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My name is João Capela, I am 26 years old and holder of a Master's degree in Bioinformatics, since 2021, from the School of Engineering of the University of Minho (EEUM), and a Bachelor's degree in Biology with complementary formation in Informatics, since 2018, from the Faculty of Sciences of the University of Porto (FCUP). I have skills in software development and chemoinformatics as well as on subjects such as biosynthesis of natural compounds, general biochemistry, and metabolic modelling. I am currently the main developer of merlin (https://merlin-sysbio.org/team/), a large-scale software to assist in the reconstruction of GSMMs and genome annotation. I joined the DeepBio project, where I am developing tools using machine and deep learning towards the production of biotechnologically relevant compounds. Right now, I am a PhD student at the Centre of Biological Engineering developing the project: "AI2SM: Artificial Intelligence to Expose Plant Secondary Metabolism".
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
João Capela

Nomes de citação

  • Capela, João

Identificadores de autor

Ciência ID
0510-DBB6-7904
ORCID iD
0000-0002-1235-2922

Endereços de correio eletrónico

  • joao.capela@ceb.uminho.pt (Profissional)

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Fitologia
  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C2)
Alemão Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1)
Formação
Grau Classificação
2022/03/01 - 2026/03/01
Em curso
 Doutoramento em Informática (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal

Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
"AI2SM: Artificial Intelligence to expose plant secondary metabolism" (TESE/DISSERTAÇÃO)
2018/09/15 - 2021/03/01
Concluído
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
"Biochemical Complex data Generation and Integration in Genome-Scale Metabolic Models" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 18
2020/07/26 - 2020/09/26
Concluído
 Summer School in Constraint Based Reconstruction and Analysis of metabolic models (Outros)
Especialização em Bioinformatics and Industrial biotechnology
Universidade do Minho, Portugal
2015/09/15 - 2018/07/15
Concluído
 Biologia (Licenciatura)
Especialização em Minor em Informática
Universidade do Porto, Portugal
 16
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2022/03/01 - 2026/03/01 Investigador (Investigação) Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
Universidade do Minho, Portugal
(...)
2020/11/15 - 2022/03/01 Investigador Contratado (Investigação) Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
Universidade do Minho, Portugal
(...)
2017/10/15 - 2018/06/15 Investigador (Investigação) Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
2017/02/01 - 2017/06/01 Estagiário de Investigação (Investigação) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
Plant Stress Lab, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2022 - 2026 PhD Student Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2020/02/01 - 2022 Repository mantainer - BOIMMG (https://boimmg.bio.di.uminho.pt/) Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2019/02/15 - 2022 Software mantainer - merlin (https://merlin-sysbio.org/team/) Universidade do Minho, Portugal
2019/07/01 - 2019/07/31 Monitor de Fisiologia Vegetal no projeto Universidade Júnior Universidade Júnior, Portugal
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2018/07/01 - 2019/07/31 Monitor de Fisiologia Vegetal no projeto Universidade Júnior Universidade Júnior, Portugal
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2018/08/01 - 2018/09/30 Monitor de sensibilização ambiental na campanha Comércio a Reciclar BioRumo - Consultoria em ambiente e sustentabilidade LA, Portugal
Projetos

Projeto

Designação Financiadores
2020/11/15 - 2021/08/15 DeepBio - Abordagens de aprendizagem máquina e deep learning para aplicações de biotecnologia industrial
NORTE-01-0247-FEDER-039831
Bolseiro de Investigação
SilicoLife, Portugal

Universidade do Minho, Portugal
Em curso
Produções

Publicações

Artigo em conferência
  1. Capela, Joao; Correia, Joao; Pereira, Vitor; Rocha, Miguel. "Development of Deep Learning approaches to predict relationships between chemical structures and sweetness". Trabalho apresentado em International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN), 2022.
    10.1109/ijcnn55064.2022.9891992
Artigo em revista
  1. Correia, João; Capela, João; Rocha, Miguel. "Deepmol: an automated machine and deep learning framework for computational chemistry". Journal of Cheminformatics 16 1 (2024): https://doi.org/10.1186/s13321-024-00937-7.
    10.1186/s13321-024-00937-7
  2. João Capela; Davide Lagoa; Ruben Rodrigues; Emanuel Cunha; Fernando Cruz; Ana Barbosa; José Bastos; et al. "merlin, an improved framework for the reconstruction of high-quality genome-scale metabolic models". Nucleic Acids Research (2022): https://doi.org/10.1093/nar/gkac459.
    10.1093/nar/gkac459
  3. Capela, João; Davide Lagoa; Ruben Rodrigues; Emanuel Cunha; Fernando Cruz; Ana Barbosa; José Bastos; et al. "merlin v4.0: an updated platform for the reconstruction of high-quality genome-scale metabolic models". Nucleic Acid Research (2021): https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.02.24.432752v1.
    Submetido • https://doi.org/10.1101/2021.02.24.432752
  4. Fernando Cruz; Capela, João; Eugénio C. Ferreira; Miguel Rocha; Oscar Dias. "BioISO: an objective-oriented application for assisting the curation of genome-scale metabolic models". BMC Bioinformatics (2021):
    Submetido • https://doi.org/10.1101/2021.03.07.434259
Capítulo de livro
  1. "Towards a Multivariate Analysis of Genome-Scale Metabolic Models Derived from the BiGG Models Database". 136-144. Springer International Publishing, 2022.
    10.1007/978-3-030-86258-9_14
Resumo em conferência
  1. Capela, João; Filipe Liu; Oscar Dias. "Revising lipid chemical structures in genome-wide metabolic models with BOIMMG". Trabalho apresentado em BOD 2021 - X Bioinformatics Open Days, Braga, 2021.
    Aceite para publicação
  2. "Revising lipid chemical structures in genome-wide metabolic models with BOIMMG". Braga, 2021.
  3. Diogo Lima; Davide Lagoa; Fernando Cruz; José Bastos; Capela, João; Eugénio C. Ferreira; Miguel Rocha; Oscar Dias. "merlin v4: an updated platform for reconstructing genome-scale metabolic models". Trabalho apresentado em BOD 2020 - IX Bioinformatics Open Days, Braga, 2020.
    Publicado
Atividades

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação) 		Instituição / Organização
2020/02/19 - 2020/02/21 Bioinformatics Open Days IX - BOD, University of Minho, Braga, Portugal (2020/02/19 - 2020/02/21)
Conferência (Membro da Comissão Organizadora)
 Universidade do Minho, Portugal

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento 		Nome do evento
Instituição / Organização
2019/02/20 - 2019/02/22 Short communication about the output of my work on the "Bioinformatics Laboratories" discipline - VIII Bioinformatics Open Days , Braga, Portugal
Conferência
 VIII Bioinformatics Open Days , Braga, Portugal
Universidade do Minho, Portugal

Membro de associação

Nome da associação Tipo de participação
2019/11/21 - Atual NEBiUM - Núcleo de Estudos de Bioinformática da Universidade do Minho Direction Member

Membro de comissão

Descrição da atividade
Tipo de participação 		Instituição / Organização
2018/09/15 - 2020/10/31 Students' representative of the 2018 class of the Master's course in Bioinformatics
Coordenador
 Universidade do Minho, Portugal

Tutoria

Tópico Nome do aluno
2020/02/17 - 2020/07/22 Implementation of two plugins in merlin software to improve validation and visualization of metabolic models. Ana Carolina Costa Barbosa