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Carina Almeida finished her PhD degree in Biomedical Engineering in 2010, at the University of Minho (UM), in collaboration with the University of Southampton, United Kingdom. From 2010 to 2014 C. Almeida worked as a Post-doctoral researcher at the Center of Biological Engineering (CEB-UM) and the Faculty of Engineering of the University of Porto (FEUP). From 2014 to 2016 she was the CSO at Biomode, a startup company that exploits the commercial potential of technological solutions to the diagnostic market. This startup, which was founded by her together with two colleagues, reached a Seed and a Series A funding agreements with Portuguese venture funds. In 2017, C. Almeida has moved to the National Institute for Agrarian and Veterinary Sciences (INIAV, the national reference laboratory for food safety and animal health) as a Senior Scientist; and since 2020 she also serves as the Head of the Food Safety Unit of INIAV. C. Almeida main research interests are to explore the potential of nucleic acid mimics, in particular for food safety, agrarian and clinical applications. She is also interested on the epidemiological aspects of pathogenic bacteria with human and veterinary impact. During her career C. Almeida has authored or co-authored 40 papers in peer-reviewed international journals, 10 book chapters and 5 patents. She has more than 1300 citations (Google Scholar, February 2022) and an H-index of 18. She is currently supervising or co-supervising 5 PhD students. She participates (or participated) as a PI and as researcher in several FCT-funded projects (POCI-01-0145-FEDER-028659; PTDC/DTP-PIC/4562/2014; POCI-01-0145-FEDER-029628; POCI-01-0145-FEDER-029961; PTDC/BIA-MIC/108811/2008; PIC/IC/82815/2007) and in two European projects (NanoDiaBac, EuroNanoMed II JTC 2014; and SAFER, EVK1-CT-2002-00108). She is also engaged on review activities for scientific journal and is an evaluator of projects for the European Commission.
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Carina Almeida

Nomes de citação

  • Almeida, Carina
  • C. Almeida

Identificadores de autor

Ciência ID
0711-B3DC-73A7
ORCID iD
0000-0002-0175-1119
Scopus Author Id
35887166600

Endereços de correio eletrónico

  • carina.almeida@iniav.pt (Profissional)

Moradas

  • Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterianária (INIAV - Pólo de Vairão). Rua dos Lagidos, Lugar da Madalena, Vairão, 4485-655, Vila do Conde , Vila do Conde, Portugal (Profissional)

Websites

  • https://www.ceb.uminho.pt/People/Details/aa96c73f-f3e2-4e3d-84fe-34a1428797a6 (Académico)

Domínios de atuação

  • Ciências Agrárias - Biotecnologia Agrária e Alimentar
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Molecular
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Microbiologia
  • Ciências Agrárias - Ciências Veterinárias

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Formação
Grau Classificação
2010
Concluído
 Programa doutoral em Engenharia Biomédica (Doutoramento)
Universidade do Minho Escola de Engenharia, Portugal
"Development and application of PNA probes for the detection of specific bacteria by FISH " (TESE/DISSERTAÇÃO)
 n/a
2005
Concluído
 Biologia Aplicada (Licenciatura)
Universidade do Minho Escola de Ciências, Portugal
"Genotyping of Candica albicans isolates by Multilocus Sequence Typing and Microsatellites analyses." (TESE/DISSERTAÇÃO)
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2017/01/17 - Atual Investigador Auxiliar (carreira) (Investigação) Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal

Docência no Ensino Superior

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2014/09/01 - 2015/03/31 Professor Auxiliar Convidado (Docente Universitário) Universidade do Minho, Portugal

Cargos e Funções

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2020/07/01 - Atual Director de Unidade Orgânica Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
Unidade de Segurança Alimentar, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2017/01/16 - Atual External collaborator Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2017/01/01 - Atual External collaborator Universidade do Porto Laboratorio de Engenharia de Processos Ambiente Biotecnologia e Energia, Portugal
2010/12/21 - Atual Promoter/co-founder of Biomode S.A. Biomode SA, Portugal
2016/11/01 - 2017/01/15 Faculty Research Fellow (Investigador FCT) Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2014/11/01 - 2016/10/31 Chief Science Officer at Biomode S.A. Biomode SA, Portugal
2011/04/01 - 2014/10/31 Postdoctoral researcher Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2006/11/01 - 2010/11/30 PhD student Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2006/03/01 - 2006/10/31 Research Fellowship Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2005/03/01 - 2005/11/30 Research intern Universidade do Minho Escola de Ciências, Portugal
Projetos

Projeto

Designação Financiadores
2022 - 2024/12/31 APTAcoli - NAM-aptamers for blocking enterotoxins in pig colibacillosis
PTDC/CVT-CVT/4620/2021
Investigador responsável
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal

Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal

International Iberian Nanotechnology Laboratory, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2020 - 2022/12/31 Microbial Interactions between Gardnerella, Prevotella, and Atopobium Prior to Incident Bacterial Vaginosis
R01AI146065
Investigador
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal

The University of Alabama at Birmingham, Estados Unidos
Em curso
2018 - 2022/12/31 VIBRANT: VIral and BacteRial Adhesin Network Training
info:eu-repo/grantAgreement/EC/H2020/765042/EU
Orientador
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal

Biomode SA, Portugal
European Commission
Em curso
2018 - 2021/07/25 NAM4toxins – De novo selection of toxin-specific aptamers using nucleic acid mimics
POCI-01-0145-FEDER-028659
Investigador responsável
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal

Universidade do Porto Laboratorio de Engenharia de Processos Ambiente Biotecnologia e Energia, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2018 - 2021/07/15 ColorISH - Desenvolvimento de um novo método colorimetrico para a deteção rápida de Legionella spp. em amostras de água
POCI-01-0145-FEDER-029961
Investigador
Universidade do Porto Laboratorio de Engenharia de Processos Ambiente Biotecnologia e Energia, Portugal

Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal
Em curso
2018 - 2020/12/25 PhageSTEC: Development of a formulation of encapsulated bacteriophages to reduce enterotoxigenic E. coli in ruminants
POCI-01-0145-FEDER-029628
Investigador
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal

Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal

Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal

International Iberian Nanotechnology Laboratory, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2016 - 2020/03/31 Coded-FISH: Development of a novel colour-coded RING FISH method: an innovative tool for the detection of antibiotic resistant clinical pathogens
PTDC/DTP-PIC/4562/2014
Investigador responsável
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal

Universidade do Porto Laboratorio de Engenharia de Processos Ambiente Biotecnologia e Energia, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2018 - 2019/07/25 Antisens4CandiB – Application of antisense oligomers for controlling Candida species biofilm formation on medical surfaces
POCI-01-0145-FEDER-028893
Investigador
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
Em curso
2014 - 2016/12/31 NanoDiaBac - Nanofluidics for ultrafast diagnosis of bacterial infections (EuroNanoMed-II)
ENMed/0003/2014
Investigador
Chalmers tekniska högskola, Suécia

Biomode SA, Portugal

Universidade Católica Portuguesa Escola Superior de Biotecnologia, Portugal
Concluído
2012 - 2015/07/30 “DNA mimics” - Development and application of DNA mimics for the rapid identification of pathogens
info:eu-repo/grantAgreement/FCT/5646-ICCMS/82815/PT
Universidade do Porto Laboratorio de Engenharia de Processos Ambiente Biotecnologia e Energia, Portugal

Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2010 - 2013/09/30 HELIWATER - Water and associated biofilms as a possible vector for Helicobacter pylori transmission among the human population
info:eu-repo/grantAgreement/FCT/5876-PPCDTI/108811/PT
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2006 - 2006/09/09 SAFER: Surveillance and control of microbiological stability in drinking water distribution networks
EVK1-CT-2002-00108
Bolseiro de Investigação
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal

University of Southampton, Reino Unido

Suez Centre International de Recherche sur l'Eau et l'Environnement, França
European Commission Sixth Framework Programme
Concluído

Outro

Designação Financiadores
2011 - 2013 “SI Qualificação de PME”
NORTE-07-0201-FEDER-025012
Investigador
Biomode SA, Portugal
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em conferência
  1. Rodriguez-Mateos, P.; Rodrigues, C.F.; Azevedo, N.F.; Almeida, C.; Dyer, C.E.; Iles, A.; Pamme, N.. "Fish and chips - ifast microfluidic device for E. Coli O157:H7 capture and detection via on-chip fish assay". 2019.
  2. Azevedo, Andreia; Almeida, Carina; Melo, Luís F.; Azevedo, N. F.. "Biofilm formation on a microtiter-plate using artificial urine to mimic catheter-associated urinary tract infections". 2012.
  3. Azevedo, N. F.; Almeida, Carina; Guimarães, N.; Keevil, C. W.; Vieira, M. J.. "Maintenance of spiral morphology and formation of biofilms on copper surfaces by water-exposed Helicobacter pylori". Trabalho apresentado em INTERNATIONAL CONFERENCE BIOFILM SYSTEMS, Amsterdam, 2006.
Artigo em revista
  1. Sousa, Lúcia G. V.; Castro, Joana; França, Angela; Almeida, Carina; Muzny, Christina A.; Cerca, Nuno. "A New PNA-FISH Probe Targeting Fannyhessea vaginae". Frontiers in Cellular and Infection Microbiology 11 (2021): http://dx.doi.org/10.3389/fcimb.2021.779376.
    Publicado • 10.3389/fcimb.2021.779376
  2. Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Sousa, Ana Luísa; DeStefano, Jeffrey J.; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina. "Improving aptamer performance with nucleic acid mimics: de novo and post-SELEX approaches". Trends in Biotechnology (2021): http://dx.doi.org/10.1016/j.tibtech.2021.09.011.
    10.1016/j.tibtech.2021.09.011
  3. Pinto, Graça; Minnich, Scott A; Hovde, Carolyn J; Oliveira, Hugo; Smidt, Hauke; Almeida, Carina; Azeredo, Joana. "The interactions of bacteriophage Ace and Shiga toxin-producing Escherichia coli during biocontrol". FEMS Microbiology Ecology 97 8 (2021): http://dx.doi.org/10.1093/femsec/fiab105.
    10.1093/femsec/fiab105
  4. van Belkum, Alex; Almeida, Carina; Bardiaux, Benjamin; Barrass, Sarah V.; Butcher, Sarah J.; Çaykara, Tugçe; Chowdhury, Sounak; et al. "Host-Pathogen Adhesion as the Basis of Innovative Diagnostics for Emerging Pathogens". Diagnostics 11 7 (2021): 1259. http://dx.doi.org/10.3390/diagnostics11071259.
    10.3390/diagnostics11071259
  5. Pinto, Graça; Sampaio, Marta; Dias, Oscar; Almeida, Carina; Azeredo, Joana; Oliveira, Hugo. "Insights into the genome architecture and evolution of Shiga toxin encoding bacteriophages of Escherichia coli". BMC Genomics 22 1 (2021): http://dx.doi.org/10.1186/s12864-021-07685-0.
    10.1186/s12864-021-07685-0
  6. Ballem, Andressa; Gonçalves, Soraia; Garcia-Meniño, Isidro; Flament-Simon, Saskia C.; Blanco, Jesús E.; Fernandes, Conceição; Saavedra, Maria José; et al. "Prevalence and serotypes of Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) in dairy cattle from Northern Portugal". PLOS ONE 15 12 (2020): e0244713. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0244713.
    10.1371/journal.pone.0244713
  7. Laura Cerqueira; Sara Moura; Carina Almeida; Maria João Vieira; Nuno Filipe Azevedo. "Establishment of a New PNA-FISH Method for Aspergillus fumigatus Identification: First Insights for Future Use in Pulmonary Samples". Microorganisms (2020): https://www.mdpi.com/2076-2607/8/12/1950.
    10.3390/microorganisms8121950
  8. Fiedler, Gregor; Ballem, Andressa; Brinks, Erik; Almeida, Carina; Franz, Charles M. A. P.; Oliveira, Hugo. "Draft Genome Sequences of 12 Shiga Toxin-Producing Escherichia coli Strains Isolated from Dairy Cattle in Portugal". Microbiology Resource Announcements 9 38 (2020): http://dx.doi.org/10.1128/mra.00790-20.
    10.1128/mra.00790-20
  9. Dias, Carla; Almeida, Carina; Lobocka, Malgorzata; Oliveira, Hugo. "Genome Sequences of Four Potentially Therapeutic Bacteriophages Infecting Shiga Toxin-Producing Escherichia coli". Microbiology Resource Announcements 9 36 (2020): http://dx.doi.org/10.1128/mra.00749-20.
    10.1128/mra.00749-20
  10. Pinto, Graça; Almeida, Carina; Azeredo, Joana. "Bacteriophages to control Shiga toxin-producing E. coli – safety and regulatory challenges". Critical Reviews in Biotechnology 40 8 (2020): 1081-1097. http://dx.doi.org/10.1080/07388551.2020.1805719.
    10.1080/07388551.2020.1805719
  11. Rodriguez-Mateos, Pablo; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina; Pamme, Nicole. "FISH and chips: a review of microfluidic platforms for FISH analysis". Medical Microbiology and Immunology 209 3 (2020): 373-391. http://dx.doi.org/10.1007/s00430-019-00654-1.
    10.1007/s00430-019-00654-1
  12. Azevedo, A.S.; Gerola, G.P.; Baptista, J.; Almeida, C.; Peres, J.; Mergulhão, F.J.; Azevedo, N.F.. "Increased intraspecies diversity in Escherichia coli biofilms promotes cellular growth at the expense of matrix production". Antibiotics 9 11 (2020): 1-14. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85096522298&partnerID=MN8TOARS.
    10.3390/antibiotics9110818
  13. Melo, L.D.R.; Pinto, G.; Oliveira, F.; Vilas-Boas, D.; Almeida, C.; Sillankorva, S.; Cerca, N.; Azeredo, J.. "The protective effect of Staphylococcus epidermidis biofilm matrix against phage predation". Viruses 12 10 (2020): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85091833975&partnerID=MN8TOARS.
    10.3390/v12101076
  14. Araújo, Daniela; Azevedo, Nuno Miguel; Barbosa, Ana; Almeida, Carina; Rodrigues, Maria Elisa; Henriques, Mariana; Silva, Sónia. "Application of 2'-OMethylRNA' Antisense Oligomer to Control Candida albicans EFG1 Virulence Determinant". Molecular Therapy - Nucleic Acids 18 (2019): 508-517. http://dx.doi.org/10.1016/j.omtn.2019.09.016.
    10.1016/j.omtn.2019.09.016
  15. Rocha, Rui; Sousa, José M.; Cerqueira, Laura; Vieira, Maria J.; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno F.. "Development and application of Peptide Nucleic Acid Fluorescence in situ Hybridization for the specific detection of Listeria monocytogenes". Food Microbiology 80 (2019): 1-8. http://dx.doi.org/10.1016/j.fm.2018.12.009.
    10.1016/j.fm.2018.12.009
  16. Azevedo, Andreia S.; Sousa, Inês M.; Fernandes, Ricardo M.; Azevedo, Nuno F.; Almeida, Carina. "Optimizing locked nucleic acid/2’-O-methyl-RNA fluorescence in situ hybridization (LNA/2’OMe-FISH) procedure for bacterial detection". PLOS ONE 14 5 (2019): e0217689. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0217689.
    10.1371/journal.pone.0217689
  17. Almeida, C.; Azevedo, N.F.; Bastin, B.; Bird, P.; Joseph Benzinger, M.; Agin, J.; Goins, D.; et al. "Validation of biomode S.A. Probe4CronobacterTM for the identification of Cronobacter spp.". Journal of AOAC International 102 3 (2019): 855-864. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85065327649&partnerID=MN8TOARS.
    10.5740/jaoacint.18-0328
  18. Rocha, Rui; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno F.. "Influence of the fixation/permeabilization step on peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA-FISH) for the detection of bacteria". PLOS ONE 13 5 (2018): e0196522. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0196522.
    10.1371/journal.pone.0196522
  19. Lima, J.F.; Carvalho, J.; Pinto-Ribeiro, I.; Almeida, C.; Wengel, J.; Cerqueira, L.; Figueiredo, C.; Oliveira, C.; Azevedo, N.F.. "Targeting miR-9 in gastric cancer cells using locked nucleic acid oligonucleotides". BMC Molecular Biology 19 1 (2018): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85048131114&partnerID=MN8TOARS.
    10.1186/s12867-018-0107-6
  20. Rocha, R.; Almeida, C.; Azevedo, N.F.. "Correction: Influence of the fixation/permeabilization step on peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA-FISH) for the detection of bacteria (PLoS ONE (2018) 13, 5 (e0196522) DOI: 10.1371/journal.pone.0196522)". PLoS ONE 13 12 (2018): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85057957341&partnerID=MN8TOARS.
