João Carlos Paquete Ferreira (9E13-6E78-66FF)

Curriculum Vitae

João Carlos Paquete Ferreira

João C. Paquete-Ferreira graduated in 2017 with a BSc. in Biochemistry and, more recently, finished an MSc. in Biochemistry (2019), both granted by Faculdade de Ciências e Tecnologia Universidade Nova de Lisboa (FCT-NOVA). The main scientific interests of Paquete-Ferreira are the production of protein for determination of their structures, using X-ray Crystallography, for the rational development of new drugs, and the biophysical characterization of protein-ligand interactions. At the end of his BSc, he enrolled in the Macromolecular Crystallography Lab UCIBIO @REQUIMTE (FCT-NOVA), where he developed his first research activities, contacting with different techniques, giving him the knowledge to overexpress, purify and crystalize a protein, as well, as characterize it with diverse biophysical techniques. Paquete-Ferreira developed his master’s thesis, also in the Macromolecular Crystallography Lab, being able to solve the first reported three-dimensional structure of an LCP protein from Streptococcus dysgalactiae subs. dysgalactiae and extensively studied the interaction of the protein with different ligands. Also, during his master’s thesis, Paquete-Ferreira was involved in another project regarding the anti-apoptotic Bcl-2 protein, that is overexpressed in tumours leading to resistance to chemotherapeutic agents. From is participation in this project resulted in his first scientific publication. Among the experimental activities, communication in science was an important part as well, resulting in two oral communications with one of them being held at VIII Encontro Nacional de Utilzadores de Radiação de Sincrotrão (ENURS). These experiences improve his ability to communicate and perform a presentation that is pleasant to assist for a scientific audience. Paquete-Ferreira activities go beyond the scientific environment, as he is an active member of the community. He was involved in different organizations within the bachelor’s degree of Biochemistry that aims to improve the academic experience of the students. Taken together, Paquete-Ferreira experiences and skills make him a valuable asset to be part of a research team.

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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo: João Carlos Paquete Ferreira
Data de nascimento: 1996/04/30
Género: Masculino

Nomes de citação

Paquete-Ferreira, João
Paquete-Ferreira, João C.

Identificadores de autor

Ciência ID: 9E13-6E78-66FF
ORCID iD: 0000-0003-2846-6606

Websites

https://www.linkedin.com/in/jo%C3%A3o-paquete-ferreira-a50258b1/ (Profissional)

Domínios de atuação

Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Bioquímica
Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biofísica
Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Métodos de Investigação Bioquímica
Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática
Ciências Médicas e da Saúde - Ciências da Saúde - Doenças Infeciosas

Idiomas

Idioma	Conversação	Leitura	Escrita	Compreensão	Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador independente (B1)	Utilizador independente (B1)
Francês	Utilizador elementar (A1)	Utilizador elementar (A2)	Utilizador elementar (A1)	Utilizador elementar (A1)	Utilizador elementar (A1)

Formação

	Grau	Classificação
2021/01/01 - 2025/07/16 Concluído	Doctoral Programme of Biochemistry (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal "From Proteins to Bacteria: a multidisciplinary approach for the rational development of new anti-biofilm and antibacterial agents" (TESE/DISSERTAÇÃO)
2020/03 - 2020/07 Concluído	Getting started in cryo-EM (Outros) California Institute of Technology, Estados Unidos
2019/12 - 2020/02 Concluído	Learn to Program: The Fundamentals (Outros) University of Toronto Department of Computer Science, Canadá
2017/09 - 2019/10 Concluído	Msc in Biochemistry (Mestrado) Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal "LytR Inhibition, an Approach to Avoid Biofilm Formation in Streptococcus dysgalactiae subs. dysgalactiae" (TESE/DISSERTAÇÃO)
2014/09 - 2017/06 Concluído	Bsc in Biochemistry (Licenciatura) Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal "Análise Estrutural e Funcional de uma Proteína Envolvida na Formação de Biofilmes para Desenvolvimento de Fármacos" (TESE/DISSERTAÇÃO)

Percurso profissional

Ciência

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2021/01/01 - 2025/01/01	Estagiário de Investigação (Investigação)	REQUIMTE Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal

2018/07 - 2019/09	Estagiário de Investigação (Investigação)	REQUIMTE Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal
	Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal

Produções

Publicações

Artigo em revista	João Paquete-Ferreira; Filipe Freire; Henrique S. Fernandes; Jayaraman Muthukumaran; João Ramos; Joana Bryton; Alejandro Panjkovich; et al. "Structural insights of an LCP protein–LytR–from Streptococcus dysgalactiae subs. dysgalactiae through biophysical and in silico methods". Frontiers in Chemistry (2024): http://dx.doi.org/10.3389/fchem.2024.1379914. 10.3389/fchem.2024.1379914 Alves-Barroco, Cinthia; Paquete-Ferreira, João; Santos-Silva, Teresa; Fernandes, Alexandra R.. "Singularities of Pyogenic Streptococcal Biofilms – From Formation to Health Implication". Frontiers in Microbiology 11 (2020): http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2020.584947. Publicado • 10.3389/fmicb.2020.584947 João Ramos; Jayaraman Muthukumaran; Freire, Filipe; Ferreira, João; Ana Rita Otrelo-Cardoso; Dmitri Svergun; Alejandro Panjkovich; Teresa, Santos-Silva. "Shedding Light on the Interaction of Human Anti-Apoptotic Bcl-2 Protein with Ligands through Biophysical and in Silico Studies". International Journal of Molecular Sciences (2019): http://dx.doi.org/10.3390/ijms20040860. Publicado • 10.3390/ijms20040860 • Pessoal de suporte
Capítulo de livro	Paquete-Ferreira, João; Leisico, Francisco; Correia, Márcia A. S.; Engrola, Filipa S. S.; Santos-Silva, Teresa; Santos, Marino F. A.. Autor correspondente: Santos, Marino F. A.. "Using Small-angle X-ray Scattering to Characterize Biological Systems: A General Overview and Practical Tips". In Advanced Methods in Structural Biology, 381-403. Springer US, 2023. Publicado • 10.1007/978-1-0716-3147-8_22 Engrola, Filipa S. S.; Paquete-Ferreira, João; Santos-Silva, Teresa; Correia, Márcia A. S.; Leisico, Francisco; Santos, Marino F. A.. Autor correspondente: Santos, Marino F. A.. "Screening of Buffers and Additives for Protein Stabilization by Thermal Shift Assay: A Practical Approach". In Advanced Methods in Structural Biology, 199-213. Springer US, 2023. Publicado • 10.1007/978-1-0716-3147-8_11
Tese / Dissertação	Paquete-Ferreira, João. "LytR Inhibition, as a New Approach to Avoid Biofilm Formation in Streptococcus dysgalactiae subs. dysgalactiae". Mestrado, Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, 2019. https://drive.google.com/open?id=1KxvUWIP9IQh13Al6ruYvM0-s1e3TaaTI (~15 minutes video).

Atividades

Apresentação oral de trabalho

	Título da apresentação	Nome do evento Anfitrião (Local do evento)
2025/05/09	Targeting LytR-CpsA-Psr Proteins For Disruption of Biofilm Formation In Streptococcus dysgalactiae subsp. dysgalactiae Through Virtual Screening nnd Structural Insights	5th Meeting of Young Biophysicists (Caparica, Portugal)
2024/05/10	From in silico to the Wet Lab: Paving the Way in LCP Family Inhibition	4th Meeting of Young Biophysicists (Covilhã, Portugal)
2023/06/02	X-RAY CRYSTALLOGRAPHY AND NMR IN THE STUDY OF THE LYTR-CPSA-PSR FAMILY OF PROTEINS	3rd Meeting of Young Biophysicists i3S - Instituto de Investigação e Inovação em Saúde (Porto, Portugal)
2023/01/17	Wall teichoic acids: a future target for antibiotics?	GluPor 14 Sociedade Portuguesa de Química (Caparica, Portugal)
2023/01/17	Wall teichoic acids: a future target for antibiotics?	GluPor14 (Caparica, Portugal)
2019/06/28	LytR from Streptococcus dysgalactiae subs. dysgalactiae: A Target for Biofilm Inhibition Presentation video (~10 minutes): https://drive.google.com/open?id=1lqgZa1RGyi4UOnaKXovbA7u_6PwJqbf3	VIII Encontro Nacional de Utilizadores de Radiação de Sincrotrão Universidade do Porto, Faculdade de Ciências (Porto, Portugal)
2019/02/15	Structure-Based Desing of Promising Antibiofilm Formation Molecules	Jornadas Intercalares das Dissertações Anuais dos Mestrados do DQ e do DCV Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia (Caparica, Portugal)

Orientação

	Título / Tema Papel desempenhado	Curso (Tipo) Instituição / Organização
2023/02 - 2023/06	Análise da estrutura e da função de uma proteína envolvida na formação de biofilme bacteriano Coorientador	Biochemistry (Licenciatura/Bacharelato) Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2022/04 - 2022/06	DA ESTRUTURA 3D À FUNÇÃO DE UMA PROTEÍNA RESPONSÁVEL PELA FORMAÇÃO DE BIOFILME BACTERIANO Coorientador	Biotecnologia (Licenciatura/Bacharelato) Instituto Politécnico de Setúbal Escola Superior de Tecnologia do Barreiro, Portugal
2022/02 - 2022/04	From 3D structure to function of a protein responsible for the formation of bacterial biofilms Coorientador	Bioquímica (Licenciatura/Bacharelato) Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal

Organização de evento

	Nome do evento Tipo de evento (Tipo de participação)	Instituição / Organização
2019/04/24 - 2019/04/24	Volunteer in the annual presentation event of Faculdade de Ciências e Tecnologia educational offer (EXPO-FCT), which aims to provide orientation to pre-university students, when choosing a higher education course, through scientific demonstrations and workshop activities. As well, as demonstrate to the community, it's innovative research in the different fields. (2019/04/24 - 2019/04/24) Exposição (Outra)	Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2016/11 - 2017/02	JorTec - Jornadas Tecnológicas da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa – it is an event open to all people (inside and outsider FCT/NOVA), either students, professors, investigators and/or companies. It takes place at the FCT campus in Monte de Caparica and is organized exclusively by students from FCT-NOVA. The biggest objective of JorTec is to let know to all the participants the different realities existing in the several different areas of the faculty. (2017/02/03 - 2017/02/10) Conferência (Presidente da Comissão Organizadora)	Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2016/04/06 - 2016/04/06	Volunteer in the annual presentation event of Faculdade de Ciências e Tecnologia educational offer (EXPO-FCT), which aims to provide orientation to pre-university students, when choosing a higher education course, through scientific demonstrations and workshop activities. As well, as demonstrate to the community, it's innovative research in the different fields. (2016/04/06 - 2016/04/06) Exposição (Outra)	Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2015/11 - 2016/02	JorTec - Jornadas Tecnológicas da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa – it is an event open to all people (inside and outsider FCT/NOVA), either students, professors, investigators and/or companies. It takes place at the FCT campus in Monte de Caparica and is organized exclusively by students from FCT-NOVA. The biggest objective of JorTec is to let know to all the participants the different realities existing in the several different areas of the faculty. (2016/01/29 - 2016/02/05) Conferência (Membro da Comissão Organizadora)	Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal

Participação em evento

	Descrição da atividade Tipo de evento	Nome do evento Instituição / Organização
2015/02/13 - 2015/02/13	JorTec - Jornadas Tecnológicas da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa – it is an event open to all people (inside and outsider FCT/NOVA), either students, professors, investigators and/or companies. It takes place at the FCT campus in Monte de Caparica and is organized exclusively by students from FCT-NOVA. The biggest objective of JorTec is to let know to all the participants the different realities existing in the several different areas of the faculty. Conferência	JORTEC Química e Bioquímica - Química à Portuguesa Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal

Membro de comissão

	Descrição da atividade Tipo de participação	Instituição / Organização
2016/11 - 2017/06	Treasurer at Núcleo de Estudantes de Bioquímica FCT-NOVA (NuBioq). NuBioq was funded in 2016 by a group of students that aim to organize dynamic activities associated with the bachelor degree of Biochemistry. The activities organized by NuBioq enrich the academic experience of the students through workshops and lectures among other activities. Membro	Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2015/04 - 2016/03	The pedagogical commission main objective is to facilitate the communication between the students and professors of the Biochemistry graduation of FCT-NOVA. It is also the linkage unit between the Biochemistry degree e the exterior providing important information, like scholarships, lectures and workshops; and revealing the degree in several institutions for the students to develop projects or ideas. Membro	Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal