Francisco Jorge Dias Oliveira Fernandes (FC13-981E-E38C)

Curriculum Vitae

Francisco Jorge Dias Oliveira Fernandes

Francisco Jorge Dias Oliveira Fernandes. Concluiu o(a) Mestrado integrado em Matemática Aplicada e Computação em 2007 pelo(a) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico e Doutoramento em Engenharia Informática e de Computadores em 2013 pelo(a) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico. É Investigador Contratado no(a) Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa. Publicou 7 artigos em revistas especializadas. Coorientou 1 dissertação(ões) de mestrado. Recebeu 3 prémio(s) e/ou homenagens. Participa e/ou participou como Bolseiro de Doutoramento em 1 projeto(s), Bolseiro de Mestrado em 1 projeto(s), Bolseiro de Pós-Doutoramento em 1 projeto(s) e Investigador em 2 projeto(s). Atua na(s) área(s) de Ciências Exatas com ênfase em Ciências da Computação e da Informação com ênfase em Bioinformática. No seu currículo Ciência Vitae os termos mais frequentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artístico-cultural são: Computer Science and Engineering - Computer Engineering; Computer Engineering; .

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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo: Francisco Jorge Dias Oliveira Fernandes

Nomes de citação

Fernandes, Francisco

Identificadores de autor

Ciência ID: FC13-981E-E38C
ORCID iD: 0000-0003-2546-2669

Domínios de atuação

Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática

Idiomas

Idioma	Conversação	Leitura	Escrita	Compreensão	Peer-review
Português	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)
Inglês	Utilizador independente (B1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador independente (B1)

Formação

	Grau	Classificação
2016/01 - 2018/12 Concluído	Efficient Algorithms for Protein Docking (Pós-doutoramento) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2013 Concluído	Engenharia Informática e de Computadores (Doutoramento) Especialização em Bioinformática Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal "Efficient algorithms to align DNA sequences" (TESE/DISSERTAÇÃO)	18
2007 Concluído	Matemática Aplicada e Computação (Mestrado integrado) Especialização em Computação Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal "Detection of Conserved Regions in Genomes using Entropic Profiles" (TESE/DISSERTAÇÃO)	15

Percurso profissional

Ciência

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2019/01 - Atual	Investigador Contratado (Investigação)	Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
	Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

Outros

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2016/01/01 - 2018/12	Pós-Doutoramento Tema: Efficient Algorithms for Protein Docking	Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

2015/06/01 - 2015/11/01	Bolseiro de pós-doutoramento no âmbito do projecto: DataStorm - Large scale data management in cloud environments (Referência: EXCL/EEIESS/0257/2012)	Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal

2008/09/01 - 2013/12/01	Doutoramento em Engenharia Informática e de Computadores Tema: Efficient Algorithms to Align DNA Sequences	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

2009/09/01 - 2009/12/01	Frequência em regime extra-curricular de disciplinas de áreas directamente ligadas à Bioinformática: Bioquímica e Biologia Molecular, Engenharia Biomolecular e Celular, Engenharia Genética, Biologia E	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

2008/01/01 - 2008/07/01	Bolseiro de investigação no âmbito do projecto: ARN - Algorithms for the identification of genetic Regulatory Networks (Referência: PTDC/EIA/67722/2006)	Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

2006/09/01 - 2007/07/01	Frequência de disciplinas da área de Inteligência Artificial do Mestrado em Engenharia Informática e de Computadores em regime Extra-Curricular	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Projetos

Bolsa

	Designação	Financiadores
2015/06 - 2015/11	DataStorm - Large scale data management in cloud environments EXCL/EEIESS/0257/2012 Bolseiro de Pós-Doutoramento Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal	Concluído
2011/01/01 - 2013/12	TAGS : The power of the short - Tools and Algorithms for next Generation Sequencing applications info:eu-repo/grantAgreement/FCT/3599-PPCDT/112283/PT Bolseiro de Doutoramento Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal	Universidade do Algarve Faculdade de Ciências e Tecnologia Concluído
2008/01/01 - 2008/12	ARN - Algorithms for the identification of genetic Regulatory Networks info:eu-repo/grantAgreement/FCT/3599-PPCDT/67722/PT Bolseiro de Mestrado	Universidade do Algarve Faculdade de Ciências e Tecnologia Concluído

Outro

	Designação	Financiadores
2021/01/01 - Atual	ARCADE - Augmenting Rehabilitation Centers with Context-Aware Digital Environments PTDC/CCI-COM/30274/2017 Investigador Pós-doutorado Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal	Em curso
2019/05 - 2020/12/31	STREACKER - Skeletal Tracking Enhanced with Anatomically Correct Kinematics for Exergames and Rehabilitation UTAP-EXPL/CA/0065/2017 Investigador Pós-doutorado Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal	Em curso
2016/01 - 2016/12	A-MOP - Algorithms for Macro-Molecular Pocket Detection UTAPEXPL/QEQ-COM/0019/2014 Investigador Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal	Concluído

Produções

Publicações

Artigo em conferência	André Salgado; Fernandes, Francisco; Ana Teresa Freitas. "CSA-MEM: Enhancing Circular DNA Multiple Alignment Through Text Indexing Algorithms". Trabalho apresentado em Bioinformatics Research and Applications: 19th International Symposium, ISBRA 2023, Wroclaw, 2023. Publicado • 10.1007/978-981-99-7074-2_41 Seabra, Miguel; Fernandes, Francisco; Lopes, Daniel Simões; Pereira, João Madeiras. "Position Based Rigid Body Simulation: A comparison of physics simulators for games". 2023. Publicado • 10.24132/csrn.3301.59 Milagros Jaén Vargas; Karla Reyes Leiva; Francisco Fernandes; Sérgio Gonçalves; Miguel Silva; Daniel Simões Lopes; José Javier Olmedo. "A Deep Learning Approach to Recognize Human Activity using Inertial Sensors and Motion Capture Systems". Trabalho apresentado em 7th International Conference on Fuzzy Systems and Data Mining, 2021. Publicado • 10.3233/FAIA210196 Fernandes, Francisco; Santos, João; Lopes, Daniel; Ferreira, Alfredo. "PuzzleDock: An Immersive Protein Docking Environment". Trabalho apresentado em International Conference on Graphics and Interaction (ICGI2018), 2018. Fernandes, Francisco; Ferreira, Alfredo. "An experimental shape matching approach for protein docking". Trabalho apresentado em EG 3DOR 16: 9th Eurographics Workshop on 3D Object Retrieval, 2016. 10.2312/3dor.20161083 Coimbra, Miguel E.; Fernandes, Francisco; Russo, Luís M. S.; Freitas, Ana T.. "Parallel efficient aligner of pyrosequencing reads". 2013. 10.1145/2488551.2488593 Fernandes, Francisco; Fonseca, Paulo; Russo, Luís; Oliveira, Arlindo. "An efficient data representation for large scale genome re-sequencing". Trabalho apresentado em 13t th International Meeting on Human Genome Variation and Complex Genome Analysis (HGV2012), 2012. Fernandes, Francisco; Paulo G. S. da Fonseca; Luís M. S. Russo; Arlindo L. Oliveira; Ana T. Freitas. "Efficient High-throughput Read Mapping For Re-sequencing Applications". Trabalho apresentado em Bioinformatics Open Days, 2012. Fernandes, Francisco; Paulo G. S. da Fonseca; Luís M. S. Russo; Arlindo L. Oliveira; Ana T. Freitas. "TAPYR: An efficient high-throughput sequence aligner for re-sequencing applications". Trabalho apresentado em 7th Internation Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting 2011), 2011. Dário Abdulrehman; Fernandes, Francisco; Sofia Pinto; Ana T. Freitas. "YEASTRACT Semantic Web Services". Trabalho apresentado em 3º INForum - Simpósio de Informática, 2011. Fernandes, Francisco; Luisa Pereira; Ana Teresa Freitas. "CIRCALIGN: A new algorithm to align multiple mitochondrial genomes". Trabalho apresentado em Jornadas de Bioinformatica 2009, 2009. Fernandes, Francisco; Ana T. Freitas; Jonas S. Almeida; Susana Vinga. "ENTROPIC PROFILER – efficient whole genome analysis using information theory and statistical concepts". Trabalho apresentado em ISMB/ECCB09 - 17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology - 8th European Conference on Computational Biology, 2009.
Artigo em revista	Alexandre Duarte; Fernandes, Francisco; João Pereira; Catarina Moreira; Jacinto Nascimento; Joaquim Jorge. "SelfReDepth: A Self-Supervised Real-Time Depth Denoising and Restoration Approach for Consumer-Grade Sensors". IEEE Transactions on Image Processing (2024): https://signalprocessingsociety.org/publications-resources/ieee-transactions-image-processing. Em revisão Francisco Fernandes; Ivo Roupa; Sérgio B. Gonçalves; Gonçalo Moita; Miguel Tavares da Silva; João Pereira; Joaquim Jorge; Richard R. Neptune; Daniel Simões Lopes. "Sticks and STONES may build my bones: Deep learning reconstruction of limb rotations in stick figures". Pattern Recognition Letters (2023): https://doi.org/10.1016/j.patrec.2022.12.012. 10.1016/j.patrec.2022.12.012 Jaén-Vargas, Milagros; Reyes Leiva, Karla Miriam; Fernandes, Francisco; Barroso Gonçalves, Sérgio; Tavares Silva, Miguel; Lopes, Daniel Simões; Serrano Olmedo, José Javier. "Effects of sliding window variation in the performance of acceleration-based human activity recognition using deep learning models". PeerJ Computer Science 8 (2022): e1052. http://dx.doi.org/10.7717/peerj-cs.1052. Acesso aberto • Publicado • 10.7717/peerj-cs.1052 Dias, Sérgio; Simões, Tiago; Fernandes, Francisco; Martins, Ana Mafalda; Ferreira, Alfredo; Jorge, Joaquim; Gomes, Abel J. P.. "CavBench: A benchmark for protein cavity detection methods". PLOS ONE 14 10 (2019): e0223596. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0223596. 10.1371/journal.pone.0223596 Teixeira, Andreia Sofia; Fernandes, Francisco; Francisco, Alexandre P.. "SpliceTAPyR - An Efficient Method for Transcriptome Alignment". International Journal of Foundations of Computer Science 29 08 (2018): 1297-1310. http://dx.doi.org/10.1142/s0129054118430049. 10.1142/s0129054118430049 Simões, Tiago; Lopes, Daniel; Dias, Sérgio; Fernandes, Francisco; Pereira, João; Jorge, Joaquim; Bajaj, Chandrajit; Gomes, Abel. "Geometric Detection Algorithms for Cavities on Protein Surfaces in Molecular Graphics: A Survey". Computer Graphics Forum 36 8 (2017): 643-683. http://dx.doi.org/10.1111/cgf.13158. 10.1111/cgf.13158 Fernandes F; Freitas AT. "slaMEM: efficient retrieval of maximal exact matches using a sampled LCP array.". (2014): http://europepmc.org/abstract/med/24336412. 10.1093/bioinformatics/btt706 Fernandes F; da Fonseca PG; Russo LM; Oliveira AL; Freitas AT. "Efficient alignment of pyrosequencing reads for re-sequencing applications.". (2011): http://europepmc.org/abstract/med/21672185. 10.1186/1471-2105-12-163 Fernandes F; Pereira L; Freitas AT. "CSA: an efficient algorithm to improve circular DNA multiple alignment.". (2009): http://europepmc.org/abstract/med/19627599. 10.1186/1471-2105-10-230 Fernandes F; Freitas AT; Almeida JS; Vinga S. "Entropic Profiler - detection of conservation in genomes using information theory.". (2009): http://europepmc.org/abstract/med/19416538. 10.1186/1756-0500-2-72
Poster em conferência	Fernandes, Francisco; Luisa Pereira; Ana T. Freitas. "An efficient algorithm to align multiple circular genomes". Trabalho apresentado em RECOMB2010: 14th International Conference on Research in Computational Molecular Biology, 2010.

Atividades

Apresentação oral de trabalho

	Título da apresentação	Nome do evento Anfitrião (Local do evento)
2022/06/01	Recent Artificial Intelligence tools and architectures for Structural Biology	BioData.pt TALKS: 3D BioTalks \| Session 3 BioData.pt (Portugal)

Orientação

	Título / Tema Papel desempenhado	Curso (Tipo) Instituição / Organização
2024/01 - Atual	Detecting Defects in Ceramic Dishware using Deep Learning Coorientador	Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2023/09 - Atual	Técnicas de Deep Learning para Reconstruir o Movimento de Avatars em Realidade Virtual Coorientador	Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2023/09 - Atual	Targeting the RANK-TRAF6 Axis: A Molecular Approach Coorientador	Biotecnologia (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2023/09 - Atual	Weapon Model Classification using Deep Learning Coorientador	Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2022/09 - 2023/11	Enhancing Circular DNA Multiple Alignment through Text Indexing Algorithms Coorientador	Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2022/01 - 2022/12	Characterization on the protein-protein interactions of M. tuberculosis divisome proteins expressed in E. coli Coorientador	Engenharia Biológica (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021/09 - 2022/11	Rigid Body Simulation with Extended Position Based Dynamics Coorientador	Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021/09 - 2022/11	Kinect Noise Removal with Deep Learning Coorientador	Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021/09 - 2022/11	Fast Photorealistic Rendering of Protein Representations Coorientador	Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021/09 - 2022/11	Force Field Calculation for Biomolecules Coorientador	Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021/09 - 2022/11	Reconstruction of Avatar Motion in Virtual Reality with Machine Learning Coorientador	Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2017/01 - 2017/11/09	Acoplamento de Proteínas em Ambiente Imersivo Coorientador	Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Júri de grau académico

	Tema Tipo de participação	Nome do candidato (Tipo de grau) Instituição / Organização
2023/07/18	O Impacto da Personalidade em Interfaces de Gamificação Arguente	Viktoriya Limonova (Mestrado) Instituto Superior de Tecnologias Avançadas de Lisboa, Portugal
2023/05/16	A new generation of user-friendly and machine learning-accelerated methods for protein pKa calculations Arguente	Pedro de Brito Pires Santos Reis (Doutoramento) Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
2021/09/24	Prediction of postoperative complications in oncology patients using fuzzy logic-based machine learning Arguente	André Aguiar de Matos de Lima Miranda (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2020/06/17	Cerebellum Model for Movement Coordination Arguente	Leonardo Filipe Farinha Marques (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2017/10/31	Strategies to Accelerate Deformable and Rigid Bodies Simulation: A non-polygonal approach to contact detection Arguente	José Pedro Carapuça Serrano (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Curso / Disciplina lecionado

	Disciplina	Curso (Tipo)	Instituição / Organização
2024/01/04 - 2024/01/04	Biological Image Analysis using Explainable Deep Learning	Doctoral Program in Experimental Biology and Biomedicine (Doutoramento)	Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2024/01/04 - 2024/01/04	Protein Folding and Peptide Design with AlphaFold and RFdiffusion	Doctoral Program in Experimental Biology and Biomedicine (Doutoramento)	Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2023/10/20 - 2023/10/20	Working with Linux	3D-BioInfo-PT Introductory Workshop (Outros)	Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2023/06/15 - 2023/06/15	Deep Learning for Protein Sequence and Structure	3D-BioInfo-PT Advanced Workshop (Outros)	Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2022/12/19 - 2022/12/19	Machine Learning Demystified	3D-BioInfo-PT Intermediate Workshop (Outros)	Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal

Distinções

Outra distinção

2012	Artigo "Dez exemplos que mostram a qualidade da ciência nacional em 2011" (Público 01/01/2012)
2011	Artigo "Portugueses são os mais rápidos do mundo a montar genomas" (Expresso 27/08/2011)
2011	Nominee for Best INESC-ID PhD Student Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal