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I am a computer science researcher with a master's in Biomedical Engineering from the University of Porto and a PhD in Computer Science from the University of Aveiro. Currently, I am working as a Researcher on the GDI - Genomic Data Infrastructure project. My main research focuses on the development and application of machine learning and information theory concepts in bioinformatics. I have published numerous papers in quality venues and participated in significant European projects besides GDI, such as EHDEN, SCREEN-DR, MMIR, and EMIF. I actively collaborate with many international and national institutions and researchers and am a reviewer for esteemed scientific journals. I have received an IEEE Best Paper award for my research and have won 2 BioASQ challenges.
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
JORGE MIGUEL FERREIRA DA SILVA

Nomes de citação

  • Jorge Miguel Silva

Identificadores de autor

Ciência ID
7319-3EDC-9A88
ORCID iD
0000-0002-6331-6091
Google Scholar ID
N6ZzRPEAAAAJ&hl
Scopus Author Id
57194129937

Telefones

Fax
  • (+351) 234378157 (Profissional)
Telefone
  • (+351) 234 370 50 (Profissional)

Moradas

  • Campus Universitário de Santiago, 3810-193, Aveiro, Aveiro, Portugal (Profissional)

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2)
Italiano Utilizador independente (B2) Utilizador elementar (A2) Utilizador elementar (A1) Utilizador independente (B1) Utilizador elementar (A1)
Formação
Grau Classificação
2023/04/18
Concluído
 Doctorate in Computer Engineering (Doutoramento)
Especialização em Complexidade de Kolmogorov
Universidade de Aveiro, Portugal
"Algorithmic information approximations in data analysis" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 Aprovado
2016
Concluído
 Integrated Master in Bioengineering (Mestrado)
Especialização em Área de especialização: Engenharia Biomédica
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal

Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal
"Automatic Analysis of Glial Cells and Photoreception in Drosophila Melanogaster" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 15
2014 - 2014
Concluído
 Evaluation of brain cell biomarkers using mRNA gene expression human brain atlas (Outros)
Especialização em Bioinformatica
Università degli Studi di Padova Dipartimento di Ingegneria Dell'Informazione, Itália
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2023/07/15 - Atual Investigador (Investigação) Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro, Portugal
Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2023/03/01 - 2023/07/15 Research Fellow Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro, Portugal
Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro, Portugal
2018/12/01 - 2023/01/31 PhD Scholarship Holder Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro, Portugal
2016/06/01 - 2018/11/30 Research Fellow Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro, Portugal
Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2023/03/01 - Atual GDI - Genomic Data Infrastructure
101081813
Investigador
Universidade de Aveiro, Portugal
 European Commission
Em curso
2018/12/01 - 2023/01/31 Patient Diagnosis Prediction in Multimodal Medical Information
SFRH/BD/141851/2018
Universidade de Aveiro, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído

Projeto

Designação Financiadores
2023/10 - Atual Mapping the Knowledge Landscape of Language Models
FCT.CPCA.2022.01
Co-Investigador Responsável (Co-IR)
Fundacao de Computacao Cientifica Nacional, Portugal

Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro, Portugal

Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia

Fundacao de Computacao Cientifica Nacional

Rede Nacional de Computação Avançada
Em curso
2023 - 2023 TMFinder
2022.27068.CPCA.A0
Co-Investigador Responsável (Co-IR)
Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro, Portugal

Rede Nacional de Computação Avançada, Portugal

Fundacao de Computacao Cientifica Nacional, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia

Fundacao de Computacao Cientifica Nacional

Rede Nacional de Computação Avançada
Em curso
2018/12/01 - 2022/11/30 Patient Diagnosis Prediction in Multimodal Medical Information
SFRH/BD/141851/2018
Universidade de Aveiro, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2016/04/01 - 2020/12/01 Plataforma de Análise de Imagem e de Aprendizagem Computacional para a Inovação no Rastreio da Retinopatia Diabética
CMUP-ERI/TIC/0028/2014
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores, Portugal

Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Tecnologia e Ciência, Portugal

Administração Regional de Saúde do Norte IP, Portugal

Universidade de Aveiro, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2016/07/01 - 2019/12/31 Recuperação de Informação Multimodal em Repositórios de Imagem Médica
PTDC/EEI-ESS/6815/2014
Universidade de Aveiro, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2018 - 2018 EMIF (European Medical Information Framework)
IMI/115372
Bolseiro de Investigação
Universidade de Aveiro, Portugal
 European Commission
Concluído

Outro

Designação Financiadores
2018 - Atual EHDEN European Health Data & Evidence Network
H2020/IMI-JU
Bolseiro de Investigação
Em curso
Produções

Publicações

Artigo em boletim informativo
  1. Jorge Miguel Silva; Diogo Pratas; Tania Caetano; Sérgio Matos. "Archaea Taxonomic Classification.", 27th Portuguese Conference on Pattern Recognition, 2021
  2. Jorge Miguel Silva; Diogo Pratas; Sérgio Matos. "Comparison and Evaluation of Information-based Measures in Images.", 26th Portuguese Conference on Pattern Recognition, 2020
  3. Jorge Miguel Silva; Diogo Pratas; Sérgio Matos. "Evaluation of Statistical Complexity in Viral Genome Sequences", 25th Portuguese Conference on Pattern Recognition, 2019
  4. Jorge Miguel Silva; Augusto Silva; Pedro Vilela. "Enhanced Cerebral Vascular Segmentation with Harmonic Constraints.", The 23rd Portuguese Conference on Pattern Recognition, 2017
Artigo em conferência
  1. Martins, Inês Branco; Miguel Silva, Jorge; Almeida, João Rafael. "A comprehensive study of databases to assess the reliability of metagenomic tools". Trabalho apresentado em 2024 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB), Natal, 2024.
    Aceite para publicação • 10.1109/cibcb58642.2024.10702118
  2. Silva, J.M.; Oliveira, J.L.. "BIT.UA at iDPP: Predictive Analytics on ALS Disease Progression Using Sensor Data with Machine Learning". 2024.
  3. Almeida, J.R.; Silva, J.M.; Afonso, L.C.; Almeida, T.M.; Antunes, R.; Jonker, R.A.A.; Reis, J.A.; et al. "HealthDBFinder: a question-answering task for health database discovery". 2024.
    10.1109/CBMS61543.2024.00025
  4. Silva, J.M.; Almeida, J.R.; Oliveira, J.L.. "Classifying and discovering genomic sequences in metagenomic repositories". 2023.
    10.1016/j.procs.2023.01.441
  5. Pinheiro, M.; Silva, J.M.; Oliveira, J.L.. "Optimizing Variant Calling for Human Genome Analysis: A Comprehensive Pipeline Approach". 2023.
    10.1007/978-3-031-34960-7_6
  6. Silva, J.M.; Pratas, D.; Matos, S.. "Exploring Kolmogorov Complexity Approximations for Data Analysis: Insights and Applications". 2023.
    10.1007/978-3-031-36007-7_12
  7. Almeida, J.R.; Silva, J.M.; Oliveira, J.L.. "A FAIR Approach to Real-World Health Data Management and Analysis". 2023.
    10.1109/CBMS58004.2023.00338
  8. Almeida, T.; Jonker, R.A.A.; Poudel, R.; Silva, J.M.; Matos, S.. "BIT.UA at MedProcNer: Discovering Medical Procedures in Spanish Using Transformer Models with MCRF and Augmentation". 2023.
  9. Almeida, T.; Jonker, R.A.A.; Poudel, R.; Silva, J.M.; Matos, S.. "BIT.UA at BioASQ 11B: Two-Stage IR with Synthetic Training and Zero-Shot Answer Generation". 2023.
  10. Cruz, D.; Almeida, J.R.; Silva, J.M.; Oliveira, J.L.. "SecureFASTA: Ensuring privacy and trust when sharing genomic data". 2023.
    10.1109/CBMS58004.2023.00212
  11. Jorge Miguel Silva; Almeida, João Rafael. Autor correspondente: Jorge Miguel Silva. "Characterizing Genomics Repositories Using Feature-Based Classification". 2022.
    10.3233/shti220932
  12. Silva, Jorge Miguel; Almeida, Joao Rafael. "The value of compression for taxonomic identification". Trabalho apresentado em IEEE 35th International Symposium on Computer-Based Medical Systems (CBMS), 2022.
    Publicado • 10.1109/cbms55023.2022.00055
  13. Lebre, Rui; Pinho, Eduardo; Jorge Miguel Silva; Costa, Carlos. "Dicoogle Framework for Medical Imaging Teaching and Research". 2020.
    Publicado • 10.1109/iscc50000.2020.9219545
  14. Silva, Joao Figueira; Jorge Miguel Silva; Guerra, Antonio; Matos, Sergio; Costa, Carlos. "Ejection Fraction Classification in Transthoracic Echocardiography Using a Deep Learning Approach". Trabalho apresentado em IEEE 31th International Symposium on Computer-Based Medical Systems (CBMS), 2018.
    Publicado • 10.1109/cbms.2018.00029
  15. Jorge Miguel Silva; Guerra, Antonio; Silva, Joao Figueira; Pinho, Eduardo; Costa, Carlos. "Face De-Identification Service for Neuroimaging Volumes". 2018.
    Publicado • 10.1109/cbms.2018.00032
  16. Jorge Miguel Silva; Joao F. Silva; Carlos Costa; Michael Pedrosa. "A novel 3D-CNN approach for ejection fraction classification in transthoracic echocardiography". Trabalho apresentado em CARS 2018—Computer Assisted Radiology and Surgery Proceedings of the 32nd International Congress and Exhibition Berlin, Germany, June 20–23, 2018, Berlin, 2018.
    Publicado • 10.1007/s11548-018-1766-x
  17. Pedrosa, Micael; Jorge Miguel Silva; Costa, Carlos. "Reactive Through Services - Opinionated Framework for Developing Reactive Services". 2018.
    10.5220/0006661403300337
  18. Pedrosa M; Jorge Miguel Silva; Matos S; Costa C. Autor correspondente: Jorge Miguel Silva. "SCREEN-DR - Software Architecture for the Diabetic Retinopathy Screening.". 2018.
    10.3233/978-1-61499-852-5-396
  19. Jorge Miguel Silva. Autor correspondente: Jorge Miguel Silva. "Research PACS for diabetic retinopathy screening". Trabalho apresentado em CARS2018 - Computer Assisted Radiology and Surgery Proceedings of the 32nd International Congress and Exhibition, Berlim, 2018.
    Publicado • 10.1007/s11548-018-1766-y
  20. Pinho, E.; Silva, J.F.; Jorge Miguel Silva; Costa, C.. "Towards representation learning for biomedical concept detection in medical images: UA.PT bioinformatics in ImageCLEF 2017". Trabalho apresentado em Conference and Labs of the Evaluation Forum, Dublin, 2017.
    Publicado
  21. Silva, J.F.; Jorge Miguel Silva; Pinho, E.; Costa, C.. "3D-CNN in drug resistance detection and tuberculosis classification". Trabalho apresentado em Conference and Labs of the Evaluation Forum, Dublin, 2017.
    Publicado
  22. Jorge Miguel Silva; Tiago, Marques Godinho; David, Silva; Carlos, Costa; Silva, J.M.; Marques Godinho, T.; Silva, D.; Costa, C.. Autor correspondente: Jorge Miguel Silva. "Web Validation Service for Ensuring Adherence to the DICOM Standard.". Trabalho apresentado em Studies in health technology and informatics, 2017.
    Publicado • 10.3233/978-1-61499-753-5-38
Artigo em revista
  1. Jorge Miguel Silva; Armando J Pinho; Pratas, Diogo. "AltaiR: a C toolkit for alignment-free and temporal analysis of multi-FASTA data". Gigascience 13 (2024):
    Acesso aberto • Aceite para publicação • https://doi.org/10.1093/gigascience/giae086
  2. Silva, Jorge Miguel; Almeida, João Rafael. "Enhancing metagenomic classification with compression-based features". Artificial Intelligence in Medicine 156 (2024): 102948. http://dx.doi.org/10.1016/j.artmed.2024.102948.
    Acesso aberto • Aceite para publicação • 10.1016/j.artmed.2024.102948
  3. Silva, Jorge M; Qi, Weihong; Pinho, Armando J; Pratas, Diogo. "AlcoR: alignment-free simulation, mapping, and visualization of low-complexity regions in biological data". GigaScience 12 (2023): http://dx.doi.org/10.1093/gigascience/giad101.
    Acesso aberto • 10.1093/gigascience/giad101
  4. Cruz DB; Almeida JR; Silva JM; Oliveira JL. "A Reliable and Secure Method for Sharing Genomic Data.". Studies in health technology and informatics (2023): http://europepmc.org/abstract/med/37203584.
    10.3233/shti230350
  5. Silva JM; Pratas D; Caetano T; Matos S; Jorge Miguel Silva. "The complexity landscape of viral genomes.". GigaScience (2022): http://europepmc.org/abstract/med/35950839.
    10.1093/gigascience/giac079
  6. Pratas, Diogo; Jorge Miguel Silva. "Persistent minimal sequences of SARS-CoV-2". Bioinformatics 36 21 (2020): 5129-5132. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa686.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1093/bioinformatics/btaa686
  7. Jorge Miguel Silva; Eduardo Pinho; Sérgio Matos; D. Pratas. "Statistical Complexity Analysis of Turing Machine tapes with Fixed Algorithmic Complexity Using the Best-Order Markov Model". Entropy (2020): https://www.mdpi.com/1099-4300/22/1/105.
    10.3390/e22010105
  8. D. Pratas; Morteza Hosseini; Jorge Miguel Silva; Armando J Pinho. "A Reference-Free Lossless Compression Algorithm for DNA Sequences Using a Competitive Prediction of Two Classes of Weighted Models". Entropy (2019): https://www.mdpi.com/1099-4300/21/11/1074.
    10.3390/e21111074
  9. Jorge Miguel Silva; Godinho, Tiago Marques; Silva, David; Costa, Carlos. "A community-driven validation service for standard medical imaging objects". Computer Standards & Interfaces 61 (2019): 121-128. http://dx.doi.org/10.1016/j.csi.2018.06.003.
    10.1016/j.csi.2018.06.003
  10. Pedrosa, Micael; Jorge Miguel Silva; Silva, João Figueira; Matos, Sérgio; Costa, Carlos. "SCREEN-DR: Collaborative platform for diabetic retinopathy". International Journal of Medical Informatics 120 (2018): 137-146. http://dx.doi.org/10.1016/j.ijmedinf.2018.10.005.
    10.1016/j.ijmedinf.2018.10.005
  11. Jorge Miguel Silva; Pinho, Eduardo; Monteiro, Eriksson; Silva, João Figueira; Costa, Carlos. Autor correspondente: Jorge Miguel Silva. "Controlled searching in reversibly de-identified medical imaging archives". Journal of Biomedical Informatics 77 (2018): 81-90. http://dx.doi.org/10.1016/j.jbi.2017.12.002.
    10.1016/j.jbi.2017.12.002
Capítulo de livro
  1. Silva, Jorge Miguel; Pratas, Diogo; Caetano, Tânia; Matos, Sérgio. "Feature-Based Classification of Archaeal Sequences Using Compression-Based Methods". In Pattern Recognition and Image Analysis, 309-320. Aveiro, Portugal: Springer International Publishing, 2022.
    Publicado • 10.1007/978-3-031-04881-4_25
Poster em conferência
  1. Jorge Miguel Silva. "Exploring Kolmogorov Complexity Approximations for Data Analysis". Trabalho apresentado em Encontro Ciência 2023, 2023.
Tese / Dissertação
  1. "Algorithmic information approximations in data analysis". Doutoramento, Universidade de Aveiro, 2023.
  2. "Automatic Analysis of Glial Cells and Photoreception in Drosophila Melanogaster". Mestrado, Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, 2016. https://hdl.handle.net/10216/83253.
Website
  1. Jorge Miguel Silva; Pratas, Diogo; Rui Antunes; Matos, Sérgio; Armando J Pinho. Automatic analysis of artistic paintings using information-based measures. 2021. http://panther.web.ua.pt.
    10.1016/j.patcog.2021.107864

Outros

Outra produção
  1. AlcoR: alignment-free simulation, mapping, and visualization of low-complexity regions in biological data. 2023. Silva, J.M.; Qi, W.; Pinho, A.J.; Pratas, D.. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85159449092&partnerID=MN8TOARS.
    10.1093/gigascience/giad101
Software
  1. Jorge Miguel Silva; Diogo Pratas. "AltaiR: a C toolkit for alignment-free and spatial-temporal analysis of multi-FASTA data". 1.0.1. Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro. https://github.com/cobilab/altair. 2023.
  2. Luis Bastiao; Eduardo Pinho; Godinho, Tiago Marques; Jorge Miguel Silva; Rui Lebre; Rui Jesus; Tibério Baptista; et al. "dicoogle: An extensible, platform-independent, open-source PACS archive.". 3.2.2. Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro. https://github.com/bioinformatics-ua/dicoogle.git. 2023.
  3. Jorge Miguel Silva; Lourenço, Alexandre; Joao Almeida; Diogo Pratas. "RFSC: Reference-Free Sequence Classification". Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro. https://github.com/cobilab/RFSC.git. 2022.
  4. Jorge Miguel Silva; Diogo Pratas. "AlcoR: Alignment-free simulation, mapping, and visualization of low-complexity regions in FASTA data.". 1.9. Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro. https://github.com/cobilab/alcor. 2022.
  5. Jorge Miguel Silva. "xgtaxonomy: Cross-reference of Genomic Taxonomy". 1.0. Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Eletrónica e Informática de Aveiro. https://github.com/ieeta-pt/xgTaxonomy.git. 2022.
  6. Jorge Miguel Silva; Joao Almeida. "SecureFASTA". 1.0. Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro. https://github.com/bioinformatics-ua/SecureFASTA. 2022.
  7. Jorge Miguel Silva; Joao Almeida. "COMPACT: COMPressor tAxonomic ClassificaTion". 1.0. Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro. https://github.com/bioinformatics-ua/COMPACT. 2022.
  8. Jorge Miguel Silva; Pratas, Diogo. "canvas: Complexity Analysis Viral Sequences". 1.0. Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro. https://github.com/jorgeMFS/canvas. 2022.
  9. Jorge Miguel Silva; Tiago Almeida. "tm-neural-finder". 0.1. Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro. https://github.com/bioinformatics-ua/TM-Neural-Finder. 2022.
  10. Jorge Miguel Silva; Tiago Almeida. "SPTTM". 1.0. Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Eletrónica e Informática de Aveiro. https://github.com/jorgeMFS/spttm. 2022.
  11. Jorge Miguel Silva. "Archaea2". 2.0. Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro. https://github.com/jorgeMFS/Archaea2. 2021.
  12. Jorge Miguel Silva; Diogo Pratas; Sérgio Matos. "PANThER". 1.0. Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro. https://github.com/asilab/panther. 2021.
  13. Jorge Miguel Silva. "TMRecreator". 1.0. Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro. https://github.com/jorgeMFS/TMRecreator. 2019.
  14. Jorge Miguel Silva. "TMCompress". 1.0. Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro. https://github.com/asilab/TMCompression. 2018.
  15. David Silva; Jorge Miguel Silva; Godinho, Tiago Marques. "Dicom Validator". 1.0. Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro. https://bioinformatics.ua.pt/dicomvalidator/#/. 2018.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2024/11/22 Enhancing National Research Data Accessibility through FEGA Environment 11º Fórum de Gestão de Dados de Investigação
Instituto Politécnico de Viseu (Viseu, Portugal)
2024/11/19 The Portuguese Federated Human Data Comunity ELIXIR Federated Human Data Community Day
Biodata.pt (Lisbon, Portugal)
2020/07/24 Patient Diagnosis Prediction in Multimodal Medical Information Research Summit 2020
Universidade de Aveiro (Aveiro, Portugal)
2019/10/19 Algorithmic-Statistical Learning DSPT Day 2019
DSPT Day (Porto, Portugal)
2019/10 Evaluation of Statistical Complexity in Viral Genome Sequences RECPAD 2019
Faculty of Sciences of the University of Porto (Porto, Portugal)
2019/07/03 Patient Diagnosis Prediction Using Multimodal Medical Information Research Summit 2019
Universidade de Aveiro (Aveiro, Portugal)

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2024/02/20 - Atual Enhancing Genomic Discovery through Taxonomic Identification Tools
Coorientador
 Mestrado em Engenharia Biomédica (Mestrado)
Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro, Portugal

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação) 		Instituição / Organização
2024/04 - 2024/11/19 Organized European ELIXIR Federated Human Data Community Day in Portugal. (2024/11/19 - 2024/11/19)
Seminário (Coorganizador)
 BioData.pt, Portugal

ELIXIR, Reino Unido
2023/09/13 - 2023/11/15 ELIXIR Portugal All Hands 3rd Edition (2023/11/13 - 2023/11/17)
Oficina (workshop) (Coorganizador)
 BioData.pt, Portugal

Universidade de Aveiro Instituto de Engenharia Electrónica e Telemática de Aveiro, Portugal
2014 - 2014 Symposium on Bioengineering (2014 - 2016)
Simpósio (Membro da Comissão Organizadora)
 Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal

Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento 		Nome do evento
Instituição / Organização
2024/07/03 - Atual Presentation of the work: "Unlocking Genomic Data with Genomic Data Infrastructure project"
Exposição
 Encontro Ciência 2024
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2024/10/02 - 2024/10/04 BioData.pt, ELIXIR-PT All Hands 2024
Seminário
 BioData.pt | ELIXIR-PT All Hands 2024
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
2024/01/22 - 2024/01/24 Pillar II and III joint Workshop
Oficina (workshop)
 Pillar II and III joint workshop
ELIXIR, Reino Unido
2023/11/07 - 2023/11/10 Pillar II 2nd GDI Workshop
Oficina (workshop)
 Pillar II 2nd GDI Workshop
BioData.pt, Portugal

ELIXIR, Reino Unido
2023/07/05 - 2023/07/07 Encontro Ciência 2023
Congresso
 Encontro Ciência 2023
Universidade de Aveiro, Portugal
2023/03/08 - 2023/03/10 Pillar II 1st GDI Workshop
Oficina (workshop)
 Pillar II 1st GDI Workshop
National Bioinformatics Infrastructure Sweden, Suécia

ELIXIR, Reino Unido

Arbitragem científica em conferência

Nome da conferência Local da conferência
2021 - 2023 Computer-Based Medical Systems (IEEE CBMS)

Arbitragem científica em revista

Nome da revista (ISSN) Editora
2018 - Atual Journal of Digital Imaging (8971889) Springer
2018 - Atual Journal of Biomedical Imaging (1532-0480) Elsevier
2019 - 2023 Artificial Intelligence in Medicine (0933-3657) Elsevier

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2024/11/05 - 2024/11/05 Introduction to React Introdução à Engenharia de Software (Mestrado) Universidade de Aveiro, Portugal

Entrevista (jornal / revista)

Descrição da atividade Jornal / Forum
2023/02/01 BioASK Winners Diario de Aveiro
2022/07/31 Software da UA identifica autores de pinturas e classifica correntes artísticas AveiroMag
2022/07/29 Criado em Aveiro programa para identificar pintores, correntes, e falsificações observador

Membro de associação

Nome da associação Tipo de participação
2023 - Atual Biodata.pt Facilitator of FHD community; technical coordinator of key projects
2021 - Atual Portuguese Association for Pattern Recognition (APRP) member
2013 - 2015 Núcleo de Estudantes de Bioengenharia - FEUP/ICBAS Co-Founder and President of the Supervisory board

Membro de comissão

Descrição da atividade
Tipo de participação 		Instituição / Organização
2023 - Atual Federated European Genome-phenome Archive (FEGA) Operations Committee
Coordenador
 ELIXIR, Reino Unido

BioData.pt, Portugal
2023 - Atual Facilitator of the Portuguese Federated Human Data Community
Coordenador
 BioData.pt, Portugal

Tutoria

Tópico Nome do aluno
2024/09 - Atual Creation of a UI for the creation of workflows and creation of pipelines for genomics. Joaquim Rosa
2024/09 - Atual Trusted Research Enviroments Alexandre Cotorobai
2021 - 2021 Reference-Free Sequence Classification Tool Alexandre Emanuel Monteiro Lourenço
2017 - 2018 Dicom Validator David Silva
Distinções

Prémio

2023 Winner of the BIOASQ Challenge 2023 Task 11B
Ethniko Kentro Ereunas Physikon Epistemon Demokritos, Grécia

Google Inc, Estados Unidos

Éditions Scientifiques Elsevier, França

Centro Nacional de Supercomputación, Espanha
2023 Winner of the BIOASQ Challenge 2023 Task MedProcNER
Ethniko Kentro Ereunas Physikon Epistemon Demokritos, Grécia

Google Inc, Estados Unidos

Éditions Scientifiques Elsevier, França

Centro Nacional de Supercomputación, Espanha
2018 TCCLS Best Student Paper Award
IEEE, Estados Unidos