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João A. I. Miranda is a PhD candidate in Biochemistry/Systems Biology at BioISI, Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa (FCUL). At the RNA Systems Biology Lab, BioISI, he has been researching cancer biology using computational approaches, including network science, mathematical modelling, and machine learning. More recently, he was contracted as a research trainee within the scope of the project “SKINDEV: Skin Microbial Devices” at FCUL, with the aim of developing a mathematical model of Cutibacterium acnes metabolism. He was the recipient of a research grant within the scope of the project FAIRification of YEASTRACT+ to Support Yeast-based Bioeconomy and Health at INESC-ID Lisboa. During 2024, he lectured mathematical modelling and analysis of gene regulatory networks as a teaching assistant at FCUL. His most recent work entitled “When neighbours play a role: a systems-level analysis of protein interactions conditioning cancer driver mutation effects” was recently published in the Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS). He has an MSc degree in Biochemistry and Biomedicine.
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
João André Isidoro Miranda

Identificadores de autor

Ciência ID
B915-D668-DF0C
Scopus Author Id
59126128900

Domínios de atuação

  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Bioquímica
  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Molecular

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês Utilizador independente (B2) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Formação
Grau Classificação
2024/11 - 2028
Em curso
 Bioquímica (Doutoramento)
Especialização em Biologia de Sistemas
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2020 - 2023
Concluído
 Bioquímica e Biomedicina (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
"Understanding Metastasis Organotropism Patterns Through Within-cell and Between-cells Molecular Interaction Networks" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 19
2020
Concluído
 Bioquímica (Licenciatura)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
 16
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2025/10/16 - Atual Estagiário de Investigação (Investigação) FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal
2024/12/01 - 2025/09/30 Investigador (Investigação) Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
2023 - 2024 Estagiário de Investigação (Investigação) Universidade de Lisboa Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, Portugal

Docência no Ensino Superior

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2024/02/01 - 2024/07/31 Assistente Convidado (Docente Universitário) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Universidade de Lisboa, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2024/12/01 - 2025/09/30 FAIRY - FAIRification of YEASTRACT+ to Support Yeast-based Bioeconomy and Health
GRANT AGREEMENT 101129751
Bolseiro de Integração na Investigação

Projeto

Designação Financiadores
2025/10/16 - Atual SKIN MICROBIAL DEVICES (SKINDEV)
10062857
Investigador
UK Research and Innovation
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. João A. I. Miranda; Márcia F. S. Vital; Margarida Carrolo; António Quintela; Francisco R. Pinto. "When neighbors play a role: A systems-level analysis of protein interactions conditioning cancer driver mutation effects". Proceedings of the National Academy of Sciences (2025): https://doi.org/10.1073/pnas.2501925122.
    10.1073/pnas.2501925122
  2. Carrolo, Margarida; Miranda, Joao A. I.; Vilhais, Guilherme; Quintela, Antonio; Fontes e Sousa, Mario; Costa, Diogo Alpuim; Pinto, Francisco R.. "Metastatic organotropism: a brief overview". Frontiers in Oncology (2024): https://publons.com/wos-op/publon/66061957/.
    10.3389/FONC.2024.1358786
  3. M. Carrolo; M. Vital; J. Miranda; A. Quintela; F. Pinto. "71P When neighbors play a role: The importance of interacting proteins in the tumorigenic effect of cancer driver genes". ESMO Open (2024): https://publons.com/wos-op/publon/71333603/.
    10.1016/J.ESMOOP.2024.103815
Pré-impressão
  1. Márcia FS Vital; João AI Miranda; Margarida Carrolo; António Quintela; Francisco R Pinto. "When neighbours play a role: a systems-level analysis of protein interactions conditioning cancer driver mutation effects". 2025. https://doi.org/10.1101/2025.01.18.633728.
    10.1101/2025.01.18.633728
Resumo em conferência
  1. Vital, Márcia; Miranda, João A. I.; CARROLO, Margarida; António Quintela; Francisco R. Pinto. "The Neighbour Effect: How Interacting Proteins Influence Driver Mutations and Cancer Patient Outcomes". Trabalho apresentado em Bioinformatics Open Days 2025, XIV Edition, Braga, 2025.
    Publicado
  2. Vital, Márcia; Miranda, João A. I.; CARROLO, Margarida; António Quintela; Francisco R. Pinto. Autor correspondente: Francisco R. Pinto. "When neighbours play a role: The importance of interacting proteins in the tumorigenic effect of cancer driver genes". Trabalho apresentado em V International Congress in Health Sciences Research 2025: From molecule to community, Covilhã, 2025.
    Publicado
  3. Vital, Márcia; Miranda, João A. I.; CARROLO, Margarida; Francisco R. Pinto. Autor correspondente: Vital, Márcia. "Identification of tissue specific dependencies between cancer driver gene mutations and their interactors abundances". Trabalho apresentado em XII National Congress of Biochemistry, Aveiro, 2024.
  4. Miranda, João A. I.; CARROLO, Margarida; Francisco R. Pinto; António Quintela. Autor correspondente: Miranda, João A. I.. "Understanding Metastasis Organotropism Patterns Through Within-cell and Between cells Molecular Interaction Networks". Trabalho apresentado em Champalimaud Research Symposium: The Ecology of Cancer—understanding and targeting cancer-host interactions, Lisboa, 2024.
  5. Miranda, João A. I.; Francisco R. Pinto. Autor correspondente: Miranda, João A. I.. "Understanding Metastasis Organotropism Patterns Through Within-cell and Between-cells Molecular Interaction Networks". Trabalho apresentado em 13th EMBO Young Scientists’ Forum, Lisboa, 2023.
  6. M. Carrolo; J.A.I. Miranda; A.F.R. Coelho; A. Quintela; F.R. Pinto. "57P Metastasis organotropism: Unveiling associated proteins using network biology". 2023.
    10.1016/j.annonc.2023.09.1558
  7. CARROLO, Margarida; Guilherme Vilhais; Miranda, João A. I.; Francisco R. Pinto; António Quintela. "Cavitating pulmonary metastases associated with improved survival in pancreatic ductal adenocarcinoma cancer patients". Trabalho apresentado em 20º Congresso Nacional de Oncologia, Estoril, 2023.
    Publicado
  8. Filipa V.M.A. Pereira; Miranda, João A. I.; Alexandre F.R. Coelho; Fiviano L. Santos; Paulo R.C. Lopes; CARROLO, Margarida; Francisco R. Pinto. Autor correspondente: Francisco R. Pinto. "Exploring cancer tissue specificities through protein physical interaction networks". Trabalho apresentado em 8th International Iberian Biophysics Congress, Bilbao, 2022.
    Publicado
Tese / Dissertação
  1. "Understanding Metastasis Organotropism Patterns Through Within-cell and Between-cells Molecular Interaction Networks". Mestrado, Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, 2023. http://hdl.handle.net/10451/60536.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2025/03/26 The Neighbour Effect: How Interacting Proteins Influence Driver Mutations and Cancer Patient Outcomes Bioinformatics Open Days 2025, XIV Edition
University of Minho, Gualtar Campus (Braga, Portugal)
2025/03/21 When neighbours play a role: The importance of interacting proteins in the tumorigenic effect of cancer driver genes V International Congress in Health Sciences Research 2025: From molecule to community
RISE-Health@UBI (Covilhã, Portugal)
2023/07/13 Understanding Metastasis Organotropism Patterns Through Within-cell and Between-cells Molecular Interaction Networks 3rd Chem&Biochem Students Meeting
Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa - Departamento de Química e Bioquímica (Lisboa, Portugal)

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2024/02/22 - 2024/07/31 Bioquímica Experimental IV Bioquímica (Licenciatura) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Distinções

Prémio

2023 Best Flash Pitch Communication at the 3rd Chem&Biochem Students Meeting
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal