Jorge Manuel Campos Marques (B519-A493-9644)

Curriculum Vitae

Jorge Manuel Campos Marques

Jorge Manuel Campos Marques é licenciado em Química pela Universidade de Coimbra (1991) e concluiu o Doutoramento em Química (especialidade de Química Teórica) em 1995 pela mesma universidade. É Professor Auxiliar no Departamento de Química da Universidade de Coimbra, onde tem lecionado inúmeras disciplinas. Criou e leciona em colaboração um curso de ensino a distância não conferente de grau. Orientou ou coorientou vários estudantes, incluindo trabalhos de pós-doutoramento, teses de doutoramento e mestrado, e estágios de final de licenciatura. Publicou 78 artigos em revistas científicas e possui 3 capítulos em livros. Desenvolveu vários programas de computador de interesse científico, tendo sido registado um deles como objeto de propriedade intelectual em coautoria. Organizou 18 eventos. Foi investigador responsável em 2 projetos financiados pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia e participa ou participou como membro de equipa em muitos outros. Os seus interesses científicos inserem-se na área da Química, com especial ênfase na Química Computacional. Atualmente a sua investigação centra-se em três pontos principais: (i) modelação e simulação de sistemas químicos com interesse ambiental e/ou relevantes para a saúde humana; (ii) estrutura, energética e termodinâmica de agregados atómicos, moleculares e coloidais; (iii) desenvolvimento de ferramentas computacionais de interesse científico e didático.

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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo: Jorge Manuel Campos Marques

Nomes de citação

Marques, J. M. C.
Marques, Jorge M. C.

Identificadores de autor

Ciência ID: B519-A493-9644
ORCID iD: 0000-0002-8124-3156

Websites

http://apps.uc.pt/mypage/faculty/qtmarque/en (Profissional)

Domínios de atuação

Ciências Exatas - Química

Idiomas

Idioma	Conversação	Leitura	Escrita	Compreensão
Português (Idioma materno)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)
Espanhol; Castelhano	Utilizador independente (B1)	Utilizador independente (B1)	Utilizador elementar (A1)	Utilizador proficiente (C1)
Italiano	Utilizador elementar (A1)	Utilizador independente (B1)	Utilizador elementar (A1)	Utilizador independente (B1)
Inglês	Utilizador independente (B1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador independente (B1)
Francês	Utilizador independente (B1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador independente (B1)	Utilizador independente (B1)

Formação

	Grau	Classificação
1991 - 1995 Concluído	Doutoramento em Química (Doutoramento) Especialização em Química Teórica Universidade de Coimbra, Portugal "Colisões moleculares em sistemas reactivos e o problema da energia de ponto-zero em dinâmica clássica" (TESE/DISSERTAÇÃO)	Distinção e Louvor
1987 - 1991 Concluído	Química (Licenciatura) Especialização em Ramo Científico Universidade de Coimbra, Portugal "Estudos teóricos de dinâmica molecular: o sistema O+OH" (TESE/DISSERTAÇÃO)	16 valores

Percurso profissional

Docência no Ensino Superior

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2023/12/17 - Atual	Professor Associado (Docente Universitário)	Universidade de Coimbra, Portugal
	Universidade de Coimbra Departamento de Química, Portugal
2000/04/17 - 2023/12/16	Professor Auxiliar (Docente Universitário)	Universidade de Coimbra, Portugal
	Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
1997/05 - 2000/04	Assistente (Docente Universitário)	Universidade de Coimbra, Portugal
	Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
1995 - 1996/05	Assistente Estagiário (Docente Universitário)	Universidade de Coimbra, Portugal
	Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
1991 - 1991	Monitor (Docente Universitário)	Universidade de Coimbra, Portugal

Projetos

Bolsa

	Designação	Financiadores
2010/05 - 2013/10	High-Performance Computing over the Large-Scale Internet 102212 Provided by PTCRIS: 102212	Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
2010/04 - 2013/07	Interactions in polyelectrolyte complexes: simulation and experiment 101442 Provided by PTCRIS: 101442	Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
2009/01 - 2012/06	Theoretical and computational studies of dissociation reactions occurring in hyperthermal conditions: from small ionic systems to clusters Provided by PTCRIS: 69422 69422	Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
2005/11 - 2008/10	Theoretical environmental chemistry 60261 Provided by PTCRIS: 60261	Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
2005/07 - 2008/09	Development of New Evolutionary Computation Approaches for Applications in Theoretical Chemistry Provided by PTCRIS: 55951 55951	Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
2005/06 - 2006/12	Quantum chemistry within the Born-Oppenheimer aproximation and beyond: From first principles to predicting capability 60501 Provided by PTCRIS: 60501	Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.

Projeto

	Designação	Financiadores
2021/01/01 - 2021/06/30	Microsolvation of ions in atomic and molecular solvents CPCA_A2_7083_2020 Investigador responsável	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Fundacao para a Computacao Cientifica Nacional Em curso
2017/04/01 - 2020/06/30	Como PROTEGER EM SIMULTÂNEO ÁGUA, SOLOS E PRODUÇÃO DE PLANTAS WaterJPI/0006/2016 Universidade de Coimbra, Portugal Universidade de Coimbra Centro de Química de Coimbra, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2016/03 - 2018/07	Study of the energetic landscapes of atomic clusters by applying novel bio-inspired algorithms 2984/DRI 88887.125439/2016-00/CAPES Investigador responsável	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído

Produções

Publicações

Artigo em conferência	Pereira, Francisco B.; Marques, Jorge M. C.. "Towards an effective evolutionary approach for binary Lennard-Jones clusters". Trabalho apresentado em 2010 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), Barcelona, Spain, 2010. Publicado • 10.1109/CEC.2010.5586220 Pereira, Francisco B.; Marques, Jorge M.C.. "A Hybrid Evolutionary Algorithm for Cluster Geometry Optimization: The Importance of Structural Elitism". Trabalho apresentado em 2008 8th International Conference on Hybrid Intelligent Systems (HIS), Barcelona, Spain, 2008. Publicado • 10.1109/HIS.2008.98 Pereira, Francisco B.; Marques, Jorge M.C.. "A Self-Adaptive Evolutionary Algorithm for Cluster Geometry Optimization". Trabalho apresentado em 2008 8th International Conference on Hybrid Intelligent Systems (HIS), Barcelona, Spain, 2008. Publicado • 10.1109/HIS.2008.96 Pereira, F.B.; Marques, J.M.C.; Leitão, T.; Tavares, J.. "Analysis of locality in hybrid evolutionary cluster optimization". 2006.
Artigo em revista	Jorge M. C. Marques; Frederico V. Prudente. "Structure and Thermodynamics of Li+Arn Clusters beyond the Second Solvation Shell". Symmetry (2024): https://doi.org/10.3390/sym16020229. 10.3390/sym16020229 Pedro M. C. Matias; Joana F. M. Sousa; Eva F. Bernardino; João P. Vareda; Luisa Durães; Paulo E. Abreu; Jorge M. C. Marques; Dina Murtinho; Artur J. M. Valente. "Reduced Chitosan as a Strategy for Removing Copper Ions from Water". Molecules (2023): https://doi.org/10.3390/molecules28104110. 10.3390/molecules28104110 J. R. C. Santos; P. E. Abreu; J. M. C. Marques. "Aggregation patterns of curcumin and piperine mixtures in different polar media". Physical Chemistry Chemical Physics (2023): https://doi.org/10.1039/D3CP00096F. 10.1039/D3CP00096F Jorge M. C. Marques; Frederico V. Prudente; Fernando Pirani. "Intermolecular Forces: From Atoms and Molecules to Nanostructures". Molecules (2022): https://doi.org/10.3390/molecules27103072. 10.3390/molecules27103072 Fangaia, Sónia I.G.; Nicolau, Pedro M.G.; Guerra, Fernando A.D.R.A.; Rodrigo, M. Melia; Ribeiro, Ana C.F.; Valente, A.J.M.; Santos, Joana R.C.; Marques, Jorge M.C.; Esteso, Miguel A.. "The behaviour of aluminium ions in artificial saliva and the impact of the chlorhexidine digluconate on its removal - A diffusion model". Journal of Molecular Liquids 353 (2022): 118749. http://dx.doi.org/10.1016/j.molliq.2022.118749. 10.1016/j.molliq.2022.118749 Frederico V. Prudente; Jorge M. C. Marques. "Thermodynamic Signatures of Structural Transitions and Dissociation of Charged Colloidal Clusters: A Parallel Tempering Monte Carlo Study". Molecules 27 8 (2022): 2581-2581. https://doi.org/10.3390/molecules27082581. 10.3390/molecules27082581 Silva, Camila V.M.; Santos, Joana R.C.; Melia Rodrigo, M.; Ribeiro, Ana C.F.; Valente, Artur J.M.; Abreu, Paulo E.; Marques, Jorge M.C.; Esteso, Miguel A.. "On the transport and dynamics of disaccharides: H-bonding effect in sucrose and sucralose". Journal of Molecular Liquids 345 (2022): 117855. http://dx.doi.org/10.1016/j.molliq.2021.117855. Publicado • 10.1016/j.molliq.2021.117855 Santos, J.R.C.; Abreu, P.E.; Marques, J.M.C.. "Calculation of diffusion coefficients of pesticides by employing molecular dynamics simulations". Journal of Molecular Liquids 340 (2021): 117106. http://dx.doi.org/10.1016/j.molliq.2021.117106. 10.1016/j.molliq.2021.117106 Andrade, M. D. de; Jesus, W. S.; Prudente, F. V.; Marques, J. M. C.. "On the stabilization of the Li+-Li+ interaction by microsolvation with rare-gas atoms". Theoretical Chemistry Accounts 140 6 (2021): http://dx.doi.org/10.1007/s00214-021-02763-8. 10.1007/s00214-021-02763-8 M. Melia Rodrigo; Ana C.F. Ribeiro; Gabriela Moço; Ana M.T.D.P.V. Cabral; Artur J.M. Valente; Miguel A. Esteso; Paulo E. Abreu; Joana R.C. Santos; Jorge M.C. Marques. "Effect of sodium chloride on the behaviour of the lactose in aqueous solution studied from diffusion experiments and molecular dynamics simulations". The Journal of Chemical Thermodynamics 155 (2021): 106370-106370. https://doi.org/10.1016/j.jct.2020.106370. 10.1016/j.jct.2020.106370 W. S. Jesus; F. V. Prudente; J. M. C. Marques; F. B. Pereira. "Modeling microsolvation clusters with electronic-structure calculations guided by analytical potentials and predictive machine learning techniques". Physical Chemistry Chemical Physics (2021): https://doi.org/10.1039/D0CP05200K. 10.1039/D0CP05200K C. F. O. Correia; J. M. C. Marques; M. Bartolomei; F. Pirani; E. Maçôas; J. M. G. Martinho. "Aggregation of coronene: the effect of carboxyl and amine functional groups". Physical Chemistry Chemical Physics (2021): https://doi.org/10.1039/D0CP05447J. 10.1039/D0CP05447J Marques, Jorge M. C.; Martínez-Núñez, Emilio; Hase, William L.. "Editorial: Application of Optimization Algorithms in Chemistry". Frontiers in Chemistry 8 (2020): http://dx.doi.org/10.3389/fchem.2020.00198. 10.3389/fchem.2020.00198 M. N. Guimarães; M. M. de Almeida; J. M. C. Marques; F. V. Prudente; Guimarães, Marcilio Nunes; Melo de Almeida, Marcos; Marques, Jorge; Prudente, Frederico Vasconcellos. "A thermodynamic view on the microsolvation of ions by rare gas: application to Li+ with argon". Physical Chemistry Chemical Physics (2020): https://doi.org/10.1039/D0CP01283A. 10.1039/D0CP01283A Wanderson S. Jesus; Jorge M. C. Marques; Frederico V. Prudente; Francisco B. Pereira. "Exploring the first-shell and second-shell structures arising in the microsolvation of Li + by rare gases". International Journal of Quantum Chemistry (2019): e25860-e25860. https://doi.org/10.1002/qua.25860. 10.1002/qua.25860 Wanderson S. Jesus; Frederico V. Prudente; Jorge M. C. Marques. "Microsolvation of Li+ in a Mixture of Argon and Krypton: Unveiling the Most Stable Structures of the Clusters". The Journal of Physical Chemistry A (2019): https://doi.org/10.1021/acs.jpca.9b00960. 10.1021/acs.jpca.9b00960 F. G. A. Estrada; J. M. C. Marques; A. J. M. Valente. "Molecular Dynamics Insights for Screening the Ability of Polymers to Remove Pesticides from Water". ChemistryOpen 8 4 (2019): 438-446. https://doi.org/10.1002/open.201800293. 10.1002/open.201800293 M. Bartolomei; F. Pirani; J. M. C. Marques. "Aggregation enhancement of coronene molecules by seeding with alkali-metal ions". Physical Chemistry Chemical Physics 21 29 (2019): 16005-16016. https://doi.org/10.1039/C9CP02658D. 10.1039/C9CP02658D Pereira, Jorge C; Marques, Jorge M C; Wlodarczyk, Elzbieta; Fenert, Bozena; Zarzycki, Pawel K. "Toward the Understanding of Micro-TLC Behavior of Various Dyes on Silica and Cellulose Stationary Phases Using A Data Mining Approach". Journal of AOAC INTERNATIONAL 101 5 (2018): 1437-1447. http://dx.doi.org/10.5740/jaoacint.18-0061. 10.5740/jaoacint.18-0061 Rodrigues, S.G.; Pais, A.A.C.C.; Marques, J.M.C.. "Two-dimensional clusters from the self-assembly of oppositely charged particles". Chemical Physics Letters 706 (2018): 586-593. http://dx.doi.org/10.1016/j.cplett.2018.07.003. 10.1016/j.cplett.2018.07.003 Frederico V. Prudente; Jorge M. C. Marques; Francisco B. Pereira. "Correction: Solvation of Li+ by argon: how important are three-body forces?". Physical Chemistry Chemical Physics (2018): https://doi.org/10.1039/C8CP91778G. 10.1039/C8CP91778G Rodríguez-Fernández, Roberto; Pereira, Francisco B.; Marques, Jorge M.C.; Martínez-Núñez, Emilio; Vázquez, Saulo A.. "GAFit: A general-purpose, user-friendly program for fitting potential energy surfaces". Computer Physics Communications 217 (2017): 89-98. http://dx.doi.org/10.1016/j.cpc.2017.02.008. 10.1016/j.cpc.2017.02.008 Bartolomei, M.; Pirani, F.; Marques, J. M. C.. "Modeling Coronene Nanostructures: Analytical Potential, Stable Configurations and Ab Initio Energies". The Journal of Physical Chemistry C 121 26 (2017): 14330-14338. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcc.7b03691. 10.1021/acs.jpcc.7b03691 Cruz, S.M.A.; Marques, J.M.C.. "Low-energy structures of clusters modeled with competing repulsive and either long- or moderate short-range attractive interactions". Computational and Theoretical Chemistry 1107 (2017): 82-93. http://dx.doi.org/10.1016/j.comptc.2017.01.035. 10.1016/j.comptc.2017.01.035 J. M. C. Marques; F. B. Pereira; J. L. Llanio-Trujillo; P. E. Abreu; M. Albertí; A. Aguilar; F. Pirani; M. Bartolomei. "A global optimization perspective on molecular clusters". Philosophical Transactions of the Royal Society A: Mathematical, Physical and Engineering Sciences 375 2092 (2017): 20160198-20160198. https://doi.org/10.1098/rsta.2016.0198. 10.1098/rsta.2016.0198 Frederico V. Prudente; Jorge M. C. Marques; Francisco B. Pereira. "Solvation of Li+ by argon: how important are three-body forces?". Physical Chemistry Chemical Physics 19 37 (2017): 25707-25716. https://doi.org/10.1039/C7CP04549B. 10.1039/C7CP04549B Cruz, S.M.A.; Marques, J.M.C.. "A Detailed Study on the Low-Energy Structures of Charged Colloidal Clusters". Journal of Physical Chemistry B 120 13 (2016): 3455-3466. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84964354404&partnerID=MN8TOARS. 10.1021/acs.jpcb.6b01233 Cruz, S.M.A.; Marques, J.M.C.; Pereira, F.B.. "Improved evolutionary algorithm for the global optimization of clusters with competing attractive and repulsive interactions". Journal of Chemical Physics 145 15 (2016): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84992170268&partnerID=MN8TOARS. 10.1063/1.4964780 J.M.C. Marques; F.B. Pereira. "Colloidal clusters from a global optimization perspective". Journal of Molecular Liquids 210 (2015): 51-63. https://doi.org/10.1016%2Fj.molliq.2015.03.009. 10.1016/j.molliq.2015.03.009 Bartolomei, M.; Pirani, F.; Marques, J.M.C.. "Low-energy structures of benzene clusters with a novel accurate potential surface". Journal of Computational Chemistry 36 31 (2015): 2291-2301. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84945245663&partnerID=MN8TOARS. 10.1002/jcc.24201 Albertí, M.; Aguilar, A.; Marques, J.M.C.. "Potassium ion surrounded by aromatic rings: Molecular dynamics of the first solvation shell". European Physical Journal D 68 12 (2014): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84916613087&partnerID=MN8TOARS. 10.1140/epjd/e2014-50579-2 Zanvettor, C.M.A.; Marques, J.M.C.. "On the lowest-energy structure of binary Zn-Cd nanoparticles: Size and composition". Chemical Physics Letters 608 (2014): 373-379. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84903691517&partnerID=MN8TOARS. 10.1016/j.cplett.2014.06.022 Marques, Jorge M. C.; Pereira, Francisco B.. "A detailed investigation on the global minimum structures of mixed rare-gas clusters: Geometry, energetics, and site occupancy". Journal of Computational Chemistry 34 6 (2013): 505-517. Publicado • 10.1002/jcc.23161 Llanio-Trujillo, J.L.; Marques, J.M.C.; Pereira, F.B.. "New insights on lithium-cation microsolvation by solvents forming hydrogen-bonds: Water versus methanol". Computational and Theoretical Chemistry 1021 (2013): 124-134. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84884986960&partnerID=MN8TOARS. 10.1016/j.comptc.2013.06.043 Marques, J.M.C.; Llanio-Trujillo, J.L.; Albertí, M.; Aguilar, A.; Pirani, F.. "Microsolvation of the potassium ion with aromatic rings: Comparison between hexafluorobenzene and benzene". Journal of Physical Chemistry A 117 33 (2013): 8043-8053. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84883174714&partnerID=MN8TOARS. 10.1021/jp405295b Marques, J. M. C.; Llanio-Trujillo, J. L.; Alberti, M.; Aguilar, A.; Pirani, F.. "Alkali-Ion Microsolvation with Benzene Molecules". Journal of Physical Chemistry A 116 20 (2012): 4947-4956. Publicado • 10.1021/jp302136u Marques, J. M. C.; Pais, A. A. C. C.; Abreu, P. E.. "On the use of big-bang method to generate low-energy structures of atomic clusters modeled with pair potentials of different ranges". Journal of Computational Chemistry 33 4 (2012): 442-452. Publicado • 10.1002/jcc.21987 Nogueira, Juan José; Sánchez-Coronilla, Antonio; Marques, Jorge M.C.; Hase, William L.; Martínez-Núñez, Emilio; Vázquez, Saulo A.. "Intermolecular potentials for simulations of collisions of SiNCS+ and (CH3)2SiNCS+ ions with fluorinated self-assembled monolayers". Chemical Physics 399 . (2012): 193-204. Publicado • 10.1016/j.chemphys.2011.02.014 Abreu, P. E.; Marques, J. M. C.; Pereira, F. B.. "Electronic structure calculations on the Ar-C6H12 interaction: Application to the microsolvation of the chair conformer". Computational and Theoretical Chemistry 975 1-3 (2011): 83-91. Publicado • 10.1016/j.comptc.2011.02.014 Llanio-Trujillo, J. L.; Marques, J. M. C.; Pereira, F. B.. "An Evolutionary Algorithm for the Global Optimization of Molecular Clusters: Application to Water, Benzene, and Benzene Cation". Journal of Physical Chemistry A 115 11 (2011): 2130-2138. Publicado • 10.1021/jp1117695 Almeida, Marcos M; Prudente, Frederico V; Fellows, Carlos E; Marques, Jorge M C; Pereira, Francisco B. "Direct fit of spectroscopic data of diatomic molecules by using genetic algorithms: II. The ground state of RbCs". Journal of Physics B: Atomic, Molecular and Optical Physics 44 22 (2011): 225102-225102. Publicado • 10.1088/0953-4075/44/22/225102 Marques, J. M. C.; Llanio-Trujillo, J. L.; Abreu, P. E.; Pereira, F. B.. "How Different Are Two Chemical Structures?". Journal of Chemical Information and Modeling 50 12 (2010): 2129-2140. Publicado • 10.1021/ci100219f Marques, J. M. C.; Pais, A. A. C. C.; Abreu, P. E.. "Generation and Characterization of Low-Energy Structures in Atomic Clusters". Journal of Computational Chemistry 31 7 (2010): 1495-1503. Publicado • 10.1002/jcc.21436 Marques, J. M. C.; Pereira, F. B.. "An evolutionary algorithm for global minimum search of binary atomic clusters". Chemical Physics Letters 485 1-3 (2010): 211-216. Publicado • 10.1016/j.cplett.2009.11.059 Valente, Artur J. M.; Ribeiro, Ana. C. F.; Marques, Jorge M. C.; Abreu, Paulo E.; Lobo, Victor M. M.; Kataky, Ritu. "Transport Properties of Aqueous Solutions of (1 R ,2 S )-(-)- and (1 S ,2 R )-(+)-Ephedrine Hydrochloride at Different Temperatures". Journal of Chemical & Engineering Data 55 3 (2010): 1145-1152. Publicado • 10.1021/je9005757 Prudente, Frederico V.; Marques, Jorge M. C.; Maniero, Angelo M.. "Time-dependent wave packet calculation of the LiH plus H reactive scattering on a new potential energy surface". Chemical Physics Letters 474 1-3 (2009): 18-22. Publicado • 10.1016/j.cplett.2009.04.016 Pereira, Francisco B.; Marques, Jorge M. C.. "A study on diversity for cluster geometry optimization". Evolutionary Intelligence 2 3 (2009): 121-140. Publicado • 10.1007/s12065-009-0020-5 Marques, J. M. C.; Pereira, F. B.; Leitao, T.. "On the use of different potential energy functions in rare-gas cluster optimization by genetic algorithms: Application to argon clusters". Journal of Physical Chemistry A 112 27 (2008): 6079-6089. Publicado • 10.1021/jp711918t Poiares, Joao P. M.; Rodrigues, Sergio P. J.; Marques, Jorge M. C.. "A quantum mechanics toolkit". Journal of Chemical Education 85 4 (2008): 591-591. Publicado Marques, J M C; Prudente, F V; Pereira, F B; Almeida, M M; Maniero, A M; Fellows, C E. "A new genetic algorithm to be used in the direct fit of potential energy curves to ab initio and spectroscopic data". Journal of Physics B: Atomic, Molecular and Optical Physics 41 8 (2008): 085103-085103. Publicado • 10.1088/0953-4075/41/8/085103 Poiares, J.P.M.; Rodrigues, S.P.J.; Marques, J.M.C.. "A quantum mechanics toolkit: Useful Internet toolkit to teach fundamental concepts of quantum mechanics". Journal of Chemical Education 85 4 (2008): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-41849146047&partnerID=MN8TOARS. Fernandez-Ramos, Antonio; Ellingson, Benjamin A.; Meana-Paneda, Ruben; Marques, Jorge M. C.; Truhlar, Donald G.. "Symmetry numbers and chemical reaction rates". Theoretical Chemistry Accounts 118 4 (2007): 813-826. Publicado • 10.1007/s00214-007-0328-0 Teixeira, O. B. M.; Marques, J. M. C.; Varandas, A. J. C.. "Kinetics and dynamics of O + OC1O reaction in a modified many-body expansion potential energy surface for ClO3". International Journal of Chemical Kinetics 39 7 (2007): 422-430. Publicado • 10.1002/kin.20257 Marques, J. M. C.; Martinez-Nunez, E.; Vazquez, S. A.. "Trajectory dynamics study of collision-induced dissociation of the Ar+CH(4) reaction at hyperthermal conditions: Vibrational excitation and isotope substitution". Journal of Physical Chemistry A 110 22 (2006): 7113-7121. Publicado • 10.1021/jp0611929 Marques, J. M. C.; Martinez-Nunez, E.; Fernadez-Ramos, A.; Vazquez, S. A.. "Trajectory dynamics study of the Ar+CH4 dissociation reaction at high temperatures: the importance of zero-point-energy effects". Journal of Physical Chemistry A 109 24 (2005): 5415-5423. Publicado • 10.1021/jp044707+ Martinez-Nun~ez, Emilio; Fernandez-Ramos, Antonio; Vazquez, Saulo A.; Marques, Jorge M. C.; Xue, Mingying; Hase, William L.. "Quasiclassical dynamics simulation of the collision-induced dissociation of Cr(CO)[sub 6][sup +] with Xe". The Journal of Chemical Physics 123 15 (2005): 154311-154311. Publicado • 10.1063/1.2044687 Martinez-Nunez, E.; Vazquez, S. A.; Marques, J. M. C.. "Quasiclassical trajectory study of the collision-induced dissociation of CH3SH++Ar". Journal of Chemical Physics 121 6 (2004): 2571-2577. Publicado • 10.1063/1.1769364 Teixeira, O. B. M.; Marques, J. M. C.; Varandas, A. J. C.. "Dynamics study of CIO+O-2 collisions and their role in the chemistry of stratospheric ozone". Physical Chemistry Chemical Physics 6 9 (2004): 2179-2184. Publicado • 10.1039/b316403a Fernandez-Ramos, A.; Martinez-Nunez, E.; Marques, J. M. C.; Vazquez, S. A.. "Dynamics calculations for the Cl+C2H6 abstraction reaction: Thermal rate constants and kinetic isotope effects". Journal of Chemical Physics 118 14 (2003): 6280-6288. Publicado • 10.1063/1.1557453 Marques, J. M. C.; Riganelli, A.; Varandas, A. J. C.. "Classical trajectory method: A+BC coplanar collisions". Quimica Nova 26 5 (2003): 769-778. Publicado Prudente, F. V.; Riganelli, A.; Marques, J. M. C.. "Time dependent wave packet study of the electronically non-adiabatic Cl+H-2 reaction using a one-dimensional model". Physical Chemistry Chemical Physics 5 11 (2003): 2354-2359. Publicado • 10.1039/b301010d Marques, J.M.C.; Riganelli, A.; Varandas, A.J.C.. "Classical trajectory method: A+BC coplanar collisions \| O método das trajectórias clássicas: Colisões coplanares do tipo A+BC". Quimica Nova 26 5 (2003): 769-778. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0141682776&partnerID=MN8TOARS. Marques, J. M. C.; Voronin, A. I.; Varandas, A. J. C.. "Li+Li-2 dissociation reaction using the self-consistent potential and trajectory surface hopping methods". Journal of Physical Chemistry A 106 15 (2002): 3673-3680. Publicado • 10.1021/jp0144395 Marques, J. M. C.; Varandas, A. J. C.. "Reply to the 'Comment on "On the high pressure rate constants for the H/Mu+O-2 addition reactions''' by L. B. Harding, J. Troe and V. G. Ushakov, Phys. Chem. Chem. Phys., 2001, 3, 2630". Physical Chemistry Chemical Physics 3 13 (2001): 2632-2633. Publicado • 10.1039/b102984n Marques, J. M. C.; Varandas, A. J. C.. "On the high pressure rate constants for the H/Mu+O-2 addition reactions". Physical Chemistry Chemical Physics 3 4 (2001): 505-507. Publicado • 10.1039/b010024m Martínez-Núñez, E.; Marques, J.M.C.; Vázquez, S.A.. "A direct dynamics study of the H2 elimination from 2,5-dihydrofuran". Journal of Chemical Physics 115 17 (2001): 7872-7880. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0035504677&partnerID=MN8TOARS. 10.1063/1.1409359 Marques, J. M. C.; Llanio-Trujillo, J. L.; Varandas, A. J. C.. "Isotope effect on unimolecular dissociation of MuO(2): a classical trajectory study". Physical Chemistry Chemical Physics 2 16 (2000): 3583-3589. Publicado • 10.1039/b000469n Llanio-Trujillo, J. L.; Marques, J. M. C.; Varandas, A. J. C.; Llanio-Trujillo, J.L.; Marques, J.M.C.; Varandas, A.J.C.. "Mode specificity study in unimolecular dissociation of nonrotating H2O, DHO, and MuHO molecules". Journal of Physical Chemistry A 103 50 (1999): 10907-10914. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0000471630&partnerID=MN8TOARS. Publicado • 10.1021/jp992461g Marques, J. M. C.; Voronin, A. I.; Varandas, A. J. C.. "Comparative trajectory surface hopping study for the Li+Li-2(X (1)Sigma(g) (+)), Na+Li-2(X (1)Sigma(g) (+)) and Li+Na-2(X (1)Sigma(g) (+)) dissociation reactions". Physical Chemistry Chemical Physics 1 11 (1999): 2657-2665. Publicado • 10.1039/a901669d Voronin, A. I.; Marques, J. M. C.; Varandas, A. J. C.; Voronin, A.I.; Marques, J.M.C.; Varandas, A.J.C.. "Trajectory surface hopping study of the Li+Li-2(X-1 Sigma(+)(g)) dissociation reaction". Journal of Physical Chemistry A 102 30 (1998): 6057-6062. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-11644308371&partnerID=MN8TOARS. Publicado • 10.1021/jp9805860 Marques, J. M. C.; Varandas, A. J. C.; Marques, J.M.C.; Varandas, A.J.C.. "Classical trajectory study of mode specificity and rotational effects in unimolecular dissociation of HO2". Journal of Physical Chemistry A 101 28 (1997): 5168-5173. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0000540305&partnerID=MN8TOARS. Publicado • 10.1021/jp970960g Varandas, A. J. C.; Pais, Aacc; Marques, J. M. C.; Wang, W.; Varandas, A.J.C.; Pais, A.A.C.C.; Marques, J.M.C.. "On the chaperon mechanism for association rate constants: The formation of HO2 and O-3". Chemical Physics Letters 249 3-4 (1996): 264-271. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0030562114&partnerID=MN8TOARS. Publicado • 10.1016/0009-2614(95)01384-9 Marques, J.M.C.; Wang, W.; Pais, A.A.C.C.; Varandas, A.J.C.. "Dynamics study of the H + ArO2 multichannel reaction". Journal of Physical Chemistry 100 44 (1996): 17513-17522. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-33748406914&partnerID=MN8TOARS. Marques, J. M. C.; Wang, W. L.; Varandas, A. J. C.. "DYNAMICS CALCULATIONS AND ISOTOPIC EFFECT IN O+OH(D)- O-2+H(D) AT LOW ENERGIES". Journal of the Chemical Society-Faraday Transactions 90 15 (1994): 2189-2200. Publicado • 10.1039/ft9949002189 Marques, J. M. C.; Varandas, A. J. C.. "QCT-IEQMT calculations of thr O(3P)+OD(2II) reaction at low energies.". Anales de Física. Universidad del País Vasco. 90 3 (1994): 284-292. Publicado Varandas, A. J. C.; Pais, A. A. C. C.; Marques, J. M. C.. "Estudos teóricos de reacções químicas elementares: da energética à dinâmica.". Memórias da Academia das Ciências de Lisboa, Academia das Ciências de Lisboa: Lisboa . (1994): 197-234. Publicado Varandas, A.J.C.; Marques, J.M.C.. "Method for quasiclassical trajectory calculations on potential energy surfaces defined from gradients and Hessians, and model to constrain the energy in vibrational modes". The Journal of Chemical Physics 100 3 (1994): 1908-1920. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0000354825&partnerID=MN8TOARS. Varandas, A. J. C.; Marques, J. M. C.. "A DETAILED STATE-TO-STATE LOW-ENERGY DYNAMICS STUDY OF THE REACTION O(P-3) + OH(2-PI)- O2((X)OVER-TILDE3-SIGMA-G-)+H(S-2) USING A QUASI-CLASSICAL TRAJECTORY-INTERNAL-ENERGY QUANTUM-MECHANICAL-THRESHOLD METHOD". Journal of Chemical Physics 97 6 (1992): 4050-4065. Publicado • 10.1063/1.463934 Varandas, A.J.C.; Marques, J.M.C.. "A detailed state-to-state low-energy dynamics study of the reaction O( 3P)+OH(2¿) ¿ O2(X~ 3Sg -)+H(2S) using a quasiclassical trajectory-internal-energy quantum-mechanical-threshold method". The Journal of Chemical Physics 97 6 (1992): 4050-4065. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0000709407&partnerID=MN8TOARS.
Capítulo de livro	Marques, Jorge M.C.. Autor correspondente: Marques, Jorge M.C.. "Modeling Microsolvation Features Involving Clusters". In Comprehensive Computational Chemistry, editado por M. Yáñez; R. J. Boyd, 509-522. Oxford, Reino Unido: Elsevier, 2024. Publicado • 10.1016/b978-0-12-821978-2.00143-4 Cova, Tânia F.G.G.; Cruz, Sandra M.A.; Valente, Artur J.M.; Abreu, Paulo E.; Marques, Jorge M.C.; Pais, Alberto A.C.C.. "Aggregation of Cyclodextrins: Fundamental Issues and Applications". In Cyclodextrin - A Versatile Ingredient. InTech, 2018. 10.5772/intechopen.73532 Marques, Jorge Manuel Campos. "Revealing Energy Landscapes of Atomic Clusters by Applying Adaptive Bioinspired Algorithms". In Physical Chemistry for Chemists and Chemical Engineers Multidisciplinary Research Perspectives, 47-74. New York: Apple Academic Press, 2018. Publicado Pereira, F. B.; Marques, J. M. C.; Leitao, T.; Tavares, J.. "Advances in Metaheuristics for Hard Optimization". In Advances in Metaheuristics for Hard Optimization, 223-250. .: Spinger-Verlag, 2008. Publicado
Edição de número de revista	Marques, J. M. C. ; F. V. Prudente; Pirani, F.. "Intermolecular Forces: From Atoms and Molecules to Nanostructures". Molecules (2022): https://www.mdpi.com/journal/molecules/special_issues/intermolecular_forces. Publicado • Co-editor Marques, J. M. C. ; E. Martínez-Núñez; Hase, William L.. "Application of Optimization Algorithms in Chemistry". Frontiers in Chemistry (2020): https://www.frontiersin.org/research-topics/9088/application-of-optimization-algorithms-in-chemistry. Publicado • Co-editor
Poster em conferência	Santos, J. R. C.; Abreu, P. E.; Marques, J. M. C.. "Exploring the interaction of Imidacloprid with the Acetylcholine-Binding Protein from Aplysia californica by employing computational techniques". Trabalho apresentado em COSY COST Training School – Multiscale modeling of the properties of compounds: From isolated molecules to 3D materials relevant for industrial and astrophysical applications, 2023. Sousa, J. F. M.; Matias, P.; Bernardino, E.; Murtinho, Dina; Valente, A.J.M.; Abreu, P. E.; Marques, J. M. C.. "Removal of copper ions from aqueous solution by using reduced chitosan". Trabalho apresentado em XXVIII Encontro Nacional da SPQ, 2023. Santos, J. R. C.; Abreu, P. E.; Marques, J. M. C.. "Interaction of acetylcholine-binding protein from Aplysia californica with Imidacloprid: a computational investigation". Trabalho apresentado em XXVIII Encontro Nacional da SPQ, 2023. Santos, J. R. C.; Abreu, P. E.; Marques, J. M. C.. "Investigation of curcumin and piperine aggregation in polar media by molecular dynamics simulations". Trabalho apresentado em Cluster Meeting 2023, 2023. Joana R. C. Santos; Marques, Jorge M. C. ; Abreu, Paulo E.. "Aggregation of curcumin and piperine mixtures in different polar media investigated by Molecular Dynamics simulations". Trabalho apresentado em Cluster Meeting 2023, 2023. Sousa, J. F. M.; Matias, P.; Bernardino, E.; Murtinho, Dina; Valente, A.J.M.; Abreu, P. E.; Marques, J. M. C.. "Reduced chitosan for copper ions removal from aqueous solutions". Trabalho apresentado em 15th National Physical Chemistry Meeting, 2023. Santos, J. R. C.; Abreu, P. E.; Marques, J. M. C.. "Investigation of curcumin and piperine aggregation in polar media by molecular dynamics simulations". Trabalho apresentado em 15th National Physical Chemistry Meeting, 2023. J.R.C. Santos; P.E. Abreu; J.M.C. Marques. "On the calculation of diffusion coefficients of pesticides by employing molecular dynamics simulations". Trabalho apresentado em Coimbra Chemistry Centre Day, 2021. J.M.C. Marques. "State of the art methods to discover low-energy chemical structures: from atomic clusters to microsolvation". Trabalho apresentado em Coimbra Chemistry Centre Day, 2021. C.F.O. Correia; E. Maçôas; J.G.M. Martinho; Marques, Jorge Manuel Campos. "Bottom-up carbon dots: sensing and imaging". Trabalho apresentado em 14º Encontro Nacional de Química Física, 2021. G. Moço; A.M.T.D.P.V. Cabral; A.C.F. Ribeiro; Valente, A.J.M.; P.E. Abreu; J.R.C. Santos; Marques, J.M.C.; M.M. Rodrigo; M.A. Esteso. "Effect of sodium chloride on the behavior of the lactose in aqueous solution studied from diffusion experiments and molecular dynamics simulations". Trabalho apresentado em 14º Encontro Nacional de Química Física, 2021. C.V.M. Silva; J.R.C. Santos; M.M. Rodrigo; A.C.F. Ribeiro; G. Moço; A.M.T.D.P.V. Cabral; Valente, A.J.M.; et al. "Insight into the Interaction of NaCl with sugars from computer simulations". Trabalho apresentado em XXI EuroFoodChem Conference, 2021. Joana Rita Cerveira Santos; P.E. Abreu; Marques, Jorge Manuel Campos. "On the calculation of diffusion coefficients of pesticides by employing molecular dynamics simulations". Trabalho apresentado em 14º Encontro Nacional de Química Física, 2021. Jesus, W. S.; F. V. Prudente; Marques, Jorge Manuel Campos ; F.B. Pereira. "Assessing the DFT low-energy landscapes of Li + Krn clusters by employing machine learning techniques". Trabalho apresentado em 14º Encontro Nacional de Química Física, 2021. G. Moço; A.M.T.D.P.V. Cabral; A.C.F. Ribeiro; Valente, A.J.M.; P.E. Abreu; J.R.C. Santos; Marques, Jorge Manuel Campos ; M.M. Rodrigo; M.A. Esteso. "Effect of sodium chloride on the behavior of the lactose in aqueous solution studied from diffusion experiments and molecular dynamics simulations". Trabalho apresentado em 14º Encontro Nacional de Química Física, 2021. Marques, Jorge Manuel Campos. "Application of evolutionary algorithms to aid in the design of materials". Trabalho apresentado em XXVI Encontro Nacional da Sociedade Portuguesa de Química, 2019. Marques, Jorge Manuel Campos. "Application of evolutionary algorithms to solve difficult problems in physical chemistry: geometry optimization and fitting". Trabalho apresentado em XIII Encontro Nacional de Química Física/II Encontro de Química Computacional, 2018. F.G.A. Estrada; A.J.M. Valente; Marques, Jorge Manuel Campos. "Assessing the affinity between polymers and pesticides by molecular dynamics simulations". Trabalho apresentado em XIII Encontro Nacional de Química Física/II Encontro de Química Computacional, 2018. W.S. Jesus; Marques, Jorge Manuel Campos ; F.V. Prudente; F.B. Pereira. "On the effectiveness of DFT approaches for assessing the structure and energetics of Li+Krn clusters". Trabalho apresentado em MOLIM Workshop on Intermolecular Interactions, 2017. Marques, Jorge Manuel Campos. "Solving Difficult Optimization Problems in Chemistry with Evolutionary Algorithms". Trabalho apresentado em XII Encontro Nacional de Química Física, 2016. W.S. Jesus; F.V. Prudente; Marques, Jorge Manuel Campos ; F.B. Pereira. "Estudo da microsolvatação do íon Li+ pelo gás raro Kr: Construção da Superfície de Energia Potencial do sistema Li+Kr2". Trabalho apresentado em XIII Workshop em Física Molecular e Espectroscopia, 2016. V.R.G. Cacho; Marques, Jorge Manuel Campos. "Global minimum structures of NaK alloy clusters by employing an evolutionary algorithm". Trabalho apresentado em XXIV Encontro Nacional da Sociedade Portuguesa de Química, 2015. Marques, Jorge Manuel Campos. "Global geometry optimization with evolutionary algorithms: application to atomic, molecular and colloidal clusters". Trabalho apresentado em XXIV Encontro Nacional da Sociedade Portuguesa de Química, 2015. Marques, Jorge Manuel Campos ; R.D. Oliveira. "Structure of colloidal clusters from searching with global optimization methods". Trabalho apresentado em 20th International Symposium on Surfactants in Solution (SIS 2014), 2014. Marques, Jorge Manuel Campos. "Microsolvation of alkali ions with polar and non-polar molecules". Trabalho apresentado em XI Encontro Nacional de Química-Física, 2013. E.S. Monteiro; Marques, Jorge Manuel Campos. "Monte Carlo simulation of Ni and Ag clusters: structure and thermodynamics". Trabalho apresentado em XI Encontro Nacional de Química-Física, 2013. E.S. Monteiro; Marques, Jorge Manuel Campos. "Structural and thermodynamic properties of metal clusters from Monte Carlo simulations". Trabalho apresentado em XXIII Encontro Nacional da Sociedade Portuguesa de Química, 2013. R.D. Oliveira; Marques, Jorge Manuel Campos. "Modeling colloidal clusters with short-ranged Morse potentials: energetics and structure". Trabalho apresentado em XXIII Encontro Nacional da Sociedade Portuguesa de Química, 2013. Zanvettor, C.M.A.; Marques, Jorge Manuel Campos. "Global optimization study of bimetallic clusters: geometry, energetics and site occupancy". Trabalho apresentado em XXIII Encontro Nacional da Sociedade Portuguesa de Química, 2013. Marques, Jorge Manuel Campos. "State of the art methods to discover low-energy chemical structures: from atomic clusters to microsolvation". Trabalho apresentado em Electronic Structure: Principles and Applications (ESPA), 2012. Marques, Jorge Manuel Campos ; J.L. Llanio-Trujillo; P.E. Abreu; F.B. Pereira. "SAICS: Superimposing algorithm for the identification of chiral structures". Trabalho apresentado em 11th Iberian Joint Meeting on Atomic and Molecular Physics, 2011. Marques, Jorge Manuel Campos. "Discovering low-energy structures of atomic and molecular clusters". Trabalho apresentado em The Fifth International Symposium "Atomic Cluster Collisions" (ISACC), 2011. Marques, Jorge Manuel Campos ; J.L. Llanio-Trujillo; P.E. Abreu; F.B. Pereira. "Superimposing algorithm for the identification of chiral structures (SAICS): application to clusters". Trabalho apresentado em The Fifth International Symposium "Atomic Cluster Collisions" (ISACC), 2011. Marques, Jorge Manuel Campos ; J.L. Llanio-Trujillo; F.B. Pereira. "Generating low-energy structures of clusters with evolutionary algorithms and electronic-structure calculations". Trabalho apresentado em Electronic Structure: Principles and Applications (ESPA), 2010. Marques, Jorge Manuel Campos ; J.L. Llanio-Trujillo; F.B. Pereira. "Global geometry optimization of molecular clusters: the microsolvation of Ca2+ with methanol". Trabalho apresentado em 10th European Conference on Atomic and Molecular Physics (ECAMP), 2010. Marques, Jorge Manuel Campos ; J.L. Llanio-Trujillo; F.B. Pereira. "Fitting potential energy functions with genetic algorithms". Trabalho apresentado em 10th Iberian Joint Meeting on Atomic and Molecular Physics, 2009. M.M. de Almeida; F.V. Prudente; C.E. Fellows; Marques, Jorge Manuel Campos ; F.B. Pereira. "Ajuste direto das CEPs da molécula RbCs". Trabalho apresentado em VII Workshop em Física Molecular e Espectroscopia, 2009. Marques, Jorge Manuel Campos ; F.B. Pereira. "Application of genetic algorithms in chemistry: from fitting the potential energy to the study of clusters". Trabalho apresentado em XXI Encontro Nacional da Sociedade Portuguesa de Química, 2008. J.P.M. Poiares; Marques, Jorge Manuel Campos ; S.P.J. Rodrigues. "Ferramenta web para o cálculo de estados vibracionais em tempo real". Trabalho apresentado em XXI Encontro Nacional da Sociedade Portuguesa de Química, 2008. F.B. Pereira; Marques, Jorge Manuel Campos. "A Hybrid Evolutionary Algorithm for Cluster Geometry Optimization: the importance of structural elitism". Trabalho apresentado em Eighth International Conference on Hybrid Intelligent Systems (HIS 2008), 2008. Marques, Jorge Manuel Campos ; F.B. Pereira; T. Leitão. "Influence of the potential energy function on the global minima of argon clusters". Trabalho apresentado em Intermolecular Forces and Clusters: A Symposium in Honour of Professor Anthony Stone, 2006. Marques, Jorge Manuel Campos ; O.B.M. Teixeira; A.J.C. Varandas. "Theoretical dynamics study on the ClO3 system: the Cl+O3, ClO+O2 and O+OClO atmospheric reactions". Trabalho apresentado em XVI European Conference on Dynamics of Molecular Systems (MOLEC), 2006. 10.22323/1.152.0070 O.B.M. Teixeira; Marques, Jorge Manuel Campos ; A.J.C. Varandas. "Theoretical study of the O+OClO reaction using an improved potential energy surface". Trabalho apresentado em VII Encontro Nacional de Química-Física, 2005. Marques, Jorge Manuel Campos ; E. Martínez-Núñez; A. Fernández-Ramos; S.A. Vázquez. "Trajectory dynamics study of the Ar+CH4 collision induced dissociation: rate constant and energy transfer". Trabalho apresentado em XIX Encontro Nacional da Sociedade Portuguesa de Química, 2004. O.B.M. Teixeira; Marques, Jorge Manuel Campos ; A.J.C. Varandas. "Dynamics study of ClO+O2 collisions and their role in the chemistry of stratospheric ozone". Trabalho apresentado em XIX Encontro Nacional da Sociedade Portuguesa de Química, 2004. Marques, Jorge Manuel Campos ; A. Riganelli; F.V. Prudente. "Time-dependent wave packet study of the electronically non-adiabatic dynamics: a one-dimensional model for the Cl+H2 reaction". Trabalho apresentado em International Workshop on Quantum Dynamical Concepts: From Diatomics to Biomolecules, 2002. A. Fernández-Ramos; E. Martínez-Núñez; Marques, Jorge Manuel Campos ; S.A. Vázquez. "VTST and classical trajectory calculations for the Cl+C2H6 abstraction reaction. Comparison between theory and experiment". Trabalho apresentado em Conference on Electronic Structure: Principles and Applications, 2002. Marques, Jorge Manuel Campos ; A. Riganelli; F.V. Prudente. "Time-dependent wave packet study of the electronically non-adiabatic dynamics: a one-dimensional model for the Cl+H2 reaction". Trabalho apresentado em 4th European Conference on Computational Chemistry, 2002. Marques, Jorge Manuel Campos ; A.I. Voronin; A.J.C. Varandas. "Trajectory surface hopping calculations of the Na+Li2(X1Sigmag+) dissociation reaction". Trabalho apresentado em III Iberian Joint Meeting on Atomic and Molecular Physics, 1998. Marques, Jorge Manuel Campos ; A.I. Voronin; A.J.C. Varandas. "Dynamics of the Na+Li2(X1Sigmag+) dissociation reaction: a trajectory surface hopping study". Trabalho apresentado em VI European Conference on Atomic and Molecular Physics, 1998. Marques, Jorge Manuel Campos ; J.M.C. Varandas. "Rotational effects and mode specificity in dissociation of energized HO2 molecules". Trabalho apresentado em Second European Conference on Computational Chemistry, 1997. W. Wang; Marques, Jorge Manuel Campos ; Pais, A.A.C.C.; A.J.C. Varandas. "A detailed theoretical study of the HO2 complex formation in the H+ArO2 reaction". Trabalho apresentado em XV Encontro Nacional da Sociedade Portuguesa de Química, 1996. Marques, Jorge Manuel Campos ; W. Wang; Pais, A.A.C.C.; A.J.C. Varandas. "Dynamics study of the H+ArO2 reaction over a wide range of translational energies". Trabalho apresentado em 14th International Symposium on Gas Kinetics, 1996. Marques, Jorge Manuel Campos ; W. Wang; Pais, A.A.C.C.; A.J.C. Varandas. "Theoretical study of the reaction H+Ar--O2 ---> Ar+HO2". Trabalho apresentado em 2º Encontro Nacional de Química-Física, 1995. Marques, Jorge Manuel Campos ; W. Wang; A.J.C. Varandas. "Dynamics calculations of deuterium isotope effect in the O+OH reaction". Trabalho apresentado em Tenth European Conference on Dynamics of Molecular Collisions, 1994. A.J.C. Varandas; Marques, Jorge Manuel Campos. "A simple method for correcting the zero-point energy problem of classical molecular dynamics". Trabalho apresentado em Workshop on "Vibronic Processes in Gas Phase and Surface Scattering", in honour of Prof. Joop Los, 1993. Marques, Jorge Manuel Campos ; A.J.C. Varandas. "Isotopic effect in O+OH(D) reactive collisions at low energies: a theoretical study". Trabalho apresentado em NATO ASI "Low Temperature Chemistry of the Atmosphere", 1993. Marques, Jorge Manuel Campos ; A.J.C. Varandas. "Low-energy dynamics of the O(3P)+OH(2Pi)$ reaction: dependence on the OH rotational quantum number and assessment of the nonstatistical recrossing". Trabalho apresentado em 13º Encontro da Sociedade Portuguesa de Química, 1992. Marques, Jorge Manuel Campos ; A.J.C. Varandas. "Low-energy dynamics of the O+OD reaction: cross sections, nonstatistical recrossing and thermal rate coefficients". Trabalho apresentado em I South European Conference on Atomic and Molecular Physics, 1992. A.J.C. Varandas; Marques, Jorge Manuel Campos. "Low-energy dynamics of the O(3P)+OH(2Pi)reaction: dependence on the rotational quantum number of OH". Trabalho apresentado em 12º Encontro da Sociedade Portuguesa de Química, 1991.
Tese / Dissertação	Marques, Jorge Manuel Campos. "Colisões moleculares em sistemas reactivos e o problema da energia de ponto-zero em dinâmica clássica". Doutoramento, 1995. http://hdl.handle.net/10316/2047.

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Computer program for parallel tempering Monte Carlo simulations. 2020. Guimarães, M. N.; M. M. de Almeida, M. M.; Marques, Jorge Manuel Campos ; Prudente, F. V..
GAFit: program based on a genetic algorithm for fitting potential energy surfaces. Software disponível para a comunidade científica. 2017. R. Rodríguez-Fernández; F.B. Pereira; Marques, Jorge Manuel Campos ; E. Martínez-Núñez; S.A. Vázquez. https://rxnkin.usc.es/index.php/GAFit.
EA_MOL: Evolutionary algorithm for the global minimum search of molecular clusters. Software disponível para a comunidade científica. 2011. J.L. Llanio-Trujillo; Marques, Jorge Manuel Campos ; F.B. Pereira. http://apps.uc.pt/mypage/faculty/qtmarque/en/software.
SAICS: Superimposing algorithm for the identification of chiral structures. Software disponível para a comunidade científica. 2010. Marques, Jorge Manuel Campos ; J.L. Llanio-Trujillo; P.E. Abreu; F.B. Pereira. http://apps.uc.pt/mypage/faculty/qtmarque/en/software.
Wavecalc: internet toolkit to solve the Schrödinger equation for various unidimensional potential models. Software educacional para alunos universitários. 2008. J.P.M. Poiares; S.P.J. Rodrigues; Marques, Jorge Manuel Campos. http://www.wavecalc.qui.uc.pt.
Traj2d: a computer code for trajectory dynamics calculations. software educacional para alunos universitários. 2003. Marques, Jorge Manuel Campos ; A. Riganelli; A.J.C. Varandas. http://www.qqesc.qui.uc.pt.

Atividades

Apresentação oral de trabalho

	Título da apresentação	Nome do evento Anfitrião (Local do evento)
2023/11/27	Aggregation of curcumin and piperine in a mixture of water and ethanol by molecular dynamics simulations	2nd Working Group 3 Virtual Symposium of COSY COST Action
2023/11/27	Exploring the interaction of Imidacloprid with the Acetylcholine-Binding Protein from Aplysia californica by employing computational techniques	2nd Working Group 3 Virtual Symposium of COSY COST Action
2023/09/27	Modeling microsolvation of ions: achievements and future perspectives	Southern European Conference on the Science of Molecules (SECSMol) (Perugia, Itália)
2023/09/05	Unveiling the Aggregation Patterns of Curcumin and Piperine Mixtures in different Polar Media: A Molecular Dynamics Investigation	XVII Iberian Joint Meeting on Atomic and Molecular Physics (Coimbra, Portugal)
2023/03/01	Thermodynamics of the microsolvation of Li+ by argon: effect of the potential on the features of the first and second solvation shells	1st General Meeting of the COSY COST Action (Cádiz, Espanha)
2022/12/19	Evolutionary algorithm for global optimization of binary atomic clusters	Working Group 3 Virtual Symposium of COSY COST Action
2022/07/11	Energy landscapes and thermodynamics of colloidal clusters modeled with isotropic potentials	IX Iberian Meeting on Colloids and Interfaces (RICI9) (Santiago de Compostela, Espanha)
2022/06/12	Computational chemistry research at Minho Advanced Computing Center	MACC User Group (MUG) Workshop (Porto, Portugal)
2021/03/01	New set-up force field for magnetic-ionic liquids	14º Encontro Nacional de Química Física Sociedade Portuguesa de Química (Portugal)
2019	Discovering low-energy atomic clusters with machine learning	53rd Annual Scientific Meeting of the European Society for Clinical Investigation (Coimbra, Portugal)
2019	On the most promising polymers to remove pesticides from water: a computational study	Meeting of the project "How to protect water, soil and plants production all together" - ProWsper (Toulon, França)
2019	Microsolvation by using computational methods based on artificial intelligence	Computer Modeling and Simulation Day (CMS 2019) (Aveiro, Portugal)
2019	Microsolvation of ions by using state-of-the-art methods based on artificial intelligence	"Frontiers in Molecular Physics" Symposium of the XXXVII Biennial Meeting of the Spanish Royal Society of Physics (RSEF) (Saragoça, Espanha)
2018	Acerca da relação entre o potencial intermolecular e a estrutura de agregados	Seminário no Instituto de Física of Universidade Federal da Bahia (Salvador, Brasil)
2017	Revealing Energy Landscapes of Atomic Clusters by Applying Adaptive Bio-Inspired Algorithms	II Symposium on Theoretical and Structural Chemistry (Anápolis, Brasil)
2017	Revealing the low-energy landscape of clusters: from the solvation of ions to the self-assembling of colloidal particles	"Molecular Physics at the Edge" Symposium of the XXXVI Biennial Meeting of the Real Sociedad Española de Física (Santiago de Compostela, Espanha)
2017	On the intimate relationship between intermolecular interactions and structure in clusters	MOLIM Workshop on Intermolecular Interactions (Santiago de Compostela, Espanha)
2016	Evolutionary Algorithms for Global Geometry Optimizations: Application to Atomic and Molecular Clusters	Algorithm Development and High-Performance Computing in Chemistry and Physics, COST MOLIM WG3 Meeting (Bratislava, Eslováquia)
2016	Structure and dynamics of molecular clusters: a global optimization perspective	Theoretical and Computational Studies of Non-Equilibrium and Non-Statistical Dynamics in Gas-Phase, Condensed-Phase, and Interfacial Reactions, CECAM Workshop (Paris, França)
2016	Global Optimization of Clusters with Competing Attractive and Repulsive Interactions	XII Encontro Nacional de Química Física (Évora, Portugal)
2016	Cyclodextrin Aggregates: a Computational Study	XII Encontro Nacional de Química Física (Évora, Portugal)
2016	Global Optimization with Evolutionary Algorithms: from Atomic Clusters to Charged Colloids	Structure prediction of nanoclusters from global optimization techniques: computational strategies and connection to experiments, CECAM Workshop (Pau, França)
2015	Atomic clusters from a global optimization perspective	Computational Approaches for Materials Design (CAMD) (Aveiro, Portugal)
2015	Atomic and molecular clusters: discovering low-energy structures with evolutionary algorithms	Seminário na Faculdade Ciências da Universidade de Lisboa (Lisboa, Portugal)
2014	Microsolvation aggregates of alkali-metal ions with aromatic rings	5th International Meeting on Atomic and Molecular Physics and Chemistry (IMAMPC2014) (Salamanca, Espanha)
2013	Microsolvation of alkali-metal ions: what do we learn from cluster structure optimization?	XXIII Encontro Nacional da Sociedade Portuguesa de Química (Aveiro, Portugal)
2013	Microsolvation of alkali-metal ions with aromatic rings	The 7th International Conference on Theory of Atomic & Molecular Clusters (TAMC VII) (Birmingham, Reino Unido)
2011	Microsolvation with argon atoms by using ab initio and DFT methods	11th Iberian Joint Meeting on Atomic and Molecular Physics (IBER2011) (Coimbra, Portugal)
2011	Energy landscapes of atomic and molecular clusters: global optimization with evolutionary algorithms	XXII Encontro Nacional da Sociedade Portuguesa de Química (Braga, Portugal)
2010	Generation of Low-energy Structures of Atomic and Molecular Clusters	10th European Conference on Atomic and Molecular Physics (ECAMP) (Salamanca, Espanha)
2009	Theoretical Study of Microsolvation of Li+ in Argon Clusters	XXXII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada (Águas de Lindóia, Brasil)
2009	Global minimum search of rare-gas clusters using genetic algorithms	10th Iberian Joint Meeting on Atomic and Molecular Physics (Santiago de Compostela, Espanha)
2009	Electronic structure calculations on the argon-cyclohexane interaction	9º Encontro Nacional de Química Física (Aveiro, Portugal)
2006	Collision-induced dissociation of methane with rare-gas atoms at hyperthermal energies: a trajectory dynamics study	Electronic Structure: Principles and Applications (ESPA) (Santiago de Compostela, Espanha)
2004	Modelling the O+OClO reaction: potential energy surface and thermal rate constants	XXX Congresso Internacional de Químicos Teóricos de Expressão Latina (QUITEL) (Porto, Portugal)
2001	QCT study of the HO2 unimolecular dissociation. The Mu isotope substitution	Summer School on Molecular Reaction Dynamics and Chemical Kinetics (Copenhaga, Dinamarca)
2001	Trajectory surface hopping and self consistent potential calculations for Li+Li2 dissociation reaction	V Encontro Nacional de Química-Física (Faro, Portugal)
1997	Unimolecular dissociation of HO_2: a classical trajectory study	Coimbra HCM meeting on Multichannel Reactions and Kinetic Modelling of Combustion Processes (Coimbra, Portugal)

Orientação

	Título / Tema Papel desempenhado	Curso (Tipo) Instituição / Organização
2022/01/01 - Atual	Computational Design of Carbon-based Materials for Pesticides Detection and Selective Removal Coorientador	Universidade de Coimbra Departamento de Química, Portugal
2022/01/01 - Atual	Contribuição para o estudo e caracterização da microencapsulação de fitofármacos em complexos host-guest com ciclodextrinas Coorientador	Universidade de Coimbra Departamento de Química, Portugal
2021/01/01 - Atual	Automontagem de partículas patchy responsíveis Coorientador	Universidade de Coimbra Departamento de Química, Portugal
2019 - Atual	Rational design of magnetic ionic liquids for separation processes and sensing Coorientador
2016 - 2022/07/01	GO Lights Up Gasotransmitters: Synthesis of bottom-up carbon dots for imaging and sensing applications Coorientador	Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2018 - 2019	Microsolvatação de iões: estrutura e estabilidade termodinâmica Orientador
2015 - 2019	Ion- rare-gas microsolvation studies by employing an evolutionary algorithm Coorientador
2014 - 2016	Estudo Computacional da Estrutura e Energética de Modelos Simples de Proteínas Orientador
2014 - 2015	Estabilidade de agregados binários de sódio e potássio: estrutura, energética e dopagem Orientador
2013 - 2014	Estrutura e energética de agregados de ouro: efeito da dopagem com cobre e prata Orientador
2013 - 2014	Explorando as estruturas de baixa energia dos agregados de água com diferentes potenciais de interação Orientador
2013 - 2014	Estudo da estrutura e energética de proteínas recorrendo a modelos computacionais simples Orientador
2012 - 2013	Implementação e aplicação do método de Monte Carlo para o cálculo de propriedades termodinâmicas de agregados atómicos Orientador
2012 - 2013	Estudo computacional de agregados binários de partículas coloidais Orientador
2012 - 2013	Estudo de propriedades físico-químicas de agregados de metais de transição Orientador
2005 - 2006	Desenvolvimento de uma ferramenta web para o ensino de conceitos fundamentais de estrutura da matéria Coorientador	Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal

Organização de evento

	Nome do evento Tipo de evento (Tipo de participação)	Instituição / Organização
2019 - Atual	Encontro sobre Estratégias Inteligentes para Química Computacional (2019) Encontro (Coorganizador)
2019 - Atual	XXVI Encontro Nacional da Sociedade Portuguesa de Química (2019) Congresso (Membro da Comissão Organizadora)
2019 - Atual	Encontro de Ensino e Divulgação da Química (2019) Congresso (Membro da Comissão Organizadora)
2018 - Atual	Workshop "How to protect water, soil, and plants production all together" (2018) Oficina (workshop) (Membro da Comissão Organizadora)
2018 - Atual	XIII Encontro Nacional de Química Física/II Simpósio de Química Computacional (2018) Congresso (Membro da Comissão Organizadora)
2018 - Atual	Workshop "Viruses and Nucleic Acids" (2018) Oficina (workshop) (Membro da Comissão Organizadora)
2017 - Atual	Encontro sobre Methods and Applications in Computational Chemistry (MACC\_17) (2017) Encontro (Coorganizador)
2016 - Atual	Colóquio "História da Química em torno de Vicente Seabra" (2016) Outro (Membro da Comissão Organizadora)
2016 - Atual	XII Encontro Nacional de Química Física/I Simpósio de Química Computacional (2016) Congresso (Membro da Comissão Organizadora)
2015 - Atual	XXIV Encontro Nacional da Sociedade Portuguesa de Química (2015) Congresso (Membro da Comissão Organizadora)
2014 - Atual	20th International Symposium on Surfactants in Solution (SIS 2014) (2014) Congresso (Membro da Comissão Organizadora)
2014 - Atual	5th International Meeting on Atomic and Molecular Physics and Chemistry (IMAMPC2014) (2014) Congresso (Membro da Comissão Científica)
2004 - Atual	XIX Encontro Nacional da Sociedade Portuguesa de Química (2004) Congresso (Membro da Comissão Organizadora)
1998 - Atual	III Iberian Joint Meeting on Atomic and Molecular Physics (1998) Congresso (Membro da Comissão Organizadora)
2023/08/30 - 2023/09/01	XXV Meeting of the Portuguese Electrochemical Society (2023/08/30 - 2023/09/01) Congresso (Membro da Comissão Organizadora)	Sociedade Portuguesa de Electroquímica, Portugal
2023/04/04 - 2023/04/05	15th National Physical Chemistry Meeting & 4th Computational Chemistry Symposium (2023/04/04 - 2023/04/05) Congresso (Membro da Comissão Organizadora)	Sociedade Portuguesa de Química, Portugal
2021/03/29 - 2021/03/31	14º Encontro Nacional de Química Física/3º Simpósio de Química Computacional (2021/03/29 - 2021/03/31) Congresso	Sociedade Portuguesa de Química, Portugal

Júri de grau académico

	Tema Tipo de participação	Nome do candidato (Tipo de grau) Instituição / Organização
2022/07/22	Síntese de ligandos e catalisadores quirais para transformações assimétricas Vogal	Nélia Cristina Tadeu Tavares (Doutoramento) Universidade de Coimbra, Portugal
2022/02/14	CARBON-BASED MATERIALS FOR THE PHOTODEGRADATION OF POLLUTANTS IN WATER Vogal	Joana Lúcia Marto dos Santos Lopes (Doutoramento) Universidade de Aveiro, Portugal
2018	Simulation of supramolecular systems for drug delivery based on inclusion complexes Vogal	Tânia Firmino Guerra Guerreiro Cova (Doutoramento)
2017	Computational optimization of bio-adsorbents for the removal of pharmaceuticals from water Arguente principal	José Manuel Santos Pereira (Mestrado) Universidade de Aveiro Departamento de Química, Portugal
2016	Tiazolidinas: Da Catálise Enantiosseletiva à Dinâmica Molecular Arguente	Mestrado de Nélia Cristina Tadeu Tavares (Mestrado)
2016	Estudo Computacional da Estrutura e Energética de Modelos Simples de Proteínas Orientador	Wasina Ribeiro dos Santos Fins (Mestrado)
2014	GAFit: A computational tool kit for parameterizations of potential energy surfaces Arguente	Roberto Rodríguez Fernández (Doutoramento) Universidade de Santiago de Compostela Facultade de Química, Espanha
2011	Classical Trajectory Simulations of Collisions between Polyatomic Molecules and Self-Assembled Monolayer Surface Vogal	Juan José Nogueira Pérez (Doutoramento) Universidade de Santiago de Compostela Facultade de Química, Espanha
2011	Estudo da reactividade de produtos da peroxidação do ácido linoleico Arguente	Nídia Alexandre Duarte Moreira (Mestrado)
2011	Técnicas numéricas em tópicos regulamentares. A comercialização de medicamentos para uso veterinário Arguente	Dulce Raquel Alves da Costa Andrade Gabriel (Mestrado)
2009	Controlling the charge of polyplexes: A theoretical and experimental approach Arguente principal	Andreia Fernandes Jorge (Mestrado)
2008	Modeling and Simulation of Polymers in Solution Vogal	Jorge Miguel Gonçalves Sarraguça (Doutoramento)
2006	Desenvolvimento de uma ferramenta web para o ensino de conceitos fundamentais de estrutura da matéria Orientador	João Pedro Martins Poiares (Mestrado)
2005	Dinâmica Reaccional de Sistemas Tetratómicos em Química da Atmosfera Arguente principal	Osvaldo de Barros Mendes Teixeira (Mestrado)

Arbitragem científica em revista

	Nome da revista (ISSN)	Editora
2020/11 - Atual	Theoretical Chemistry Accounts
2019 - Atual	Indian Journal of Physics (0974-9845)	Springer-Verlag
2018 - Atual	Advances in Physics X (2374-6149)	Informa UK (Taylor & Francis)
2018 - Atual	Chemical Physics (0301-0104)	Elsevier
2017 - Atual	Applied Physics A (1432-0630)	Springer-Verlag
2017 - Atual	Molecular Informatics (1868-1751)	Wiley (John Wiley & Sons)
2017 - Atual	Spectrochimica Acta (0371-1951)	Elsevier
2016 - Atual	Computers & Structures (0045-7949)	Elsevier
2015 - Atual	Chemical Physics Letters (0009-2614)	Elsevier
2014 - Atual	Colloids and Surfaces A Physicochemical and Engineering Aspects (0927-7757)	Elsevier
2014 - Atual	Journal of Molecular Modeling (0948-5023)	Springer-Verlag
2014 - Atual	RSC Advances (2046-2069)	The Royal Society of Chemistry
2013 - Atual	International Journal of Molecular Sciences (1422-0067)	MDPI AG
2013 - Atual	The Journal of Physical Chemistry Letters (1948-7185)	American Chemical Society
2012 - Atual	Canadian Journal of Chemistry (1480-3291)	Canadian Science Publishing
2011 - Atual	Nanoscale (2040-3372)	The Royal Society of Chemistry
2011 - Atual	World Journal of Modeling and Simulation (1746-7233)	World Academic Press, World Academic Union
2009 - Atual	Portugaliae Electrochimica Acta (1647-1571)	Portuguese Society of Electrochemistry
2012 - 2020	International Journal of Quantum Chemistry (1097-461X)	Wiley (John Wiley & Sons)
2011 - 2020	Physical Chemistry Chemical Physics (1463-9084)	The Royal Society of Chemistry
2009 - 2020	Journal of Molecular Structure (0022-2860)	Elsevier
2016 - 2019	Journal of Molecular Liquids (0167-7322)	Elsevier
2013 - 2019	Computational and Theoretical Chemistry (2210-271X)	Elsevier
2010 - 2019	The Journal of Physical Chemistry A (1520-5215)	American Chemical Society
2017 - 2018	Journal of Computational Chemistry (1096-987X)	Wiley (John Wiley & Sons)
2009 - 2017	Journal of Physics B Atomic Molecular and Optical Physics (1361-6455)	IOP Publishing
2008 - 2012	Physica Scripta (1402-4896)	IOP Publishing

Comissão de avaliação

	Descrição da atividade Tipo de assessoria	Instituição / Organização	Entidade financiadora
2015 - Atual	Membro do painel de avaliadores da FCT na área da química para selecionar os candidatos a bolsas de doutoramento e pós-doutoramento

Membro de associação

	Nome da associação	Tipo de participação
2004/03/30 - Atual	Sociedade Portuguesa de Química	Sócio efetivo