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My PhD was focused on the study at the molecular and atomic level of the cohesin-dockerin interaction, important for the assembly of a multi-enzymatic complex involved in the degradation of the plant cell wall by cellulolytic bacteria, the cellulosome. For this, I gained expertise in Molecular Biology essential for the recombinant production of the cohesin and dockerin proteins and mutational analysis of the function. In the initial study, I specially devised and implemented an essay using Non-Denaturing Gel Electrophoresis (NGE) for the study of cohesin-dockerin pairs and complemented with a thermodynamic analysis of the interaction by Isothermal Titration Calorimetry (ITC) and structurally characterization by X-ray Crystallography. In my PhD, I was also involved in the cloning and production of other protein modules constituents of the C. thermocellum cellulosome like esterases, glycohydrolases and carbohydrate-binding modules (CBM). My PhD work resulted in 4 publications with over 80 citations. For my Post-Doc, I decided to deepen my knowledge in X-ray Crystallography moving to the group of Prof Maria João Romão. Besides gaining expertise in X-Ray crystallography, I was involved in setting up molecular biology techniques in this laboratory, which open new avenues of research. I have been involved in a project where X-ray crystallography is combined with glycan microarray analysis, revealed the unique selective binding of several carbohydrate interacting proteins from bacteria from the rumen and from the human gut. More recently I implemented the protein microarray technology in our laboratory within the scope of a project grant funded by FCT to establish the proof-of-concept. I have been the supervisor of three MSc student Thesis and involved in the training of four PhD students, 3 MSc researchers and 7 undergraduate students. I have given regular support to Biochemistry and Structural Biology classes. And for outreach activities, I have participated in Researcher Day.
Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Benedita Pinheiro

Nomes de citação

  • Pinheiro, Benedita
  • Pinheiro, B. A.

Identificadores de autor

Ciência ID
CB17-E1B7-4EE7
ORCID iD
0000-0002-3045-077X

Endereços de correio eletrónico

  • b.pinheiro@fct.unl.pt (Profissional)

Domínios de atuação

  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Bioquímica

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Francês Utilizador elementar (A1) Utilizador independente (B1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1)
Português (Idioma materno)
Crioulo e pídgin, baseada em Português (Outras)
Formação
Grau Classificação
2010
Concluído
Tese de Doutoramento em Ciência e Tecnologia Animal/PhD in Animal Science and Technology (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal
"Novel insight into the mechanism of cellulosome assembly and plant cell wall hydrolysis in anaerobic bacteria" (TESE/DISSERTAÇÃO)
Por unanimidade/By unanimity
2009
Concluído
Certificate in Advanced English (Diploma de especialização)
Cambridge School Portugal, Portugal
B
2008/04/08 - 2008/04/18
Concluído
VII Course on Laboratory Animal Science (Outros)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal
2004
Concluído
Bioquímica (Licenciatura)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
"Adesão de Desulfovibrio alaskensis a superfícies de vidro" (TESE/DISSERTAÇÃO)
16 (maximum 20)
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2018/12/19 - Atual Investigador Contratado (Investigação) REQUIMTE Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2010/10/01 - Atual Postdoctoral researcher REQUIMTE Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal
2010/02/15 - 2010/09/30 FCT-UNL Requimte Research fellow. Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2006/01/01 - 2009/12/31 PhD student at the Laboratory of Nutrition under supervision of Prof Carlos Fontes Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal
2009/01/09 - 2009/04/09 Traineeship (3 months) in the laboratory of Professor Harry Gilbert Newcastle University Institute for Cell and Molecular Biosciences, Reino Unido
2008/06/01 - 2008/09/30 Traineeship (3 months) in the laboratory of Professor Harry Gilbert. Consolidation of the calorimetric data of protein complexes under study. Newcastle University Institute for Cell and Molecular Biosciences, Reino Unido
2007/05/01 - 2007/07/30 Traineeship in the laboratory of Professor Harry Gilbert . Aim was to obtain calorimetric values of the formation of protein-protein complexes. Learned the handling of the isothermal calorimetry titra Newcastle University Institute for Cell and Molecular Biosciences, Reino Unido
2005/04/01 - 2006/12/31 Research Fellow at the Interdisciplinary Centre of Research in Animal Health (CIISA) Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina Veterinária, Portugal
2004/11/01 - 2005/03/31 Technical Volunteer in Biocorrosion group Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2003/09/01 - 2004/10/30 Final course trainee in the laboratory of Biocorrosion Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2013 - 2016/06 Modern Structural Biology: Resources for the advancement of in-house X-ray Crystallography
125363
Provided by PTCRIS: 125363
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.

Projeto

Designação Financiadores
2018 - 2021/09 GLYCOINTERACT: Glycan-human microbiome interaction: glycan diversity and recognition in the human gut with impact on health and nutrition
PTDC/BIA-MIB/31730/2017
Investigador
2017 - 2018/12 Molecular determinants of bacterial cellulosome diversity in different ecological niches
Provided by PTCRIS: 144587
Bolseiro de Pós-Doutoramento
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
2016 - 2017/09 An integrative structural biology approach to characterise the protein-carbohydrate microbial recognition
Provided by PTCRIS: 139494
Bolseiro de Pós-Doutoramento
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
2011 - 2014/08 A carbohydrate microarray platform for discovery of ligands in polysaccharides recognised by microbial carbohydrate-binding modules.
Provided by PTCRIS: 112537
112537
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
2013 - 2014/06 Development of cohesin- microarrays for determining cohesin-dockerin specificities of novel cellulolytic species
Provided by PTCRIS: 126085
126085
Investigador responsável
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
2013 - 2014/06 Pylori GlycoArrays: Development of microarrays from Helicobacter pylori cell surface glycome toward immunological and serological studies
127236
Provided by PTCRIS: 127236
Investigador
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
2009 - 2011/12 Structure and function of novel carbohydrate-binding modules and cohesin-dockerin protein complexes from Clostridium thermocellum
69732
Provided by PTCRIS: 69732
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Correia VG; Trovão F; Pinheiro BA; Brás JLA; Silva LM; Nunes C; Coimbra MA; et al. "Mapping Molecular Recognition of ß1,3-1,4-Glucans by a Surface Glycan-Binding Protein from the Human Gut Symbiont Bacteroides ovatus.". Microbiology spectrum (2021): http://europepmc.org/abstract/med/34817219.
    10.1128/spectrum.01826-21
  2. Gomes, Ana Sara; Ramos, Helena; Gomes, Sara; Loureiro, Joana B.; Soares, Joana; Barcherini, Valentina; Monti, Paola; et al. "SLMP53-1 interacts with wild-type and mutant p53 DNA-binding domain and reactivates multiple hotspot mutations". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects 1864 1 (2020): 129440. http://dx.doi.org/10.1016/j.bbagen.2019.129440.
    10.1016/j.bbagen.2019.129440
  3. Pandeirada CO; Maricato É; Ferreira SS; Correia VG; Pinheiro BA; Evtuguin DV; Palma AS; et al. "Structural analysis and potential immunostimulatory activity of Nannochloropsis oculata polysaccharides.". Carbohydrate polymers (2019): http://europepmc.org/abstract/med/31320077.
    10.1016/j.carbpol.2019.06.001
  4. Gomes, Ana; Trovão, Filipa; Andrade Pinheiro, Benedita; Freire, Filipe; Gomes, Sara; Oliveira, Carla; Domingues, Lucília; et al. "The Crystal Structure of the R280K Mutant of Human p53 Explains the Loss of DNA Binding". International Journal of Molecular Sciences 19 4 (2018): 1184. http://dx.doi.org/10.3390/ijms19041184.
    10.3390/ijms19041184
  5. Brás JL; Pinheiro BA; Cameron K; Cuskin F; Viegas A; Najmudin S; Bule P; et al. "Diverse specificity of cellulosome attachment to the bacterial cell surface.". (2016): http://europepmc.org/abstract/med/27924829.
    10.1038/srep38292
  6. Pinheiro, Benedita Andrade; Armada Bras, Joana Luis; Najmudin, Shabir; Carvalho, Ana Luisa; Ferreira, Luis M. A.; Prates, Jose A. M.; Godinho Andrade Fontes, Carlos Mendes. "Flexibility and specificity of the cohesin-dockerin interaction: implications for cellulosome assembly and functionality". Biocatalysis and Biotransformation 30 3 (2012): 309-315.
    10.3109/10242422.2012.681854
  7. Najmudin, Shabir; Pinheiro, Benedita A.; Prates, Jose A. M.; Gilbert, Harry J.; Romao, Maria J.; Fontes, Carlos M. G. A.. "Putting an N-terminal end to the Clostridium thermocellum xylanase Xyn10B story: Crystal structure of the CBM22-1-GH10 modules complexed with xylohexaose". Journal of Structural Biology 172 3 (2010): 353-362.
    10.1016/j.jsb.2010.07.009
  8. Pinheiro, Benedita A.; Gilbert, Harry J.; Sakka, Kazutaka; Sakka, Kazuo; Fernandes, Vania O.; Prates, Jose A. M.; Alves, Victor D.; et al. "Functional insights into the role of novel type I cohesin and dockerin domains from Clostridium thermocellum". Biochemical Journal 424 (2009): 375-384.
    10.1042/BJ20091152
  9. Montanier, Cedric; Money, Victoria A.; Pires, Virginia M. R.; Flint, James E.; Pinheiro, Benedita A.; Goyal, Arun; Prates, Jose A. M.; et al. "The Active Site of a Carbohydrate Esterase Displays Divergent Catalytic and Noncatalytic Binding Functions". Plos Biology 7 3 (2009): 687-697.
    10.1371/journal.pbio.1000071
  10. Montanier, C.; Money, V.A.; Pires, V.M.R.; Flint, J.E.; Pinheiro, B.A.; Goyal, A.; Prates, J.A.M.; et al. "The active site of a carbohydrate esterase displays divergent catalytic and noncatalytic binding functions". PLoS Biology 7 3 (2009): 0687-0697. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-66149093843&partnerID=MN8TOARS.
  11. Najmudin, Shabir; Pinheiro, Benedita A.; Romao, Maria J.; Prates, Jose A. M.; Fontes, Carlos M. G. A.. "Purification, crystallization and crystallographic analysis of Clostridium thermocellum endo-1,4-beta-D-xylanase 10B in complex with xylohexaose". Acta Crystallographica Section F-Structural Biology and Crystallization Communications 64 (2008): 715-718.
    10.1107/S1744309108019696
  12. Pinheiro, Benedita A.; Proctor, Mark R.; Martinez-Fleites, Carlos; Prates, Jose A. M.; Money, Victoria A.; Davies, Gideon J.; Bayer, Edward A.; et al. "The Clostridium cellulolyticum dockerin displays a dual binding mode for its cohesin partner". Journal of Biological Chemistry 283 26 (2008): 18422-18430.
    10.1074/jbc.M801533200
Capítulo de livro
  1. Ribeiro, Diana O.; Pinheiro, Benedita A.; Carvalho, Ana Luísa; Palma, Angelina S.. "Targeting protein-carbohydrate interactions in plant cell-wall biodegradation: the power of carbohydrate microarrays". In Carbohydrate Chemistry, 159-176. Royal Society of Chemistry, 2017.
    10.1039/9781788010641-00159

Outros

Outra produção
  1. Resistance to Aminoglycosides. Glycomics and the Link to the Human Gut Microbiome. 2019. Viviana Gomes Correia; Pinheiro, Benedita; Carvalho, Ana Luísa; Palma, Angelina S.. http://dx.doi.org/10.1002/9781119282549.ch1.
    10.1002/9781119282549.ch1
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2020/12/16 Exploring the human microbiome for novel glyco-selective proteins acting on dietary and host glycans bioSeminars@UCIBIO
UCIBIO (Caparica)
2019 Structure of a novel CBM provides further insight into the bacterial degradation of complex pectic polysaccharides 13th International Meeting of the Portuguese Carbohydrate Group (Glupor 13)
i3S – Instituto de Investigação e Inovação em Saúde, Universidade do Porto (Porto, Portugal)
2017 Structural Basis for the Highly Selective Recognition of Di-Glucosylated N-glycans by Human Malectin in the Endoplasmic Reticulum Glupor12 - 12th International Meeting of Portuguese Carbohydrate Group
Universidade Aveiro (Aveiro, Portugal)
2015 A multi-disciplinary study of the cellulosome assembly. 6th European Conference Chemistry in the Life Sciences
REQUIMTE-FCT-NOVA (Lisbon, Portugal)
2011 Cohesin-dockerin interactions are determinant for efficient cellulose degradation in cellulolyticum bacteria 9th Carbohydrate Bioengineering Meeting
CIISA - FMV/UTL (Lisbon, Portugal)

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado
Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2016 - 2017 Assignment of new roles for malectin-like domains to understand their divergent evolution
Orientador
Bioquímica (Mestrado)
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal

Applied Molecular Biosciences Unit (UCIBIO), Portugal
2014 - 2015 Estudos da organização do celulossoma: caracterização estrutural da proteína CipA por Cristalografia de Raios-X e estudo da diversidade das interacções coesina-doquerina utilizando Microarrays
Orientador
Bioquímica (Mestrado)
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal

Applied Molecular Biosciences Unit (UCIBIO), Portugal
2014 - 2014 MSc Fellow hired under project EXPL/BBB-BEP/0506/2012
Orientador
2014 - 2014 Microarrays de coesina para decifrar o código de montagem do celulossoma a uma escala proteómica
Orientador
Bioquímica
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2014 - 2014 Malectina: Novo processo de purificação
Orientador
Bioquímica (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2013 - 2013 Estudo da Interação coesina-doquerina e o seu papel na formação do celulossoma de C. thermocellum
Orientador
Brazilian interchange program “Ciência sem fronteiras”, (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2012 - 2012 Caracterização bioquímica, por electroforese, de vários módulos proteicos do Celulossoma
Orientador
Bioquímica (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação)
Instituição / Organização
2019 - 2019 Local Organizing Committee (Volunteer) of the European Union Science Olympiad 2019 (EUSO 2019), FCT-NOVA, Caparica, Portugal. (https://www.euso2019.pt/) (2019 - 2019) Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2018 - 2018 UCIBIO Annual Meeting (2018 - 2018) (2018 - 2018)
Encontro (Membro da Comissão Organizadora)
Applied Molecular Biosciences Unit (UCIBIO), Portugal

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento
Nome do evento
Instituição / Organização
2020/11/23 - 2020/11/27 EMBL-EBI Structural Bioinformatics course
Oficina (workshop)
EMBL-EBI Structural Bioinformatics
2017/07/06 - 2017/07/14 EMBO practical course on HTP techniques for protein production and crystallization.
Oficina (workshop)
High-throughput protein production and crystallization, EMBO Course
University of Oxford Research Complex at Harwell, Reino Unido
2016/05/29 - 2016/06/04 Course on theoretical principles of crystallography
Oficina (workshop)
3rd International Summer School of Crystallography
Center for Free-Electron Laser Science, Alemanha
2014/05/26 - 2014/05/30 EMBO course on GLycobiology and Glycochemistry
Oficina (workshop)
Glycobiology and glycochemistry: Applications to human health and disease
NOVA Medical School - CEDOC, Portugal
2007/03/26 - 2007/03/30 Course on Protein Crystallography
Oficina (workshop)
Protein Crystallography
Applied Molecular Biosciences Unit (UCIBIO), Portugal

Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2006/03/11 - 2006/03/15 Bioinformatic course sequence analysis
Oficina (workshop)
SAHPC06: Sequence Analysis using High Performance Computing
Instituto Gulbenkian de Ciência, Portugal

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2020 - Atual Practical classes of Metabolism and Regulation curricular unit, a total of 28 hours (Licenciatura) Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2019 - 2019 Practical classes of Metabolism and Regulation curricular unit, a total of 25 hours Biologia Celular e Molecular; Química Aplicada (Licenciatura) Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2015/07/13 - 2015/07/19 International hands-on Course ISBio2015: Integrative Structural Biology tools for the study of protein-ligand interactions. INSTRUCT/COST supported training course. (co-organization and teaching; supervisor of the Isothermal Titration Calorimetry module). (Outros) Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2014/10/06 - 2014/10/12 Course ISBio2014: Integrative Structural Biology tools for the study of protein-ligand interactions. INSTRUCT/COST supported training course (co-organization and teaching in the Isothermal titration Calorimetry module). (Outros) Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2014 - 2014 Practical crystallization classes of the curricular unit Structural Biochemistry Bioquímica (Mestrado integrado) Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2014 - 2014 Practical crystallization classes of the curricular unit Fundaments of Structural Biochemistry Bioquímica (Licenciatura) Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2010 - 2014 Practical Classes of Metabolism and Regulation curricular unit, 15 hours per year Bioquímica (Licenciatura) Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal

Membro de associação

Nome da associação Tipo de participação
2015 - Atual Sociedade Portuguesa de Química Membro
2015 - Atual Portuguese Carbohydrate Group Membro

Tutoria

Tópico Nome do aluno
2017 - Atual Molecular Biology / Protein Biochemistry and Crystallography Filipa Trovão
2015 - Atual Molecular Biology / Protein Biochemistry and Crystallography Raquel Costa
2016 - 2019 Molecular Biology / Protein Biochemistry and Crystallography Viviana Correia
2016 - 2019 Molecular Biology / Protein Biochemistry and Crystallography Diana Ribeiro
Distinções

Prémio

2014 Best Poster Award at the EMBO course "Glycobiology and glycochemistry: Applications to human health and disease"
NOVA Medical School - CEDOC, Portugal