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Ricardo Bruno da Costa Oliveira. Graduated in Biochemistry from the Faculty of Sciences of the University of Porto (FCUP) and the Abel Salazar Institute of Biomedical Sciences (ICBAS) since 2015. His final internship was carried out at Science for Life Laboratory (SciLifeLab) / Stockholm University, Sweden, under the Erasmus + program . He received the Prize Prof. Dr. Fernando Serrão from the Faculty of Sciences of the University of Porto (FCUP, 2015) for his distinction in the area of Organic Chemistry. After that, he completed his Master's in Biotechnology at the University of Minho, School of Engineering, in 2017. Microbiology and diagnostic methodologies have always been his main scientific interest. After graduation, he was a research fellow in the Coded-FISH project at the Centre of Biological Engineering (CEB/UM) - PTDC/DTP-PIC/4562/2014), having dedicated to the genotypic characterization of multiresistant bacteria in clinical isolates. Since 2018, he is a PhD student in Chemical and Biological Engineering at the Faculty of Engineering of the University of Porto (FEUP) in collaboration with INIAV, IP, dedicating himself to the selection of aptamers for staphylococcal enterotoxins using nucleic acid mimics (NAMs) - FCT scholarship, ref. SFRH/BD/138883/2018.
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Ricardo Bruno da Costa Oliveira

Nomes de citação

  • Oliveira, Ricardo

Identificadores de autor

Ciência ID
441A-683A-40E8
ORCID iD
0000-0001-9175-4278

Endereços de correio eletrónico

  • up201200365@fe.up.pt (Profissional)
  • ricardo.oliveira@iniav.pt (Profissional)

Domínios de atuação

  • Ciências Agrárias - Biotecnologia Agrária e Alimentar - Diagnóstico
  • Ciências da Engenharia e Tecnologias - Outras Ciências da Engenharia e Tecnologias - Engenharia e Tecnologia Alimentar
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Microbiologia
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Métodos de Investigação Bioquímica
  • Ciências Médicas e da Saúde - Biotecnologia Médica - Biotecnologia Aplicada à Saúde

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Inglês Utilizador independente (B1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador independente (B1)
Formação
Grau Classificação
2018 - 2022
Em curso
 Chemical and Biological Engineering (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
"Application of nucleic acid mimics (NAM) in the selection of aptamers against staphylococcal enterotoxins" (TESE/DISSERTAÇÃO)
2017
Concluído
 Biotechnology (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
"Design and validation of an alternative molecular method using peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA FISH) for the detection of Campylobacter spp. in food samples" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 19
2015
Concluído
 Biochemistry (Licenciatura)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
"Identification of multi-drug resistant Mycobacterium tuberculosis by padlock probes and lateral flow nucleic acid biosensors" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 17 (ECTS Grading scale: Class A - Top Student)
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2019/05 - 2019/07 Investigador visitante (Investigação) University of Maryland at College Park Cell Biology and Molecular Genetics, Estados Unidos
2018/02 - 2018/09 Investigador (Investigação) Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2016/09 - 2017/11 Estagiário de Investigação (Investigação) Biomode SA, Portugal
2015/02 - 2015/07 Estagiário de Investigação (Investigação) Stockholms Universitet, Suécia
SciLifeLab, Suécia
2013/11 - 2014/06 Estagiário de Investigação (Investigação) REQUIMTE LAQV Porto, Portugal
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2018/10 - Atual PhD student - SFRH/BD/138883/2018 Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
(...)
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2018/10 - 2022/10 Locked nucleic acid (LNA) aptamers for the detection of Staphylococcal Enterotoxins
SFRH/BD/138883/2018
Bolseiro de Doutoramento
Fundação para a Ciência e a Tecnologia

Projeto

Designação Financiadores
2018/10 - Atual NAM4toxins - De novo selection of toxin-specific aptamers using nucleic acid mimics
POCI-01-0145-FEDER- 028659
Bolseiro de Doutoramento
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal

Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2020/05 - 2020/12 NAM4Covid19 - Nucleic acid mimic lateral flow assay (NAM-LFA) for the detection of Covid19
19128_596771122
Bolseiro de Investigação
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal

Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2018/02 - 2018/09 Coded-FISH: Development of a novel colour-coded RING FISH method: an innovative tool for the detection of antibiotic resistant clinical pathogens
PTDC/DTP-PIC/4562/2014
Bolseiro de Mestrado
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal

Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Almeida, Gonçalo; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Prevalence and diversity of Staphylococcus aureus and staphylococcal enterotoxins in raw milk from northern Portugal". Frontiers in Microbiology (2022): https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2022.846653/abstract.
    Acesso aberto • No prelo • 10.3389/fmicb.2022.846653
  2. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe (BE1B-918B-A853); Almeida, Carina. "Modelling aptamers with nucleic acid mimics (NAM): from sequence to three-dimensional docking". PLoS ONE (2022):
    Acesso aberto • No prelo • 10.1371/journal.pone.0264701
  3. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Sousa, Ana Luísa; DeStefano, Jeffrey J.; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Improving aptamer performance with nucleic acid mimics: de novo and post-SELEX approaches". Trends in Biotechnology (2021): http://dx.doi.org/10.1016/j.tibtech.2021.09.011.
    10.1016/j.tibtech.2021.09.011
  4. Fernandes, Ricardo M; Silva, Hélder; Oliveira, Ricardo; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno Filipe; Vieira, Maria J. "Morphological transition of Helicobacter pyloriadapted to water". Future Microbiology 12 13 (2017): 1167-1179. http://dx.doi.org/10.2217/fmb-2016-0174.
    10.2217/fmb-2016-0174
Capítulo de livro
  1. Oliveira, Ricardo; Azevedo, Andreia S.; Mendes, Luzia. "Application of Nucleic Acid Mimics in Fluorescence In Situ Hybridization". In Fluorescence In-Situ Hybridization (FISH) for Microbial Cells, 69-86. Springer US, 2021.
    Publicado • 10.1007/978-1-0716-1115-9_5
  2. Oliveira, Ricardo; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno Filipe. "Detection of Microorganisms by Fluorescence In Situ Hybridization Using Peptide Nucleic Acid". In Methods in Molecular Biology, 217-230. Springer US, 2020.
    10.1007/978-1-0716-0243-0_13
Poster em conferência
  1. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; DeStefano, Jeffrey; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Aptamers For Detection of Staphylococcal Enterotoxins in Food Samples". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2021.
  2. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Almeida, Gonçalo; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Prevalence of Staphylococcus aureus and staphylococcal enterotoxins in raw milk from Northern Portugal". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2021.
  3. Ana Rita Barata; Oliveira, Ricardo; Bárbara Nunes; Guedes, Hugo; Almeida, Carina; Saavedra, Maria José ; Silva, Gabriela; Almeida, Gonçalo. "Raw milk as a source of food zoonotic pathogens". Trabalho apresentado em Dare2Change, 2021.
  4. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "In silico prediction of the functional 3D conformation of NAM aptamers". Trabalho apresentado em 1st Symposium on Oligonucleotide Technologies and Therapeutics, 2021.
  5. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Prediction of single-stranded nucleic acids structure: from the sequence to the three-dimensional docking of aptamers". Trabalho apresentado em World Microbe Forum 2021, 2021.
  6. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "De novo SELEX of toxin specific aptamers using nucleic acid mimics (NAMs)". Trabalho apresentado em Encontro Ciência 2020, 2020.
  7. Oliveira, Ricardo; Sousa, Ana Luísa; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Prediction and design of aptamer structures and their interaction with a target molecule". Trabalho apresentado em Microbiotec 19 - Congress of Microbiology and Biotechnology 19, Coimbra, Portugal, 2019.
  8. Oliveira, Ricardo; Ferreira-Bravo, Irani A; Sousa, Ana Luísa; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe; DeStefano, Jeffrey; Almeida, Carina. "Application of nucleic acid mimics (NAMs) in the selection of aptamers against staphylococcal enterotoxins". Trabalho apresentado em 1º Simpósio INIAV para a Segurança Alimentar - Rumo à Alimentação do Futuro, Vila do Conde, Portugal, 2019.
  9. Oliveira, Ricardo; Azevedo, Andreia S; Fernandes, Ricardo; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Identification of genes associated with beta lactam resistance in clinical isolates of Gram negative bacteria". Trabalho apresentado em FEMS 2019 - 8th Congress of European Microbiologists, Glasgow, Scotland, 2019.
  10. Oliveira, Ricardo; Sousa, Ana Luísa; Pinho, Eva; Almeida, Gonçalo; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "De novo selection of toxin-specific aptamers using nucleic acid mimics". Trabalho apresentado em Doctoral Congress in Engineering 2019 - FEUP, Porto, Portugal, 2019.
  11. Oliveira, Ricardo; Rocha, Rui; Sousa, Mário; Cerqueira, Laura; Azevedo, Nuno Filipe (BE1B-918B-A853); Almeida, Carina. "Rapid identification of Campylobacter spp. using peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA-FISH) in food samples". Trabalho apresentado em V AEICBAS Biomedical Congress - Abel Salazar Biomedical Sciences Institute (ICBAS), Porto, Portugal, 2017.
Tese / Dissertação
  1. Oliveira, Ricardo. "Design and validation of an alternative molecular method using peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA FISH) for the detection of Campylobacter spp. in food samples". Mestrado, Universidade do Minho Departamento de Engenharia Biológica, 2017.
  2. Oliveira, Ricardo. "Identification of multi-drug resistant Mycobacterium tuberculosis by padlock probes and lateral flow nucleic acid biosensors". Licenciatura, Universidade do Porto, 2015.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2022/01/20 Staphylococcal enterotoxins and mycotoxins in raw milk: a combined risk? SciMonday
National Institute for Agricultural and Veterinary Research (INIAV) (Vairão, Portugal)
2021/11/25 Surveillance study of Staphylococcus aureus in raw milk from Northern Portugal: Enterotoxins and resistance genetic profiles. Microbiotec'21
NOVA University of Lisbon (Lisboa, Portugal)
2021/06/28 In silico prediction of three-dimensional structure and docking of aptamers containing nucleic acid mimics (NAMs) 4th Doctoral Congress in Engineering
Faculty of Engineering, University of Porto (Porto, Portugal)
2019/12 Application of nucleic acid mimics in the selection of aptamers against staphylococcal enterotoxins Microbiotec'19 - Congress of Microbiology and Biotechnology 2019
Faculdade de Ciências da Universidade de Coimbra (Coimbra, Portugal)

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento 		Nome do evento
Instituição / Organização
2019/03/21 - Atual Design and Synthesis of Nucleic Acids Mimics
Oficina (workshop)
Syddansk Universitet, Dinamarca
2020/08/27 - 2020/08/28 Key topics include antimicrobial drugs, drug delivery vectors, bio-barriers to these drugs and vectors, characterization assays needed and the future of the field.
Oficina (workshop)
 DelNAM’s Workshop 3 - “Drug Delivery meets Bacteria"
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2019/05 - 2019/06 Radiation Protection Training for Use of Radiation-Producing Materials
Oficina (workshop)
University of Maryland at College Park, Estados Unidos
2018/11/21 - 2018/11/23 XXIV Encontro Luso-Galego de Química
Encontro
 XXIV Encontro Luso-Galego de Química
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Membro de associação

Nome da associação Tipo de participação
2019 - Atual Portuguese Society of Microbiology Member

Tutoria

Tópico Nome do aluno
2021/09/06 - 2021/09/24 Characterization of resistance/virulence genes by PCR of Staphylococcus aureus isolates obtained from raw milk samples. Ana Campos
2021/01 - 2021/07 Aptamers for Staphylococcal enterotoxin A: effects on incorporating nucleic acid mimics Roberto Miguel Pais Pinto
Distinções

Prémio

2021 Best Presentation Award - 1st place
Universidade do Porto Laboratorio de Engenharia de Processos Ambiente Biotecnologia e Energia, Portugal

Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2017 2nd Best Scientific Poster Award - V AEICBAS Biomedical Congress
Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal
2015 Prize Prof. Doutor Fernando Serrão - FCUP
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Outra distinção

2018 FCT PhD grant, Ref. SFRH/BD/138883/2018
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal