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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Pedro Rafael da Silva Álvaro Magalhães

Nomes de citação

  • Magalhães, Pedro R.

Identificadores de autor

Ciência ID
4817-573A-D201
ORCID iD
0000-0003-4118-2800
Google Scholar ID
gf0_kX0AAAAJ

Endereços de correio eletrónico

  • prmagalhaes@fc.ul.pt (Profissional)

Moradas

  • Instituto de Biosistemas e Ciências Integrativas. Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Edifício C8, Campo Grande, 1749-016, Lisboa, Lisboa, Portugal (Profissional)

Domínios de atuação

  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biofísica

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Espanhol; Castelhano Utilizador elementar (A1) Utilizador independente (B1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1)
Francês Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1)
Formação
Grau Classificação
2017/11/23
Concluído
 Bioquímica (Doutoramento)
Especialização em Simulação Biomolecular
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
"Inclusion of Protonation Effects in Simulation of Proteins in Membrane Environments" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 Unanimously approved
2008 - 2009
Concluído
 Bioquímica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
"Interaction between the neuropeptide kyotorphin and a lipid bilayer: a constant-pH molecular dynamics study" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 18
2004 - 2007
Concluído
 Bioquímica (Licenciatura)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
 17
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2021/11/10 - Atual Investigador Contratado (Investigação) Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2019/01/01 - 2020/12/31 Investigador Contratado (Investigação) FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal
Universidade de Lisboa Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, Portugal
2018/03/16 - 2018/12/01 Pós-doutorado (Investigação) Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2010/02/15 - 2010/10/31 Bolseiro de Investigação Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Enrico Cadoni; Pedro R. Magalhães; Rita M. Emídio; Eduarda Mendes; Jorge Vítor; Josué Carvalho; Carla Cruz; Bruno L. Victor; Alexandra Paulo. "New (Iso)quinolinyl-pyridine-2,6-dicarboxamide G-Quadruplex Stabilizers. A Structure-Activity Relationship Study". Pharmaceuticals (2021): https://doi.org/10.3390/ph14070669.
    10.3390/ph14070669
  2. Magalhães; Machuqueiro; Almeida; Melo; D. S. Cordeiro; Verde; Gümüs; Moreira; D. G. Correia. "Dynamical Rearrangement of Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 upon Antibody Binding: Effects on the Dimerization". Biomolecules 9 11 (2019): 706. http://dx.doi.org/10.3390/biom9110706.
    10.3390/biom9110706
  3. Magalhães, Pedro R.; Oliveira, A. Sofia F.; Campos, Sara R. R.; Soares, Cláudio M.; Baptista, António M.. "Effect of a pH Gradient on the Protonation States of Cytochrome c Oxidase: A Continuum Electrostatics Study". Journal of Chemical Information and Modeling 57 2 (2017): 256-266. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.6b00575.
    Publicado • 10.1021/acs.jcim.6b00575
  4. Conceição, Katia; Magalhães, Pedro R.; Campos, Sara R. R.; Domingues, Marco M.; Ramu, Vasanthakumar G.; Michalek, Matthias; Bertani, Philippe; et al. "The anti-inflammatory action of the analgesic kyotorphin neuropeptide derivatives: insights of a lipid-mediated mechanism". Amino Acids 48 1 (2015): 307-318. http://dx.doi.org/10.1007/s00726-015-2088-9.
    Publicado • 10.1007/s00726-015-2088-9
  5. Magalhães, Pedro R.; Machuqueiro, Miguel; Baptista, António M.. "Constant-pH Molecular Dynamics Study of Kyotorphin in an Explicit Bilayer". Biophysical Journal 108 9 (2015): 2282-2290. http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2015.03.052.
    Publicado • 10.1016/j.bpj.2015.03.052
Capítulo de livro
  1. "Identification of Pan-Assay INterference compoundS (PAINS) Using an MD-Based Protocol". 263-271. Springer {US, 2021.
    10.1007/978-1-0716-1468-6_15
Poster em conferência
  1. Magalhães, Pedro R.; Reis, Pedro B P S (BA1A-8F17-5F20); Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Victor, Bruno (5A17-09B5-48A5). Autor correspondente: Magalhães, Pedro R.. "Identification of membrane PAINS via an optimized computational protocol". Trabalho apresentado em 8th EJIBCE, Coimbra, Portugal, 2021.
  2. Magalhães, Pedro R.; Reis, Pedro B P S (BA1A-8F17-5F20); Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Victor, Bruno (5A17-09B5-48A5). Autor correspondente: Magalhães, Pedro R.. "Development of a Novel Computational Protocol for the Identification of Membrane PAINS". Trabalho apresentado em Computer Simulation and Theory of Macromolecules, Hunfeld Online Workshop, 2021.
  3. Magalhães, Pedro R.; Reis, Pedro B P S (BA1A-8F17-5F20); Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Victor, Bruno (5A17-09B5-48A5). "Speeding-up the identification of membrane PAINS with a new computational approach". Trabalho apresentado em Ciências Research Day, 2020.
  4. Magalhães, Pedro R.; Reis, Pedro B P S; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Victor, Bruno. "Refining an umbrella-sampling protocol to describe membrane PAINS". Trabalho apresentado em EJIBCE 2019 (7th Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural), Lisboa, Portugal, 2019.
  5. Magalhães, Pedro R.; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Victor, Bruno. "Structural characterization of Aquaporin-1 and evaluation of a PMF based protocol to determine water permeability rates". Trabalho apresentado em EJIBCE 2019 (7th Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Estrutural Compucacional), Lisboa, Portugal, 2019.
  6. Magalhães, Pedro R.; Reis, Pedro B P S; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Victor, Bruno. "Computational Characterization of Membrane PAINS". Trabalho apresentado em Joint 12th EBSA 10th ICBP-IUPAP Biophysics Congress, Madrid, Spain, 2019.
  7. Magalhães, Pedro R.; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Victor, Bruno. "Computational prediction of water permeability rates in Aquaporin-1". Trabalho apresentado em Joint 12th EBSA congress 10th ICBP-IUPAP Congress, Madrid, Spain, 2019.
  8. Magalhães, Pedro R.; Reis, Pedro B P S; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Victor, Bruno. "Optimization of a computational protocol to characterize membrane PAINS". Trabalho apresentado em Workshop on Integrative Approaches to Protein Folding & Aggregation, Lisboa, Portugal, 2019.
  9. Magalhães, Pedro R.; Vila-Viçosa, Diogo; Silva, Tomás; Machuqueiro, Miguel. "pH effects on PG/PC and PS/PC lipid binary mixtures". Trabalho apresentado em EJIBCE 2018 (6th Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural), Porto, Portugal, 2018.
    10.3390/mol2net-04-05922
  10. Magalhães, Pedro R.; Vila-Viçosa, Diogo; Silva, Tomás; Machuqueiro, Miguel. "pH effects on PG/PC and PS/PC lipid binary mixtures: a CpHMD study". Trabalho apresentado em Protein Electrostatics Conference, Serbia, Belgrade, 2018.
  11. Magalhães, Pedro R.; Campos, Sara R. R.; Oliveira, A. Sofia. F.; Soares, Cláudio M.; Baptista, António M.. "pH gradients in continuum electrostatics calculations of Ccox". Trabalho apresentado em EJIBCE 2014 (2nd Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Estrutural Computacional), Coimbra, Portugal, 2014.
  12. Magalhães, Pedro R.; Campos, Sara R. R.; Oliveira, A. Sofia. F.; Soares, Cláudio M.; Baptista, António M.. "Continuum electrostatics calculations of Ccox in the presence of a pH gradient". Trabalho apresentado em Protein Electrostatics Satellite Meeting of EBEC 2014, Lisboa, Portugal, 2014.
  13. Magalhães, Pedro R.; Campos, Sara R. R.; Oliveira, A. Sofia. F.; Soares, Cláudio M.; Baptista, António M.. "Titration of key sites in bacteriorhodopsin in the presence of a pH gradient". Trabalho apresentado em Frontiers in dynamics simulations of biological molecules, Barcelona, Spain, 2013.
  14. Magalhães, Pedro R.; Campos, Sara R. R.; Oliveira, A. Sofia. F.; Soares, Cláudio M.; Baptista, António M.. "Probing energy transduction mechanisms in bacteriorhodopsin using electrostatic calculations". Trabalho apresentado em EBSA 2013 (9th European Biophysics Congress), Lisboa, Portugal, 2013.
  15. Magalhães, Pedro R.; Campos, Sara R. R.; Oliveira, A. Sofia. F.; Soares, Cláudio M.; Baptista, António M.. "Continuum electrostatics study of energy transduction mechanisms in bacteriorhodopsin". Trabalho apresentado em COST Action CM0902 Training School on Molecular machineries for ion translocation across membranes, Lisboa, Portugal, 2013.
  16. Magalhães, Pedro R.; Campos, Sara R. R.; Oliveira, A. Sofia F.; Baptista, António M... "Study of energy transduction in bacteriorhodopsin using continuum electrostatics methods". Trabalho apresentado em 3rd ITQB PhD Students' Meeting, Oeiras, Portugal, 2012.
  17. Magalhães, Pedro R.; Machuqueiro, Miguel; Baptista, António M.. "The effect of pH on the interaction between the neuropeptide kyotorphin and a lipid bilayer: a molecular simulation study". Trabalho apresentado em X Girona Seminar on Theoretical and Computational Chemistry for the Modeling of Biochemical Systems: From Theory to Applications, Girona, Spain, 2012.
  18. Baptista, António M.; Magalhães, Pedro R.; Campos, Sara R. R.; Machuqueiro, Miguel. "Ionization of a neuropeptide unaffected by the membrane environment: simulations of kyotorphin using constant-pH MD and linear response approximation". Trabalho apresentado em Gordon Research Conference on Protons & Membrane Reactions, San Francisco, USA, 2012.
  19. Magalhães, Pedro R.; Machuqueiro, Miguel; Baptista, António M.. "Simulation of explicit bilayers with constant-pH molecular dynamics". Trabalho apresentado em 5th Theoretical Biophysics International Symposium, Madeira, Portugal, 2011.
  20. Magalhães, Pedro R.; Machuqueiro, Miguel; Baptista, António M.. "Constant-pH molecular dynamics simulations of the neuropeptide kyotorphin in a lipid bilayer". Trabalho apresentado em Frontiers in Protein Research Interbio Symposium, Oeiras, Portugal, 2011.
  21. Magalhães, Pedro R.; Machuqueiro, Miguel; Baptista, António M.. "Constant-pH molecular dynamics simulations of explicit membranes: study of peptide-bilayer interactions". Trabalho apresentado em V Spanish-Portuguese Biophysics Congress, Zaragoza, Spain, 2010.
  22. Magalhães, Pedro R.; Machuqueiro, Miguel; Baptista, António M.. "Interaction between kyotorphin and biological membranes: a constant-pH MD study". Trabalho apresentado em Expanding the Frontiers of Molecular Dynamics Simulations in Biology Conference, Barcelona, Spain, 2009.
Tese / Dissertação
  1. Magalhães, Pedro R.. "Inclusion of protonation effects in the simulation of proteins in membrane environments". Doutoramento, Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, 2017. https://run.unl.pt/handle/10362/78959.
  2. Magalhães, Pedro R.. "Interaction between the neuropeptide kyotorphin and a lipid bilayer: a constant-ph molecular dynamics study". Mestrado, Universidade de Lisboa Departamento de Química e Bioquímica, 2009. http://repositorio.ul.pt/handle/10451/3498.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2014/11/06 pH gradients in continuum electrostatics calculations of Ccox 5th ITQB PhD Students' Meeting
ITQB NOVA (Oeiras, Portugal)
2013/05/15 Continuum electrostatics study of energy transduction mechanisms in bacteriorhodopsin COST Action CM0902 Training School on Molecular machineries for ion translocation across membrane
(Lisboa, Portugal)
2013/04/04 Inclusion of pH gradients in membrane calculations 2nd Portuguese Biomolecular Modelling Meeting
(Foz do Arelho, Portugal)
2012/06/24 Interaction between the neuropeptide kyotorphin and lipid membranes using constant-pH molecular dynamics methods 2nd EBSA Course on: Membrane Biophysics & Lipid/Protein Interaction
(Lacanau, França)
2011/05/12 Lys/Arg Interactions in G53A6 1st Portuguese Biomolecular Modelling Meeting
(Tavira, Portugal)

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2020/10 - 2021/07 Identification of new inhibitors of the p53-MDM2 complex as potentially novel anticancer therapies
Coorientador
 Projeto (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade de Lisboa Departamento de Química e Bioquímica, Portugal
2020/10 - 2021/06 Computer-assisted interaction studies of DNA-G4 with newly identified stabilizers
Coorientador
 Projeto (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade de Lisboa Departamento de Química e Bioquímica, Portugal

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação) 		Instituição / Organização
2019/01/01 - 2019/12/20 EJIBCE 2019 (7th Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural). Main duties: website design, updates and support; graphic materials editing and design. (2019/12/20 - 2019/12/20)
Conferência (Membro da Comissão Organizadora)
 Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2016 - 2016 EJIBCE 2016 (4th Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural). Main duties: website design, updates and support; graphic materials editing and design. (2016/12/21 - 2016/12/21)
Conferência (Membro da Comissão Organizadora)
 Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2014 - 2014 PROTELEC 2014 (Protein Electrostatics Meeting) Main duties: website design, updates and support; graphic materials editing and design (2014/07/08 - 2014/07/11)
Conferência (Membro da Comissão Organizadora)
 Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2019/07/10 - 2019/07/11 Como se organizam e constroem as moléculas? Estruturas (bio)químicas em 3 dimensões - Workshop VI Encontro Internacional da Casa das Ciências (Ensino de Professores de Física e Química do Ensino Secundário) (Outros) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal