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Rafael Tavares is currently a Pos-Doc at CESAM-University of Aveiro (UA). He is a microbiologist specialized in antimicrobial resistance and mobile genetic elements, with key skills in molecular biology, bioinformatics and data analysis. His research focus on the factors governing the dissemination of antimicrobial resistance, with particular emphasis on the wastewater compartment. He holds a BSc in Biology (2017) and a MSc in Microbiology (2019) from UA, Portugal, and a PhD in Biosciences with a specialization in Microbiology (2025) from University of Coimbra (UC), Portugal. Despite being a young researcher, he has already published 8 WoS papers (five as 1st author), which collectively received a total of 113 citations; communicated his research in several national and international conferences (12 posters and 4 oral communications); and has been involved in 2 FCT-funded projects. Additionally, he has been an invited speaker at several MSc curricular units (at UA and UC) and a regular speaker at the “Data Analysis using R” advanced course; has participated in 2 MSc juries as main arguer and currently co-supervises a MsC student. During his PhD, he has become versatile in R language (with some data analysis tools of his own design already freely available at Github: https://github.com/rafaeldstavares) and in analysis using command-line tools. Key-words: Antimicrobial resistance; Environmental microbiology; Wastewater treatment plants (WWTPs); Integrons; Bacterial communities; Next-generation sequencing; Bioinformatic analysis.
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Rafael Tavares
Data de nascimento
1995/12/21
Género
Masculino

Nomes de citação

  • Tavares, Rafael DS

Identificadores de autor

Ciência ID
E11E-AD60-B527
ORCID iD
0000-0001-9138-5935
Researcher Id
AAD-3563-2020
Scopus Author Id
57195059713

Endereços de correio eletrónico

  • rafael.tavares@ua.pt (Profissional)

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Microbiologia
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Molecular
  • Ciências Naturais - Ciências da Terra e do Ambiente - Recursos Aquáticos
  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador independente (B2) Utilizador proficiente (C1) Utilizador independente (B2)
Formação
Grau Classificação
2020/08/01 - 2025/06/05
Concluído
 Biociências (com especialização em microbiologia) (Doutoramento)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
"Integrons and integron-borne antibiotic resistance in clinical settings and wastewater" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 Aprovado com louvor e distinção
2017/09 - 2019/12/01
Concluído
 Microbiologia (Mestrado)
Universidade de Aveiro, Portugal
"Pathogenic and antibiotic-resistant strains of Escherichia coli in wastewater effluents treated with UV radiation" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 19
2013/09 - 2017/07
Concluído
 Biologia (Licenciatura)
Universidade de Aveiro, Portugal
"Characterization of cefotaxime-resistant strains of Escherichia coli from an effluent treated with ultraviolet radiation" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 18
Percurso profissional

