Sofia Ribeiro Cotton (081F-D38F-8B7A)

Curriculum Vitae

Sofia Ribeiro Cotton

Sofia Cotton holds a PhD in Biomedical Sciences, graduated in Biotechnology in 2014 and obtained her master`s degree in Molecular and Cell Biology in 2016 from the University of Aveiro. During her master thesis, as a member of Experimental Pathology and Therapeutics Group (IPO-Porto), she acquired experience in immunohistochemistry, in situ proximity ligation, western blot and mass spectrometry-based characterization of cancer-associated glycans and abnormally glycosylated proteins. The work resulted in the development of an original article "Exploring increased sialylation by targeted O-glycoproteomics identifies MUC16 as a poor prognosis biomarker in advanced stage bladder tumour" (19/20 for the thesis). Moreover, Sofia has continued to work in IPO-Porto embracing a project incorporated in ESTIMA program for three years. Also, she has worked in International Iberian Nanotechnology Laboratory Portugal, developing microfluidic devices for circulating tumor cell isolation (January 2017- August 2017), and continues to collaborate in this institution. Sofia has published 14 articles in specialized journals, four as a first author, namely one review article on gastrointestinal and colorectal cancers glycosylation which was highlighted as front cover in Theranostics journal and “Target Score-A Proteomics Data Selection Tool Applied to Esophageal Cancer Identifies GLUT1-Sialyl Tn Glycoforms as Biomarkers of Cancer Aggressiveness” and "E-selectin affinity glycoproteomics reveals neuroendocrine proteins and the secretin receptor as a poor-prognosis signature in colorectal cancer" representatives of hers most recent work. She holds a h-index of 11, an average impact factor of 6,239 and 376 citations in the published articles.

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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo: Sofia Ribeiro Cotton
Data de nascimento: 1991/03/08
Género: Feminino

Nomes de citação

Cotton, Sofia

Identificadores de autor

Ciência ID: 081F-D38F-8B7A
ORCID iD: 0000-0002-8112-5619

Endereços de correio eletrónico

cotton.sofia@gmail.com (Profissional)
sofia.ribeiro.cotton@ipoporto.min-saude.pt (Pessoal)

Domínios de atuação

Ciências Médicas e da Saúde - Biotecnologia Médica - Tecnologias que envolvem a Manipulação de Células,Tecidos,Órgãos ou todo o Organismo
Ciências Médicas e da Saúde - Biotecnologia Médica - Biotecnologia Aplicada à Saúde
Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Molecular
Ciências Médicas e da Saúde - Medicina Clínica - Oncologia

Idiomas

Idioma	Conversação	Leitura	Escrita	Compreensão
Inglês	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)
Francês	Utilizador elementar (A1)	Utilizador independente (B1)	Utilizador elementar (A1)	Utilizador elementar (A1)
Alemão	Utilizador elementar (A1)	Utilizador elementar (A1)	Utilizador elementar (A1)	Utilizador elementar (A1)

Formação

	Grau	Classificação
2018/01/01 - 2024/09/30 Concluído	Ciências Biomédicas (Doutoramento) Especialização em Ciências da saúde_ Biotecnologia médica Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal "Glyco2Life – Exploiting Circulating Tumour Cells glycosylation for improved colorectal cancer care: a step towards precision oncology" (TESE/DISSERTAÇÃO)
2024/09/30 Concluído	Ciências Biomédicas (Doutoramento) Especialização em Sem especialidade Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal "Circulating tumour cells glycosylation for improved esophageal and colorectal cancer care: a step towards precision oncology" (TESE/DISSERTAÇÃO)
2016 Concluído	Biologia Molecular e Celular (Mestrado) Universidade de Aveiro, Portugal "Glycoproteomic characterization of advanced bladder cancer towards novel therapies" (TESE/DISSERTAÇÃO)	15
2016 Concluído	Biologia Molecular e Celular (Mestrado) Especialização em Sem especialização Universidade de Aveiro, Portugal "Glycoproteomic characterization of advanced bladder cancer towards novel therapies" (TESE/DISSERTAÇÃO)
2014 Concluído	Biotecnologia (Licenciatura) Universidade de Aveiro, Portugal "Developing a feeding assay for amphibians and assessment of tadpoles exposure to copper." (TESE/DISSERTAÇÃO)	12

Percurso profissional

Ciência

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2018/11/21 - 2020/12/31	Investigador visitante (Investigação)	Universidade do Porto Instituto de Investigação e Inovação em Saúde, Portugal

Outros

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2018/01/01 - 2024/09/30	PhD student	Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal
	Instituto Português de Oncologia do Porto Francisco Gentil Centro de Investigação, Portugal
2018/01/01 - 2018/08/01	PhD student (collaboration as visitant researcher)	International Iberian Nanotechnology Laboratory, Portugal
	International Iberian Nanotechnology Laboratory, Portugal
2015/09/01 - 2016/12/01	Master Degree Internship (Classification: 19 out of 20)	Universidade de Aveiro, Portugal
	Instituto Português de Oncologia do Porto Francisco Gentil Centro de Investigação, Portugal
2014/02/01 - 2014/08/01	Degree Internship (Classification: 17 out of 20) Training in CESAM & Biology Department, developing a feeding assay for amphibians and assessment of tadpoles exposure to copper.	Universidade de Aveiro, Portugal
	Universidade de Aveiro, Portugal

Projetos

Bolsa

	Designação	Financiadores
2020/09/01 - 2024/08/31	Glycan-based solutions for improving metastatic colorectal cancer patients’ management. 2020.09394.BD 10.54499/2020.09394.BD Bolseiro de Doutoramento Universidade do Porto Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Portugal Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2017/03/16 - 2020/03/31	Circulating Tumour Cells glycosylation for improved esophageal cancer care: a step towards precision oncology NORTE-45-2015-02 Bolseiro de Doutoramento Instituto Português de Oncologia do Porto Francisco Gentil Centro de Investigação, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído

Projeto

	Designação	Financiadores
2022/01/01 - 2025/06/30	RESOLVE: Rational Design of Multivalent Glycocode-Inspired Nanovaccines for Gastric Cancer Immunotherapy PTDC/MED-OUT/2512/2021 10.54499/PTDC/MED-OUT/2512/2021 Instituto Português de Oncologia do Porto Francisco Gentil EPE, Portugal Instituto Português de Oncologia do Porto Francisco Gentil Centro de Investigação, Portugal Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal Universidade de Aveiro, Portugal Universidade do Porto Instituto de Investigação e Inovação em Saúde, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2023/03/01 - 2024/08/31	REVERENT: PRE-CLINICAL VALIDATION OF A GLYCOCODE-INSPIRED VACCINE FOR BLADDER CANCER IMMUNOTHERAPY 2022.03621.PTDC 10.54499/2022.03621.PTDC Instituto Português de Oncologia do Porto Francisco Gentil EPE, Portugal Universidade do Porto Instituto de Investigação e Inovação em Saúde, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2019/01/01 - 2019/12/31	Portuguese Oncology Institute - Porto Research Center UID/DTP/00776/2019 UID/DTP/04750/2019 UIDB/04750/2020 UIDB/00776/2020 Instituto Português de Oncologia do Porto Francisco Gentil EPE, Portugal Instituto Português de Oncologia do Porto Francisco Gentil Centro de Investigação, Portugal Universidade do Porto Instituto de Saúde Pública, Portugal Universidade do Porto Unidade de Investigação em Epidemiologia, Portugal Universidade do Porto Faculdade de Medicina, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído

Outro

	Designação	Financiadores
2017/01/01 - 2017/12/31	Optimizing the treatment of colorectal cancer liver metastasis - Investigador	Desativado

Produções

Publicações

Artigo em revista	Peixoto, Andreia; Ferreira, Dylan; Miranda, Andreia; Relvas-Santos, Marta; Freitas, Rui; Brandão, Andreia; Ferreira, Eduardo; et al. "Multilevel Plasticity and Altered Glycosylation Drive Aggressiveness in Hypoxic and Glucose-Deprived Bladder Cancer Cells". Cell Reports (2024): Em revisão Freitas, Rui; Miranda, Andreia; Ferreira, Dylan; Relvas-Santos, Marta; Castro, Flávia; Ferreira, Eduardo; Gaiteiro, Cristiana; et al. "A Multivalent CD44 Glycoconjugate Vaccine for Cancer Immunotherapy". Biomaterials (2024): Em revisão Cotton, Sofia; Ferreira, Dylan; Relvas-Santos, Marta; Brandão, Andreia; Luis Afonso; Miranda, Andreia; Ferreira, Eduardo; et al. "E-selectin Affinity Glycoproteomics Reveals Neuroendocrine Proteins and the Secretin Receptor as a Poor Prognosis Signature in Colorectal Cancer". (2024): Submetido Carneiro, Adriana; Piairo, Paulina; Teixeira, Alexandra; Ferreira, Dylan; Cotton, Sofia; Rodrigues, Carolina; Chícharo, Alexandre; et al. "Discriminating Epithelial to Mesenchymal Transition Phenotypes in Circulating Tumor Cells Isolated from Advanced Gastrointestinal Cancer Patients". Cells 11 3 (2022): 376. http://dx.doi.org/10.3390/cells11030376. 10.3390/cells11030376 Peixoto, Andreia; Ferreira, Dylan; Azevedo, Rita; Freitas, Rui; Fernandes, Elisabete; Relvas-Santos, Marta; Gaiteiro, Cristiana; et al. "Glycoproteomics identifies HOMER3 as a potentially targetable biomarker triggered by hypoxia and glucose deprivation in bladder cancer". Journal of Experimental & Clinical Cancer Research 40 1 (2021): http://dx.doi.org/10.1186/s13046-021-01988-6. 10.1186/s13046-021-01988-6 Cotton, Sofia; Ferreira, Dylan; Soares, Janine; Peixoto, Andreia; Relvas-Santos, Marta; Azevedo, Rita; Piairo, Paulina; et al. "Target Score—A Proteomics Data Selection Tool Applied to Esophageal Cancer Identifies GLUT1-Sialyl Tn Glycoforms as Biomarkers of Cancer Aggressiveness". International Journal of Molecular Sciences 22 4 (2021): 1664. http://dx.doi.org/10.3390/ijms22041664. 10.3390/ijms22041664 Fernandes, Elisabete; Freitas, Rui; Ferreira, Dylan; Soares, Janine; Azevedo, Rita; Gaiteiro, Cristiana; Peixoto, Andreia; et al. "Nucleolin-Sle A Glycoforms as E-Selectin Ligands and Potentially Targetable Biomarkers at the Cell Surface of Gastric Cancer Cells". Cancers 12 4 (2020): 861. http://dx.doi.org/10.3390/cancers12040861. 10.3390/cancers12040861 Fernandes, Elisabete; Sores, Janine; Cotton, Sofia; Peixoto, Andreia; Ferreira, Dylan; Freitas, Rui; Reis, Celso A.; Santos, Lúcio Lara; Ferreira, José Alexandre. "Esophageal, gastric and colorectal cancers: Looking beyond classical serological biomarkers towards glycoproteomics-assisted precision oncology". Theranostics 10 11 (2020): 4903-4928. http://dx.doi.org/10.7150/thno.42480. 10.7150/thno.42480 Come, Jotamo; Castro, Clara; Morais, Atílio; Cossa, Matchecane; Modcoicar, Prassad; Tulsidâs, Satish; Cunha, Lina; et al. "Clinical and Pathologic Profiles of Esophageal Cancer in Mozambique: A Study of Consecutive Patients Admitted to Maputo Central Hospital". Journal of Global Oncology 4 (2018): 1-9. http://dx.doi.org/10.1200/jgo.18.00147. Publicado • 10.1200/jgo.18.00147 Neves M; Azevedo R; Lima L; Oliveira MI; Peixoto A; Ferreira D; Soares J; et al. "Exploring sialyl-Tn expression in microfluidic-isolated circulating tumour cells: A novel biomarker and an analytical tool for precision oncology applications.". New biotechnology (2018): http://europepmc.org/abstract/med/30273682. 10.1016/j.nbt.2018.09.004 Azevedo, Rita; Soares, Janine; Gaiteiro, Cristiana; Peixoto, Andreia; Lima, Luís; Ferreira, Dylan; Relvas-Santos, Marta; et al. "Glycan affinity magnetic nanoplatforms for urinary glycobiomarkers discovery in bladder cancer". Talanta 184 (2018): 347-355. http://dx.doi.org/10.1016/j.talanta.2018.03.028. 10.1016/j.talanta.2018.03.028 Azevedo R; Soares J; Peixoto A; Cotton S; Lima L; Santos LL; Ferreira JA. "Circulating tumor cells in bladder cancer: Emerging technologies and clinical implications foreseeing precision oncology.". Urologic oncology (2018): http://europepmc.org/abstract/med/29530466. 10.1016/j.urolonc.2018.02.004 Cotton S; Azevedo R; Gaiteiro C; Ferreira D; Lima L; Peixoto A; Fernandes E; et al. "Targeted O-glycoproteomics explored increased sialylation and identified MUC16 as a poor prognosis biomarker in advanced-stage bladder tumours.". Molecular oncology (2017): http://europepmc.org/abstract/med/28156048. 10.1002/1878-0261.12035 Peixoto A; Fernandes E; Gaiteiro C; Lima L; Azevedo R; Soares J; Cotton S; et al. "Hypoxia enhances the malignant nature of bladder cancer cells and concomitantly antagonizes protein O-glycosylation extension.". Oncotarget (2016): http://europepmc.org/abstract/med/27542232. 10.18632/oncotarget.11257
Capítulo de livro	Peixoto, Andreia; Cotton, Sofia; Santos, Lúcio Lara; Ferreira, José Alexandre. "The Tumour Microenvironment and Circulating Tumour Cells: A Partnership Driving Metastasis and Glycan-Based Opportunities for Cancer Control". In Advances in Experimental Medicine and Biology, 1-33. Springer International Publishing, 2021. 10.1007/978-3-030-73119-9_1
Poster em conferência	Peixoto, Andreia; Miranda, Andreia; Ferreira, Dylan; Freitas, Rui; Relvas-Santos, Marta; Ferreira, Eduardo; Cotton, Sofia; et al. "Definindo o papel da glicosilação na agressividade do cancro de bexiga: Impacto do microambiente tumoral". Trabalho apresentado em IPO-Porto Summit, 2024. Freitas, Rui; Miranda, Andreia; Ferreira, Dylan; Relvas-Santos, Marta; Castro, Flávia; Ferreira, Eduardo; Gaiteiro, Cristiana; et al. "Pre-clinical Validation of a Multivalent CD44 Glycoconjugate Vaccine for Cancer Immunotherapy". Trabalho apresentado em 1st Young Researcher's Day, 2023. Soares, Janine; Ferreira, Dylan; Miranda, Andreia; Relvas-Santos, Marta; Brandão, Andreia; Freitas, Rui; Ferreira, Eduardo; et al. "Glycosylation as a driver of Colorectal cancer aggressiveness". Trabalho apresentado em 1st Young Researchers¿s Day, 2023. Cotton, Sofia; Ferreira, Dylan; Relvas-Santos, Marta; Brandão, Andreia; André Moreira Neto da Silva; Lúcio Lara Santos; Ferreira, José Alexandre. "The Secretin Receptor as a Prognostic Marker Carrying E-Selectin Ligands in Colorectal Cancer". Trabalho apresentado em 1ST YOUNG RESEARCHERS´DAY, 2023. Freitas, Rui; Miranda, Andreia; Ferreira, Dylan; Gaiteiro, Cristiana; Ferreira, Eduardo; Relvas-Santos, Marta; Soares, Janine; et al. "Production and pre-clinical evaluation of immunogenic CD44 glycoconjugates: setting the molecular bases for novel multivalent anti-cancer glycovaccines". Trabalho apresentado em Trabalho apresentado no XLVIII Annual Meeting of the Portuguese Society for Immunology, 2023. Carneiro, Adriana; Piairo, Paulina; Teixeira, Alexandra; Ferreira, Dylan; Cotton, Sofia; Rodrigues, Carolina; Chícharo, Alexandre; et al. "Microfluidic-based Isolation of Circulating Tumour Cells in Gastrointestinal Cancers". Trabalho apresentado em VII Liquid Biopsy Symposium, 2022. Ferreira, Dylan; Freitas, Rui; Fernandes, Elisabete; Gaiteiro, Cristiana; Peixoto, Andreia; Cotton, Sofia; Palmeira, Carlos; et al. "Nucleolin-SLeA as E-Selectin Ligands and Potentially Targetable Biomarkers at the Cell Surface of Gastric Cancer Cells: a flow cytometry-assisted approach". Trabalho apresentado em XVII Congress of the Iberian Society of Cytometry, 2021. Carneiro, Adriana; Piairo, Paulina; Teixeira, Alexandra; Ferreira, Dylan; Cotton, Sofia; Rodrigues, Carolina; Chícharo, Alexandre; et al.. "Microfluidic-based Isolation of Gastrointestinal Circulating Tumour Cells". 2021. Cotton, Sofia; Jotamo Come; Ferreira, Dylan; Fernandes, Elisabete; Carla Carrilho; Santos, Lúcio; Come, Jotamo; et al. "Molecular profiling of squamous cell carcinoma of the esophagus in Mozambique: a genoproteomic-assisted approach to improve oncologic care in Africa". Trabalho apresentado em Virtual Cancer Genomics Conference: “African genomic diversity: A roadmap to global equity in cancer control”, 2021. Cotton, Sofia; Come, Jotamo; Ferreira, Dylan; Elisabete Cristina Nunes Fernandes; Carrilho, Carla; Lúcio Lara Santos. "Molecular profiling of squamous cell carcinoma of the esophagus in Mozambique: a genoproteomic-assisted approach to improve oncologic care in Africa". 2021. Peixoto, Andreia; Fernandes, Elisabete; Gaiteiro, Cristiana; Lima, Luís; Azevedo, Rita; Soares, Janine; Cotton, Sofia; et al.. "Hypoxia enhances the malignant nature of bladder cancer cells and concomitantly antagonizes protein O-glycosylation". 2018.
Tese / Dissertação	Cotton, Sofia Ribeiro. "Glycoproteomic characterization of advanced bladder cancer towards novel therapies". Mestrado, 2016. http://hdl.handle.net/10773/17366.

Atividades

Apresentação oral de trabalho

	Título da apresentação	Nome do evento Anfitrião (Local do evento)
2024/05/11	E-selectin Affinity Glycoproteomics Reveals Neuroendocrine Proteins and the Secretin Receptor as a Poor Prognosis Signature in Colorectal Cancer	Ipo Porto Summit IPO-PORTO (Portugal)
2021/01	Molecular profiling of squamous cell carcinoma of the esophagus in Mozambique: a genoproteomic-assisted approach to improve oncologic care in Africa	Virtual Cancer Genomics Conference: “African genomic diversity: A roadmap to global equity in cancer control”
2018	Comunicações em painel ("poster") Hypoxia enhances the malignant nature of bladder cancer cells and concomitantly antagonizes protein O-glycosylation extension.	Conference: ICS 2018: 29th International Carbohydrate Symposium (Lisbon, Portugal)
2017	Targeted O-glycoproteomics explored increased sialylation and identified MUC16 as a poor prognosis biomarker in advanced stage bladder tumours.	12ª Reunião do Grupo de Glúcidos – GLUPOR12. 2017 (Aveiro, Portugal)