???global.info.a_carregar???
Rui Rocha, Doctorate in Chemical and Biological Engineering by the Faculty of Engineering of the University of Porto; Master¿s in Applied Biology - field of Toxicology and Ecotoxicology by the University of Aveiro and graduate in Applied Biology by the University of Minho. Currently working in the private sector in a Biotech company, is a researcher at CISAS - Center for Research and Development in Agrifood Systems and Sustainability of Instituto Politécnico de Viana do Castelo. Microbiology and Molecular Biology are the main areas of expertise, namely in the development of new rapid microbial diagnostic methods employing nucleic acid mimics, molecular strategies for the determination of authenticity of GI (Geographical Indication) food products and microbiome characterizations recurring to NGS applications. Author/Co-author of 3 Microbial Detection Kits certified by AOAC RI, 13 articles in international peer reviewed scientific journals, 2 book chapters and 1 patent. Co-supervised 1 Master thesis dissertation.
Ler resumo completo ↓
Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Rui Jorge Alves Rocha

Nomes de citação

  • Rocha, Rui

Identificadores de autor

Ciência ID
A015-B191-3F19
ORCID iD
0000-0003-3859-2702

Endereços de correio eletrónico

  • rru@ipvc.pt (Profissional)

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Microbiologia
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Molecular
  • Ciências Agrárias - Biotecnologia Agrária e Alimentar

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Inglês Utilizador independente (B2) Utilizador proficiente (C1) Utilizador independente (B2) Utilizador independente (B1)
Formação
Grau Classificação
2013 - 2017
Concluído
 Doctoral Program in Chemical and Biological Engeneering (Doutoramento)
Especialização em Application of nucleic acid mimics for the detection of microorganisms
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
"Optimization of Peptide Nucleic Acid Fluorescence in situ Hybridization (PNA-FISH) for the identification of microorganisms in food matrices" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 Aprovado
2009 - 2011
Concluído
 Applied Biology - expertise in Toxicology and Ecotoxicology (Mestrado)
Universidade de Aveiro, Portugal
"Ecotoxicological evaluation of pharmaceuticals on Daphnia magna" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 17 valores
2006 - 2009
Concluído
 Applied Biology (Licenciatura)
Universidade do Minho Escola de Ciências, Portugal
"Extraction of quality RNA for application in molecular biology techniques on Quercus suber - building a library of EST's" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 16 valores
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2018/06/01 - 2022/01/31 Investigador (Investigação) Instituto Politécnico de Viana do Castelo, Portugal
Instituto Politécnico de Viana do Castelo Escola Superior de Tecnologia e Gestão, Portugal
2013 - 2017 Investigador (Investigação) Biomode SA, Portugal
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
(...)

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2010/11 - 2011/08 Internship Biomode SA, Portugal
Biomode SA, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2018/06/01 - 2021/09/30 MobFood – Mobilização de conhecimento científico e tecnológico em resposta aos desafios do mercado Agroalimentar
POCI-01-0247-FEDER-024524
Bolseiro de Investigação
Instituto Politécnico de Viana do Castelo Escola Superior de Tecnologia e Gestão, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2013/05/01 - 2017/04/30 Optimization of Peptide Nucleic Acid Fluorescence in situ Hybridization (PNA-FISH) for the identification of microorganisms in food matrices
SFRH/BDE/51910/2012
Bolseiro de Doutoramento
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia

Biomode SA
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em boletim informativo
  1. Rocha, Rui; Carina Almeida; Nuno Azevedo. "Metodologias para a identificação de microrganismos patogénicos em amostras alimentares: a técnica de PNA-FISH", Boletim de Biotecnologia, 2015
Artigo em revista
  1. Mário Sousa; Rui Rocha; Daniela Araújo; Joana Castro; Ana Barbosa; Nuno F. Azevedo; Laura Cerqueira; Carina Almeida. "A New Peptide Nucleic Acid Fluorescence In Situ Hybridization Probe for the Specific Detection of Salmonella Species in Food Matrices". Foodborne Pathogens and Disease 21 (2024): 298-305. http://dx.doi.org/10.1089/fpd.2023.0127.
    Publicado • 10.1089/fpd.2023.0127
  2. Rui Rocha; Nélson Couto; Ricardo Pereira Pinto; Manuela Vaz Velho; Paulo Fernandes; Joana Santos. "Microbiological Characterization of Protected Designation of Origin Serra da Estrela Cheese". Foods (2023): https://www.mdpi.com/2304-8158/12/10/2008.
    10.3390/foods12102008
  3. Fernandes, P.; Afonso, I.M.; Pereira, J.; Rocha, Rui; Rodrigues, A.S.. "Epiphitic Microbiome of Alvarinho Wine Grapes from Different Geographic Regions in Portugal". Biology 12 2 (2023): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85148936918&partnerID=MN8TOARS.
    10.3390/biology12020146
  4. Rocha, Rui; Vaz Velho, Manuela; Santos, Joana; Fernandes, Paulo. "Serra da Estrela PDO Cheese Microbiome as Revealed by Next Generation Sequencing". Microorganisms 9 10 (2021): 2007. http://dx.doi.org/10.3390/microorganisms9102007.
    10.3390/microorganisms9102007
  5. Fernandes, Paulo Alexandre da Costa; Ferreira, Fernando Alberto da Conceição; Morais, Orlando Miguel; Ramos, Carla Maria Taxa; Fernandes, Élia Maria Raposo; Rocha, Susana Andreia Alves da; Rocha, Rui; et al. "Performance of saliva as a specimen to detect SARS-CoV-2". Journal of Clinical Virology 142 (2021): 104913. http://dx.doi.org/10.1016/j.jcv.2021.104913.
    10.1016/j.jcv.2021.104913
  6. Rocha, Rui; Sousa, José M.; Cerqueira, Laura; Vieira, Maria J.; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno F.. "Development and application of Peptide Nucleic Acid Fluorescence in situ Hybridization for the specific detection of Listeria monocytogenes". Food Microbiology 80 (2019): 1-8. http://dx.doi.org/10.1016/j.fm.2018.12.009.
    10.1016/j.fm.2018.12.009
  7. Sousa, J. Mário; Rocha, Rui; Cerqueira, Laura; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno F.; Bastin, Benjamin; Bird, Patrick; et al. "Validation of Biomode S.A. Probe4CronobacterTM for the Identification of Cronobacter spp.". Journal of AOAC International 102 3 (2019): 855-864. http://dx.doi.org/10.5740/jaoacint.18-0328.
    10.5740/jaoacint.18-0328
  8. Rocha, Rui; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno F.. "Influence of the fixation/permeabilization step on peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA-FISH) for the detection of bacteria". PLOS ONE 13 5 (2018): e0196522. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0196522.
    10.1371/journal.pone.0196522
  9. Mendes, Luzia; Rocha, Rui; Azevedo, Andreia S.; Henriques, Mariana; Pinto, Miguel G.; Azevedo, Nuno F.. "#126. Nova estratégia para detetar e localizar patogénicos periodontais: a técnica de PNA-FISH". Revista Portuguesa de Estomatologia, Medicina Dentária e Cirurgia Maxilofacial 57 (2016): 52. http://dx.doi.org/10.1016/j.rpemd.2016.10.123.
    10.1016/j.rpemd.2016.10.123
  10. Mendes, Luzia; Rocha, Rui; Azevedo, Andreia Sofia; Ferreira, Catarina; Henriques, Mariana; Pinto, Miguel Gonçalves; Azevedo, Nuno Filipe. "Novel strategy to detect and locate periodontal pathogens: The PNA-FISH technique". Microbiological Research 192 (2016): 185-191. http://dx.doi.org/10.1016/j.micres.2016.07.002.
    Publicado • 10.1016/j.micres.2016.07.002
  11. Rocha, Rui; Santos, Rita S.; Madureira, Pedro; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno F.. "Optimization of peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA-FISH) for the detection of bacteria: The effect of pH, dextran sulfate and probe concentration". Journal of Biotechnology 226 (2016): 1-7. http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2016.03.047.
    10.1016/j.jbiotec.2016.03.047
  12. Rocha, Rui; Gonçalves, F.; Marques, C.; Nunes, B.. "Environmental effects of anticholinesterasic therapeutic drugs on a crustacean species, Daphnia magna". Environmental Science and Pollution Research 21 6 (2013): 4418-4429. http://dx.doi.org/10.1007/s11356-013-2339-9.
    10.1007/s11356-013-2339-9
  13. Almeida, C.; Sousa, J. M.; Rocha, Rui; Cerqueira, L.; Fanning, S.; Azevedo, N. F.; Vieira, M. J.. "Detection of Escherichia coli O157 by Peptide Nucleic Acid FluorescenceIn SituHybridization (PNA-FISH) and Comparison to a Standard Culture Method". Applied and Environmental Microbiology 79 20 (2013): 6293-6300. http://dx.doi.org/10.1128/aem.01009-13.
    Publicado • 10.1128/aem.01009-13
Capítulo de livro
  1. Azevedo, Andreia S.; Rocha, Rui; Dias, Nicolina. "Flow-FISH Using Nucleic Acid Mimic Probes for the Detection of Bacteria". In Fluorescence In-Situ Hybridization (FISH) for Microbial Cells, editado por Carina Almeida; Nuno Azevedo, 263-277. Springer US, 2021.
    10.1007/978-1-0716-1115-9_17
  2. Rocha, Rui; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno F.. Autor correspondente: Rocha, Rui. "FISH in Food Samples". In Fluorescence In-Situ Hybridization (FISH) for Microbial Cells, editado por Carina Almeida; Nuno Azevedo, 279-290. Springer US, 2021.
    10.1007/978-1-0716-1115-9_18
Poster em conferência
  1. Rocha, Rui; Vaz Velho, Manuela; Pereira Pinto, Ricardo; Fernandes, Paulo; Joana Santos. Autor correspondente: Rocha, Rui. "Microbiological quality assessment of two Portuguese PDO cheeses - Serra da Estrela and Azeitão.". Trabalho apresentado em XVI Encontro de Química dos Alimentos, 2022.
  2. Rocha, Rui; Manuela Vaz Velho; Paulo Fernandes; Joana Santos. "Comparison of Lactic Acid Bacteria content of two Portuguese DOP cheeses - Serra da Estrela and Azeitão". Trabalho apresentado em XV Encontro de Química dos Alimentos, 2021.
  3. Rocha, Rui; Nélson Couto; Carla Ramos; Manuela Vaz Velho; Paulo Fernandes. "Microbial characterization of Serra da Estrela PDO cheese". Trabalho apresentado em Congress of Microbiology and Biotechnology 2019 - Microbiotec19, 2019.
  4. Oliveira, Ricardo; Rocha, Rui; Sousa, Mário; Cerqueira, Laura; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Rapid identification of Campylobacter spp. using peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA-FISH) in food samples". Trabalho apresentado em V AEICBAS Biomedical Congress - Abel Salazar Biomedical Sciences Institute (ICBAS), Porto, Portugal, 2017.
  5. Rocha, Rui; Carina Almeida; Nuno Azevedo. "Optimization of Peptide Nucleic Acid Fluorescence in situ Hybridization (PNA-FISH) method for the detection of bacteria: the effect of pH, dextran sulfate and probe concentration". Trabalho apresentado em 12th International Conference in Chemical and Biological Engineering - CHEMPOR, 2014.
  6. Rocha, Rui; Fernando Gonçalves; Catarina Marques; Bruno Nunes. "Environmental effects of anticholinesterasic therapeutic drugs on a crustacean species, Daphnia magna". Trabalho apresentado em 6th World Congress and the 22nd Annual Meeting of the Society of Environmental Toxicology and Chemistry - SETAC, 2012.
Resumo em conferência
  1. Rocha, Rui; Manuela Vaz-Velho; Pereira Pinto, Ricardo; Fernandes, Paulo; Santos, Joana. "Multiple correspondence analysis of microbiological profiles as markers of authenticity of PDO cheeses". Trabalho apresentado em XVI Encontro de Química dos Alimentos, Castelo Branco, 2022.
    Publicado
Tese / Dissertação
  1. Rocha, Rui. "Optimization of Peptide Nucleic Acid Fluorescence in situ Hybridization (PNA-FISH) for the identification of microorganisms in food matrices". Doutoramento, 2017.
  2. Rocha, Rui. "Toxicity of terapeutic anticolinesterasic drugs in Daphnia magna". Mestrado, 2011.

Propriedade Intelectual

Patente
  1. Carina Almeida; Mário Sousa; Rocha, Rui; Laura Cerqueira; Maria João Vieira; Nuno Azevedo. 2014. "Peptide nucleic acid probe, kit and method for detecting and/or quantifying Escherichia coli 0157:H7 and respective uses".
    Concedida/Emitida

Outros

Outra produção
  1. Probe4Salmonella Test Kit Certification by AOAC RI. This method has been evaluated in the AOAC® Performance Tested MethodsSM Program, and found to perform as stated by the manufacturer contingent to the comments contained in the manuscript. This certificate means that an AOAC® Certification Mark License Agreement has been executed which authorizes the manufacturer to display the AOAC Performance Tested SM certification mark.. 2018. De Sousa, José Mário; Rocha, Rui; Cerqueira, Laura; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno Filipe.
  2. Probe4Monocytogenes Test Kit Certification by AOAC RI. This method has been evaluated in the AOAC® Performance Tested MethodsSM Program, and found to perform as stated by the manufacturer contingent to the comments contained in the manuscript. This certificate means that an AOAC® Certification Mark License Agreement has been executed which authorizes the manufacturer to display the AOAC Performance Tested SM certification mark. 2017. Rocha, Rui; De Sousa, José Mário; Cerqueira, Laura; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno Filipe.
  3. Probe4Cronobacter Test Kit Certification by AOAC RI. first product in the world certified by AOAC for Cronocbacter Evaluation under the AOAC® PTM Program, and found to perform as stated by the manufacturer contingent to the comments contained in the manuscript. This certificate means that an AOAC® Certification Mark License Agreement has been executed which authorizes the manufacturer to display the AOAC Performance Tested SM certification mark;. 2017. Rocha, Rui; De Sousa, José Mário; Cerqueira, Laura; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno Filipe.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2021/09/05 Application of microsatellite high resolution melting analysis for the discrimination of Alcobaça PGI Golden Delicious apples XV Encontro de Química dos Alimentos
(Funchal, Portugal)
2019/07 Characterization of Portuguese pear varieties using microsatellite high resolution melting analysis 12th Iberoamerican Congress of Food Engineering - CIBIA
Algarve University (Faro, Portugal)
2017/03 Development and application of Peptide Nucleic Acid Fluorescence in situ Hybridization for the specific detection of Listeria monocytogenes International Association for Food Protection European Symposium on Food Safety
International Association for Food Protection (Bélgica)

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2015 - 2016 Development and Validation of a PNA-FISH method for Vibrio detection
Coorientador
 Bioengineering (Mestrado)
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal