Luana Ferreira Afonso (B61E-1382-AC71)

Curriculum Vitae

Luana Ferreira Afonso

Luana Afonso has a degree in Bioprocess Engineering (2017) and a Master's in Biological Sciences (2019). She is currently doing a Ph.D. in Biosciences at the University of Coimbra in a project related to network biology and artificial intelligence in drug discovery. Luana has experience with bioinformatics, such as genomics and transcriptomics analysis and data science projects.

Identificação

Identificação pessoal

Nome completo: Luana Ferreira Afonso

Nomes de citação

Afonso, Luana
Afonso LF

Identificadores de autor

Ciência ID: B61E-1382-AC71
ORCID iD: 0000-0002-8895-3011

Endereços de correio eletrónico

luana.afonso213@gmail.com (Pessoal)

Telefones

Telemóvel

(+351) 915900287 (Pessoal)

Websites

https://www.linkedin.com/in/luana-ferreira-afonso/ (Rede social)
https://github.com/luana-afonso (Pessoal)

Domínios de atuação

Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática
Ciências da Engenharia e Tecnologias - Biotecnologia Industrial - Biotecnologia Industrial
Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Molecular

Idiomas

Idioma	Conversação	Leitura	Escrita	Compreensão	Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C2)

Formação

	Grau	Classificação
2023/02/01 - 2027/02/01 Em curso	Biociências (Doutoramento) Universidade de Coimbra, Portugal
2017/08/01 - 2019/11/12 Concluído	Biological Sciences (Biophysics) (Master) Especialização em Molecular and Structural Biology and Cell Biology Universidade Federal do Rio de Janeiro Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, Brasil "Transcriptomic Analysis of Gonads of the Invasive Golden Mussel Limnoperna fortunei and Identification of Potential Genes of its Sexual Development" (TESE/DISSERTAÇÃO)	19
2010/08/16 - 2017/08/16 Concluído	Bioprocess Engineering (Bachelor) Especialização em Biotechnology and Industrial Ecology Universidade Federal do Rio de Janeiro Escola de Química, Brasil "Evaluation of Physical-Chemical and Biological Treatment Technologies for Wastewater Reuse in the Biodiesel Industry" (TESE/DISSERTAÇÃO)	14

Percurso profissional

Ciência

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2014/08/01 - 2016/08/01	Assistente de Investigação (carreira) (Investigação)	Universidade Federal do Rio de Janeiro Escola de Química, Brasil
	Universidade Federal do Rio de Janeiro Escola de Química, Brasil
2013/07/01 - 2013/12/01	Investigador visitante (Investigação)	University of Hull, Reino Unido
	University of Hull Department of Chemistry and Biochemistry, Reino Unido
2011/08/01 - 2012/08/01	Assistente de Investigação (carreira) (Investigação)	Universidade Federal do Rio de Janeiro Instituto de Química, Brasil
	Laboratório de Catálise em Química Ambiental (LaCQuA), Brasil

Docência no Ensino Superior

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2018/08/09 - 2018/12/06	Assistente (Docente Universitário)	Universidade Federal do Rio de Janeiro Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, Brasil
	Universidade Federal do Rio de Janeiro Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, Brasil

Outros

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2023/02/01 - Atual	PhD Scholarship - 2022.12975.BD	Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
	Universidade de Coimbra, Portugal (...)
2017/01/01 - 2022/12/23	Bioinformatics Scientist	Bio Bureau Biotecnologia, Brasil

2016/10/17 - 2017/01/30	Supervised internship	Universidade Federal do Rio de Janeiro Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, Brasil
	Laboratório de Biologia Molecular Ambiental (BioMA), Brasil

Projetos

Bolsa

	Designação	Financiadores
2023/02/01 - 2027/01/31	Combining network biology and artificial intelligence to improve cancer drugs synergy predictions 2022.12975.BD Bolseiro de Doutoramento University of Coimbra Department of Botanics, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2012/02/01 - 2012/08/01	Synthesis and Characterization of Metal-Organic Hybrid Structures n/a Bolseiro de Iniciação Científica Universidade Federal do Rio de Janeiro Instituto de Química, Brasil Laboratório de Catálise em Química Ambiental (LaCQuA), Brasil	Universidade Federal do Rio de Janeiro Fundação COPPETEC Concluído

Projeto

	Designação	Financiadores
2020/05 - 2022/12	Control of golden mussel infestation through genetic induction of infertility - Phase 3 PD-10381-0419/2019 Investigador Universidade Federal do Rio de Janeiro, Brasil Bio Bureau Biotecnologia, Brasil	Agência Nacional de Energia Elétrica Em curso
2018/07/01 - 2020/06/01	Control of golden mussel infestation through genetic induction of infertility - Phase 2 PD-07514-0118/2018 Investigador Universidade Federal do Rio de Janeiro, Brasil Bio Bureau Biotecnologia, Brasil SENAI Rio, Brasil	Agência Nacional de Energia Elétrica China Three Gorges Concluído
2018/04/01 - 2019/05/01	Control of golden mussel infestation through genetic induction of infertility PD-07514-0002/2017 Investigador Universidade Federal do Rio de Janeiro, Brasil Bio Bureau Biotecnologia, Brasil	Agência Nacional de Energia Elétrica Concluído
2014/06/01 - 2016/06/30	Applied Research to Wastewater Treatment of Biodiesel Production Fundação Coppetec - Processo 2012/00323-1 Número SAP N4600.424892 Termo de Cooperação 0050.0082753.13.9 Bolseiro de Investigação Universidade Federal do Rio de Janeiro Escola de Química, Brasil Laboratório de Tecnologia Ambiental (LTA), Brasil	Agência Nacional do Petróleo, Gás Natural e Biocombustíveis (ANP) Petróleo Brasileiro S.A. Concluído

Produções

Publicações

Artigo em revista	Sales, Adones; Afonso, Luana; Americo, Juliana Alves; de Freitas Rebelo, Mauro; Pastore, Glaucia Maria; Bicas, Juliano Lemos. Autor correspondente: Sales, Adones. "Monoterpene biotransformation by Colletotrichum species". Biotechnology Letters 40 3 (2017): 561-567. http://dx.doi.org/10.1007/s10529-017-2503-2. 10.1007/s10529-017-2503-2
Poster em conferência	Afonso, Luana; Americo, Juliana Alves; Soares-Souza, Giordano Bruno; Torres, André Luiz Quintanilha; Wajsenzon, Inês Julia Ribas; de Freitas Rebelo, Mauro. "Transcriptomic Analysis of Male and Female Gonads of the Invasive Golden Mussel Limnoperna fortunei". Trabalho apresentado em 65th Brazilian Congress of Genetics, 2019.
Pré-impressão	Juliana Alves Americo; Luana Tatiana Albuquerque Guerreiro; Tayssa Santos Gondim; Yasmin Rodrigues da Cunha; Inês Julia Ribas Wajsenzon; Luana Ferreira Afonso; Giordano Bruno Soares-Souza; Mauro de Freitas Rebelo. "Identification of suitable reference genes for qPCR expression analysis on the gonads of the invasive mussel Limnoperna fortunei". 2019. https://doi.org/10.1101/835447. 10.1101/835447 Luana Ferreira Afonso; Juliana Alves Americo; Giordano Bruno Soares-Souza; André Luiz Quintanilha Torres; Inês Julia Ribas Wajsenzon; Mauro de Freitas Rebelo. "Gonad transcriptome of golden musselLimnoperna fortuneireveals potential sex differentiation genes". 2019. https://doi.org/10.1101/818757. 10.1101/818757
Resumo em conferência	Afonso, Luana; do Amaral, Danielle Luciana Aurora Soares; Uliano-Silva, Marcela; Torres, André Luiz Quintanilha; Simas, Daniel Reis; de Freitas Rebelo, Mauro. "First Draft Genome of a Brazilian Atlantic Rainforest Burseraceae reveals commercially-promising genes involved in terpenic oleoresins synthesis". Trabalho apresentado em 7th Brazilian Conference on Natural Product, Rio de Janeiro, 2019. Publicado

Outros

Outra produção

Identification of suitable reference genes for qPCR expression analysis on the gonads of the invasive mussel Limnoperna fortunei. The study identifies reference genes to perform gene expression analysis in the gonads of the invasive golden mussel (Limnoperna fortunei) in South America. The stability of five candidate genes (RPS3, EF1a, HS6ST3B, NAPA, and UBE2F) in the gonads of male and female mussels was evaluated using two algorithms: Bestkeeper and Genorm.. 2019. Americo, Juliana Alves; Guerreiro, Luana Tatiana Albuquerque; Gondim, Tayssa Santos; da Cunha, Yasmin Rodrigues; Wajsenzon, Inês Julia Ribas; Afonso, Luana; Soares-Souza, Giordano Bruno; de Freitas Rebelo, Mauro.
Gonad transcriptome of golden mussel Limnoperna fortunei reveals potential sex differentiation genes. The study performs transcriptomic analysis of male and female golden mussel gonads and reveals differentially expressed transcripts in the species. In addition, families of genes relevant to sexual development in various organisms, from mammals to invertebrates, such as Dmrt ('doublesex and mab3-related-transcription factor'), Sox ('SRY-related HMG-box'), and Fox (' forkhead box') were identified.. 2019. Afonso, Luana; Americo, Juliana Alves; Soares-Souza, Giordano Bruno; Torres, André Luiz Quintanilha; Wajsenzon, Inês Julia Ribas; de Freitas Rebelo, Mauro.
First Draft Genome of a Brazilian Atlantic Rainforest Burseraceae reveals commercially-promising genes involved in terpenic oleoresins synthesis. This study presents the first version of the genome of a tree endemic to the Brazilian Atlantic Forest, Protium kleinii Cuatrec., the first characterization of its genes involved in terpene synthesis pathways and the composition of the volatile fraction of the resin of this plant.. 2018. Afonso, Luana; do Amaral, Danielle Luciana Aurora Soares; Uliano-Silva, Marcela; Torres, André Luiz Quintanilha; Simas, Daniel Reis; de Freitas Rebelo, Mauro. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/467720v1.
A sustainable synthetic biology approach for the control of the invasive golden mussel (Limnoperna fortunei). The paper discusses the technical and economic feasibility of using a synthetic biology-based approach to control the invasive mussel Limnoperna fortunei in South American rivers and reservoirs.. 2018. de Freitas Rebelo, Mauro; Afonso, Luana; Americo, Juliana Alves; da Silva, Lucas; Neto, José Lavaquial Biosca; Dondero, Francesco; Zhang, Qiaoying. https://peerj.com/preprints/27164/.

Atividades

Apresentação oral de trabalho

	Título da apresentação	Nome do evento Anfitrião (Local do evento)
2019/07/03	A sustainable synthetic biology approach for the control of the invasive golden mussel (Limnoperna fortunei)	8th International conference on Energy and Sustainability Wessex University (Coimbra, Portugal)

Orientação

	Título / Tema Papel desempenhado	Curso (Tipo) Instituição / Organização
2024/02 - 2024/06	Uma abordagem de Random Forest para a previsão de resíduos de ligação em proteínas virais baseado em informação de sequência Coorientador	Projeto de Biologia Aplicada II - Licenciatura em Biologia (Licenciatura/Bacharelato) Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2024/02 - 2024/06	Exploration of Deep Learning Architectures to Predict Binding Residues in Viral Proteins Based on Sequence Information Coorientador	Projeto de Biologia Aplicada II - Licenciatura em Biologia (Licenciatura/Bacharelato) Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2024/02 - 2024/06	Exploração e utilização de metodologias de Inteligência Artifical na previsão de interações entre resíduos de proteínas virais e ligandos Coorientador	Projeto de Biologia Aplicada II - Licenciatura em Biologia (Licenciatura/Bacharelato) Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2023/02 - 2023/06	Uma abordagem de Extreme Gradient Boosting para a previsão de resíduos de ligação em proteínas virais baseado em informação de sequência Coorientador	Projeto de Biologia Aplicada II - Licenciatura em Biologia (Licenciatura/Bacharelato) Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2023/02 - 2023/06	Uma abordagem de Multi-Layer Perceptron para a previsão de resíduos de ligação em proteínas virais baseado em informação de sequência Coorientador	Projeto de Biologia Aplicada II - Licenciatura em Biologia (Licenciatura/Bacharelato) Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal

Organização de evento

	Nome do evento Tipo de evento (Tipo de participação)	Instituição / Organização
2025/12/16 - 2025/12/16	Organization of the 4th 3D-BioInfo-PT Annual Meeting. (2025/12/16 - 2025/12/16) Conferência (Membro da Comissão Organizadora)	Universidade de Coimbra, Portugal
2024/11/26 - 2024/11/28	Organization of the BioExcel workshop (hybrid course, on-site and online). (2024/11/26 - 2024/11/28) Oficina (workshop) (Membro da Comissão Organizadora)	Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2023/12/19 - 2023/12/19	Organization of the 2023 3D-BioInfo-PT Intermediate Workshop. (2023/12/19 - 2023/12/19) Oficina (workshop) (Membro da Comissão Organizadora)	Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2015/01/19 - 2015/01/20	Assistance in organizing the event "Summer School in Environmental Engineering." (2015/01/19 - 2015/01/27) Outro (Coorganizador)	Universidade Federal do Rio de Janeiro Escola Politécnica, Brasil Universidade Federal do Rio de Janeiro Escola de Química Programa de Engenharia Ambiental, Brasil

Participação em evento

	Descrição da atividade Tipo de evento	Nome do evento Instituição / Organização
2024/12/20 - 2024/12/20	Poster presentation of the project "Combining network biology and artificial intelligence to improve cancer drugs synergy predictions" and participation at the 3rd Annual Meeting 3D-Bioinfo-PT. Conferência	3rd Annual Meeting 3D-Bioinfo-PT Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2023/12/19 - 2023/12/19	Participation in the intermediate workshops “Machine learning demystified” and "Protein-ligand docking and library preparation for virtual screening". Oficina (workshop)	2023 3D-BioInfo-PT Intermediate Workshop Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2021/09/22 - 2021/09/24	Participation in Workshop: Metagenomics in the Study of Microbial Communities. Conferência	2nd Women in Bioinformatics & Data Science LA Conference
2021/03/01 - 2021/06/11	Online course entitled "Fundamentals of Python for Data Analysis" with theoretical classes and practical exercises. Content: python for data analysis, file handling, object-oriented programming, databases, machine learning. Outro	Data Science Academy, Brasil
2020/02/02 - 2020/12/07	Participation in an entrepreneurship program lasting ten months, with weekly workshops, consulting, and business plan development for a biotechnology company in monitoring aquatic biodiversity from environmental DNA. Outro	Shell Iniciativa Jovem 2020 Shell Iniciativa Jovem, Brasil
2019/03/16 - 2019/03/22	Course attendance with theoretical and practical classes and taking a test to complete the course. Content: Introduction to Linux and R, R for bioinformatics, workflow for transcriptome analysis. Outro	Transcriptome and MicroRNA Analysis Laboratório Nacional de Computação Científica, Brasil
2018/12/03 - 2019	Participation in the 'Program for Acceleration and Internationalization of High Impact Businesses of the Bioeconomy Macrosegment' of Sebrae (Brazilian Service of Support to Micro and Small Enterprises) with a project to develop a platform for automatic curation of scientific articles, using knowledge of bioinformatics and artificial intelligence domains. Outro	Prointer Bio 2018 Serviço Brasileiro de Apoio às Micro e Pequenas Empresas, Brasil
2018/10/30 - 2018/11/01	Attendence on lectures, poster presentations, and mini-courses on bioinformatics and computational biology Courses: Bioinformatics tools for high-performance sequencing. Metagenome analysis using the Galaxy platform. Simpósio	11th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB 2018) Sociedade Brasileira de Computacao, Brasil Universidade Federal Fluminense, Brasil Universidade Federal Fluminense Instituto de Computação, Brasil
2017/10/02 - 2017/10/06	Participation in the event with the work "Evaluation of treatment technologies for wastewater reuse in the biodiesel industry". Congresso	29th Congress ABES/FENASAN 2017 Brazilian Association of Water, Sanitation and Environmental Engineering (ABES), Brasil
2014/09/15 - 2014/09/18	Participation in the "Professional of the Future" Program. Attendance in lectures and project presentations from the oil & gas and biofuels sector. Conferência	Rio Oil & Gas 2014 Instituto Brasileiro de Petróleo e Gás (IBP), Brasil

Júri de grau académico

	Tema Tipo de participação	Nome do candidato (Tipo de grau) Instituição / Organização
2019/08/06	Participation in the evaluation panel of the final project to conclude a bachelor's degree in Chemical Engineering, entitled 'Study of the Use of Blockchain Technology for Tracking Production Chains of Natural Products.' Arguente	Bárbara Shorchit Nogueira (Outro) Universidade Federal do Rio de Janeiro Escola de Química, Brasil

Curso / Disciplina lecionado

	Disciplina	Curso (Tipo)	Instituição / Organização
2025/09/02 - 2025/09/13	Tutoring of the project "Machine/Deep-Learning applications in structural biology" for graduate students.	Summer School in Computational Biology 2025 (Outros)	Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2024/09/02 - 2024/09/13	Tutoring of the project "Machine/Deep-Learning applications in structural biology" for graduate students.	Summer School in Computational Biology 2024 (Outros)	Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida, Portugal
2023/09/08 - 2023/09/08	Presentation of the workshop "Evaluation of machine learning algorithms to predict protein interacting residues".	Summer School in Computational Biology 2023	Universidade de Coimbra, Portugal
2023/06/15 - 2023/06/16	Presentation of the lecture "Deep Learning for protein sequence and structure" as part of the 3D-BioInfo-PT.		Universidade de Coimbra, Portugal
2023/03/16 - 2023/03/18	Presentation of the lecture "The importance of machine learning in structural biology" as part of the XII Edition of the Bioinformatics Open Days event.		Universidade do Minho Biblioteca Pública de Braga, Portugal
2018/08/09 - 2018/12/06	Biodiversity	Biophysics (Bachelor)	Universidade Federal do Rio de Janeiro Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, Brasil

Entrevista / Programa (rádio / tv)

	Programa	Tema
2020/03/11 - 2020/03/11	Participation as a speaker at the 3rd Edition of the "Incredible Women" event on the theme of Technology, Innovation and Sustainability at Globosat in Rio de Janeiro, Brazil.	Tecnologia, Inovação e Sustentabilidade

Distinções

Outra distinção

2019	English volunteer teacher Cidadão Pró-Mundo, Brasil
2017	Master's degree scholarship Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, Brasil Universidade Federal do Rio de Janeiro Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, Brasil
2012	Visiting Undergraduate Student Scholarship Ministério da Ciência Tecnologia e Inovações, Brasil Ministério da Educação, Brasil Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, Brasil Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, Brasil
2001	Full Academic Merit Scholarship Centro Educacional da Lagoa, Brasil