Marco Aurélio Dias Simões (1D1C-C217-F68A)

Curriculum Vitae

Marco Aurélio Dias Simões

I have been working on molecular biology since the beginning, starting to work with plants (Arabidopsis thaliana) focusing on energetic stress pathways. After, I started to learn about microbiology, applying molecular biology on it. Throughout this path, I learnt about basic molecular biology software. Over the last years, I have been applying my experience about molecular biology on the fisheries research, studying marine fish and zooplankton communities’ biodiversity and their relationship through molecular techniques (e.g., metabarcoding) and bioinformatic analysis. Fish population structure is also another research scope though DNA fragment analysis. No seu currículo Ciência Vitae os termos mais frequentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artístico-cultural são: "Plantas"; "Vias metabólicas; "Stress energético"; "Alterações climáticas; "Agricultura; "Sustentabilidade; "Genes"; "Resistência"; "Antibióticos"; "Microrganismos; "Ambiente; "Saúde pública; "Biologia molecular; "PCR"; "Patógenos"; "Peixes"; "Sustentabilidade"; "Biologia molecular"; "Recursos"; "Sustentabilidade; "Alterações climáticas"; "Stocks pesqueiros"; "Ecologia"; "Gestão de recursos"; "Sustentabilidade" ; "Stocks pesqueiros" ; "Biologia molecular" ; "Impactos" ; "Alterações climáticas" ; "Ecologia" ; "SnRK1" ; "Gibberellin signalling"; "Absidic acid signalling"; "Plant development"; "SnRK1"; "Absidic acid signalling"; "Plant development"; "Marine natural compounds"; "Red algae"; "Antitumor activity"; "Antimicrobian activity"; "Pathogens"; "Fishes"; "Aquaculture"; "Fish health"; "Good practises"; "Immunostimulant", "Gene expression", "Meagre"; "SnRK1.1", "gibberellins", "DELLA, "NDF4", "Phosphorylation"; "Enterobacteriaceae", "ESBL", "CTX-M", "TEM", "Betalactamases", "Antimicrobial resistance"; "SnRK1" "Beta1 subunit", "Arabidopsis", "Energy stress"; "Microbial contamination", "PCR", "Microalgae", "Chlorella", "Algae culture"; "DELLA proteins" "Plant growth" "Gibberellins"; .

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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo: Marco Aurélio Dias Simões

Nomes de citação

Simões, Marco

Identificadores de autor

Ciência ID: 1D1C-C217-F68A
ORCID iD: 0000-0001-7995-7304

Moradas

MARE IPLeiria - CETEMARES, Centro de I&D, Formação e Divulgação do Conhecimento Marítimo. Av. Porto de Pesca, 2520–641, Peniche, Peniche, Portugal (Profissional)

Domínios de atuação

Ciências Agrárias - Agricultura, Silvicultura e Pescas - Pescas
Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Marinha
Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Microbiologia
Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Molecular

Idiomas

Idioma	Conversação	Leitura	Escrita	Compreensão	Peer-review
Inglês	Utilizador independente (B1)	Utilizador independente (B1)	Utilizador independente (B1)	Utilizador independente (B1)
Português	Utilizador independente (B2)	Utilizador independente (B2)	Utilizador independente (B2)	Utilizador independente (B2)

Formação

	Grau	Classificação
2021/02/01 - 2025 Em curso	Biologia (Doutoramento) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal "Environmental DNA (eDNA) optimization and application to assist fisheries resources management and Genetic population structure study of the Iberian Sardina pilchardus" (TESE/DISSERTAÇÃO)
2023/07/09 - 2023/07/21 Concluído	AZSS 2023 - Azores Summer School in Marine Island (Palaeo)Biogeography - 2nd edition (Outros) Universidade dos Açores, Portugal
2023/07/04 - 2023/07/05 Concluído	Meta Microbial: Metagenomic and bioinformatic insights into microbial communities (Outros) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2023/05 - 2023/05 Concluído	Molecular Bioinformatics (Outros) Universidade do Porto, Portugal	19
2022/04/05 - 2022/04/20 Concluído	Statistics and data analysis in R - Gades Solutions (18 hours) (Outros) Instituto Politécnico de Leiria Escola Superior de Turismo e Tecnologia do Mar de Peniche, Portugal Instituto Politécnico de Leiria MARE, Portugal
2013/09/10 - 2015/12/18 Concluído	Biotecnologia dos Recursos Marinhos (Mestrado integrado) Especialização em Biologia molecular Instituto Politécnico de Leiria Escola Superior de Turismo e Tecnologia do Mar de Peniche, Portugal "CROSSTALK BETWEEN ENERGY AND GIBBERELLIN SIGNALING PATHWAYS – A MOLECULAR APPROACH" (TESE/DISSERTAÇÃO)	19
2010/09/14 - 2013/07/12 Concluído	Biologia Marinha e Biotecnologia (Licenciatura) Especialização em Biotecnologia - Biologia molecular Instituto Politécnico de Leiria Escola Superior de Turismo e Tecnologia do Mar de Peniche, Portugal "Estudo da interação entre as fosfatases TOPP e FyPP com SnRK1.1 de Arabidopsis thaliana" (TESE/DISSERTAÇÃO)	15

Percurso profissional

Ciência

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2021/02/01 - Atual	Investigador (Investigação)	Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal

2017/03/01 - Atual	Investigador (Investigação)	Instituto Politécnico de Leiria, Portugal
	Instituto Politécnico de Leiria, Portugal

Docência no Ensino Superior

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2024/09 - 2025/02	Assistente convidado (Docente Ensino Superior Politécnico)	Instituto Politécnico de Leiria Escola Superior de Turismo e Tecnologia do Mar de Peniche, Portugal

2023/02 - 2023/07	Assistente convidado (Docente Ensino Superior Politécnico)	Instituto Politécnico de Leiria Escola Superior de Turismo e Tecnologia do Mar de Peniche, Portugal

Projetos

Bolsa

	Designação	Financiadores
2020/01/14 - 2021/01/31	e-Fishing – New molecular tools to support fisheries management MAR20-01-77P3-FEAMP-000006 Bolseiro de Investigação Instituto Politécnico de Leiria, Portugal	Concluído
2019/07/06 - 2020/01/07	Be4AQUAHEALTH – National survey of aquaculture fish diseases: a bet on prevention MAR-02.05.01-FEAMP-0013 Bolseiro de Investigação Instituto Politécnico de Leiria, Portugal	Em curso
2017/03/01 - 2019/06/30	INTSIN – Integration of carbon and hormone signaling in plants PTDC/BIA-PLA/7143/2014 Bolseiro de Investigação Instituto Politécnico de Leiria, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído

Outro

	Designação	Financiadores
2024/08 - Atual	eDNA hindsight – High-resolution temporal monitoring of marine fish communities using environ-mental DNA - Co-Investigador Responsável (Co-IR) Instituto Politécnico de Leiria MARE, Portugal	Em curso
2018/03/10 - 2018/07/30	Red2Discovery – Sphaerococcus coronopifolius and Asparagopsis armata macroalgae as targets for marine drug discovery PTDC/MAR-BIO/6149/2014 Investigador Instituto Politécnico de Leiria, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2014/09/04 - 2015/07/30	SnRK1 regulation and cross-talk with the ABA pathway (PTDC/BIA-PLA/3937/2012) PTDC/BIA-PLA/3937/2012 Investigador Instituto Politécnico de Leiria, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído

Produções

Publicações

Artigo em revista	Marco Simões; Cátia Costa; Maria da Luz Calado; Nuno Vasco-Rodrigues; Maria Jorge Campos; Sérgio Miguel Leandro; Agostinho Antunes. "Unveiling the UNESCO Biosphere Reserve of the Berlengas Archipelago in Portugal as a Hotspot of Fish Species Using eDNA Metabarcoding and the Collaboration of Fishing Crews". Journal of Marine Science and Engineering (2025): https://doi.org/10.3390/jmse13010060. 10.3390/jmse13010060 Marco Simões; Sónia Cotrim Marques; Cátia Costa; Maria da Luz Calado; Jorge Lobo-Arteaga; Cátia Bartilotti; Maria Jorge Campos; Sérgio Miguel Leandro; Agostinho Antunes. "The Advantages of Combining Morphological and Molecular Methods to Characterise Zooplankton Communities: A Case Study of the UNESCO Biosphere Reserve of the Berlengas Archipelago, Portugal". Oceans (2024): https://doi.org/10.3390/oceans5040046. 10.3390/oceans5040046 Costa C.; Guilherme Duarte Ferreira; Marco Simões; Joana L. Silva; Maria Campos. "Real-Time PCR Protocol for Detection and Quantification of Three Pathogenic Members of the Vibrionaceae Family". Microorganisms (2022): https://www.mdpi.com/2076-2607/10/10/2060. 10.3390/microorganisms10102060 Mariana Vaz; Damiana Pires; Pedro Pires; Marco Simões; Pombo, A.; Paulo Santos; Beatriz do Carmo; et al. "Early Immune Modulation in European Seabass (Dicentrarchus labrax) Juveniles in Response to Betanodavirus Infection". Fishes (2022): https://www.mdpi.com/2410-3888/7/2/63. 10.3390/fishes7020063 Christian Valdez; Cátia Costa; Marco Simões; Carla C. C. R. de Carvalho; Teresa Baptista; Maria Campos. "Detection of mcr-1 Gene in Undefined Vibrio Species Isolated from Clams". Microorganisms (2022): https://www.mdpi.com/2076-2607/10/2/394. 10.3390/microorganisms10020394 Paulo Santos; Diogo Peixoto; Inês Ferreira; Ricardo Passos; Pedro Pires; Marco Simões; Pedro Pousão-Ferreira; Teresa Baptista; Benjamín Costas. "Short-Term Immune Responses of Gilthead Seabream (Sparus aurata) Juveniles against Photobacterium damselae subsp. piscicida". International Journal of Molecular Sciences (2022): https://www.mdpi.com/1422-0067/23/3/1561. 10.3390/ijms23031561 Joana Silva; Celso Alves; Susete Pinteus; Patrícia Susano; Marco Simões; Miguel Guedes; Alice Martins; et al. "Disclosing the potential of eleganolone for Parkinson’s disease therapeutics: Neuroprotective and anti-inflammatory activities". Pharmacological Research (2021): https://doi.org/10.1016/j.phrs.2021.105589. 10.1016/j.phrs.2021.105589 Joana Silva; Celso Alves; Alice Martins; Patrícia Susano; Marco Simões; Miguel Guedes; Stephanie Rehfeldt; et al. "Loliolide, a New Therapeutic Option for Neurological Diseases? In Vitro Neuroprotective and Anti-Inflammatory Activities of a Monoterpenoid Lactone Isolated from Codium tomentosum". International Journal of Molecular Sciences (2021): https://www.mdpi.com/1422-0067/22/4/1888. 10.3390/ijms22041888 Passos, Ricardo; Correia, Ana Patrícia; Ferreira, Inês; Pires, Pedro; Pires, Damiana; Gomes, Emma; do Carmo, Beatriz; et al. "Effect on health status and pathogen resistance of gilthead seabream (Sparus aurata) fed with diets supplemented with Gracilaria gracilis". Aquaculture 531 (2021): 735888. http://dx.doi.org/10.1016/j.aquaculture.2020.735888. Aceite para publicação • 10.1016/j.aquaculture.2020.735888
Capítulo de livro	Simões, Marco; Sónia Cotrim Marques; Maranhão, Paulo; Maria Jorge Campos. "Metagenomic-Based Analysis Providing a Complementary Data Method for Plankton Ecological Studies". In Zooplankton Challenges in a Changing World, 1-320. Boca Raton, Portugal: Luis R. Vieira, Fernando Manuel Raposo Morgado, 2025. Publicado • 10.1201/9781032662275-8
Poster em conferência	Passos, Ricardo; Pires, Pedro; Simões, Marco; Ferreira, Inês; Gomes, Ema; do Carmo, Beatriz; Dias, Luís. "Gracilaria gracillis as a functional feed addictive for gilthead seabream". Trabalho apresentado em Aquaimprove 2019 – 4th workshop, November 29, Porto, Portugal, 2019. Pire, Pedro; Passos, Ricardo; Ferreira, Inês; Simões, Marco; Santos, Paulo; Machado, Marina; Costas, Benjamin; Baptista, Teresa. "Differential immune responses in gilthead seabream and meagre juveniles infected with Photobacterium damselae SUBSP. piscicida". Trabalho apresentado em Aquaculture Europe 2019, Berlin, Germany, 2019. Pires, Pedro; Simões, Marco; Passos, Ricardo; Ferreira, Inês; Barata, M; Pousão-Ferreira, Paulo; Soares, F; Marques, C; Baptista, Teresa. "Effect of a commercial immunostimulant on the immune performance and immune-related gene expression of meagre (Argyrosomus regius) juveniles". Trabalho apresentado em 19th International Conference on Diseases of Fish and Shellfish, September 2019, Porto, 2019. C Vaz, Daniela; Sousa, Raquel; Simões, Marco; Rodrigues, Américo. "RGA & GAI: On the characterization of two DELLA plant growth repressor proteins". Trabalho apresentado em 10th International Congress on Structural Biology, 2018. 10.4172/0974-276X-C3-119 Lopes, Claúdia; Simões, Marco; Costa, Cátia; Ricardo, Patrícia; Rodrigues, Américo. "Early detection of microbial contamination in microalgae cultures". Trabalho apresentado em IMMR'18 \| International Meeting on Marine Research 2018, 2018. 10.3389/conf.FMARS.2018.06.00044 Ribeiro, Joana; Simões, Marco; Lopes, Claúdia; Costa, Cátia; Baena-González, Elena; Rodrigues, Américo. "SnRK1 beta1 subunit protein interactors". Trabalho apresentado em European Biotechnology Congress, 2018, 2018. 10.1016/j.jbiotec.2018.06.276 Costa, Cátia; Simões, Marco; Ribeiro, Joana; Fernandes, Joana; Lopes, Claúdia; Rodrigues, Américo; Campos, Maria. "Presence of BlaCTX-M and BlaTEM among environmental Enterobacteriaceae isolated from the São Domingos River, Peniche, Portugal". Trabalho apresentado em IMMR \| International Meeting on Marine Research 2016, 2016. 10.3389/conf.FMARS.2016.04.00073
Tese / Dissertação	Simões, Marco. "Crosstalk between energy and gibberellin signaling pathways: a molecular approach". Mestrado, Instituto Politécnico de Leiria, 2015. http://hdl.handle.net/10400.8/1676.

Atividades

Apresentação oral de trabalho

	Título da apresentação	Nome do evento Anfitrião (Local do evento)
2023/09/22	Complementarity of morphological and molecular tools in zooplankton monitoring at the Berlengas Biosphere Reserve, Portugal	ICYMARE 2023 - International Conference for YOUNG Marine Researchers (OldenBurg, Alemanha)

Orientação

	Título / Tema Papel desempenhado	Curso (Tipo) Instituição / Organização
2023/09 - 2024/12	Genomic analysis and study of the antibiotic resistance profile of microorganisms associated with macroplastic biofilms found in Peniche Coorientador	Biologia Molecular e Genética (Mestrado) Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
2019/03/14 - 2019/06/20	DNA Ambiental: Uma Alternativa Não Invasiva e Inovadora de Biomonitorização Coorientador	Biologia Marinha e Biotecnologia (Licenciatura/Bacharelato) Instituto Politécnico de Leiria Escola Superior de Turismo e Tecnologia do Mar de Peniche, Portugal
2019/04/08 - 2019/06/14	Identificação de espécies do género Chlorella utilizando ferramentas moleculares Coorientador	Biologia Marinha e Biotecnologia (Licenciatura/Bacharelato) Instituto Politécnico de Leiria Escola Superior de Turismo e Tecnologia do Mar de Peniche, Portugal
2018/04/09 - 2018/06/15	Papel das giberelinas na resposta ao stress em plantas: construção de um vetor repórter para a via de sinalização das giberelinas Coorientador	Biologia Marinha e Biotecnologia (Licenciatura/Bacharelato) Instituto Politécnico de Leiria Escola Superior de Turismo e Tecnologia do Mar de Peniche, Portugal