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Pedro T. Monteiro is an Associate Professor at the Departament of Computer Science and Engineering of Instituto Superior Técnico (IST) - Universidade de Lisboa and a researcher at INESC-ID Lisboa (ARSR scientific area). His current research interests include formal and static analysis of qualitative models of biological regulatory networks. In particular, through the use of formal verification techniques like model checking and temporal logic, for the exploration of interesting dynamical behaviours of qualitative biological models. He is also interested in exploring the structure of Boolean functions to study how their choice impacts the dynamics of logical models, and to develop model revision procedures. In this context, he is involved on the development of http://ginsim.org, a computer tool for the modeling and simulation of genetic regulatory networks, and http://epilog-tool.org, a computer tool for the modeling, simulation and visualisation of logical models for epithelial pattern formation. He also belongs to http://CoLoMoTo.org (Consortium for Logical Models and Tools), a consortium of research groups interested in logical modelling. He is also deeply involved in the continuous maintenance and development of http://yeastract-plus.org, a portal of repositories of regulatory associations for S.cerevisiae, pathogenic Candida species and non-conventional yeast species, with new visualization and computational tools to enable cross-species comparison of regulatory networks.
Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Pedro T Monteiro

Nomes de citação

  • Monteiro, Pedro T

Identificadores de autor

Ciência ID
FD1C-1FB0-AF6F
ORCID iD
0000-0002-7934-5495
Google Scholar ID
Xl4c8q0AAAAJ

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática
Formação
Grau Classificação
2006 - 2010
Concluído
Engenharia Informática e de Computadores (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
"Towards an integrative approach for the modeling and formal verification of biological regulatory networks" (TESE/DISSERTAÇÃO)
Approved unanimously
2006 - 2010
Concluído
Bioinformatique (Doutoramento)
Université Claude Bernard Lyon 1, França
"Towards an integrative approach for the modeling and formal verification of biological regulatory networks" (TESE/DISSERTAÇÃO)
Approved
2005 - 2006
Concluído
PhD Program in Computational Biology (PDBC) (Outros)
Instituto Gulbenkian de Ciência, Portugal
Approved
2003 - 2005
Concluído
Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
"Sistema de gestão da informação dos mecanismos de regulação genómica do organismo Saccharomyces cerevisiae" (TESE/DISSERTAÇÃO)
Approved unanimously
2004
Concluído
Molecular Microbiology: exploring bioinformatics (Pós-Graduação)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2012/12 - Atual Investigador (Investigação) Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
2011/04 - 2012/11 Pós-doutorado (Investigação) Instituto Gulbenkian de Ciência, Portugal
2010/06 - 2011/03 Pós-doutorado (Investigação) Instituto de Medicina Molecular, Portugal

Docência no Ensino Superior

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2020 - Atual Professor Associado (Docente Universitário) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2016/09 - 2020/08 Professor Auxiliar (Docente Universitário) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2014/02 - 2016/08 Professor Auxiliar Convidado (Docente Universitário) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2012/02 - 2012/07 Professor Auxiliar Convidado (Docente Universitário) Universidade Nova de Lisboa Instituto Superior de Estatística e Gestão de Informação, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2017/07 - Atual BioData.pt - Portuguese Biological Data Network
ROTEIRO/0098/2013
Investigador
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2020/01/01 - 2023/06/30 LAIfeBlood - Inteligência Artificial para a Gestão do Sangue
Investigador responsável
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2019/01/01 - 2022/06/30 Data2Help: Ciência de Dados para Optimização de Serviços de Emergência Médica
DSAIPA/AI/0044/2018
Investigador
Instituto Nacional de Emergência Médica IP, Portugal

Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal

Instituto Superior Técnico Centro de Estudos de Gestão, Portugal

Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2018/10 - 2021/09 MIXEDUP - Targeting pathogenesis and engineering cell factories: by developing mixed regulatory-metabolic genomic models in yeasts
PTDC/BII-BIO/28216/2017
Investigador
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2016/07 - 2019/12 CoMEDy - A COmputational Modelling platform for Epithelial DYnamics to explore the role of epithelial-mesenchymal transition and stemness acquisition in cancer recurrence
PTDC/BEX-BCB/0772/2014
Investigador
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2016/03 - 2019/08 CANTROL - Deciphering the mechanisms of transcriptional regulation that control antifungal drug resistance in the pathogenic yeast Candida glabrata: aiming the development of improved diagnosis and therapeutic approaches
PTDC/BBB-BIO/4004/2014
Investigador
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2016/07/01 - 2019/06/30 ERGODiC - Formal methods for the analysis of modular gEnetic ReGulatOry network DynamiCs
PTDC/EEI-CTP/2914/2014
Investigador responsável
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2014 - 2016 DATASTORM - Tratamento de Dados em Larga-escala em Ambientes Nuvem
EXCL/EEI-ESS/0257/2012
Investigador
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2008/01/01 - 2010/12/31 Dyablo: Modelos para o Comportamento Dinâmico de Redes Biológicas
PTDC/EIA/71587/2006
Bolseiro de Doutoramento
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2006/01/02 - 2008/01/01 Elucidação das complexas redes de regulação que actuam na levedura sujeita a drogas/stresse químico: abordagens de expressão genómica e de bioinformática
PDCT/BIO/56838/2004
Bolseiro de Doutoramento
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2005/01/01 - 2007/12/31 DBYeast: Infraestruturas e algoritmos para análise e identificação de redes de regulação genética
POSC/EIA/57398/2004
Bolseiro de Mestrado
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
Distinções

Prémio

2024 IST Excellence in Teaching Award: Compilers 22/23 + Analysis and Synthesis of Algorithms 22/23
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2023 IST Excellence in Teaching Award: Analysis and Synthesis of Algorithms 21/22
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2022 Prémios Científicos ULisboa/CGD - Menção Honrosa
Universidade de Lisboa, Portugal
2022 IST Excellence in Teaching Award: Foundations of Programming 20/21 + Analysis and Synthesis of Algorithms 20/21
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021 Prémios Científicos ULisboa/CGD - Menção Honrosa
Universidade de Lisboa, Portugal
2021 IST Excellence in Teaching Award: Foundations of Programming 19/20
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2020 IST Excellence in Teaching Award: Foundations of Programming 18/19
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2019 IST Excellence in Teaching Award: Compilers 17/18 + Foundations of Programming 17/18
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2018 IST Excellence in Teaching Award: Compilers 16/17 + Foundations of Programming 16/17
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2014 IST Excellence in Teaching Award: Object Oriented Programming 12/13
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2013 Investigador FCT 2013 - Starting grant
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2012 PAAMS’12 award - Scientific Excellence
2007 Sartorius award - Innovation in Microbiology/Biotechnology

Outra distinção

2020 Top 5 at ITC 2019: International Timetabling Competition
2010 Postdoctoral grant
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2006 Doctoral grant
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal