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Henrique Silva Fernandes. Concluiu o(a) Doutoramento em Química em 2021/07/22 pelo(a) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Mestrado em Bioquímica em 2016/07 pelo(a) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Licenciatura em Bioquímica em 2014/07/15 pelo(a) Universidade do Porto Faculdade de Ciências e Licenciatura em Bioquímica em 2014/07/15 pelo(a) Universidade do Porto Instituto de Ciencias Biomedicas Abel Salazar. É Designer e Animador Científico no(a) CBEHx. Publicou 20 artigos em revistas especializadas. Possui 2 capítulo(s) de livros. Organizou 14 evento(s). Recebeu 7 prémio(s) e/ou homenagens. Participa e/ou participou como Outra em 1 projeto(s). Atua na(s) área(s) de Ciências Exatas com ênfase em Química. Nas suas atividades profissionais interagiu com 62 colaborador(es) em coautorias de trabalhos científicos. No seu currículo Ciência Vitae os termos mais frequentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artístico-cultural são: QM/MM; ONIOM; DFT; Catalytic Mechanism; Software Development; Bioquimica; Design Gráfico; Multidisciplinary area; Histidine Decarboxylase; enzyme; molecular dynamics; quantum mechanics.
Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Henrique Silva Fernandes

Nomes de citação

  • Fernandes, Henrique
  • Fernandes, HS

Identificadores de autor

Ciência ID
731B-8D14-D72C
ORCID iD
0000-0002-9280-1838
Google Scholar ID
YG10ZVwAAAAJ
Researcher Id
D-1620-2016
Scopus Author Id
57193239917

Endereços de correio eletrónico

  • hfernandes@med.up.pt (Profissional)

Moradas

  • CIM-FMUP - Centro de Investigação Médica da Faculdade de Medicina da Universidade do Porto Departamento de Biomedicina (Biologia Experimental), BioSIM - Laboratório 22P4EP Rua Doutor Plácido da Costa, 4200-450, Porto, Porto, Portugal (Profissional)

Websites

  • https://www.henriquefernandes.pt (Profissional)

Domínios de atuação

  • Ciências Exatas - Química

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Português (Idioma materno)
Formação
Grau Classificação
2017/01/03 - 2021/07/22
Concluído
Química (Doutoramento)
Especialização em Especialidade: Química Teórica e Modelação Molecular
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
"Computational studies addressed to PLP-dependent enzymes" (TESE/DISSERTAÇÃO)
A
2014/10 - 2016/07
Concluído
Bioquímica (Mestrado)
Especialização em Química Computacional
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
"Computational studies addressed to Histidine decarboxylase" (TESE/DISSERTAÇÃO)
19 valores
2011/09/10 - 2014/07/15
Concluído
Bioquímica (Licenciatura)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Universidade do Porto Instituto de Ciencias Biomedicas Abel Salazar, Portugal
"Influência das proteases aspárticas de Candida albicans na respostas imunitária mediada por linfócitos T reguladores num modelo de peritonite" (TESE/DISSERTAÇÃO)
18
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2016/04/21 - 2017/02/28 Estagiário de Investigação (Investigação) REQUIMTE Unidade de Ciencias Biomoleculares Aplicadas, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2021/05/01 - Atual Designer e Animador Científico CBEHx, Reino Unido
2017/03/01 - 2021/04/30 Bolseiro de Doutoramento (FCT) REQUIMTE Unidade de Ciencias Biomoleculares Aplicadas, Portugal
REQUIMTE Unidade de Ciencias Biomoleculares Aplicadas, Portugal
(...)
Projetos

Projeto

Designação Financiadores
2018 - 2021/06/30 RDB-TS: A reaction database for transition state information from quantum chemical calculations.
PTDC/QUI-QFI/31689/2017
Outra
REQUIMTE Unidade de Ciencias Biomoleculares Aplicadas, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2019 - 2019/12/31 Applied Molecular Biosciences Unit
info:eu-repo/grantAgreement/FCT/5876/147258/PT
REQUIMTE Unidade de Ciencias Biomoleculares Aplicadas, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Gonçalves, I.G.; Fernandes, H.S.; Melo, A.; Sousa, S.F.; Simões, L.C.; Simões, M.. "LegionellaDB – A Database on Legionella Outbreaks". Trends in Microbiology (2021): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85101362901&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.tim.2021.01.015
  2. Fernandes, H.S.; Cerqueira, N.M.F.S.A.; Sousa, S.F.. "Developing and Using BioSIMAR, an Augmented Reality Program to Visualize and Learn about Chemical Structures in a Virtual Environment on Any Internet-Connected Device". Journal of Chemical Education 98 5 (2021): 1789-1794. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85106453749&partnerID=MN8TOARS.
    10.1021/acs.jchemed.0c01317
  3. Ribeiro, P.M.G.; Fernandes, H.S.; Maia, L.B.; Sousa, S.F.; Moura, J.J.G.; Cerqueira, N.M.F.S.A.. "The complete catalytic mechanism of xanthine oxidase: A computational study". Inorganic Chemistry Frontiers 8 2 (2021): 405-416. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85100037271&partnerID=MN8TOARS.
    10.1039/d0qi01029d
  4. Fernandes, H.S.; Sousa, S.F.; Cerqueira, N.M.F.S.A.. "New insights into the catalytic mechanism of the SARS-CoV-2 main protease: an ONIOM QM/MM approach". Molecular Diversity (2021): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85108610393&partnerID=MN8TOARS.
    10.1007/s11030-021-10259-7
  5. Lapaillerie, D.; Charlier, C.; Fernandes, H.S.; Sousa, S.F.; Lesbats, P.; Weigel, P.; Favereaux, A.; Guyonnet-Duperat, V.; Parissi, V.. "In silico, in vitro and in cellulo models for monitoring sars-cov-2 spike/human ace2 complex, viral entry and cell fusion". Viruses 13 3 (2021): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85102687449&partnerID=MN8TOARS.
    10.3390/v13030365
  6. Santos-Pereira, C.; Rocha, J.F.; Fernandes, H.S.; Rodrigues, L.R.; Côrte-Real, M.; Sousa, S.F.. "The milk-derived lactoferrin inhibits V-ATPase activity by targeting its V1 domain". International Journal of Biological Macromolecules 186 (2021): 54-70. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85109463515&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.ijbiomac.2021.06.200
  7. Magalhães, R.P.; Fernandes, H.S.; Sousa, S.F.. "Modelling Enzymatic Mechanisms with QM/MM Approaches: Current Status and Future Challenges". Israel Journal of Chemistry 60 7 (2020): 655-666. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85084214079&partnerID=MN8TOARS.
    10.1002/ijch.202000014
  8. Magalhães, R.P.; Vieira, T.F.; Fernandes, H.S.; Melo, A.; Simões, M.; Sousa, S.F.. "The Biofilms Structural Database". Trends in Biotechnology 38 9 (2020): 937-940. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85084234464&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.tibtech.2020.04.002
  9. Magalhaes, Rita P.; Fernandes, Henriques S.; Sousa, Sergio F.. "Modelling Enzymatic Mechanisms with QM/MM Approaches: Current Status and Future Challenges". Israel Journal of Chemistry (2020): https://publons.com/publon/32317578/.
    10.1002/IJCH.202000014
  10. Fernandes, Henrique S.; Teixeira, Carla S. Silva; Sousa, Sérgio F.; Cerqueira, Nuno M. F. S. A.. "Formation of Unstable and very Reactive Chemical Species Catalyzed by Metalloenzymes: A Mechanistic Overview". Molecules 24 13 (2019): 2462. http://dx.doi.org/10.3390/molecules24132462.
    10.3390/molecules24132462
  11. Fernandes, H.S.; Sousa, S.F.; Cerqueira, N.M.F.S.A.. "VMD Store-A VMD Plugin to Browse, Discover, and Install VMD Extensions". Journal of Chemical Information and Modeling 59 11 (2019): 4519-4523. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85074712816&partnerID=MN8TOARS.
    10.1021/acs.jcim.9b00739
  12. Fernandes, Henrique S.; Silva Teixeira, Carla S.; Sousa, Sergio F.; Cerqueira, Nuno M. F. S. A.. "Formation of Unstable and very Reactive Chemical Species Catalyzed by Metalloenzymes: A Mechanistic Overview". Molecules (2019): https://publons.com/publon/21207863/.
    10.3390/MOLECULES24132462
  13. Fernandes, H.; Sousa, S.; Cerqueira, N.. "Enhancing the catalytic power of serine hydroxymethyltransferase to produce commercially valuable compounds". FEBS Open Bio (2019): https://publons.com/publon/27556627/.
  14. Fernandes, Henrique S.; Ramos, Maria João; Cerqueira, Nuno M. F. S. A.. "Catalytic Mechanism of the Serine Hydroxymethyltransferase: A Computational ONIOM QM/MM Study". ACS Catalysis 8 11 (2018): 10096-10110. http://dx.doi.org/10.1021/acscatal.8b02321.
    10.1021/acscatal.8b02321
  15. S. Fernandes, Henrique; Ramos, Maria J.; M. F. S. A. Cerqueira, Nuno. "molUP: A VMD plugin to handle QM and ONIOM calculations using the gaussian software". Journal of Computational Chemistry 39 19 (2018): 1344-1353. http://dx.doi.org/10.1002/jcc.25189.
    10.1002/jcc.25189
  16. Fernandes, Henrique. "molUP: A VMD plugin to handle QM and ONIOM calculations using the gaussian software". Journal of Computational Chemistry (2018): https://publons.com/publon/1619787/.
    10.1002/JCC.25189
  17. Fernandes, Henrique S.; Ramos, Maria Joao; Cerqueira, Nuno M. F. S. A.. "Catalytic Mechanism of the Serine Hydroxymethyltransferase: A Computational ONIOM QM/MM Study". ACS Catalysis (2018): https://publons.com/publon/18869169/.
    10.1021/ACSCATAL.8B02321
  18. Fernandes, Henrique Silva; Ramos, Maria João; Cerqueira, Nuno M. F. S. A.. "The Catalytic Mechanism of the Pyridoxal-5'-phosphate-Dependent Enzyme, Histidine Decarboxylase: A Computational Study". Chemistry - A European Journal 23 38 (2017): 9162-9173. http://dx.doi.org/10.1002/chem.201701375.
    10.1002/chem.201701375
  19. Fernandes, Henrique. "The Catalytic Mechanism of the Pyridoxal-5'-phosphate-Dependent Enzyme, Histidine Decarboxylase: A Computational Study". Chemistry - A European Journal (2017): https://publons.com/publon/2455846/.
    10.1002/CHEM.201701375
  20. Fernandes, H. S.; Teixeira, C. S. Silva; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J.; Cerqueira, N. M. F. S. A.. "Amino acid deprivation using enzymes as a targeted therapy for cancer and viral infections". Expert Opinion on Therapeutic Patents (2016): 1-15.
    10.1080/13543776.2017.1254194
Capítulo de livro
  1. Carla S. Silva Teixeira; Fernandes, Henrique; Sérgio Filipe Maia de Sousa; Nuno Cerqueira. "Enzymatic Amino Acid Deprivation Therapies Targeting Cancer". In Pharamaceutical Biocatalysis: Fundamentals, Enzyme Inhibitors, and Enzymes in Health and Diseases, editado por Peter Grunwald, 311-347. Temasek, Singapura: Jenny Stanford, 2019.
    Publicado
  2. Carla S. Silva Teixeira, Henrique S. Fernandes, Pedro A. Fernandes, Maria J. Ramos, Nuno M.F.S.A. Cerqueira. "Cancer Therapies Based on Enzymatic Amino Acid Depletion". editado por Alexandru Grumezescu, Anton Ficai, 623-642. 2017.
    10.1016/B978-0-323-46144-3.00024-6
Poster em conferência
  1. Fernandes, Henrique; Sérgio Filipe Maia de Sousa; Nuno M.F.S.A. Cerqueira. "Is the 5,10methylenetetrahydrofolate cofactor synthesized through a non-enzymatic or enzymatic mechanism?". Trabalho apresentado em 6º Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2018.
  2. Rita Magalhães; Tatiana Vieira; Fernandes, Henrique; Nuno M.F.S.A. Cerqueira; Manuel A. Simões; Sérgio Filipe Maia de Sousa. "Creation of a Structural Database for Inhibition of Bio¿lm Formation". Trabalho apresentado em 6º Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2018.
  3. Fernandes, Henrique; Maria João Ramos; Sérgio Filipe Maia de Sousa; Nuno M.F.S.A. Cerqueira. "The catalytic mechanism of Serine Hydroxymethyltransferase: a drug target against Malaria". Trabalho apresentado em UCIBIO Annual Meeting, 2018.
  4. Fernandes, Henrique; Maria João Ramos; Nuno M.F.S.A. Cerqueira. "Serine HydroxyMethylTransferase: Inhibit it or Improve it?". Trabalho apresentado em III Symposium on Medicinal Chemistry of University of Minho, 2017.
  5. Fernandes, Henrique; Nuno M.F.S.A. Cerqueira. "Computational studies addressed to the catalytic mechanism of Histidine Decarboxylase". 2015.
  6. Bárbara Adem; Fernandes, Henrique; Nuno Bastos. "Que novidades existem nas terapias moleculares para o cancro?". 2014.
Resumo em conferência
  1. Magalhães, Rita; Vieira, Tatiana; Fernandes, Henrique; Cerqueira, Nuno; Melo, André; Simões, Manuel; Sousa, Sérgio. "Creation of a Structural Database for Inhibition of Biofilm Formation". 2018.
    10.3390/mol2net-04-06079
  2. Cerqueira, Nuno; Fernandes, Henrique; Sousa, Sérgio. "Is the 5,10-methylenetetrahydrofolate cofactor synthesized through a non-enzymatic or enzymatic mechanism?". 2018.
    10.3390/mol2net-04-06004
  3. Cerqueira, Nuno; Fernandes, Henrique; Ramos, Maria João. "Development of computational tools to enhance the study of catalytic mechanisms". 2017.
    10.3390/mol2net-03-05073
Tese / Dissertação
  1. Fernandes, Henrique. "Computational studies addressed to Histidine decarboxylase". Mestrado, Universidade do Porto Faculdade de Ciencias, 2016. https://hdl.handle.net/10216/89937.
  2. Fernandes, Henrique. "Candida albicans secreted aspartic proteases expression facilitates murine peritoneal infection in a Treg/IL-10-dependent manner". 2014.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2019/04/26 Software Development in Computational (Bio)Chemistry Aula de Bioinformática
(Porto, Portugal)
2019/04/10 The Chemistry of Vitamin B6 in Enzymes: a computational approach VI Jornadas da Química
(Porto, Portugal)
2019/03/17 Bioquímicos Extraordinários VII AEICBAS Biomedical Congress
(Porto, Portugal)
2018/11/17 Desenvolvimento de Software com Aplicação no Ensino Em Química e Biologia VII Encontro da Divisão de Ensino e Divulgação da Química
(Vila Nova de Gaia, Portugal)
2018/08/30 Serine HydroxyMethylTransferase: Inhibit it or Improve it? 7th EuCheMS Chemistry Congress
(Liverpool, Reino Unido)
2018/07/09 Moléculas Magníficas V Encontro Internacional da Casa das Ciências
(Guimarães, Portugal)
2017/12/22 Development of computational tools to enhance the study of catalytic mechanisms Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural
(Coimbra, Portugal)
2016/09/16 Computational studies addressed to the catalytic mechanism of Histidine Decarboxylase Oncology & Molecular Biology Parallel Oral Session of the Eleventh YES – Young European Scientist
(Porto, Portugal)
2016/02/17 Computational studies addressed to the catalytic mechanism of Histidine Decarboxylase IJUP’16 – 9º Encontro de Jovens Investigadores da Universidade do Porto
Fundação da Juventude – Palácio das Artes (Porto, Portugal)
2015 Candida albicans secreted aspartic proteases expression facilitates murine 5. peritoneal infection in a Treg/IL-10-dependent manner IJUP’15 – 8º Encontro de Jovens Investigadores da Universidade do Porto
(Porto, Portugal)
2015 GMO Ticking Time Bomb II Ciclo de Cinema Científico
Universidade do Porto Faculdade de Ciências (Porto, Portugal)

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação)
Instituição / Organização
2018/03/01 - 2018/12/31 Organizing Committee: “6º Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural” (2018/12/21 - 2018/12/21)
Encontro (Membro da Comissão Organizadora)
Universidade do Porto Faculdade de Medicina, Portugal
2017/08/13 - 2018/08/13 Volta ao Conhecimento – 79ª Volta a Portugal em Bicicleta (2017/08/13 - 2017/08/13)
Exposição (Membro da Comissão Organizadora)
2018/07/10 - 2018/07/10 Utilização de software na simulação molecular (2018/07/10 - 2018/07/10)
Oficina (workshop) (Membro da Comissão Organizadora)
2018/04/12 - 2018/04/15 16ª Mostra da Universidade do Porto (2018/04/12 - 2018/04/15)
Exposição (Membro da Comissão Organizadora)
2018/03/08 - 2018/03/08 New Software Applications for Biomolecular Simulations: Applications to Chemistry and Biochemistry (2018/03/08 - 2018/03/08)
Exposição (Membro da Comissão Organizadora)
Universidade do Porto Faculdade de Ciencias, Portugal
2018/02/07 - 2018/02/09 IJUP’18 – 11º Encontro de Jovens Investigadores da Universidade do Porto (2018/02/07 - 2018/02/09)
Encontro (Membro da Comissão Organizadora)
2017/11/21 - 2017/11/21 Explorar a bioquímica recorrendo a ferramentas computacionais - XI Jornadas da Bioquímica da Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro (2017/11/21 - 2017/11/21)
Oficina (workshop) (Membro da Comissão Organizadora)
2017/04/20 - 2017/04/23 15ª Mostra da Universidade do Porto (2017/04/23 - 2017/04/23)
Exposição (Membro da Comissão Organizadora)
2016/10/01 - 2017/03/31 Moléculas que comandam a Nossa Vida (2017/03/14 - 2017/03/24)
Exposição (Membro da Comissão Organizadora)
2015/09/01 - 2016/07/31 I Gala da Bioquímica (2016/07/22 - 2016/07/24)
Congresso (Membro da Comissão Organizadora)
2016 - 2016 Workshop de Ilustrações e Animações Científicas com recurso ao software VMD (Visual Molecular Dynamics) (2016 - 2016)
Oficina (workshop) (Membro da Comissão Organizadora)
2013/09/01 - 2014/04/30 II AEICBAS Biomedical Congress: an innovative multidisciplinary approach to life sciences (2014/04/24 - 2014/04/26)
Congresso (Membro da Comissão Organizadora)
2014 - 2014 IJUP’16 – 9º Encontro de Jovens Investigadores da Universidade do Porto (2014 - 2014)
Encontro (Membro da Comissão Científica)
2012/09/01 - 2013/04/30 I AEICBAS Biomedical Congress: an innovative multidisciplinary approach to life sciences (2013/04/05 - 2013/04/07)
Congresso (Membro da Comissão Organizadora)

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2019/07/06 - 2019/07/07 Simulação Computacional de Biomoléculas (Mestrado) Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal
2018/06/02 - 2018/06/06 Escola da Química e Bioquímica 2018 Escola da Química e Bioquímica 2018 (Outros) Universidade do Porto Faculdade de Ciencias, Portugal
2017/05/04 - 2017/05/04 Docking Molecular Mestrado em Biologia Celular e Molecular (Licenciatura) Universidade do Porto Faculdade de Ciencias, Portugal
2016 - 2016 Escola da Química 2016 – Modelação Molecular da Estrutura de Proteínas Escola de Química (Outros)
2016 - 2016 Utilização do VMD na simulação molecular III Encontro Internacional Casa das Ciências (Outros)
Distinções

Prémio

2019 Bolsa de Mérito - Ano Letivo 2015/2016
2018 Best Poster - “6º Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional e Estrutural”
2017 I DQBgotTalent
Universidade do Porto Faculdade de Ciencias, Portugal
2014 Prémio Prof. Doutor João Cabral
Universidade do Porto Faculdade de Ciencias, Portugal
2012 2nd Place | 24h Best Engineering Competition
BESTE Porto, Portugal
2011 Local Engineering Competition

Outra distinção

2019 Conference Bursary