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Training in several Artificial Intelligence / Deep Learning architectures: Large Language Models, Transformers, Convolutional Neural Networks, Diffusion Models, Reinforcement Learning, etc. Experience and assessment of applying Artificial Intelligence / Machine Learning models to several molecular targets: G Protein-Coupled Receptors, Tumor Necrosis Factor Receptors, Bacterial Cell-Division Proteins, Neuronal Synucleins, etc.
Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Francisco Jorge Dias Oliveira Fernandes

Nomes de citação

  • Fernandes, Francisco

Identificadores de autor

Ciência ID
FC13-981E-E38C
ORCID iD
0000-0003-2546-2669
Google Scholar ID
https://scholar.google.com/citations?user=57TmQHYAAAAJ

Domínios de atuação

  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Inglês Utilizador independente (B1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador independente (B1)
Formação
Grau Classificação
2016/01 - 2018/12
Concluído
 Efficient Algorithms for Protein Docking (Pós-doutoramento)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2013
Concluído
 Engenharia Informática e de Computadores (Doutoramento)
Especialização em Bioinformática
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
"Efficient algorithms to align DNA sequences" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 18
2007
Concluído
 Matemática Aplicada e Computação (Mestrado integrado)
Especialização em Computação
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
"Detection of Conserved Regions in Genomes using Entropic Profiles" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 15
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2019/01 - 2024/12 Investigador Contratado (Investigação) Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2016/01/01 - 2018/12 Pós-Doutoramento Tema: Efficient Algorithms for Protein Docking Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
2015/06/01 - 2015/11/01 Bolseiro de pós-doutoramento no âmbito do projecto: DataStorm - Large scale data management in cloud environments (Referência: EXCL/EEIESS/0257/2012) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2008/09/01 - 2013/12/01 Doutoramento em Engenharia Informática e de Computadores Tema: Efficient Algorithms to Align DNA Sequences Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2009/09/01 - 2009/12/01 Frequência em regime extra-curricular de disciplinas de áreas directamente ligadas à Bioinformática: Bioquímica e Biologia Molecular, Engenharia Biomolecular e Celular, Engenharia Genética, Biologia E Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2008/01/01 - 2008/07/01 Bolseiro de investigação no âmbito do projecto: ARN - Algorithms for the identification of genetic Regulatory Networks (Referência: PTDC/EIA/67722/2006) Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
2006/09/01 - 2007/07/01 Frequência de disciplinas da área de Inteligência Artificial do Mestrado em Engenharia Informática e de Computadores em regime Extra-Curricular Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2015/06 - 2015/11 DataStorm - Large scale data management in cloud environments
EXCL/EEIESS/0257/2012
Bolseiro de Pós-Doutoramento
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
Concluído
2011/01/01 - 2013/12 TAGS : The power of the short - Tools and Algorithms for next Generation Sequencing applications
info:eu-repo/grantAgreement/FCT/3599-PPCDT/112283/PT
Bolseiro de Doutoramento
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
 Universidade do Algarve Faculdade de Ciências e Tecnologia
Concluído
2008/01/01 - 2008/12 ARN - Algorithms for the identification of genetic Regulatory Networks
info:eu-repo/grantAgreement/FCT/3599-PPCDT/67722/PT
Bolseiro de Mestrado
Universidade do Algarve Faculdade de Ciências e Tecnologia
Concluído

Outro

Designação Financiadores
2021/01/01 - Atual ARCADE - Augmenting Rehabilitation Centers with Context-Aware Digital Environments
PTDC/CCI-COM/30274/2017
Investigador Pós-doutorado
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Em curso
2019/05 - 2020/12/31 STREACKER - Skeletal Tracking Enhanced with Anatomically Correct Kinematics for Exergames and Rehabilitation
UTAP-EXPL/CA/0065/2017
Investigador Pós-doutorado
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Em curso
2016/01 - 2016/12 A-MOP - Algorithms for Macro-Molecular Pocket Detection
UTAPEXPL/QEQ-COM/0019/2014
Investigador
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em conferência
  1. André Salgado; Fernandes, Francisco; Ana Teresa Freitas. "CSA-MEM: Enhancing Circular DNA Multiple Alignment Through Text Indexing Algorithms". Trabalho apresentado em Bioinformatics Research and Applications: 19th International Symposium, ISBRA 2023, Wroclaw, 2023.
    Publicado • 10.1007/978-981-99-7074-2_41
  2. Seabra, Miguel; Fernandes, Francisco; Lopes, Daniel Simões; Pereira, João Madeiras. "Position Based Rigid Body Simulation: A comparison of physics simulators for games". 2023.
    Publicado • 10.24132/csrn.3301.59
  3. Milagros Jaén Vargas; Karla Reyes Leiva; Francisco Fernandes; Sérgio Gonçalves; Miguel Silva; Daniel Simões Lopes; José Javier Olmedo. "A Deep Learning Approach to Recognize Human Activity using Inertial Sensors and Motion Capture Systems". Trabalho apresentado em 7th International Conference on Fuzzy Systems and Data Mining, 2021.
    Publicado • 10.3233/FAIA210196
  4. Fernandes, Francisco; Santos, João; Lopes, Daniel; Ferreira, Alfredo. "PuzzleDock: An Immersive Protein Docking Environment". Trabalho apresentado em International Conference on Graphics and Interaction (ICGI2018), 2018.
  5. Fernandes, Francisco; Ferreira, Alfredo. "An experimental shape matching approach for protein docking". Trabalho apresentado em EG 3DOR 16: 9th Eurographics Workshop on 3D Object Retrieval, 2016.
    10.2312/3dor.20161083
  6. Coimbra, Miguel E.; Fernandes, Francisco; Russo, Luís M. S.; Freitas, Ana T.. "Parallel efficient aligner of pyrosequencing reads". 2013.
    10.1145/2488551.2488593
  7. Fernandes, Francisco; Fonseca, Paulo; Russo, Luís; Oliveira, Arlindo. "An efficient data representation for large scale genome re-sequencing". Trabalho apresentado em 13t th International Meeting on Human Genome Variation and Complex Genome Analysis (HGV2012), 2012.
  8. Fernandes, Francisco; Paulo G. S. da Fonseca; Luís M. S. Russo; Arlindo L. Oliveira; Ana T. Freitas. "Efficient High-throughput Read Mapping For Re-sequencing Applications". Trabalho apresentado em Bioinformatics Open Days, 2012.
  9. Fernandes, Francisco; Paulo G. S. da Fonseca; Luís M. S. Russo; Arlindo L. Oliveira; Ana T. Freitas. "TAPYR: An efficient high-throughput sequence aligner for re-sequencing applications". Trabalho apresentado em 7th Internation Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting 2011), 2011.
  10. Dário Abdulrehman; Fernandes, Francisco; Sofia Pinto; Ana T. Freitas. "YEASTRACT Semantic Web Services". Trabalho apresentado em 3º INForum - Simpósio de Informática, 2011.
  11. Fernandes, Francisco; Luisa Pereira; Ana Teresa Freitas. "CIRCALIGN: A new algorithm to align multiple mitochondrial genomes". Trabalho apresentado em Jornadas de Bioinformatica 2009, 2009.
  12. Fernandes, Francisco; Ana T. Freitas; Jonas S. Almeida; Susana Vinga. "ENTROPIC PROFILER – efficient whole genome analysis using information theory and statistical concepts". Trabalho apresentado em ISMB/ECCB09 - 17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology - 8th European Conference on Computational Biology, 2009.
Artigo em revista
  1. Duarte, Alexandre; Fernandes, Francisco; Pereira, João M.; Moreira, Catarina; Nascimento, Jacinto C.; Jorge, Joaquim. "SelfReDepth: Self-Supervised Real-Time Depth Restoration for Consumer-Grade Sensors". Journal of Real-Time Image Processing 21 4 (2024): http://dx.doi.org/10.1007/s11554-024-01491-z.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1007/s11554-024-01491-z
  2. Francisco Fernandes; Ivo Roupa; Sérgio B. Gonçalves; Gonçalo Moita; Miguel Tavares da Silva; João Pereira; Joaquim Jorge; Richard R. Neptune; Daniel Simões Lopes. "Sticks and STONES may build my bones: Deep learning reconstruction of limb rotations in stick figures". Pattern Recognition Letters (2023): https://doi.org/10.1016/j.patrec.2022.12.012.
    10.1016/j.patrec.2022.12.012
  3. Jaén-Vargas, Milagros; Reyes Leiva, Karla Miriam; Fernandes, Francisco; Barroso Gonçalves, Sérgio; Tavares Silva, Miguel; Lopes, Daniel Simões; Serrano Olmedo, José Javier. "Effects of sliding window variation in the performance of acceleration-based human activity recognition using deep learning models". PeerJ Computer Science 8 (2022): e1052. http://dx.doi.org/10.7717/peerj-cs.1052.
    Acesso aberto • Publicado • 10.7717/peerj-cs.1052
  4. Dias, Sérgio; Simões, Tiago; Fernandes, Francisco; Martins, Ana Mafalda; Ferreira, Alfredo; Jorge, Joaquim; Gomes, Abel J. P.. "CavBench: A benchmark for protein cavity detection methods". PLOS ONE 14 10 (2019): e0223596. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0223596.
    10.1371/journal.pone.0223596
  5. Teixeira, Andreia Sofia; Fernandes, Francisco; Francisco, Alexandre P.. "SpliceTAPyR - An Efficient Method for Transcriptome Alignment". International Journal of Foundations of Computer Science 29 08 (2018): 1297-1310. http://dx.doi.org/10.1142/s0129054118430049.
    10.1142/s0129054118430049
  6. Simões, Tiago; Lopes, Daniel; Dias, Sérgio; Fernandes, Francisco; Pereira, João; Jorge, Joaquim; Bajaj, Chandrajit; Gomes, Abel. "Geometric Detection Algorithms for Cavities on Protein Surfaces in Molecular Graphics: A Survey". Computer Graphics Forum 36 8 (2017): 643-683. http://dx.doi.org/10.1111/cgf.13158.
    10.1111/cgf.13158
  7. Fernandes F; Freitas AT. "slaMEM: efficient retrieval of maximal exact matches using a sampled LCP array.". (2014): http://europepmc.org/abstract/med/24336412.
    10.1093/bioinformatics/btt706
  8. Fernandes F; da Fonseca PG; Russo LM; Oliveira AL; Freitas AT. "Efficient alignment of pyrosequencing reads for re-sequencing applications.". (2011): http://europepmc.org/abstract/med/21672185.
    10.1186/1471-2105-12-163
  9. Fernandes F; Pereira L; Freitas AT. "CSA: an efficient algorithm to improve circular DNA multiple alignment.". (2009): http://europepmc.org/abstract/med/19627599.
    10.1186/1471-2105-10-230
  10. Fernandes F; Freitas AT; Almeida JS; Vinga S. "Entropic Profiler - detection of conservation in genomes using information theory.". (2009): http://europepmc.org/abstract/med/19416538.
    10.1186/1756-0500-2-72
Capítulo de livro
  1. Javier Montoya; Francisco Fernandes; Ana Teresa Freitas. "Microbiome Classification in Colon Cancer Patients Using Chaos Game Representations and CNN Models". In Lecture Notes in Computer Science. 2024.
    10.1007/978-3-031-64636-2_22
Poster em conferência
  1. Fernandes, Francisco; Luisa Pereira; Ana T. Freitas. "An efficient algorithm to align multiple circular genomes". Trabalho apresentado em RECOMB2010: 14th International Conference on Research in Computational Molecular Biology, 2010.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2022/06/01 Recent Artificial Intelligence tools and architectures for Structural Biology BioData.pt TALKS: 3D BioTalks | Session 3
BioData.pt (Portugal)

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2024/01 - Atual Detecting Defects in Ceramic Dishware using Deep Learning
Coorientador
 Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2023/09 - Atual Técnicas de Deep Learning para Reconstruir o Movimento de Avatars em Realidade Virtual
Coorientador
 Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2023/09 - Atual Targeting the RANK-TRAF6 Axis: A Molecular Approach
Coorientador
 Biotecnologia (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2023/09 - 2024/10/22 Weapon Model Classification using Deep Learning
Coorientador
 Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2023/09 - 2024/09 Microbiome Classification in Colon Cancer Patients using Chaos Game Representations and CNN models
Coorientador
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2022/09 - 2023/11 Enhancing Circular DNA Multiple Alignment through Text Indexing Algorithms
Coorientador
 Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2022/01 - 2022/12 Characterization of the protein-protein interactions of M. tuberculosis divisome proteins expressed in E. coli
Coorientador
 Engenharia Biológica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021/09 - 2022/11 Rigid Body Simulation with Extended Position Based Dynamics
Coorientador
 Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021/09 - 2022/11 Kinect Noise Removal with Deep Learning
Coorientador
 Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021/09 - 2022/11 Fast Photorealistic Rendering of Protein Representations
Coorientador
 Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021/09 - 2022/11 Force Field Calculation for Biomolecules
Coorientador
 Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021/09 - 2022/11 Reconstruction of Avatar Motion in Virtual Reality with Machine Learning
Coorientador
 Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2017/01 - 2017/11/09 Acoplamento de Proteínas em Ambiente Imersivo
Coorientador
 Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Júri de grau académico

Tema
Tipo de participação 		Nome do candidato (Tipo de grau)
Instituição / Organização
2023/07/18 O Impacto da Personalidade em Interfaces de Gamificação
Arguente
 Viktoriya Limonova (Mestrado)
Instituto Superior de Tecnologias Avançadas de Lisboa, Portugal
2023/05/16 A new generation of user-friendly and machine learning-accelerated methods for protein pKa calculations
Arguente
 Pedro de Brito Pires Santos Reis (Doutoramento)
Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
2021/09/24 Prediction of postoperative complications in oncology patients using fuzzy logic-based machine learning
Arguente
 André Aguiar de Matos de Lima Miranda (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2020/06/17 Cerebellum Model for Movement Coordination
Arguente
 Leonardo Filipe Farinha Marques (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2017/10/31 Strategies to Accelerate Deformable and Rigid Bodies Simulation: A non-polygonal approach to contact detection
Arguente
 José Pedro Carapuça Serrano (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2024/01/04 - 2024/01/04 Biological Image Analysis using Explainable Deep Learning Doctoral Program in Experimental Biology and Biomedicine (Doutoramento) Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2024/01/04 - 2024/01/04 Protein Folding and Peptide Design with AlphaFold and RFdiffusion Doctoral Program in Experimental Biology and Biomedicine (Doutoramento) Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2023/10/20 - 2023/10/20 Working with Linux 3D-BioInfo-PT Introductory Workshop (Outros) Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2023/06/15 - 2023/06/15 Deep Learning for Protein Sequence and Structure 3D-BioInfo-PT Advanced Workshop (Outros) Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2022/12/19 - 2022/12/19 Machine Learning Demystified 3D-BioInfo-PT Intermediate Workshop (Outros) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
Distinções

Outra distinção

2012 Artigo "Dez exemplos que mostram a qualidade da ciência nacional em 2011" (Público 01/01/2012)
2011 Artigo "Portugueses são os mais rápidos do mundo a montar genomas" (Expresso 27/08/2011)
2011 Nominee for Best INESC-ID PhD Student
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal