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António Marcos Ramos has a bachelor’s degree in Animal Science (1998) and a Master’ degree in Animal Production (2002), from the University of Trás-os-Montes e Alto Douro (Portugal). He then obtained his PhD degree in Animal Breeding and Genetics, as well as a minor in Statistics, from Iowa State University (United States), in 2006. He continued his career in the USA at Michigan State University, which was followed by a move to the Netherlands in 2008, when he joined Wageningen University as a Marie Curie Fellow. His work at Wageningen was one of the first studies where next-generation sequencing was massively used to detect SNPs in the pig genome, for the subsequent development of the porcine SNP genotyping chip. Before returning to Portugal he joined Keygene, where he was involved in several international projects involving plant bioinformatics and biotechnology. Since January 2015 he is principal investigator at CEBAL (Centro de Biotecnologia Agrícola e Agro-Alimentar do Alentejo), where he leads the Animal Genomics and Bioinformatics group, working on projects focusing mainly on cork oak, Iberian pigs and other indigenous breeds of livestock, and other Mediterranean plant species. His research interests are focused on animal and plant breeding, genetics and genomics, including bioinformatics, biostatistics and molecular genetics. The ultimate goal is to combine biological and bioinformatics tools to decipher the genetic regulation of complex traits of economic importance in animals and plants.
Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
António Marcos Ramos

Nomes de citação

  • Ramos, António Marcos

Identificadores de autor

Ciência ID
4816-E6A3-A818
ORCID iD
0000-0003-3450-0970

Domínios de atuação

  • Ciências Agrárias

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2)
Inglês Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2)
Espanhol; Castelhano Utilizador independente (B2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador independente (B2) Utilizador proficiente (C2)
Francês Utilizador elementar (A1) Utilizador independente (B1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1)
Holandês Utilizador elementar (A2) Utilizador elementar (A2) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A2)
Formação
Grau Classificação
2006
Concluído
Animal Breeding and Genetics (Doctor of Philosophy)
Iowa State University, Estados Unidos
"Molecular dissection of genomic regions influencing important economic traits in the pig" (TESE/DISSERTAÇÃO)
Honor and Distinction
2002
Concluído
Mestrado em Producao Animal (Mestrado)
Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal
"Effect of the prolactin, ß-lactoglobulin and alpha-s1-casein variants on milk production traits of three Portuguese sheep breeds" (TESE/DISSERTAÇÃO)
Muito Bom
1998
Concluído
Engenharia Zootecnica (Licenciatura)
Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal
"Analysis of polymorphisms at the alpha-s1-casein locus in the Serra da Estrela sheep breed" (TESE/DISSERTAÇÃO)
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Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2015/01/01 - Atual Investigador principal (carreira) (Investigação) Centro de Biotecnologia Agrícola e Agro-Alimentar do Alentejo, Portugal
2013/07/01 - 2014/12/31 Investigador (Investigação) Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
2008/03/01 - 2010/08/31 Investigador (Investigação) Wageningen University & Research, Países Baixos
2006/07/01 - 2008/02/29 Pós-doutorado (Investigação) Michigan State University, Estados Unidos
2002/07/01 - 2006/06/30 Estagiário de Investigação (Investigação) Iowa State University, Estados Unidos
1997/10/01 - 2002/06/30 Estagiário de Investigação (Investigação) Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2010/09/01 - 2012/08/31 Scientist, Department of Bioinformatics Keygene NV, Países Baixos
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
1997 - 2000 Estudo da Diversidade em Raças Autóctones Bovinas e Ovinas Pela Análise do DNA
PRAXIS/3/3.2/CA/2005/95
Bolseiro de Investigação
Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia

Projeto

Designação Financiadores
2017/07/01 - Atual INNOACE – Innovación abierta e inteligente en la EUROACE (POCTEP). Atividade 3.2.8 "Identificación y desarrollo de marcadores moleculares para la selección genómica en el cerdo Ibérico"
0049_INNOACE_4_E
Investigador
European Regional Development Fund
Em curso
2017 - Atual Biodata.pt – Infraestrutura Portuguesa de Dados Biológicos
Projeto nº 22231
Investigador
Centro de Biotecnologia Agrícola e Agro-Alimentar do Alentejo, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2016/09/01 - Atual SelectPorAl - Marker development for genomic selection in the Alentejano pig breed
ALT20-03-0145-FEDER-000032
Investigador responsável
Centro de Biotecnologia Agrícola e Agro-Alimentar do Alentejo, Portugal
European Regional Development Fund
2016/09/01 - Atual SelectPinea - Development of genetic markers for economic traits of interest in stone pine (Pinus pinea)
ALT20-03-0145-FEDER-000041
Investigador responsável
Centro de Biotecnologia Agrícola e Agro-Alimentar do Alentejo, Portugal
European Regional Development Fund
Em curso
2016 - Atual SelecTEcoli - Seleção e caracterização de estirpes de E. coli com tolerância acrescida a multi-inibidores derivados dos processos de pré-tratamento da biomassa lenhocelulósica
ALT20-03-0145-FEDER-000034
Investigador
Centro de Biotecnologia Agrícola e Agro-Alimentar do Alentejo, Portugal
European Regional Development Fund
2016 - Atual FASTBREED - implementação de um programa de melhoramento de variedades de trigo com base em seleção genómica
ALT20-03-0145-FEDER-000018
Investigador
European Regional Development Fund
2016 - Atual Gen-Res-Alentejo – Utilização de Genómica na Seleção de ovinos resistentes a Parasitas e Peeira no alentejo
ALT20-03-0145-FEDER-000037
Investigador
Centro de Biotecnologia Agrícola e Agro-Alimentar do Alentejo, Portugal
European Regional Development Fund
2015 - 2019 LENTIDEV - uma abordagem molecular à porosidade da cortiça
ALT20-03-0145-FEDER-000020
Investigador
European Regional Development Fund
2013 - 2018 Genetic characterization of national animal and plant resources using next-generation sequencing
IF/00574/2012/CP1209/CT0001
Investigador responsável
Centro de Biotecnologia Agrícola e Agro-Alimentar do Alentejo, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2012 - 2015 Genosuber - Sequenciação do genoma do sobreiro
ALENT-07-0224-FEDER-001754
Investigador
Centro de Biotecnologia Agrícola e Agro-Alimentar do Alentejo, Portugal
European Regional Development Fund
2002 - 2005 Selecção para a Produção de Leite da Raça Caprina Serpentina com Base na Utilização de Marcadores Moleculares
Agro 077/2001
Investigador
Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal
Ministério da Agricultura Florestas e Desenvolvimento Rural
2002 - 2005 Programa de Conservação Genética para as raças ovinas Merina Preta e Campaniça e para a raça caprina Serpentina
Agro 076/2001
Investigador
Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal
Ministério da Agricultura Florestas e Desenvolvimento Rural
1999 - 2002 Associações entre o polimorfismo de proteínas do leite e parâmetros de produção e qualidade do queijo, em raças Portuguesas de ovinos
POCTI/CVT/34664/1999
Investigador
Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
1999 - 2000 Caracterização quantitativa e qualitativa do leite e queijo de ovelha produzidos na região demarcada do Queijo Serpa
PAMAF 7145
Investigador
Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal
Ministério da Agricultura Florestas e Desenvolvimento Rural
1998 - 2000 Characterization of genetic variation in the European pig to facilitate the maintenance and exploitation of biodiversity
Investigador
Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal
European Commission
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Gaspar; Trindade; Usié; Meireles; Fortes; Guimarães; Simões; Costa; Ramos. "Comparative Transcriptomic Response of Two Pinus Species to Infection with the Pine Wood Nematode Bursaphelenchus xylophilus". Forests 11 2 (2020): 204. http://dx.doi.org/10.3390/f11020204.
    Acesso aberto • Publicado • 10.3390/f11020204
  2. Capote, Tiago; Usié, Anabel; Barbosa, Pedro; Ramos, Marcos; Morais-Cecílio, Leonor; Gonçalves, Sónia. "Transcriptome dynamics of cork oak (Quercus suber) somatic embryogenesis reveals active gene players in transcription regulation and phytohormone homeostasis of embryo development". Tree Genetics & Genomes 15 4 (2019): http://dx.doi.org/10.1007/s11295-019-1353-6.
    Publicado • 10.1007/s11295-019-1353-6
  3. Capote, Tiago; Barbosa, Pedro; Usié, Ana; Ramos, António Marcos; Inácio, Vera; Ordás, Ricardo; Gonçalves, Sónia; Morais-Cecílio, Leonor. "ChIP-Seq reveals that QsMYB1 directly targets genes involved in lignin and suberin biosynthesis pathways in cork oak (Quercus suber)". BMC Plant Biology 18 1 (2018): http://dx.doi.org/10.1186/s12870-018-1403-5.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1186/s12870-018-1403-5
  4. Ramos, António Marcos; Usié, Ana; Barbosa, Pedro; Barros, Pedro M.; Capote, Tiago; Chaves, Inês; Simões, Fernanda; et al. "The draft genome sequence of cork oak". Scientific Data 5 1 (2018): http://dx.doi.org/10.1038/sdata.2018.69.
    Publicado • 10.1038/sdata.2018.69
  5. Meireles, Brígida; Usié, Ana; Barbosa, Pedro; Fortes, Ana Margarida; Folgado, André; Chaves, Inês; Carrasquinho, Isabel; et al. "Characterization of the cork formation and production transcriptome in Quercus cerris¿×¿suber hybrids". Physiology and Molecular Biology of Plants 24 4 (2018): 535-549. http://dx.doi.org/10.1007/s12298-018-0526-3.
    10.1007/s12298-018-0526-3
  6. Usié, Ana; Simões, Fernanda; Barbosa, Pedro; Meireles, Brígida; Chaves, Inês; Gonçalves, Sónia; Folgado, André; et al. "Comprehensive Analysis of the Cork Oak (Quercus suber) Transcriptome Involved in the Regulation of Bud Sprouting". Forests 8 12 (2017): 486. http://dx.doi.org/10.3390/f8120486.
    Acesso aberto • Publicado • 10.3390/f8120486
  7. Barbosa, Pedro; Leão, Célia; Usié, Anabel; Amaro, Ana; Botelho, Ana; Pinto, Carlos; Inácio, João; Stevenson, Karen; Ramos, António Marcos. "Draft Genome Sequence of a Rare Pigmented Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis Type C Strain". Genome Announcements 5 41 (2017): http://dx.doi.org/10.1128/genomea.01066-17.
    Publicado • 10.1128/genomea.01066-17
  8. Gaspar, Daniel; Trindade, Cândida; Usié, Ana; Meireles, Brígida; Barbosa, Pedro; Fortes, Ana; Pesquita, Cátia; Costa, Rita; Ramos, António. "Expression Profiling in Pinus pinaster in Response to Infection with the Pine Wood Nematode Bursaphelenchus xylophilus". Forests 8 8 (2017): 279. http://dx.doi.org/10.3390/f8080279.
    Acesso aberto • Publicado • 10.3390/f8080279
  9. Truong, Hoa T.; Ramos, A. Marcos; Yalcin, Feyruz; de Ruiter, Marjo; van der Poel, Hein J. A.; Huvenaars, Koen H. J.; Hogers, René C. J.; et al. "Sequence-Based Genotyping for Marker Discovery and Co-Dominant Scoring in Germplasm and Populations". PLoS ONE 7 5 (2012): e37565. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0037565.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1371/journal.pone.0037565
  10. Ramos, A. M.; Megens, H. J.; Crooijmans, R. P. M. A.; Schook, L. B.; Groenen, M. A. M.. "Identification of high utility SNPs for population assignment and traceability purposes in the pig using high-throughput sequencing". Animal Genetics 42 6 (2011): 613-620. http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2052.2011.02198.x.
    Publicado • 10.1111/j.1365-2052.2011.02198.x
  11. Steibel, Juan Pedro; Bates, Ronald O.; Rosa, Guilherme J. M.; Tempelman, Robert J.; Rilington, Valencia D.; Ragavendran, Ashok; Raney, Nancy E.; et al. "Genome-Wide Linkage Analysis of Global Gene Expression in Loin Muscle Tissue Identifies Candidate Genes in Pigs". PLoS ONE 6 2 (2011): e16766. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0016766.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1371/journal.pone.0016766
  12. Ramos, António M; Duijvesteijn, Naomi; Knol, Egbert F; Merks, Jan WM; Bovenhuis, Henk; Crooijmans, Richard PMA; Groenen, Martien AM; Harlizius, Barbara. "The distal end of porcine chromosome 6p is involved in the regulation of skatole levels in boars". BMC Genetics 12 1 (2011): 35. http://dx.doi.org/10.1186/1471-2156-12-35.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1186/1471-2156-12-35
