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Filipe Gouveia is a researcher at INESC-ID Lisboa in the Automated Reasoning and Software Reliability (ARSR) group. Filipe obtained an MSc in Information Systems and Computer Engineering from IST - Universidade de Lisboa in 2012. Then, he worked in the private sector, as a software developer. In 2021, he obtained a Ph.D. in Computer Science and Engineering from IST - Universidade de Lisboa, being approved with distinction. During his Ph.D., he was awarded a doctoral grant from Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT). His Ph.D. work focused on the application of logic-based approaches and algorithms to revise Boolean logical models of biological regulatory networks. His research interests are included in the field of artificial intelligence, such as algorithms for computational logic, constraint solving, and optimization. He enjoys addressing practical problems with logic-based approaches, namely problems in the biology field. Other research interests include program synthesis, machine learning, and natural language processing. Since 2017, Filipe was a teaching assistant at IST - Universidade de Lisboa, in the Department of Computer Science, in the courses of Introduction to Algorithms and Data Structures, Analysis and Synthesis of Algorithms, Natural Language, and Algorithms for Computational Logic, being awarded IST Excellent Teachers 2018/2019, IST Excellent Teachers 2019/2020, and IST Excellent Teachers 2020/2021.
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Identification

Personal identification

Full name
João Filipe Rosado Gouveia

Citation names

  • Filipe Gouveia
  • Gouveia, Filipe

Author identifiers

Ciência ID
FF10-8917-D9E9
ORCID iD
0000-0003-1852-2782
Google Scholar ID
h0orKuoAAAAJ
Researcher Id
AAA-7225-2022

Email addresses

  • filipe.gouveia@tecnico.ulisboa.pt (Professional)

Addresses

  • Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa. Rua Alves Redol, nº 9, 1000-029, Lisboa, Lisboa, Portugal (Professional)

Knowledge fields

  • Exact Sciences - Computer and Information Sciences - Computer Sciences
  • Engineering and Technology - Electrotechnical Engineering, Electronics and Informatics
Education
Degree Classification
2016/02 - 2021/09/17
Concluded
 Engenharia Informática e de Computadores (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
"Model Revision of Boolean Logical Models of Biological Regulatory Networks" (THESIS/DISSERTATION)
 Pass with Distinction
2012
Concluded
 Mestrado em Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
"Protein Design using Answer Set Programming" (THESIS/DISSERTATION)
 18/20
2010
Concluded
 Licenciatura em Engenharia Informática e de Computadores (Licenciatura)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
"n/a" (THESIS/DISSERTATION)
 15/20
Affiliation

Science

Category
Host institution 		Employer
2023/09/01 - Current Contracted Researcher (Research) University of Oxford - Department of Computer Science, United Kingdom
2022/01/01 - 2023/06/30 Contracted Researcher (Research) Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
2018/01 - 2021/02 Researcher (Research) Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
2016/01 - 2017/12 Researcher (Research) Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
2011/09 - 2013/02 Research Trainee (Research) Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

Other Careers

Category
Host institution 		Employer
2013/03 - 2015/10 Técnico Superior (Técnico Superior) Altice Portugal, Portugal
Projects

Grant

Designation Funders
2018/01/01 - 2021/02/28 PhD Grant - Inference and Revision of Models of Biological Regulatory Networks
SFRH/BD/130253/2017
PhD Student Fellow
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal

Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2016/01 - 2016/06 DataStorm - Large scale management in cloud environments
EXCL/EEI-ESS/0257/2012
Researcher
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2011/09 - 2012/09 ASPEN - Answer Set Programming with BoolEaN Satisfiability
PTDC/EIA-CCO/110921/2009
Master Student Fellow
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia

Contract

Designation Funders
2022/01 - Current GOLEM: Automated Programming to Revolutionize App Development
ANI 045917
Researcher
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia

European Regional Development Fund
Ongoing
2016/07/01 - 2019/06/30 ERGODiC - Métodos formais para a análise da dinâmica de redes modulares de regulação genética
PTDC/EEI-CTP/2914/2014
Researcher
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

Fundação Calouste Gulbenkian, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded

Other

Designation Funders
2023/03/12 - Current Reasoning over Indirect Discrimination
2022.03537.PTDC
Co-Principal Investigator (Co-PI)
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Outputs

Publications

Book chapter
  1. Filipe Gouveia; Inês Lynce; Pedro T. Monteiro. "ModRev - Model Revision Tool for Boolean Logical Models of Biological Regulatory Networks". 339-348. Springer International Publishing, 2020.
    10.1007/978-3-030-60327-4_18
  2. Filipe Gouveia; Inês Lynce; Pedro T. Monteiro. "Model Revision of Boolean Regulatory Networks at Stable State". 2019.
    10.1007/978-3-030-20242-2_9
  3. Filipe Gouveia; Pedro T. Monteiro; Manquinho, Vasco; Inês Lynce. "Logic-Based Encodings for Ricochet Robots". 2017.
    10.1007/978-3-319-65340-2_54
Journal article
  1. Lemos, Alexandre; Gouveia, Filipe; Monteiro, Pedro T.; Lynce, Inês. "Iterative Train Scheduling under Disruption with Maximum Satisfiability". Journal of Artificial Intelligence Research 79 (2024): 1047-1090. http://dx.doi.org/10.1613/jair.1.14924.
    Published • 10.1613/jair.1.14924
  2. Filipe Gouveia; Inês Lynce; Pedro T. Monteiro. "Revision of Boolean Models of Regulatory Networks Using Stable State Observations". Journal of Computational Biology 27 2 (2020): 144-155. http://dx.doi.org/10.1089/cmb.2019.0289.
    10.1089/cmb.2019.0289
  3. Filipe Gouveia; Inês Lynce; Pedro T. Monteiro. "Model Revision of Logical Regulatory Networks Using Logic-Based Tools". (2018): http://drops.dagstuhl.de/opus/volltexte/2018/9889/.
    10.4230/oasics.iclp.2018.23

Other

Other output
  1. Semi-automatic model revision of Boolean regulatory networks: confronting time-series observations with (a)synchronous dynamics. 2020. Filipe Gouveia; Inês Lynce; Pedro T. Monteiro. https://doi.org/10.1101/2020.05.10.086900.
    10.1101/2020.05.10.086900
Activities

Course / Discipline taught

Academic session Degree Subject (Type) Institution / Organization
2022/11 - 2023/02 Analysis and Synthesis of Algorithms (Análise e Síntese de Algoritmos) Ciências de Engenharia - Engenharia Informática e de Computadores (Licenciatura) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico Campus Taguspark, Portugal
2022/09 - 2022/11 Algorithms for Computational Logic (Algoritmos para Lógica Computacional) Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado integrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2020/09 - 2021/02 Natural Language (Língua Natural) Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2020/02 - 2020/07 Analysis and Synthesis of Algorithms (Análise e Síntese de Algoritmos) Engenharia Informática e de Computadores (Licenciatura) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico Campus Taguspark, Portugal
2019/09 - 2020/02 Natural Language (Língua Natural) Engenharia Informática e de Computadores (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2019/02 - 2019/07 Analysis and Synthesis of Algorithms (Análise e Síntese de Algoritmos) Engenharia Informática e de Computadores (Licenciatura) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2018/02 - 2018/07 Analysis and Synthesis of Algorithms (Análise e Síntese de Algoritmos) Engenharia Informática e de Computadores (Licenciatura) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2017/02 - 2017/07 Introduction to Algorithms and Data Structures (Introdução a Algoritmos e Estrutura de Dados) Engenharia Informática e de Computadores (Licenciatura) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico Campus Taguspark, Portugal
Distinctions

Other distinction

2022 IST Excellent Teachers 2020/2021 (IST Docentes Excelentes 2020/2021)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2021 IST Excellent Teachers 2019/2020 (IST Docentes Excelentes 2019/2020)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2020 IST Excellent Teachers 2018/2019 (IST Docentes Excelentes 2018/2019)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2011 Diploma of Merit
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal