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Principal Investigator at the Center for Neuroscience and Cell Biology (CNC), Research Unit Centre for Innovative Biomedicine and Biotechnology (CiBB), University of Coimbra, Portugal. Coordinator of the PhD Programme in Experimental Biology and Biomedicine (PDBEB) and of the Advanced Studies Office and Career Development at CNC/CiBB since 2024. President of the Carbohydrate Group of the Portuguese Chemical Society (SPQ) since 2025. Biologist with a PhD in Biochemistry and specialization in Microbiology from the University of Coimbra (UC) (advisors: Milton S. da Costa, Helena Santos (ITQB-NOVA), John D. Marugg (Nestlé Research Center, Switzerland). Current research interests focus on opportunistic nontuberculous mycobacteria (NTM) from drinking water systems, antimicrobials from skin microbiota and plant products, and microbial biosynthesis of neuroactive metabolites by gut microbiota. His work in Parkinson’s disease models uncovered a toxic pathway linking chronic ingestion of the microbial toxin BMAA through aquatic foods to unmonitored health risks in human populations. As a molecular microbiologist, he has elucidated mechanisms of microbial adaptation to diverse extreme environments, including hot springs, salterns, hydrothermal vents and deserts, through discovery and characterization of biosynthetic pathways for glycosidic compatible solutes in extremophiles. He has clarified key steps in the biosynthesis of polysaccharides in Mycobacterium tuberculosis and NTM. He has identified genes and enzymes that led to the foundation of 17 new families in the IUBMB enzyme nomenclature (https://www.enzyme-database.org/query.php?name=Empadinhas). Has co-authored over 90 peer-reviewed publications, including 7 book chapters and 2 international patents, accumulating over 3,300 citations and an h-index of 36 (Google Scholar). His transdisciplinary research has attracted over €2 million in competitive funding (FCT, Mizutani Foundation for Glycoscience, Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, Infarmed, SPP/Boehringer Ingelheim, SCML/Pfizer). Supervised 10 PhD theses and 15 MSc theses, and delivered >50 invited lectures, served on multiple grant evaluation panels, (e.g. Agence Nationale de la Recherche, MSCA-REWIRE, ERA-NET, Hong Kong Health and Medical Research Fund, FCT). Acted as peer reviewer for >25 scientific journals. His work has been recognized with several distinctions, including the Mizutani Grant (2012), the first Portuguese scientist to receive this distinction since its inception in 1993, the Mantero Belard Award (2016), the Thomé Villar Award (2017), the UC Seed Project Award (2020), and the Pfizer Award in Basic Research (2023).
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
NUNO MIGUEL DA SILVA EMPADINHAS

Nomes de citação

  • Empadinhas, Nuno

Identificadores de autor

Ciência ID
C511-C024-BE7A
ORCID iD
0000-0001-8938-7560
Google Scholar ID
https://scholar.google.com/citations?hl=en&user=-jHQdEgAAAAJ&view_op=list_works
Researcher Id
AAC-6157-2019
Scopus Author Id
6602504934

Endereços de correio eletrónico

  • nuno.empadinhas@uc.pt (Profissional)
  • numenius@cnc.uc.pt (Profissional)
  • nempadinhas@gmail.com (Pessoal)

Telefones

Telefone
  • (+351) 304502931 (Profissional)
  • (+351) 239820190 Ext.: 140 (Profissional)

Moradas

  • Centro de Neurociências e Biologia Celular (CNC), Rua Larga, Universidade de Coimbra, 3004-504, Coimbra, Coimbra, Portugal (Profissional)

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Microbiologia
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Molecular
  • Ciências Médicas e da Saúde - Ciências da Saúde - Doenças Infeciosas
Formação
Grau Classificação
2000 - 2004
Concluído
 Bioquímica (Doutoramento)
Especialização em Specialty in Microbiology
Universidade de Coimbra, Portugal
"Pathways for the synthesis of mannosylglycerate in prokaryotes. Genes, enzymes and evolutionary implications" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 Distinction and Honours
1997 - 1999
Concluído
 Biologia Celular (Curso de mestrado (conclusão do curso de especialização))
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
 Very Good
1990 - 1996
Concluído
 Biologia (Licenciatura)
Especialização em Microbiologia
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
"A flora bacteriana num sistema de engarrafamento de água mineral: caracterização por RAPD-PCR" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 Good
1986 - 1989
Concluído
 Quimicotecnia (Ensino secundário)
Escola Secundária André de Gouveia, Portugal
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2024 - Atual Investigador principal (carreira) (Investigação) Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal
2019 - 2023 Investigador principal (carreira) (Investigação) Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2008 - 2018 Investigador Auxiliar (carreira) (Investigação) Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2000 - 2004 Investigador visitante (Investigação) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
1997 - 1999 Estagiário de Investigação (Investigação) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal

Docência no Ensino Superior

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2008 - 2011 Professor Auxiliar Convidado (Docente Universitário) Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal

Cargos e Funções

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2025/09 - Atual President, Carbohydrate Group, Portuguese Chemical Society (SPQ) Sociedade Portuguesa de Química, Portugal
Sociedade Portuguesa de Química, Portugal
2024/06 - Atual Coordinator, PhD Programme in Experimental Biology and Biomedicine (PDBEB) Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar, Portugal
Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar, Portugal
2024/06 - Atual Coordinator, Advanced Studies and Career Development Office Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal
Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal
(...)
2022 - Atual Member, Scientific Council, Centre for Innovative Biomedicine and Biotechnology, University of Coimbra Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal
Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal
2018 - Atual Group Leader, Molecular Microbiology and Microbiome Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal
Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal
(...)
2016 - 2018 Coordinator, Annual Seminar Series at CNC Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2014 - 2018 Group Leader, Molecular Mycobacteriology and Microbiome Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2000 - 2012 Researcher, Microbiology of Extreme Environments Group Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
Projetos

Projeto

Designação Financiadores
2025 - 2029 WATERGATE: Drinking water microbiota with implications for chronic diseases
COMPETE2030-FEDER-00676000
Investigador responsável
Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2025 - 2028 GAinPD - Arrest PD with new bacterial-derived anti-inflammatory mediators
COMPETE2030-FEDER-00675300
Investigador
Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2023 - 2026 Validation of bacterial-derived anti-inflammatory mediators in gut-first PD
CP code: SC01
Investigador
Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal

Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
Cure Parkinson's UK
Em curso
2023 - 2025 AMRFIGHT - Exploring bacterial interactions to find novel molecules to combat the antimicrobial resistance catastrophe
2022.06809.PTDC
Investigador
Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal

Centro de Neurociências e Biologia Celular da Universidade de Coimbra, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2022 - 2025 NTMENACE - Nontuberculous mycobacteria from drinking water: beyond the lung disease epidemic
PTDC/BIA-MIC/0122/2021
Investigador responsável
Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal

Administração Regional de Saúde do Centro IP, Portugal

Universidade do Porto Instituto de Saúde Pública, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2022 - 2023 mi-PD-RNAs - Microbiome-miRNAs axis in Parkinsons disease: involvement of mitochondrial mediated inflammatory response
EXPL/MED-NEU/1515/2021
Investigador
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal

Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2021 - 2023 The Gut-Immune-Brain Axis in Parkinson disease
PTDC/MED-NEU/3644/2020
Co-Investigador Responsável (Co-IR)
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal

Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2018 - 2022 STERILAEROGEL - Green method to prepare sterilized biopolymers based aerogel
PTDC/EQU-EPQ/32625/2017
Investigador
Universidade de Coimbra, Portugal

Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal

Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2018/06/15 - 2021/12/31 POLYREP - An intriguing mycobacterial polysaccharide: recycling, replication and beyond
PTDC/BTM-TEC/29221/2017
Investigador responsável
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal

Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal

Universidade do Porto Instituto de Biologia Molecular e Celular, Portugal

Universidade do Minho Instituto de Investigação em Ciências da Vida e Saúde, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2020 - 2021 Sustainable and dual function polymeric edible films: a probiotic and antioxidant delivery food packaging system
Prémio Projetos Semente de I&D "Era pós-COVID 19: uma sociedade mais sustentável, resiliente e justa
Investigador
Universidade de Coimbra, Portugal
 Universidade de Coimbra/Santander
Concluído
2017 - 2021 HealthyAging2020 (WP9 - Deciphering microbiome signatures in chronic diseases for early diagnosis and modulation therapies) (Institutional-HR)
CENTRO-01-0145-FEDER-000012-N2323
Investigador
Universidade de Coimbra - Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal

CNC.IBILI, Portugal
European Regional Development Fund

Comissão de Coordenação e Desenvolvimento Regional do Centro
Concluído
2017 - 2020 The toxinogenic gut microbiome in sporadic Parkinson's Disease: a quest for "antiPDbiotics"
Mantero Belard Prize 2016 - MB-40-2016
Co-Investigador Responsável (Co-IR)
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal

Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal
Santa Casa da Misericórdia de Lisboa
Concluído
2018 - 2018 Prevalência de micobactérias não tuberculosas em ambiente doméstico
Prémio Thomé Villar/Boehringer Ingelheim 2017
Co-Investigador Responsável (Co-IR)
Universidade do Porto Instituto de Saúde Pública, Portugal

Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal
Sociedade Portuguesa de Pneumologia

Boehringer Ingelheim Portugal
Concluído
2016 - 2018 MICROCARE - Microbiome of diabetic ulcers: early diagnosis, prognosis and therapy
FIS-2015-01_DIA_20150630-144
Co-Investigador Responsável (Co-IR)
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal

CNC.IBILI, Portugal
Infarmed - Fundo para a Investigação em Saúde
Concluído
2016 - 2016 The impairment of neuronal metabolism by gut microbiome effectors
FMUC-BST-2016-221
Investigador
Universidade de Coimbra Faculdade de Medicina, Portugal
 Faculdade de Medicina, Universidade de Coimbra & Banco Santander
Concluído
2013/05/01 - 2015/09/30 Bioprospecção de enzimas com capacidade de degradar biomassa vegetal no metagenoma do sistema divestivo de Porcellio dilatatus Crustacea,Isopoda.
PTDC/AGR-TEC/3789/2012
Investigador
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2014 - 2015 Produção e comercialização global de compostos microbianos para investigação
InovC 2014
Investigador responsável
Universidade de Coimbra, Portugal
 European Regional Development Fund
Concluído
2013 - 2015 Biosynthesis of rare methylmannose polysaccharides in nontuberculous mycobacteria
PTDC/BIA-MIC/2779/2012
Investigador responsável
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal

Universidade do Porto Instituto de Biologia Molecular e Celular, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2013 - 2015 Ambiguity and virulence in a human pathogen
PTDC/BBB-BEP/0695/2012
Investigador
Instituto de Biologia Molecular e Celular, Portugal

Centro de Neurociências e Biologia Celular da Universidade de Coimbra, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2012 - 2014 Unravelling the early steps in the biosynthesis of the mycobacterial MGLP
Grant 120123
Investigador responsável
Universidade de Coimbra - Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
 Mizutani Foundation for Glycoscience
Concluído
2011 - 2014 Pathway for the synthesis of the mycobacterial MGLP. Biochemical and structural characterization of the key enzymes
PTDC/BIA-PRO/110523/2009
Investigador responsável
Centro de Neurociências e Biologia Celular da Universidade de Coimbra, Portugal

Universidade do Porto Instituto de Biologia Molecular e Celular, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2011 - 2013 The enigmatic mycobacterial maltokinase
PTDC/BIA-BCM/112459/2009
Investigador responsável
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2009 - 2010 Characterization and evolution of a rare glycosyltransferase from antitumor producing bacteria of the genus Actinosynnema
Acordo Cultural 2010 Eslováquia 124626903612592
Investigador responsável
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2008 - 2010 Cloning, expression and regulation of genes for the synthesis of compatible solutes in Thermus thermophilus
Acção Nº E-9/08
Investigador
Universidade de Coimbra, Portugal

Centro de Neurociências e Biologia Celular da Universidade de Coimbra, Portugal
Conselho de Reitores das Universidades Portuguesas, Portugal
Concluído
2008 - 2010 HotMetal- Exploiting marine hydrothermal spots for diversity of metal resistance-strategies together with antibiotic resistance dissemination
PTDC/MAR/109057/2008
Investigador
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2005 - 2008 Compatible solutes from extremophiles: screening, biosynthesis and heterologous production
POCI/V.5/A0005/2005
Investigador
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2005 - 2008 Nature´s shields to environmental stress. Biosynthesis of compatible solutes in extremely radiation-resistant Rubrobacter spp.
POCI/BIA-MIC/56511/2004
Investigador
Centro de Neurociências e Biologia Celular da Universidade de Coimbra, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2005 - 2006 O Mundo dos Micróbios - Colecção Portuguesa de Bactérias (CPB) e Laboratório Acreditado de Controlo Microbiológico
REEQ/851/BIO/2005
Investigador
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2004 - 2006 Hotsolutes: New applications for compatible solutes from Extremophiles
COOP-CT-2003-508644
Bolseiro de Pós-Doutoramento
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal

Centro de Neurociências e Biologia Celular da Universidade de Coimbra, Portugal
European Commission
Concluído
2002 - 2004 Hypersolutes: Exploiting new solutes from hyperthermophiles for the preservation of biomaterials: cell factories for production of hypersolutes
QLK3-CT-2000-00640
Bolseiro de Doutoramento
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal

Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
European Commission
Concluído
2001 - 2004 Towards the Utilization of Cell-Reactors for the Production of Mannosylglycerate, an Enzyme Stabilizer from Hyperthermophiles
POCTI/BIO/35715/1999
Bolseiro de Doutoramento
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
1999 - 2001 Exploiting solutes from hyperthermophilic organisms for use as enzyme stabilisers
PRAXIS/BIO/12082/1998
Bolseiro de Doutoramento
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
1997 - 1999 Extremophiles as cell factories
BIO4960488
Bolseiro de Mestrado
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
 European Commission
Concluído

Outro

Designação Financiadores
2026 - 2029 CiBB4Health+: Biomedicine & Biotechnology - drivers of a Healthier Future (Institutional)
CENTRO2030-FEDER-02604300
Investigador
Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal
 European Regional Development Fund
Em curso
2025 - 2029 CIBB - Center for Innovative Biomedicine and Biotechnology (Institutional)
UID/04539/2023
Investigador
Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2021 - 2025 DYNABrain - Dynamic Brain Function: Towards the Understanding and Treatment of Brain Disorders (ERA Chairs - Institutional)
H2020-WIDESPREAD-2018-2020-6, ID: 952422
WIDESPREAD-06-2020 - ERA Chairs
Outra
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
 European Commission
Em curso
2021 - 2025 CIBB - Center for Innovative Biomedicine and Biotechnology - Associate Laboratory (Institutional)
LA/P/0058/2020
10.54499/LA/P/0058/2020
Investigador
Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2020 - 2023 CIBB - Center for Innovative Biomedicine and Biotechnology (Institutional)
UIDB/04539/2020 and UIDP/04539/2020
Investigador
Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia (CIBB), Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
Produções

