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João Carneiro (JC) is skilled in bioinformatics applied to the study of different biological questions. He has a degree in Biology at University of Porto (UP) and a master's in forensic genetics (UP). JC finished his Biology PhD thesis in 2013 at UP and the Institute of Molecular Pathology and Immunology of UP. His thesis was related to molecular dynamics simulations of non-B DNA conformations. JC received a 2014 Foundation for Science and Technology (FCT) postdoctoral fellowship to study the influence of non-B DNA conformations on mtDNA rearrangements at Interdisciplinary Centre of Marine and Environmental Research (CIIMAR). JC is a contracted researcher at CIIMAR by DL57/2016. JC studied the role of non-B DNA conformations in evolutionary mtDNA rearrangements in collaboration with the bioinformatics Group, Helmholtz Centre for Environmental Research, Leipzig (Dr. Matthias Bernt). JC recently concluded the courses Molecular Dynamics and Structure-based Virtual Screening (National Infrastructure for Distributed Computing - INCD) and the E-learning course - Machine Learning (ML) with Python: A Practical Introduction (IBM). He maintains 6 online databases (http://covid.portugene.com/cgi-bin/COVid_home.cgi, http://ebolaid.portugene.com, http://portugene.com/HIVoligoDB/, http://plantaligdb.portugene.com, https://cyanobioactivedb.jcresearchteam.com/, https://cmbiodb.jcresearchteam.com/). EbolaID and CoV2ID are part of the Portuguese distributed infrastructure for biological data through BioData.pt. JC maintains one catalogue of reference sequences for transgenic elements. Recently, JC was involved in a project financed by the FCT RESEARCH 4 COVID-19 call (029_596289414). He participated in the project "Development of the CoV2ID platform for sharing data on COVID-19 detection and treatment protocols" funded by the European Union (Brussels, BE). He was awarded the project "Understanding non-B mtDNA conformations using molecular dynamics simulations" from FCT Advanced Computing Projects A2 typology (2021.09782.CPCA). He also integrates the team of the project "Biomarkers of health and performance in aquacultured fish: the application of antibody-based biosensors" funded by FCT in the call R&D Projects in All Scientific Domains (2022.07659.PTDC). He is also involved in the project Vírus4Health (monitoring the presence of SARS-CoV-2 in wastewater) at CIIMAR in collaboration with Águas do Porto. JC collaborates with the Sérgio Sousa group at BioSIM, Biomedicine department, Faculty of Medicine of UP. This collaboration resulted in 4 published papers related to computational analysis of 3D models of proteins and DNA using molecular dynamics and ML models of biochemical datasets. He started a recent collaboration with Manuel Simões from LEPABE at the Faculty of Engineering of the UP regarding the development of ML algorithms for the prediction of biochemical properties of compounds with application in biotechnology. JC advised multiple students in bioinformatics over the past 5 years. He has supervised 7 MSc students, and co-supervised 1 MSc and 1 PhD. He cooperated with 126 collaborators for the co-authorship of scientific papers. He published 30 articles in peer review journals (Scopus h-index=11, 18 Q1), including 3 in NAR (IF=19.6), 1 in MBE (IF=8.8), 1 in MER (IF=8.6), and 1 in ER (8.4). He published 21 posters, 3 conference papers and 2 preprints. JC has delivered 7 oral presentations in national and international conferences. He organized one international event and participated in 16 events. JC participated as a team member in 8 funded research projects, including the MARINFO consortium. He is the PI of 2 competitive projects. He secured more than 90K euros in grants and more than 15K euros in projects as PI. He currently studies the role of non-B DNA conformations in mitochondrial DNA, highly infectious viruses (SARS-CoV-2, Influenza, Ebola, HIV, RHDV), and ML models applied to biological databases.
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
JOÃO MIGUEL SOTTO MAIOR FARIA CARNEIRO

Nomes de citação

  • Carneiro, João

Identificadores de autor

Ciência ID
361E-93D9-D467
ORCID iD
0000-0002-5153-2395
Google Scholar ID
https://scholar.google.com/citations?user=6Ty_qiEAAAAJ&hl=en
Researcher Id
A-6289-2009
Scopus Author Id
37057156500

Endereços de correio eletrónico

  • joaomiguelsov@gmail.com (Profissional)
  • jcarneiro@ciimar.up.pt (Profissional)

Moradas

  • CIIMAR - Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental. Terminal de Cruzeiros do Porto de Leixões, Av. General Norton de Matos s/n , 4450-208, Matosinhos, Matosinhos, Portugal (Profissional)

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas
  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática
  • Ciências Médicas e da Saúde - Outras Ciências Médicas - Ciência Forense
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Genética e Hereditariedade

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C1)
Português (Idioma materno)
Formação
Grau Classificação
2023/05/25 - 2023/05/25
Concluído
 Graphical Design Workshop (Outros)
Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
2022/11/10 - 2022/11/10
Concluído
 Course on Grant Proposal writing (Outros)
CIIMAR - Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
2022/09/28 - 2022/09/28
Concluído
 Molecular Dynamics (Outros)
Especialização em Molecular Dynamics
REQUIMTE Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal

Infraestrutura Nacional de Computação Distribuída, Portugal
2022/09/27 - 2022/09/27
Concluído
 Structure-based Virtual Screening (Outros)
Especialização em Structure-based Virtual Screening
REQUIMTE Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal

Infraestrutura Nacional de Computação Distribuída, Portugal
2021/05/19 - 2021/06/07
Concluído
 E-learning course - Machine Learning with Python: A Practical Introduction (Outros)
IBM, Estados Unidos
 Completed and approved
2016/11/15 - 2016/12/02
Concluído
 E-learning Course "Analysis of Data from Molecular Techniques of the BioMarPT project - Learning to know the marine environment of Portugal" (Outros)
Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
 93/100
2013/07/09
Concluído
 Doutoramento em Biologia/PhD in Biology (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
"The Role of Non-coding DNA Structural Information in Phylogeny, Evolution and Disease" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 Aprovado com distinção por unanimidade
2008/12/17
Concluído
 Genética forense/Forensic genetics (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
"Forensic applicability of phylogenetic analyses in mtDNA" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 15
2007/05/02 - 2007/05/04
Concluído
 Bioinformatics Course, 2-4 May 2007 (Outros)
Especialização em Bioinformatics
Universidade do Minho, Portugal
2006/07/01
Concluído
 Biologia animal aplicada/Applied animal biology (Licenciatura)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
 12
2006/03/31 - 2006/04/01
Concluído
 ABZ da Genética Humana (Outros)
Especialização em Identificação Genética
Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
 Approved
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2018/09/01 - Atual Investigador Contratado (Investigação) Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
2015/04/01 - 2018/08/31 Pós-doutorado (Investigação) Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
2007/04/01 - 2010/03/31 Investigador (Investigação) Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
2006/09/01 - 2007/03/31 Estagiário de Investigação (Investigação) Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2014/04/15 - 2015/03/31 Bolseiro de Investigação (BI licenciado)/Research fellow Project: "Structure of the HIV genome: novel frameworks for clinical diagnosis and anti-retroviral therapeutics"- com a referência "VIH/SAU/001 Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
2013/10/01 - 2013/12/31 Bolseiro de Investigação/Research fellow Project: Correlations between non-B 3D structure conformations, primary DNA sequence and flanking regions using molecular dynamics simulations. Universidade do Porto Instituto de Ciências e Tecnologias Agrárias e Agro-Alimentares, Portugal
2010/04/01 - 2013/07/09 Bolseiro de doutoramento/Doctoral fellow Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
Projetos

Projeto

Designação Financiadores
2023/03/12 - Atual Biomarkers of health and performance in aquacultured fish: the application of antibody based biosensors (Team member) Funding: 249k Eur
2022.07659.PTDC
Investigador
Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2022/03 - Atual Understanding non-B mtDNA conformations using molecular dynamics simulations (PI) Funding: 5880 Eur
2021.09782.CPCA
Investigador responsável
Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2021/01/01 - 2025/12/31 Centro de Investigação Marinha e Ambiental
10.54499/LA/P/0101/2020
Centro de Ciências do Mar, Portugal

Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2023/05 - 2024/05 Machine Learning Models to Predict Plastic Degrading Enzymes with Application in Blue Biotechnology (PI) Funding: 10k Eur
Not available
Investigador responsável
Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
 Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental
2020/05/01 - 2021/03/31 Development of the CoV2ID platform for sharing data on COVID-19 detection and treatment protocols (Team member)
60
Investigador
European Union
Concluído
2020/05/18 - 2020/08/18 2020: Portuguese Science and Technology Foundation RESEARCH 4 COVID-19 call (029_596289414) Implementation of rapid endpoint PCR systems for SARS-CoV-2 detection in conventional molecular biology laboratories (Team member)
029_596289414
Investigador
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2019/01/01 - 2019/12/31 Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental
UID/Multi/04423/2019
Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2016/01 - 2019/07 MarInfo - Integrated Platform for Marine Data Acquisition and Analysis (Team member)
Provided by PTCRIS: NORTE-01-0145-FEDER-000031
Investigador
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2014/03 - 2016/02 Structure of the HIV genome: novel frameworks for clinical diagnosis and anti-retroviral therapeutics
123636
Provided by PTCRIS: 123636
Investigador
Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
Concluído
2010/05 - 2013/11 The causes and consequences of mitochondrial DNA deletions in animal cells (Team member)
100881
Provided by PTCRIS: 100881
Investigador
Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
Concluído
2010/05 - 2013/07 CO-EVOLUTIONARY STUDY OF NAD BIOCHEMICAL NETWORKS (Team member)
99888
Provided by PTCRIS: 99888
Investigador
Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
Concluído
2010/05 - 2013/04 Search for genomic structural variants in azoospermia: a study in the Portuguese population (Team member)
Provided by PTCRIS: 101229
101229
Investigador
Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
Concluído
2011/01/01 - 2012/12/31 Projecto Estratégico - LA 3 - 2011-2012
PEst-C/SAU/LA0003/2011
Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído

Outro

Designação Financiadores
2023/03/08 - Atual COST action - CA21162 - Establishing a Pan-European Network on Computational Redesign of Enzymes (COZYME)
CA21162
Investigador
European Union, Bélgica
Em curso
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Mónica Lopes-Marques; Matthew Mort; João Carneiro; António Azevedo; Andreia P Amaro; David N Cooper; Luísa Azevedo. "Meta-analysis of 46,000 germline de novo mutations linked to human inherited disease". Human Genomics 18 (2024): 20-20. https://doi.org/10.1186/s40246-024-00587-8.
    10.1186/s40246-024-00587-8
  2. João Carneiro; Francisco Pascoal; Miguel Semedo; Diogo Pratas; Maria Paola Tomasino; Adriana Rego; Carvalho MF; Ana Paula Mucha; Catarina Magalhães. "Mapping human pathogens in wastewater using a metatranscriptomic approach". Environmental Research (2023): 116040-116040. http://dx.doi.org/10.1016/j.envres.2023.116040.
    10.1016/j.envres.2023.116040
  3. João Carneiro; Rita P. Magalhães; Victor M. de la Oliva Roque; Manuel Simões; D. Pratas; Sergio F. Sousa. "TargIDe: a machine-learning workflow for target identification of molecules with antibiofilm activity against Pseudomonas aeruginosa". Journal of Computer-Aided Molecular Design (2023): http://dx.doi.org/10.1007/s10822-023-00505-5.
    10.1007/s10822-023-00505-5
  4. André F. Pina; Sérgio F. Sousa; Luísa Azevedo; João Carneiro. "Non-B DNA conformations analysis through molecular dynamics simulations". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects (2022): 130252-130252. http://dx.doi.org/10.1016/j.bbagen.2022.130252.
    10.1016/j.bbagen.2022.130252
  5. Fares Boudjouan; walid zeghbib; João Carneiro; Raquel Silva; João Morais; Vitor Vasconcelos; Graciliana Lopes. "Comparison Study on Wild and Cultivated Opuntia sp.: Chemical, Taxonomic, and Antioxidant Evaluations". Agriculture (2022): https://www.mdpi.com/2077-0472/12/11/1755.
    10.3390/agriculture12111755
  6. Quelhas, D.; Carneiro, J.; Lopes-Marques, M.; Jaeken, J.; Martins, E.; Rocha, J.F.; Teixeira Carla, S.S.; et al. "Assessing the effects of PMM2 variants on protein stability". Molecular Genetics and Metabolism (2021): http://dx.doi.org/10.1016/j.ymgme.2021.11.002.
    10.1016/j.ymgme.2021.11.002
  7. Serrano, Catarina; Teixeira, Carla S. S.; Cooper, David N.; Carneiro, João; Lopes-Marques, Mónica; Stenson, Peter D.; Amorim, António; et al. "Compensatory epistasis explored by molecular dynamics simulations". Human Genetics 140 9 (2021): 1329-1342. http://dx.doi.org/10.1007/s00439-021-02307-x.
    10.1007/s00439-021-02307-x
  8. Carneiro, João; C. Gomes; Cátia Couto; Filipe Pereira. "CoV2ID: Detection and Therapeutics Oligo Database for SARS-CoV-2". bioRxiv (2020): https://doi.org/10.1101/2020.04.19.048991.
    Publicado
  9. CARNEIRO, JOÃO; Santos, Chiara; Pereira, Filipe. "A web-based platform of nucleotide sequence alignments of plants". bioRxiv (2019): http://dx.doi.org/10.1101/617035.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1101/617035
  10. Pratas, Diogo; Hosseini, Morteza; Grilo, Gonçalo; Pinho, Armando; Silva, Raquel; Caetano, Tânia; Carneiro, João; Pereira, Filipe. "Metagenomic Composition Analysis of an Ancient Sequenced Polar Bear Jawbone from Svalbard". Genes 9 9 (2018): 445. http://dx.doi.org/10.3390/genes9090445.
    10.3390/genes9090445
  11. Carneiro, João; Resende, Adriana; Pereira, Filipe. "The HIV oligonucleotide database (HIVoligoDB)". Database 2017 (2017): http://dx.doi.org/10.1093/database/bax005.
    10.1093/database/bax005
  12. Moreira, Filipa; Carneiro, João; Pereira, Filipe. "A proposal for standardization of transgenic reference sequences used in food forensics". Forensic Science International: Genetics 29 (2017): e26. http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1872497317301060.
    https://doi.org/10.1016/j.fsigen.2017.04.022
  13. Carneiro, João; Pereira, Filipe. "EbolaID: An Online Database of Informative Genomic Regions for Ebola Identification and Treatment". PLOS Neglected Tropical Diseases 10 7 (2016): e0004757. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pntd.0004757.
    10.1371/journal.pntd.0004757
  14. Froufe, Elsa; Gan, Han Ming; Lee, Yin Peng; Carneiro, João; Varandas, Simone; Teixeira, Amílcar; Zieritz, Alexandra; Sousa, Ronaldo; Lopes-Lima, Manuel. "The male and female complete mitochondrial genome sequences of the Endangered freshwater mussel Potomida littoralis (Cuvier, 1798) (Bivalvia: Unionidae)". Mitochondrial DNA Part A 27 5 (2015): 3571-3572. http://dx.doi.org/10.3109/19401736.2015.1074223.
    10.3109/19401736.2015.1074223
  15. Damas, J.; Samuels, D.C.; Carneiro, J.; Amorim, A.; Pereira, F.. "Mitochondrial DNA Rearrangements in Health and Disease-A Comprehensive Study". Human Mutation 35 1 (2014): 1-14. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84890797290&partnerID=MN8TOARS.
    10.1002/humu.22452
  16. Damas, Joana; Carneiro, João; Amorim, António; Pereira, Filipe. "MitoBreak: the mitochondrial DNA breakpoints database". Nucleic Acids Research 42 D1 (2013): D1261-D1268. http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkt982.
    10.1093/nar/gkt982
  17. Teixeira-Silva, A.; Silva, R.M.; Carneiro, J.; Amorim, A.; Azevedo, L.. "The Role of Recombination in the Origin and Evolution of Alu Subfamilies". PLoS ONE 8 6 (2013): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84878637862&partnerID=MN8TOARS.
    10.1371/journal.pone.0064884
  18. Carneiro, J.; Duarte-Pereira, S.; Azevedo, L.; Castro, L.F.C.; Aguiar, P.; Moreira, I.S.; Amorim, A.; Silva, R.M.. "The Evolutionary Portrait of Metazoan NAD Salvage". PLoS ONE 8 5 (2013): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84878391235&partnerID=MN8TOARS.
    10.1371/journal.pone.0064674
  19. Pereira, V.; Gusmão, L.; Valente, C.; Pereira, R.; Carneiro, J.; Gomes, I.; Morling, N.; Amorim, A.; João Prata, M.. "Refining the genetic portrait of Portuguese Roma through X-chromosomal markers". American Journal of Physical Anthropology 148 3 (2012): 389-394. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84862586987&partnerID=MN8TOARS.
    10.1002/ajpa.22061
  20. Van Asch, B.; Pereira, F.; Santos, L.S.; Carneiro, J.; Santos, N.; Amorim, A.. "Mitochondrial lineages reveal intense gene flow between Iberian wild boars and South Iberian pig breeds". Animal Genetics 43 1 (2012): 35-41. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84855642252&partnerID=MN8TOARS.
    10.1111/j.1365-2052.2011.02222.x
  21. Carneiro, J.; Pereira, F.; Amorim, A.. "SPInDel: A multifunctional workbench for species identification using insertion/deletion variants". Molecular Ecology Resources 12 6 (2012): 1190-1195. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84867506608&partnerID=MN8TOARS.
    10.1111/1755-0998.12011
  22. Damas, J.; Carneiro, J.; Gonçalves, J.; Stewart, J.B.; Samuels, D.C.; Amorim, A.; Pereira, F.. "Mitochondrial DNA deletions are associated with non-B DNA conformations". Nucleic Acids Research 40 16 (2012): 7606-7621. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84869477659&partnerID=MN8TOARS.
    10.1093/nar/gks500
  23. Van Asch, B.; Pereira, R.; Carneiro, J.; Amorim, A.. "Population assignment in seven Portuguese dog breeds and Iberian wolves". Forensic Science International: Genetics Supplement Series 3 1 (2011): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-82455210828&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.fsigss.2011.10.019
  24. Van Asch, B.; Silva Santos, L.; Carneiro, J.; Pereira, F.; Amorim, A.. "Identification of mtDNA lineages of Sus scrofa by multiplex single base extension for the authentication of processed food products". Journal of Agricultural and Food Chemistry 59 13 (2011): 6920-6926. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-79960067625&partnerID=MN8TOARS.
    10.1021/jf201283r
  25. Moleirinho, A.; Carneiro, J.; Matthiesen, R.; Silva, R.M.; Amorim, A.; Azevedo, L.. "Gains, losses and changes of function after gene duplication: Study of the metallothionein family". PLoS ONE 6 4 (2011): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-79955562969&partnerID=MN8TOARS.
    10.1371/journal.pone.0018487
  26. Pereira, Filipe; Carneiro, João; Barbara van Asch. "A guide for mitochondrial DNA analysis in non-human forensic investigations". Open Forensic Science Journal 3 (2010): 33-44. https://benthamopen.com/ABSTRACT/TOFORSJ-3-33.
    Acesso aberto • Publicado
  27. Raquel M. Silva; Filipe Pereira; João Carneiro; Olimpia Sobral; Rui Ribeiro; António Amorim; Amadeu M V M Soares; Isabel Lopes. "Microevolution in a natural population of Daphnia longispina exposed to acid mine drainage.". Interdisciplinary Studies on Environmental Chemistry—Biological Responses to Contaminants, Eds., N. Hamamura, S. Suzuki, S. Mendo, C. M. Barroso, H. Iwata and S. Tanabe (2010): 213-218.
    Acesso aberto • Publicado
  28. Pereira, F.; Carneiro, J.; Matthiesen, R.; Van Asch, B.; Pinto, N.; Gusmão, L.; Amorim, A.. "Identification of species by multiplex analysis of variable-length sequences". Nucleic Acids Research 38 22 (2010): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-78650444073&partnerID=MN8TOARS.
    10.1093/nar/gkq865
  29. Azevedo, L.; Carneiro, J.; van Asch, B.; Moleirinho, A.; Pereira, F.; Amorim, A.. "Epistatic interactions modulate the evolution of mammalian mitochondrial respiratory complex components". BMC Genomics 10 (2009): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-67650927396&partnerID=MN8TOARS.
    10.1186/1471-2164-10-266
  30. Pereira, F.; Soares, P.; Carneiro, J.; Pereira, L.; Richards, M.B.; Samuels, D.C.; Amorim, A.. "Evidence for variable selective pressures at a large secondary structure of the human mitochondrial DNA control region". Molecular Biology and Evolution 25 12 (2008): 2759-2770. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-56449124495&partnerID=MN8TOARS.
    10.1093/molbev/msn225
  31. Pereira, F.; Carneiro, J.; Amorim, A.. "Identification of species with DNA-based technology: Current progress and challenges". Recent Patents on DNA and Gene Sequences 2 3 (2008): 187-200. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-70350236393&partnerID=MN8TOARS.
  32. Pereira, F.; Carneiro, J.; Soares, P.; Maciel, S.; Nejmeddine, F.; Lenstra, J.A.; Gusmão, L.; Amorim, A.. "A multiplex primer extension assay for the rapid identification of paternal lineages in domestic goat (Capra hircus): Laying the foundations for a detailed caprine Y chromosome phylogeny". Molecular Phylogenetics and Evolution 49 2 (2008): 663-668. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-55149091106&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.ympev.2008.08.026
  33. Amorim, A.; Carneiro, J.. "The impact of silent alleles in kinship probability calculations". Forensic Science International: Genetics Supplement Series 1 1 (2008): 638-639. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-50349102395&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.fsigss.2007.10.024
Poster em conferência
  1. 761B-0575-6338 ; 671E-AA3E-3770; Sousa, Sérgio F.; Pratas, Diogo; Carneiro, João. "Decoding the Genomic Diversity of Hepatitis E Virus in European Rabbits: A Step Towards Understanding Zoonotic Transmission". Trabalho apresentado em "The 20th Portugaliæ Genetica: DNA - Ancient and New" 21-22 March 2024, 2024.
  2. 761B-0575-6338 ; 671E-AA3E-3770; Sousa, Sérgio F.; Pratas, Diogo; Carneiro, João. "Evolutionary Insights into Plastic-Degrading Enzymes: A Data-Driven Approach to Bioremediation". Trabalho apresentado em "The 20th Portugaliæ Genetica: DNA - Ancient and New" 21-22 March 2024, 2024.
  3. Mariana Fernandes; Clara Cerqueira; Pratas, Diogo; Sousa, Sérgio F.; Carneiro, João. "Exploring the Evolution of PET-Degrading Enzymes: Insights from Sequence Alignment and Phylogenetic Analysis". Trabalho apresentado em "The 20th Portugaliæ Genetica: DNA - Ancient and New" 21-22 March 2024, 2024.
  4. 671E-AA3E-3770; Rafael Vieira; Abrantes, Joana; 5A1C-F0F0-7E62; 2E16-D219-A9EC; Carneiro, João. "Exploring the Genomic Diversity of Hepatitis E Virus in European Rabbits: A Search for Optimal Primers". Trabalho apresentado em Bioinformatics Open Days XIII Edition 14-16 March 2024, 2024.
  5. Clara Cerqueira; E11D-C109-D995; Sousa, Sérgio F.; Pratas, Diogo; Carneiro, João. "Creating a Comprehensive Database of Plastic Degrading Enzymes for Machine Learning Applications". Trabalho apresentado em Bioinformatics Open Days XIII Edition 14-16 March 2024, 2024.
  6. Mariana Fernandes; Clara Cerqueira; Pratas, Diogo; Sousa, Sérgio F.; Carneiro, João. "Unifying Information on Plastic Degrading Enzymes Across Different Databases". Trabalho apresentado em Bioinformatics Open Days XIII Edition 14-16 March 2024, 2024.
  7. Carneiro, Filipa; Lopes, Ana M; Abrantes, Joana; CARNEIRO, JOÃO. "RHDV database: computational approaches to build a primer database". Trabalho apresentado em The International Meeting of the Portuguese Society of Genetics (IMPSG), 2023.
  8. Carneiro, Filipa; Ana M Lopes; Joana Abrantes; CARNEIRO, JOÃO. "Experimental validation of promising RHDV identification primers from Literature and In-silico databases". Trabalho apresentado em Blue Think Conference 2023, 2023.
  9. Carneiro, Filipa; Ana M Lopes; Joana Abrantes; CARNEIRO, JOÃO. "Phylogenetic Conservation Scores to Select Primers for RHDV Identification". Trabalho apresentado em Conference: International Virus Bioinformatics Meeting 2023, 2023.
  10. Renato Soares; Sérgio F. Sousa ; Diogo Pratas; Sérgio Crisóstomo; CARNEIRO, JOÃO. "An Automatic Workflow to build a Database of Cyanobacterial Bioactive Compounds with applications in Blue Biotechnology". Trabalho apresentado em IJUP – Investigação Jovem da U.Porto 2023, 2023.
  11. João Carneiro; Francisco Pascoal; Miguel Semedo; Diogo Pratas; Maria Paola Tomasino; Adriana Rego; Maria De Fátima Carvalho; Ana P Mucha; Catarina Magalhães. "A computational approach to improve wastewater human pathogens detection". 2022.
    10.13140/RG.2.2.13262.33600
  12. Rita P. Magalhães; Victor de La Oliva; Carneiro, João; Sousa, Sérgio F.. "Optimization of Classification Models for Identification of Ligand-Target Inhibition Pairs in Biofilm Formation in P. aeruginosa". Trabalho apresentado em Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural (EJIBCE), 2021.
    10.13140/RG.2.2.26841.39526
  13. Rita Magalhães; Victor de La Oliva; Carneiro, João; Sérgio F. Sousa. "Development of a Classification Model for the Identification of Targets to Known P.aeruginosa Biofilm Formation Inhibitors". Trabalho apresentado em Machine Learning in Quantum Physics and Chemistry Summer School (August 24th to September 3rd ), organized by the Faculty of Physics of the University of Warsaw, Poland., 2021.
  14. Dulce Quelhas; M. Martins; Carneiro, João; Jaeken, J.; Sousa, Sérgio F.; Azevedo, Luísa. "Effects of PMM2 single and double variants on protein stability and substrate interaction". Trabalho apresentado em Scientific CDG Symposium - Virtual Symposium 23-24 June 2021, 2021.
  15. André Ferreira; Filipe Pereira; Luísa Azevedo; Carneiro, João. "Detection methods of intraspecific variability in human highly infectious viruses". Trabalho apresentado em IJUP 2021 - Encontro de Investigação Jovem, 2021.
    10.13140/RG.2.2.25594.82885
  16. André Pina; Sérgio F. Sousa ; Carneiro, João. "3D Prediction of Non-B DNA Conformations Associated with MtDNA Genomic Instability". Trabalho apresentado em 10th edition of Bioinformatics Open Days, 2021.
    10.13140/RG.2.2.20561.66406
  17. Iolanda Soares; Luísa Azevedo; CARNEIRO, JOÃO. "Improving the identification of species using mitochondrial DNA information". Trabalho apresentado em IJUP 2020, 2020.
  18. CARNEIRO, JOÃO; Matthias Bernt; Filipe Pereira. "G-Quadruplexes are putatively involved in MtDNA Evolutionary Rearrangements in Chordata". Trabalho apresentado em XV Encontro Nacional de Biologia Evolutiva, 2019.
  19. Morteza Hosseini; Diogo Pratas; António Manuel Amorim dos Santos; CARNEIRO, JOÃO. "Improving the Detection of MtDNA Rearrangements using a Fast and Accurate Algorithm". Trabalho apresentado em XV Encontro Nacional de Biologia Evolutiva, 2019.
  20. João Carneiro. "Unravelling the role of non-B DNA conformations in mitochondrial genome rearrangements. João Carneiro, Matthias Bernt, Filipe Pereira". Trabalho apresentado em MitoPorto – Advances in Mitochondrial Research. 26 May 2017. Porto, Portugal., 2017.
  21. João Carneiro; Filipe Pereira; António Amorim; Irina de Sousa Moreira; Maria João Ramos. "The single-stranded structural conformations of STRs during replication. João Carneiro, Filipe Pereira, António Amorim, Irina de Sousa Moreira, Maria João Ramos". Trabalho apresentado em 15th Portugaliæ Genetica, 22 and 23 March 2012, Porto, Portugal, 2012.
  22. Ana Carolina Silva; João Carneiro; António Amorim; Luísa Azevedo. "The association between Alu distribution along the Xp21.2-Xp11.4 region and deleterious rearrangements. Ana Carolina Silva, João Carneiro, António Amorim, Luisa Azevedo". Trabalho apresentado em 15th Portugaliæ Genetica, 22 and 23 March 2012. Porto, Portugal., 2012.
  23. Raquel M. Silva; Ana Moleirinho; João Carneiro; Rune Matthiesen; Luísa Azevedo; António Amorim. "Widespread distribution of Nampt orthologues across non-vertebrate species. - Raquel M Silva, Ana Moleirinho, João Carneiro, Rune Matthiesen, Luísa Azevedo and António Amorim.". Trabalho apresentado em Portugaliae Genetica 13th. Edition - 2010, March 18-19. Porto, Portugal, 2010.
  24. CARNEIRO, JOÃO. "Extensive rearrangement of the mitochondrial genome of Bursaphelenchus xylophilus, the pinewood nematode. Cláudia Moreira, Filipe Pereira, Luís Fonseca, João Carneiro, Luísa Azevedo, Isabel Pereira-Castro, Luci Conceição, Manuel Mota, Isabel Abrantes, Barbara van Asch, António Amorim.". Trabalho apresentado em Portugaliae Genetica 13th. Edition - 2010, March 18-19. Porto, Portugal., 2010.
  25. Ana Moleirinho; Barbara van Asch; João Carneiro; Filipe Pereira; António Amorim; Luísa Azevedo. "Gene losses: casualities without causality?". Trabalho apresentado em Portugaliae Genética 11ºedition: “Tales of comparative genomics and evolution”. March 27 and 28. 2008. Porto. Portugal, IPATIMUP, 2008.
  26. João Carneiro; António Amorim. "Impact of silent genes in kinship probability calculations. João Carneiro, António Amorim.". Trabalho apresentado em II Encontro Nacional de Pós-Graduação em Ciências Biológicas. 4, 5 e 6 de June. 2007. Porto, Portugal., 2007.
  27. Filipe Pereira; João Carneiro; David C. Samuels; António Amorim. "A highly conserved hexanucleotide motif triggers the formation of tandem repeats in the mammalian mitochondrial DNA control region. Filipe Pereira, João Carneiro, David C. Samuels, António Amorim.". Trabalho apresentado em I Encontro Nacional de Pós-Graduação em Ciências Biológicas & V Simpósio de Pós-Graduação do Departamento de Biologia da Universidade de Aveiro. 2, 3 and 4 de May. 2006. Aveiro, Portugal., 2006.
    10.12702/viii.simposfloresta.2014.78-679-1
Recurso online
  1. Carneiro, Filipa; Carneiro, João. RHDV Database: a freely accessible database that sorts the oligonucleotides (primers) used in the reverse transcription (RT)-PCR for the detection and identification of RHDV. 2023. https://rhdv-primers-identification-db.jc-biotechaiteam.com/.
  2. Renato Soares; Carneiro, João. CyanoBioActivedb: Database of bioactive compounds derived from cyanobacteria. 2023. https://cyanobioactivedb.jc-biotechaiteam.com/.
  3. Carneiro, João; C. Gomes; Cátia Couto; Filipe Pereira. CoV2ID: Detection and Therapeutics Oligo Database for SARS-CoV-2. 2020. http://dx.doi.org/10.1101/2020.04.19.048991.
    10.1101/2020.04.19.048991
  4. Filipa Moreira; CARNEIRO, JOÃO; Filipe Pereira. Catalogue of reference sequences for transgenic elements in Genetically Modified (GM) plants. 2017. http://portugene.com/GMOTables/cgi-bin/GMOTablesHome.cgi.
  5. CARNEIRO, JOÃO. PlantAligDB: A database of curated nucleotide sequence alignments for plants. 2017. http://plantaligdb.portugene.com/cgi-bin/PlantAligDB_home.cgi.
  6. CARNEIRO, JOÃO; Filipe Pereira. HIVoligoDB - The HIV oligonucleotide database. 2017. http://portugene.com/HIVoligoDB/cgi-bin/HIVoligoDB_home.cgi.
  7. CARNEIRO, JOÃO; Filipe Pereira. EbolaID DATABASE PROJECT. 2016. http://ebolaid.portugene.com/cgi-bin/EbolaID_home.cgi.
Resumo em conferência
  1. Carneiro, João; Brooke E. Hjelm; Filipe Pereira. "Gibbs Free Energy Variation Analysis of Breakpoint Regions from MtDNA Human Brain Deletions". Trabalho apresentado em 10th edition of Bioinformatics Open Days, 2021.
    10.13140/RG.2.2.16891.64803
  2. Cláudia Moreira; Filipe Pereira; João Carneiro; Luísa Azevedo; Isabel Pereira-Castro; Luci Conceição; Manuel Mota; Barbara van Asch; António Amorim. "Genetic diversity within the mitochondrial genome of Bursaphelenchus xylophilus. Cláudia Moreira, Filipe Pereira, Luís Fonseca, João Carneiro, Luísa Azevedo, Isabel Pereira-Castro, Luci Conceição, Manuel Mota, Isabel Abrantes, Barbara van Asch, António Amorim". Trabalho apresentado em XLIII ONTA Annual Meeting, Coimbra, Portugal, Coimbra, 2011.
    Publicado
  3. CARNEIRO, JOÃO. "The mitochondrial genome of Bursaphelenchus xylophilus, the pinewood nematode. Cláudia Moreira, Filipe Pereira, Luís Fonseca, Raquel Silva, João Carneiro, Luísa Azevedo, Isabel Pereira-Castro, Luci Conceição, Manuel Mota, Isabel Abrantes, Barbara van Asch, António Amorim". Trabalho apresentado em 30th International ESN Symposium, Vienna, Austria; 09/2010, Vienna, 2010.
    Publicado
Tese / Dissertação
  1. CARNEIRO, JOÃO. "The Role of Non-coding DNA Structural Information in Phylogeny, Evolution and Disease". Doutoramento, Universidade do Porto Faculdade de Ciências, 2013.
  2. CARNEIRO, JOÃO. "Forensic applicability of phylogenetic analyses in mtDNA". Mestrado, Universidade do Porto Faculdade de Ciências, 2008.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2023/10/18 Models to Predict Plastic Degrading Enzymes with Application in Blue Biotechnology UMIB 2023 seminars
Institute for the Biomedical Sciences “Abel Salazar” (ICBAS) (Porto, Portugal)
2023/05/12 A Computational Approach to Build a RHDV Primer Database from the Literature IJUP – Young Research at the University of Porto
University of Porto (Porto, Portugal)
2021/05/06 Gibbs Free Energy Variation Analysis of Breakpoint Regions from MtDNA Human Brain Deletions 10th edition of Bioinformatics Open Days, 2021.
University of Minho, Braga (Braga, Portugal)
2019/11/25 Dissecting the role of non-B DNA conformations in mitochondrial DNA rearrangements in the human brain 1st BioSIM Cycle of Conferences
Biomedicine department of the Faculty of Medicine of the University of Porto (Porto, Portugal)
2018/03/22 Mitochondrial DNA evolutionary breakpoints are associated with non-B DNA conformations 18th Portugaliæ Genetica-Genetic Diversity in Structure and Regulation, Oral Presentation, 22 & 23 March 2018
i3S - Instituto de Investigação e Inovação em Saúde (Porto, Portugal)
2012/05 The role of non-coding DNA structural information in phylogeny, evolution and disease - João Carneiro - May 2012 Conference: Conference: Cycle of Conferences 2012 - Theoretical Chemistry and Computational Biochemistry Group DQB/FCUP
Universidade do Porto Faculdade de Ciências (Porto, Portugal)
2010/03/18 A new method for detection of compositional strand asymmetries in vertebrate mitochondrial genomes” Fonseca MM, Carneiro J, Pereira F, Amorim A, Roca-Pardiñas, Posada D, Harris DJ Portugaliae Genetica 13th. Edition - 2010, March 18-19. Porto, Portugal.
Ipatimup - Institute of Molecular Pathology and Immunology of the University of Porto (Porto, Portugal)
2007/08/21 The impact of silent alleles in kinship probability calculations – (0-42)22nd. João Carneiro, António Amorim Congress of the International Society for Forensic Genetics 21–25 August 2007 - Copenhagen - Denmark
International Society for Forensic Genetics (Copenhagen, Dinamarca)
2006/03/16 A highly conserved hexanucleotide motif triggers the formation of tandem repeats in the mammalian mitochondrial DNA control region. Filipe Pereira, João Carneiro, David C. Samuels, António Amorim. Portugaliae Genética 9ºedition: “Genes and Populations in Health and disease”. IPATIMUP March 16, 17 and 18. 2006. Porto. Portugal.
Ipatimup - Institute of Molecular Pathology and Immunology of the University of Porto (Porto, Portugal)

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2023/12 - Atual Development of In Silico Simulation Protocols for Selective Inhibition of Voltage-Gate Sodium Channels
Coorientador
2023/10 - Atual Machine Learning-Enhanced Optimization of Plastic-Degrading Enzymes for Sustainable Ocean Cleanup
Orientador
 Bioinformática e Biologia Computacional (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
2023/10 - Atual Designing Optimal 3D Enzyme Computational Models for Efficient Plastic Degradation
Orientador
 Bioinformática e Biologia Computacional (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
2023/10 - Atual Genomic Diversity and Zoonotic Potential of Hepatitis E Virus in European Rabbits: Implications for Diagnostic and Therapeutic Approaches
Orientador
 Bioinformática e Biologia Computacional (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
2023/10 - Atual Designing In-Silico Aptamers for Potential Use in Marine Bioremediation
Coorientador
 Bioinformática e Biologia Computacional (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
2022/10 - 2023/11/27 Identification of Rabbit Hemorrhagic Disease Virus using a Computational Approach
Orientador
 Genética Forense (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2022/10 - 2023/07/24 Improving a Database of Cyanobacterial Bioactive Compounds for Therapeutic Approaches in Human Diseases
Orientador
 Bioinformática e Biologia Computacional (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2021/01/06 - 2021/12/03 An automatic algorithm to design primers for identification of highly infectious viruses using inter and intra-specific genome conservation scores
Orientador
 Genética Forense (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2019/10 - 2020/10/31 Improving the identification of species using intra- specific mitochondrial DNA information
Orientador
 Genética Forense (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação) 		Instituição / Organização
2023/07/31 - 2023/08/04 ALGAS MARINHAS – DA PRAIA AO LABORATÓRIO - CIIMAR - CENTRO INTERDISCIPLINAR DE INVESTIGAÇÃO MARINHA E AMBIENTAL (2023/07/31)
Oficina (workshop) (Coorganizador)
 CIIMAR - Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
2012/06/21 - 2012/06/21 II PhD Forum - "Organizing principles: cell and tissue dynamics, from fundamental biology to disease" (2012/06/21 - 2012/06/21)
Encontro (Membro da Comissão Organizadora)
 Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento 		Nome do evento
Instituição / Organização
2023/10/19 - 2023/10/20 IV Encontro Internacional da Sociedade Portuguesa de Genética IV Encontro Internacional da Sociedade Portuguesa de Genética
Universidade do Minho, Portugal
2023/09/13 - 2023/09/13 Participation in the Blue Think Conference (BTC) 2023
Encontro
 Blue Think Conference (BTC) 2023
CIIMAR - Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
2023/07/20 - 2023/07/20 LAGovírus emergentes na bacia do MEDiterrâneo: desenvolvimento e otimização de metodologias para deteção e controlo de agentes patogénicos
Encontro
 LAGovírus emergentes na bacia do MEDiterrâneo
Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal
2023/07/06 - 2023/07/07 3rd European COZYME webinar
Seminário
 3rd European COZYME webinar
COST (European Cooperation in Science and Technology), Bélgica
2023/07/05 - 2023/07/07 The 2023 edition of the Science Meeting will be held on July 5, 6 and 7 in Aveiro, at the University Field of Santiago. It will be the first time that the event is held outside Lisbon, this time under the title "Science and the Ocean Beyond the Horizon", focusing on the ocean and waters.
Encontro
 Science Meeting 2023: "Science and the Ocean Beyond the Horizon"
Universidade de Aveiro, Portugal
2022/03/24 - 2022/03/25 19th Portugaliæ Genetica - Phenotypic Manifestation of Genetic Heterogeneity
Conferência
 19th Portugaliæ Genetica - Phenotypic Manifestation of Genetic Heterogeneity
Universidade do Porto Instituto de Investigação e Inovação em Saúde, Portugal
2021/10/07 - 2021/10/08 e - Conference on Innovation in Microbial Control
Conferência
 e - Conference on Innovation in Microbial Control
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal

Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2021/09/23 - 2021/09/24 Participation in the Blue Think Conference (BTC) - annual meeting organised by the Interdisciplinary Centre of Marine and Environmental Research (CIIMAR) PhD Students Committee.
Encontro
 Blue Think Conference 2021
Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
2019/12/04 - 2019/12/06 Attendance at TiBE 2019 - BIODIVERSITY, ECOLOGY AND EVOLUTION IN MEDITERRANEAN ECOSYSTEMS
Conferência
 Trends in Biodiversity and Evolution Conferences 2019
Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal
2019/11/14 - 2019/11/15 Presentation of the posters: “G-quadruplexes ares putatively involved in mtDNA rearrangements in Chordata” and “Improving the detection of mtDNA rearrangements using a fast and accurate algorithm”
Encontro
 XV Encontro Nacional de Biologia Evolutiva
Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal
2018/07/13 - 2018/07/13 MitoPorto - Mitochondrial evolution, metabolism and disease.
Simpósio
 International symposium - MitoPorto - Mitochondrial evolution, metabolism and disease.
Universidade do Porto, Portugal
2018/03/22 - 2018/03/23 18th Portugaliæ Genetica - Genetic Diversity in Structure and Regulation
Conferência
 18th Portugaliæ Genetica-Genetic Diversity in Structure and Regulation
Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
2017/05/26 - 2017/05/26 MitoPorto – Advances in Mitochondrial Research. Porto, Portugal
Simpósio
 MitoPorto – Advances in Mitochondrial Research.
Universidade do Porto, Portugal
2014/03/20 - 2014/03/21 16th Portugaliæ Genetica
Encontro
 16th Portugaliæ Genetica
Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
2011/03/17 - 2011/03/18 14th Portugaliæ Genetica
Encontro
 14th Portugaliæ Genetica - Models organisms: humans et al.
Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
2010/03/18 - 2010/03/19 13th Portugaliæ Genetica
Encontro
 13th Portugaliæ Genetica
Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
2009/03/19 - 2009/03/20 12th Portugaliæ Genetica
Encontro
 12th Portugaliæ Genetica
Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
2008/03/27 - 2008/03/28 11th Portugaliæ Genetica
Encontro
 11th Portugaliæ Genetica
Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
2007/03/22 - 2007/03/24 10th Portugaliæ Genetica
Encontro
 10th Portugaliæ Genetica
Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
2006/03/16 - 2006/03/18 9th Portugaliæ Genetica
Encontro
 Portugaliae Genética 9ºedition: ¿Genes and Populations in Health and disease¿. IPATIMUP March 16, 17 and 18. 2006. Porto. Portugal.
Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal
2005/03/17 - 2005/03/19 8th Portugaliæ Genetica - One Evolution, Four Modes of Inheritance
Encontro
 One Evolution, Four Modes of Inheritance
Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal

Júri de grau académico

Tema
Tipo de participação 		Nome do candidato (Tipo de grau)
Instituição / Organização
2023/11/27 Identification of Rabbit Hemorrhagic Disease Virus using a Computational Approach
Orientador
 Filipa Alexandra Tavares Carneiro (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2023/11/22 Understanding the Molecular Basis Behind Congenital Disorders of Glycosylation
Arguente principal
 Tiago André Cunha Oliveira (Mestrado)
Escola Superior de Saúde do Politécnico do Porto, Portugal
2023/07/24 Improving a Database of Cyanobacterial Bioactive Compounds for Therapeutic Approaches in Human Diseases
Orientador
 Renato Jorge Sousa Soares (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2023/04/26 In Silico Identification of Protein Targets Associated to the Insecticide Activity of Natural Products
Arguente principal
 Maria Francisca Fernandes de Araújo (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2021/12/03 An automatic algorithm to design primers for identification of highly infectious viruses using inter and intra-specific genome conservation scores
Orientador
 André Rafael Ferreira (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2015/12/14 In vitro detection of non-canonical mitochondrial DNA conformations
Arguente principal
 João Pedro Silva Monteiro (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Comissão de avaliação

Descrição da atividade
Tipo de assessoria 		Instituição / Organização Entidade financiadora
2020/06 - 2020/07 BYT PhD Jury Evaluation - 2020 (graduate program that immerses you in high level original research and rigorous scientific learning for a full doctorate at CIIMAR)
Avaliador
 Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal

Consultoria / Parecer

Descrição da atividade Instituição / Organização
2020/05/14 - Atual Metatranscriptomes analysis in the project Vírus4Health (monitor the presence of SARS-CoV-2 in wastewater). Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2024/01/15 - 2024/01/15 Master Students Workshop UIDB_(COB) - Machine Learning Models Workshop using computational tools for data analysis. (Outros) CIIMAR - Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal

Entrevista (jornal / revista)

Descrição da atividade Jornal / Forum
2020/04/30 Interview Agência Lusa "Ferramenta criada na U.Porto pode melhorar deteção do SARS-CoV-2" Agência Lusa

Entrevista / Programa (rádio / tv)

Programa Tema
2017/04/04 - Atual Antena 1 Interview for Antena 1 regarding EbolaID database.

Membro de comissão

Descrição da atividade
Tipo de participação 		Instituição / Organização
2023/10 - Atual Committee for Blue Biotechnology, Environment, and Health Seminars at CIIMAR
Membro
 Universidade do Porto Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Portugal

Outro júri / avaliação

Descrição da atividade Instituição / Organização
2022/07/13 - 2022/07/13 Jury of the defense exams for the course project in Medicinal Biotechnology Escola Superior de Saúde do Politécnico do Porto, Portugal
2021/02/10 - 2021/02/10 Meeting-interview referring to the development of the work of student Cláudia Tatiana Freitas Vieira, from the Doctoral Program in Biomedicine, Faculty of Medicine of the University of Porto. Universidade do Porto Faculdade de Medicina, Portugal
2018/10/30 - 2018/10/30 Avaliação do trabalho desenvolvido no Ano Probatório do aluno de doutoramento / Evaluation of the work developed in the Probationary Year of the doctoral student João Pedro Silva Monteiro: "Dissecting the mitochondrial DNA replisome of Neurospora crassa". Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal
2018/10/30 - 2018/10/30 Avaliação do trabalho desenvolvido no Ano Probatório da aluna de doutoramento / Evaluation of the work developed in the Probationary Year of the doctoral student Filipa Isabel Menezes Moreira: "Unravelling the role of topoisomerases in mitochondrial DNA rearrangements". Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal

Revisão ad hoc de artigos em revista

Nome da revista (ISSN) Editora
2023/10/24 - Atual BMC genomics (ISSN: 1471-2164) Springer Nature
2023/07 - Atual Scientific Reports (Sci Rep) ( 2045-2322) Springer Nature
2023/01 - Atual Biofouling journal (1029-2454) Taylor and Francis

Tutoria

Tópico Nome do aluno
2021/05/31 - 2021/06/18 "Development of a Classification Model for the Identification of Targets to Known P.aeruginosa Biofilm Formation Inhibitors" Rita Prata Barbedo Magalhães