Francisco Jorge Dias Oliveira Fernandes (FC13-981E-E38C)

Curriculum Vitae

Francisco Jorge Dias Oliveira Fernandes

Francisco Jorge Dias Oliveira Fernandes. Concluiu o(a) Mestrado integrado em Matemática Aplicada e Computação em 2007 pelo(a) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico e Doutoramento em Engenharia Informática e de Computadores em 2013 pelo(a) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico. É Investigador Contratado no(a) Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa. Publicou 7 artigos em revistas especializadas. Coorientou 1 dissertação(ões) de mestrado. Recebeu 3 prémio(s) e/ou homenagens. Participa e/ou participou como Bolseiro de Doutoramento em 1 projeto(s), Bolseiro de Mestrado em 1 projeto(s), Bolseiro de Pós-Doutoramento em 1 projeto(s) e Investigador em 2 projeto(s). Atua na(s) área(s) de Ciências Exatas com ênfase em Ciências da Computação e da Informação com ênfase em Bioinformática. No seu currículo Ciência Vitae os termos mais frequentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artístico-cultural são: Computer Science and Engineering - Computer Engineering; Computer Engineering; .

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Identification

Personal identification

Full name: Francisco Jorge Dias Oliveira Fernandes

Citation names

Fernandes, Francisco

Author identifiers

Ciência ID: FC13-981E-E38C
ORCID iD: 0000-0003-2546-2669

Knowledge fields

Exact Sciences - Computer and Information Sciences - Bioinformatics

Languages

Language	Speaking	Reading	Writing	Listening	Peer-review
Portuguese	Advanced (C1)	Advanced (C1)	Advanced (C1)	Advanced (C1)
English	Intermediate (B1)	Advanced (C1)	Advanced (C1)	Intermediate (B1)

Education

	Degree	Classification
2016/01 - 2018/12 Concluded	Efficient Algorithms for Protein Docking (Pós-doutoramento) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2013 Concluded	Engenharia Informática e de Computadores (Doutoramento) Major in Bioinformática Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal "Efficient algorithms to align DNA sequences" (THESIS/DISSERTATION)	18
2007 Concluded	Matemática Aplicada e Computação (Mestrado integrado) Major in Computação Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal "Detection of Conserved Regions in Genomes using Entropic Profiles" (THESIS/DISSERTATION)	15

Affiliation

Science

	Category Host institution	Employer
2019/01 - Current	Contracted Researcher (Research)	Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
	Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

Others

	Category Host institution	Employer
2016/01/01 - 2018/12	Pós-Doutoramento Tema: Efficient Algorithms for Protein Docking	Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

2015/06/01 - 2015/11/01	Bolseiro de pós-doutoramento no âmbito do projecto: DataStorm - Large scale data management in cloud environments (Referência: EXCL/EEIESS/0257/2012)	Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal

2008/09/01 - 2013/12/01	Doutoramento em Engenharia Informática e de Computadores Tema: Efficient Algorithms to Align DNA Sequences	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

2009/09/01 - 2009/12/01	Frequência em regime extra-curricular de disciplinas de áreas directamente ligadas à Bioinformática: Bioquímica e Biologia Molecular, Engenharia Biomolecular e Celular, Engenharia Genética, Biologia E	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

2008/01/01 - 2008/07/01	Bolseiro de investigação no âmbito do projecto: ARN - Algorithms for the identification of genetic Regulatory Networks (Referência: PTDC/EIA/67722/2006)	Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

2006/09/01 - 2007/07/01	Frequência de disciplinas da área de Inteligência Artificial do Mestrado em Engenharia Informática e de Computadores em regime Extra-Curricular	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Projects

Grant

	Designation	Funders
2015/06 - 2015/11	DataStorm - Large scale data management in cloud environments EXCL/EEIESS/0257/2012 Post-doc Fellow Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal	Concluded
2011/01/01 - 2013/12	TAGS : The power of the short - Tools and Algorithms for next Generation Sequencing applications info:eu-repo/grantAgreement/FCT/3599-PPCDT/112283/PT PhD Student Fellow Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal	Universidade do Algarve Faculdade de Ciências e Tecnologia Concluded
2008/01/01 - 2008/12	ARN - Algorithms for the identification of genetic Regulatory Networks info:eu-repo/grantAgreement/FCT/3599-PPCDT/67722/PT Master Student Fellow	Universidade do Algarve Faculdade de Ciências e Tecnologia Concluded

Other

	Designation	Funders
2021/01/01 - Current	ARCADE - Augmenting Rehabilitation Centers with Context-Aware Digital Environments PTDC/CCI-COM/30274/2017 Post-doc Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal	Ongoing
2019/05 - 2020/12/31	STREACKER - Skeletal Tracking Enhanced with Anatomically Correct Kinematics for Exergames and Rehabilitation UTAP-EXPL/CA/0065/2017 Post-doc Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal	Ongoing
2016/01 - 2016/12	A-MOP - Algorithms for Macro-Molecular Pocket Detection UTAPEXPL/QEQ-COM/0019/2014 Researcher Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal	Concluded

Outputs

Publications

Conference paper	Milagros Jaén Vargas; Karla Reyes Leiva; Francisco Fernandes; Sérgio Gonçalves; Miguel Silva; Daniel Simões Lopes; José Javier Olmedo. "A Deep Learning Approach to Recognize Human Activity using Inertial Sensors and Motion Capture Systems". Paper presented in 7th International Conference on Fuzzy Systems and Data Mining, 2021. Published • 10.3233/FAIA210196 Fernandes, Francisco; Santos, João; Lopes, Daniel; Ferreira, Alfredo. "PuzzleDock: An Immersive Protein Docking Environment". Paper presented in International Conference on Graphics and Interaction (ICGI2018), 2018. Fernandes, Francisco; Ferreira, Alfredo. "An experimental shape matching approach for protein docking". Paper presented in EG 3DOR 16: 9th Eurographics Workshop on 3D Object Retrieval, 2016. 10.2312/3dor.20161083 Coimbra, Miguel E.; Fernandes, Francisco; Russo, Luís M. S.; Freitas, Ana T.. "Parallel efficient aligner of pyrosequencing reads". 2013. 10.1145/2488551.2488593 Fernandes, Francisco; Fonseca, Paulo; Russo, Luís; Oliveira, Arlindo. "An efficient data representation for large scale genome re-sequencing". Paper presented in 13t th International Meeting on Human Genome Variation and Complex Genome Analysis (HGV2012), 2012. Fernandes, Francisco; Paulo G. S. da Fonseca; Luís M. S. Russo; Arlindo L. Oliveira; Ana T. Freitas. "Efficient High-throughput Read Mapping For Re-sequencing Applications". Paper presented in Bioinformatics Open Days, 2012. Fernandes, Francisco; Paulo G. S. da Fonseca; Luís M. S. Russo; Arlindo L. Oliveira; Ana T. Freitas. "TAPYR: An efficient high-throughput sequence aligner for re-sequencing applications". Paper presented in 7th Internation Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting 2011), 2011. Dário Abdulrehman; Fernandes, Francisco; Sofia Pinto; Ana T. Freitas. "YEASTRACT Semantic Web Services". Paper presented in 3º INForum - Simpósio de Informática, 2011. Fernandes, Francisco; Luisa Pereira; Ana Teresa Freitas. "CIRCALIGN: A new algorithm to align multiple mitochondrial genomes". Paper presented in Jornadas de Bioinformatica 2009, 2009. Fernandes, Francisco; Ana T. Freitas; Jonas S. Almeida; Susana Vinga. "ENTROPIC PROFILER – efficient whole genome analysis using information theory and statistical concepts". Paper presented in ISMB/ECCB09 - 17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology - 8th European Conference on Computational Biology, 2009.
Conference poster	Fernandes, Francisco; Luisa Pereira; Ana T. Freitas. "An efficient algorithm to align multiple circular genomes". Paper presented in RECOMB2010: 14th International Conference on Research in Computational Molecular Biology, 2010.
Journal article	Francisco Fernandes; Ivo Roupa; Sérgio B. Gonçalves; Gonçalo Moita; Miguel Tavares da Silva; João Pereira; Joaquim Jorge; Richard R. Neptune; Daniel Simões Lopes. "Sticks and STONES may build my bones: Deep learning reconstruction of limb rotations in stick figures". Pattern Recognition Letters (2023): https://doi.org/10.1016/j.patrec.2022.12.012. 10.1016/j.patrec.2022.12.012 Dias, Sérgio; Simões, Tiago; Fernandes, Francisco; Martins, Ana Mafalda; Ferreira, Alfredo; Jorge, Joaquim; Gomes, Abel J. P.. "CavBench: A benchmark for protein cavity detection methods". PLOS ONE 14 10 (2019): e0223596. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0223596. 10.1371/journal.pone.0223596 Teixeira, Andreia Sofia; Fernandes, Francisco; Francisco, Alexandre P.. "SpliceTAPyR - An Efficient Method for Transcriptome Alignment". International Journal of Foundations of Computer Science 29 08 (2018): 1297-1310. http://dx.doi.org/10.1142/s0129054118430049. 10.1142/s0129054118430049 Simões, Tiago; Lopes, Daniel; Dias, Sérgio; Fernandes, Francisco; Pereira, João; Jorge, Joaquim; Bajaj, Chandrajit; Gomes, Abel. "Geometric Detection Algorithms for Cavities on Protein Surfaces in Molecular Graphics: A Survey". Computer Graphics Forum 36 8 (2017): 643-683. http://dx.doi.org/10.1111/cgf.13158. 10.1111/cgf.13158 Fernandes F; Freitas AT. "slaMEM: efficient retrieval of maximal exact matches using a sampled LCP array.". (2014): http://europepmc.org/abstract/med/24336412. 10.1093/bioinformatics/btt706 Fernandes F; da Fonseca PG; Russo LM; Oliveira AL; Freitas AT. "Efficient alignment of pyrosequencing reads for re-sequencing applications.". (2011): http://europepmc.org/abstract/med/21672185. 10.1186/1471-2105-12-163 Fernandes F; Pereira L; Freitas AT. "CSA: an efficient algorithm to improve circular DNA multiple alignment.". (2009): http://europepmc.org/abstract/med/19627599. 10.1186/1471-2105-10-230 Fernandes F; Freitas AT; Almeida JS; Vinga S. "Entropic Profiler - detection of conservation in genomes using information theory.". (2009): http://europepmc.org/abstract/med/19416538. 10.1186/1756-0500-2-72

Activities

Supervision

	Thesis Title Role	Degree Subject (Type) Institution / Organization
2021/09 - Current	Rigid Body Simulation with Extended Position Based Dynamics Co-supervisor	Engenharia Informática e de Computadores (Master) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021/09 - Current	Kinect Noise Removal with Deep Learning Co-supervisor	Engenharia Informática e de Computadores (Master) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021/09 - Current	Fast Photorealistic Rendering of Protein Representations Co-supervisor	Engenharia Informática e de Computadores (Master) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021/09 - Current	Force Field Calculation for Biomolecules Co-supervisor	Engenharia Informática e de Computadores (Master) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021/09 - Current	Reconstruction of Avatar Motion in Virtual Reality with Machine Learning Co-supervisor	Engenharia Informática e de Computadores (Master) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2017 - 2017/11/09	Acoplamento de Proteínas em Ambiente Imersivo Co-supervisor	Engenharia Informática e de Computadores (Master) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Jury of academic degree

	Topic Role	Candidate name (Type of degree) Institution / Organization
2021/09/24	Prediction of postoperative complications in oncology patients using fuzzy logic-based machine learning (Thesis) Main arguer	André Aguiar de Matos de Lima Miranda (Master) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2020/06/17	Cerebellum Model for Movement Coordination (Thesis) Main arguer	Leonardo Filipe Farinha Marques (Master) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2017/10/31	Strategies to Accelerate Deformable and Rigid Bodies Simulation: A non-polygonal approach to contact detection (Thesis) Arguer	José Pedro Carapuça Serrano (Master) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Distinctions

Other distinction

2012	Artigo "Dez exemplos que mostram a qualidade da ciência nacional em 2011" (Público 01/01/2012)
2011	Artigo "Portugueses são os mais rápidos do mundo a montar genomas" (Expresso 27/08/2011)
2011	Nominee for Best INESC-ID PhD Student Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal