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I am a PhD student of Theoretical Biochemistry, currently studying the biophysical impact of the accurate description of the mitochondrial electrochemical gradient in the proton pumping function of Cytochrome C Oxidase. I have a BSc. degree in Biochemistry and a MSc. in Biochemistry and Biomedicine from the Faculty of Sciences of the University of Lisbon, finished with the grades of 13/20 and 18/20, respectively. Midway into my Bachelor¿s degree (in 2017), I joined the Molecular Modelling and Simulation group, now the Machuqueiro Lab ( Biosystems & Integrative Sciences Institute/BioISI), where I was involved in two projects that yielded my first scientific poster presentation entitled ¿pH-dependent permeability of outer membrane protein G: an in silico study¿ (in 2018) and a publication entitled ¿Improved GROMOS 54A7 Charge Sets for Phosphorylated Tyr, Ser, and Thr to Deal with pH-Dependent Binding Phenomena¿ in J. Chem. Theory Comput. (in 2020; 10.1021/acs.jctc.0c0052). During my Master¿s degree I was the student representative, being involved in the organization of the annual event that showcases the preliminary results of student¿s research. I received a grant to work on my dissertation project, on evaluating the biophysical profile of metallodrug delivery systems. With this work, I learned a great deal about Molecular Dynamics and other computational techniques like Umbrella Sampling scheme implementation, Quantum Mechanics, and membrane permeability calculations, receiving a 20/20 grade on my thesis discussion. The results of my thesis work were presented at multiple conferences, namely at Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural (2021), 2nd Chem & Biochem Students Meeting (2022) and 3D-BIOINFO-PT Annual Meeting (2022) as posters; at Virtual Winter School on Computational Chemistry (2023) as a Single Figure Presentation (SPF); and at BioData.pt Talks - 3D BioTalks (2023) and Bioinformatics Open Days as oral presentations. Additionally, due to the integration of my thesis work in a larger research project, there were frequent report meetings where I also presented preliminary results for the other contributing researchers. More recently, I was heavily involved in a project showcasing the potential of the in-house analysis tool MembIT, which led to a poster presentation at 3D-BIOINFO-PT Annual Meeting (2022) and a SPF at Virtual Winter School on Computational Chemistry (2023). This culminated in the publication of a scientific paper entitled ¿MembIT - a tool to calculate solute membrane insertions and deformations in molecular dynamics simulations¿ in J. Comput. Biophys. Chem. (10.1142/S2737416523500254) for which I am co-first author. Member of the Portuguese Society of Biophysics (SPB) since 2024.
Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
INÊS DOMINGOS DA SILVA PIRES

Nomes de citação

  • Pires, I.D.S.

Identificadores de autor

Ciência ID
AF1A-F82A-8B24
ORCID iD
0000-0002-4129-6923
Researcher Id
V-5853-2017

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Bioquímica
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biofísica

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C1)
Japonês Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B2)
Formação
Grau Classificação
2023/09/01 - 2027/09/01
Em curso
Bioquímica (Doutoramento)
Especialização em Bioquímica Teórica
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2020/09/01 - 2022/03/14
Concluído
Biochemistry and Biomedicine (Mestrado)
Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
"Computational biophysics evaluation of promising smart metallodrug delivery systems" (TESE/DISSERTAÇÃO)
18
2014/09/01 - 2020/02/29
Concluído
Biochemistry (Licenciatura)
Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
13
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2021/09/01 - Atual Investigador (Investigação) Universidade de Lisboa Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, Portugal
Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2023/09/01 - Atual In silico study of the electrochemical gradient role in Cytochrome c Oxidase proton gating mechanism
2023.01155.BD
Bolseiro de Doutoramento
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2021/09/01 - 2022/08/31 New antitumor Ru-based compound derivatives optimized using in silico methods
PTDC/QUI-QIN/0146/2020
Bolseiro de Mestrado
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências
Em curso

Outro

Designação Financiadores
2021/09/01 - 2023/03/14 Strategic Project of BioISI (UIDB/04046/2020 and UIDP/04046/2020)
UIDB/04046/2020
UIDP/04046/2020
Investigador
Universidade de Lisboa Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Suzano, Pedro M. S.; Pires, I.D.S.; Silva, Tomas F. D.; Oliveira, Nuno F. B.; Reis, Pedro B. P. S.; Machuqueiro, Miguel. "MembIT - a tool to calculate solute membrane insertions and deformations in molecular dynamics simulations". Journal of Computational Biophysics and Chemistry (2023): http://dx.doi.org/10.1142/s2737416523500254.
    Aceite para publicação • 10.1142/s2737416523500254
  2. Oliveira, Nuno F. B.; Pires, ines; Machuqueiro, Miguel. "Improved GROMOS 54A7 Charge Sets for Phosphorylated Tyr, Ser, and Thr to Deal with pH-Dependent Binding Phenomena". Journal of Chemical Theory and Computation 16 10 (2020): 6368-6376. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.0c00529.
    10.1021/acs.jctc.0c00529
Poster em conferência
  1. Pires, ines; Baptista, António M.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Pires, ines. "Improving the accuracy of a computational model of Cytochrome c Oxidase to study the proton gating mechanism". Trabalho apresentado em 3D-BIOINFO-PT Annual Meeting, 2024.
  2. Pires, ines; Baptista, António M.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Pires, ines. "Insights into the Cytochrome c Oxidase proton pumping mechanism from Constant-pH simulations". Trabalho apresentado em 21st IUPAB Congress 2024 and 62nd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, 2024.
  3. Pires, ines; BAPTISTA, ANTÓNIO; Machuqueiro, Miguel. "Insights into the Cytochrome c Oxidase proton pumping mechanism from Constant-pH simulations". Trabalho apresentado em IUPAB 2024 Eve Fest, 2024.
  4. Pires, I.D.S.; Baptista, António M.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Pires, I.D.S.. "Studying Cytochrome c Oxidase proton pumping mechanism with Constant-pH simulations". Trabalho apresentado em 4th Biophysics Festival, 2024.
  5. Pires, ines; Baptista, António M.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Pires, ines. "Constant-pH MD simulations of Cytochrome c Oxidase". Trabalho apresentado em Hünfeld 2024: Workshop on Computer Simulation and Theory of Macromolecules - Online Workshop, 2024.
  6. Pires, I.D.S.; Morais, Tânia S.; Machuqueiro, Miguel. "In silico study of promising ruthenium metalodrug delivery systems". Trabalho apresentado em 3rd Chem & Biochem Students Meeting, FCUL, Lisboa, Portugal, 2023.
  7. Pires, I.D.S.; Machuqueiro, Miguel. "How protein pKa predictions are affected by the choice of experimental structure?". Trabalho apresentado em Protein Electrostatics 2023, Genoa, IT., 2023.
  8. Suzano, Pedro M. S.; Silva, Tomás F.D.; Pires, I.D.S.; Oliveira, Nuno F. B.; Pedro Reis; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Suzano, Pedro M. S.. "MembIT - a Powerful Tool for Analyzing Solute Membrane Insertions and Deformations in MD Simulations". Trabalho apresentado em Protein Electrostatics 2023, Genoa, IT., 2023.
  9. Pires, I.D.S.; Morais, Tânia S.; Machuqueiro, Miguel. "Evaluating the membrane biophysical profile of smart metallodrugs for cancer therapy". Trabalho apresentado em Virtual Winter School on Computational Chemistry, Online Workshop, 2023.
  10. Suzano, Pedro; Pires, I.D.S.; Oliveira, Nuno F. B.; Silva, Tomás F.D.; Reis, Pedro B P S; Machuqueiro, Miguel. "MembIT - a tool to calculate membrane-insertion properties of solutes". Trabalho apresentado em Virtual Winter School on Computational Chemistry, Online Workshop, 2023.
  11. Silva, Tomás F.D.; Suzano, Pedro; Pires, I.D.S.; Oliveira, Nuno F. B.; Reis, Pedro B P S; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Suzano, Pedro. "MembIT - a tool to calculate membrane-insertion properties of solutes". Trabalho apresentado em 3D-BIOINFO-PT Annual Meeting, 2022.
  12. Pires, I.D.S.; Morais, Tânia S.; Machuqueiro, Miguel. "Computational biophysics evaluation of promising smart metallodrug delivery system". Trabalho apresentado em 3D-BIOINFO-PT Annual Meeting, 2022.
  13. Pires, ines; Morais, T. S.; Machuqueiro, M.. "In silico approaches to study membrane permeability of new antitumor Ru compounds". Trabalho apresentado em 2nd Chem & Biochem Students Meeting, 2022.
  14. Pires, Ines; Morais, T. S.; Machuqueiro, M.. "New antitumor Ru-based compound deriva- tives optimized using in silico methods". Trabalho apresentado em EJIBCE2, 2021.
  15. Oliveira, N.F.B.; Pires, ines; Machuqueiro, M.. "New phosphorylated amino acid parametrization to correctly reproduce their acid/base equilibria, including in protein binding events". Trabalho apresentado em EJIBCE, 2018.
  16. Pires, ines; Machuqueiro, M.. "pH-dependent permeability of outer membrane protein G: an in silico study". Trabalho apresentado em EJIBCE,, 2018.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2023/12/18 Are protein pKa predictions affected by the choice of experimental structure? 3D-BIOINFO-PT Annual Meeting
3D-BIOINFO-PT (Coimbra, Portugal)
2023/03/16 Computational study of promising smart metallodrug delivery systems Bioinformatics Open Days
Bioinformatics department of University of Minho (Braga, Portugal)
2023/02/08 Computational biophysics evaluation of promising smart metallodrug delivery systems BioData.pt Talks - 3D BioTalks (https://www.biodata.pt/node/446)
BioData.pt (Lisboa, Portugal)
2023/01/25 Computational biophysics evaluation of promising smart metallodrug delivery systems - Computational Report Arrows2cancer Consultory Meeting
Tânia S. Morais (Lisbon, Portugal)
2022/11/24 Computational biophysics evaluation of promising smart metallodrug delivery systems - Computational Report Arrows2cancer Consultory Meeting
Tânia S. Morais (Lisbon, Portugal)
2022/04/10 Arrows2cancer - Computational Report Arrows2cancer Internal Results Meeting
Tânia S. Morais (Lisbon, Portugal)
2022/02/18 New antitumor Ru-based compound derivatives optimized using in silico methods 4º Encontro do Mestrado em Bioquímica
Mestrado em Bioquímica (Lisbon, Portugal)