Identificação pessoal

Nome completo

Urszula Maria Orzel

Nomes de citação

• Orzel, Urszula

Identificadores de autor

Ciência ID

0F1B-735A-7287

ORCID iD

0000-0002-4002-7764

Domínios de atuação

• Ciências Exatas - Física - Física Molecular
• Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática
• Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Bioquímica
• Ciências Exatas - Química
• Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Molecular

Idiomas

Idioma	Conversação	Leitura	Escrita	Compreensão	Peer-review
Inglês	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)
Polaco (Idioma materno)

	Grau	Classificação
2022/10/01 - 2026/12/01 Em curso	PhD in Biosciences (Doutoramento) Especialização em Biochemistry Universidade de Coimbra, Portugal
2016/10/01 - 2021/12/31 Concluído	Applications of Physics in Biology and Medicine (Master) Especialização em Molecular Design and Bioinformatics Uniwersytet Warszawski Wydzial Fizyki, Polónia " Structure prediction of GPCR-peptide complexes using multiscale simulations " (TESE/DISSERTAÇÃO)	Physical Sciences
2013/10/01 - 2016/09/26 Concluído	Applications of Physics in Biology and Medicine (Bachelor) Especialização em Molecular Design and Bioinformatics Uniwersytet Warszawski Wydzial Fizyki, Polónia " Characterisation of selected signal and metabolic pathways in synaptic plasticity " (TESE/DISSERTAÇÃO)	Physical Sciences

Ciência

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2022/03/01 - 2022/08/31	Estagiário de Investigação (Investigação)	Universidade de Coimbra, Portugal
	Center for Neuroscience and Cell Biology, Portugal
2017/07/01 - 2022/02/28	Estagiário de Investigação (Investigação)	Uniwersytet Warszawski Wydzial Chemii, Polónia
	Uniwersytet Warszawski Wydzial Chemii, Polónia
2021/01/01 - 2021/12/31	Estagiário de Investigação (Investigação)	Polska Akademia Nauk, Polónia
	Mossakowski Medical Research Institute, Polish Academy of Sciences, Polónia
2015/07/01 - 2015/07/28	Estagiário de Investigação (Investigação)	Polska Akademia Nauk, Polónia
	Instytut Biologii Doswiadczalnej im Marcelego Nenckiego Polskiej Akademii Nauk, Polónia

Outros

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2022/10/01 - Atual	PhD candidate	Universidade de Coimbra, Portugal
	Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal (...)

Bolsa

	Designação	Financiadores
2022/12/01 - Atual	The structural insight into the ACE2 receptor and its role in the SARS-CoV-2 infection 2022.15349.BD Bolseiro de Doutoramento Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2017/09/01 - 2021/07/01	Investigation of proteolysis and selective ligand binding to gamma-secretase complex 2016/23/B/NZ2/03247 Investigador	Narodowe Centrum Nauki Concluído

Publicações

Artigo em revista	Jinal M. Thakor; Unnati V. Panchal; Dhaval Patel; Slawomir Filipek; Urszula Orzel; Ramasamy Paulmurugan; Katja Hanack; et al. "Cross-variant immune shield: computational multiepitope vaccine design against B.617.2 to Omicron sub-lineages in SARS-CoV-2". Journal of Biomolecular Structure and Dynamics (2026): https://doi.org/10.1080/07391102.2025.2487196. 10.1080/07391102.2025.2487196 Hanack, K.; Orzel, U.; Schlör, A.; Mehta, S.; Krishnan, A.; Filipek, S.; Patel, R.; et al. "Structural Characterization and AI-Enhanced Modeling of a Broadly Neutralizing Camelid Antibody Against SARS-CoV-2 Variants". Advanced Therapeutics 9 1 (2026): https://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-105019181471&partnerID=MN8TOARS. 10.1002/adtp.202500244 Orzel, U.; Barreto, C.A.V.; Filipek, S.; Moreira, I.S.. "GPCR oligomerization across classes: A2AR-mediated regulation of mGlu5R activation". International Journal of Biological Macromolecules 299 (2025): https://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85215540790&partnerID=MN8TOARS. 10.1016/j.ijbiomac.2025.139880 Aranda-García, D.; Stepniewski, T.M.; Torrens-Fontanals, M.; García-Recio, A.; Lopez-Balastegui, M.; Medel-Lacruz, B.; Morales-Pastor, A.; et al. "Large scale investigation of GPCR molecular dynamics data uncovers allosteric sites and lateral gateways". Nature Communications 16 1 (2025): https://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85219637527&partnerID=MN8TOARS. 10.1038/s41467-025-57034-y Amorim, A.M.B.; Orzel, U.; Caniceiro, A.B.; Rosário-Ferreira, N.; Moreira, I.S.. "Artificial intelligence in rare diseases: toward clinical impact". Trends in Pharmacological Sciences 46 12 (2025): 1241-1268. https://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-105022938856&partnerID=MN8TOARS. 10.1016/j.tips.2025.10.010 Jakub Jakowiecki; Urszula Orzel; Przemyslaw Miszta; Krzysztof Mlynarczyk; Slawomir Filipek. "Conformational Changes and Unfolding of ß-Amyloid Substrates in the Active Site of ¿-Secretase". International Journal of Molecular Sciences (2024): https://doi.org/10.3390/ijms25052564. 10.3390/ijms25052564 Urszula Orzel; Pawel Pasznik; Przemyslaw Miszta; Marcin Lorkowski; Szymon Niewieczerzal; Jakub Jakowiecki; Slawomir Filipek. "GS-SMD server for steered molecular dynamics of peptide substrates in the active site of the ¿-secretase complex". Nucleic Acids Research (2023): http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkad409. 10.1093/nar/gkad409 Szot-Karpinska, K.; Kudla, P.; Orzel, U.; Narajczyk, M.; Jönsson-Niedziólka, M.; Palys, B.; Filipek, S.; Ebner, A.; Niedziólka-Jönsson, J.. "Investigation of Peptides for Molecular Recognition of C-Reactive Protein-Theoretical and Experimental Studies". Analytical Chemistry 95 38 (2023): 14475-14483. https://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85172010683&partnerID=MN8TOARS. 10.1021/acs.analchem.3c03127 "The Role of Cholesterol in Amyloidogenic Substrate Binding to the Gamma-Secretase Complex". Biomolecules 11 7 (2021): 935. https://www.mdpi.com/2218-273X/11/7/935. Acesso aberto • Publicado • 10.3390/biom11070935 "Allosteric Modulation of the CB1 Cannabinoid Receptor by Cannabidiol—A Molecular Modeling Study of the N-Terminal Domain and the Allosteric-Orthosteric Coupling". Molecules 26 9 (2021): https://www.mdpi.com/1420-3049/26/9/2456. Acesso aberto • Publicado • 10.3390/molecules26092456 "The Hydrophobic Ligands Entry and Exit from the GPCR Binding Site-SMD and SuMD Simulations". 25 8 (2020): 1930. https://www.mdpi.com/1420-3049/25/8/1930. Acesso aberto • Publicado • 10.3390/molecules25081930
Capítulo de livro	Caniceiro, A.B.; Orzel, U.; Rosário-Ferreira, N.; Filipek, S.; Moreira, I.S.. "Leveraging Artificial Intelligence in GPCR Activation Studies: Computational Prediction Methods as Key Drivers of Knowledge". 183-220. 2025. 10.1007/978-1-0716-4213-9_10 Jakowiecki, J.; Orzel, U.; Glizdzinska, A.; Mozajew, M.; Filipek, S.. "Specificities of Protein Homology Modeling for Allosteric Drug Design". 339-348. 2023. 10.1007/978-1-0716-2974-1_19 "Modeling of Membrane Proteins". 371-451. Suiça: Springer, Cham, 2018. Publicado
Poster em conferência	"The ligand binding to the gamma-secretase complex". Trabalho apresentado em European Chemistry Conference, 2018.