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Pedro Jorge Araújo Alves da Silva. Completed the Doutoramento in Química in 2001 by Universidade do Porto and Licenciatura in Bioquímica in 1996 by Universidade do Porto. Is Associate Professor in Universidade Fernando Pessoa. Published 38 articles in journals. Has 1 book(s). Organized 2 event(s). Supervised 2 MSc dissertation(s). Has received 1 awards and/or honors. Participates and/or participated as Principal investigator in 2 project(s). Works in the area(s) of Natural sciences with emphasis on Biological Sciences and Exact Sciences with emphasis on Chemical Sciences with emphasis on Physical Chemistry. In their professional activities interacted with 51 collaborator(s) co-authorship of scientific papers. In his curriculum Ciência Vitae the most frequent terms in the context of scientific, technological and artistic-cultural output are: photochemistry; pontes dissulfureto; enzimologia; TDDFT; ressonância; efeito indutivo; quantum tunneling; reaction mechanism; acoplagem molecular; dinâmica molecular; reverse screening; .
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Pedro Jorge Araújo Alves da Silva

Nomes de citação

  • Silva, Pedro J.

Identificadores de autor

Ciência ID
3417-E1EE-66A5
ORCID iD
0000-0001-9316-9275

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas
  • Ciências Exatas - Química - Química Física

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Francês Utilizador elementar (A1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador elementar (A1) Utilizador independente (B1)
Holandês Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1) Utilizador elementar (A1) Utilizador independente (B1)
Formação
Grau Classificação
1997 - 2001
Concluído
 Química (Doutoramento)
Universidade do Porto, Portugal
"Isolation and characterization of enzymes involved in the hydrogen metabolsim from Pyrococcus furiosus" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 Aprovado por unanimidade
1992 - 1996
Concluído
 Bioquímica (Licenciatura)
Universidade do Porto, Portugal
 16
Percurso profissional

Docência no Ensino Superior

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2010/10 - 2023/08/31 Professor Associado (Docente Universitário) Universidade Fernando Pessoa, Portugal
2001/04 - 2010/09 Professor Auxiliar (Docente Universitário) Universidade Fernando Pessoa, Portugal
Projetos

Projeto

Designação Financiadores
2022/01/04 - Atual Identification of the cellular targets of novel antibiotics
ACX regrant
Investigador responsável
REQUIMTE Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal
 Centre for Effective Altruism
Em curso

Outro

Designação Financiadores
2011/01 - 2014/08 Estudos computationais de reações orgânicas catalizadas por metais de transição
PTDC/QUI-QUI/111288/2009
Investigador responsável
Universidade Fernando Pessoa, Portugal
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Pedro J. Silva. "Computational insights into the spontaneity of epoxide formation from halohydrins and other mechanistic details of Williamson’s ether synthesis". Chemistry Journal of Moldova (2023): https://doi.org/10.19261/cjm.2023.1083.
    10.19261/cjm.2023.1083
  2. Tomasz M. Karpinski; Marcin Ozarowski; Pedro J. Silva; Mark Stasiewicz; Rahat Alam; Abdus Samad. "Discovery of Terpenes as Novel HCV NS5B Polymerase Inhibitors via Molecular Docking". Pathogens (2023): https://doi.org/10.3390/pathogens12060842.
    10.3390/pathogens12060842
  3. Pedro J. Silva. "The Reaction Mechanism of the Cu(I) Catalyzed Alkylation of Heterosubstituted Alkynes". Catalysts (2022): https://doi.org/10.3390/catal13010017.
    10.3390/catal13010017
  4. Pedro J. Silva; Maria Osswald-Claro; Rosário Castro Mendonça. "How to tune the absorption spectrum of chlorophylls to enable better use of the available solar spectrum". PeerJ Physical Chemistry 4 (2022): e26-e26. http://dx.doi.org/10.7717/peerj-pchem.26.
    10.7717/peerj-pchem.26
  5. Pedro J. Silva. "Computational Development of Inhibitors of Plasmid-Borne Bacterial Dihydrofolate Reductase". Antibiotics 11 6 (2022): 779-779. http://dx.doi.org/10.3390/antibiotics11060779.
    10.3390/antibiotics11060779
  6. Silva, Pedro J.; Cheng, Qi. "An Alternative Proposal for the Reaction Mechanism of Light-Dependent Protochlorophyllide Oxidoreductase". ACS Catalysis 12 4 (2022): 2589-2605. http://dx.doi.org/10.1021/acscatal.1c05351.
    Publicado • 10.1021/acscatal.1c05351
  7. Pedro J. Silva; Carlos E. P. Bernardo. "Unveiling the Reaction Mechanism of the Das/Chechik/Marek Synthesis of Stereodefined Quaternary Carbon Centers". Applied Sciences 11 11 (2021): 5002-5002. https://doi.org/10.3390/app11115002.
    10.3390/app11115002
  8. Silva, Pedro J.. "Response to "Molecular-level understanding of biological energy coupling and transduction"". Biophysical Chemistry (2021):
    10.1016/j.bpc.2020.106512
  9. Pedro J. Silva. "New insights into the mechanism of Schiff base synthesis from aromatic amines in the absence of acid catalyst or polar solvents". PeerJ Organic Chemistry (2020): https://doi.org/10.7717/peerj-ochem.4.
    10.7717/peerj-ochem.4
  10. Silva, Pedro J.. "Chemiosmotic misunderstandings". Biophysical Chemistry (2020): http://dx.doi.org/10.1016/j.bpc.2020.106424.
    10.1016/j.bpc.2020.106424
  11. Sandra V. R. L. Silva; Pedro J. Silva. "Computational improvement of small-molecule inhibitors of Bacillus anthracis protective antigen activation through isostere-based substitutions". Journal of Biomolecular Structure and Dynamics (2020): https://doi.org/10.1080/07391102.2020.1792987.
    10.1080/07391102.2020.1792987
  12. Silva, Pedro J.; Bernardo, Carlos E. P.. "Influence of Alkyne and Azide Substituents on the Choice of the Reaction Mechanism of the Cu+-Catalyzed Addition of Azides to Iodoalkynes". The Journal of Physical Chemistry A 122 37 (2018): 7497-7507. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jpca.8b06894.
    Publicado • 10.1021/acs.jpca.8b06894
  13. Bernardo, Carlos E. P.; Silva, Pedro J.. "Computational exploration of the reaction mechanism of the Cu+-catalysed synthesis of indoles from N-aryl enaminones". Royal Society Open Science 2 3 (2016): 150582-150582.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1098/rsos.150582
  14. Silva, Pedro J.. "Will 1,2-dihydro-1,2-azaborine-based drugs resist metabolism by cytochrome P450 compound I?". PeerJ 4 (2016): e2299-e2299.
    Acesso aberto • Publicado • 10.7717/peerj.2299
  15. Silva, Pedro J.. "Refining the reaction mechanism of O2 towards its co-substrate in cofactor-free dioxygenases.". PeerJ 4 (2016): e2805-e2805.
    Acesso aberto • Publicado • 10.7717/peerj.2805
  16. Silva, Pedro J.; Rodrigues, Viviana. "Mechanistic pathways of mercury removal from the organomercurial lyase active site". PeerJ 3 (2015): e1127-e1127.
    Acesso aberto • Publicado • 10.7717/peerj.1127
  17. Bernardo, Carlos E.P.; Silva, Pedro J.. "Computational development of rubromycin-based lead compounds for HIV-1 reverse transcriptase inhibition". PeerJ 2 2 (2014): e470-e470.
    Acesso aberto • Publicado • 10.7717/peerj.470
  18. Silva, Pedro J.. "With or without light: comparing the reaction mechanism of dark-operative protochlorophyllide oxidoreductase with the energetic requirements of the light-dependent protochlorophyllide oxidoreductase". PeerJ 2 2 (2014): e551-e551.
    Acesso aberto • Publicado • 10.7717/peerj.551
  19. Sousa, Carla; Silva, Pedro J.. "BBr3-Assisted Cleavage of Most Ethers Does Not Follow the Commonly Assumed Mechanism". European Journal of Organic Chemistry 2013 23 (2013): 5195-5199.
    Publicado • 10.1002/ejoc.201300337
  20. Bernardo, Carlos E. P.; Bauman, Nicholas P.; Piecuch, Piotr; Silva, Pedro J.. "Evaluation of density functional methods on the geometric and energetic descriptions of species involved in Cu+-promoted catalysis". Journal of Molecular Modeling 19 (2013): 5457-5467.
    Publicado • 10.1007/s00894-013-2045-z
  21. Silva, P.J.; Perez, M.A.S.; Brás, N.F.; Fernandes, P.A.; Ramos, M.J.. "Erratum to: Improving the study of proton transfers between amino acid side chains in solution: Choosing appropriate DFT functionals and avoiding hidden pitfalls (Theor Chem Acc, (2012) 131, 117, 10.1007/s00214-012-1179-x)". Theoretical Chemistry Accounts 132 2 (2013): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84875366125&partnerID=MN8TOARS.
    10.1007/s00214-012-1307-7
  22. Sousa, C.; Silva, P.J.. "Erratum: BBr3-Assisted Cleavage of Most Ethers Does Not Follow the Commonly Assumed Mechanism(European Journal of Organic Chemistry (2013) (8048-8049))". European Journal of Organic Chemistry 35 (2013): 8048-8049. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84889089698&partnerID=MN8TOARS.
    10.1002/ejoc.201301647
  23. Silva, Pedro J.; Perez, Marta A. S.; Brás, Natércia F.; Fernandes, Pedro A.; Ramos, M. J.. "Improving the study of proton transfers between amino acid side chains in solution: choosing appropriate DFT functionals and avoiding hidden pitfalls". Theoretical Chemistry Accounts 131 3 (2012): 1179-1185.
    Publicado • 10.1007/s00214-012-1179-x
  24. Silva, Pedro Jorge. "Unravelling the reaction mechanism of the reductive ring contraction of 1,2-pyridazines.". Journal of Organic Chemistry 77 (2012): 4653-4659.
    Publicado • 10.1021/jo300448d
  25. Silva, Pedro J.; Ramos, Maria João. "Computational Characterization of the Substrate-Binding Mode in Coproporphyrinogen III Oxidase". Journal of Physical Chemistry B 115 8 (2011): 1903-1910.
    Publicado • 10.1021/jp110289d
  26. Silva, Pedro J.; Ramos, Maria João. "Successes and failures of DFT functionals in acid/base and redox reactions of organic and biochemical interest". Computational and Theoretical Chemistry 966 1-3 (2011): 120-126.
    Publicado • 10.1016/j.comptc.2011.02.022
  27. Brás, Natércia F.; Perez, Marta A. S.; Fernandes, Pedro A.; Silva, Pedro J.; Ramos, Maria J.. "Accuracy of Density Functionals in the Prediction of Electronic Proton Affinities of Amino Acid Side Chains". Journal of Chemical Theory and Computation 7 (2011): 3898-3908.
    Publicado • 10.1021/ct200309v
  28. Silva, Pedro J.; Ramos, Maria João. "Computational insights into the photochemical step of the reaction catalyzed by protochlorophylide oxidoreductase.". International JOurnal of Quantum Chemistry 111 (2010): 1472-1479. http://dx.doi.org/10.1002/qua.22671.
    Publicado • 10.1002/qua.22671
  29. Silva, Pedro J.; Schulz, Claudia; Jahn, Dieter; Jahn, Martina; Ramos, Maria Joa~o. "A Tale of Two Acids: When Arginine Is a More Appropriate Acid than H 3 O +". Journal of Physical Chemistry B 114 27 (2010): 8994-9001.
    Publicado • 10.1021/jp100961s
  30. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da. "Inductive and Resonance Effects on the Acidities of Phenol, Enols, and Carbonyl a-Hydrogens.". Journal of Organic Chemistry 74 (2009): 914-916. http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/jo8018736.
    Publicado • 10.1021/jo8018736
  31. Silva, Pedro J.; Ramos, Maria João. "Computational studies on the reactivity of substituted 1,2-dihydro-1,2-azaborines". Journal of Organic Chemistry 74 (2009): 6120-6129. http://dx.doi.org/10.1021/jo900980d.
    Publicado • 10.1021/jo900980d
  32. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da. "Assessing the reliability of sequence similarities detected through hydrophobic sequence analysis". Proteins-Structure Function and Bioinformatics 70 (2008): 1588-1594. http://dx.doi.org/10.1002/prot.21803.
    Publicado • 10.1002/prot.21803
  33. van Haaster, DJ; Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da; Peter-Leon Hagedoorn; Jongejaan, Jaap; Wilfred R. Hagen. "A re-investigation of the steady-state kinetics and the physiological function of the soluble NiFe-hydrogenase-I of Pyrococcus furiosus.". Journal of Bacteriology 190 (2008): 1584-1587. http://dx.doi.org/10.1128/JB.01562-07.
    Publicado • 10.1128/JB.01562-07
  34. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da; Ramos, Maria João. "A comparative density-functional study of models for the reaction mechanism of uroporphyrinogen III synthase.". Journal of Physical Chemistry B 112 (2008): 3144-3148. http://dx.doi.org/10.1021/jp076235f.
    Publicado • 10.1021/jp076235f
  35. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da; Ramos, Maria João. "A comparative density-functional study of the reaction mechanism of the O2-dependent coproporphyrinogen III oxidase.". Bioorganic & Medicinal Chemistry 16 (2008): 2726-2733. http://dx.doi.org/10.1016/j.bmc.2008.01.008.
    Publicado • 10.1016/j.bmc.2008.01.008
  36. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da; Ramos, Maria João. "Reaction Mechanism of the Vitamin K-Dependent Glutamate Carboxylase: A Computational Study.". Journal of Physical Chemistry B 111 (2007): 12883-12887. http://dx.doi.org/10.1021/jp0738208.
    Publicado • 10.1021/jp0738208
  37. Pinho, Dora; Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da; Besson, Stéphane; Baltazar de Castro; Moura, Isabel. "Isolation and spectroscopic characterization of the membrane-bound nitrate reductase from Pseudomonas chlororaphis DSM 50135". Biochimica et Biophysica Acta-General Subjects 1723 (2005): 151-162. http://dx.doi.org/10.1016/j.bbagen.2005.02.008.
    Publicado • 10.1016/j.bbagen.2005.02.008
  38. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da; Ramos, Maria João. "A Density-Functional Study of Mechanisms for the Cofactor-Free Decarboxylation Performed by Uroporphyrinogen III Decarboxylase.". Journal of Physical Chemistry B 109 (2005): 18195-18200. http://dx.doi.org/10.1021/jp051792s.
    Publicado • 10.1021/jp051792s
  39. de Bok, F.; Wilfred R. Hagen; Peter-Leon Hagedoorn; Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da; Fritsche, Kathrin; Stams, Alfons; Schiltz, Emile. "Two W-containing formate dehydrogenases (CO2-reductases) involved in syntrophic propionate oxidation by Syntrophobacter fumaroxidans.". European Journal of Biochemistry 270 (2003): 2476-2485. http://dx.doi.org/10.1046/j.1432-1033.2003.03619.x.
    Publicado • 10.1046/j.1432-1033.2003.03619.x
  40. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da; Fernandes, Pedro A.; Ramos, Maria João. "A theoretical study of radical-only and combined radical/carbocationic mechanisms of arachidonic acid cyclooxygenation by prostaglandin H synthase.". Theoretical Chemistry Accounts 110 (2003): 345-351. http://dx.doi.org/10.1007/s00214-003-0476-9.
    Publicado • 10.1007/s00214-003-0476-9
  41. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da; Wilfred R. Hagen; Hans Wassink; Huub Haaker; Peter-Leon Hagedoorn; Maria João Amorim; Frank T. Robb; Silva, Pedro J.. "Novel structure and redox chemistry of the prosthetic groups of the iron-sulfur flavoprotein sulfide dehydrogenase from Pyrococcus furiosus; evidence for a [2Fe-2S] cluster with Asp(Cys) 3 ligands.". Journal of Biological Inorganic Chemistry 5 5 (2000): 527-534. http://dx.doi.org/10.1007/s007750050013.
    Publicado • 10.1007/s007750050013
  42. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da; Baltazar de Castro; Frank T. Robb; Wilfred R. Hagen; Huub Haaker; Hans Wassink; Eyke C. D: van den Baan. "Enzymes of hydrogen metabolism in Pyrococcus furiosus.". European Journal of Biochemistry 267 (2000): 6541-6551. http://dx.doi.org/10.1046/j.1432-1327.2000.01745.x.
    Publicado • 10.1046/j.1432-1327.2000.01745.x
  43. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da; Wilfred R. Hagen; Baltazar de Castro. "On the prosthetic groups of the NiFe sulfhydrogenase from Pyrococcus furiosus: topology, structure, and temperature-dependent redox chemistry.". Journal of Biological Inorganic Chemistry 4 (1999): 284-191. http://dx.doi.org/10.1007/s007750050314.
    Publicado • 10.1007/s007750050314
Livro
  1. Silva, Pedro J.; Carla Sousa e Silva; Catarina Lemos; Fernanda Leal; Inês Lopes Cardoso; Marta Oliveira; Carla Moutinho. Trabalhos Laboratoriais de Bioquímica. ISBN: 978-989-643-077-1. Porto: .. Porto: Edições UFP. 2011.
    Publicado
Manual
  1. Silva, Pedro J.; Inês Lopes Cardoso; Catarina Lemos; Fernanda Leal; Carla Moutinho; Carla Sousa e Silva; Marta Oliveira. Trabalhos Laboratoriais de Bioquímica. Portugal. 2011.
  2. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da. Physiological Chemistry. 2006.
  3. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da. Resolução comentada de exercícios de Química Analítica. 2005.
  4. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da. Química Fisiológica. 2005.
  5. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da. Animações sobre temas de bioquímica estrutural e metabólica. 2004.
  6. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da. A general overview of the major metabolic pathways. 2003.
  7. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da. Uma panorâmica geral das vias metabólicas. 2002.
  8. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da. Lições Introdutórias de Química Orgânica. 2001.
Pré-impressão
  1. Silva, Pedro. "Learning from failures: anatomy and post-mortem analysis of an unsuccessful search for inhibitors of SARS-CoV2 papain-like protease". 2025. https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2025-6245x.
    10.26434/chemrxiv-2025-6245x
  2. Sun, Xizhe; Ma, Lisong; Zeng, Fanli; Hong, Yiguo; Dixon, Ray; Rao, Zihe; Zhao, Guogang; et al. Autor correspondente: Silva, Pedro J.. "Structure-based analysis unveils co-origin of LPOR and nitrogenase-like proteins". 2025. https://doi.org/10.1101/2025.02.17.634645.
    10.1101/2025.02.17.634645
Resumo em conferência
  1. Silva, Pedro J.; Ramos, Maria João. "The reaction mechanism of the light-dependent step in the protochlorphyllide oxidoreductase reaction mechanism". Trabalho apresentado em 13th International Conference on Qunatum Chemistry, Helsínquia, 2009.
    Publicado
  2. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da; Ramos, Maria João. "On the role of arginine residues as general acids in two steps of the reaction mechanism of uroporphyrinogen decarboxylase". Trabalho apresentado em 8th European Conference on Bioinorganic Chemistry, Aveiro, 2006.
    Publicado
  3. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da; Ramos, Maria João. "A computational study of the reaction mechanism of coproporphyrinogen oxidase". Trabalho apresentado em Trends in Enzymology, Como, Itália, 2006.
    Publicado
  4. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da; Ramos, Maria João. "A QM/MM study of the reaction mechanism of uroporphyrinogen decarboxylase". Trabalho apresentado em Quantum Chemistry Applied: From H3 to biocatalysis, Estocolmo, 2005.
    Publicado
  5. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da; Ramos, Maria João. "Evaluation of mechanisms for the cofactor-free decarboxylation performed by uroporphyrinogen III decarboxylase". Trabalho apresentado em 7º Encontro Nacional de Química Física, Porto, 2005.
    Publicado
  6. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da; Ramos, Maria João. "Detecting structural homologs through hydrophobic cluster analysis". Trabalho apresentado em 3º Congresso Luso-Espanhol de Biofísica, Lisboa, 2004.
    Publicado
  7. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da; Ramos, Maria João. "Pyrrole protonation and decarboxylation by uroporphyrinogen III decarboxylase". Trabalho apresentado em 30º Congresso de Químicos Teóricos de Expressão Latina, Porto, 2004.
    Publicado
  8. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da; Ramos, Maria João; Fernandes, Pedro A.. "A density functional study of arachidonic acid cyclooxygenation by prostaglandin H synthase". Trabalho apresentado em “Modelling Chemical Reactivity : From Gas - Phase to solution and enzymes”, Nancy, 2003.
    Publicado
  9. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da; Wilfred R. Hagen. "The membrane-bound hydrogenase from Pyrococcus furiosus: isolation, kinetic characterization and redox properties". Trabalho apresentado em 6th International Conference on the Molecular Biology of Hydrogenases, Potsdam, 2000.
    Publicado
  10. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da; Maria João Amorim; Peter-Leon Hagedoorn; Hans Wassink; Huub Haaker; Wilfred R. Hagen. "Effects of temperature on the electron transfer between Pyrococcus furiosus hydrogenase and its redox partners.". Trabalho apresentado em 9th International Conference on Biological Inorganic Chemistry, Minneapolis, 1999.
    Publicado
  11. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da; Maria João Amorim; Peter-Leon Hagedoorn; Hans Wassink; Huub Haaker; Wilfred R. Hagen. "On the prosthetic groups of the NiFe sulfhydrogenase from Pyrococcus furiosus and its putative redox partners: topology, structure, and temperature-dependent redox chemistry.". Trabalho apresentado em COST ACTION 818 Workshop on Bacterial Hydrogenases: Structures and Mechanisms, Sintra, 1998.
    Publicado
  12. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da; Wilfred R. Hagen. "Multiple forms of EPR-detectable nickel in Pyrococcus furiosus sulfhydrogenase generated by temperature-change induced auto-redox cycling". Trabalho apresentado em 4th European Conference on Bioinorganic Chemistry, Sevilha, 1998.
    Publicado
Tese / Dissertação
  1. "Isolation and characterization of enzymes involved in the hydrogen metabolism from Pyrococcus furiosus". Doutoramento, 2001. https://purl.pt/6339 http://homepage.ufp.pt/pedros/science/phd.pdf.

Outros

Outra produção
  1. HCA Database. Software. 2008. Silva, Pedro Jorge Araújo Alves da. http://homepage.ufp.pt/pedros/HCA_db/index.htm.
  2. HCA_analyze. Software. 2008. Silva, Pedro J.. http://homepage.ufp.pt/pedros/HCA_db/downloads.htm.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2011 With or without light:Biological reduction of protochlorophylide by two unrelated enzymes 5th Symposium on Theoretical Biophysics
(Funchal, Portugal)
2011 Reactivity of cytochrome P450 towards 1,2-dihydro-1,2-azaborine 9th Triennial Conference of the World Association of Theoretical and Computational Chemists
World Association of Theoretical and Computational Chemists (Santiago de Compostela, Espanha)
2008 Computational studies of heme biosynthesis Biomolecular Simulation 2008: frontiers of biomolecular simulation
(Bristol, Reino Unido)
2000 One, two, three, many: Enzymes of hydrogen metabolism in Pyrococcus furiosus 6th International Conference on the Molecular Biology of Hydrogenases
(Potsdam, Alemanha)
2000 Novel Structure and Redox Chemistry of the Prosthetic Groups of the Iron-Sulfur Flavoprotein Sulfide Dehydrogenase from Pyrococcus furiosus Third International Congress on Extremophiles
(Hamburgo, Alemanha)
1999 Os grupos prostéticos da [NiFe]-sulfhidrogenase do Pyrococcus furiosus: topologia, estrutura e química redox dependente da temperatura 1º Encontro RequiMTe
(Portugal)
1998 Hyperthermophilic redox biochemistry revisited: Em(T) profiles of rubredoxin and ferredoxin from Pyrococcus furiosus. 4th European Conference on Bio-inorganic Chemistry
(Sevilha, Espanha)

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2015 - 2015 Pesquisa Computacional de Inibidores de Fatores de Virulência de Bacillus anthracis
Orientador
 Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas (Mestrado)
Universidade Fernando Pessoa, Portugal
2010 - 2010 Mecanismo de destoxificação do dimetilmercúrio
Orientador
 Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas (Mestrado)
Universidade Fernando Pessoa, Portugal

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação) 		Instituição / Organização
2007 - 2007 Jornada sobre a Humanização dos Cuidados de Saúde
Encontro (Coorganizador)
2006 - 2006 Jornada de Bioética
Encontro (Coorganizador)

Júri de grau académico

Tema
Tipo de participação 		Nome do candidato (Tipo de grau)
Instituição / Organização
2020/12/04 Identification of New Drugs Against Biofilm Formation and Development
Arguente principal
 Fábio António Gouveia Ferreira Martins (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2019/03/22 Fatty acid synthase – Catalytic mechanism
Arguente principal
 Fabiola Estefany Medina Narvaez (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2018/09/11 The origin of the catalytic power of enzymes
Arguente principal
 Ana Rita de Almeida Calixto (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Desporto, Portugal
2017 Integrating a new scoring function into molecular docking for the design of glucosidase inhibitors Diogo Santos Martins (Doutoramento)
Universidade do Porto, Portugal
2017 New therapeutic strategies to lower blood cholesterol levels through the inhibition of HMG-CoA reductase Diana Sofia Gesto da Silva (Doutoramento)
Universidade do Porto, Portugal
2017 Drug transport across cell membranes João Tiago Soares Coimbra (Doutoramento)
Universidade do Porto, Portugal
2016 Mechanistic diversity of PLP-dependent enzymes Eduardo Filipe Teixeira de Oliveira (Doutoramento)
Universidade do Porto, Portugal
2016 Metals’ data for biomolecular forcefield Rui Pedro Pimenta das Neves (Doutoramento)
Universidade do Porto, Portugal
2015 New computational methods to calculate drug-receptor binding free energie Sílvia Alexandra Pinto Martins (Doutoramento)
Universidade do Porto, Portugal
2014 Theoretical studies on oxidosqualene cyclase: a new target to control cholesterol biosynthesis Óscar Abílio Leal Ferreira Passos (Outro)
Universidade do Porto, Portugal
2014 Theoretical studies on oxidosqualene cyclase: a new target to control cholesterol biosynthesis João Tiago Soares Coimbra (Outro)
Universidade do Porto, Portugal
2014 Enzymatic studies of oxidosqualene cyclase and glutamine synthetase Cátia Daniela dos Santos Moreira (Outro)
Universidade do Porto, Portugal
2013 The Role of Non-coding DNA Structural Information in Phylogeny, Evolution and Disease João Miguel Sotto Maior Faria Carneiro (Doutoramento)
Universidade do Porto, Portugal
2013 Drug Design targeted at HIV-1 Integrase António José Meireles Ribeiro (Doutoramento)
Universidade do Porto, Portugal
2012 Fractalidade em moléculas informacionais Juan António Casas Tamames (Doutoramento)
Universidade do Porto, Portugal
2012 Metabolismo do etanol Joana Margarida Fernandes Vieira (Mestrado)
Universidade Fernando Pessoa, Portugal
2011 Glutathion transferase: Theoretical insights Daniel Fernando Andrade Ribeiro Dourado (Doutoramento)
Universidade do Porto, Portugal
2010 Estudo do Mecanismo da Enzima Ornitina Descarboxilase Eduardo Filipe Teixeira de Oliveira (Mestrado)
Universidade do Porto, Portugal
2010 Estudo Teórico de Pontes Dissulfureto em Proteínas José Rui Ferreira Marques (Doutoramento)
Universidade do Porto, Portugal
2010 Computer simulation studies of the interaction between carbon nanotubes and macromolecules Karol Strutyski (Outro)
Universidade do Porto, Portugal
2009 Computational studies on amyloid-beta binding alcohol dehydrogenase and geranylgeranyltransferase type-I enzymes Alexandra Tavares Marques (Doutoramento)
Universidade do Porto, Portugal
2009 Desenvolvimento de Novos Fármacos Anti-Colesterol - o caminho desbravado Ana Rute de Azevedo Pina Neves (Mestrado)
Universidade do Porto, Portugal
2008 Computational and modelling studies on metalloproteins: Cu,Zn superoxide dismutase and engineered cytochrome P450 monooxygenases Ricardo Flores Branco (Doutoramento)
Universidade do Porto, Portugal
2008 Novos agentes para tratamento de infecções por HIV-1 Sílvia Martins (Mestrado)
Universidade do Porto, Portugal

Arbitragem científica em revista

Nome da revista (ISSN) Editora
2015/09/10 - Atual PeerJ

Revisão ad hoc de artigos em revista

Nome da revista (ISSN) Editora
2021/10/01 - Atual Journal of Chemical Information and Modeling
2021/04/01 - Atual Chemical Papers
2021/02/14 - Atual Journal of Photochemistry and Photobiology
2020/12/01 - Atual Cell Biochemistry and Biophysics
2020/12/01 - Atual Journal of Molecular Graphics and Modeling
2020/12/01 - Atual PeerJ Inorganic Chemistry
2020/11/01 - Atual Antibiotics MDPI
2020/08/01 - Atual Biosystems Elsevier
2020/07/04 - Atual Biophysical Chemistry Elesevier
2020/07/01 - Atual Catalysts
2020/07/01 - Atual Chemistry - A European Journal
2020/06/03 - Atual Catalysis Communications
2019/11/01 - Atual Applied Sciences MDPI
2019/10 - Atual International Journal of Molecular Sciences
2019/07/01 - Atual PeerJ Physical Chemistry
2019/06/01 - Atual Medicinal Chemistry
2019/02/01 - Atual ACS Omega
2018/12/01 - Atual Journal of Molecular Modeling
2018/11/01 - Atual Oriental Journal of Chemistry
2018/10/01 - Atual Marine Drugs
2018/04/08 - Atual Biomolecules MDPI
2018/04/01 - Atual Theoretical Chemistry Accounts
2018/01/01 - Atual ACS Catalysis
2018/01/01 - Atual Letters in Drug Design
2017/12/14 - Atual PeerJ
2017/12/01 - Atual Medicinal Chemistry Research
2017/11/01 - Atual Molecules
2017/09/01 - Atual Scientific Reports
2017/07/01 - Atual Journal of Molecular Liquids
2017/06/01 - Atual Inorganic Chemistry
2017/01/01 - Atual Biochemistry
2016/05/01 - Atual RSC Advances
2016/03/21 - Atual Molecular Pharmaceuticals
2016/03/14 - Atual Molecular Pharmaceutics
2016/01/14 - Atual European Physical Journal D
2016/01/05 - Atual PLOS One
2015/09/01 - Atual New Journal of Chemistry
2013/08/10 - Atual Journal of Physical Chemistry
2013/01/01 - Atual BMC Bioinformatics
2012/05/16 - Atual Tetrahedron Letters
2009/09/01 - Atual Journal of Chemical Theory and Computation
2009/06/01 - Atual Journal of Organic Chemistry
2018/08/01 - 2020/12/31 Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
Distinções

Outra distinção

2018 Section Editor (Biochemistry, Biophysics and Molecular Biology)
PeerJ Inc, Estados Unidos