Identification
Personal identification
- Full name
- Francisco Jorge Dias Oliveira Fernandes
Citation names
- Fernandes, Francisco
Author identifiers
- Ciência ID
- FC13-981E-E38C
- ORCID iD
- 0000-0003-2546-2669
Knowledge fields
- Exact Sciences - Computer and Information Sciences - Bioinformatics
Languages
Language | Speaking | Reading | Writing | Listening | Peer-review |
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Portuguese | Advanced (C1) | Advanced (C1) | Advanced (C1) | Advanced (C1) | |
English | Intermediate (B1) | Advanced (C1) | Advanced (C1) | Intermediate (B1) |
Education
Degree | Classification | |
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2016/01 - 2018/12
Concluded
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Efficient Algorithms for Protein Docking (Pós-doutoramento)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2013
Concluded
|
Engenharia Informática e de Computadores (Doutoramento)
Major in Bioinformática
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
"Efficient algorithms to align DNA sequences" (THESIS/DISSERTATION)
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18 |
2007
Concluded
|
Matemática Aplicada e Computação (Mestrado integrado)
Major in Computação
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
"Detection of Conserved Regions in Genomes using Entropic Profiles" (THESIS/DISSERTATION)
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15 |
Affiliation
Science
Category Host institution |
Employer | |
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2019/01 - Current | Contracted Researcher (Research) | Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal |
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal |
Others
Category Host institution |
Employer | |
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2016/01/01 - 2018/12 | Pós-Doutoramento Tema: Efficient Algorithms for Protein Docking | Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal |
2015/06/01 - 2015/11/01 | Bolseiro de pós-doutoramento no âmbito do projecto: DataStorm - Large scale data management in cloud environments (Referência: EXCL/EEIESS/0257/2012) | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal |
2008/09/01 - 2013/12/01 | Doutoramento em Engenharia Informática e de Computadores Tema: Efficient Algorithms to Align DNA Sequences | Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal |
2009/09/01 - 2009/12/01 | Frequência em regime extra-curricular de disciplinas de áreas directamente ligadas à Bioinformática: Bioquímica e Biologia Molecular, Engenharia Biomolecular e Celular, Engenharia Genética, Biologia E | Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal |
2008/01/01 - 2008/07/01 | Bolseiro de investigação no âmbito do projecto: ARN - Algorithms for the identification of genetic Regulatory Networks (Referência: PTDC/EIA/67722/2006) | Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal |
2006/09/01 - 2007/07/01 | Frequência de disciplinas da área de Inteligência Artificial do Mestrado em Engenharia Informática e de Computadores em regime Extra-Curricular | Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal |
Projects
Grant
Designation | Funders | |
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2015/06 - 2015/11 | DataStorm - Large scale data management in cloud environments
Post-doc Fellow
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
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Concluded
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2011/01/01 - 2013/12 | TAGS : The power of the short - Tools and Algorithms for next Generation Sequencing applications
PhD Student Fellow
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
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Universidade do Algarve Faculdade de Ciências e Tecnologia
Concluded
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2008/01/01 - 2008/12 | ARN - Algorithms for the identification of genetic Regulatory Networks
Master Student Fellow
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Universidade do Algarve Faculdade de Ciências e Tecnologia
Concluded
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Other
Designation | Funders | |
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2021/01/01 - Current | ARCADE - Augmenting Rehabilitation Centers with Context-Aware Digital Environments
Post-doc
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
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Ongoing
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2019/05 - 2020/12/31 | STREACKER - Skeletal Tracking Enhanced with Anatomically Correct Kinematics for Exergames and Rehabilitation
Post-doc
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
|
Ongoing
|
2016/01 - 2016/12 | A-MOP - Algorithms for Macro-Molecular Pocket Detection
Researcher
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
|
Concluded
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Outputs
Publications
Conference paper |
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Conference poster |
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Journal article |
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Activities
Supervision
Thesis Title Role |
Degree Subject (Type) Institution / Organization |
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2021/09 - Current | Rigid Body Simulation with Extended Position Based Dynamics
Co-supervisor
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Engenharia Informática e de Computadores (Master)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2021/09 - Current | Kinect Noise Removal with Deep Learning
Co-supervisor
|
Engenharia Informática e de Computadores (Master)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2021/09 - Current | Fast Photorealistic Rendering of Protein Representations
Co-supervisor
|
Engenharia Informática e de Computadores (Master)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2021/09 - Current | Force Field Calculation for Biomolecules
Co-supervisor
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Engenharia Informática e de Computadores (Master)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2021/09 - Current | Reconstruction of Avatar Motion in Virtual Reality with Machine Learning
Co-supervisor
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Engenharia Informática e de Computadores (Master)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2017 - 2017/11/09 | Acoplamento de Proteínas em Ambiente Imersivo
Co-supervisor
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Engenharia Informática e de Computadores (Master)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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Jury of academic degree
Topic Role |
Candidate name (Type of degree) Institution / Organization |
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2021/09/24 | Prediction of postoperative complications in oncology patients using fuzzy logic-based machine learning
(Thesis) Main arguer
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André Aguiar de Matos de Lima Miranda (Master)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2020/06/17 | Cerebellum Model for Movement Coordination
(Thesis) Main arguer
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Leonardo Filipe Farinha Marques (Master)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2017/10/31 | Strategies to Accelerate Deformable and Rigid Bodies Simulation: A non-polygonal approach to contact detection
(Thesis) Arguer
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José Pedro Carapuça Serrano (Master)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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Distinctions
Other distinction
2012 | Artigo "Dez exemplos que mostram a qualidade da ciência nacional em 2011" (Público 01/01/2012) |
2011 | Artigo "Portugueses são os mais rápidos do mundo a montar genomas" (Expresso 27/08/2011) |
2011 | Nominee for Best INESC-ID PhD Student
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
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