André Albuquerque (E517-EE05-6977)

Curriculum Vitae

André Albuquerque

André Albuquerque completed his PhD in Agricultural and Environmental Sciences in 2023/01/11 at the Universidade de Évora in association with the Universidade do Algarve. His thesis focused on exploring transcriptomics in Portuguese local pig breeds, establishing a link between gene expression and characterized phenotypes. In early 2018, completed ADER18F, a training programme in Bioinformatics, followed by a six-month internship at INIA (Madrid) under the guidance of Dr. Cristina Óvilo to further develop his skills. Coming from a background in Biochemistry and Biology, the opportunity to take a PhD programme in Agricultural and Environmental Sciences broadened his perspectives on the emerging issues regarding agricultural systems. In the past three years, he cumulatively held a temporary position as a senior technician in the Plant Virology and Mycology laboratories of MED and has been providing diagnostic services to various crop industry stakeholders including local farmers using microscopic and molecular tests to identify potential pathogens. This is also complemented with the effort of granting technical support and suggesting preventive measures for plant disease control. André has authorship of 17 peer-reviewed publications in journals indexed in the most common scientific databases and published two book chapters, translating into an h-index of 8 in Scopus and 9 in Scholar. Between ongoing and concluded, he participated in a total of 14 projects, has ad hoc reviewed eight article publications for six different journals and is currently guest editor for a special issue in one of these. Throughout the years, he engaged in both national and international meetings with 12 oral and 37 poster presentations and has contributed to the submission of two patents that are currently awaiting approval. Furthermore, he participated in six transfer of knowledge activities with dynamic public presentations and has received a total of four awards, two for best poster presentations (2022 and 2023), one for best exhibition (2023) and one for Applied R&D (2022). Finally, André is currently supervising one master student, co-supervising two others, has one co-supervision successfully concluded.

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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo: André Albuquerque
Data de nascimento: 1991/05/27
Género: Masculino

Nomes de citação

Albuquerque, André
Albuquerque, A.

Identificadores de autor

Ciência ID: E517-EE05-6977
ORCID iD: 0000-0002-1189-9803
Google Scholar ID: https://scholar.google.com/citations?hl=pt-PT&user=02CJdCQAAAAJ
Scopus Author Id: 57191863030

Websites

https://www.researchgate.net/profile/Andre_Albuquerque4 (Académico)

Domínios de atuação

Ciências Agrárias - Ciência Animal e dos Laticínios
Ciências Agrárias - Agricultura, Silvicultura e Pescas - Produção e Proteção de Plantas
Ciências Agrárias - Biotecnologia Agrária e Alimentar
Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Molecular

Idiomas

Idioma	Conversação	Leitura	Escrita	Compreensão
Português (Idioma materno)
Inglês	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C2)
Espanhol; Castelhano	Utilizador independente (B1)	Utilizador independente (B1)	Utilizador independente (B1)	Utilizador independente (B1)
Francês	Utilizador elementar (A1)	Utilizador elementar (A1)	Utilizador elementar (A1)	Utilizador elementar (A1)

Formação

	Grau	Classificação
2023/01/11 Concluído	Agricultural and Environmental Sciences (in association) (Doutoramento) Universidade de Évora Instituto de Investigação e Formação Avançada, Portugal Universidade do Algarve, Portugal "Transcriptomics in Portuguese local pig breeds: an approach to explore the molecular mechanisms underlying lipid metabolism and muscle growth" (TESE/DISSERTAÇÃO)	Unanimously approved with distinction and praise
2014/12/03 Concluído	Biochemistry (Mestrado) Especialização em Sem especialização Universidade de Évora Escola de Ciências e Tecnologia, Portugal "Isolation and molecular characterization of the fatty acid synthase gene from an obese pig breed" (TESE/DISSERTAÇÃO)	17
2012/09/01 Concluído	Biology (Licenciatura) Universidade de Évora Escola de Ciências e Tecnologia, Portugal "n/a" (TESE/DISSERTAÇÃO)	14

Percurso profissional

Outras Carreiras

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2021/04/01 - Atual	Técnico Superior (Técnico Superior)	Universidade de Évora, Portugal
	Universidade de Évora, Portugal (...)

Outros

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2020/04/07 - 2023/06	Member of the University's Taskforce that regularly tested the community for COVID19	Universidade de Évora, Portugal
	Universidade de Évora, Portugal
2017/09/01 - 2023/01/11	PhD student	Universidade de Évora Instituto de Ciências Agrárias e Ambientais Mediterrânicas, Portugal

2018/07 - 2018/12	Scientific intership in the Departamento de Mejora Genética Animal under the guidance of Dr. Cristina Óvilo. The training explored the area of next generation sequencing, particularly RNA-seq analysis	Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria, Espanha

2017/01/01 - 2017/12/31	Master fellowship under the project SelectPorAl - Seleção e melhoramento genómico de características produtivas do Porco Alentejano (ALT20-03-0145-FEDER-000032)	Universidade de Évora, Portugal

2013/09/01 - 2016/12/31	Scientific internship in the laboratories of Metabolism and Nutrition and Plant Virology. Meat quality studies of the Portuguese autochthonous Alentejano breed, applying methods of molecular biology.	Universidade de Évora, Portugal

2012/02/01 - 2012/06/01	Scientific internship in the laboratories of Palinology e Aerobiology. Monitoring spores of Alternaria spp. and Cladosporium spp. in air samples collected by volumetric air samplers.	Universidade de Évora, Portugal

Projetos

Bolsa

	Designação	Financiadores
2018/01/01 - 2023/01/11	Biochemical and molecular bases of the lipid metabolism of Alentejano and Bísaro pig breeds SFRH/BD/132215/2017 Bolseiro de Doutoramento	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído

Projeto

	Designação	Financiadores
2019/01/01 - 2019/12/31	Instituto de Ciências Agrárias e Ambientais Mediterrânicas UID/AGR/00115/2019 Universidade de Évora, Portugal Instituto Mediterrâneo para a Agricultura Ambiente e Desenvolvimento, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2017/01/01 - 2017/12/31	SelectPorAl ALT20-03-0145-FEDER-000032 Bolseiro de Mestrado Centro de Biotecnologia Agrícola e Agro-Alimentar do Alentejo, Portugal Universidade de Évora, Portugal	European Union Concluído

Outro

	Designação	Financiadores
2024/01/01 - Atual	SUMO - Sustentabilidade do Montado PRR-C05-i03-I-000066 Investigador Universidade de Évora, Portugal	European Union Em curso
2024/01/01 - Atual	TID4AGRO 0100_TID4AGRO_4_E Outra Universidade de Évora, Portugal Universidad de Extremadura, Espanha Universidade de Aveiro, Portugal	European Union Em curso
2023/08/28 - Atual	AlmondProtect PD23-00014 Investigador Universidade de Évora, Portugal	BPI Fundação 'la Caixa' Em curso
2023/07/01 - Atual	Protecting Mediterranean almond orchards: preventive based approach using innovative portable technologies to reduce disease incidence semreferencia Co-Investigador Responsável (Co-IR) Universidade de Évora, Portugal	Universidade de Évora Instituto de Ciências Agrárias e Ambientais Mediterrânicas Em curso
2023/06/01 - Atual	INOVCIRCOLIVE - Inovação e Circularidade no Setor Oleícola PRR-C05-i03-I-000208 Outra Universidade de Évora, Portugal	European Union Em curso
2023/05/01 - Atual	Vine and Wine Portugal - Driving Sustainable Growth Through Smart Innovation (sub-projecto - B6.3PPP4Vine) AAC02/C05-i01/2022 Outra	European Union Em curso
2023/02/01 - Atual	AlViGen PD21-00081 Outra Universidade de Évora, Portugal	BPI Fundação 'la Caixa' Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2021/11/01 - Atual	TECOLIVE PDR2020-101-031764 Outra	Concluído
2021/10/01 - Atual	PRO.VITA - Programa para a Valorização, Inovação e Transferência de Tecnologia no Alentejo POCI-01-0246-FEDER-181308 Outra Universidade de Évora, Portugal	European Union Concluído
2021/01/02 - Atual	ECO-PIG POCI-01-0247-FEDER-072226 Investigador Universidade de Évora, Portugal	Concluído
2021/04/01 - 2023/06/30	BIOPROTOMATE ALT20-03-0246-FEDER-000056 Outra Universidade de Évora, Portugal	European Union Governo da República Portuguesa Concluído
2020/07/01 - 2023/06/30	Alentejo Region Applied Research for COVID-19 (ARCO) SAICTCOVID/72547/2020 Outra Universidade de Évora, Portugal	Concluído
2021/04/01 - 2023/03/27	GESCERTOLIVE ALT20-03-0246-FEDER-000058 Outra Universidade de Évora, Portugal	European Union Governo da República Portuguesa Concluído
2021/04/01 - 2022/10/14	GAFAPROTECT ALT20-03-0145-FEDER-028263 Outra Universidade de Évora, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia European Union Governo da República Portuguesa Concluído
2021/04/01 - 2022/10/14	TOMVIRPROTECT ALT20-03-0145-FEDER-028266 Outra Universidade de Évora, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2018/01/01 - 2019/03/31	TREASURE 634476 Outra Universidade de Évora Instituto de Ciências Agrárias e Ambientais Mediterrânicas, Portugal	European Commission Concluído
2015/01/01 - 2015/09/30	MITTIC - Modernización e Innovación Tecnológica con base TIC en sectores estratégicos y tradicionales 0606_MITTIC_4_E Technical and scientific support Universidade de Évora, Portugal	Concluído

Produções

Publicações

Artigo em conferência	Cachucho, L.; Albuquerque, A.; Usié, A.; Leão, C.; Meireles, B.; Barbosa, P.; Gaspar, D.; et al. "Composição da carcaça e caracterização físico-química de músculo de porco Alentejano acabado em montanheira ¿ resultados preliminares". Trabalho apresentado em XX Congresso de Zootecnia, Vila Real, 2018. Publicado
Artigo em revista	André Albuquerque; Nicolás Garrido; Rui Charneca; Conceição Egas; Luísa Martin; Amélia Ramos; Filipa Costa; Carla Marmelo; José Manuel Martins. "Influence of Sex and a High-Fiber Diet on the Gut Microbiome of Alentejano Pigs Raised to Heavy Weights". Veterinary Sciences (2023): https://doi.org/10.3390/vetsci10110641. 10.3390/vetsci10110641 Martins, José Manuel; Charneca, Rui; Garrido, Nicolás; Albuquerque, André; Jerónimo, Eliana; Guerreiro, Olinda; Lage, Patrícia; et al. "Influence of Sex on Meat and Fat Quality from Heavy Alentejano Pigs Finished Outdoors on Commercial and High Fiber Diets". Animals 13 19 (2023): 3099. http://dx.doi.org/10.3390/ani13193099. Publicado • 10.3390/ani13193099 Nicolás Garrido de la Osa; Andre Albuquerque; Rui Charneca; Filipa Costa; Carla Marmelo; Maria Amelia Ramos; Luísa Martin; J.M. Martins. "Transcriptomic Profiling of Subcutaneous Backfat in Castrated and Intact Alentejano Pigs Finished Outdoors with Commercial and Fiber-Rich Diets". Genes (2023): https://www.mdpi.com/2073-4425/14/9/1722. 10.3390/genes14091722 José Manuel Martins; Ricardo Varino; Rui Charneca; André Albuquerque; Nicolás Garrido; José Neves; Amadeu Freitas; et al. "Outdoor Finishing of Intact Male Portuguese Alentejano Pigs on a Sustainable High-Fiber Diet: Impacts on Blood, Growth, Carcass, Meat Quality and Boar Taint Compounds". Animals (2023): https://doi.org/10.3390/ani13132221. 10.3390/ani13132221 Campos, Maria Doroteia; Varanda, Carla; Patanita, Mariana; Amaro Ribeiro, Joana; Campos, Catarina; Materatski, Patrick; Albuquerque, André; Félix, Maria do Rosário. "A TaqMan® Assay Allows an Accurate Detection and Quantification of Fusarium spp., the Causal Agents of Tomato Wilt and Rot Diseases". Biology 12 2 (2023): 268. http://dx.doi.org/10.3390/biology12020268. Acesso aberto • 10.3390/biology12020268 Joana A. Ribeiro; Albuquerque, André; Patrick Materatski; Mariana Patanita; Carla M. R. Varanda; Maria do Rosário Félix; Maria Doroteia Campos. "Tomato Response to Fusarium spp. Infection under Field Conditions: Study of Potential Genes Involved". Horticulturae 8 5 (2022): 433-433. https://doi.org/10.3390/horticulturae8050433. Acesso aberto • 10.3390/horticulturae8050433 Mariana Patanita; Albuquerque, André; Maria Doroteia Campos; Patrick Materatski; Carla M. R. Varanda; Joana A. Ribeiro; Maria do Rosário Félix. "Metagenomic Assessment Unravels Fungal Microbiota Associated to Grapevine Trunk Diseases". Horticulturae 8 4 (2022): 288-288. https://doi.org/10.3390/horticulturae8040288. Acesso aberto • 10.3390/horticulturae8040288 Maria Doroteia Campos; Maria do Rosário Félix; Mariana Patanita; Patrick Materatski; Albuquerque, André; Joana A. Ribeiro; Carla Varanda. "Defense Strategies: The Role of Transcription Factors in Tomato–Pathogen Interaction". Biology 11 2 (2022): 235-235. https://doi.org/10.3390/biology11020235. Acesso aberto • 10.3390/biology11020235 Albuquerque, André; Cristina Ovilo; Yolanda Núñez; RITA BENITEZ; Adrián López-Garcia; Fabián García; Maria do Rosário Félix; et al. Autor correspondente: Albuquerque, André. "Transcriptomic Profiling of Skeletal Muscle Reveals Candidate Genes Influencing Muscle Growth and Associated Lipid Composition in Portuguese Local Pig Breeds". Animals (2021): https://www.mdpi.com/2076-2615/11/5/1423. Acesso aberto • 10.3390/ani11051423 José Manuel Martins; David Silva; Albuquerque, André; José Neves; Rui Charneca; Amadeu Freitas. Autor correspondente: José Manuel Martins. "Physical Activity Effects on Blood Parameters, Growth, Carcass, and Meat and Fat Composition of Portuguese Alentejano Pigs". Animals (2021): https://doi.org/10.3390/ani11010156. Acesso aberto • Aceite para publicação • 10.3390/ani11010156 José Manuel Martins; Rita Fialho; Albuquerque, André; José Neves; Amadeu Freitas; José Tirapicos Nunes; Rui Charneca. Autor correspondente: José Manuel Martins. "Portuguese Local Pig Breeds: Genotype Effects on Meat and Fat Quality Traits". Animals 10 5 (2020): 905-905. https://doi.org/10.3390/ani10050905. Acesso aberto • 10.3390/ani10050905 Albuquerque, André; Cristina Óvilo; Yolanda Núñez; Rita Benítez; Adrián López-Garcia; Fabián García; Maria do Rosário Félix; et al. Autor correspondente: Albuquerque, André. "Comparative Transcriptomic Analysis of Subcutaneous Adipose Tissue from Local Pig Breeds". Genes (2020): https://doi.org/10.3390/genes11040422. 10.3390/genes11040422 J. M. Martins; R. Fialho; Albuquerque, André; J. Neves; A. Freitas; J. T. Nunes; R. Charneca. Autor correspondente: J. M. Martins. "Growth, blood, carcass and meat quality traits from local pig breeds and their crosses". animal (2019): 1-12. http://dx.doi.org/10.1017/s1751731119002222. Publicado • 10.1017/s1751731119002222 Charneca, Rui; Martins, José; Freitas, Amadeu; Neves, José; Elias, Miguel; Laranjo, Marta; Albuquerque, André. "Porco Ribatejano - um estudo inovador no projeto TREASURE". Revista Portuguesa de Zootecnia 4 2 (2019): 43-50. http://hdl.handle.net/10174/26918. Martins, J.M.; Neves, J.; Serrano, A.; Abecasis, I.; Albuquerque, André; Freitas, A.; Nunes, J.T.; Charneca, R.. "The ribatejano pig: Rebirth of a local population? First results on growth, and carcass parameters,O porco Ribatejano: Renascimento de uma população autóctone? Primeiros dados de crescimento e de carcaça". Archivos de Zootecnia 2018 (2018): 127-130. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85042021760&partnerID=MN8TOARS. Publicado • 10.21071/az.v67iSupplement.3222 J. M. Martins; A. Albuquerque; J. A. Neves; A. B. Freitas; R. Charneca; J. L. Tirapicos. "Influence of outdoor rearing and oleic acid supplementation on lipid characteristics of muscle and adipose tissues from obese Alentejano pigs". Journal of Animal Physiology and Animal Nutrition 102 2 (2017): e578-e590. https://doi.org/10.1111%2Fjpn.12799. 10.1111/jpn.12799 A. Albuquerque; José A. Neves; M. Redondeiro; M. Laranjo; M.R. Félix; Amadeu Freitas; José L. Tirapicos; José M. Martins. "Long term betaine supplementation regulates genes involved in lipid and cholesterol metabolism of two muscles from an obese pig breed". Meat Science 124 (2017): 25-33. https://doi.org/10.1016%2Fj.meatsci.2016.10.012. 10.1016/j.meatsci.2016.10.012
Capítulo de livro	Joana A. Ribeiro; Carla M. R. Varanda; Materatski, Patrick; Campos, Maria Doroteia; Mariana Patanita; Albuquerque, André; Nicolás Garrido; et al. "CRISPR/Cas13 for the control of plant viruses". In CRISPR and Plant Functional Genomics. CRC Press/Taylor & Francis Group, LLC, 2024. Aceite para publicação Patanita, Mariana; Félix, Maria do Rosário; Joana A. Ribeiro; Varanda, Carla; Albuquerque, André; Materatski, Patrick; Garrido, Nicolás; Campos, Maria Doroteia. "Insights into Grapevine Defence Response Against Fungal and Oomycete Diseases Towards a Sustainable Plant Breeding". In Plant Pathogen Interaction, 119-160. Springer, Singapura: Springer Nature Singapore, 2024. Publicado
Poster em conferência	Inácio, Diogo; Monteiro, Tomás; Félix, Maria do Rosário; Campos, Catarina; Patanita, Mariana; Ribeiro, Joana Amaro; Albuquerque, André; et al. "Olive Endochitinase EP3-Like Gene Mediates Plant Responses against Colletotrichum nymphae Infection". Trabalho apresentado em The 3rd International Electronic Conference on Plant Sciences (IECPS), 2024. da Rosa, Augusto; Patanita, M.; Albuquerque, A.; Campos, M.D.; Ribeiro, J.A.; Santos, Filipa; Monteiro, Tomás; Félix, M.R.. "Quick and accurate diagnostic test for field detection of anthracnose and brown rot diseases in almond trees". Trabalho apresentado em VIII PhD Students Meeting in Environment and Agriculture, 2023. Santos, Filipa; Campos, M.D.; Carvalho, M.T.; Albuquerque, A.; Patanita, M.; Ribeiro, J.A.; Monteiro, Tomás; da Rosa, Augusto; Félix, M.R.. "A new tool to protect olive trees against Collectotrichum spp., the causal agents of olive anthracnose". Trabalho apresentado em VIII PhD Students Meeting in Environment and Agriculture, 2023. Campos, M.D.; Albuquerque, A.; Carvalho, M.T.; Patanita, M.; Ribeiro, J.A.; Santos, Filipa; Monteiro, Tomás; et al. "A new approach to detect Alternaria spp., an emerging pathogen on olive groves". Trabalho apresentado em VIII PhD Students Meeting in Environment and Agriculture, 2023. Monteiro, Tomás; Félix, M.R.; Ribeiro, J.A.; Santos, Filipa; Albuquerque, A.; da Rosa, Augusto; Patanita, M.; Campos, M.D.. "Conventional vs organic agriculture farming: are there stress responsive genes linked to grapevine trunk diseases in different vine varieties?". Trabalho apresentado em VIII PhD Students Meeting in Environment and Agriculture, 2023. Patanita, M.; Campos, M.D.; Albuquerque, A.; Ribeiro, J.A.; Santos, Filipa; Monteiro, Tomás; da Rosa, Augusto; Félix, M.R.. "Transcriptomic profiling of grapevine cultivars reveals candidate genes associated with trunk diseases symptomatology". Trabalho apresentado em VIII PhD Students Meeting in Environment and Agriculture, 2023. Patanita, M.; Campos, M. Doroteia; Ribeiro, Joana Amaro; Albuquerque, André; Varanda, Carla; Materatski, P.; Garrido, N.; Félix, M.R.. "Fungos Endofíticos Associados às Doenças do Lenho: uma Informação Promissora para uma Viticultura Sustentável". Trabalho apresentado em 12º Simpósio da Vitivinicultura do Alentejo, 2023. Patanita, Mariana; Félix, M.R.; Ribeiro, J.A.; Albuquerque, A.; Varanda, C.; Materatski, P.; Garrido, N.; Campos, M.D.. "Doenças do Lenho da Videira: Novas Estratégias Sustentáveis de Mitigação". Trabalho apresentado em 12º Simpósio da Vitivinicultura do Alentejo, 2023. Gaspar, Daniel; Magalhães, H.; Mendes, B.; Leão, C.; Meireles, B.; Barbosa, P.; Cachucho, Liliana; et al. "Role of different "omics" as powerful tools to face climate change and enhance breeding programs". 2023. Joana A. Ribeiro; Varanda, Carla; Materatski, P.; Campos, Maria Doroteia; Albuquerque, A.; M. Patanita; Garrido, Nicolas; et al. "CRISPR/Cas13 system: A technology for the successful control of plant viruses". Trabalho apresentado em Science CHANGing Policy, 2023. Campos, M. Doroteia; Varanda, Carla; Patanita, M.; Ribeiro, Joana; Campos, Catarina; Materatski, P.; Albuquerque, A.; Osa, Nicolás; Félix, M.R.. "qPCR as a sensitive tool for detecting Fusarium spp. in tomato plants". Trabalho apresentado em Science CHANGing Policy, 2023. Diogo Inácio; Félix, Maria do Rosário; Catarina Campos; Mariana Patanita; Joana A. Ribeiro; Varanda, Carla; Materastki, Patrick ; et al. "Identification of Candidate genes involved in olive response to anthracnose for a sustainable disease management". Trabalho apresentado em I Applied Agro-Biotechnology International Meeting, 2023. Teresa Carvalho; Materatski, P.; Nicolas Garrido; M. Patanita; Carla M. R. Varanda; Joana A. Ribeiro; Albuquerque, A.; Campos, M. Doroteia; Félix, Maria do Rosário. "Alternaria alternata an emerging pathogen with great impact on olive groves.". Trabalho apresentado em I Applied Agro-Biotechnology International Meeting, Alentejo Biotechnology Center for Agriculture and Agro-Food, 2023. Patanita, M.; Campos, M. D.; Albuquerque, André; Carla M. R. Varanda; Materatski, P.; Ribeiro, J. A.; Ramiro, R. S.; Pimentel, D.; Félix, M. R.. "An overview of grapevine defence mechanisms and associated biological pathways during fungal and oomycete infections towards a sustainable management strategy". Trabalho apresentado em VII Encontro de Estudantes de Doutoramento em Ambiente e Agricultura, 2022. Patanita, Mariana; Albuquerque, André; Félix, Maria do Rosário; Materatski, Patrick; Varanda, Carla; Joana Amaro Ribeiro; Maria Doroteia Campos. "Grapevine responses to trunk pathogens: potential genes involved in plant-pathogen interactions.". Trabalho apresentado em III International Meeting of the Portuguese Society of Genetics, 2022. Patanita, M.; Campos, M.D.; Albuquerque, André; Materatski, P.; Varanda, C.M.R.; Ribeiro, J.A.; Ramiro, R.; Pimentel, D.; Félix, M.R.. Autor correspondente: Patanita, M.. "Grapevine molecular responses to trunk diseases infection in the Alentejo region.". Trabalho apresentado em III International Meeting of the Portuguese Society of Genetics, 2022. Campos, M.D.; Cordeiro, A.; Patanita, M.; Materatski, P.; Varanda, C.M.R.; Albuquerque, André; Ribeiro, J.A.; Félix, M.R.. "Assessment of Fusarium spp. and Magnaporthiopsis maydis in maize in the Iberian Peninsula.". Trabalho apresentado em III International Meeting of the Portuguese Society of Genetics, 2022. Varanda, C.M.R.; Patanita, M.; Ribeiro, J.A.; Félix, M.R.; Albuquerque, André; Materatski, P.; Campos, M.D.. "Detection and quantification of Fusarium spp., the causal agents of tomato root rot and wilt diseases.". Trabalho apresentado em III International Meeting of the Portuguese Society of Genetics, 2022. Albuquerque, André; Patanita, M.; Varanda, C.M.R.; Campos, M.D.; Materatski, P.; Ribeiro, J.A.; Dias, A.B.; Félix, M.R.. Autor correspondente: Albuquerque, André. "Metabarcoding of the fungal and bacterial communities present in a compost of olive pruning residues.". Trabalho apresentado em III International Meeting of the Portuguese Society of Genetics, 2022. Martins, J. M.; Charneca, R.; Varino, R.; Albuquerque, André; Freitas, A.; Neves, J.; Costa, F.; et al. "The ECO-PIG project: use of a new high fibre feed for outdoor finishing of intact male local pigs". Trabalho apresentado em 73rd Annual Meeting of the European Federation of Animal Science, 2022. Martins, J. M.; Charneca, R.; Varino, R.; Albuquerque, André; Freitas, A.; Neves, J.; Marmelo, C.; et al. "Effect of a new fibre feed on blood biochemistry of outdoor finished male local pigs.". Trabalho apresentado em 73rd Annual Meeting of the European Federation of Animal Science, 2022. Martins, J. M.; Charneca, R.; Varino, R.; Albuquerque, André; Freitas, A.; Neves, J.; Costa, F.; et al. "Outdoor finishing of intact male pigs of local breed on a high fibre diet: effects on growth, carcass, and some meat quality traits". Trabalho apresentado em XI International Symposium on the Mediterranean Pig, 2022. Osa, Nicolás; Albuquerque, André; Charneca, R.; Costa, F.; Marmelo, C.; Martin, L.; Ramos, A.; Martins, J. M.. "Backfat transcriptome of castrated and intact Alentejano pigs fed commercial and fibre-rich experimental diets.". Trabalho apresentado em VII Encontro de Estudantes de Doutoramento em Ambiente e Agricultura, 2022. Ribeiro, J. A.; Varanda, C. M. R.; Materatski, P.; Campos, M. D.; Albuquerque, André; Patanita, M.; Félix, M. R.. "An innovative tool based on CRISPR/Cas13 to protect tomato plants against ToBFRV". Trabalho apresentado em VII Encontro de Estudantes de Doutoramento em Ambiente e Agricultura, 2022. Albuquerque, André; Patanita, M.; Garrido, N.; Varanda, C.; Materatski, P.; Ribeiro, J. A.; Campos, M. D.; Félix, M. R.. "Bacterial and fungal communities associated to almond decline.". Trabalho apresentado em VII Encontro de Estudantes de Doutoramento em Ambiente e Agricultura, 2022. Campos, M. D.; Varanda, C.; Patanita, M.; Ribeiro, J. A.; Materatski, P.; Albuquerque, André; Félix, M. R.. "Establishment of a sensitive Taqman-based approach to monitor Fusarium spp. in tomato plants.". Trabalho apresentado em VII Encontro de Estudantes de Doutoramento em Ambiente e Agricultura, 2022. Inácio, D.; Félix, M. R.; Campos, C.; Patanita, M.; Ribeiro, J. A.; Varanda, C.; Materatski, P.; et al. "New tools to protect olive plants against anthracnose for a sustainable disease management: I. Candidate genes for new sources of resistance.". Trabalho apresentado em VII Encontro de Estudantes de Doutoramento em Ambiente e Agricultura, 2022. Correia, A.C.; Varanda, C.; Materatski, P.; Campos, M. D.; Patanita, M.; Albuquerque, André; Ribeiro, J. A.; et al. "Evaluation of the susceptibility of Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi strains to different antimicrobial peptides (AMPs).". Trabalho apresentado em VII Encontro de Estudantes de Doutoramento em Ambiente e Agricultura, 2022. Campos, Maria Doroteia; Félix, M.R.; Patanita, M.; Materatski, P.; Albuquerque, André; Ribeiro, J.; Carla M. R. Varanda. Autor correspondente: Campos, Maria Doroteia. "Tomato transcription factors regulate defence response against biotic stress.". Trabalho apresentado em VI Encontro de Estudantes de Doutoramento em Ambiente e Agricultura, 2021. Usié, A.; Magalhães, H.; Antunes, M.; Leão, C.; Gaspar, D.; Meireles, B.; Barbosa, P.; et al. "Whole genome resequencing analysis of Alentejano pigs reveals differences associated with meat quality phenotypes". Trabalho apresentado em IX Bioinformatics open days, 2020. Chimenos, Ana Usié; Magalhães, H.; Leão, Célia; Gaspar, Daniel; B. meireles; Albuquerque, André. "Whole genome Analysis of Alentejano Pigs with Contrasting Meat Quality Phenotypes". Trabalho apresentado em International Plant & Animal Genome Conference XXVIII (PAGXXVIII), 2020. Albuquerque, André; Cristina Óvilo; Yolanda Núñez; Rita Benítez; Adrián López-Garcia; Jaime Ballesteros; Fabián García; et al. Autor correspondente: Albuquerque, André. "Identification of differentially expressed key genes of Longissimus lumborum samples from Portuguese Alentejano and Bísaro local pig breeds". Trabalho apresentado em X International Symposium on Mediterranean Pigs, 2019. Albuquerque, André; Óvilo, Cristina; Núñes, Yolanda; Benítez, Rita; Adrián López-Garcia; Fabián García; Laranjo, Marta; Charneca, Rui; Martins, José Manuel. Autor correspondente: Albuquerque, André. "Comparative transcriptomic analysis of dorsal subcutaneous fat from Portuguese local pig breeds". Trabalho apresentado em 37th International Society for Animal Genetics Conference, 2019. Martins, José Manuel; David Silva; Albuquerque, André; Neves, José Alberto; Charneca, Rui; Amadeu Freitas. "Effects of physical activity on blood, growth and carcass parameters of the Alentejano pig". Trabalho apresentado em 5th Fatty Pig International conference, 2019. Martins, José Manuel; Neves, José Alberto; Serrano, A.; Abecasis, Inês; Albuquerque, André; Freitas, Amadeu; J. L. Tirapicos Nunes; Charneca, Rui. Autor correspondente: Martins, José Manuel. "The Ribatejano Pig: a cross based on a fatty pig". Trabalho apresentado em 4th Fatty Pig Science & Utilization International Conference, 2017. Cachucho, Liliana; Chimenos, Ana Usié; Albuquerque, André; Leão, Célia; Meireles, B; Barbosa, P.; Gaspar, Daniel; et al. Autor correspondente: Jerónimo, Eliana. "Characterization of carcass composition and meat quality traits of Alentejano pigs finished under free-range conditions - Preliminary results.". Trabalho apresentado em 4th Fatty Pig Science & Utilization International Conference, 2017. Albuquerque, André; Félix, Maria do Rosário; Laranjo, Marta; Martins, José Manuel. Autor correspondente: Albuquerque, André. "Transcriptomic analysis of genes involved in the lipid metabolism of the Alentejano pig". Trabalho apresentado em 9th International Symposium on the Mediterranean Pig, 2016. Neves, José Alberto; Martins, José Manuel; Serrano, A.; Abecasis, Inês; Albuquerque, André; Freitas, Amadeu; J. L. Tirapicos Nunes; Charneca, Rui. Autor correspondente: Charneca, Rui. "The Ribatejano pig – rebirth of a local pig population? First results.". Trabalho apresentado em 9th International Symposium on the Mediterranean Pig, 2016. Albuquerque, André; Félix, Maria do Rosário; Laranjo, Marta; Neves, José Alberto; Martins, José Manuel. Autor correspondente: Albuquerque, André. "Fatty acid synthase gene sequence from Alentejano pig, an autochthonous obese breed". Trabalho apresentado em MicroBiotec15, 2015.
Resumo em conferência	Varanda, Carla; Castanho, Beatriz; Albuquerque, André; Joana A. Ribeiro; Mariana Patanita; Nicolás Garrido de la Osa; Campos, M. Doroteia; Félix, Maria do Rosário. "Role of Dicer-like 4 plant protein in OMMV and OLV-1 mixed infections". Trabalho apresentado em Impact Science 23, Santarém, 2023. Varanda, Carla; Materatski, Patrick; Albuquerque, André; Campos, Maria Doroteia; Patanita, Mariana; Félix, Maria do Rosário. "Proteção da oliveira contra vírus utilizando OMMV como vetor de silenciamento". Trabalho apresentado em IX Simpósio Nacional de Olivicultura, Oeiras, 2021. Mariana Patanita; Albuquerque, André; Félix, Maria do Rosário; Materatski, Patrick; Carla M. R. Varanda; Joana A. Ribeiro; Campos, Maria Doroteia. "Grapevine responses to trunk pathogens: potential genes involved in plant-pathogen interactions". Trabalho apresentado em VI PhD Students Meeting in Environment and Agriculture, Évora, 2021. Patanita, M.; Campos, M.D.; Albuquerque, A.; Varanda, Carla; Materatski, Patrick; M.R. Félix. "Metagenomic analysis of fungal microbiota associated to grapevine trunk diseases in Alentejo region". Trabalho apresentado em V PhD Students Meeting in Environmental and Agriculture, Évora, Évora, 2020. Publicado Cachucho, Liliana; Albuquerque, André; Guerreiro, Olinda; Alves, Susana P.; Bessa, Rui J. B.; Usié, Ana; Gaspar, Daniel; et al. "Fatty acids composition of Longissimus lumborum muscle from Alentejano pigs finished under free-range conditions". Trabalho apresentado em 17th Euro Fed Lipid Congress and Expo, Sevilha, 2019. Publicado Charneca, Rui; Martins, J.M.; Albuquerque, A.; Fialho, R.; Neves, J.; Freitas, A.; Nunes, J.T.; et al. Autor correspondente: Martins, José Manuel. "Alentejano and Bísaro pigs and their crosses: genotype effect on loin traits". Trabalho apresentado em X International Symposium on Mediterranean Pig, 2019. Publicado
Tese / Dissertação	"Transcriptomics in Portuguese local pig breeds: an approach to explore the molecular mechanisms underlying lipid metabolism and muscle growth". Doutoramento, Universidade de Évora, 2023. Albuquerque, André Filipe Barreto. "Isolation and molecular characterization of the fatty acid synthase gene from an obese pig breed". Mestrado, 2014. http://hdl.handle.net/10174/13044.

Propriedade Intelectual

Pedido provisório de patente

2022. "Construct for inducing silencing in plants and method for protecting them against tomato spotted wilt virus".
2022. "Construct for inducing silencing in plants and method for protecting them against anthracnose disease".

Atividades

Apresentação oral de trabalho

	Título da apresentação	Nome do evento Anfitrião (Local do evento)
2023/05/30	Olive Viruses: Plant pathogens or plant protect agents?	I Applied Agro-Biotechnology International Meeting Alentejo Biotechnology Center for Agriculture and Agro-Food (CEBAL) (Beja, Portugal)
2022/06/27	Development of a OMMV-based vector for gene expression in plants.	III International Meeting of the Portuguese Society of Genetics Universidade de Évora (Évora, Portugal)
2022/05/17	An RNA-based vaccine for tomato plants against Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV)	Encontro Ciência ‘22 FCT (Lisboa, Portugal)
2022/05/03	Transcriptomics in Portuguese local pig breeds: an approach to explore the molecular mechanisms underlying lipid metabolism and muscle growth.	EFFAB & FABRE TP Annual General Meeting 2022 Universidade de Évora (Évora, Portugal)
2022/04/22	Certificação e Proteção fitossanitária de material vegetal de variedades de oliveira portuguesa.	38th OVIBEJA (Beja, Portugal)
2022	Avaliação da variabilidade genética em suínos autóctones portugueses utilizando uma análise transcriptómica	MED às 4as Mediterranean Institute for Agriculture, Environment and Development (Évora, Portugal)
2022	Utilização de vírus modificados para proteção de plantas contra a Colletotrichum spp. e contra Xylella fastidiosa.	Programa de Empreendedorismo Qualificado Startup PhD Parque do Alentejo de Ciência e Tecnologia (PACT) (Portugal)
2021/10	Proteção da oliveira contra vírus através do desenvolvimento de OMMV como vetor de silenciamento	IX Simpósio Nacional de Olivicultura INIAV (Oeiras, Portugal)
2020/12/09	Differentially expressed genes involved in lipid metabolism in the muscle tissue of Alentejano and Bísaro pig breeds	V Encontro de estudantes de Doutoramento em Ambiente e Agricultura (Évora, Portugal)
2020/12/09	Metagenomic analysis of fungal microbiota associated to grapevine trunk diseases in Alentejo region	V Encontro de Estudantes de Doutoramento em Ambiente e Agricultura (Évora, Portugal)
2019/11/11	Comparative RNAseq analysis of backfat tissue from local pig breeds	IV Encontro de Estudantes de Doutoramento em Ambiente e Agricultura (EEDAA) MED - Instituto Mediterrâneo para a Agricultura, Ambiente e Desenvolvimento (Évora, Portugal)
2019/06/28	Innovative studies on Alentejano, Bísaro and Ribatejano genotype pigs	Jornadas MED Mediterranean Institute for Agriculture, Environment and Development (Évora, Portugal)
2018/11/08	Influence of the genetic background on the meat quality of autochthonous pig breeds	Seminarios del Departamento de Mejora Genética Animal Instituto Nacional de Investigación y Tecnologia Agraria y Alimentaria (INIA) (Madrid, Espanha)
2018/04/05	Composição da carcaça e caracterização físico-química de músculo de porco Alentejano acabado em montanheira - resultados preliminares	XX Congresso de Zootecnia Associação Portuguesa de Engenharia Zootécnica (Vila Real, Portugal)

Orientação

	Título / Tema Papel desempenhado	Curso (Tipo) Instituição / Organização
2023/11/11 - Atual	Effect of sex and diet on the regulation of genes involved in lipid metabolism and muscle of Alentejano pigs raised in extensive. Orientador	Engenharia Zootécnica (Mestrado) Universidade de Évora, Portugal
2023/11/11 - Atual	Comparison of growth, carcass, and meat characteristics of castrated and pre- and post-puberty immunocastrated Alentejano pig males. Coorientador	Engenharia Zootécnica (Mestrado) Universidade de Évora, Portugal
2021/11/13 - Atual	Efeito da utilização de machos inteiros e de uma mistura alimentar com inclusão de subprodutos agroindustriais nos parâmetros de carcaça e qualidade de carne da raça suína Alentejana Coorientador	Engenharia Zootécnica (Mestrado) Universidade de Évora, Portugal
2018/09/30 - Atual	Caracterização do perfil em ácidos gordos dos lípidos totais em diferentes tecidos de dois genótipos de raças suínas autóctones portuguesas e seus cruzamentos Coorientador	Bioquímica (Mestrado) Universidade de Évora, Portugal

Participação em evento

	Descrição da atividade Tipo de evento	Nome do evento Instituição / Organização
2024/01/19 - 2024/01/19	Demonstration/Workshop by Xloora about precision agriculture and the potential functionalities of the Baco equipment in detecting diseases in the fields, 5-hour hands-on course, 19, 2024 (Évora, Portugal) Oficina (workshop)	Universidade de Évora, Portugal
2023/10/30 - 2023/10/30	Demonstration/Workshop by STABvida of the potential functionalities of the Doctor Vida equipment, Lamp PCRs and molecular diagnostics: a 5-hour hands-on course, October 30, 2023 (Évora, Portugal) Oficina (workshop)	Universidade de Évora, Portugal
2023/07/03 - 2023/07/04	Exhibition organized by the lab members entitled "Molecular Diagnosis of Plant Pathogens in Mediterranean Crops" in the event "II MED Meeting - Healthy soils, for food, for life and for the future" that occurred between 3-4 July 2023. In this demonstration, the participants were invited to identify fungal pathogens present in olive trees, almond orchards and vineyards, based on the visual symptoms and microscopic characteristics. Encontro	II MED Meeting - Healthy soils, for food, for life and for the future Universidade de Évora Instituto de Ciências Agrárias e Ambientais Mediterrânicas, Portugal
2023/04/19 - 2023/04/19	Day of the School of Science and Technology. Open lab to high school students and demonstration of common activities regarding plant protection. Activity named "Os agrónomos também curam plantas". In this activity, students were taken through the process of visual recognition of common symptoms and microscopic and molecular diagnostics to correctly identify the responsible plant pathogen and act accordingly. Festival	Festival da Ciência 2023 Universidade de Évora, Portugal

Júri de grau académico

	Tema Tipo de participação	Nome do candidato (Tipo de grau) Instituição / Organização
2023/07/03	Papel da proteína de planta Dicer-like 4 nas infeções por OMMV e OLV-1 simples e mistas Arguente principal	Beatriz Castanho (Outro)

Arbitragem científica em revista

	Nome da revista (ISSN)	Editora
2024/01/15 - Atual	Animals	MDPI

Revisão ad hoc de artigos em revista

	Nome da revista (ISSN)	Editora
2023/09/16 - Atual	International Journal of Molecular Sciences (1422-0067)	MDPI
2023/07/28 - Atual	Meat Science (0309-1740)	Elsevier
2022/07/01 - Atual	Journal of Animal Science and Biotechnology (2049-1891)	BioMed Central Ltd.
2021/04/09 - Atual	Animals (2076-2615)	MDPI
2020/12/01 - Atual	PEERJ (2167-8359)	PeerJ
2020/04/19 - Atual	Genes (2073-4425)	MDPI

Distinções

Prémio

2023	Best Exhibition award Universidade de Évora Instituto de Ciências Agrárias e Ambientais Mediterrânicas, Portugal
2023	Best Poster award Centro de Biotecnologia Agrícola e Agro-Alimentar do Alentejo, Portugal
2022	Prémio I&D Aplicada 2021 Universidade de Évora, Portugal
2022	Best Poster Award Instituto Mediterrâneo para a Agricultura Ambiente e Desenvolvimento, Portugal