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Concluded, in 2018, is doctoral degree (PhD) in the Biochemistry area at Institute of Biosciences at the University of São Paulo, in Brazil. He got his master degree, in 2012, in Molecular Biotechnology at University of Essex, in England. And completed is graduation in Biochemistry at University of Beira Interior, in Portugal, in 2010. Currently works as scientific collaborator in the Laboratory of Proteins and Redox Biology in the Institute of Biosciences at the University of São Paulo, in Brazil. Research focus - Redox biochemistry, specifically studying some important enzymatic systems, such as: Organic Hydroperoxide Resistance proteins (Ohr); Thioredoxin/thioredoxin reductase system (Trx/TrxR); Peroxiredoxins. Principal Techniques: 1 - X-ray crystalography 2 - Protein engineering, cloning, expression and purification 3 - Differential scanning Fluorimetry (drug discovery) 4 - Pharmacophore model & Virtual Screening (drug discovery) 5 - MM and QM-MM dynamics
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Renato Mateus Domingos

Nomes de citação

  • Domingos, Renato M.
  • Renato Mateus Domingos

Identificadores de autor

Ciência ID
4B15-04C8-872B
ORCID iD
0000-0002-6928-4836
Scopus Author Id
57193856926

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Bioquímica

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Espanhol; Castelhano Utilizador independente (B2) Utilizador independente (B2) Utilizador elementar (A2) Utilizador independente (B2) Utilizador elementar (A1)
Formação
Grau Classificação
2020/01/10 - 2020/04/09
Em curso
 StartUp Research (Pós-Graduação)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Nova School of Business and Economics, Portugal
2014/02 - 2018/12
Concluído
 Biological Sciences (emphasis in Biochemistry) (Doutoramento)
Especialização em Biochemistry
Universidade de São Paulo Instituto de Biociências, Brasil
"Conserved Structural and Dynamic Aspects Behind Ohr Enzymatic Catalysis: Ohr as Potential Drug Targets" (TESE/DISSERTAÇÃO)
2017/07 - 2017/08
Concluído
 Fundamentals in molecular simulations of biomolecules (Curso de Especialização Tecnológica)
Especialização em Molecular dynamics
Universidad de Buenos Aires Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Argentina
2016/04 - 2016/04
Concluído
 RapiData 2016: Data collection and Structure Solving (Curso de Especialização Tecnológica)
Especialização em Crystallography
Stanford Synchrotron Radiation Lightsource, Estados Unidos
2016/04 - 2016/04
Concluído
 Crystallization: micro and nano crystals and high throughput methods (Curso de Especialização Tecnológica)
Especialização em Crystallography
Stanford Synchrotron Radiation Lightsource, Estados Unidos
2016/03 - 2016/04
Concluído
 CCP4 - Macromolecular Crystallography School 2016 (Curso de Especialização Tecnológica)
Especialização em Crystallography
Universidade de São Paulo Instituto de Física de São Carlos, Brasil
2011/09 - 2012/10
Concluído
 Biotechnology (Mestrado)
Especialização em Molecular Biotechnology
University of Essex Department of Biological Sciences, Reino Unido
"Plant Root and Arbuscular Mycorrhizal’s Hyphal Network Density Effects on Soil Moisture Migration" (TESE/DISSERTAÇÃO)
2006/09 - 2010/07
Concluído
 Biochemistry (Licenciatura)
Especialização em Biochemistry
Universidade da Beira Interior - Departamento de Química, Portugal
"Quantification of LSD in Biological fluids" (TESE/DISSERTAÇÃO)
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2019/05/01 - Atual Pós-doutorado (Investigação) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2014/02/01 - 2019/02/15 Investigador (Investigação) Universidade de São Paulo Instituto de Biociências, Brasil
2017/04 - 2017/09 Estagiário de Investigação (Investigação) Center for Structural Biology of MERCOSUR, Brasil
Universidad de Buenos Aires Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Argentina
(...)
2013/05 - 2014/01 Estagiário de Investigação (Investigação) Universidade de São Paulo Instituto de Biociências, Brasil
Laboratory of Proteins and Redox Biology - PI Luis Netto, Brasil
Projetos

Projeto

Designação Financiadores
2019/05/01 - Atual Unravelling Geobacter sulfurreducens metabolism for bioelectricity production Project
PTDC/BIA-BQM/29118/2017 Principal
Bolseiro de Pós-Doutoramento
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
Em curso
2014/02 - 2018/03 Conserved structural and dynamic aspects behind Ohr enzymatic catalysis: Ohr as potential drug targets
CEPID Redoxoma - 2013/07937-8
Bolseiro de Doutoramento
Universidade de São Paulo Instituto de Biociências, Brasil

Universidad de Buenos Aires Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Argentina

Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, Brasil
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Concluído

Outro

Designação Financiadores
2017 - Atual Functional characterization of the MarR family transcription factors from Chromobacterium violaceum
FAPESP
Investigador
Universidade de São Paulo Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Brasil
Em curso
2016 - Atual Evaluation of the bactericide activity of a newly identified pyocin S8 against different strains of multi-resistant Pseudomonas aeruginosa
FAPESP
Investigador
Universidade de São Paulo Instituto de Biociências, Brasil
Em curso
2015 - Atual Unveiling the biological role of LsfA, a 1-Cys Prx involved in the virulence of Pseudomonas aeruginosa.
CEPID Redoxoma - 2013/07937-8
Investigador
Universidade de São Paulo Instituto de Biociências, Brasil
Em curso
2014 - Atual Phylogenetics Studies on Ohr/OsmC Protein Family
CEPID Redoxoma - 2013/07937-8
Investigador
Em curso
2014 - Atual Search for Inhibitor compounds for TrxR from Mycobacterium tuberculosis
FAPESP
Universidade de São Paulo Instituto de Química, Brasil

Universidade de São Paulo Instituto de Biociências, Brasil
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Turano, Helena; Gomes, Fernando; Domingos, Renato M.; Degenhardt, Maximilia F. S.; Oliveira, Cristiano L. P.; Garratt, Richard C.; Lincopan, Nilton; Netto, Luis E. S.. "Molecular structure and functional analysis of pyocin S8 from Pseudomonas aeruginosa reveals the essential requirement of a glutamate residue in the H-N-H motif for DNase activity". Journal of Bacteriology (2020): http://dx.doi.org/10.1128/jb.00346-20.
    Publicado • 10.1128/jb.00346-20
  2. Mateus Domingos, Renato; Teixeira, Raphael D.; Zeida, Ari; Agudelo, William A.; Alegria, Thiago G.P.; da Silva Neto, José F; Vieira, Plinio S.; et al. "Substrate and product-assisted catalysis: molecular aspects behind structural switches along Organic Hydroperoxide Resistance Protein catalytic cycle". ACS Catalysis (2020): http://dx.doi.org/10.1021/acscatal.0c01257.
    Aceite para publicação • 10.1021/acscatal.0c01257
  3. Oliveira, Ana Rita; Mota, Cristiano; Mourato, Cláudia; Domingos, Renato M.; Santos, Marino F. A.; Gesto, Diana; Guigliarelli, Bruno; et al. "Toward the mechanistic understanding of enzymatic CO2 reduction". ACS Catalysis (2020): http://dx.doi.org/10.1021/acscatal.0c00086.
    10.1021/acscatal.0c00086
  4. Piccirillo, Erika; Alegria, Thiago G. P.; Discola, Karen F.; Cussiol, José R. R.; Domingos, Renato M.; de Oliveira, Marcos A.; Rezende, Leandro de; Netto, Luis E. S.; Amaral, Antonia T-do. "Structural insights on the efficient catalysis of hydroperoxide reduction by Ohr: Crystallographic and molecular dynamics approaches". PLOS ONE 13 5 (2018): e0196918. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0196918.
    10.1371/journal.pone.0196918
  5. Meireles, D.A.; Domingos, R.M.; Gaiarsa, J.W.; Ragnoni, E.G.; Bannitz-Fernandes, R.; da Silva Neto, J.F.; de Souza, R.F.; Netto, L.E.S.. "Functional and evolutionary characterization of Ohr proteins in eukaryotes reveals many active homologs among pathogenic fungi". Redox Biology 12 (2017): 600-609. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85017155790&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.redox.2017.03.026
Poster em conferência
  1. Domingos, Renato M.; Catarina M Paquete; Américo G Duarte. "Involvement of Geobacter sulfurreducens ImcH and CbcL in extracellular electron transfer for bioelectricity production". Trabalho apresentado em Microbiotech 19, 2019.
  2. Domingos, Renato M.; Dias Teixeira, Raphael; Zeida, Ari; Agudelo, William A.; Alegria, Thiago G. P.; Murakami, Mario T.; Estrin, Dario A.; Netto, L.E.S.. "The unique reducing step of organic hydroperoxide resistance proteins: is the catalytic arginine important to activate the reducing agent?". Trabalho apresentado em 42nd Brazilian Society for Biophysics (SBBf), 2017.
  3. Domingos, Renato M.; Dias Teixeira, Raphael; Zeida, Ari; Alegria, Thiago G. P.; Estrin, Dario A.; Netto, L.E.S.. "First Crystallographic Structure of the Interaction Between an Organic Hydroperoxide Resistance Protein and its Biological Reductant: Structural and Molecular Dynamic Analyses". Trabalho apresentado em 46th Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq), 2017.
  4. Domingos, Renato M.; de Abreu Meireles, Diogo; Dias Teixeira, Raphael; Alegria, Thiago G. P.; Netto, L.E.S.. "Dimerization of Organic Hydroperoxide Resistance Proteins is Required for Proper Architecture of Amino Acids in the Active Site: Analysis of a High-Resolution Structure of OhrA from Chromobacterium violaceum". Trabalho apresentado em V Latin American Protein Society Meeting (LAPSM), 2016.
  5. Domingos, Renato M.; Meireles, Diogo de Abreu; da Silva Neto, José Freire; Alegria, Thiago G. P.; Dias Teixeira, Raphael; Netto, L.E.S.. "The First Structural and Biochemical Comparative analysis of two Organic Hydroperoxide Resistance Paralogues: The Chromobacterium violaceum OhrA and OhrB". Trabalho apresentado em 23rd International Union of biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) || 44th Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq), 2015.
  6. Abreu Meireles, Diogo; Domingos, Renato M.; Gaiarsa, J.W.; Alegria, Thiago G. P.; de Souza, R.F.; Netto, L.E.S.. "Use of residue conservation analysis to identify functional and structural conserved residues of Ohr/OsmC family". Trabalho apresentado em 23rd International Union of biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) || 44th Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq), 2015.
Resumo em conferência
  1. Silva, Rogério Luis Aleixo; Domingos, Renato M.; Luis Eduardo Soares Netto. "Structural and Biochemical Characterization of LsfA, a 1-Cys Prx involved in Pseudomonas aeruginosa virulence". Trabalho apresentado em SfRBM – Abstracts of 2019 SfRBM's 26th Annual Meeting held Las Vegas, NV, USA, Las Vegas, 2019.
    Publicado
  2. Domingos, Renato M.; Luis Eduardo Soares Netto. "Substrate-Assisted Catalysis: Molecular Aspects Behind Unique Structural Switches Along Ohr Catalytic Cycle". Trabalho apresentado em SfRBM – Abstracts of 2019 SfRBM's 26th Annual Meeting held Las Vegas, NV, USA, Las Vegas, 2019.
    Publicado
  3. Domingos, Renato M.; Teixeira, Raphael D.; Zeida, Ari; Agudelo, William A.; Alegria, Thiago G.P.; Murakami, Mario T.; Estrin, Dario A.; Netto, Luis E.S.. "Substrate triggered structural movements in Ohr: dihydrolipoamide accelerates the approximation of catalytic Arg towards the active site". Trabalho apresentado em 19th Society for Free Radical Research International (SFRRI) Biennial Meeting, Lisboa, 2018.
    Publicado • 10.1016/j.freeradbiomed.2018.04.308
  4. Gomes, Helena Turano; Gomes, Fernando; Domingos, Renato; Lincopan, Nilton; Gales, Ana Cristina; Netto, Luis. "Structural characterization of a newly identified pyocin S8, a proteic antibiotic from Pseudomonas aeruginosa with potential therapeutic applications". Trabalho apresentado em 2018 SfRBM's 25th Annual Meeting, Chicago, 2018.
    Publicado • 10.1016/j.freeradbiomed.2018.10.271
  5. Henrique Yokomizo, Cesar; Geronimo Alegria, Thiago; Meireles, Diogo de Abreu; Weissmann Gaiarsa, Jonas; Gomes Ragnoni, Eduardo; Mateus Domingos, Renato; Netto, Luis Eduardo Soares. "Studies of Disulfide Reductase Activity and Phylogenetic Distribution of Xylella Fastidiosa YbbN Protein". Trabalho apresentado em 23rd Annual Meeting of Society for Redox Biology and Medicine, a joint meeting with the Society for Free Radical Research International (SfRBM||SFRRI), Chicago, 2016.
    Publicado • 10.1016/j.freeradbiomed.2016.10.299
  6. Meireles, Diogo de Abreu; Mateus Domingos, Renato; Alegria, Thiago G; Netto, Luis Eduardo Soares. "Oral Presentation - Analyses of Amino Acid Sequences and Tertiary Structures among Ohr Enzymes Revealed a Catalytic Role for Y126". Trabalho apresentado em 23rd Annual Meeting of Society for Redox Biology and Medicine, a joint meeting with the Society for Free Radical Research International (SfRBM||SFRRI), 2016.
    Publicado • 10.1016/j.freeradbiomed.2016.10.067
  7. Mateus Domingos, Renato; Abreu Meireles, Diogo; Freire Neto, Jose; Geronimo Alegria, Thiago; Tyago Murakami, Mdrio; Dias Teixeira, Raphael; Eduardo Netto, Luis. "Structural and Biochemical Analysis of the Open Conformation of OhrA and OhrB from Chromobacterium Violaceum, Two Cys-Based Proxidases with Extraordinary Reactivity towards Organic Peroxides". Trabalho apresentado em 22nd Annual Meeting of Society for Redox Biology and Medicine (SFRBM), Boston, 2015.
    Publicado • 10.1016/j.freeradbiomed.2015.10.377
  8. de Abreu Meireles, Diogo; Mateus Domingos, Renato; Weissmann Gaiarsa, Jonas; de Souza, Robson Francisco; Soares Netto, Luis Eduardo. "Functional and Biochemical Characterization of the First Ohr Peroxidase Identified in Eukaryotes". Trabalho apresentado em 22nd Annual Meeting of Society for Redox Biology and Medicine (SFRBM), Boston, 2015.
    Publicado • 10.1016/j.freeradbiomed.2015.10.387
  9. Mateus Domingos, Renato; de Abreu Meireles, Diogo; da Silva Neto, José Freire; Gasparello Viviani, Lucas; Pires Alegria, Thiago; do Amaral, Antonia Tavares; Soares Netto, Luis. "Structural and Biochemical Comparative Analysis among Cys-Based Ohr/OsmC Protein Family: Insights on Their High Reactivity Towards Hydroperoxides". Trabalho apresentado em 21st Annual Meeting of Society for Redox Biology and Medicine (SFRBM), Seattle, 2014.
    Publicado • 10.1016/j.freeradbiomed.2014.10.061
  10. de Abreu Meireles, Diogo; Mateus Domingos, Renato; de Souza, Robson Francisco; Soares Netto, Luis Eduardo. "Distribution and Classification of Cys-Based Proteins of the Ohr/OsmC Family". Trabalho apresentado em 21st Annual Meeting of Society for Redox Biology and Medicine (SFRBM), Seattle, 2014.
    Publicado • 10.1016/j.freeradbiomed.2014.10.118
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2016/12 Dimerization of Organic Hydroperoxide Resistance Proteins is Required for Proper Architecture of Amino Acids in the Active Site: Analysis of a High-Resolution Structure of OhrA from Chromobacterium violaceum V Latin American Protein Society Meeting (LAPSM)
Latin American Protein Society (Rio de Janeiro, Brasil)
2014 Comparative Research on Ohr/OsmC Protein Family as Potential Drug Targets I Workshop of Redox Signaling and Oxidative Stress Response,
Instituto de Biociencias da Universidade de Sao Paulo (Sao Paulo, Brasil)

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2016 - 2018 Structural and biochemical characterization of LsfA, a 1-Cys Prx involved in virulence in Pseudomonas aeruginosa
Coorientador de Rogério Luis Aleixo Silva
 Genética e Biologia Evolutiva (Mestrado)
Universidade de São Paulo Instituto de Biociências, Brasil

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2016/07 - 2016/12 Proteins, structure, function and cellular biology - BIO0452 : Program of teaching improvement Supervision: Prof. Dr Luis Eduardo Soares Netto Genetics and Evolutionary Biology (Bachelor) Universidade de São Paulo Instituto de Biociências, Brasil
2015/02 - 2015/07 Fundamentals of Molecular Biology - BIO205: Program of teaching improvement Supervision: Prof Dra Regina Celia Mingroni Neto Genetics and Evolutionary Biology (Bachelor) Universidade de São Paulo Instituto de Biociências, Brasil
Distinções

Prémio

2017 SBBq Award 2017 - Best Poster
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, Brasil
2016 Young Scientist Travel Award
International Union of Crystallography, Reino Unido
2016 Young Scientist Travel Award
International Union of Crystallography, Reino Unido
2015 SBBq Award 2015 - Best Poster
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, Brasil

Outra distinção

2016 Honorable Mention - PhD Research Project
Universidade de São Paulo Instituto de Biociências, Brasil