02/01)
Outro (Coorganizador)
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária - Polo de Vairão, Portugal

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento
Nome do evento
Instituição / Organização
2024/09/02 - 2024/09/10 Climate Change: Challenges and Influence on Microbial Safety of Water and Food
Encontro
FEMS Summer School for Postdocs 2024
Mediterranean Institute for Life Sciences, Croácia
2024/05/28 - 2024/05/29 BEekeeping products valorization and biomonitoring for the SAFEty of BEEs and HONEY
Conferência
1st International Conference - BeSafeBeeHoney
Panepistemio Thessalias - Larisa, Grécia
2024/04/09 - 2024/04/24 e.Biofilm Training School - Fundamentals of Biofilm Engineering
Oficina (workshop)
e.Biofilm Training School - Fundamentals of Biofilm Engineering
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2023/09/06 - 2023/09/07 COST Academy Leadership Workshop
Oficina (workshop)
European Cooperation in Science and Technology, Bélgica
2020/08/27 - 2020/08/28 Antimicrobial drugs, drug delivery vectors, bio-barriers and characterization assays.
Oficina (workshop)
DelNAM’s Workshop 3 - “Drug Delivery meets Bacteria"
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2019/05 - 2019/06 Radiation Protection Training for Use of Radiation-Producing Materials
Oficina (workshop)
University of Maryland at College Park, Estados Unidos
2019/03/21 - 2019/03/22 Design and Synthesis of Nucleic Acids Mimics
Oficina (workshop)
Syddansk Universitet, Dinamarca
2018/11/21 - 2018/11/23 XXIV Encontro Luso-Galego de Química
Encontro
XXIV Encontro Luso-Galego de Química
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Júri de grau académico

Tema
Tipo de participação
Nome do candidato (Tipo de grau)
Instituição / Organização
2024/12/09 Evaluating Essential Oils for Treating Skin Infections Caused by Staphylococcus pseudintermedius
Arguente principal
Taísa Cebotari (Outro)
Instituto Politécnico de Coimbra Escola Superior Agrária de Coimbra, Portugal
2024/07/12 Characterization of pathogenicity and virulence factors of Staphylococcus spp. recovered from company animals
Arguente principal
Rodrigo Miranda Magalhães (Outro)
Instituto Politécnico do Porto Escola Superior de Saúde, Portugal
2022 Development and optimization of a PCR methodology for the detection of the main virulence factors (i.e., toxins and fimbriae) of enterotoxigenic E. coli (ETEC)
Orientador
Ana Campos (Outro)
Instituto Politécnico do Porto Escola Superior de Saúde, Portugal

Arbitragem científica em revista

Nome da revista (ISSN) Editora
2024/07 - Atual Frontiers in Microbiology (1664-302X) Frontiers Media
2024/06 - Atual Molecular and cellular probes (0890-8508) Elsevier Editorial
2024/06 - Atual PloS one (1932-6203) PLOS
2024/02 - Atual Frontiers in Cellular and Infection Microbiology (2235-2988) Frontiers Media
2023/08 - Atual Frontiers in Antibiotics (2813-2467) Frontiers Media

Comissão de avaliação

Descrição da atividade
Tipo de assessoria
Instituição / Organização Entidade financiadora
2024/11/27 - Atual Evaluation/selection of the best poster presentations at the 2º Simpósio INIAV para a Segurança Alimentar
Avaliador
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária - Polo de Vairão, Portugal

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2024/12 - Atual Engenharia Metabólica e Biomolecular Mestrado em Bioengenharia (Mestrado) Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2024/07/22 - Atual Aplicação de métodos de deteção de fatores de patogenicidade de Escherichia coli, e a sua importância num contexto de Saúde Pública (Outros) Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária - Polo de Vairão, Portugal
2018/11 - 2018/12 Engenharia Metabólica e Celular Bioengenharia (Mestrado integrado) Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal

Membro de associação

Nome da associação Tipo de participação
2024/01/19 - Atual Gonditrilhos - Associação de Ciclismo de Gondifelos President
2019 - Atual Portuguese Society of Microbiology Member

Membro de comissão

Descrição da atividade
Tipo de participação
Instituição / Organização
2024/09 - Atual Topic Coordinator for the Research Topic ‘Perspectives in Clinical Infectious Diseases: 2024’ in Frontiers in Cellular and Infection Microbiology
Coordenador

Tutoria

Tópico Nome do aluno
2024/01 - Atual Aptamers for blocking Escherichia coli Shiga-toxins Ana Campos
2022/07 - Atual Aptamers to control colibacillosis in piglets Maria Margarida Barros
2022/09 - 2024/11 Aptamers for blocking enterotoxigenic Escherichia coli Ana Campos
2023/07/03 - 2023/07/23 Previsão da afinidade de aptâmeros para a enterotoxina A de Staphylococcus aureus Catarina Machado Rebelo
2022/04/26 - 2022/07/14 Desenvolvimento de uma metodologia molecular para deteção de fatores de virulência de Escherichia coli enterotoxigénica em suínos de explorações portuguesas. Ana Maria da Silva Campos
2022/04 - 2022/05 Development and optimization of a PCR methodology for the detection of the main virulence factors (i.e., toxins and fimbriae) of enterotoxigenic E. coli (ETEC) Ana Ferraz
2021/09/06 - 2021/09/24 Characterization of resistance/virulence genes by PCR of Staphylococcus aureus isolates obtained from raw milk samples. Ana Campos
2021/01 - 2021/07 Aptamers for Staphylococcal enterotoxin A: effects on incorporating nucleic acid mimics Roberto Miguel Pais Pinto
Distinções

Prémio

2024 Best Project Proposal at 5th FEMS Summer School for Postdocs 2024
Federation Of European Microbiological Societies, Países Baixos
2023 FEMS Early Career Scientist Meeting Grant - Microbiotec'23
Federation Of European Microbiological Societies, Países Baixos
2023 5ª edição do concurso comunicação de ciência em microbiologia - Vencedor na categorial geral
Sociedade Portuguesa de Microbiologia, Portugal
2021 Best Oral Presentation Award - LEPABE Talks
Universidade do Porto Laboratorio de Engenharia de Processos Ambiente Biotecnologia e Energia, Portugal

Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2017 2nd Best Scientific Poster Award - V AEICBAS Biomedical Congress
Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal
2015 Prize Prof. Doutor Fernando Serrão
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Outra distinção

2024 Top 20 of the most talented and promising researchers from across the world - Invitation to FEMS Summer School for Postdocs 2024
Federation Of European Microbiological Societies, Países Baixos
2018 FCT PhD Studentship - SFRH/BD/138883/2018
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2015 Erasmus+ Scholarship - Stockholm University, Sweden
Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal