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I hold a degree in Biochemistry (2004) from Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa (FCUL) and a PhD in Biochemistry (2010) from Nova School of Science and Technology - UNL. Since February 2022 I am an Assistant Professor at Egas Moniz School of Health and Science. Previously, I was an Adjunct Professor at Escola Superior de Saúde de Lisboa – IPL on a part-time basis between 2015 and 2021. My research activity over the past 20 years has been mainly developed in protein biochemistry and neurosciences, with special interest in the use of NMR, along with other spectroscopic techniques and in silico docking algorithms to characterize protein-protein and protein-small ligand interactions.. My research activity has been complemented with lecturing on Biochemistry and Human Physiology sourses. I am co-author of about 20 scientific papers and dozens of communications.
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Identification

Personal identification

Full name
Rui Miguel Lourenço Rocha de Almeida

Citation names

  • Almeida, Rui
  • Rui M. Almeida

Author identifiers

Ciência ID
7914-74C1-E1C0
ORCID iD
0000-0003-3517-349X
Researcher Id
C-6384-2013

Email addresses

  • ralmeida@egasmoniz.edu.pt (Professional)

Telephones

Mobile phone
  • 918430593 (Personal)

Knowledge fields

  • Natural sciences - Biological Sciences - Biochemistry
  • Natural sciences - Biological Sciences - Biophysics
  • Natural sciences - Biological Sciences - Molecular Biology

Languages

Language Speaking Reading Writing Listening Peer-review
Portuguese (Mother tongue)
English Proficiency (C2) Proficiency (C2) Proficiency (C2) Proficiency (C2) Proficiency (C2)
French Upper intermediate (B2) Upper intermediate (B2) Upper intermediate (B2) Upper intermediate (B2) Upper intermediate (B2)
Education
Degree Classification
2012/01/01 - 2017/03
Concluded
 N/A (Pós-doutoramento)
Major in Bioquímica
Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal

Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal
2006/01/01 - 2010/11/29
Concluded
 Bioquímica (Doutoramento)
Major in Especialidade: Bioquímica Física
Universidade NOVA de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
"NMR Studies of Transient Protein Complexes" (THESIS/DISSERTATION)
1998/10/01 - 2004/10/07
Concluded
 Bioquímica (Licenciatura)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
 17
Affiliation

Science

Category
Host institution 		Employer
2011/06/01 - 2017/05/01 Postdoc (Research) Universidade NOVA de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2003/09/15 - 2004/10/06 Research Trainee (Research) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal

Teaching in Higher Education

Category
Host institution 		Employer
2022/02/07 - Current Assistant Professor (University Teacher) Egas Moniz Cooperativa de Ensino Superior CRL, Portugal
2018/09/01 - 2021/08/31 Invited Adjunct Teacher (Polytechnic Teacher) Instituto Politécnico de Lisboa Escola Superior de Tecnologia da Saúde de Lisboa, Portugal
Projects

Grant

Designation Funders
2016/01/01 - 2017/12/31 Denitrification - How to deal with NO and N2O
PTDC/BBB-BQB/0129/2014
Post-doc
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2013/01/01 - 2017/03/31 NMR Net - National Facility for Nuclear Magnetic Resonance: from Molecular Structure and Dynamics to Protein Function, Cell Physiology, and Metabolomics
RECI/BBB-BQB/0230/2012
Post-doc
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2012/01/01 - 2015/12/31 The Last Steps of the Denitrification Pathway
PTDC/QUI-BIQ/116481/2010
Post-doc
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded

Contract

Designation Funders
2025/01/01 - Current NEUROCALM - Attenuation of Parkinson’s Disease molecular mechanisms by phytocannabinoids – a mechanistic NMR study.
N/A
Principal investigator
Instituto Universitário Egas Moniz Centro de Investigação Interdisciplinar Egas Moniz, Portugal
 Egas Moniz - Cooperativa de Ensino Superior Crl
Ongoing
2020/01/01 - 2024/12/31 Centro de Investigação Interdisciplinar Egas Moniz
UIDB/04585/2020
10.54499/UIDB/04585/2020
Researcher
Egas Moniz - Cooperativa de Ensino Superior Crl, Portugal

Instituto Universitário Egas Moniz Centro de Investigação Interdisciplinar Egas Moniz, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2016/05/01 - 2019/12/31 Desnitrificação - Como lidar com o NO e N2O
PTDC/BBB-BQB/0129/2014
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT, Portugal

Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2012/01/01 - 2014/12/31 As duas últimas etapas da desnitrificação
PTDC/QUI-BIQ/116481/2010
Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal

Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2010/01/01 - 2014/12/31 Redox-BioMaterials: Design of new redox biomaterials and their application in Biofuel cells for the production of electrical energy, feedstock chemicals and building blocks
PTDC/EBB-EBI/099237/2008
Post-doc Fellow
Concluded
Outputs

Publications

Book chapter
  1. Rui M. Almeida; Dell’ Acqua, Simone; Moura, Isabel; Pauleta, Sofia R.; Moura, José J. G.. "CHAPTER 11. Electron Transfer and Molecular Recognition in Denitrification and Nitrate Dissimilatory Pathways". In Metalloenzymes in Denitrification, 252-286. Royal Society of Chemistry, 2016.
    Published • 10.1039/9781782623762-00252
Conference abstract
  1. Joana R. P. Pereira; Barra, Bárbara F.C.; Daniela R. Ferreira; Oeri, Hans; Martins, Daniel; Rui M. Almeida; Oatley, Giles; et al. Corresponding author: Quintas, Alexandre. "The Role of Chromatography in Next Generation Drug Checking: A Case Study". Paper presented in 14º Encontro Nacional de Cromatografia – 14º ENC 2025, Funchal, Madeira, 2025.
    Submitted
  2. José J. G. Moura; Krippahl, L.; Pauleta, Sofia R.; Rui M. Almeida; Simone Dell'Acqua. "Molecular interactions/electron transfer protein complexes using Docking algorithms, spectroscopy (NMR) and site direct mutagenesis". Paper presented in FEBS J., 2009.
    Published
  3. Rui M. Almeida; Pauleta, Sofia R.; Isabel Moura; José J. G. Moura. "Rubredoxin as a paramagnetic shift-inducing probe.". Paper presented in J. Biol. Inorg. Chem., 2007.
    Published
Conference poster
  1. Joana R. P. Pereira; Marisa H. Maria ; Daniela R. Ferreira; Bárbara F.C. Barra; Zoé E. Vaz da Silva; Carlos Família; Rui M. Almeida; et al. Corresponding author: Neng, N.R.. "Project SENTINEL: Predictive Analysis and Monitoring of Emerging Opioids Derivatives - Nitazenes Analogues". Paper presented in II IMS Day, Salão Nobre, Instituto Superior Técnico, Lisboa, Portugal, 28/11, 2025.
  2. Maria, Marisa; Joana R. P. Pereira; Ferreira, Daniela; Barra, Bárbara F.C.; Alexandra M.M. Antunes; Familia, Carlos; M. Edite Torres; M.E. Torres; M.E. Oliveira Torres; E. Oliveira-Torres; et al. "SENTINEL – Tackling Dangerous Nitazene Opioids". Paper presented in VI Jornadas Científicas Universitárias e Politécnicas Egas Moniz (JEM), Egas Moniz School of Health & Sciences, Caparica, Portugal, 24-28/11, 2025.
Journal article
  1. Joana R. P. Pereira; Barra, Bárbara F.C.; Daniela R. Ferreira; Oeri, Hans; Martins, Daniel; Rui M. Almeida; Oatley, Giles; et al. Corresponding author: Quintas, Alexandre. "First Detection of 5-Cyano Isotodesnitazene in Street Drugs: A Collaborative Harm Reduction Approach to Novel Synthetic Opioids". Scientific Reports (2026):
    Submitted
  2. Samhan-Arias, Alejandro K.; Almeida, Rui M.; Ramos, Susana; Cordas, Cristina M.; Moura, Isabel; Gutierrez-Merino, Carlos; Moura, José J.G.. "Topography of human cytochrome b5/cytochrome b5 reductase interacting domain and redox alterations upon complex formation". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics 1859 2 (2018): 78-87. http://dx.doi.org/10.1016/j.bbabio.2017.10.005.
    Published • 10.1016/j.bbabio.2017.10.005
  3. Ramos, Susana; Rui M. Almeida; Cordas, Cristina M.; Moura, José J.G.; Pauleta, Sofia R.; Moura, Isabel. Corresponding author: Moura, Isabel. "Insights into the recognition and electron transfer steps in nitric oxide reductase from Marinobacter hydrocarbonoclasticus". Journal of Inorganic Biochemistry 177 (2017): 402-411. http://dx.doi.org/10.1016/j.jinorgbio.2017.09.001.
    Published • 10.1016/j.jinorgbio.2017.09.001
  4. Maiti, Biplab K.; Rui M. Almeida; Moura, Isabel; Moura, José J.G.. "Rubredoxins derivatives: Simple sulphur-rich coordination metal sites and its relevance for biology and chemistry". Coordination Chemistry Reviews 352 (2017): 379-397. http://dx.doi.org/10.1016/j.ccr.2017.10.001.
    10.1016/j.ccr.2017.10.001
  5. Biplab K. Maiti; Rui M. Almeida; Luisa B. Maia; Isabel Moura; José J. G. Moura. "Insights into the Molybdenum/Copper Heterometallic Cluster Assembly in the Orange Protein: Probing Intermolecular Interactions with an Artificial Metal-Binding ATCUN Tag". Inorganic Chemistry 56 15 (2017): 8900-8911. https://doi.org/10.1021/acs.inorgchem.7b00840.
    10.1021/acs.inorgchem.7b00840
  6. Humberto A. Pedroso; Célia M. Silveira; Rui M. Almeida; Ana Almeida; Stéphane Besson; Isabel Moura; José J.G. Moura; M. Gabriela Almeida. "Electron transfer and docking between cytochrome cd 1 nitrite reductase and different redox partners — A comparative study". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics 1857 9 (2016): 1412-1421. https://doi.org/10.1016/j.bbabio.2016.04.279.
    10.1016/j.bbabio.2016.04.279
  7. Almeida, M. Rui; Dell’Acqua, Simone; Krippahl, Ludwig; Moura, J. José; Pauleta, R. Sofia. "Predicting Protein-Protein Interactions Using BiGGER: Case Studies". Molecules 21 8 (2016):
    10.3390/molecules21081037
  8. Rui N. L. Carvalho; Rui M. Almeida; José J. G. Moura; Nuno T. Lourenço; Luís J. P. Fonseca; Cristina M. Cordas. "Sandwich-Type Enzymatic Fuel Cell Based on a New Electro-Conductive Material - Ion Jelly". ChemistrySelect 1 20 (2016): 6546-6552. http://dx.doi.org/10.1002/slct.201601640.
    10.1002/slct.201601640
  9. Pedroso, Humberto A.; Silveira, Célia M.; Almeida, Rui M.; Almeida, Ana; Besson, Stéphane; Moura, Isabel; Moura, José J G; Almeida, Maria Gabriela Machado de. "Electron transfer and docking between cytochrome cd1 nitrite reductase and different redox partners - A comparative study". (2016): https://doi.org/10.1016/j.bbabio.2016.04.279.
    https://doi.org/10.1016/j.bbabio.2016.04.279
  10. Fliedel, Christophe; Rosa, Vitor; Santos, Carla I. M.; Gonzalez, Pablo J.; Almeida, Rui M.; Gomes, Clara S. B.; Gomes, Pedro T.; et al. "Copper(ii) complexes of bis(aryl-imino)acenaphthene ligands: synthesis, structure, DFT studies and evaluation in reverse ATRP of styrene". Dalton Transactions 43 34 (2014): 13041-13054.
    10.1039/C4DT01069H
  11. Almeida, Rui M; Turano, Paola; Moura, Isabel; Moura, Jose J G; Pauleta, Sofia R. "Superoxide reductase: different interaction modes with its two redox partners.". Chembiochem : a European journal of chemical biology 14 14 (2013): 1858-66.
    10.1002/cbic.201300196
  12. Mathies, Guinevere; Almeida, Rui M.; Gast, Peter; Moura, Jose J. G.; Groenen, Edgar J. J.. "Multifrequency EPR Study of Fe3+ and Co2+ in the Active Site of Desulforedoxin". Journal of Physical Chemistry B 116 24 (2012): 7122-7128.
    10.1021/jp3025655
  13. Ramos, Susana; Almeida, Rui M.; Moura, Jose J. G.; Aureliano, Manuel. "Implications of oxidovanadium(IV) binding to actin". Journal of Inorganic Biochemistry 105 6 (2011): 777-783.
    10.1016/j.jinorgbio.2011.02.010
  14. Mathies, G.; Blok, H.; Disselhorst, J. A. J. M.; Gast, P.; van der Meer, H.; Miedema, D. M.; Almeida, R. M.; et al. "Continuous-wave EPR at 275 GHz: Application to high-spin Fe3+ systems". Journal of Magnetic Resonance 210 1 (2011): 126-132.
    10.1016/j.jmr.2011.03.009
  15. Almeida, Rui M.; Geraldes, Carlos F. G. C.; Pauleta, Sofia R.; Moura, Jose J. G.. "Gd(III) Chelates as NMR Probes of Protein-Protein Interactions. Case Study: Rubredoxin and Cytochrome c(3)". Inorganic Chemistry 50 21 (2011): 10600-10607.
    10.1021/ic200858c
  16. Ramos, Susana; Almeida, Rui M.; Moura, José J. G.; Aureliano, M.. "Implications of oxidovanadium(IV) binding to actin". (2011): http://hdl.handle.net/10400.1/1327.
  17. Almeida, Rui M.; Geraldes, Carlos F. G. C.; Pauleta, Sofia R.; Moura, José J. G.. "Gd(III) chelates as NMR probes of protein-protein interactions. Case study: rubredoxin and cytochrome c3". (2011): http://hdl.handle.net/10362/8610.
  18. Almeida, Rui M.; Pauleta, Sofia R.; Moura, Isabel; Moura, Jose J. G.. "Rubredoxin as a paramagnetic relaxation-inducing probe". Journal of Inorganic Biochemistry 103 9 (2009): 1245-1253.
    10.1016/j.jinorgbio.2009.07.006
  19. Gomes, Catarina; Palma, Angelina S.; Almeida, Rui; Regalla, Manuela; McCluskey, Leo F.; Trojanowski, John Q.; Costa, Julia. "Establishment of a cell model of ALS disease: Golgi apparatus disruption occurs independently from apoptosis". Biotechnology Letters 30 4 (2008): 603-610.
    10.1007/s10529-007-9595-z
  20. Pereira, Alice S.; Tavares, Pedro; Folgosa, Filipe; Almeida, Rui M.; Moura, Isabel; Moura, Jose J. G.. "Superoxide reductases". European Journal of Inorganic Chemistry 18 (2007): 2569-2581.
    10.1002/ejic.200700008
Activities

Supervision

Thesis Title
Role 		Degree Subject (Type)
Institution / Organization
2024/12/01 - 2025/10/27 Explorando os mecanismos fisiopatológicos e o papel das novas terapias baseadas em agonistas GLP-1 na gestão farmacêutica
Supervisor
 Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas (Master)
Instituto Universitário Egas Moniz Centro de Investigação Interdisciplinar Egas Moniz, Portugal
2024/12/01 - 2025/07/22 Psoríase : Fisiopatologia, Tratamentos e Abordagem Multidisciplinar
Supervisor
 Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas (Master)
Instituto Universitário Egas Moniz Centro de Investigação Interdisciplinar Egas Moniz, Portugal
2025/05/01 - 2025/07/09 EXPRESSÃO E PURIFICAÇÃO DA ALFA-SINUCLEÍNA, E ESTUDO DOS EFEITOS DO ÁCIDO TETRAHIDROCANABINÓLICO NA ESTRUTURA DA ALBUMINA SÉRICA BOVINA
Supervisor
 Licenciatura em Ciências Forenses e Criminais (Degree)
Instituto Universitário Egas Moniz Centro de Investigação Interdisciplinar Egas Moniz, Portugal
2023/10/01 - 2024/12/11 Disfunções da tiroide e o seu impacto em pacientes com Diabetes Mellitus
Supervisor of Filipa Santos Lopes
 Mestrado em Análises Clínicas (Master)
Instituto Universitário Egas Moniz Centro de Investigação Interdisciplinar Egas Moniz, Portugal
2013/10/01 - 2014/11/02 Clonagem, sobre-expressão, purificação e caracterização bioquímica da proteína MreB de Marinobacter hydrocarbonoclasticus
Co-supervisor of Raquel Alexandra Rodrigues Amador
 Bioquímica (Master)
Universidade NOVA de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal

Jury of academic degree

Topic
Role 		Candidate name (Type of degree)
Institution / Organization
2025/12/12 Análise de amostras da Kosmicare por técnicas cromatográficas e espetroscopia de ressonância magnética nuclear
President of the jury
 Bárbara Filipa Coelho Barra (Master)
Egas Moniz - Cooperativa de Ensino Superior Crl, Portugal
2025/12/12 Caracterização e controlo de qualidade da fração volátil dos óleos essenciais resinosos de Terebintina
President of the jury
 Débora Sofia Damas Pombo (Master)
Egas Moniz - Cooperativa de Ensino Superior Crl, Portugal
2025/12/12 Análise comparativa dos teores de tetrahidrocanabinol e canabidiol em cannabis sativa l. Recolhida em festivais de música em Portugal
President of the jury
 Carlota Joaquina Brás Rodriguez (Master)
Egas Moniz - Cooperativa de Ensino Superior Crl, Portugal
2025/12/12 O efeito do THC na agregação da alfa-sinucleina e o seu uso como substância medicamentosa no tratamento da Doença de Parkinson
Supervisor
 Ilda Viviana da Silva Neves (Master)
Egas Moniz - Cooperativa de Ensino Superior Crl, Portugal
2025/10/28 Microdosagem de compostos psicadélicos: impactos farmacológicos, neuropsicológicos e potencial terapêutico
(Thesis) Main arguer
 Killian Erwan Andrewski (Master)
Instituto Universitário Egas Moniz Centro de Investigação Interdisciplinar Egas Moniz, Portugal