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2025/10/01 - Atual Pos-Doc Intern Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, Portugal
2025/05/01 - 2025/08/31 Research fellow at Projeto Espumante de Portugal (PRR-C05-i03-I-000194) Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, Portugal
2020/08/01 - 2025/06/05 PhD student Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2020/02/01 - 2020/07/31 Research Fellow in project GrEAT (BI/CESAM/0086_2019/PTDC/BTA-BTA/29970/2017) Universidade de Aveiro Centro de Estudos do Ambiente e do Mar, Portugal
Universidade de Aveiro Centro de Estudos do Ambiente e do Mar, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2025/05/01 - 2025/08/31 Projeto Espumante de Portugal
PRR-C05-i03-I-000194
Bolseiro de Investigação
Universidade de Aveiro, Portugal
 PRR – Plano de Recuperação e Resiliência / NextGenerationEU
Concluído
2020/08/01 - 2024/07/31 Effect of anthropogenic pollution on bacterial integron’s dynamics in aquatic systems
SFRH/BD/145147/2019
Bolseiro de Doutoramento
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2020/02/01 - 2020/07/31 Project GReAT - Granular microalgae-bacterial sludge for aquaculture wastewater treatment
PTDC/BTA-BTA/29970/2017
Bolseiro de Investigação
Universidade de Aveiro Centro de Estudos do Ambiente e do Mar, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Tavares, Rafael DS; Rodrigues, ET; Tacão, Marta; Henriques, Isabel. "Temporal dynamics of class 1 and class 3 integron pools in treated wastewater". Water Research (2025): https://doi.org/10.1016/j.watres.2025.123718.
    10.1016/j.watres.2025.123718
  2. Tavares, Rafael DS; Tacão, Marta; Henriques, Isabel. "Integrons are key players in the spread of beta-lactamase-encoding genes". International Journal of Antimicrobial Agents (2025): http://dx.doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2024.107421.
    10.1016/j.ijantimicag.2024.107421
  3. Tavares, Rafael D.S.; Fidalgo, Cátia; Rodrigues, Elsa T.; Tacão, Marta; Henriques, Isabel. "Integron-associated genes are reliable indicators of antibiotic resistance in wastewater despite treatment- and seasonality-driven fluctuations". Water Research 258 (2024): 121784. http://dx.doi.org/10.1016/j.watres.2024.121784.
    10.1016/j.watres.2024.121784
  4. Tavares, Rafael DS; Tacão, Marta; Ramalheira, Elmano; Ferreira, Sónia; Henriques, Isabel. "Report and Comparative Genomics of an NDM-5-Producing Escherichia coli in a Portuguese Hospital: Complex Class 1 Integrons as Important Players in blaNDM Spread". Microorganisms 10 11 (2022): 2243. http://dx.doi.org/10.3390/microorganisms10112243.
    Publicado • 10.3390/microorganisms10112243
  5. Tavares, Rafael DS; Tacão, Marta; Figueiredo, Ana S.; Duarte, Ana S.; Esposito, Fernanda; Lincopan, Nilton; Manaia, Célia M.; Henriques, Isabel. "Genotypic and phenotypic traits of blaCTX-M-carrying Escherichia coli strains from an UV-C-treated wastewater effluent". Water Research 184 (2020): 116079. http://dx.doi.org/10.1016/j.watres.2020.116079.
    Publicado • 10.1016/j.watres.2020.116079
  6. Oliveira, Amanda M.S.; Baraúna, Rafael A.; Marcon, Davi J.; Lago, Letícia A.B.; Silva, Artur; Lusio, Joana; Tavares, Rafael DS; et al. "Occurrence, antibiotic-resistance and virulence of E. coli strains isolated from mangrove oysters (Crassostrea gasar) farmed in estuaries of Amazonia". Marine Pollution Bulletin 157 (2020): 111302. http://dx.doi.org/10.1016/j.marpolbul.2020.111302.
    Publicado • 10.1016/j.marpolbul.2020.111302
  7. Silva, Isabel; Tacão, Marta; Tavares, Rafael DS; Miranda, Rita; Araújo, Susana; Manaia, Célia M.; Henriques, Isabel. "Fate of cefotaxime-resistant Enterobacteriaceae and ESBL-producers over a full-scale wastewater treatment process with UV disinfection". Science of The Total Environment 639 (2018): 1028-1037. http://dx.doi.org/10.1016/j.scitotenv.2018.05.229.
    Publicado • 10.1016/j.scitotenv.2018.05.229
  8. Tacão, Marta; Tavares, Rafael DS; Teixeira, Pedro; Roxo, Inês; Ramalheira, Elmano; Ferreira, Sónia; Henriques, Isabel. "mcr-1 and blaKPC-3 in Escherichia coli Sequence Type 744 after Meropenem and Colistin Therapy, Portugal". Emerging Infectious Diseases 23 8 (2017): 1419-1421. http://dx.doi.org/10.3201/eid2308.170162.
    Publicado • 10.3201/eid2308.170162
Poster em conferência
  1. Alves, Marta; Pereira, F; Tavares, Rafael DS; Ogbulie, J.N.; Ajima, E.O.; Galhano, V.; Nunes, Bruno; Tacão, Marta. "Antibacterial activity and inhibition of biofilm formation by selenium nanoparticles against bacteria isolated from diseased fish in Nigerian aquaculture farms". Trabalho apresentado em Microbiotec’25, 2025.
  2. Barros, Carlos; Alves, Marta; Tavares, Rafael DS; Pinto, Glória; Tacão, Marta. "Irrigation with contaminated surface water alters lettuce microbiota and induces physiological stress". Trabalho apresentado em Microbiotec’25, 2025.
  3. Torcato, Cristina; Tavares, Rafael DS; Fidalgo, Cátia; Alves, A.. "Insights into the mycobiome of Wild vs. Cultivated Salicornia ramosissima.". Trabalho apresentado em FEMS2025, 2025.
  4. Tavares, Rafael DS; Rodrigues, ET; Tacão, Marta; Henriques, Isabel. "One-year surveillance of pathogens in a full-scale Municipal Wastewater Treatment Plant". 2023.
  5. Tavares, Rafael DS; Rodrigues, Elsa Teresa; Tacão, Marta; Henriques, Isabel. "Identification of indicator genes for monitoring antibiotic resistance and pathogens in wastewater". Trabalho apresentado em FEMS2023, 2023.
  6. Tavares, Rafael DS; Rodrigues, Elsa Teresa; Tacão, Marta; Henriques, Isabel. "A year-long monitorization of the resistome of a Municipal Wastewater Treatment Plant". Trabalho apresentado em Ciência 2023, 2023.
  7. Dias, Joana; Tavares, Rafael DS; Tacão, Marta; Henriques, Isabel. "Unveiling the diversity of Vibrio species in Ria de Aveiro: along the estuary we go!". Trabalho apresentado em One Health Day, CESAM, 2020.
  8. Tavares, Rafael DS; Tacão, Marta; Figueiredo, Ana Sofia; Duarte, Ana; Manaia, Célia; Henriques, Isabel. "Characterization of multi-drug resistant Escherichia coli in the UV-treated outflow of an Urban Wastewater Treatment Plant.". Trabalho apresentado em Microbiotec19, 2019.
  9. Tavares, Rafael DS; Tacão, Marta; Figueredo, Ana Sofia; Duarte, Ana; Manaia, Célia; Henriques, Isabel. "Multi-drug resistant Escherichia coli released in the UV-C irradiated effluent of a Wastewater Treatment Plant". Trabalho apresentado em One Health Day, CESAM, 2019.
  10. Tavares, Rafael DS; Tacão, Marta; Manaia, Célia; Henriques, Isabel. "Whole-genome sequencing as a tool to predict the risk of E. coli strains released by an Urban Wastewater Treatment Facility". Trabalho apresentado em GenomePT Symposium, 2019.
  11. Tavares, Rafael DS; Silva, Isabel; Figueiredo, Ana Sofia; Manaia, Célia; Henriques, Isabel. "Antibiotic-resistant E. coli in an UV-treated effluent: troubled waters ahead?". Trabalho apresentado em Microbiotec17, 2017.
  12. Tavares, Rafael DS; Tacão, Marta; Teixeira, Pedro; Roxo, Inês; Ramalheira, Elmano; Ferreira, Sónia; Henriques, Isabel. "Report on a multi-drug resistant Escherichia coli ST744 carrying mcr-1 and blaKPC-3 isolated from a patient in Portugal after colistin treatment". Trabalho apresentado em 2nd International Caparica Conference in Antibiotic Resistance, 2017.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2025/12/04 Class 3 resistance integrons in treated wastewater: threats that go with the flow! Microbiotec’25
University of Azores (Portugal)
2023/11/29 Harnessing integron-related genes for the monitorization of antibiotic resistance in wastewater DCV talk
University of Coimbra (Portugal)
2021/11 Report of blaNDM-5 in the Portuguese nosocomial environment: is one integron all it takes? Microbiotec’21
Online format (Portugal)
2019/12/05 Characterization of multi-drug resistant Escherichia coli in the UV-treated outflow of an Urban Wastewater Treatment Plant Microbiotec’19
University of Coimbra (Coimbra, Portugal)
2017 Fate of ESBL-producing Enterobacteriaceae in a full-scale wastewater treatment plant and potential impact of UV disinfection 2nd International Caparica Conference in Antibiotic Resistance
BIOSCOPE GROUP (Lisboa, Portugal)

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2025/09 - Atual Characterization of Carbapenem-Resistant Acinetobacter spp. from a Contaminated River Ecosystem
Coorientador
Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, Portugal

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento 		Nome do evento
Instituição / Organização
2024/09/23 - 2024/09/26 Introduction to Python and Machine Learning for the Biosciences (attendee)
Outro
 Advanced course
Universidade do Porto Instituto de Investigação e Inovação em Saúde, Portugal
2024/02/08 - 2024/02/08 Introduction to R Shiny: a practical course (attendee)
Outro
 Advanced course
Universidade de Aveiro Departamento de Matemática, Portugal
2024/01/08 - 2024/01/12 Green Strategies for the Recovery of Critical Raw Materials Using Microbial Biotools (attendee)
Outro
 Advanced course
Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2023/07/04 - 2023/07/05 Meta_Microbial workshop (attendee)
Outro
 Advanced course
Universidade do Porto Departamento de Biologia, Portugal
2022/07/26 - 2022/07/26 Workshop “Microrganismos + Microplásticos = Macroproblemas” (as lab monitor)
Oficina (workshop)
 Universidade de Verão
2021/07/19 - 2021/07/23 Data Analysis using R (attendee)
Outro
 Advanced course
Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, Portugal
2021/07/05 - 2021/07/09 Writing and Scientific Communication (attendee)
Outro
 Advanced course
Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, Portugal
2020/01/27 - 2020/01/31 Experimental Design and Analysis of Multivariate Data (attendee)
Outro
 Advanced course
Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, Portugal
2019/07/01 - 2019/07/05 Fundamentals of animal cell culture (attendee)
Outro
 Advanced course
Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, Portugal
2019/04/17 - 2019/04/17 The Perfect Pitch in 5’ (attendee)
Oficina (workshop)
 Workshop
Universidade de Aveiro, Portugal
2018/07/23 - 2018/07/27 Microbial diversity: methods and applications (attendee)
Outro
 Advanced course
Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, Portugal
2018/07/09 - 2018/07/13 Bioinformatics for microbiologists (attendee)
Outro
 Advanced course
Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, Portugal
2018/06/18 - 2018/06/22 Antibiotic alternatives against pathogenic bacteria (attendee)
Outro
 Advanced course
Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, Portugal

Júri de grau académico

Tema
Tipo de participação 		Nome do candidato (Tipo de grau)
Instituição / Organização
2025/12/10 Resistência à colistina, em Pseudomonas aeruginosa: avaliação da performance do método automático
Arguente principal
 Catarina Coutinho (Mestrado)
2025/11/07 Desenvolvimento de procedimentos para padronização do diagnóstico laboratorial de infeções sexualmente transmissíveis
Arguente principal
 Patrícia Santos (Mestrado)

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2024 - 2025 Applications in Microbiology (Invited Speaker) (Mestrado) Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2022 - 2025 Data Analysis using R (Advanced Course) Session: “Handling of biological sequences in R” (Outros) Universidade de Aveiro, Portugal
2022 - 2025 Microbial Diversity and Evolution (Invited Speaker) (Mestrado) Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, Portugal

Membro de comissão

Descrição da atividade
Tipo de participação 		Instituição / Organização
2025 - Atual Mainstreaming water reuse into the circular economy paradigm (Water4Reuse) COST Action CA23104 https://www.cost.eu/actions/CA23104/
Membro

Revisão ad hoc de artigos em revista

Nome da revista (ISSN) Editora
2025 - 2025 Microbial Genomics Microbiology Society
2025 - 2025 ACS ES&T Water American Chemical Society (ACS)
2025 - 2025 Water Research Elsevier
2025 - 2025 Scientific Reports Nature
2022 - 2022 Journal of Applied Microbiology Wiley
2021 - 2021 Molecular Genetics and Genomics Springer
2020 - 2021 BMC Genomics Springer
Distinções

Prémio

2025 Honorable mention in the UC-Life Sciences Award contest
Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2024 Second place at the best scientific pitch contest "Pitch or Perish"
Universidade de Aveiro Centro de Estudos do Ambiente e do Mar, Portugal
2019 Best poster at One Health Day with the poster entitled: Multi-drug resistant Escherichia coli released in the UV-C irradiated effluent of a Wastewater Treatment Plant
Universidade de Aveiro Centro de Estudos do Ambiente e do Mar, Portugal
2019 Merit grant for the 2018/2019 academic year
Universidade de Aveiro, Portugal

Outra distinção

2023 Congress Attendance Grant for FEMS 2023 - 9 - 13 July 2023, Hamburg, Germany