???global.info.a_carregar???
Diogo F. Soares is an Assistant Professor at the Department of Informatics, Faculty of Sciences, University of Lisbon (Ciências ULisboa) and an Integrated Researcher at LASIGE Computer Science and Engineering Research Centre. He holds a PhD in Informatics from the University of Lisbon and an MSc in Data Science from the same institution. Diogo has been actively involved with LASIGE since 2019, contributing to national and international projects. His work spans multiple R&D projects, such as BRAINTEASER (10.3030/101017598) and AIpALS (10.54499/PTDC/CCI-CIF/4613/2020), where he played a pivotal role in developing predictive and stratification models for neurodegenerative diseases. He has significantly contributed to advancing machine learning and data mining methodologies, focusing strongly on patient-centric approaches for biomedical applications. Diogo's research bridges computational innovation and impactful healthcare applications. He specializes in unsupervised (focusing on subspace clustering) and pattern-centric representation learning techniques, focusing on patient stratification, disease progression prediction, and clinical decision support. Currently, he is dedicated to developing innovative computational solutions that integrate advanced multimodal machine learning models to address critical challenges in precision medicine and healthcare analytics.
Ler resumo completo ↓
Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Diogo Filipe Marques Soares
Género
Male

Nomes de citação

  • Diogo F. Soares

Identificadores de autor

Ciência ID
D713-C08C-A84A
ORCID iD
0000-0003-3503-0755
Google Scholar ID
OMpJuA4AAAAJ
Scopus Author Id
57533042700

Endereços de correio eletrónico

  • dfsoares@ciencias.ulisboa.pt (Professional)

Moradas

  • Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa - Edifício C6 - Piso 3 - Sala 6.3.38, 1749-016, Campo Grande, Lisboa, Portugal (Professional)

Domínios de atuação

  • Exact Sciences - Computer and Information Sciences

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Portuguese (Idioma materno)
English Upper intermediate (B2) Advanced (C1) Advanced (C1) Advanced (C1)
Spanish; Castilian Elementary (A2) Elementary (A2) Elementary (A2) Elementary (A2)
French Beginner (A1) Beginner (A1) Beginner (A1) Beginner (A1)
Formação
Grau Classificação
2020/10 - 2024/09
Concluded
 Informática (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
"Triclustering Three-way Temporal and Heterogeneous Data: Targeting Predictive and Descriptive Tasks for Biomedical Applications" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 Aproved with Distinction and Honor
2018/09 - 2020/11/26
Concluded
 Ciência de Dados (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
"LEARNING PREDICTIVE MODELS FROM TEMPORAL THREE-WAY DATA USING TRICLUSTERING: APPLICATIONS IN CLINICAL DATA ANALYSIS" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 18
2015/09 - 2018/06
Concluded
 Tecnologias de Informação (Licenciatura)
Especialização em Gestão [MINOR]
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
 16
Percurso profissional

Teaching in Higher Education

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2024/12/30 - Atual Assistant Professor (University Teacher) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2024/09 - 2024/12 Invited Assistant Professor (University Teacher) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2022/02 - 2024/08 Invited Assistant (University Teacher) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2018/09/17 - 2020/07 Tutor (University Teacher) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Projetos

Grant

Designação Financiadores
2020/10/01 - 2024/08/31 Efficient Algorithms for Temporal Triclustering: Targeting the Challenges of Temporality for Effective Solutions in Biomedical Applications
2020.05100.BD
10.54499/2020.05100.BD
PhD Student Fellow
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2020/03/11 - 2020/09/30 CIRCLES - Controlling mIcRobiomes CircuLations for bEtter food Systems
Grant agreement ID: 818290
Master Student Fellow
Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal

FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal
H2020 Food Security Sustainable Agriculture and Forestry Marine Maritime and Inland Water Research and the Bioeconomy
Concluded
2019/09/16 - 2020/03/10 NEUROCLINOMICS2 - Unravelling Prognostic Markers in NEUROdegenerative diseases through CLINical and OMICS data integration
PTDC/EEI-SII/1937/2014
Master Student Fellow
Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal

FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded

Contract

Designação Financiadores
2021/03/01 - Atual AIpALS - Modelos Avançados de aprendIzagem para a Previsão do prognóstico na ELA usando perfis de doentes e padrões de progressão da doença
PTDC/CCI-CIF/4613/2020
Researcher
Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal

FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal

Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2021/01/01 - Atual BRAINTEASER - BRinging Artificial INTelligencE home for a better cAre of amyotrophic lateral sclerosis and multiple SclERosis
GA n.º 101017598
Researcher
FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal

Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal

Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Horizon 2020
Ongoing
2020/10/01 - 2024/10 CIRCLES - Controlling mIcRobiomes CircuLations for bEtter food Systems
Grant agreement ID: 818290
Researcher
Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal

FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal

Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
H2020 Food Security Sustainable Agriculture and Forestry Marine Maritime and Inland Water Research and the Bioeconomy
Produções

Publications

Book chapter
  1. Soares, Diogo; Henriques, Rui; Gromicho, Marta; Pinto, Susana; de Carvalho, Mamede; Madeira, Sara C.. "Towards Triclustering-Based Classification of Three-Way Clinical Data: A Case Study on Predicting Non-invasive Ventilation in ALS". In Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, 14th International Conference (PACBB 2020), 112-122. Springer International Publishing, 2020.
    10.1007/978-3-030-54568-0_12
Conference paper
  1. Martins, A.S.; Amaral, D.M.; Castanho, E.N.; Soares, D.F.; Branco, R.; Madeira, S.C.; Aidos, H.. "Predicting the Functional Rating Scale and Self-Assessment Status of ALS Patients with Sensor Data". 2024.
  2. Branco, R.; Valente, J.B.; Martins, A.S.; Soares, D.F.; Castanho, E.N.; Madeira, S.C.; Aidos, H.. "Survival Analysis for Multiple Sclerosis: Predicting Risk of Disease Worsening". 2023.
  3. Branco, Ruben; Diogo F. Soares; Andreia S. Martins; Barros Valente, Joana; Eduardo N. Castanho; Sara C. Madeira; Aidos, Helena. "Investigating the Impact of Environmental Data on ALS Prognosis with Survival Analysis". 2023.
  4. Nunes, S.; Sousa, R.T.; Serrano, F.; Branco, R.; Soares, D.F.; Martins, A.S.; Auletta, E.; et al. "Explaining Artificial Intelligence Predictions of Disease Progression with Semantic Similarity". 2022.
  5. Branco, R.; Soares, D.F.; Martins, A.S.; Auletta, E.; Castanho, E.N.; Nunes, S.; Serrano, F.; et al. "Hierarchical Modelling for ALS Prognosis: Predicting the Progression Towards Critical Events". 2022.
Conference poster
  1. Diogo F. Soares; Sara C. Madeira. "Learning Prognostic Models Using a Mixture of Biclustering and Triclustering". Trabalho apresentado em Symposium on Intelligent Data Analysis, 2021.
Journal article
  1. Daniela M. Amaral; Diogo F. Soares; Marta Gromicho; Mamede de Carvalho; Sara C. Madeira; Pedro Tomás; Helena Aidos. "Temporal stratification of amyotrophic lateral sclerosis patients using disease progression patterns". Nature Communications (2024): https://doi.org/10.1038/s41467-024-49954-y.
    10.1038/s41467-024-49954-y
  2. Diogo F. Soares; Rui Henriques; Sara C. Madeira. "Comprehensive assessment of triclustering algorithms for three-way temporal data analysis". Pattern Recognition (2024): https://doi.org/10.1016/j.patcog.2024.110303.
    10.1016/j.patcog.2024.110303
  3. Tavazzi, Erica; Longato, Enrico; Vettoretti, Martina; Aidos, Helena; Trescato, Isotta; Roversi, Chiara; Martins, Andreia S.; et al. "Artificial intelligence and statistical methods for stratification and prediction of progression in amyotrophic lateral sclerosis: A systematic review". Artificial Intelligence in Medicine (2023): 102588. http://dx.doi.org/10.1016/j.artmed.2023.102588.
    10.1016/j.artmed.2023.102588
  4. Soares, Diogo F.; Henriques, Rui; Gromicho, Marta; de Carvalho, Mamede; Madeira, Sara C.. "Triclustering-based classification of longitudinal data for prognostic prediction: targeting relevant clinical endpoints in amyotrophic lateral sclerosis". Scientific Reports 13 1 (2023): http://dx.doi.org/10.1038/s41598-023-33223-x.
    10.1038/s41598-023-33223-x
  5. Soares, Diogo F.; Henriques, Rui; Gromicho, Marta; de Carvalho, Mamede; Madeira, Sara C.. "Learning prognostic models using a mixture of biclustering and triclustering: Predicting the need for non-invasive ventilation in Amyotrophic Lateral Sclerosis". Journal of Biomedical Informatics (2022): 104172. http://dx.doi.org/10.1016/j.jbi.2022.104172.
    10.1016/j.jbi.2022.104172
Thesis / Dissertation
  1. "Learning predictive models from temporal three-way data using triclustering: applications in clinical data analysis". Master, Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, 2020. http://hdl.handle.net/10451/48139.
Atividades

Supervision

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2024/10 - Atual Aperfeiçoamento de Tecnologias de Anonimização para o Contexto de Dados Não Estruturados
Supervisor
 Engenharia Informática (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Event organisation

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação) 		Instituição / Organização
2022/07/11 - 2022/07/14 WideHealth Summer School on Human Factors in Pervasive Health (2022/07/11 - 2022/07/14)
Other (Member of the Organising Committee)
 FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal

Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal

Conference scientific committee

Nome da conferência Local da conferência
2023 - 2023 Conference on Computational Intelligence Methods for Bioinformatics & Biostatistics (CIBB 2023)

Course / Discipline taught

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2025/02 - Atual Ciência da Linguagem e da Cognição / Inteligência Artificial Aplicada Applied Artificial Intelligence Engenharia Informática Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2022/09 - Atual Programação I (LTI) / Programming I Tecnologias de Informação (Licenciatura) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2024/02 - 2024/07 Construction of Software Systems / Construção de Sistemas de Software Engenharia Informática (Licenciatura) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2023/02 - 2023/07 Laboratórios de Programação / Programming Labs Engenharia Informática Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2022/02 - 2022/07 Intelligent Systems/Sistemas Inteligentes (Licenciatura) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2021/02 - 2022/07 Data Mining/Prospeção de Dados (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2020/09 - 2021/01 Machine Learning/Aprendizagem Automática (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2018 - 2020 Production of Technical Documents / Produção de documentos técnicos Engenharia Informática (Licenciatura) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2019/02 - 2019/07 Computer Skills / Informática na ótica do utilizador (Licenciatura) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Journal scientific committee

Nome da revista (ISSN) Editora
2024 - Atual Scientific Reports (Q1) Nature
2023 - Atual Pattern Recognition (Q1) Elsevier

Mentoring / Tutoring

Tópico Nome do aluno
2023 - 2024 [MSc Thesis] Towards Temporal Associative Classification using Triclustering Alexandre Monforte
2022 - 2023 [MSc Thesis] Learning Temporal Patterns for Patient Stratification in ALS Daniela Amaral
2021 - 2022 [MSc Thesis] Mining Triclusters in Biomedical Data using Formal Concept Analysis Miguel Mimoso

Scientific expedition

Descrição da atividade Instituição / Organização
2022/02/14 - 2022/02/17 WideHealth Winter School on e-Health & Pervasive Technologies Saints Cyril and Methodius University in Skopje Faculty of Electrical Engineering and Information Technologies, Macedonia
Distinções

Award

2017 Prémio MaxData - Excelência em Informática
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

MaxData, Portugal
2017 Prémio Mérito Académico
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2016 Prémio MaxData - Excelência em Informática
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

MaxData, Portugal
2016 Prémio Mérito Académico
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal