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My core research is focused on clarifying the events underlying the interaction between different proteins involved in electron transfer chains - particularly transient complexes, where the dissociation constant is in the micromolar range - using a suite of biophysics techniques where Nuclear Magnetic Resonance was the main choice. I was also involved in aiding the development of molecular docking software such as BiGGER/Chemera which, along with expertise and training in other docking programs (e.g. HADDOCK) lent me a deeper understanding of the underlying mechanisms guiding biomolecular interactions. I was awarded two FCT scholarships in my scientific career: PhD at NOVA School of Science and Technology, and post-doctoral at NOVA School of Science and Technology + University of Coimbra. I have authored/co-authored approximately 20 peer-reviewed publications and book chapters. I have also mentored an MSc student and a handful of undergraduate student projects.
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Rui Miguel Lourenço Rocha de Almeida

Nomes de citação

  • Almeida, Rui
  • Rui M. Almeida

Identificadores de autor

Ciência ID
7914-74C1-E1C0
ORCID iD
0000-0003-3517-349X
Researcher Id
C-6384-2013

Endereços de correio eletrónico

  • ralmeida@egasmoniz.edu.pt (Profissional)

Telefones

Telemóvel
  • 918430593 (Pessoal)

Domínios de atuação

  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Bioquímica
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biofísica
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Molecular

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2)
Francês Utilizador independente (B2) Utilizador independente (B2) Utilizador independente (B2) Utilizador independente (B2) Utilizador independente (B2)
Formação
Grau Classificação
2006/01/01 - 2010/11/29
Concluído
 Bioquímica (Doutoramento)
Especialização em Especialidade: Bioquímica Física
Universidade NOVA de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
"NMR Studies of Transient Protein Complexes" (TESE/DISSERTAÇÃO)
1998/10/01 - 2004/10/07
Concluído
 Bioquímica (Licenciatura)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
 17
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2011/06/01 - 2017/05/01 Pós-doutorado (Investigação) Universidade NOVA de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2003/09/15 - 2004/10/06 Estagiário de Investigação (Investigação) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal

Docência no Ensino Superior

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2022/02/07 - Atual Professor Auxiliar (Docente Universitário) Egas Moniz Cooperativa de Ensino Superior CRL, Portugal
2018/09/01 - 2021/08/31 Professor Adjunto Convidado (Docente Ensino Superior Politécnico) Instituto Politécnico de Lisboa Escola Superior de Tecnologia da Saúde de Lisboa, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2016/01/01 - 2017/12/31 Denitrification - How to deal with NO and N2O
PTDC/BBB-BQB/0129/2014
Investigador Pós-doutorado
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2013/01/01 - 2017/03/31 NMR Net - National Facility for Nuclear Magnetic Resonance: from Molecular Structure and Dynamics to Protein Function, Cell Physiology, and Metabolomics
RECI/BBB-BQB/0230/2012
Investigador Pós-doutorado
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2012/01/01 - 2015/12/31 The Last Steps of the Denitrification Pathway
PTDC/QUI-BIQ/116481/2010
Investigador Pós-doutorado
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído

Projeto

Designação Financiadores
2012/01/01 - 2014/12/31 As duas últimas etapas da desnitrificação
PTDC/QUI-BIQ/116481/2010
Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal

Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2010/01/01 - 2014/12/31 Redox-BioMaterials: Design of new redox biomaterials and their application in Biofuel cells for the production of electrical energy, feedstock chemicals and building blocks
PTDC/EBB-EBI/099237/2008
Bolseiro de Pós-Doutoramento
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Samhan-Arias, Alejandro K.; Almeida, Rui M.; Ramos, Susana; Cordas, Cristina M.; Moura, Isabel; Gutierrez-Merino, Carlos; Moura, José J.G.. "Topography of human cytochrome b5/cytochrome b5 reductase interacting domain and redox alterations upon complex formation". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics 1859 2 (2018): 78-87. http://dx.doi.org/10.1016/j.bbabio.2017.10.005.
    Publicado • 10.1016/j.bbabio.2017.10.005
  2. Ramos, Susana; Rui M. Almeida; Cordas, Cristina M.; Moura, José J.G.; Pauleta, Sofia R.; Moura, Isabel. Autor correspondente: Moura, Isabel. "Insights into the recognition and electron transfer steps in nitric oxide reductase from Marinobacter hydrocarbonoclasticus". Journal of Inorganic Biochemistry 177 (2017): 402-411. http://dx.doi.org/10.1016/j.jinorgbio.2017.09.001.
    Publicado • 10.1016/j.jinorgbio.2017.09.001
  3. Maiti, Biplab K.; Rui M. Almeida; Moura, Isabel; Moura, José J.G.. "Rubredoxins derivatives: Simple sulphur-rich coordination metal sites and its relevance for biology and chemistry". Coordination Chemistry Reviews 352 (2017): 379-397. http://dx.doi.org/10.1016/j.ccr.2017.10.001.
    10.1016/j.ccr.2017.10.001
  4. Biplab K. Maiti; Rui M. Almeida; Luisa B. Maia; Isabel Moura; José J. G. Moura. "Insights into the Molybdenum/Copper Heterometallic Cluster Assembly in the Orange Protein: Probing Intermolecular Interactions with an Artificial Metal-Binding ATCUN Tag". Inorganic Chemistry 56 15 (2017): 8900-8911. https://doi.org/10.1021/acs.inorgchem.7b00840.
    10.1021/acs.inorgchem.7b00840
  5. Humberto A. Pedroso; Célia M. Silveira; Rui M. Almeida; Ana Almeida; Stéphane Besson; Isabel Moura; José J.G. Moura; M. Gabriela Almeida. "Electron transfer and docking between cytochrome cd 1 nitrite reductase and different redox partners — A comparative study". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics 1857 9 (2016): 1412-1421. https://doi.org/10.1016/j.bbabio.2016.04.279.
    10.1016/j.bbabio.2016.04.279
  6. Almeida, M. Rui; Dell’Acqua, Simone; Krippahl, Ludwig; Moura, J. José; Pauleta, R. Sofia. "Predicting Protein-Protein Interactions Using BiGGER: Case Studies". Molecules 21 8 (2016):
    10.3390/molecules21081037
  7. Rui N. L. Carvalho; Rui M. Almeida; José J. G. Moura; Nuno T. Lourenço; Luís J. P. Fonseca; Cristina M. Cordas. "Sandwich-Type Enzymatic Fuel Cell Based on a New Electro-Conductive Material - Ion Jelly". ChemistrySelect 1 20 (2016): 6546-6552. http://dx.doi.org/10.1002/slct.201601640.
    10.1002/slct.201601640
  8. Pedroso, Humberto A.; Silveira, Célia M.; Almeida, Rui M.; Almeida, Ana; Besson, Stéphane; Moura, Isabel; Moura, José J G; Almeida, Maria Gabriela Machado de. "Electron transfer and docking between cytochrome cd1 nitrite reductase and different redox partners - A comparative study". (2016): https://doi.org/10.1016/j.bbabio.2016.04.279.
    https://doi.org/10.1016/j.bbabio.2016.04.279
  9. Fliedel, Christophe; Rosa, Vitor; Santos, Carla I. M.; Gonzalez, Pablo J.; Almeida, Rui M.; Gomes, Clara S. B.; Gomes, Pedro T.; et al. "Copper(ii) complexes of bis(aryl-imino)acenaphthene ligands: synthesis, structure, DFT studies and evaluation in reverse ATRP of styrene". Dalton Transactions 43 34 (2014): 13041-13054.
    10.1039/C4DT01069H
  10. Almeida, Rui M; Turano, Paola; Moura, Isabel; Moura, Jose J G; Pauleta, Sofia R. "Superoxide reductase: different interaction modes with its two redox partners.". Chembiochem : a European journal of chemical biology 14 14 (2013): 1858-66.
    10.1002/cbic.201300196
  11. Mathies, Guinevere; Almeida, Rui M.; Gast, Peter; Moura, Jose J. G.; Groenen, Edgar J. J.. "Multifrequency EPR Study of Fe3+ and Co2+ in the Active Site of Desulforedoxin". Journal of Physical Chemistry B 116 24 (2012): 7122-7128.
    10.1021/jp3025655
  12. Ramos, Susana; Almeida, Rui M.; Moura, Jose J. G.; Aureliano, Manuel. "Implications of oxidovanadium(IV) binding to actin". Journal of Inorganic Biochemistry 105 6 (2011): 777-783.
    10.1016/j.jinorgbio.2011.02.010
  13. Mathies, G.; Blok, H.; Disselhorst, J. A. J. M.; Gast, P.; van der Meer, H.; Miedema, D. M.; Almeida, R. M.; et al. "Continuous-wave EPR at 275 GHz: Application to high-spin Fe3+ systems". Journal of Magnetic Resonance 210 1 (2011): 126-132.
    10.1016/j.jmr.2011.03.009
  14. Almeida, Rui M.; Geraldes, Carlos F. G. C.; Pauleta, Sofia R.; Moura, Jose J. G.. "Gd(III) Chelates as NMR Probes of Protein-Protein Interactions. Case Study: Rubredoxin and Cytochrome c(3)". Inorganic Chemistry 50 21 (2011): 10600-10607.
    10.1021/ic200858c
  15. Ramos, Susana; Almeida, Rui M.; Moura, José J. G.; Aureliano, M.. "Implications of oxidovanadium(IV) binding to actin". (2011): http://hdl.handle.net/10400.1/1327.
  16. Almeida, Rui M.; Geraldes, Carlos F. G. C.; Pauleta, Sofia R.; Moura, José J. G.. "Gd(III) chelates as NMR probes of protein-protein interactions. Case study: rubredoxin and cytochrome c3". (2011): http://hdl.handle.net/10362/8610.
  17. Almeida, Rui M.; Pauleta, Sofia R.; Moura, Isabel; Moura, Jose J. G.. "Rubredoxin as a paramagnetic relaxation-inducing probe". Journal of Inorganic Biochemistry 103 9 (2009): 1245-1253.
    10.1016/j.jinorgbio.2009.07.006
  18. Gomes, Catarina; Palma, Angelina S.; Almeida, Rui; Regalla, Manuela; McCluskey, Leo F.; Trojanowski, John Q.; Costa, Julia. "Establishment of a cell model of ALS disease: Golgi apparatus disruption occurs independently from apoptosis". Biotechnology Letters 30 4 (2008): 603-610.
    10.1007/s10529-007-9595-z
  19. Pereira, Alice S.; Tavares, Pedro; Folgosa, Filipe; Almeida, Rui M.; Moura, Isabel; Moura, Jose J. G.. "Superoxide reductases". European Journal of Inorganic Chemistry 18 (2007): 2569-2581.
    10.1002/ejic.200700008
Capítulo de livro
  1. Rui M. Almeida; Dell’ Acqua, Simone; Moura, Isabel; Pauleta, Sofia R.; Moura, José J. G.. "CHAPTER 11. Electron Transfer and Molecular Recognition in Denitrification and Nitrate Dissimilatory Pathways". In Metalloenzymes in Denitrification, 252-286. Royal Society of Chemistry, 2016.
    Publicado • 10.1039/9781782623762-00252
Atividades

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2013/10/01 - 2014/11/02 Clonagem, sobre-expressão, purificação e caracterização bioquímica da proteína MreB de Marinobacter hydrocarbonoclasticus
Coorientador de Raquel Alexandra Rodrigues Amador
 Bioquímica (Mestrado)
Universidade NOVA de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal