Joana Veríssimo (0716-D4DC-1347)

Curriculum Vitae

Joana Veríssimo

I recently completed my PhD in the BIODIV program (FCUP, CIBIO-InBIO), where my research focused on developing and applying molecular tools for biodiversity monitoring. This included the use of environmental DNA (eDNA) approaches to detect invasive species, performance comparisons between Illumina and Oxford Nanopore sequencing platforms, and the impact of technical replicates on species detection. I also contributed to expanding freshwater fish reference barcodes through genome skimming. My earlier work, during my MSc in Biodiversity, Genetics and Evolution at the University of Porto (2014), focused on the phylogeography and population genetics of the Mediterranean pond turtle (Mauremys leprosa), with emphasis on the conservation of Iberian populations. To date, I've authored 13 peer-reviewed manuscripts. Moreover, during my career, I've also developed skills in R and Python programming languages and Linux environment, which I use extensively for data analysis and task automation.

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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo: Joana Veríssimo

Nomes de citação

Veríssimo, Joana

Identificadores de autor

Ciência ID: 0716-D4DC-1347
ORCID iD: 0000-0002-8721-9376

Endereços de correio eletrónico

j_verissimo@cibio.up.pt (Profissional)

Telefones

Telefone

252660411 (Profissional)

Moradas

CIBIO/InBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Universidade do Porto, Campus Agrário de Vairão. R. Padre Armando Quintas, 4485-661 , Vairão, Vila do Conde, Portugal (Profissional)

Idiomas

Idioma	Conversação	Leitura	Escrita	Compreensão	Peer-review
Inglês	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)

Formação

	Grau	Classificação
2018/05/01 - 2025/04/30 Concluído	Biodiversy, Genetics and Evolution (Doutoramento) Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal
2014 Concluído	Mestrado em Biodiversidade, Genética e Evolução (Mestrado) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal "Phylogeography and current patterns of genetic diversity and structure of the Mediterranean pond turtle." (TESE/DISSERTAÇÃO)	18
2011 Concluído	Biologia (Licenciatura) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal "Genetic characterization of the Mediterranean pond turtle (Mauremys leprosa) Portuguese populations." (TESE/DISSERTAÇÃO)	13

Percurso profissional

Ciência

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2022/11/15 - Atual	Investigador (Investigação)	Associação BIOPOLIS - Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal

2018/05/01 - 2022/09/30	Estagiário de Investigação (Investigação)	Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal

2016/02/16 - 2016/09/30	Assistente de Investigação (carreira) (Investigação)	Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal

2015/07/15 - 2016/02/15	Assistente de Investigação (carreira) (Investigação)	Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal

2015/04/01 - 2015/06/30	Assistente de Investigação (carreira) (Investigação)	Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal

Outros

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2016/10/01 - 2018/04/30	Research Assistant for EnvMetaGen. Responsible for DNA extraction and metabarcoding (Illumina Miseq) procedures for diet assessment or species detection using eDNA samples, InBio invertebrate referenc	Universidade do Porto Instituto de Ciências e Tecnologias Agrárias e Agro-Alimentares, Portugal

2014/10/01 - 2015/03/31	Fieldwork technician under different projects to prospect different taxa (eg: amphibians and flora (Narcissus spp.)).	Bio3 - Estudos e Projectos em Biologia e Valorização de Recursos Naturais, Lda., Portugal

2014/11/28 - 2015/01/09	Responsible for environmental education activities with primary schools pupils that participated in the project “1000 Schools”.	Bio Rumo – Consultoria em Ambiente e Sustentabilidade, Lda., Portugal

2014/07/01 - 2014/09/30	Internship through PEJENE protocol from the Youth Foundation. Responsible for compiling and organising fieldwork data, camera-trapping species ID, producing science divulgation for a blog, and identif	Bio3 - Estudos e Projectos em Biologia e Valorização de Recursos Naturais, Lda., Portugal

Projetos

Projeto

	Designação	Financiadores
2021/01/01 - 2025/12/31	Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology (InBIO) LA/P/0048/2020 10.54499/LA/P/0048/2020 Bolseiro de Doutoramento Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal Fundação Gaspar Frutuoso, Portugal Universidade do Porto Instituto de Ciências Tecnologias e Agroambiente, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2020/01/01 - 2023/12/31	Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology UIDB/50027/2020 10.54499/UIDB/50027/2020 Bolseiro de Doutoramento Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal Fundação Gaspar Frutuoso, Portugal Universidade do Porto Instituto de Ciências Tecnologias e Agroambiente, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2020/01/01 - 2023/12/31	Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology UIDP/50027/2020 10.54499/UIDP/50027/2020 Bolseiro de Doutoramento Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal Fundação Gaspar Frutuoso, Portugal Universidade do Porto Instituto de Ciências Tecnologias e Agroambiente, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2018/07/01 - 2021/12/30	The role of voles in agroecosystems: linking pest management to biodiversity conservation under environmental change PTDC/BIA-ECO/31728/2017 Universidade de Évora, Portugal Universidade do Porto Instituto de Ciências Tecnologias e Agroambiente, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2019/01/01 - 2019/12/31	Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva UID/BIA/50027/2019 Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal Fundação Gaspar Frutuoso, Portugal Universidade do Porto Instituto de Ciências Tecnologias e Agroambiente, Portugal Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal Universidade do Minho Laboratório de Paisagens Património e Território, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído

Outro

	Designação	Financiadores
2025/01/01 - 2026/12/31	DNAquaIMG - Innovating freshwater biodiversity monitoring via molecular & imaging methods DNAquaIMG Investigador	Em curso
2025/01/01 - 2025/12/31	A Plan towards an eDNA reference library and data repository for Aquatic Organisms, navigating Europe towards the next generation biodiversity monitoring (eDNAqua-plan) 101112800 Investigador	Em curso
2011 - 2013	LIFE TRACHEMYS LIFE09 NAT/ES/000529 Outra Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal	Concluído

Produções

Publicações

Artigo em revista	Veríssimo, Joana; Lopes-Lima, Manuel; Amaral, Fábio; Chaves, Cátia; Fernandes, Vasco; Kemanja, Mutaleni; Teixeira, Amílcar; Martins, Filipa M S; Beja, Pedro. "Navigating Methodological Trade-Offs in eDNA Metabarcoding Biodiversity Monitoring: Insights From a Mediterranean Watershed". Molecular Ecology Resources (2025): https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/1755-0998.14082. Aceite para publicação • 10.1111/1755-0998.14082 Veríssimo, Joana; Curto, Manuel; Alves, Maria Judite; de Almeida, Pedro Raposo; Aparicio, Enric; Clavero, Miguel; Chaves, Cátia; et al. "The mitochondrial genomes of Iberian freshwater and diadromous fishes". Scientific Data 12 1 (2025): https://doi.org/10.1038/s41597-024-04297-7. Acesso aberto • 10.1038/s41597-024-04297-7 Lopes-Lima, Manuel; Prié, Vincent; Camará, Mutaro; Ceríaco, Luis M P; Fernandes, Vasco; Ferreira, Sónia; Gonçalves, Duarte V; et al. "Rapid eDNA survey reveals a unique biodiversity hotspot: The Corubal River, West Africa". BioScience 74 6 (2024): 405-412. https://doi.org/10.1093/biosci/biae036. 10.1093/biosci/biae036 Lopes-Lima, M.; Geist, J.; Egg, S.; Beran, L.; Bikashvili, A.; Van Bocxlaer, B.; Bogan, A.E.; et al. "Integrative phylogenetic, phylogeographic and morphological characterisation of the Unio crassus species complex reveals cryptic diversity with important conservation implications". Molecular Phylogenetics and Evolution 195 (2024): 108046. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2024.108046. 10.1016/j.ympev.2024.108046 Ferreira, Sónia; Corley, Martin; Nunes, João; Rosete, Jorge; Vasconcelos, Sasha; Mata, Vanessa; Veríssimo, Joana; et al. "The InBIO Barcoding Initiative Database: DNA barcodes of Portuguese moths". Biodiversity Data Journal 12 (2024): http://dx.doi.org/10.3897/bdj.12.e117169. 10.3897/bdj.12.e117169 Pina, Sílvia; Pauperio, Joana; Barros, Francisco; Chaves, Cátia; Martins, Filipa MS; Pinto, Joana; Veríssimo, Joana; et al. "The InBIO Barcoding Initiative Database: DNA barcodes of Orthoptera from Portugal". Biodiversity Data Journal 12 (2024): https://doi.org/10.3897/bdj.12.e118010. 10.3897/bdj.12.e118010 Wood, Thomas; Gaspar, Hugo; Le Divelec, Romain; Penado, Andreia; Silva, Teresa Luísa; Mata, Vanessa; Veríssimo, Joana; et al. "The InBIO Barcoding Initiative Database: DNA barcodes of Iberian Bees". Biodiversity Data Journal 12 (2024): http://dx.doi.org/10.3897/bdj.12.e117172. 10.3897/bdj.12.e117172 Ceríaco, Luis Miguel Pires; Marques, Mariana Pimentel; de Sousa, Ana Carolina Andrade; Veríssimo, Joana; Beja, Pedro; Ferreira, Sónia. "¿Illustrated keys and a DNA barcode reference library of the amphibians and terrestrial reptiles (Amphibia, Reptilia) of São Tomé and Príncipe (Gulf of Guinea, West Africa)". ZooKeys 1168 (2023): 41-75. http://dx.doi.org/10.3897/zookeys.1168.101334. 10.3897/zookeys.1168.101334 Rosa, Paolo; Wood, Thomas; Silva, Teresa Luísa; Veríssimo, Joana; Mata, Vanessa; Michez, Denis; Beja, Pedro; Ferreira, Sónia. "The InBIO Barcoding Initiative Database: contribution to the knowledge on DNA barcodes of cuckoo wasps, with the description of new species from the Iberian Peninsula (Hymenoptera, Chrysididae)". Biodiversity Data Journal 11 (2023): http://dx.doi.org/10.3897/bdj.11.e98743. 10.3897/bdj.11.e98743 Pauperio, Joana; Gonzalez, Luis Martin; Martinez, Jesus; González, Marcos; Martins, Filipa MS; Veríssimo, Joana; Puppo, Pamela; et al. "The InBIO barcoding initiative database: DNA barcodes of Iberian Trichoptera, documenting biodiversity for freshwater biomonitoring in a Mediterranean hotspot". Biodiversity Data Journal 11 (2023): http://dx.doi.org/10.3897/bdj.11.e97484. Publicado • 10.3897/bdj.11.e97484 Egeter, Bastian; Veríssimo, Joana; Lopes-Lima, Manuel; Chaves, Cátia; Pinto, Joana; Riccardi, Nicoletta; Beja, Pedro; Fonseca, Nuno A.. "Speeding up the detection of invasive bivalve species using environmental DNA: A Nanopore and Illumina sequencing comparison". Molecular Ecology Resources 22 6 (2022): 2232-2247. http://dx.doi.org/10.1111/1755-0998.13610. 10.1111/1755-0998.13610 Egeter, Bastian; Veríssimo, Joana; Lopes-Lima, Manuel; chaves, catia; Pinto, Joana; Riccardi, Nicoletta; Beja, Pedro; Fonseca, Nuno A.. "Metabarcoding with MinION: Speeding up the detection of invasive aquatic species using environmental DNA and nanopore sequencing". ARPHA Conference Abstracts 4 (2021): http://dx.doi.org/10.3897/aca.4.e65036. Publicado Mata, V.A.; Ferreira, S.; Campos, R.M.; da Silva, L.P.; Veríssimo, J.; Corley, M.F.V.; Beja, P.. "Efficient assessment of nocturnal flying insect communities by combining automatic light traps and DNA metabarcoding". Environmental DNA 3 2 (2021): 398-408. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85106254742&partnerID=MN8TOARS. 10.1002/edn3.125 Mata, V.A.; da Silva, L.P.; Veríssimo, J.; Horta, P.; Raposeira, H.; McCracken, G.F.; Rebelo, H.; Beja, P.. "Combining DNA metabarcoding and ecological networks to inform conservation biocontrol by small vertebrate predators". Ecological Applications 31 8 (2021): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85117059872&partnerID=MN8TOARS. 10.1002/eap.2457 Sancho, V.; Lacomba, I.; Bataller, J.V.; Veríssimo, J.; Velo-Antón, G.. "First report of hybridization between mauremys leprosa and mauremys sinensis highlights the risk of exotic mauremys spp. Pet trade". Basic and Applied Herpetology 34 (2020): 75-81. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85097425592&partnerID=MN8TOARS. 10.11160/bah.186 Ferreira, S.; de Figueroa, J.M.T.; Martins, F.M.S.; Verissimo, J.; Quaglietta, L.; Grosso-Silva, J.M.; Lopes, P.B.; et al. "The InBIO barcoding initiative database: Contribution to the knowledge on DNA barcodes of Iberian Plecoptera". Biodiversity Data Journal 8 (2018): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85088940633&partnerID=MN8TOARS. 10.3897/BDJ.8.e55137 Veríssimo, J.; Znari, M.; Stuckas, H.; Fritz, U.; Pereira, P.; Teixeira, J.; Arculeo, M.; et al. "Pleistocene diversification in Morocco and recent demographic expansion in the Mediterranean pond turtle Mauremys leprosa". Biological Journal of the Linnean Society 119 4 (2016): 943-959. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84978870285&partnerID=MN8TOARS. 10.1111/bij.12849 Brito, J.C.; Tarroso, P.; Vale, C.G.; Martínez-Freiría, F.; Boratynski, Z.; Campos, J.C.; Ferreira, S.; et al. "Conservation Biogeography of the Sahara-Sahel: Additional protected areas are needed to secure unique biodiversity". Diversity and Distributions 22 4 (2016): 371-384. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84960118871&partnerID=MN8TOARS. 10.1111/ddi.12416 Veríssimo, J.; Velo-Antón, G.; Lopes, S.; Pereira, P.; Teixeira, J.; Fritz, U.. "Cross-amplification of microsatellite loci for the mediterranean stripe-necked terrapin (mauremys leprosa)". Amphibia Reptilia 34 2 (2013): 259-262. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84885463197&partnerID=MN8TOARS. 10.1163/15685381-00002888
Poster em conferência	Mata, Vanessa A.; da Silva, Luís Pascoal; Veríssimo, Joana; Horta, Pedro; Raposeira, Helena; Santos, Cátia; Pinho, Catarina J.; et al. "Using metabarcoding to understand pest control services by flying vertebrates.". Trabalho apresentado em Trends in Biodiversity and Evolution - TiBE2020, 2020. Ferreira, Sónia; Paupério, Joana; Martins, Filipa MS; Veríssimo, Joana; Chaves, Cátia; Pinto, Joana; Sousa, Pedro; et al. "InBIO Barcoding Initiative: DNA Barcoding Portuguese terrestrial invertebrate biodiversity". Trabalho apresentado em Trends in Biodiversity and Evolution (TIBE) - Biodiversity, Ecology and Evolution in Mediterranean ecosystems, 2019. Ferreira, Sónia; Paupério, Joana; Martins, Filipa MS; Veríssimo, Joana; Chaves, Cátia; Pinto, Joana; Sousa, Pedro; et al. "IBI - InBIO Barcoding Initiative: DNA Barcoding Portuguese terrestrial invertebrate biodiversity". Trabalho apresentado em XVIII Congreso Ibérico de Entomología, 2019.
Relatório	Emilie Boulanger; Camila Babo; Veríssimo, Joana; Frédéric Rimet; Katrina Exter; Peter Woollard. 2025. eDNAqua-Plan Milestone 6: Proceedings of the WP3 workshop for conceptualising and writing on the eDNA data ecosystem. https://zenodo.org/records/14967994. Paupério, Joana; Fonseca, Nuno; Egeter, Bastian; Galhardo, Mafalda; Ferreira, Sónia; Oxelfelt, Fredrik; Aresta, Sandra; et al. 2018. Deliverable 4.4 (D4.4): Protocol for next-gen analysis of eDNA samples, EnMetaGen project (Grant Agreement No 668981). https://zenodo.org/record/2586885. 10.5281/zenodo.2586885
Resumo em conferência	Paupério, Joana; Martin, Luis; Ferreira, Sónia; Martinez, Jesus; Gonzalez, MA; Martins, Filipa MS; Veríssimo, Joana; et al. "DNA Barcoding of Iberian Trichoptera: Documenting biodiversity for freshwater biomonitoring in a Mediterranean hotspot in Scientific abstracts from the 8th International Barcode of Life Conference". 2019. Publicado • 10.1139/gen-2019-0083 Ferreira, Sónia; Paupério, Joana; Martins, Filipa MS; Veríssimo, Joana; Chaves, Cátia; Pinto, Joana Correia; Sousa, Pedro; et al. "DNA barcoding Portuguese terrestrial invertebrate biodiversity. In Scientific abstracts from the 8th International Barcode of Life Conference". 2019. Publicado • 10.1139/gen-2019-0083

Outros

Outra produção

Efficient assessment of nocturnal flying insect communities by combining automatic light traps and DNA metabarcoding. 2020. Mata, V.A.; Ferreira, S.; Campos, R.M.; da Silva, L.P.; Veríssimo, J.; Corley, M.F.V.; Beja, P.. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85098910335&partnerID=MN8TOARS.
10.1101/2020.04.19.048918
Speeding up the detection of invasive aquatic species using environmental DNA and nanopore sequencing. 2020. Egeter, B.; Veríssimo, J.; Lopes-Lima, M.; Chaves, C.; Pinto, J.; Riccardi, N.; Beja, P.; Fonseca, N.A.. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85098903494&partnerID=MN8TOARS.
10.1101/2020.06.09.142521