Identificação
Identificação pessoal
- Nome completo
- Francisco Jorge Dias Oliveira Fernandes
Nomes de citação
- Fernandes, Francisco
Identificadores de autor
- Ciência ID
- FC13-981E-E38C
- ORCID iD
- 0000-0003-2546-2669
Domínios de atuação
- Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática
Idiomas
Idioma | Conversação | Leitura | Escrita | Compreensão | Peer-review |
---|---|---|---|---|---|
Português | Utilizador proficiente (C1) | Utilizador proficiente (C1) | Utilizador proficiente (C1) | Utilizador proficiente (C1) | |
Inglês | Utilizador independente (B1) | Utilizador proficiente (C1) | Utilizador proficiente (C1) | Utilizador independente (B1) |
Formação
Grau | Classificação | |
---|---|---|
2016/01 - 2018/12
Concluído
|
Efficient Algorithms for Protein Docking (Pós-doutoramento)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
|
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2013
Concluído
|
Engenharia Informática e de Computadores (Doutoramento)
Especialização em Bioinformática
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
"Efficient algorithms to align DNA sequences" (TESE/DISSERTAÇÃO)
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18 |
2007
Concluído
|
Matemática Aplicada e Computação (Mestrado integrado)
Especialização em Computação
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
"Detection of Conserved Regions in Genomes using Entropic Profiles" (TESE/DISSERTAÇÃO)
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15 |
Percurso profissional
Ciência
Categoria Profissional Instituição de acolhimento |
Empregador | |
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2019/01 - Atual | Investigador Contratado (Investigação) | Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal |
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal |
Outros
Categoria Profissional Instituição de acolhimento |
Empregador | |
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2016/01/01 - 2018/12 | Pós-Doutoramento Tema: Efficient Algorithms for Protein Docking | Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal |
2015/06/01 - 2015/11/01 | Bolseiro de pós-doutoramento no âmbito do projecto: DataStorm - Large scale data management in cloud environments (Referência: EXCL/EEIESS/0257/2012) | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal |
2008/09/01 - 2013/12/01 | Doutoramento em Engenharia Informática e de Computadores Tema: Efficient Algorithms to Align DNA Sequences | Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal |
2009/09/01 - 2009/12/01 | Frequência em regime extra-curricular de disciplinas de áreas directamente ligadas à Bioinformática: Bioquímica e Biologia Molecular, Engenharia Biomolecular e Celular, Engenharia Genética, Biologia E | Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal |
2008/01/01 - 2008/07/01 | Bolseiro de investigação no âmbito do projecto: ARN - Algorithms for the identification of genetic Regulatory Networks (Referência: PTDC/EIA/67722/2006) | Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal |
2006/09/01 - 2007/07/01 | Frequência de disciplinas da área de Inteligência Artificial do Mestrado em Engenharia Informática e de Computadores em regime Extra-Curricular | Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal |
Projetos
Bolsa
Designação | Financiadores | |
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2015/06 - 2015/11 | DataStorm - Large scale data management in cloud environments
Bolseiro de Pós-Doutoramento
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
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Concluído
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2011/01/01 - 2013/12 | TAGS : The power of the short - Tools and Algorithms for next Generation Sequencing applications
Bolseiro de Doutoramento
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
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Universidade do Algarve Faculdade de Ciências e Tecnologia
Concluído
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2008/01/01 - 2008/12 | ARN - Algorithms for the identification of genetic Regulatory Networks
Bolseiro de Mestrado
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Universidade do Algarve Faculdade de Ciências e Tecnologia
Concluído
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Outro
Designação | Financiadores | |
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2021/01/01 - Atual | ARCADE - Augmenting Rehabilitation Centers with Context-Aware Digital Environments
Investigador Pós-doutorado
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
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Em curso
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2019/05 - 2020/12/31 | STREACKER - Skeletal Tracking Enhanced with Anatomically Correct Kinematics for Exergames and Rehabilitation
Investigador Pós-doutorado
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
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Em curso
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2016/01 - 2016/12 | A-MOP - Algorithms for Macro-Molecular Pocket Detection
Investigador
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
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Concluído
|
Produções
Publicações
Artigo em conferência |
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Artigo em revista |
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Poster em conferência |
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Atividades
Apresentação oral de trabalho
Título da apresentação | Nome do evento Anfitrião (Local do evento) |
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2022/06/01 | Recent Artificial Intelligence tools and architectures for Structural Biology | BioData.pt TALKS: 3D BioTalks | Session 3
BioData.pt (Portugal)
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Orientação
Título / Tema Papel desempenhado |
Curso (Tipo) Instituição / Organização |
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2023/09 - Atual | Técnicas de Deep Learning para Reconstruir o Movimento de Avatars em Realidade Virtual
Coorientador
|
Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
|
2023/09 - Atual | Design and study of new peptides to disrupt the RANK-TRAF6 proteins interaction in bone tumor angiogenesis
Coorientador
|
Biotecnologia (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
|
2023/09 - Atual | Weapon Model Classification using Deep Learning
Coorientador
|
Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
|
2022/09 - Atual | Enhanced Circular DNA Sequence Alignment
Coorientador
|
Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
|
2022/01 - 2022/12 | Characterization on the protein-protein interactions of M. tuberculosis divisome proteins expressed in E. coli
Coorientador
|
Engenharia Biológica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
|
2021/09 - 2022/11 | Rigid Body Simulation with Extended Position Based Dynamics
Coorientador
|
Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
|
2021/09 - 2022/11 | Kinect Noise Removal with Deep Learning
Coorientador
|
Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
|
2021/09 - 2022/11 | Fast Photorealistic Rendering of Protein Representations
Coorientador
|
Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
|
2021/09 - 2022/11 | Force Field Calculation for Biomolecules
Coorientador
|
Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
|
2021/09 - 2022/11 | Reconstruction of Avatar Motion in Virtual Reality with Machine Learning
Coorientador
|
Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
|
2017/01 - 2017/11/09 | Acoplamento de Proteínas em Ambiente Imersivo
Coorientador
|
Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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Júri de grau académico
Tema Tipo de participação |
Nome do candidato (Tipo de grau) Instituição / Organização |
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2023/07/18 | O Impacto da Personalidade em Interfaces de Gamificação
Arguente
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Viktoriya Limonova (Mestrado)
Instituto Superior de Tecnologias Avançadas de Lisboa, Portugal
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2023/05/16 | A new generation of user-friendly and machine learning-accelerated methods for protein pKa calculations
Arguente
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Pedro de Brito Pires Santos Reis (Doutoramento)
Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
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2021/09/24 | Prediction of postoperative complications in oncology patients using fuzzy logic-based machine learning
Arguente
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André Aguiar de Matos de Lima Miranda (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2020/06/17 | Cerebellum Model for Movement Coordination
Arguente
|
Leonardo Filipe Farinha Marques (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2017/10/31 | Strategies to Accelerate Deformable and Rigid Bodies Simulation: A non-polygonal approach to contact detection
Arguente
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José Pedro Carapuça Serrano (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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Curso / Disciplina lecionado
Disciplina | Curso (Tipo) | Instituição / Organização | |
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2023/10/20 - 2023/10/20 | Working with Linux | 3D-BioInfo-PT Introductory Workshop (Outros) | Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal |
2023/06/15 - 2023/06/15 | Deep Learning for Protein Sequence and Structure | 3D-BioInfo-PT Advanced Workshop (Outros) | Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal |
2022/12/19 - 2022/12/19 | Machine Learning Demystified | 3D-BioInfo-PT Intermediate Workshop (Outros) | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal |
Distinções
Outra distinção
2012 | Artigo "Dez exemplos que mostram a qualidade da ciência nacional em 2011" (Público 01/01/2012) |
2011 | Artigo "Portugueses são os mais rápidos do mundo a montar genomas" (Expresso 27/08/2011) |
2011 | Nominee for Best INESC-ID PhD Student
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
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