Publicações

Artigo em conferência
  1. Cardoso SM, Muñoz-Pinto MF, Candeias E, Esteves AR, Maranha A, Melo-Marques I, Magalhães JD, Carneiro DR, Sant'Anna M, P; Nunes-Costa D, Alarico S, Tiago I, Morgadinho A, Lemos J, Figueiredo PN, Januário C, Empadinhas N. "The role of mitochondria in Gut-Brain axis in Parkinson´s Disease". 2024.
    Publicado • 10.1016/j.bbadis.2024.167366
  2. Silva DF, Candeias E, Esteves AR, Magalhaes JD, Ferreira IL, Rego AC, Empadinhas N; SM Cardoso. "The gut hypothesis for alzheimer's disease: Bacterial metabolites cause bioenergetic failure and activation of innate immunity in cortical neurons". Trabalho apresentado em 53rd Annual Meeting of the ESCI, Coimbra, 2019.
    Publicado
  3. Candeias E, Esteves AR, Silva DF, Magalhaes JD, Ferreira IL, Rego AC, Empadinhas N, Cardoso SM. "Pathogen-associated molecular patterns as culprits for mitochondria-driven Parkinson disease neurodegeneration". Trabalho apresentado em 53rd Annual Meeting of the ESCI, Coimbra, 2019.
    Publicado • 10.1117/12.877748
  4. Magalhães JD, Candeias E, Esteves AR, Alarico S, Tiago I, Empadinhas N, Cardoso SM. "Intensive antibiotic administration generates motor deficits and neuronal mitochondria impairment". Trabalho apresentado em 53rd Annual Meeting of the ESCI, Coimbra, 2019.
    Publicado
  5. Cardoso SM, Esteves AR, Silva DF, Candeias E, Empadinhas N. "The role of mitochondria in neuronal innate immunity activation: relevance for Parkinson's disease". Trabalho apresentado em 52nd Annual Meeting of the ESCI, Barcelona, 2018.
    Publicado
  6. Empadinhas N, da Costa MS. "Diversity, distribution and biosynthesis of compatible solutes". Trabalho apresentado em Contributions to Science, 2009.
    Publicado • 10.2436/20.7010.01.65
  7. Empadinhas N, AlbuquerqueL, Costa J, da Costa MS. "A highly divergent MpgS accounts for the synthesis of mannosylglycerate in the gram-positive bacterium Rubrobacter xylanophilus". Trabalho apresentado em FEBS Meeting, Budapest, 2005.
    Publicado
  8. Alarico S, Empadinhas N, Simões C, Mingote A, da Costa MS. "Thermus thermophilus mutant deficient in the synthesis of mannosylglycerate". Trabalho apresentado em FEBS Meeting, Budapest, 2005.
    Publicado
  9. Empadinhas N, Marugg JD, da Costa MS, Santos H. "Biosynthesis of mannosylglycerate in the hyperthermophile pyrococcus horikoshii: characterization of key-enzymes". Trabalho apresentado em FEBS Meeting, Lisboa, 2001.
    Publicado
Artigo em jornal
  1. Nuno Empadinhas. "Microbiologia: uma teoria de tudo para a Vida na Terra", Diário de Notícias, 2024, https://www.dn.pt/5794656047/nuno-empadinhas-podemos-entrar-numa-era-pos-antibiotico-em-que-deixaremos-de-poder-contar-com-estes/.
  2. Nuno Empadinhas, Susana Alarico, Ana Maranha, Daniela Nunes-Costa, Inês Roxo. "Micobactérias da água: uma ameaça silenciosa", Público, 2021, https://www.publico.pt/2021/10/20/ciencia/noticia/micobacterias-agua-ameaca-silenciosa-1981724.
  3. Empadinhas, Nuno; Alarico, Susana; Ana Branco Maranha Tiago; Nunes-Costa, Daniela; Roxo, Inês. "Nuno Empadinhas, Susana Alarico, Ana Maranha, Daniela Nunes-Costa, Inês Roxo. "Micobactérias da água: uma ameaça silenciosa"", Público, 2021, https://www.publico.pt/2021/10/20/ciencia/noticia/micobacterias-agua-ameaca-silenciosa-1981724.
  4. Nuno Empadinhas. "A Resistência a Antibióticos num Planeta de Micróbios e o Alerta da OMS", Diário de Coimbra, 2014
Artigo em revista
  1. Maranha A, Leal EC, Alarico S, Tiago SG, Pereira SG, Empadinhas N, Carvalho E. "Neuropeptides neurotensin and substance P accelerate diabetic wound healing by modulating immunity and the skin microbiome". Scientific Reports (2026): https://doi.org/10.1038/s41598-025-30723-w.
    Publicado • 10.1038/s41598-025-30723-w
  2. Abreu AE, Empadinhas N, Cardoso SM. "Unveiling butyrate as a Parkinson's disease therapy". Neuroscience Bulletin 42 1 (2026): 233-246. https://doi.org/10.1007/s12264-025-01498-x.
    Publicado • 10.1007/s12264-025-01498-x
  3. Bento CSA, Lopes DL, Villarreal CF, Empadinhas N, Alarico S, de Sousa HC, Braga MEM. "Shelf-life of sterilised alginate-gelatine aerogels developed through an integrated high-pressure and supercritical CO2 process". The Journal of Supercritical Fluids 228 (2025): 106781. https://doi.org/10.1016/j.supflu.2025.106781.
    Publicado • 10.1016/j.supflu.2025.106781
  4. Bento CSA, Ruivo JP, Alarico S, Empadinhas N, Candeias, Cardoso SM, de Sousa HC, Dias AMA, Braga MEM. "Eco-friendly development of sterile chitosan-based aerogels for wound dressing applications using integrated scCO2 processing". International Journal of Pharmaceuticals (2025): https://doi.org/10.1016/j.ijpharm.2025.126021.
    Publicado • 10.1016/j.ijpharm.2025.126021
  5. Roxo IC, Alarico S, Fonseca A, Machado D, Maranha A, Tiago I, Duarte R, Empadinhas N. "Mycobacterium appelbergii sp. nov., a novel species Isolated from a drinking water fountain in a rural community". Microorganisms 3 (2025): https://www.mdpi.com/2076-2607/13/6/1259.
    Publicado • 10.3390/ microorganisms13061259
  6. Matos GA, Nunes-Costa D, Pinto DV, Martins CS, Silva JL, Leocadio PCL, Andrade MER, Raposo RS, Tiago I, Alarico S, Santo; Cardoso VN, Santos FA, Alvarez-Leite JI, Empadinhas N, Oriá RB. "Methylmercury chronic exposure and a high-fat diet induce gut microbiome alterations and intestinal barrier disruption in mice". Environmental Toxicology (2025): http://doi.org/10.1002/tox.24469.
    Publicado • 10.1002/tox.24469
  7. Sobral J, Empadinhas N, Esteves AR, Cardoso SM. "Impact of nutrition on gut microbiota: Implications for Parkinson’s Disease". Nutrition Reviews (2025): https://doi.org/10.1093/nutrit/nuae208.
    Publicado • 10.1093/nutrit/nuae208
  8. Munoz-Pinto MF, Candeias E, Melo-Marques I, Esteves AR, Maranha A, Magalhães JD, Carneiro DR, Sant'Anna M; Pereira-Santos AR, Abreu AE, Nunes-Costa D, Alarico S, Tiago I, Morgadinho A, Lemos J, Figueiredo PN, Januário C; Empadinhas N, Cardoso SM. "Gut-first Parkinson's disease is encoded by gut dysbiome". Molecular Neurodegeneration 19 (2024): https://doi.org/10.1186/s13024-024-00766-0.
    Publicado • 10.1186/s13024-024-00766-0
  9. Bento C, Lopes D, Villarreal C, Empadinhas N, Alarico S, de Sousa HC, Braga MEM. "Integrated processes (HPSE+scCO2) to prepare sterilized alginate-gelatine-based aerogel". International Journal of Pharmaceutics 662 (2024): 124546. http://dx.doi.org/10.1016/j.ijpharm.2024.124546.
    Publicado • 10.1016/j.ijpharm.2024.124546
  10. Melo-Marques I, Cardoso SM, Empadinhas N. "Bacterial extracellular vesicles at the interface of gut microbiota and immunity". Gut Microbes 16 1 (2024): https://doi.org/10.1080/19490976.2024.2396494.
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  70. Alarico S, Empadinhas N, Mingote A, Simões C, Santos MS, da Costa MS. "Mannosylglycerate is essential for osmotic adjustment in Thermus thermophilus strains HB27 and RQ-1". Extremophiles 11 6 (2007): 833-840. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-35748948644&partnerID=MN8TOARS.
    Publicado • 10.1007/s00792-007-0106-x
  71. Costa J, Empadinhas N, da Costa MS. "Glucosylglycerate biosynthesis in the deepest lineage of the Bacteria: Characterization of the thermophilic proteins GpgS and GpgP from Persephonella marina". Journal of Bacteriology 189 5 (2007): 1648-1654. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-33947366922&partnerID=MN8TOARS.
    Publicado • 10.1128/JB.00841-06
  72. Rodrigues MV, Borges N, Henriques M, Lamosa P, Ventura MR, Fernandes C, Empadinhas N, Maycock C, da Costa MS, Santos H. "Bifunctional CTP:inositol-1-phosphate cytidylyltransferase/CDP-inositol: Inositol-1-phosphate transferase, the key enzyme for di-myo-inositol-phosphate synthesis in several (hyper)thermophiles". Journal of Bacteriology 189 15 (2007): 5405-5412. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-34547629796&partnerID=MN8TOARS.
    Publicado • 10.1128/JB.00465-07
  73. Empadinhas N, da Costa MS. "Diversity and biosynthesis of compatible solutes in hyper/thermophiles". International Microbiology 9 3 (2006): 199-206. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-33750584278&partnerID=MN8TOARS.
    Publicado
  74. Costa J, Empadinhas N, Gonçalves L, Lamosa P, Santos H, da Costa MS. "Characterization of the biosynthetic pathway of glucosylglycerate in the archaeon Methanococcoides burtonii". Journal of Bacteriology 188 3 (2006): 1022-1030. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-31344453995&partnerID=MN8TOARS.
    Publicado • 10.1128/JB.188.3.1022-1030.2006
  75. Pires AL, Albuquerque L, Tiago I, Nobre MF, Empadinhas N, Veríssimo A, da Costa MS. "Meiothermus timidus sp. nov., a new slightly thermophilic yellow-pigmented species". FEMS Microbiology Letters 245 1 (2005): 39-45. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-15744405109&partnerID=MN8TOARS.
    Publicado • 10.1016/j.femsle.2005.02.011
  76. Alarico S, Empadinhas N, Simões C, Silva Z, Henne A, Mingote A, Santos H, da Costa MS. "Distribution of genes for synthesis of trehalose and mannosylglycerate in Thermus spp. and direct correlation of these genes with halotolerance". Applied and Environmental Microbiology 71 5 (2005): 2460-2466. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-18444382346&partnerID=MN8TOARS.
    Publicado • 10.1128/AEM.71.5.2460-2466.2005
  77. Borges N, Marugg JD, Empadinhas N, da Costa MS, Santos H. "Specialized roles of the two pathways for the synthesis of mannosylglycerate in osmoadaptation and thermoadaptation of Rhodothermus marinus". Journal of Biological Chemistry 279 11 (2004): 9892-9898. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-1642279326&partnerID=MN8TOARS.
    Publicado • 10.1074/jbc.M312186200
  78. Empadinhas N, Albuquerque L, Costa J, Zinder SH, Santos MAS, Santos H, da Costa MS. "A gene from the mesophilic bacterium Dehalococcoides ethenogenes encodes a novel mannosylglycerate synthase". Journal of Bacteriology 186 13 (2004): 4075-4084. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-3042523198&partnerID=MN8TOARS.
    Publicado • 10.1128/JB.186.13.4075-4084.2004
  79. Empadinhas N, Albuquerque L, Henne A, Santos H, da Costa MS. "The bacterium Thermus thermophilus, like hyperthermophilic Archaea, uses a two-step pathway for the synthesis of mannosylglycerate". Applied and Environmental Microbiology 69 6 (2003): 3272-3279. http://dx.doi.org/10.1128/aem.69.6.3272-3279.2003.
    Publicado • 10.1128/aem.69.6.3272-3279.2003
  80. Santos P, Pinhal I, Rainey FA, Empadinhas N, Costa J, Fields B, Benson R, Veríssimo A, da Costa MS. "Gamma-Proteobacteria Aquicella lusitana gen. nov., sp. nov., and Aquicella siphonis sp. nov. infect protozoa and require activated charcoal for growth in laboratory media". Applied and Environmental Microbiology 69 11 (2003): 6533-6540. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0242573382&partnerID=MN8TOARS.
    Publicado • 10.1128/AEM.69.11.6533-6540.2003
  81. Alarico S, Rainey FA, Empadinhas N, Schumann P, Nobre MF, da Costa MS. "Rubritepida flocculans gen. nov., sp. nov., a new slightly thermophilic member of the a-1 subclass of the Proteobacteria". Systematic and Applied Microbiology 25 2 (2002): 198-206. http://dx.doi.org/10.1078/0723-2020-00116.
    Publicado • 10.1078/0723-2020-00116
  82. Albuquerque L, Santos J, Travassos P, Nobre MF, Rainey FA, Wait R, Empadinhas N, Silva MT, da Costa MS. "Albidovulum inexpectatum gen. nov., sp. nov., a nonphotosynthetic and slightly thermophilic bacterium from a marine hot spring that is very closely related to members of the photosynthetic genus Rhodovulum". Applied and Environmental Microbiology 68 9 (2002): 4266-4273. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0036729238&partnerID=MN8TOARS.
    Publicado • 10.1128/AEM.68.9.4266-4273.2002
  83. Empadinhas N, Marugg JD, Borges N, Santos H, da Costa MS. "Pathway for the synthesis of mannosylglycerate in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii: Biochemical and genetic characterization of key enzymes". Journal of Biological Chemistry 276 47 (2001): 43580-43588. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0035941355&partnerID=MN8TOARS.
    Publicado • 10.1074/jbc.M108054200
  84. Martins LO, Empadinhas N, Marugg JD, Miguel C, Ferreira C, da Costa MS, Santos H. "Biosynthesis of mannosylglycerate in the thermophilic bacterium Rhodothermus marinus. Biochemical and genetic characterization of a mannosylglycerate synthase". Journal of Biological Chemistry 274 50 (1999): 35407-35414. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0033544948&partnerID=MN8TOARS.
    Publicado • 10.1074/jbc.274.50.35407
Artigo em revista (magazine)
  1. Sandra M. Cardoso, Nuno Empadinhas. "O papel do eixo microbioma-intestino-cérebro em doenças neurodegenerativas", Cidade Solidária, 2017
  2. Nuno Empadinhas. "Fundação Mizutani, no Japão, apoia investigação inovadora realizada em Portugal", Sociedade Portuguesa de Microbiologia, 2012, https://spmicrobiologia.wordpress.com/2012/08/01/fundacao-mizutani-no-japao-apoia-investigacao-inovadora-realizada-em-portugal/.
Capítulo de livro
  1. Ana Maranha, Nuno Empadinhas. "Mycobacterial pathways from simple glycosides to fatty acid-sheltering polymethylated polysaccharides". In Carbohydrate Chemistry, Chemical and Biological Approaches, 118-153. Reino Unido: Royal Society of Chemistry, 2025.
    Publicado • 10.1039/9781837676101-00118
  2. Emanuel Candeias, Daniela Nunes-Costa, A. Raquel Pereira-Santos, João D. Magalhães, Inês Melo-Marques, Betariz Guedes, A; Nuno Empadinhas, Sandra M. Cardoso. "Neurotoxicity induced by the microbial metabolite ß-methylamino-L-alanine: pathways and mechanisms". In Natural Molecules in Neuroprotection and Neurotoxicity, editado por Marcos Oliveira, 747-778. Estados Unidos: Elsevier Inc., 2024.
    Publicado • 10.1016/b978-0-443-23763-8.00068-3
  3. Nuno Empadinhas. "Cerveja de precisão e saúde: do intestino ao cérebro". In A Cerveja - Património de Coimbra e do Mundo, editado por coord. Carla Barbosa & Pedro Baptista; Almedina & Praxis. Coimbra, Portugal: Almedina, 2023.
    Publicado
  4. Nuno Empadinhas, Susana Alarico, Ana Maranha, Daniela Nunes-Costa, Inês Roxo. "Micobactérias da água: uma ameaça silenciosa". In A Saúde no Saber - Um Projeto de Promoção da Literacia em Saúde, editado por Maria João Padez de Castro. Coimbra, Portugal: Imprensa da Universidade de Coimbra, 2023.
    Publicado
  5. Joana Costa, Nuno Empadinhas, Susana Alarico, Ana Nobre, Luciana Albuquerque, Milton S. da Costa. "The biosynthesis of trehalose and sugar-glycerate compatible solutes in organisms that live in hot and saline environments". In Marine Enzymes for Biocatalysis, 465-502. Elsevier, 2013.
    Publicado • 10.1533/9781908818355.3.465
  6. Milton S. Costa, Nuno Empadinhas. "Biosynthesis of the Compatible Solute Mannosylglycerate from Hyperthermophiles to Mesophiles". In Adaptation to Life at High Salt Concentrations in Archaea, Bacteria, and Eukarya, 311-325. Springer Netherlands, 2005.
    Publicado • 10.1007/1-4020-3633-7_21
  7. Nuno Empadinhas, Zélia Silva, Milton S. da Costa. "Os solutos compatíveis como estratégia de sobrevivência a agressão osmótica". In Biotecnologia - Fundamentos e Aplicações (ISBN: 978-972-757-197-0), editado por Nelson Lima, Manuel Mota, 51-67. Portugal: Lidel, 2003.
    Publicado
Poster em conferência
  1. Empadinhas N. "Co-author in >90 poster communications documenting an interdisciplinary research trajectory, spanning extremophile and mycobacterial biology, glycobiology, enzymology, environmental, clinical microbiology, microbiome mechanisms in chronic disorders, collaborating in multiple teams and broad dissemination at institutional, national and international meetings". 2026.
  2. Alarico S, Roxo IC, Fonseca A, Machado D, Maranha A, Tiago I, Duarte R, Empadinhas N. "Mycobacterium appelbergii sp. nov., a novel species isolated from a drinking water fountain in a rural community". Trabalho apresentado em 45th Annual Congress of European Society of Mycobacteriology, 22-25 Jun, Lisbon, Portugal, 2025.
  3. Roxo I, Alarico S, Maranha, Fernandes, Alves, Dias, Silva, Ladeira, Tiago I, Duarte R, Empadinhas N. "The drinking water-gut microbiome axis in NTM disease". Trabalho apresentado em 45th Annual Congress of European Society of Mycobacteriology, 22-25 Jun, Lisbon, Portugal, 2025.
  4. Maranha A, Baptista L, Dias A, Alarico S, Tiago I, Empadinhas N. "Microbial antagonism against nontuberculous mycobacteria". Trabalho apresentado em 45th Annual Congress of European Society of Mycobacteriology, 22-25 Jun, Lisbon, Portugal, 2025.
  5. Ferreira R, Grunho J, Rocha P, Candeias E, Cardoso SM, Alarico S, Empadinhas N, de Sousa HC, Dias AM. "Ionic liquid functionalized non-releasing antibacterial polyurethane-based wound dressings for enhanced chronic wound healing". Trabalho apresentado em 7th Iberoamerican Meeting on Ionic Liquids (MIL 2024), 20-22 Nov, Coimbra, Portugal, 2024.
  6. Bento CSA, Alarico S, Empadinhas N, Lopes DL, Villarreal CF, Sousa HC, Braga MEM. "Sterilisation of alginate-gelatine aerogels through an integrated high-pressure and supercritical CO2-based process". Trabalho apresentado em 20th European Meeting on Supercritical Fluids, 26-29 May, Maribor, Slovenia, 2024.
  7. Nunes-Costa D, Manso JA, Macedo-Ribeiro S, Pereira PJB, Empadinhas N. "A novel actinobacterial glucosamine kinase family: characterization and structural insights". Trabalho apresentado em 7th Iberian Carbohydrate Meeting, 15-17 Jan, Sitges-Barcelona, Spain, 2024.
  8. Bento CSA, Alarico S, Empadinhas N, de Sousa HC, Braga MEM. "An integrated high-pressure and supercritical CO2-based process for sterilization of alginate-gelatin aerogels". Trabalho apresentado em VI Iberoamerican Conference on Supercritical Fluids, 29 Oct - 2 Nov, Córdoba, Argentina, 2023.
  9. Pereira-Santos AR, Candeias E, Esteves AR, Magalhães JD, Nunes-Costa D, Tiago I, Madeira N, Empadinhas N, Cardoso SM. "Unveiling the role of gut-immune-brain axis in Schizophrenia". Trabalho apresentado em ESN-ISN Neurochemistry School, 30 Oct, Faro, Portugal, 2023.
  10. Pereira-Santos AR, Candeias E, Magalhães JD, Esteves AR, Empadinhas N, Cardoso SM. "Neuronal control of microglia through the mitochondria". Trabalho apresentado em AD/PD 2023 - International Conference on Alzheimer's and Parkinson's Diseases and related neurological disorders. Mar 28- Apr 1. Gothenburg, Sweden, 2023.
  11. Magalhães JD, Candeias E, Melo-Marques I, Silva D, Empadinhas N, Cardoso SM. "Evidence for alpha-synuclein involvement in innate immune responses after bacterial infection: implications to PD". Trabalho apresentado em AD/PD 2023 - International Conference on Alzheimer's and Parkinson's Diseases and related neurological disorders. Mar 28 - Apr 1, Gothenburg, Sweden, 2023.
  12. Candeias E, Melo-Marques I, Munoz-Pinto MF, Esteves AR, Magalhães JD, Carneiro DR, Empadinhas N, Cardoso SM. "The gut-immune-brain axis in Parkinson disease". Trabalho apresentado em AD/PD 2023 - International Conference on Alzheimer's and Parkinson's Diseases and related neurological disorders. March 28- April 1, Gothenburg, Sweden, 2023.
  13. Pereira-Santos AR, Candeias E, Esteves AR, Magalhães JD, Nunes-Costa D, Tiago I, Madeira N, Empadinhas N, Cardoso SM. "Unveiling the role of gut dysbiosis in Schizophrenia pathology". Trabalho apresentado em FENS-Hertie Winter School in Neuro-immune interactions in health and disease, 29 Jan - 4 Feb, Innsbruck, Austria, 2023.
  14. Bento C, Alarico S, Empadinhas N, de Sousa HC, Braga MEM. "Sequential scCO2 drying and sterilization of alginate-gelatin aerogels". Trabalho apresentado em Training School Aerogels for Biomedical Applications, 7-10 Jun, Leuven, Belgium, 2022.
  15. Bento C, Carrelo H, Alarico S, Empadinhas N, Sousa H, Cidade MT; Braga M. "PECs-based hydrogels: Physicochemical, microbiological and rheological characterization". Trabalho apresentado em AERC 2022 - Annual European Rheology Conference, and IBEREO 2022 - VIII Iberian Meeting on Rheology, 26-28 Apr, Seville, Spain, 2022.
  16. Bento C, Alarico S, Empadinhas N, de Sousa HC, Braga MEM. "Sequential scCO2 drying and sterilisation of alginate-gelatine polyelectrolyte complexes (PECs)". Trabalho apresentado em EIFS 2022, 2nd Iberian Meeting on Supercritical Fluids, 28 Feb - 2 Mar, Coimbra, Portugal, 2022.
  17. Magalhães JD, Silva DF, Melo-Marques I, Candeias EM, Empadinhas N, Cardoso SM. "Listeria monocytogenes infection paradigm to “gut-first PD”". Trabalho apresentado em BEB Day 2022 – The Overview Effect, 18-19 Jan, Coimbra, Portugal, 2022.
  18. Matos G, Nunes-Costa D, Pinto D, Dias RP, Lopes SC, Silva JL, Nunes PG, Martins CS, Justi FVG; Alarico S, Tiago I, Raposo RS, Santos FA, Alvarez-Leite J, Empadinhas N, Oriá R. "Effects of methylmercury intoxication on gut microbiota, intestinal barrier, and oxidative stress in C57BL/6J mice fed a high-fat diet". Trabalho apresentado em 8th World Congress on Targeting Microbiota, 20-22 Oct, Paris, France & Online, 2021.
  19. Esteves AR, Munoz-Pinto MF, Candeias E, Silva DF, Magalhães JD, Ferreira IL, Pereira-Santos AR, Rego AC; Empadinhas N, Cardoso SM. "The Parkinson pandemic: a microbial toxin elicits Parkinson's disease-like neurodegeneration". Trabalho apresentado em 55th Annual Scientific Meeting of the European Society for Clinical Investigation, 9-11 June, Online, 2021.
  20. Magalhães JD, Esteves AR, Munoz-Pinto MF, Silva DF, Empadinhas N, Cardoso SM. "Listeria monocytogenes infection triggers mitochondrial dysfunction and alpha-synuclein expression: relevance to Parkinson's disease". Trabalho apresentado em 55th Annual Scientific Meeting of the European Society for Clinical Investigation, 9-11 Jun, Online, 2021.
  21. Munoz-Pinto MF, Esteves AR, Magalhães JD, Nunes-Costa D, Candeias E, SIlva D, Alarico S,; Pereira-Santos AR, Reis-Carneiro D, Melo-Marques I, Lemos J, Tiago I, Januário C, Empadinhas N, Cardoso SM. "Parkinson's disease neurodegeneration is mediated by the gut microbiome". Trabalho apresentado em 55th Annual Scientific Meeting of the European Society for Clinical Investigation, 9-11 Jun, Online, 2021.
  22. Nunes-Costa D, Alarico S, Silva A, Costa M, Macedo-Ribeiro S, Empadinhas N. "A rare thermophilic opportunistic pathogen: mycobacterial growth and viability near pasteurization temperatures". Trabalho apresentado em 2º Simpósio de Investigação em Tuberculose e Micobactérias não Tuberculosas em Portugal, 31 Jan, Lisboa, Portugal, 2020.
  23. Alarico S, Machado D, Maranha A, Costa M, Roxo I, Tiago I, Duarte R, Empadinhas N. "Nontuberculous mycobacteria from water of infected patients' homes". Trabalho apresentado em 2º Simpósio de Investigação em Tuberculose e Micobactérias não Tuberculosas em Portugal, 31 Jan, Lisboa, Portugal, 2020.
  24. Maranha A, Costa M, Correia-Neves M, Empadinhas N. "Differential distribution of polymethylated polysaccharides in mycobacteria". Trabalho apresentado em MycoPORTO, 20 Sep, ICBAS, Porto, Portugal, 2019.
  25. Silva DF, Candeias E, Esteves AR, Magalhães JD, Empadinhas N, Cardoso SM. "The gut hypothesis for Alzheimer's Disease: bacterial metabolites cause bioenergetics failure and activate innate immunity in cortical neurons". Trabalho apresentado em 53rd Annual Scientific Meeting of the European Society for Clinical Investigation (ESCI), 22-24 May, Coimbra, Portugal, 2019.
  26. Candeias E, Esteves AR, Silva DF, Magalhães JD, Empadinhas N, Cardoso SM. "Pathogen-associated molecular patterns as culprits for mitochondria-driven Parkinson's Disease neurodegeneration". Trabalho apresentado em 53rd Annual Scientific Meeting of the European Society for Clinical Investigation (ESCI), 22-24 May, Coimbra, Portugal, 2019.
  27. Magalhães JD, Candeias E, Esteves AR, Alarico S, Tiago I, Empadinhas N, Cardoso SM. "Intensive antibiotic administration generates motor deficits and neuronal mitochondrial impairment". Trabalho apresentado em 53rd Annual Scientific Meeting of the European Society for Clinical Investigation (ESCI), 22-24 May, Coimbra, Portugal, 2019.
  28. Candeias E, Esteves AR, Magalhães JD, Silva DF, Costa H, Alarico S, Ferreira I, Rego AC, Empadinhas N, Cardoso SM. "The Microbiome-Mitochondria Dance in Prodromal Parkinson's Disease". Trabalho apresentado em 1st CIBB Neuroscience and Disease Retreat, 10 May, Miranda do Corvo, Portugal, 2019.
  29. Frade J, Reis T, Alarico S, Empadinhas N, Chaves C, Rodrigues F. "Brain tumor? A Nocardia abscessus brain abscess clinical case". Trabalho apresentado em 29th European Congress of Clinical Microbiology Infectious Diseases (ECCMID), 16-19 Apr, Amsterdam, The Netherlands, 2019.
  30. Maranha A, Alarico S, Tiago I, Cardoso O, Pereira SG, Empadinhas N. "Microbiome signatures of diabetic skin and ulcers: combining drug resistance with culture and NGS approaches". Trabalho apresentado em 29th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID), 13-16 Apr, Amsterdam, The Netherlands, 2019.
  31. Esteves AR, Candeias E, Silva DF, Magalhães J, Empadinhas N, Cardoso SM. "Mitochondria as a probable target of a bacterial neurotoxin: relevance to Parkinson's disease etiology". Trabalho apresentado em The 14th International Conference on Alzheimer's & Parkinson's Diseases (AD/PD), 26-31 Mar, Lisboa, Portugal, 2019.
  32. Silva DF, Candeias E, Esteves AR, Magalhães JD, Empadinhas N, Cardoso SM. "Cortical neurons exposed to bacterial metabolites develop Alzheimer´s disease-related hallmarks". Trabalho apresentado em The 14th International Conference on Alzheimer's & Parkinson's Diseases (AD/PD), 26-31 Mar, Lisboa, Portugal, 2019.
  33. Candeias E, Esteves AR, Magalhães JD, Empadinhas N, Cardoso SM. "Chronic antibiotic treatment induces neurodegenerative features through the mitochondria". Trabalho apresentado em The 14th International Conference on Alzheimer's & Parkinson's Diseases (AD/PD), 26-31 Mar, Lisboa, Portugal, 2019.
  34. Maranha A, Alarico S, Leal E, Carvalho E, Pereira SG, Empadinhas N. "Projeto Microcare: o impacto microbiano na pele e ferida diabética e seus potenciais". Trabalho apresentado em 15º Congresso Português de Diabetes, 8-10 Mar, Vilamoura, Portugal, 2019.
  35. Maranha A, Alarico S, Cardoso O, Pereira SG, Empadinhas N. "Diabetic foot ulcers: the challenges of multidrug resistance and the possibilities interspecies competition may offer". Trabalho apresentado em ESCMID/ASM Conference on Drug Development to Meet the Challenge of Antimicrobial Resistance, Lisbon, Portugal, 2018.
  36. Costa M, Miranda V, Sequeira A, Ripoll-Rozada J, Maranha A, Pereira PJB, Ventura MR, Empadinhas N. "A key mannosyltransferase for elongation of mycobacterial MMP: chemical synthesis of mannosides and enzyme properties". Trabalho apresentado em 1º Simpósio de Investigação em Tuberculose e Micobactérias não Tuberculosas em Portugal, 18 Jun, Coimbra, Portugal, 2018.
  37. Maranha A, Costa M, Correia-Neves M, Empadinhas N. "Large-scale purification of mycobacterial polymethylated polysaccharides". Trabalho apresentado em 1º Simpósio de Investigação em Tuberculose e Micobactérias não Tuberculosas em Portugal, 18 Jun, Coimbra, Portugal, 2018.
  38. Ripoll-Rozada J, Costa M, Manso J, Maranha A, Miranda V, Sequeira, Ventura R, Macedo-Ribeiro S, Pereira P, Empadinhas N. "Unveiling mycobacterial methylmannose polysaccharide biosynthesis: a unique 1-methyltransferase specific for 3-methylated mannosides". Trabalho apresentado em 1º Simpósio de Investigação em Tuberculose e Micobactérias não Tuberculosas em Portugal, 18 Jun, Coimbra, Portugal, 2018.
  39. Alarico S, Pereira SG, Maranha A, Tiago I, Reis D, Nunes-Costa D, Cardoso O, Empadinhas N. "Rare mycobacteria isolated from a hospital environment and skin of diabetic patients: antimicrobial resistance profiling". Trabalho apresentado em 1º Simpósio de Investigação em Tuberculose e Micobactérias não Tuberculosas em Portugal, 18 Jun, Coimbra, Portugal, 2018.
  40. Manso JA, Nunes-Costa D, Empadinhas N, Pereira PJB. "Insights into a structural homologue of mycobacterial maltokinases with potential implications in antibiotic production". Trabalho apresentado em 1º Simpósio de Investigação em Tuberculose e Micobactérias não Tuberculosas em Portugal, 18 Jun, Coimbra, Portugal, 2018.
  41. Alarico S, Pereira SG, Maranha A, Tiago I, Reis D, Nunes-Costa D, Cardoso O, Empadinhas N. "Antimicrobial resistance in rare mycobacteria from a hospital environment and diabetic foot ulcers". Trabalho apresentado em V International Conference on Antimicrobial Research, 24-25 May, Torremolinos, Spain, 2018.
  42. Silva DF, Esteves AR, Candeias E, Empadinhas N, Cardoso SM. "The neurotoxin ß-methylamino-L-alanine (BMAA) acts on mitochondria to recapitulate PD-related pathology". Trabalho apresentado em 8th World Congress on Targeting Mitochondria, 23-24 Oct, Berlin, Germany, 2017.
  43. Cereija T, Alarico S, Lourenço EC, Ventura MR, Empadinhas N, Pereira PJB. "Biochemical and structural characterization of a mycobacterial GG hydrolase, a key enzyme in nitrogen starvation recovery". Trabalho apresentado em XIX National Congress of Biochemistry, 8-10 Dec, Guimarães, Portugal, 2016.
  44. Cereija T, Lourenço EC, Ventura MR, Empadinhas N, Pereira PJB. "Structural characterization of glucosylglycerate hydrolase from Mycobacterium hassiacum". Trabalho apresentado em i3S Annual Meeting 2016, 6 Oct, Porto, Portugal, 2016.
  45. Silva A, Sanctis D, Alarico S, Empadinhas N, Pereira PJB, Macedo-Ribeiro S. "Molecular details of Mycobacterium hassiacum GpgS, a key enzyme in methylglucose lipopolysaccharide biosynthesis". Trabalho apresentado em Instruct Biennial Structural Biology Meeting, 20–22 May, Florence, Italy, 2015.
  46. Fraga J, Silva A, Maranha A, Alarico S, Mendes V, Empadinhas N, Pereira PJB, Macedo-Ribeiro S. "Molecular details of sugar biosynthesis in mycobacteria". Trabalho apresentado em IUCr 2014 - The 23rd Congress General Assembly International Union of Crystallography, 5-12 Aug, Montréal, Canada, 2014.
  47. Empadinhas N, Maranha A, Mendes V, Costa M, Nunes-Costa D, Alarico S. "Deciphering a novel metabolic pathway in mycobacteria toward advanced therapies and diagnosis of tuberculosis and emerging mycobacterial infections". Trabalho apresentado em Hovione & MIT Portugal Symposium, 30 Jun, Lumiar, Lisboa, Portugal, 2014.
  48. Maranha A, Moynihan PJ, Ventura MR, et al., Macedo-Ribeiro S, Clarke AJ, Empadinhas N. "Identification and functional characterization of a novel essential acyltransferase, a potential target for the design of new drugs against XDR-TB". Trabalho apresentado em XI CNC Annual Meeting, 17-19 Dec, Biocant, Cantanhede, Portugal, 2013.
  49. Farias P, Gama F, Empadinhas N, Almeida AM, Morais PV. "Hospital's environmental microbial communities: a survey in two hospitals with different dimensions". Trabalho apresentado em Microbiotec13, Portuguese Congress of Microbiology & Biotechnology, 6-8 Dec, Aveiro, Portugal, 2013.
  50. Maranha A, Alarico S, Costa M, Lamaroso A, Nunes-Costa D, Lourenço E, Ventura MR, Mendes V, Empadinhas N. "The early steps in mycobacterial MGLP biosynthesis: the players". Trabalho apresentado em EuroCarb17, 17th European Carbohydrate Symposium, 7-11 Jul, Tel-Aviv, Israel, 2013.
  51. Alarico S, Maranha A, Costa M, Lourenço E, Ventura MR, Empadinhas N. "The mycobacterial glucosylglycerate hydrolase GGH is restricted to rapidly-growing species". Trabalho apresentado em 2nd International Conference on Antimicrobial Research, 21-23 Nov, Lisboa, Portugal, 2012.
  52. Maranha A, Lamaroso A, Alarico S, Mendes V, Empadinhas N. "Biochemical studies of maltokinases from mycobacteria and pseudomonads". Trabalho apresentado em 2nd International Conference on Antimicrobial Research, 21-23 Nov, Lisboa, Portugal, 2012.
  53. Tiago I, Maranha A, Mendes V, Alarico S, Moynihan PJ, Clarke AJ, Macedo-Ribeiro S, Pereira PJB, Empadinhas N. "Genome sequence of Mycobacterium hassiacum, an exceptional source of heat stable mycobacterial proteins toward structure-guided drug discovery". Trabalho apresentado em 2nd International Conference on Antimicrobial Research, 21-23 Nov, Lisboa, Portugal, 2012.
  54. Fraga J, Mendes V, Maranha A, Almeida B, Fernandes S, Empadinhas N, Macedo-Ribeiro S, Pereira PJB. "Sugar biosynthesis in mycobacteria: a structural roadmap". Trabalho apresentado em 37th FEBS Congress and 22nd IUBMB Congress, 4-9 Sep, Sevilla, Spain, 2012.
  55. Alarico S, Empadinhas N, da Costa MS. "A new bacterial hydrolase specific for compatible solutes mannosylglycerate and glucosylglycerate". Trabalho apresentado em Microbiotec11, 1-3 Dec, Braga, Portugal, 2011.
  56. Mendes V, Maranha A, Alarico S, da Costa MS, Empadinhas N. "New insights into the biosynthesis of the mycobacterial MGLP arising from identification of a novel GpgP". Trabalho apresentado em Microbiotec11, 1-3 Dec, Braga, Portugal, 2011.
  57. Mendes V, Maranha A, Costa M, da Costa MS, Empadinhas N. "Comparative studies on mycobacterial maltokinases: saprophytes versus pathogens". Trabalho apresentado em 8th International Conference on the Pathogenesis of Mycobacterial Infections, 30 Jun-3 Jul, Stockholm, Sweden, 2011.
  58. Empadinhas N, Pereira PJB, Albuquerque L, Costa J, Sá-Moura B, Macedo-Ribeiro S, da Costa MS. "Functional and structural characterization of a paradoxical glucosyl-3-phosphoglycerate synthase from Rubrobacter xylanophilus involved in mannosylglycerate synthesis in vivo". Trabalho apresentado em Extremophiles 2010, International Congress on Extremophiles, 12-16 Sep, Ponta Delgada, Açores, Portugal, 2010.
  59. Mendes V, Maranha A, Carmona V, Alarico S, da Costa MS, EmpadinhasN. "Identification of genes and characterization of enzymes for the biosynthesis of polysaccharides in Mycobacterium tuberculosis". Trabalho apresentado em Ciência 2010, 4-7 Jul, Lisboa, Portugal, 2010.
  60. Empadinhas N, Albuquerque L, Mendes V, Macedo-Ribeiro S, da Costa MS. "Identification of the mycobacterial glucosyl-3-phosphoglycerate synthase". Trabalho apresentado em Feira da Ciência e Tecnologia, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade de Coimbra, 22-24 Mar, Coimbra, Portugal, 2010.
  61. Mendes V, Maranha A, Lamosa P, da Costa MS, Empadinhas N. "Biochemical characterization of maltokinase from Mycobacterium tuberculosis". Trabalho apresentado em Feira da Ciência e Tecnologia, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade de Coimbra, 22-24 Mar, Coimbra, Portugal, 2010.
  62. Fernandes C, Mendes V, Costa J, Empadinhas N, Lamosa P, Borges N, Santos H, da Costa MS. "Mannosyl-alpha-1,2-glucosylglycerate synthesis in Petrotoga mobilis: identification of genes and characterization of enzymes". Trabalho apresentado em 3rd FEMS Congress of European Microbiologists, 28 Jun-2 Jul, Goteborg, Sweden, 2009.
  63. Nobre A, Alarico S, Fernandes C, Empadinhas N, da Costa MS. "A unique combination of genetic systems for the synthesis of trehalose in Rubrobacter xylanophilus: the first bacterial TreT". Trabalho apresentado em XVI National Congress of Biochemistry, 22-25 Oct, Ponta Delgada, Açores, Portugal, 2008.
  64. Fernandes C, Empadinhas N, Mendes V, Costa J, Santos H, da Costa MS. "Petrotoga mobilis possesses two pathways for synthesis of the rare compatible solute mannosyl-alpha-1,2-glucosylglycerate". Trabalho apresentado em XVI National Congress of Biochemistry, 22-25 Oct, Ponta Delgada, Açores, Portugal, 2008.
  65. Pereira PJB, Empadinhas N, Albuquerque L, Sá-Moura B, da Costa MS, Macedo-Ribeiro S. "Mycobacterium tuberculosis GpgS: structural characterization of a key enzyme in MGLP biosynthesis". Trabalho apresentado em XVI National Congress of Biochemistry, 22-25 Oct, Ponta Delgada, Açores, Portugal, 2008.
  66. Nobre A, Alarico S, Empadinhas N, da Costa MS. "Two pathways for synthesis of trehalose in Rubrobacter xylanophilus, an ancient desiccation-resistant thermophilic bacterium". Trabalho apresentado em MicroBiotec'2007, Congresso Nacional de Microbiologia, Biotecnologia e Genética, 30 Nov-2 Dec, Lisboa, Portugal, 2007.
  67. Costa J, Empadinhas N, da Costa MS. "The thermophilic bacterium Persephonella marina uses a two-step pathway for the synthesis of glucosylglycerate". Trabalho apresentado em 2nd FEMS Congress of European Microbiologists, 4-8 Jul, Madrid, Spain, 2006.
  68. Fernandes C, Empadinhas N, da Costa MS. "The inositol-1-phosphate synthase from Rubrobacter xylanophilus". Trabalho apresentado em 2nd FEMS Congress of European Microbiologists, 4-8 Jul, Madrid, Spain, 2006.
  69. Nobre A, Empadinhas N, Alarico S, da Costa MS. "Trehalose synthesis in the radiation-resistant bacterium Rubrobacter xylanophilus. Cloning, expression and properties of trehalose-6-phosphate synthase and trehalose-6-phosphate phosphatase". Trabalho apresentado em 2nd FEMS Congress of European Microbiologists, 4-8 Jul, Madrid, Spain, 2006.
  70. Alarico S, Empadinhas N, da Costa MS. "An extremely thermostable trehalose-hydrolyzing alpha-glucosidase from Thermus thermophilus HB27". Trabalho apresentado em 2nd FEMS Congress of European Microbiologists, 4-8 Jul, Madrid, Spain, 2006.
  71. Empadinhas N, Mendes V, Simões C, Mingote A, Lamosa P, Santos H, da Costa MS. "Compatible solutes in the radiation-resistant bacterium Rubrobacter xylanophilus". Trabalho apresentado em 2nd FEMS Congress of European Microbiologists, 4-8 Jul, Madrid, Spain, 2006.
  72. Empadinhas N, Simões C, Mingote A, Lamosa P, Santos H, da Costa MS. "Accumulation of compatible solutes in the extremely radiation-resistant bacterium Rubrobacter xylanophilus". Trabalho apresentado em MICRO'05 and BIOTECH'05, Congressos Nacionais de Microbiologia e Biotecnologia, 30 Nov-2 Dec, Varzim, Portugal, 2005.
  73. Costa J, Empadinhas N, da Costa MS. "Elucidation of the biosynthetic pathway of glucosylglycerate. Characterization of key-enzymes". Trabalho apresentado em 30th FEBS Congress: The Protein World, 2-7 Jul, Budapest, Hungary, 2005.
  74. Empadinhas N, Albuquerque L, Costa J, da Costa MS. "A highly divergent MpgS accounts for mannosylglycerate synthesis in the gram-positive bacterium Rubrobacter xylanophilus". Trabalho apresentado em 30th FEBS Congress: The Protein World, 2-7 Jul, Budapest, Hungary, 2005.
  75. Alarico S, Empadinhas N, Simões C, Mingote A, da Costa MS. "Thermus thermophilus mutant deficient in synthesis of mannosylglycerate". Trabalho apresentado em 30th FEBS Congress: The Protein World, 2-7 Jul, Budapest, Hungary, 2005.
  76. Costa J, Empadinhas N, Santos MAS, Schleper C, da Costa MS. "Biosynthesis of mannosylglycerate in crenarchaeota". Trabalho apresentado em Extremophiles 2004, The 5th International Conference on Extremophiles, 19-23 Sep, Maryland, USA, 2004.
  77. Empadinhas N, Albuquerque L, Costa J, Zinder SH, Santos MAS, Santos H, da Costa MS. "A gene from Dehalococcoides ethenogenes encodes a bifunctional mannosylglycerate synthase: the first enzyme for the synthesis of mannosylglycerate at low temperatures". Trabalho apresentado em Halophiles 2004, International Congress on Halophilic Microorganisms, 4-9 Sep, Ljublana, Slovenia, 2004.
  78. Empadinhas N, Albuquerque L, Costa J, Zinder SH, Santos MAS, Santos H, da Costa MS. "A bifunctional mannosylglycerate synthase from Dehalococcoides ethenogenes: synthesis of mannosylglycerate at low temperature". Trabalho apresentado em MICRO 2003, Congresso Nacional de Microbiologia, 29 Nov-2 Dec, Tomar, Portugal, 2003.
  79. Empadinhas N, Albuquerque L, Henne A, Santos H, da Costa MS. "The bacterium Thermus thermophilus uses a 2-step pathway for the synthesis of mannosylglycerate". Trabalho apresentado em Gordon Research Conference on Cellular Osmoregulation: Sensors, Transducers and Regulators, 10-15 Aug, Bristol, USA, 2003.
  80. Santos P, Pinhal I, Rainey FA, Empadinhas N, Costa J, Fields B, Benson R, Veríssimo A, da Costa MS. "Two gamma-proteobacteria, grow in protozoa and require charcoal for growth in laboratory media. Description of Aquicella lusitana gen. nov., sp. nov. and Aquicella siphonis, sp. nov.". Trabalho apresentado em 1st FEMS Congress of European Microbiologists, 29 Jun-3 Jul, Ljubljana, Slovenia, 2003.
  81. Empadinhas N, Albuquerque L, Henne A, da Costa MS, Santos H. "The bacterium Thermus thermophilus, like hyperthermophilic archaea, uses a two-step pathway for synthesis of mannosylglycerate". Trabalho apresentado em 1st FEMS Congress of European Microbiologists, 29 Jun-3 Jul, Ljubljana, Slovenia, 2003.
  82. Borges N, Marugg JD, Empadinhas N, da Costa MS, Santos H. "Biochemical and genetic characterization of the two-step pathway for the synthesis of mannosylglycerate in the thermophilic bacterium Rhodothermus marinus". Trabalho apresentado em 1st FEMS Congress of European Microbiologists, 29 Jun-3 Jul, Ljubljana, Slovenia, 2003.
  83. Borges N, Marugg JD, Empadinhas N, da Costa MS, Santos H. "Biochemical and genetic characterization of the phosphorylating pathway for the synthesis of mannosylglycerate in the thermophilic bacterium Rhodothermus marinus". Trabalho apresentado em Extremophiles 2002, 4th International Congress on Extremophiles, 22-26 Sep, Naples, Italy, 2002.
  84. Empadinhas N, Albuquerque L, Henne A, Santos H, da Costa MS. "Biosynthesis of mannosylglycerate in Thermus thermophiles: Gene organization and properties of enzymes". Trabalho apresentado em Extremophiles 2002, 4th International Congress on Extremophiles, 22-26 Sep, Naples, Italy, 2002.
  85. Empadinhas N, Marugg JD, Borges N, Santos H, da Costa MS. "Pathway for the synthesis of mannosylglycerate in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii: biochemical and genetic characterization of key-enzymes". Trabalho apresentado em MICRO 2001, Congresso Nacional de Microbiologia, 5-8 Dec, Póvoa de Varzim, Portugal, 2001.
  86. Empadinhas N, Marugg JD, da Costa MS, Santos H. "Biosynthesis of mannosylglycerate in the hyperthermophile Pyrococcus horikoshii: characterization of key-enzymes". Trabalho apresentado em 27th Meeting of the Federation of European Biochemical Societies (FEBS), 30 Jun-5 Jul, Lisboa, Portugal, 2001.
  87. Alarico S, Empadinhas N, Nobre MF, Rainey FA, da Costa MS. "Characterization of a slightly thermophilic aerobic bacterium gen. nov., sp. nov. Isolated from a hot spring". Trabalho apresentado em XVIII Congresso de la Sociedad Española de Microbiología, Alicante, Spain, 2001.
  88. Marugg JD, Empadinhas N, Ferreira C, Miguel C, Martins LO, Santos H, da Costa MS. "Cloning and expression of the genes involved in compatible solute biosynthesis in Rhodothermus marinus and Thermus thermophilus". Trabalho apresentado em MICRO'99, Congresso Nacional de Microbiologia, 1-4 Dec, Luso, Portugal, 1999.
  89. Marugg JD, Empadinhas N, Ferreira C, Miguel C, Martins LO, Santos H, da Costa MS. "The genes involved in compatible solute biosynthesis in Rhodothermus marinus and Thermus thermophilus". Trabalho apresentado em 3rd Meeting "Extremophiles as Cell Factories", 3-6 Jun, Graz, Austria, 1999.
  90. Martins LO, Empadinhas N, da Costa MS, Santos H. "Pathway for the synthesis of mannosylglycerate in Rhodothermus marinus: purification and characterization of mannosylglycerate synthase". Trabalho apresentado em XI Meeting of the Portuguese Biochemical Society, 28-30 Nov, Tomar, Portugal, 1998.
  91. Marugg JD, Empadinhas N, Miguel C, Martins LO, Santos H, da Costa MS. "Molecular cloning of genes involved in compatible solute biosynthesis in Rhodothermus marinus and Thermus thermophilus". Trabalho apresentado em International Conference "Thermophiles 98", 6-11 Sep, Brest, France, 1998.
  92. Martins LO, Empadinhas N, da Costa MS, Santos H. "Pathway for the synthesis of mannosylglycerate in Rhodothermus marinus: purification and characterization of mannosylglycerate synthase". Trabalho apresentado em International Conference "Thermophiles 98", 6-11 Sep, Brest, France, 1998.
  93. Marugg JD, Empadinhas N, Miguel C, Santos H, da Costa MS. "Identification of genes involved in compatible solute biosynthesis in Rhodothermus marinus and Thermus thermophilus". Trabalho apresentado em 2nd Meeting "Extremophiles as Cell Factories", 18-21 Apr, Dublin, Ireland, 1998.
  94. Martins LO, Empadinhas N, da Costa MS, Santos H. "Pathway for the synthesis of mannosylglycerate in Rhodothermus marinus: purification and characterization of mannosylglycerate synthase". Trabalho apresentado em 2nd Meeting "Extremophiles as Cell Factories", 18-21 Apr, Dublin, Ireland, 1998.
Tese / Dissertação
  1. Empadinhas, Nuno. "Pathways for the synthesis of mannosylglycerate in prokaryotes: genes, enzymes and evolutionary implications". Doutoramento, Universidade de Coimbra, 2005. https://estudogeral.sib.uc.pt/handle/10316/1996.
  2. Empadinhas, Nuno. "A flora bacteriana num sistema de engarrafamento de água mineral: caracterização por RAPD-PCR". Licenciatura, Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, 1996.

Artística / Interpretação

Arte visual
  1. Voyages in Tuberculosis (2019) André Caetano (Art); Nuno Empadinhas & João Ramalho-Santos (Text);. João Ramalho-Santos & Sara Amaral (Coordination); with contributions from Ana Maranha, Ana Teresa Viegas, Daniela Costa, Inês Roxo, João Cardoso, Mafalda Costa, Mariana Silva and Susana Alarico (https://www.publico.pt/2019/03/24/ciencia/noticia/boicote-parede-derrubar-tuberculose-1866484).
  2. Brain Voyages (2017) In: "Público" 24/03/2017. André Caetano (Art); João Ramalho-Santos & Sara Amaral (Coordination & te. Ana Cristina Rego, Ana Luísa Carvalho, Ana Rita Álvaro, Carla Lopes, Carlos Duarte, Cláudia Cavadas, Cláudia Pereira, João Peça, Luana Naia, Luís Pereira Almeida, Nuno Empadinhas, Paula Moreira, Paulo Pinheiro, Ramiro Almeida, Ricardo Rodrigues, Sandra Morais Cardoso, Sandra Mota. (https://www.publico.pt/2017/03/24/ciencia/fotogaleria/viagens-no-cerebro-em-bd-371640).
  3. Diabetic Journeys (2017) In: "Público" 24/03/2017. André Caetano (Art); João Ramalho-Santos & Sara Amaral (Coordination. Alexandrina Mendes, Ana Duarte, Ana R Álvaro, Ana T Viegas, Cláudia Cavadas, Cristina Carvalho, Ermelindo Leal, Eugénia Carvalho, João Alves, John Jones, Ludgero Tavares, Mireia Alemany, Nuno Empadinhas, Paula Moreira, Paulo Oliveira, Pedro Gomes, Renata Tavares, Sandra Amaral, Sara Silva, Sónia Correia, Susana Cardoso (https://www.publico.pt/2017/11/14/ciencia/fotogaleria/viagens-na-diabetes-em).

Propriedade Intelectual

Patente
  1. da Costa MS, Empadinhas N. 2009. "Massive production of mycobacterial glucosyl-3-phosphoglycerate synthase and the use of this enzyme as a target for antimycobacterial substances. WO2009028973.".
  2. da Costa MS, Empadinhas N, Albuquerque L, Santos H. 2005. "Identification of a bifunctional gene for mannosylglycerate synthesis and development of a high-scale-production heterologous system based on Sacharomyces cerevisiae. EP1526180A1.".
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2026/01/15 Microbiomas invisíveis: ambiente, saúde e doença Ciclo de Conversas com Ciência, 4.ª edição - Microbiomas "invisíveis"
Ciência Viva - Clubes Ciência Viva na Escola https://clubes.cienciaviva.pt/iniciativas/ (Portugal)
2025/11/18 O Microbioma intestinal: um ecossistema invisível https://ordem-dos-biologos.odoo.com/event/o-eixo-microbioma-imunidade-inflamacao-uma-visao-integrada-para-o-ensino-basico-e-secundarios-36/register
Ordem dos Biólogos (Portugal)
2025/09/15 Polymethylated polysaccharides in mycobacteria: Dissecting their roles in stress adaptation and pathogenesis 15th International Joint Meeting GLUPOR 15 & GLYCOTwinning 2025
(Portugal)
2025/09/15 Structural studies of a highly thermostable GpgS reveal a cryptic aromatic binding pocket 15th International Joint Meeting GLUPOR 15 & GLYCOTwinning 2025
(Portugal)
2025/03/21 Microbiologia da Doença de Parkinson XVIII Congresso Científico NEF/AAC
Faculdade de Farmácia da Universidade de Coimbra
2025/01/13 The gut microbiome in Parkinson’s Disease in a declining environment PDBEB Advanced Course "Pathogenic Mechanisms of Neuropsychiatric and Neurodegenerative Disorders"
Centro de Neurociências e Biologia Celular, Universidade de Coimbra (Coimbra, Portugal)
2024/05/22 Da biosfera ao microbioma intestinal: alimentação, imunidade e declínio da saúde global Ciclo Sistema Imunitário e o Microbiota
CECAV - AL4AnimalS - Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro (Portugal)
2024/03/27 A microbiologia da doença de Parkinson: os guardiões da via intestino-cérebro Ciclo "Microbioma Humano”
Academia das Ciências de Lisboa (Portugal)
2024/03/06 Aprender com as guerras entre micróbios: dos antibióticos à doença de Parkinson Semana da Biotecnologia - Núcleo de Biotecnologia
Politécnico de Leiria - Escola Superior de Turismo e Tecnologia do Mar (Portugal)
2024/02/23 Microbioma e cancro Pós-Graduação em Bioquímica e Hematologia
Escola Superior de Tecnologia da Saúde de Coimbra (Coimbra, Portugal)
2024/01/16 Self-recycling and replication of mycobacterial methylmannose polysaccharides for cold adaptation 7th Iberian Carbohydrate Meeting
(Sitges-Barcelona, Espanha)
2023/01/17 Methylglucose vs methylmannose polysaccharides: biosynthesis, distribution and proposed roles in adaptation of mycobacteria to heat or cold 14th International Meeting of the Portuguese Carbohydrate Group (GLUPOR 14)
NOVA School of Science and Technology, NOVA University of Lisbon, Caparica, Portugal (Caparica, Portugal)
2023/01/04 What do mycobacteria and cyanobacteria have in common when it comes to public health? DCV Talks
Life Sciences Department, UC (Coimbra, Portugal)
2022/07/14 The role of the gut microbiome in neurodegenerative diseases Portugal & Brasil Joint Meeting @CNC
Center for Neuroscience and Cell Biology (Coimbra, Portugal)
2022/06/13 Mycobacterial biogenesis of polymethylated polysaccharides FASEB - The Microbial Glycobiology Conference
FASEB Science Research Conference (SRC) (Lisboa, Portugal)
2022/05/11 Microbiome weapons and shields in metabolic, neurodegenerative and infectious diseases Programa de Doutoramento em Ciências Farmacêuticas
Faculdade de Farmácia da Universidade de Coimbra (Portugal)
2022/04/07 The gut microbiome in PD: active player or bystander? Metabolic and Inflammatory Drivers in Age-Related Neurodegenerative Diseases
PDBEB Advanced Course (Coimbra, Portugal)
2022/03/27 Microbiology of Parkinson's Disease XIII Symposium on Bioengineering "Turning Science into Miracles"
Faculdade de Engenharia da Universidade do Porto + ICBAS (Porto, Portugal)
2022/03/26 Ecologia e Epidemiologia das Micobactérias Não Tuberculosas XXIX Congresso de Pneumologia do Norte
Serviços de Pneumologia do Centro Hospitalar Universitário de São João e do Centro Hospitalar de Vila Nova de Gaia/Espinho (Centro de Congressos Sheraton Porto, Portugal)
2021/11/16 Novos caminhos de investigação em Tuberculose, na língua que nos une A Bienal STEM+L 2021 - Aprendizagem da Ciência, Tecnologias, Engenharia e Matemática, na Língua que nos une
OSUWELA | UNESCO | UPM (Maputo, Moçambique)
2021/07/14 Antimicrobial resistance in rare mycobacteria isolated from a tertiary hospital environment 4th International Caparica Congress In Antibiotic Resistance
NOVA University of Lisbon (Caparica, Portugal)
2021/04/27 Pathogen-microbiome-host interactions in health and disease Programa Doutoral em Ciências Farmacêuticas 2020-21
Faculdade de Farmácia da Universidade de Coimbra (Coimbra, Portugal)
2021/03/16 The deadliest pathogens of all time Doctoral Programme in Experimental Biology and Biomedicine
Center for Neuroscience and Cell Biology, University of Coimbra (Coimbra, Portugal)
2021/03/15 Microbial diversity in the 4-domain Tree of Life: an infective overview Fighting Infection course, Doctoral Programme in Experimental Biology and Biomedicine
Center for Neuroscience and Cell Biology (Coimbra, Portugal)
2020/09/19 Mycobacteria: Complete biosynthesis of unique polysaccharides and the art of furtiveness 2nd CIBB Innovative Therapies Retreat 2020
Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia (CIBB), Universidade de Coimbra (Coimbra, Portugal)
2020/01/31 Distribution of mycobacterial polymethylated polysaccharides and their possible role in stress adaptation 2º Simpósio de Investigação em Tuberculose e Micobactérias não Tuberculosas em Portugal
Faculdade de Farmácia da Universidade de Lisboa (Lisboa, Portugal)
2019/12/20 Parkinsons disease: a symptom of latent infection? CIBB Meeting 2019
Center for Innovative Biomedicine and Biotechnology (CIBB), University of Coimbra (Coimbra, Portugal)
2019/12/19 A novel mycobacterial pathway for biogenesis of rare lipid transfer polysaccharides implicated in cell envelope assembly CIBB Meeting 2019
Center for Innovative Biomedicine and Biotechnology (CIBB), University of Coimbra (Coimbra, Portugal)
2019/10/01 Polysaccharide biosynthesis vs recycling and replication in mycobacteria 7th Symposium on the Alpha-Amylase Family
Slovak Academy of Sciences (Smolenice, Eslováquia)
2019/09/20 Unveiling mycobacterial methylmannose polysaccharide biosynthesis: a unique 1-O-methyltransferase specific for 3-O-methylated mannosides MycoPORTO
Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Universidade do Porto (Porto, Portugal)
2019/09/15 Cerveja: uma fonte de potenciais benefícios para a saúde do cérebro via microbioma intestinal Brew - Mesa Redonda: Saúde e Cerveja
Exploratório Ciência Viva (Coimbra, Portugal)
2019/06/07 A brave new world of gut microbiome-host interactions shaping health and disease 3as Jornadas de Cirurgia Colorectal (https://www.spcir.com/wp-content/uploads/2019/04/JORNADAS-DE-CIRURGIA-CR-ENTRE-LIS-E-TEJO-PROGRAMA-PRELIMINAR.pdf)
Centro Hospitalar de Leiria (Monte Real, Portugal)
2019/06/04 O papel do eixo intestino-cérebro na Doença de Parkinson IV Conference SANTA CASA Neurociências Um Olhar no Futuro" Longevidade e Doenças Neurodegenerativas
Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, Pavilhão do Conhecimento, Centro Ciência Viva (Lisboa, Portugal)
2019/05/06 Doenças causadas por micobactérias: A tuberculose e outras muito sérias Centenário da Escola Secundária Gabriel Pereira 1919-2019
Escola Secundária Gabriel Pereira (Évora, Portugal)
2018/09/21 Molecular Mycobacteriology and the Microbiome in Communicable Diseases 9th EDCTP Forum: Clinical research and sustainable development in sub-Saharan Africa
European & Developing Countries Clinical Trials Partnership (EDCTP) Coimbra Hospital and University Center (CHUC) and University of Coimbra (UC) Health Science Campus (Coimbra, Portugal)
2018/06/18 Secrets of mycobacterial biology: de novo polysaccharide synthesis vs recycling & replication 1º Simpósio de Investigação em Tuberculose e Micobactérias não Tuberculosas em Portugal
Center for Neuroscience and Cell Biology, University of Coimbra (Coimbra, Portugal)
2018/05/17 The hidden microbiome in Parkinson's Disease 9th Annual World Congress NeuroTalk
BIT Group Global (Bangkok, Tailândia)
2018/04/19 Pathways to stem the tide of TB drug resistance in the midst of a TB-Diabetes storm World Health Summit Regional Meeting 2018
University of Coimbra and Coimbra Hospital and Universitary Centre (CHUC) (Coimbra, Portugal)
2018/03/03 Viver com os micróbios: resistência a antibióticos e o microbioma humano MeetLab - II Encontro de Laboratório
Departamento Ciências da Vida, Universidade de Coimbra (Coimbra, Portugal)
2017/12/06 The gut microbiome in health and disease: key players and mechanisms PhD Programme in Health Sciences, Molecular Mechanisms of Disease
Faculdade de Medicina, Universidade de Coimbra (Coimbra, Portugal)
2017/04/07 Mycobacterial pathways from simple glycosides to fatty-acid shuttling polysaccharides Symposium Mycobacterium: Molecular Microbiology
National Center for Biotechnology, Universidad Autónoma de Madrid (Madrid, Espanha)
2016/12/20 TB and not TB in the 21st century: a quest for new target-tailored precision antibiotics 1st Meeting on Biomedical Research @ UC
Universidade de Coimbra (Coimbra, Portugal)
2016/10/14 Como erguer uma parede impermeável: novas pistas no genoma de Mycobacterium tuberculosis VII Congresso Nacional da Fundação Portuguesa do Pulmão
Fundação Portuguesa do Pulmão (Lisboa, Portugal)
2016/07/06 Decrypting a vital pathway of Mycobacterium tuberculosis: towards new intervention strategies Ciência 2016 - Encontro com a Ciência e Tecnologia em Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Centro de Congressos de Lisboa (Lisboa, Portugal)
2016/06/23 Pathway for synthesis of methylglucose lipopolysaccharide in Mycobacterium tuberculosis The 2016 TB Summit
The Royal Society of Chemistry (London, Reino Unido)
2015/06/05 Exposing cryptic mycobacterial pathways: leaving no enzyme behind Friday Seminars at IBMC
Instituto de Biologia Molecular e Celular (IBMC), Universidade do Porto (Porto, Portugal)
2015/05/07 O microbioma humano e a resistência a antibióticos num planeta de micróbios Jornadas de Química e Bioquímica, Universidade da Beira Interior
Universidade da Beira Interior (Covilhã, Portugal)
2015/04/28 O combate à tuberculose: novos intermediários metabólicos essenciais Brokerage Event INESPO II
Divisão de Inovação e Transferências do Saber (DITS) (Coimbra, Portugal)
2015/01/27 Mycobacterial resistance to old antibiotics and potential biosynthetic pathways for new ones IC2AR, 1st International Caparica Conference in Antibiotic Resistance
Universidade NOVA de Lisboa (Caparica, Portugal)
2015/01/26 Exposing new mycobacterial drug targets from unique metabolic pathways IC2AR, 1st International Caparica Conference in Antibiotic Resistance
Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade Nova de Lisboa (Caparica, Portugal)
2014/12/15 When microbes get on your nerves Annual Meeting of the Center for Neuroscience and Cell Biology
Universidade de Coimbra (Coimbra, Portugal)
2013/02/08 Reconstructing mycobacterial pathways from missing enzyme links: playing hide and seek Winter CNC.IBILI Seminars
Center for Neuroscience and Cell Biology (CNC) (Coimbra, Portugal)
2013/01/26 Civilização: o paraíso das micobactérias Seminars at Instituto de Educação e Cidadania
Instituto de Educação e Cidadania (Mamarrosa, Portugal)
2012/07/25 Missing links in mycobacterial MGLP biosynthesis: the early players Seminars at the Department of Biochemistry, University of Cambridge
Department of Biochemistry, Sanger Building, University of Cambridge (Cambridge, Reino Unido)
2010/09/24 O planeta das micobactérias Palestras no Museu da Ciência
Museu da Ciência da Universidade de Coimbra (Coimbra, Portugal)
2010/03/24 Biossíntese de polissacáridos raros em Mycobacterium (Dia Mundial da Tuberculose) Feira de Ciência e Tecnologia
Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade de Coimbra (Coimbra, Portugal)
2008/12/16 Biosynthesis of MGLP in M. tuberculosis. Identification of genes and characterization of enzymes 6th Annual Meeting of the Center for Neuroscience and Cell Biology
Fundação Bissaya-Barreto (Coimbra, Portugal)
2008/12/12 Compatible solutes in thermophiles and hyperthermophiles Stress Responses in the Microbial World
Belgian Society for Microbiology (Brussels, Bélgica)
2008/03/24 A caminho de um novo antibiótico (Dia Mundial da Tuberculose) Semana da Tuberculose
Associação Nacional de Tuberculose e Doenças Respiratórias (Lisboa, Portugal)
2007/09/03 Biosynthesis and accumulation of compatible solutes in hyper/thermophiles Halophiles 2007 - 8th International Congress Exploring Life at High Salinity
University of Essex (Colchester, Reino Unido)
2007/06/01 The accumulation and biosynthesis of compatible solutes in thermophiles and hyperthermophiles VII Congrés de la Société Française de Microbiologie
Société Française de Microbiologie (Nantes, França)
2006/09/20 Rubrobacter xylanophilus MpgS. Evolution of MG and GG biosynthesis in prokaryotes "Extremophiles 2006", International Conference on Extremophiles
International Society for Extremophiles (Brest, França)
2006/05/22 The mannosyl-3-phosphoglycerate synthase from Rubrobacter xylanophilus "HotSolutes" Final Meeting
Instituto de Tecnologia Química e Biológica (ITQB) (Carcavelos, Portugal)
2004/10/15 Biosynthesis of glucosylglycerate: a "coldsolute" from prokaryotes 3rd "HotSolutes" Meeting
Universita Degli Studi di Ferrara (Ferrara, Itália)
2004/09/25 Nature's shields to environmental stress: biosynthesis of compatible solutes in extremophiles 2nd Annual Meeting of the Center for Neuroscience and Cell Biology
Center for Neuroscience and Cell Biology (Luso, Portugal)
2004/02/27 Optimizing mannosylglycerate production by Saccharomyces cerevisiae 1st "HotSolutes" Meeting
Instituto de Tecnologia Química e Biológica (ITQB) (Carcavelos, Portugal)
2003/11/21 Production of mannosylglycerate by Saccharomyces cerevisiae 6th "Hypersolutes" Meeting
Technische Universtität Hamburg (Hamburgo, Alemanha)
2003/03/08 Production of mannosylglycerate in mesophilic organisms 5th "Hypersolutes" Meeting
Instituto de Tecnologia Química e Biológica (Alcochete, Portugal)
2002/03/01 Synthesis of mannosylglycerate at room temperature: properties of a mesophilic mannosylglycerate synthase 3rd "Hypersolutes" Meeting
Centro de Neurociências e Biologia Celular (Coimbra, Portugal)
2001/10/23 Genes for the synthesis of mannosylglycerate at high and room temperature: characterization of key-enzymes 2nd "Hypersolues" Meeting
Universitaet Konstanz (Konstanz, Alemanha)
2001/07/02 Biosynthesis of mannosylglycerate in the hyperthermophile Pyrococcus horikoshii: characterization of key-enzymes 27th FEBS Meeting
Federation of European Biochemical Societies (Lisboa, Portugal)
2001/02/10 Mannosylglycerate biosynthesis in Pyrococcus horikoshii: characterization of key-enzymes 1st "Hypersolutes" Meeting
Instituto de Tecnologia Química e Biológica (ITQB) (Oeiras, Portugal)

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2024 - Atual Microbial synthesis of neuroactive metabolites and bacteriotherapeutic strategies in PD
Orientador de Sara Miguel Gonçalves
 Biologia Experimental e Biomedicina (Doutoramento)
Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar, Portugal
2024 - Atual Bacterial extracellular vesicles and intestinal immune regulation in autism spectrum disorder
Coorientador de Inês Melo Marques
 Biologia Experimental e Biomedicina (Doutoramento)
Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar, Portugal
2023 - Atual Novos diterpenóides semi-sintéticos para o tratamento de infeções resistentes
Coorientador de Olha Antoniuk
 Ciências Farmacêuticas (Doutoramento)
Universidade de Coimbra Faculdade de Farmácia, Portugal
2025 - 2026 Identification of bacteria from chronic disease patients and their households: focus on antimicrobial susceptibility
Orientador de Beatriz Nunes Maria
 Biomedical Sciences (Mestrado)
Université de Genève, Suiça
2024 - 2025 In search of novel antimicrobial agents against DFU harnessing the power of bacterial competition
Coorientador de Luísa Baptista
 Microbiologia e Biotecnologia Microbiana (Mestrado)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2021 - 2025 Deciphering the impact of microbiome-immune interplay in Schizophrenia
Coorientador de Ana Raquel Santos
 Biologia Experimental e Biomedicina (Doutoramento)
Universidade de Coimbra, Portugal
2020 - 2025 Exploring domestic water systems and gut microbiomes in mycobacterial diseases: Uncovering bacterial diversity and searching for novel antimycobacterials
Orientador de Inês Cravo Roxo
 Biologia Experimental e Biomedicina (Doutoramento)
Universidade de Coimbra, Portugal
2023 - 2024 Activation of innate immunity in macrophages by nontuberculous mycobacteria
Coorientador de Sara Tatiana Freitas
 Bioquímica (Mestrado)
Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2019 - 2024 The impact of bacterial infection in gut first Parkinson’s Disease: the influence of innate immunity activation in alpha-synuclein expression and mitochondrial dysfunction
Coorientador de João Duarte Magalhães
 Biologia Experimental e Biomedicina (Doutoramento)
Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar, Portugal
2022 - 2023 Conflicting interactions between methylobacteria and mycobacteria from drinking water
Coorientador de Ana Afonso Dias
 Microbiologia (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal
2022 - 2023 Profiling mycobacteria isolated from the houses of patients with NTM disease
Coorientador de Maria Carolina Fernandes
 Bioquímica (Mestrado)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2017 - 2022 Biochemical and structural studies of a novel glucosamine kinase and a unique glycosyltransferase: New antimicrobial opportunities in actinobacterial glycobiology
Orientador de Daniela Cristina Nunes Costa
 Biologia Experimental e Biomedicina (Doutoramento)
Universidade de Coimbra, Portugal
2020 - 2021 Biosynthesis of serotonin in bacteria: an exploratory study
Orientador de Sara Miguel Gonçalves
 Biotecnologia Farmacêutica (Mestrado)
Universidade de Coimbra Faculdade de Farmácia, Portugal
2020 - 2021 Identification of NTM proteins involved in cell aggregation and biofilm formation
Coorientador de Ana Rita Fonseca
 Bioquímica (Mestrado)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2018 - 2019 Esterilização supercrítica de aerogéis compostos por polímeros naturais para aplicações biomédicas
Coorientador de Cristiana Amaral Bento
 Engenharia Química (Mestrado)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2015 - 2019 Mycobacterial methylmannose polysaccharides’ biosynthesis
Orientador de Maria Mafalda Santos Costa
 Biologia Experimental e Biomedicina (Doutoramento)
Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar, Portugal
2018 - 2018 Antimicrobial susceptibility and competition of diabetic skin microbiota
Coorientador de Antonella DiCaro
 Erasmus+ Programme (Curso de aperfeiçoamento / especialização)
Università degli Studi del Sannio, Itália
2016 - 2018 Deciphering microbiome signatures in chronic diseases
Orientador de Ana Branco Maranha Tiago
 Pós-Doutoramento
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2015 - 2018 Functional and structural studies of potential targets of mycobacterial pathways
Coorientador de Jorge Ripoll Rozada
Pós-Doutoramento
Universidade do Porto Instituto de Biologia Molecular e Celular, Portugal
2015 - 2018 Defining the missing links in mycobacterial methylglucose lipopolysaccharide biosynthesis
Orientador de Susana Isabel Elias Alarico
 Pós-Doutoramento
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2014 - 2018 Biochemical and structural characterization of mycobacterial drug targets
Coorientador de Tatiana Barros Reis Cereija
 Biologia Molecular e Celular (Doutoramento)
Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal
2017 - 2017 Isolation of ESKAPE pathogens from diabetic wounds
Coorientador de Pau Porras Socias
 Biotechnology (Erasmus+ Programme) (Mestrado)
Universitat de Barcelona Facultat de Biologia, Espanha
2015 - 2016 Avaliação do potencial antimicrobiano e síntese de glucosilglicerato em streptacidiphilus jiangxiensis sob diferentes condições de stress
Orientador de Cristina Isabel da Silva Martins
 Biotecnologia Farmacêutica (Mestrado)
Universidade de Coimbra Faculdade de Farmácia, Portugal
2015 - 2016 Colesterol oxidase, hormonas sexuais e suscetibilidade à tuberculose : um estudo exploratório
Orientador de Ana Catarina Silva Monteiro
 Biotecnologia Farmacêutica (Mestrado)
Universidade de Coimbra Faculdade de Farmácia, Portugal
2011 - 2016 Molecular and biochemical studies of a mycobacterial maltokinase and a unique octanoyltransferase: Towards reconstruction of the pathway for methylglucose lipopolysaccharides biosynthesis
Orientador de Ana Branco Maranha Tiago
 Biociências (Doutoramento)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2014 - 2015 Molecular and biochemical characterization of a rare glucokinase with a cryptic function in environmental mycobacteria
Orientador de Daniela Cristina Nunes Costa
 Bioquímica (Mestrado)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2012 - 2015 Molecular and physiological characterization of two crucial enzymes from M. tuberculosis
Orientador de Vitor Gonçalo Costa Mendes
 Pós-Doutoramento
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2012 - 2015 The early steps in methylglucose lipopolysaccharide biosynthesis in mycobacteria
Orientador de Susana Isabel Elias Alarico
 Pós-Doutoramento
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2013 - 2014 Perfis de resistência a antimicrobianos de estirpes de Mycobacterium isoladas de ambiente hospitalar
Orientador de Diogo José Pereira Reis
 Biotecnologia dos Recursos Marinhos (Mestrado)
Instituto Politécnico de Leiria, Portugal
2012 - 2013 Biosynthesis of rare methylglucose lipopolysaccharides in rapidly-growing mycobacteria : characterization of a key hydrolase
Orientador de Maria Mafalda Santos Costa
 Bioquímica (Mestrado)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2011 - 2012 Análise funcional de maltocinases e trealose sintases/maltocinases bifuncionais
Orientador de Andreia Filipa Nisa Mendes Lamaroso
Bioquímica (Mestrado)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2009 - 2012 Deciphering the regulatory mechanisms controlling compatible solutes biosynthesis in Thermus thermophilus osmo- and thermoadaptation
Orientador de Susana Isabel Elias Alarico
 Pós-Doutoramento
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2007 - 2011 New insights into the biosynthesis of the mycobacterial methylglucose lipopolysaccharide
Orientador de Vitor Gonçalo Silva e Costa Mendes
 Bioquímica / Especialidade Microbiologia (Doutoramento)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2009 - 2010 A multifactorial approach to the biological role of the mycobacterial maltokinase
Orientador de Ana Branco Maranha Tiago
 Biologia Celular e Molecular (Mestrado)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2005 - 2009 Relevance of MG and trehalose in the osmoadaptation of Thermus thermophilus
Coorientador de Susana Isabel Elias Alarico
 Biologia / Especialidade Microbiologia (Doutoramento)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2005 - 2009 Osmotic and thermal adaptation in ancient thermophilic bacteria : biosynthesis of glucosyglycerate and mannosylglucosylglycerate
Coorientador de Chantal Ana Vicência Fernandes
 Bioquímica / Especialidade Microbiologia (Doutoramento)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação) 		Instituição / Organização
2025/09/15 - 2025/09/17 International Joint Meeting GLUPOR 15 & GLYCOTwinning 2025 (https://glupor15.events.chemistry.pt/) (2025/09/15 - 2025/09/17)
Encontro (Presidente da Comissão Organizadora)
 Sociedade Portuguesa de Química, Portugal
2025/06/22 - 2025/06/25 The 45th Annual Congress of the European Society of Mycobacteriology (2025/06/22 - 2025/06/25)
Congresso (Membro da Comissão Organizadora)
 European Society of Mycobacteriology, Alemanha
2024/05/15 - 2024/05/16 BEB Day 2024 - (Not) Knowing What Comes Next. Coordinators: Nuno Empadinhas & John Jones; Organizing Committee: Alejandra Nunez, Carolina Mendes, Luísa Matos, Sofia Figueira, Beatriz Ribeiro, Emanuel Tahiri, Inês Moniz, João Gabriel Silva, Laura Carvalho, Mariana Diniz, Sara Martins, Simão Santos, Solange Martins. https://cnc.uc.pt/en/dia-do-beb-2024 (2024/05/15 - 2024/05/16)
Simpósio (Outra)
 Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar, Portugal

Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2024/01/15 - 2024/01/17 7th Iberian Carbohydrate Meeting (https://www.iberiancarbohydrate2024.com/index.php/organizers) (2024/01/15 - 2024/01/17)
Conferência (Membro da Comissão Organizadora)
 Carbohydrate Group of the Real Sociedad Española de Química (RSEQ), Espanha

Grupo dos Glúcidos da Sociedade Portuguesa de Química, Portugal
2023/02/07 - 2023/02/08 BEB Day 2023 - Science Challenges: This Fight of Ours. Coordinator: Nuno Empadinhas; Organizing Committee: Ana Vasconcelos, Débora Mena, Frederico Pena, João Novo, Maria Inês Cristo, Rafaela Ferrão. https://www.uc.pt/iii/agenda-ensino-iiiuc/beb-day-2023/ (2023/02/07 - 2023/02/08)
Simpósio (Outra)
 Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar, Portugal

Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2022/01/18 - 2022/01/19 BEB Day 2022 - The Overview Effect. Coordinator: Nuno Empadinhas. Organizing Committee: Carlos Barreto, Inês Caramelo, Inês Roxo, Luís Grilo, Maria Alfaiate, Mariana Magalhães, Raquel Santos, Rita Santos. https://www.uc.pt/en/iii/bebday/bebday2022/ (2022/01/18 - 2022/01/19)
Simpósio (Membro da Comissão Científica)
 Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar, Portugal

Centro de Neurociências e Biologia Celular da Universidade de Coimbra, Portugal
2021/09/17 - 2021/09/17 3rd CIBB Innovative Therapies Retreat 2021. Organizing Committee: Nuno Empadinhas, Irina Moreira, Hugo Fernandes. (2021/09/17 - 2021/09/17)
Encontro (Coorganizador)
 Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2019/04/05 - 2019/04/05 Mycobacterial Glycoimmunology Joint Meeting 2019. Organizers/Participants: Nuno Empadinhas, Margarida Correia Neves, Gunilla Kallenius, Chritopher Sundling, Susana Alarico, Ana Maranha, Mafalda Costa, Daniela Costa. (2019/04/05 - 2019/04/05)
Encontro (Coorganizador)
 Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2018/12/07 - 2018/12/07 1st Microbiome-Gut-Brain Axis Joint Meeting. Organizers: Nuno Empadinhas & Sandra M. Cardoso. (2018 - 2018)
Encontro (Coorganizador)
 Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2018/06/18 - 2018/06/18 1º Simpósio de Investigação em Tuberculose e Micobactérias Não Tuberculosas em Portugal. Chair: Nuno Empadinhas. Scientific Committee: Raquel Duarte, Margarida Correia-Neves, Miguel Viveiros. Organizing Committee: Mafalda Costa, Ana Maranha, Susana Alarico, Daniela Costa, John Marugg, Olena Radomska. (2018/06/18 - 2018/06/18)
Simpósio (Presidente da Comissão Organizadora)
 Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal

Universidade do Minho Escola de Medicina, Portugal

Universidade do Porto Instituto de Saúde Pública, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Instituto de Higiene e Medicina Tropical, Portugal

Júri de grau académico

Tema
Tipo de participação 		Nome do candidato (Tipo de grau)
Instituição / Organização
2026/02/27 Exploring domestic water systems and gut microbiomes in mycobacterial diseases: Uncovering bacterial diversity and searching for novel antimycobacterials
Orientador
 Inês Cravo Roxo (Doutoramento)
Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar, Portugal
2025/07/16 Development of a colorimetric bacterial detection device for urinary catheters
Arguente
 Marta Patrícia Carvalho dos Santos (Doutoramento)
Universidade de Coimbra Departamento de Engenharia Quimica, Portugal
2024/12/18 Salmonella-host cell interactions: Unraveling key host determinants of infection of epithelial cells
Arguente
 Jane Santos Dias (Doutoramento)
Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar, Portugal
2024/03/25 Impact of Nutrition on Gut Microbiota: Implications to Parkinson's Disease
Arguente principal
 Joana Rocha Sobral (Mestrado)
Universidade de Coimbra Faculdade de Medicina, Portugal
2024/03/18 Deciphering unexploited features of drug-repurposing beta-lactams against tuberculosis: from genomic patterns of Mycobacterium tuberculosis susceptibility to synergistic combinations
Arguente principal
 Francisco Olivença Miguel (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2024/01/30 Staphylococcus aureus intracellular lifestyle: phenotypic profiles and underlying molecular determinants
Arguente
 Inês Rodrigues Lopes (Doutoramento)
Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar, Portugal
2023/09/27 The role of micronutrients in unconventional T cells: How RA-signalling controls iNKT cells development
Arguente principal
 Diogo Vieira da Silva (Mestrado)
Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2023/03/21 Biochemical and structural studies of a novel glucosamine kinase and a unique glycosyltransferase: New antimicrobial opportunities in actinobacterial glycobiology
Orientador
 Daniela Cristina Nunes Costa (Doutoramento)
Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar, Portugal
2022/05/16 Enterobacteriaceae as mediators for carbapenems resistance transfer between environmental and human settings
Arguente
 Pedro Filipe de Sá Teixeira (Doutoramento)
Universidade de Aveiro, Portugal
2021/11/30 Risk factors associated with multidrug-resistant tuberculosis transmission in Portugal
Arguente principal
 Olena Radomska (Doutoramento)
Universidade do Minho Escola de Medicina, Portugal
2020/12/16 Changes in the gut-brain axis during aging
Arguente principal
 João Tomás Barros (Mestrado)
Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2019/09/07 Towards a better understanding of host cell requirements for Salmonella cytosolic replication
Arguente principal
 Susana Santos Costa (Mestrado)
Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2019/07/22 Mycobacterial methylmannose polysaccharides’ biosynthesis
Orientador
 Maria Mafalda Santos Costa (Doutoramento)
Universidade de Coimbra, Portugal
2018/09/28 Novos materiais para a oxigenação melhorada de culturas de células e de scaffolds para engenharia de tecidos
Arguente principal
 Mariana Hugo Silva (Mestrado)
Universidade de Coimbra Departamento de Engenharia Quimica, Portugal
2017/06/16 O papel do mitoribossoma na função mitocondrial: Implicações para a Doença de Parkinson
Arguente principal
 Ana Mafalda Gonçalves (Mestrado)
Universidade de Coimbra Faculdade de Medicina, Portugal
2017/06/09 Unraveling the protection mechanisms in the radiation resistant bacterium Deinococcus radiodurans
Arguente principal
 Sandra Isabel Santos (Doutoramento)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2016/09/24 Avaliação do potencial antimicrobiano e síntese de glucosilglicerato em Streptacidiplilus jiangxiensis sob diferentes condições de stress
Orientador
 Cristina Martins (Mestrado)
Universidade de Coimbra Faculdade de Farmácia, Portugal
2016/09/23 Colesterol Oxidase, Hormonas Sexuais e Suscetibilidade à Tuberculose
Orientador
 Ana Monteiro (Mestrado)
Universidade de Coimbra Faculdade de Farmácia, Portugal
2016/07/25 A genomic exploration of transmissibility in Mycobacterium tuberculosis
Arguente principal
 Hanna Nebenzahl Guimarães (Doutoramento)
Universidade do Minho Escola de Medicina, Portugal
2016/01/13 Molecular and biochemical studies of a mycobacterial maltokinase and a unique octanoyltransferase: Towards reconstruction of the pathway for methylglucose lipopolysaccharides biosynthesis
Orientador
 Ana Branco Maranha Tiago (Doutoramento)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2015/07/17 Molecular characterization of Klebsiella pneumoniae beta-lactamases from patients with renal transplants admitted to the Coimbra University Hospital
Arguente
 Delfino Vubil (Mestrado)
Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2015/07/17 Molecular and biochemical characterization of a rare glucokinase with a cryptic function in environmental mycobacteria
Orientador
 Daniela Cristina Nunes Costa (Mestrado)
Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2015/07/13 Characterizing Iron Transporters in Plasmodium species
Arguente principal
 Aparajita Lahree (Mestrado)
Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2014/11/26 New Retroviral-Like Membrane-Associated Aspartic Proteases from Rickettsiae: Biochemical Characterization and Specificity Profiling
Arguente
 Rui Gonçalo Cruz (Doutoramento)
Universidade de Coimbra, Portugal
2014/11/07 Fe/S Cluster Biogenesis Regulation by the Janus-faced Regulator, IscR: An Unforeseen Mechanism of DNA Recognition and Discrimination
Arguente
 Joana Abreu Santos (Doutoramento)
Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal
2014/10/29 Perfis de resistência a agentes antimicrobianos de 5 estirpes do género Mycobacterium isoladas de ambiente hospitalar
Orientador
 Diogo Reis (Mestrado)
Instituto Politécnico de Leiria, Portugal
2013/10/31 Diversity of arsenite transporter genes in microbial populations of the abandoned uranium mine in Urgeiriça
Arguente principal
 Rui Marques Costa (Mestrado)
Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2013/09/20 Screening of Saccharomyces cerevisiae strains for recombinant protein expression
Arguente principal
 Paulo Espírito Santo (Mestrado)
Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2013/07/12 Biosynthesis of methylglucose lipopolysaccharides in rapidly growing mycobacteria: characterization of a key hydrolase
Orientador
 Mafalda Santos Costa (Mestrado)
Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2012/09/07 Analysis of the antimicrobial content of amphibian skin secretions and structural and functional characterization of a novel member of the temporin family (temporin-SHe)
Arguente principal
 Sónia Costa André (Mestrado)
Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2012/09/06 Análise functional de maltocinases e trealose sintases/maltocinases bifuncionais
Orientador
 Andreia Mendes Lamaroso (Mestrado)
Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2012/06/04 The Adaptive Response of Mycobacterium avium to Anoxia and Nitric Oxide
Arguente principal
 John Edward Pearl (Doutoramento)
Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal
2012/05/11 Structure-function Relationships in a Glycosyltransferase, a Phosphatase and an Oxidoreductase
Arguente
 Susana Pires Gonçalves (Doutoramento)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2011/12/09 New Insights into the Biosynthesis of the Mycobacterial Methylglucose Lipopolysaccharide
Orientador
 Vitor Gonçalo Silva Costa Mendes (Doutoramento)
Universidade de Coimbra, Portugal
2011/09/19 Estratificação vertical das comunidades microbianas da zona mesopelágica, no Atlântico Norte, determinada por pirosequenciação do 16S DNAr
Arguente principal
 Luísa Silva Lopes (Mestrado)
Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2011/07/19 Characterization of bacterial strains resistant to uranium for use in bioremediation
Arguente principal
 Tânia Miranda Sousa (Mestrado)
Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2011/04/01 Formation and analysis of metal-induced phosphate rich extracellular nano-particulate in the Cr(VI) resistant strain Ochrobactrum tritici 5bv11
Arguente principal
 Pedro Miguel Abreu (Mestrado)
Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2010/09/10 Evolução molecular dos genes pilD e lspE de Legionella pneumophila
Arguente principal
 Ana Filipa d’Avó (Mestrado)
Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2010/09/09 A multifactorial approach to the biological role of the mycobacterial maltokinase
Orientador
 Ana Branco Maranha Tiago (Mestrado)
Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2009/07/24 Osmotic and Thermal adaptation in ancient thermophilic bacteria. Glucosylglycerate and mannosylglucosylglycerate
Orientador
 Chantal Vicência Fernandes (Doutoramento)
Universidade de Coimbra, Portugal
2009/03/30 Relevance of Mannosylglycerate and Trehalose Accumulation in the Osmoadaptation of Thermus thermophilus
Orientador
 Susana Isabel Elias Alarico (Doutoramento)
Universidade de Coimbra, Portugal
2008/09/30 Role of Hsp60 and its peptide aa437-460 in experimental Sjogren’s syndrome
Arguente
 Ana Carina Madureira (Mestrado)
Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal

Comissão de avaliação

Descrição da atividade
Tipo de assessoria 		Instituição / Organização Entidade financiadora
2023 - Atual ANR Grants, Cellular Biology, Developmental Biology and Evolution
Avaliador
 Agence nationale de la recherche, França Agence nationale de la recherche
2024 - 2024 ERA-NET NEURON , ”Transnational Research Projects on Bidirectional Brain-Body Interactions”
Avaliador
 Fundación Española para la Ciencia y la Tecnología, Espanha ERA-Net Cofund scheme
2019 - 2023 FCT Final Grant Reports, Panel Experimental Biology and Biochemistry
Avaliador
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2021 - 2021 Innovate Competition, iMed Conference® 13.0 - Lisbon 2021, Jury A
Avaliador
 Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências Médicas, Portugal AstraZeneca Foundation
2019 - 2020 REWIRE - Reinforcing Women in Research (https://rewire.univie.ac.at/)
Avaliador
 University of Vienna, Austria, Áustria COFUND Programme, Marie Sklodowska Curie Actions COFUND Project, European Commission
2015 - 2015 ANR Grants, Panel Immunology and Infection
Avaliador
 Agence nationale de la recherche, França Agence nationale de la recherche
2014 - 2014 Health and Medical Research Fund, Final Grant Reports
Avaliador
 Health and Medical Research Fund, The Government of the Hong Kong Special Administrative Region, Hong Kong Health and Medical Research Fund, The Government of the Hong Kong Special Administrative Region

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2020 - Atual Micobactérias Não Tuberculosas: Do diagnóstico ao tratamento (Invited lecturer) Micobactérias Não Tuberculosas (Especialização pós-licenciatura) Universidade do Porto Instituto de Saúde Pública, Portugal
2016 - Atual Biology of Ageing (Invited lecturer) Engenharia Biomédica (Mestrado) Universidade de Coimbra Faculdade de Medicina, Portugal
2016 - Atual Aging (Invited lecturer) Biologia Celular e Molecular (Mestrado) Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2026/01/19 - 2026/01/23 Unravelling Brain Disorders: Molecular and Cellular Mechanisms from Development to Degeneration (Invited lecturer) Biologia Experimental e Biomedicina (Doutoramento) Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar, Portugal
2025/12/15 - 2025/12/15 Metabolic Diversity (Invited lecturer) Microbiologia e Biotecnologia Microbiana (Mestrado) Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2025/01/13 - 2025/01/17 Mechanisms in Neuropsychiatric and Neurodegenerative Disorders (Invited lecturer) Biologia Experimental e Biomedicina (Doutoramento) Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar, Portugal
2023/02/17 - 2023/03/10 Bacteriologia Clínica (Invited lecturer) Bacteriologia Clínica (Pós-Graduação) Instituto Politécnico de Coimbra Escola Superior de Tecnologia da Saúde de Coimbra, Portugal
2021 - 2023 Tuberculose (Invited lecturer) Pós-Graduação (Especialização pós-licenciatura) Universidade do Porto Instituto de Saúde Pública, Portugal
2021 - 2022 Development in Pharmaceutical Sciences II (Invited lecturer) Ciências Farmacêuticas (Doutoramento) Universidade de Coimbra Faculdade de Farmácia, Portugal
2018 - 2022 Fighting Infection (Coordinator) Biologia Experimental e Biomedicina (Doutoramento) Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar, Portugal
2019 - 2019 Química Farmacêutica II (Invited lecturer) Ciências Farmacêuticas (Mestrado integrado) Universidade de Coimbra Faculdade de Farmácia, Portugal
2019 - 2019 Tecnologia de Produção de Vacinas (Invited lecturer) Ciências Farmacêuticas (Mestrado integrado) Universidade de Coimbra Faculdade de Farmácia, Portugal
2019 - 2019 Biologia Translacional e Biomedicina (Invited lecturer) Biologia (Licenciatura) Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2017 - 2017 Molecular Mechanisms of Disease (Invited lecturer) Ciências da Saúde (Doutoramento) Universidade de Coimbra Faculdade de Medicina, Portugal
2013 - 2015 Microbiologia e Microbioma Humano (Coordinator) Microbiologia e Microbioma Humano (Ensino secundário) Instituto de Educação e Cidadania (IEC), Portugal
2012 - 2012 Medical Microbiology (Co-Coordinator) Biologia Experimental e Biomedicina (Doutoramento) Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar, Portugal
2012 - 2012 Microbiologia e Parasitologia (Invited lecturer) Saúde Pública (Mestrado) Universidade de Coimbra Faculdade de Medicina, Portugal
2008 - 2011 Microbiologia Molecular Bioquímica (Mestrado) Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2008 - 2011 Microbiologia Bioquímica (Licenciatura) Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2008 - 2011 Microbiologia Laboratorial Bioquímica (Licenciatura) Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2006 - 2011 Microbiology (Coordinator) Biologia Experimental e Biomedicina (Doutoramento) Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar, Portugal
2002 - 2007 Microbiologia (Invited lecturer) Bioquímica (Licenciatura) Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2005 - 2005 Microbiology of Extreme Environments (Co-Coordinator) Biologia Experimental e Biomedicina (Doutoramento) Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar, Portugal
2002 - 2003 Evolução e Biodiversidade (Invited lecturer) Biologia (Licenciatura) Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal

Entrevista (jornal / revista)

Descrição da atividade Jornal / Forum
2024/03/27 Ciclo de conferências "Microbioma Humano", Academia das Ciências de Lisboa https://www.dn.pt/5794656047/nuno-empadinhas-podemos-entrar-numa-era-pos-antibiotico-em-que-deixaremos-de-poder-contar-com-estes/ Diário de Notícias
2020/06/01 Editor's Choice May 2020: Understanding a Mycobacterial Thermophile https://microbiologysociety.org/blog/microbiology-editor-s-choice-understanding-a-mycobacterial-thermophile.html Microbiology Society UK
2019/03/24 Viagens na Tuberculose - Banda desenhada comemorativa do Dia Mundial da Luta Contra a Tuberculose https://www.publico.pt/2019/03/24/ciencia/noticia/boicote-parede-derrubar-tuberculose-1866484 Público

Entrevista / Programa (rádio / tv)

Programa Tema
2022/03/18 - 2022/03/18 Rádio TSF Noticiário Thiomargarita magnífica: descoberta uma bactéria colossal
2021/10/13 - 2021/10/13 A Saúde no Saber Microbiologia e Doenças Infeciosas
2019/03/03 - 2019/03/03 Ciência aos Domingos Doenças causadas por micobactérias, da Tuberculose às infecções pulmonares atípicas
2016/12/02 - 2016/12/02 SIC - Jornal da Noite Prémio Santa Casa Neurociências Mantero Belard
2015/12/10 - 2015/12/10 RTP 1 - Jornal da Tarde Descoberta de enzima essencial de Mycobacterium tuberculosis
2015/10/21 - 2015/10/21 Bolsas de Ignição Produção de compostos essenciais para investigação em doenças causadas por micobactérias
2009/10/02 - 2009/10/02 TVI - Jornal da Uma Micróbio resistente a radiações

Expedição científica

Descrição da atividade Instituição / Organização
2018/06 - 2018/10 Expedition "Domestic NTM - There must be something in the water". Organization and sampling: Nuno Empadinhas, Susana Alarico, Daniela Machado. Coimbra/Aveiro/Braga/Porto Districts. Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal

Universidade do Porto Instituto de Saúde Pública, Portugal
2008/10/23 - 2008/10/25 Expedition "Furnas - Novel thermophiles". Organization: Nuno Empadinhas & Milton S. da Costa. Sampling: Nuno Empadinhas & Sandra M. Cardoso. Furnas, São Miguel Island, Azores Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2004/09/04 - 2004/09/09 Expedition "Hotspots - Isolation of thermophiles from Azorean Hotsprings for biotechnological applications". Organization: Milton S. da Costa, Nuno Empadinhas, Garabed Antranikian. Sampling: Nuno Empadinhas, Ana Nobre, Rami Al-Khudary, Ksenia Egorova, Moritz Katzer, with technical support by the University of the Azores, Ponta Delgada Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal

Technische Universität Hamburg Studiendekanat Gewerblich-Technische Wissenschaften, Alemanha
1998/07/29 - 1998/08/03 Expedition "Keratin - New keratin-degrading thermophiles from hotsprings in São Miguel Island". Organization and sampling: Milton S. da Costa & Nuno Empadinhas, with technical support from the University of the Azores, Ponta Delgada, Azores Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal

Universidade dos Açores, Portugal

Membro de associação

Nome da associação Tipo de participação
2023 - Atual SPQ - Sociedade Portuguesa de Química
2018 - Atual ASM – American Society for Microbiology
2014 - Atual NTM-NET
2014 - Atual TBnet
2013 - Atual ESM - European Society of Mycobacteriology
2006 - 2016 SPM - Sociedade Portuguesa de Microbiologia

Membro de comissão

Descrição da atividade
Tipo de participação 		Instituição / Organização
2024 - Atual CNC Advanced Studies Office
Coordenador
 Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2024 - Atual CiBB Advanced Studies and Career Development Office
Coordenador
 Universidade de Coimbra Centro de Inovação em Biomedicina e Biotecnologia, Portugal
2021 - Atual Associate Editor "Biologia" (Cellular and Molecular Biology) (1336-9563)
Membro
 Springer Nature Switzerland AG, Suiça
2020 - Atual Associate Editor of "BMC Microbiology" (Microbial Biochemistry, Physiology and Metabolism)
Membro
 BioMed Central Ltd, Reino Unido
2020 - Atual Editorial Board of "Antibiotics" (Antibiotic Biosynthesis' Section) (2079-6382)
Membro
 Multidisciplinary Digital Publishing Institute AG, Suiça
2025 - 2025 Local Advisory Board of CoARA-funded UC TREASURE project
Consultor
 Universidade de Coimbra, Portugal
2021 - 2024 CNC Advanced Studies Office
Membro
 Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2019 - 2020 Guest Associate Editor of "Frontiers in Immunology" (Nutritional Immunology) (1664-3224)
Membro
 Frontiers Media SA, Suiça
2016 - 2019 Coordinator CNC.IBILI Seminars Program - Center for Neuroscience and Cell Biology
Coordenador
 CNC.IBILI, Portugal
2015 - 2018 Editorial Board of "Scientific Reports" (2045-2322)
Membro
 Springer Nature Limited, Reino Unido

Outro júri / avaliação

Descrição da atividade Instituição / Organização
2021/07/20 - Atual Ana Isabel Gonçalves Roque, "Blood microbiome: insights into gut barrier function and autoimmunity development in Celiac Disease" - Projecto de Tese e Comissão de Acompanhamento de Tese (CAT), Programa Doutoral em Biologia, Universidade Nova de Lisboa Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2022/11/25 - 2022/11/25 Teresa Paula Marques "Impacto da Microbiota Oral e Intestinal na Infeção Covid-19" Relatório de Ano Probatório do Doutoramento em Ciências Biomédicas do Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Universidade do Porto. Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal
2017/06/01 - 2017/06/01 Marija Petkovic "Antimicrobial peptides (AMP) and microRNA (miR) as synergistic therapy for wound healing". Thesis Project, PhD Programme in Experimental Biology and Biomedicine (PDBEB), Centre for Neuroscience and Cell Biology, University of Coimbra. Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2015/11/10 - 2015/11/10 André Lázaro Correia "Bariatric surgery and gut microbiome shifts: is there a difference between gastric sleeve and gastric bypass?", Projecto de Tese, Programa de Doutoramento em Ciências da Saúde, Faculdade de Medicina, Universidade de Coimbra Universidade de Coimbra Faculdade de Medicina, Portugal
2015/07/16 - 2015/07/16 Pedro Curto "The retropepsin-like enzyme RC1339/APRc from Rickettsiae as a potential therapeutic target for rickettsial diseases", Thesis Project, PhD Programme in Experimental Biology and Biomedicine (PDBEB), Center for Neuroscience and Cell Biology, University of Coimbra. Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal

Revisão ad hoc de artigos em revista

Nome da revista (ISSN) Editora
2025 - Atual iScience (2589-0042) Cell Press
2024 - Atual ACS Infectious Diseases (2373-8227) ACS Publications
2024 - Atual Gut Microbes (1949-0984) Taylor & Francis
2024 - Atual Ecotoxicology and Environmental Safety (0147-6513) Elsevier
2021 - Atual Neurotoxicity Research (1029-8428) Springer
2021 - Atual Pulmunology (2531-0437) Elsevier
2020 - Atual European Journal of Clinical Investigation (1365-2362) Wiley (Blackwell Publishing)
2020 - Atual Microorganisms (2076-2607) MDPI AG
2020 - Atual Neuropsychiatric Disease and Treatment (1176-6328) Dove Medical Press
2017 - Atual Clinical Medicine Insights Circulatory Respiratory and Pulmonary Medicine (1179-5484) "Libertas Academica, Ltd."
2016 - Atual Archaea (1472-3654) Hindawi Limited
2015 - Atual PLoS ONE (1932-6203) Public Library of Science
2015 - Atual Scientific Reports (2045-2322) Nature
2014 - Atual Biochimica et Biophysica Acta - General Subjects (0304-4165) Elsevier
2014 - Atual Frontiers in Molecular Biosciences (2296-889X) Frontiers Media SA
2014 - Atual Microbial Drug Resistance (1931-8448) Mary Ann Liebert
2014 - Atual World Journal of Microbiology and Biotechnology (1573-0972) Springer-Verlag
2013 - Atual Tuberculosis (1472-9792) Elsevier
2012 - Atual Folia Microbiologica (1874-9356) Springer-Verlag
2011 - Atual Applied Microbiology and Biotechnology (1432-0614) Springer-Verlag
2010 - Atual BMC Genomics (1471-2164) Springer (Biomed Central Ltd.)
2010 - Atual Enzyme and Microbial Technology (0141-0229) Elsevier
2010 - Atual Marine Drugs (1660-3397) MDPI AG
2010 - Atual Research in Microbiology (0923-2508) Elsevier
2008 - Atual Extremophiles (1433-4909) Springer-Verlag
2008 - Atual Journal of Bacteriology (1098-5530) American Society for Microbiology

Tutoria

Tópico Nome do aluno
2025 - 2025 Environmental–host microbiology at the interface of infection and care Szymon Szerszen, Uniwersytet Wroclawski, Poland
2022 - 2022 Nontuberculous mycobacteria from drinking water Helena Pérez López, University of Alcalá, Spain
2021 - 2021 Identificação de micobactérias não tuberculosas isoladas de água potável Inês Figueiredo, DCV, University of Coimbra
2019 - 2019 Micobactérias oportunistas em redes de distribuição de água Ana Rita Cunha
2019 - 2019 Micobactérias oportunistas domésticas: um perigo para a saúde pública André Simões, DCV, University of Coimbra
2018 - 2018 Estudo da microbiota do pé diabético Beatriz Rito, BSc Biochemistry, UC
2017 - 2017 Chromatographic studies of mycobacterial methylated polysaccharides Catarina Fernandes, DCV, University of Coimbra
2016 - 2016 Purification of a mycobacterial methyltransferase Sara Valente, University of Coimbra
2014 - 2014 Micobacteriologia molecular - purificação de açúcares fosforilados raros Miguel Lopes, University of Coimbra
2014 - 2014 Purification of a mycobacterial maltose-1-phosphate Rita Pereira
2013 - 2013 Isolation and identification of nontuberculous mycobacteria from hospital settings Daniela Nunes Costa, University of Coimbra
2013 - 2013 Cloning and expression of genes of glycogen metabolism in Mycobacterium tuberculosis Aparajita Lahree, IMM, University of Lisbon
2013 - 2013 General protocols in microbiology Alexandra Abrunheiro
2013 - 2013 Quantitative expression of a mycobacterial glucosylglycerate hydrolase Marta Sousa
2012 - 2012 Resistance of Mycobacterium hassiacum to disinfectants Sofia Silva, Universidade de Évora
2012 - 2012 Biosynthesis of a rare polysaccharide from mycobacteria Emanuele Feleppa, University of Sannio, Italy
2012 - 2012 Purification of a mycobacterial octanoyltransferase Luigina Cirelli, University of Sannio, Italy
2011 - 2012 Trehalose biosynthesis in mycobacteria Ana Nobre, University of Coimbra
2011 - 2011 Variabilidade genética da enzima maltocinase Teresa Lino
2010 - 2010 Purificação duma fosfatase de Mycobacterium tuberculosis Vitor Carmona, FFUC, University of Coimbra
2009 - 2009 Metabolismo de trealose e maltose em micobactérias Ana Maranha, University of Coimbra
2008 - 2008 Purificação de uma fosfatase de Petrotoga mobilis Carlos Matos, University of Coimbra
2008 - 2008 Microbiologia de especiarias: isolamento e identificação por biologia molecular Tânia Baptista
Distinções

Prémio

2023 Pfizer Award in Basic Research
Sociedade de Ciências Médicas de Lisboa & Pfizer, Portugal
2020 Prémio Projetos Semente de I&D "Era pós-COVID 19"
Universidade de Coimbra/Santander, Portugal
2017 Thomé Villar Award, Sociedade Portuguesa de Pneumologia & Boehringer Ingelheim
Sociedade Portuguesa de Pneumologia, Portugal
2016 Santa Casa Neurociências Mantero Belard Award
Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, Portugal
2012 Mizutani Foundation for Glycoscience - Exploratory Glycoscience Grant
Mizutani Foundation for Glycoscience, Japan, Japão

Outra distinção

2025 Best Poster Award - 45th Annual Meeting of the ESM (senior author)
European Society for Mycobacteriology , Alemanha
2024 Article featuring the cover of "Natural Product Reports" (Volume 41, December)
Royal Society of Chemistry, Reino Unido
2021 Article featuring the cover of "Antioxidants & Redox Signaling" (Volume 34, Issue 8, March)
Mary Ann Liebert, Inc., publishers, Estados Unidos
2020 Editor's Choice Article selected for the May Issue of "Microbiology" (Volume 166, Issue 5)
Microbiology Society, Reino Unido
2011 Article featuring the cover of "Molecular Microbiology" (Volume 79, Issue 1, January)
Molecular Microbiology Editorial Board (Wiley Blackwell Publishing), Estados Unidos