  13. Hu, Zhi-Liang; Ramos, Antonio M.; Humphray, Sean J.; Rogers, Jane; Reecy, James M.; Rothschild, Max F.. "Use of Genome Sequence Information for Meat Quality Trait QTL Mining for Casual Genes and Mutations on Pig Chromosome 17". Frontiers in Genetics 2 (2011): http://dx.doi.org/10.3389/fgene.2011.00043.
    Acesso aberto • Publicado • 10.3389/fgene.2011.00043
  14. Steibel, J. P.; Wysocki, M.; Lunney, J. K.; Ramos, A. M.; Hu, Z.-L.; Rothschild, M. F.; Ernst, C. W.. "Assessment of the swine protein-annotated oligonucleotide microarray". Animal Genetics 40 6 (2009): 883-893. http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2052.2009.01928.x.
    Publicado • 10.1111/j.1365-2052.2009.01928.x
  15. Ramos, A. M.; Bastiaansen, J. W. M.; Plastow, G. S.; Rothschild, M. F.. "Genes located on a SSC17 meat quality QTL region are associated with growth in outbred pig populations". Animal Genetics 40 5 (2009): 774-778. http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2052.2009.01907.x.
    Publicado • 10.1111/j.1365-2052.2009.01907.x
  16. Ramos, A.M.; Pita, R.H.; Malek, M.; Lopes, P.S.; Guimarães, S.E.F.; Rothschild, M.F.. "Analysis of the mouse high-growth region in pigs". Journal of Animal Breeding and Genetics 126 5 (2009): 404-412. http://dx.doi.org/10.1111/j.1439-0388.2009.00801.x.
    Publicado • 10.1111/j.1439-0388.2009.00801.x
  17. Ramos, Antonio M.; Crooijmans, Richard P. M. A.; Affara, Nabeel A.; Amaral, Andreia J.; Archibald, Alan L.; Beever, Jonathan E.; Bendixen, Christian; et al. "Design of a High Density SNP Genotyping Assay in the Pig Using SNPs Identified and Characterized by Next Generation Sequencing Technology". PLoS ONE 4 8 (2009): e6524. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0006524.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1371/journal.pone.0006524
  18. Ramos, A.M.; Matos, C.A.P.; Russo-Almeida, P.A.; Bettencourt, C.M.V.; Matos, J.; Martins, A.; Pinheiro, C.; Rangel-Figueiredo, T.. "Candidate genes for milk production traits in Portuguese dairy sheep". Small Ruminant Research 82 2-3 (2009): 117-121. http://dx.doi.org/10.1016/j.smallrumres.2009.02.007.
    Publicado • 10.1016/j.smallrumres.2009.02.007
  19. Ramos, A.M.; Glenn, K.L.; Serenius, T.V.; Stalder, K.J.; Rothschild, M.F.. "Genetic markers for the production of US country hams". Journal of Animal Breeding and Genetics 125 4 (2008): 248-257. http://dx.doi.org/10.1111/j.1439-0388.2007.00710.x.
    Publicado • 10.1111/j.1439-0388.2007.00710.x
  20. Martínez-Montemayor, Michelle M; Hill, Gretchen M; Raney, Nancy E; Rilington, Valencia D; Tempelman, Robert J; Link, Jane E; Wilkinson, Christopher P; Ramos, Antonio M; Ernst, Catherine W. "Gene expression profiling in hepatic tissue of newly weaned pigs fed pharmacological zinc and phytase supplemented diets". BMC Genomics 9 1 (2008): 421. http://dx.doi.org/10.1186/1471-2164-9-421.
    Publicado • 10.1186/1471-2164-9-421
  21. Ramos, A.M.; Serenius, T.V.; Stalder, K.J.; Rothschild, M.F.. "Phenotypic correlations among quality traits of fresh and dry-cured hams". Meat Science 77 2 (2007): 182-189. http://dx.doi.org/10.1016/j.meatsci.2007.03.001.
    Publicado • 10.1016/j.meatsci.2007.03.001
  22. Glenn, K.L.; Ramos, A.M.; Rothschild, M.F.. "Analysis of FMO genes and off flavour in pork". Journal of Animal Breeding and Genetics 124 1 (2007): 35-38. http://dx.doi.org/10.1111/j.1439-0388.2007.00631.x.
    Publicado • 10.1111/j.1439-0388.2007.00631.x
  23. Ramos, A. M.; Helm, J.; Sherwood, J.; Rocha, D.; Rothschild, M. F.. "Mapping of 21 genetic markers to a QTL region for meat quality on pig chromosome 17". Animal Genetics 37 3 (2006): 296-297. http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2052.2006.01437.x.
    Publicado • 10.1111/j.1365-2052.2006.01437.x
  24. SanCristobal, M.; Chevalet, C.; Haley, C. S.; Joosten, R.; Rattink, A. P.; Harlizius, B.; Groenen, M. A. M.; et al. "Genetic diversity within and between European pig breeds using microsatellite markers". Animal Genetics 37 3 (2006): 189-198. http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2052.2005.01385.x.
    Publicado • 10.1111/j.1365-2052.2005.01385.x
  25. SanCristobal, M.; Chevalet, C.; Peleman, J.; Heuven, H.; Brugmans, B.; van Schriek, M.; Joosten, R.; et al. "Genetic diversity in European pigs utilizing amplified fragment length polymorphism markers". Animal Genetics 37 3 (2006): 232-238. http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2052.2006.01440.x.
    Publicado • 10.1111/j.1365-2052.2006.01440.x
  26. Foulley, J-L; van Schriek, MGM; Alderson, L; Amigues, Y; Bagga, M; Boscher, M-Y; Brugmans, B; et al. "Genetic Diversity Analysis Using Lowly Polymorphic Dominant Markers: The Example of AFLP in Pigs". Journal of Heredity 97 3 (2006): 244-252. http://dx.doi.org/10.1093/jhered/esj038.
    Publicado • 10.1093/jhered/esj038
  27. Valente, Luisa; Moreira, Sandra; Ralliere, C; Ramos, António; Rescan, P. "Variability of myostatin genes in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) strains exhibiting distinct hyperplastic growth: Preliminary results". Archives in Animal Breeding 49 1 (2006): 103-108.
    Publicado
  28. Ollivier, Louis; Alderson, Lawrence; Gandini, Gustavo C.; Foulley, Jean-Louis; Haley, Chris S.; Joosten, Ruth; Rattink, Annemieke P.; et al. "An assessment of European pig diversity using molecular markers: Partitioning of diversity among breeds". Conservation Genetics 6 5 (2005): 729-741. http://dx.doi.org/10.1007/s10592-005-9032-6.
    Publicado • 10.1007/s10592-005-9032-6
  29. Otieno, C. J.; Bastiaansen, J.; Ramos, A. M.; Rothschild, M. F.. "Mapping and association studies of diabetes related genes in the pig". Animal Genetics 36 1 (2005): 36-42. http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2052.2004.01217.x.
    Publicado • 10.1111/j.1365-2052.2004.01217.x
  30. Hu, Z.-L.; Glenn, K.; Ramos, A. M.; Otieno, C. J.; Reecy, J. M.; Rothschild, M. F.. "Expeditor: A Pipeline for Designing Primers Using Human Gene Structure and Livestock Animal EST Information". Journal of Heredity 96 1 (2004): 80-82. http://dx.doi.org/10.1093/jhered/esi015.
    Publicado • 10.1093/jhered/esi015
  31. Gaboreanu, A.-M.; Grapes, L.; Ramos, A. M.; Kim, J.-J.; Rothschild, M. F.. "Characterization of an X-chromosome PCR-RFLP marker associated with fat deposition and growth in the pig". Animal Genetics 35 5 (2004): 401-403. http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2052.2004.01178.x.
    Publicado • 10.1111/j.1365-2052.2004.01178.x
  32. Mateus, J. C.; Penedo, M. C. T.; Alves, V. C.; Ramos, M.; Rangel-Figueiredo, T.. "Genetic diversity and differentiation in Portuguese cattle breeds using microsatellites". Animal Genetics 35 2 (2004): 106-113. http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2052.2004.01089.x.
    Publicado • 10.1111/j.1365-2052.2004.01089.x
  33. Pita, R. H.; Ramos, A. M.; Lopes, P. S.; Guimaraes, S. E. F.; Rothschild, M. F.. "Assignment of theporcine peptide YYgene to chromosome 12". Animal Genetics 34 6 (2003): 469-469. http://dx.doi.org/10.1046/j.0268-9146.2003.01063.x.
    10.1046/j.0268-9146.2003.01063.x
  34. Pita, R. H.; Ramos, A. M.; Lopes, P. S.; Guimaraes, S. E. F.; Rothschild, M. F.. "Mapping of the porcineperoxisome proliferator activated receptor alphagene to chromosome 5". Animal Genetics 34 6 (2003): 469-470. http://dx.doi.org/10.1046/j.1365-2052.2003.01062.x.
    10.1046/j.1365-2052.2003.01062.x
  35. Ramos, António Marcos; Mestre, R; Gouveia, SM; Evans, G; Zhang, Y; Cardoso, A; Rothschild, MF; Plastow, GS; Rangel-Figueiredo, T.. "Use of Type I DNA markers for initial genetic characterization of two Portuguese swine breeds". Archivos de Zootecnia 52 198 (2003): 255-264.
    https://doi.org/10.7939/R3MV36
  36. Ramos, A. M.; Helm, J. M.; Zhang, Y. D.; Rangel-Figueiredo, T.; Rothschild, M. F.. "Linkage and physical mapping of the porcine thyroglobulin (TG) gene". Animal Genetics 33 3 (2002): 228-229. http://dx.doi.org/10.1046/j.1365-2052.2002.t01-15-00876.x.
    10.1046/j.1365-2052.2002.t01-15-00876.x
Capítulo de livro
  1. Cathy Ernst; Ramos, António Marcos. "Pig". In Genome Mapping and Genomics in Domestic Animals. Springer Berlin Heidelberg, 2009.
  2. Guerreiro-Pereira, MC; Matos, J; Ramos, António Marcos; Simões, F; Clemente, A; Rangel-Figueiredo, T.. "Molecular markers for the Bísaro pig breed: selection of specific microsatellites". In Tradition and innovation in Mediterranean pig production. 2000.
  3. Ramos, António Marcos; Delgado, JV; Rangel-Figueiredo, T.; Barba, C; Cumbreras, M. "Genotypic and allelic frequencies of the RYR1 locus in the Manchado de Jabugo pig breed". In Quality of meat and fat as affected by genetics and nutrition. 1999.
Poster em conferência
  1. Usié, Ana; H Magalhães; M Antunes; C Leão; Daniel Gaspar; Brígida Meireles; Liliana Cachucho; et al. "Whole genome resequencing analysis of Alentejano pigs reveals differences associated with meat quality phenotypes". Trabalho apresentado em 9th Bioinformatics Open Days, 2020.
  2. Bruna Mendes; Marta Antunes; Ana Usié; Célia Leão; Ramos, António Marcos. "Characterization of the stone pine (Pinus pinea) needle transcriptome: de novo assembly and SNP identification". Trabalho apresentado em 9th Bioinformatics Open Days, 2020.
  3. Marta Antunes; Bruna Mendes; Hugo Magalhães; Ana Usié; Teresa Sampaio; Fernanda Simões; Maria Helena Almeida; Ramos, António Marcos. "Identification of genetic markers for traits of economic importance in cork oak using high throughput SNP genotyping". Trabalho apresentado em 9th Bioinformatics Open Days, 2020.
  4. Bruna Mendes; Teresa Sampaio; Marta Antunes; Hugo Magalhães; Ana Usié; Fernanda Simões; Maria Helena Almeida; Ramos, António Marcos. "Kinship analysis and Pedigree Reconstruction of a Self-Regenerating Cork Oak Population". Trabalho apresentado em 9th Bioinformatics Open Days, 2020.
  5. Ana Usié; Hugo Magalhães; Célia Leão; Daniel Gaspar; Brígida Meireles; Pedro Barbosa; Liliana Cachucho; et al. "Whole Genome Analysis of Alentejano Pigs with Contrasting Meat Quality Phenotypes". Trabalho apresentado em Plant & Animal Genome XXVIII Conference, 2020.
  6. Daniel Gaspar; S Guimarães; I Ureña; S Davis; A Gonçalves; C Detry; AE Pires; et al. "An evolutionary study of domestic sheep from the Iberian Peninsula: mitogenome analysis of Roman sheep remains and Portuguese native breeds". Trabalho apresentado em XV NATIONAL MEETING OF EVOLUTIONARY BIOLOGY, 2019.
  7. Daniel Gaspar; S Guimarães; I Ureña; S Davis; A Gonçalves; C Detry; AE Pires; et al. "Genomic analysis of sheep remains from the 4th-5th century AD Roman villa at São Miguel de Odrinhas". Trabalho apresentado em 37th International Society for Animal Genetics Conference, 2019.
  8. Liliana Cachucho; Olinda Guerreiro; SP Alves; R Bessa; Ana Usié; Daniel Gaspar; Célia Leão; et al. "Fatty acids composition of Longissimus lumborum muscle from Alentejano pigs finished under free-range conditions". Trabalho apresentado em 17th Euro Fed Lipid Congress, 2019.
  9. C Arias-Baldrich; C Miguel; Ramos, António Marcos; D Sobral. "The cork oak genome database portal". Trabalho apresentado em 8th Bioinformatics Open Days, 2019.
  10. Célia Leão; Ana Usié; Marta Antunes; Hugo Magalhães; Ramos, António Marcos. "Identification and characterization of SNPs in the stone pine (Pinus pinea) transcriptome". Trabalho apresentado em 8th Bioinformatics Open Days, 2019.
  11. Pedro Barros; Pedro Barbosa; Ana Usié; MM Oliveira; C Pesquita; Ramos, António Marcos. "Alternative splicing detection across different tissues in cork oak". Trabalho apresentado em 7th Bioinformatics Open Days, 2017.
Resumo em conferência
  1. Daniel Gaspar; Magalhães, H; Usié, A; Leão, C; Monteiro, M; Madeira, M; Santos, J; et al. "Characterization of genomic variation in Portuguese sheep breeds using whole genome resequencing". Trabalho apresentado em 9th Bioinformatics Open Days, Braga, 2020.
  2. Ramos, António Marcos; Gaspar, Daniel; Leão, Célia; Antunes, M; Magalhães, H; Usié, Ana. "Whole genome sequencing analysis as a powerful tool to dissect the genomic architecture of indigenous Portuguese pig and sheep breeds". Trabalho apresentado em IV Encontro de Estudantes de Doutoramento em Ambiente e Agricultura, Évora, 2019.
  3. Ramos, António Marcos. "Genome analysis of local agricultural and forest genetic resources". Trabalho apresentado em 1st Bioinformatic Talking Sessions @ UTAD, Vila Real, 2019.
  4. Ramos, António Marcos. "The future of cork oak genomics research now that the genome is sequenced". Trabalho apresentado em Workshop “Genetic variation of cork oak a tool for regeneration of cork oak woodlands”, Lisboa, 2019.
  5. Ramos, António Marcos. "Cork oak genomics in the post-genome sequence era". Trabalho apresentado em 8th Bioinformatics Open Days, Braga, 2019.
  6. Ramos, António Marcos. "Cork oak genomics: sequencing the genome and other omics studies". Trabalho apresentado em Seminário CIBIO, Porto, 2018.
  7. Ramos, António Marcos. "Dinâmica Transcriptómica da Resposta do Pinheiro Bravo à Infeção com o Nemátodo do Pinheiro". Trabalho apresentado em IV Investigar ICAAM, Évora, 2018.
  8. Ramos, António Marcos. "SNP detection and genotyping for genomic selection studies". Trabalho apresentado em Workshop Seleção genómica em trigo, Santarém, 2018.
  9. Daniel Gaspar; Brígida Meireles; Ana Usié; Pedro Barbosa; Paula Scotti; José Semedo; Pais, I; et al. "Dynamics of leaf and stem transcriptomics related to heat stress in two wheat varieties". Trabalho apresentado em Workshop Seleção genómica em trigo, Santarém, 2018.
  10. Brígida Meireles; Gaspar, Daniel; Usié, A.; Pedro Barbosa; Paula Scotti; José Semedo; Pais, I; et al. "The wheat non-coding transcriptome during the response to heat stress". Trabalho apresentado em Workshop Seleção genómica em trigo, Santarém, 2018.
  11. Ramos, António Marcos. "Genómica e rastreabilidade de produtos de origem animal". Trabalho apresentado em Seminário Inovação na Rastreabilidade Alimentar, Beja, 2017.
  12. Ramos, António Marcos. "Development of genetic markers in the Alentejano pig breed: the SelectPorAl project". Trabalho apresentado em 4th Fatty Pig Congress, Badajoz, 2017.
  13. Ramos, António Marcos. "Development of genetic markers for economically important traits in the Alentejano pig". Trabalho apresentado em X Iberian Congress on Animal Genetic Resources, Castelo Branco, 2016.
  14. Ramos, António Marcos. "Sequenciação do genoma do sobreiro: projecto Genosuber". Trabalho apresentado em Simpósio Internacional do Montado, 2016.
  15. Ramos, António Marcos. "The draft assembly and annotation of the cork oak (Quercus suber L.) genome". Trabalho apresentado em 5th Bioinformatics Open Days, 2016.
  16. Ramos, António Marcos. "Genetic biomarkers for the traceability of animal products". Trabalho apresentado em 1st National Symposium “Biomarkers in Animal Science and Veterinary Sciences: An Interdisciplinary Approach”, 2015.
  17. Ramos, António Marcos. "The draft assembly and annotation of the cork oak (Quercus suber L.) genome". Trabalho apresentado em XIV Iberian Meeting of Plant Physiology, 2015.
  18. Ramos, António Marcos. "Challenges and opportunities for characterization of the Portuguese livestock breeds using high throughput sequencing and genotyping technology". Trabalho apresentado em Indigenous Genetic Resources for Sustainable Animal Production Seminar, 2013.
  19. Ramos, António Marcos. "Characterization of indigenous genetic resources using high throughput sequencing and genotyping technology". Trabalho apresentado em VIII Iberian Congress on Animal Genetic Resources, 2012.
  20. Ramos, António Marcos; R Crooijmans; A Amaral; H Kerstens; C Bendixen; J Hedegaard; G Rohrer; et al. "High throughput SNP discovery and validation in the pig: towards the development of a high density swine SNP chip". Trabalho apresentado em Pig Genome Meeting II, 2008.
  21. Ramos, António Marcos; ZL Hu; J Rogers; J Reecy; MF Rothschild. "From genome scan to fine mapping to sequence information: steps towards the clarification of the mechanisms controlling porcine chromosome 17 QTL for meat quality". Trabalho apresentado em Plant & Animal Genome XIV Conference, 2006.
Tese / Dissertação
  1. Costa do Amaral Ramos, Antonio Marcos. "Molecular dissection of genomic regions influencing important economic traits in the pig". Doutoramento, 2006. http://dx.doi.org/10.31274/rtd-180813-16500.
    10.31274/rtd-180813-16500
  2. Ramos, António Marcos. "Effect of the prolactin, ß-lactoglobulin and alpha-s1-casein variants on milk production traits of three Portuguese sheep breeds". Mestrado, 2002.
  3. Ramos, António Marcos. "Analysis of polymorphisms at the alpha-s1-casein locus in the Serra da Estrela sheep breed.". Licenciatura, 1998.

Propriedade Intelectual

Patente
  1. Ramos, António Marcos; Max Rothschild. 2006. "CSTF1 and C20orf43 markers for meat quality and growth rate in animals".
  2. Ramos, António Marcos; Max Rothschild; Kwan Suk Kim. 2005. "Fine mapping of chromosome 17 quantitative trait loci and use of same for marker assisted selection".
Atividades

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado
Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2020 - Atual Variation detection and assembly of organelle genomes in Quercus species
Orientador de Rita Ferreira
Bioinformática e Aplicações às Ciências da Vida (Mestrado)
Centro de Biotecnologia Agrícola e Agro-Alimentar do Alentejo, Portugal

Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal
2018 - Atual Genomic and bioinformatics methodologies for the identification of genetic markers in sheep
Orientador de Daniel Gaspar
Centro de Biotecnologia Agrícola e Agro-Alimentar do Alentejo, Portugal

Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal
2017 - 2018 Alternative splicing detection across different tissues in cork oak
Coorientador
Bioinformática e Biologia Computacional (Mestrado)
Centro de Biotecnologia Agrícola e Agro-Alimentar do Alentejo, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal

Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2017 - 2017 Identification and characterization of structural variation in the cork oak genome
Orientador de Hugo Magalhães
Bioinformática (Mestrado)
Centro de Biotecnologia Agrícola e Agro-Alimentar do Alentejo, Portugal

Universidade do Minho, Portugal
2015 - 2016 Transcriptomic analysis of maritime pine response to infection with Bursaphelenchus xylophilus, the causing agent of pine wilt disease
Orientador de Daniel Gaspar
Bioinformática e Biologia Computacional (Mestrado)
Centro de Biotecnologia Agrícola e Agro-Alimentar do Alentejo, Portugal

Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2009 - 2010 Efficiency and performance of different short read alignment tools for SNP detection using next generation sequencing technology
Coorientador de Zhao Zhen Sun
Wageningen Universiteit Departement Dierwetenschappen, Países Baixos