    10.1371/journal.pone.0208867
  21. Fernandes, Ricardo M; Silva, Hélder; Oliveira, Ricardo; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno F; Vieira, Maria J. "Morphological transition ofHelicobacter pyloriadapted to water". Future Microbiology 12 13 (2017): 1167-1179. http://dx.doi.org/10.2217/fmb-2016-0174.
    10.2217/fmb-2016-0174
  22. Azevedo, Andreia S.; Almeida, Carina; Gomes, Luciana C.; Ferreira, Carla; Mergulhão, Filipe J.; Melo, Luís F.; Azevedo, Nuno F.. "An in vitro model of catheter-associated urinary tract infections to investigate the role of uncommon bacteria on the Escherichia coli microbial consortium". Biochemical Engineering Journal 118 (2017): 64-69. http://dx.doi.org/10.1016/j.bej.2016.11.013.
    10.1016/j.bej.2016.11.013
  23. Azevedo, A.S.; Almeida, C.; Pereira, B.; Madureira, P.; Wengel, J.; Azevedo, N.F.; Azevedo, Andreia; et al. "Detection and discrimination of biofilm populations using locked nucleic acid/2'-O-methyl-RNA fluorescence in situ hybridization (LNA/2'OMe-FISH)". Biochemical Engineering Journal 104 (2017): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84928966884&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.bej.2015.04.024
  24. Azevedo, Andreia S.; Almeida, Carina; Melo, Luís F.; Azevedo, Nuno F.. "Impact of polymicrobial biofilms in catheter-associated urinary tract infections". Critical Reviews in Microbiology 43 4 (2016): 423-439. http://dx.doi.org/10.1080/1040841x.2016.1240656.
    10.1080/1040841x.2016.1240656
  25. Vilas Boas, D.; Almeida, C.; Sillankorva, S.; Nicolau, A.; Azeredo, J.; Azevedo, N.F.. "Discrimination of bacteriophage infected cells using locked nucleic acid fluorescent in situ hybridization (LNA-FISH)". Biofouling 32 2 (2016): 179-190. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84958956424&partnerID=MN8TOARS.
    10.1080/08927014.2015.1131821
  26. Rocha, R.; Santos, R.S.; Madureira, P.; Almeida, C.; Azevedo, N.F.; Rocha, Rui; Santos, Rita S.; et al. "Optimization of peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA-FISH) for the detection of bacteria: The effect of pH, dextran sulfate and probe concentration". Journal of Biotechnology 226 (2016): 1-7. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84962217759&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.jbiotec.2016.03.047
  27. Melo, L.D.R.; Veiga, P.; Cerca, N.; Kropinski, A.M.; Almeida, C.; Azeredo, J.; Sillankorva, S.. "Development of a phage cocktail to control Proteus mirabilis catheter-associated urinary tract infections". Frontiers in Microbiology 7 JUN (2016): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84980360847&partnerID=MN8TOARS.
    10.3389/fmicb.2016.01024
  28. Azevedo, A.S.; Almeida, C.; Pereira, B.; Melo, L.F.; Azevedo, N.F.. "Impact of Delftia tsuruhatensis and Achromobacter xylosoxidans on Escherichia coli dual-species biofilms treated with antibiotic agents". Biofouling 32 3 (2016): 227-241. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84959356076&partnerID=MN8TOARS.
    10.1080/08927014.2015.1124096
  29. Machado, A.; Castro, J.; Cereija, T.; Almeida, C.; Cerca, N.. "Diagnosis of bacterial vaginosis by a new multiplex peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization method". PeerJ 2015 2 (2015): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84926453746&partnerID=MN8TOARS.
    10.7717/peerj.780
  30. Rocha, Rui; Almeida, Carina; Azevedo, N. F.. "Metodologias para a identificação de microrganismos patogénicos em amostras alimentares: a técnica de PNA-FISH". (2015): http://hdl.handle.net/1822/35325.
  31. Almeida, C.; Constante, D.; Ferreira, A.; Cerqueira, L.; Vieira, M.J.; Azevedo, N.F.. "A new colorimetric peptide nucleic acid-based assay for the specific detection of bacteria". Future Microbiology 9 10 (2014): 1131-1142. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84911493243&partnerID=MN8TOARS.
    10.2217/FMB.14.68
  32. Azevedo, A.S.; Almeida, C.; Melo, L.F.; Azevedo, N.F.. "Interaction between atypical microorganisms and E. coli in catheter-associated urinary tract biofilms". Biofouling 30 8 (2014): 893-902. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84908023766&partnerID=MN8TOARS.
    10.1080/08927014.2014.944173
  33. Danko, A.S.; Fontenete, S.J.; De Aquino Leite, D.; Leitão, P.O.; Almeida, C.; Schaefer, C.E.; Vainberg, S.; Steffan, R.J.; Azevedo, N.F.. "Detection of Dehalococcoides spp. by peptide nucleic acid fluorescent in situ hybridization". Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology 24 3 (2014): 142-149. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84902920096&partnerID=MN8TOARS.
    10.1159/000362790
  34. Cleto, S.; Van der Auwera, G.; Almeida, C.; Vieira, M.J.; Vlamakis, H.; Kolter, R.. "Genome sequence of Serratia plymuthica V4". Genome Announcements 2 3 (2014): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84999232962&partnerID=MN8TOARS.
    10.1128/genomeA.00340-14
  35. Machado, A.; Almeida, C.; Carvalho, A.; Boyen, F.; Haesebrouck, F.; Rodrigues, L.; Cerca, N.; Azevedo, N.F.. "Fluorescence in situ hybridization method using a peptide nucleic acid probe for identification of Lactobacillus spp. in milk samples". International Journal of Food Microbiology 162 1 (2013): 64-70. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84872955498&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.ijfoodmicro.2012.09.024
  36. Almeida, C.; Cerqueira, L.; Azevedo, N.F.; Vieira, M.J.. "Detection of Salmonella enterica serovar Enteritidis using real time PCR, immunocapture assay, PNA FISH and standard culture methods in different types of food samples". International Journal of Food Microbiology 161 1 (2013): 16-22. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84871998766&partnerID=MN8TOARS.
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  37. Almeida, C.; Azevedo, N.F.; Santos, S.; Keevil, C.W.; Vieira, M.J.. "Correction: Discriminating multi-species populations in biofilms with Peptide Nucleic Acid Fluorescence In Situ Hybridization (PNA FISH) (PLoS ONE)". PLoS ONE 8 6 (2013): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84896744586&partnerID=MN8TOARS.
    10.1371/annotation/2b7e391f-b0cb-4d9f-8e90-85d080f8cbd4
  38. Pires, D.P.; Silva, S.; Almeida, C.; Henriques, M.; Anderson, E.M.; Lam, J.S.; Sillankorva, S.; Azeredo, J.. "Evaluation of the ability of C. albicans to form biofilm in the presence of phage-resistant phenotypes of P. aeruginosa". Biofouling 29 10 (2013): 1169-1180. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84885895351&partnerID=MN8TOARS.
    10.1080/08927014.2013.831842
  39. Almeida, C.; Sousa, J.M.; Rocha, R.; Cerqueira, L.; Fanning, S.; Azevedo, N.F.; Vieira, M.J.. "Detection of Escherichia coli O157 by peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA-FISH) and comparison to a standard culture method". Applied and Environmental Microbiology 79 20 (2013): 6293-6300. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84885043580&partnerID=MN8TOARS.
    10.1128/AEM.01009-13
  40. Almeida, C.; Azevedo, N.F.; Bento, J.C.; Cerca, N.; Ramos, H.; Vieira, M.J.; Keevil, C.W.. "Rapid detection of urinary tract infections caused by Proteus spp. using PNA-FISH". European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases 32 6 (2013): 781-786. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84878237552&partnerID=MN8TOARS.
    10.1007/s10096-012-1808-2
  41. Machado, A.; Almeida, C.; Salgueiro, D.; Henriques, A.; Vaneechoutte, M.; Haesebrouck, F.; Vieira, M.J.; et al. "Fluorescence in situ Hybridization method using Peptide Nucleic Acid probes for rapid detection of Lactobacillus and Gardnerella spp.". BMC Microbiology 13 1 (2013): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84876910736&partnerID=MN8TOARS.
    10.1186/1471-2180-13-82
  42. Azevedo, N.F.; Bragança, S.M.; Simes, L.C.; Cerqueira, L.; Almeida, C.; Keevil, C.W.; Vieira, M.J.. "Proposal for a method to estimate nutrient shock effects in bacteria". BMC Research Notes 5 (2012): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84864569924&partnerID=MN8TOARS.
    10.1186/1756-0500-5-422
  43. Azevedo, N.F.; Jardim, T.; Almeida, C.; Cerqueira, L.; Almeida, A.J.; Rodrigues, F.; Keevil, C.W.; Vieira, M.J.. "Application of flow cytometry for the identification of Staphylococcus epidermidis by peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA FISH) in blood samples". Antonie van Leeuwenhoek, International Journal of General and Molecular Microbiology 100 3 (2011): 463-470. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-80054101666&partnerID=MN8TOARS.
    10.1007/s10482-011-9595-9
  44. Almeida, C.; Azevedo, N.F.; Santos, S.; Keevil, C.W.; Vieira, M.J.. "Discriminating multi-species populations in biofilms with peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA FISH)". PLoS ONE 6 3 (2011): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-79953228039&partnerID=MN8TOARS.
    10.1371/journal.pone.0014786
  45. Almeida, C.; Azevedo, N.F.; Fernandes, R.M.; Keevil, C.W.; Vieira, M.J.. "Fluorescence in situ hybridization method using a peptide nucleic acid probe for identification of salmonella spp. in a broad spectrum of samples". Applied and Environmental Microbiology 76 13 (2010): 4476-4485. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-77954245728&partnerID=MN8TOARS.
    10.1128/AEM.01678-09
  46. Almeida, C.; Azevedo, N.F.; Iversen, C.; Fanning, S.; Keevil, C.W.; Vieira, M.J.. "Development and application of a novel peptide nucleic acid probe for the specific detection of Cronobacter genomospecies (enterobacter sakazakii) in powdered infant formula". Applied and Environmental Microbiology 75 9 (2009): 2925-2930. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-65549111597&partnerID=MN8TOARS.
    10.1128/AEM.02470-08
  47. Cerqueira, L.; Azevedo, N.F.; Almeida, C.; Jardim, T.; Keevil, C.W.; Vieira, M.J.. "DNA mimics for the rapid identification of microorganisms by fluorescence in situ hybridization (FISH)". International Journal of Molecular Sciences 9 10 (2008): 1944-1960. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-54349113792&partnerID=MN8TOARS.
    10.3390/ijms9101944
  48. Azevedo, N.F.; Almeida, C.; Fernandes, I.; Cerqueira, L.; Dias, S.; Keevil, C.W.; Vieira, M.J.. "Survival of gastric and enterohepatic Helicobacter spp. in water: Implications for transmission". Applied and Environmental Microbiology 74 6 (2008): 1805-1811. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-40849087921&partnerID=MN8TOARS.
    10.1128/AEM.02241-07
  49. Azevedo, N.F.; Almeida, C.; Cerqueira, L.; Dias, S.; Keevil, C.W.; Vieira, M.J.. "Coccoid form of Helicobacter pylori as a morphological manifestation of cell adaptation to the environment". Applied and Environmental Microbiology 73 10 (2007): 3423-3427. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-34249660577&partnerID=MN8TOARS.
    10.1128/AEM.00047-07
Capítulo de livro
  1. Almeida, C.; Azevedo, N.F.. "An Introduction to Fluorescence in situ Hybridization in Microorganisms". 1-15. 2021.
    10.1007/978-1-0716-1115-9_1
  2. Guimarães, N.M.; Azevedo, N.F.; Almeida, C.. "FISH Variants". 17-33. 2021.
    10.1007/978-1-0716-1115-9_2
  3. Rocha, R.; Almeida, C.; Azevedo, N.F.. "FISH in Food Samples". 279-290. 2021.
    10.1007/978-1-0716-1115-9_18
  4. Oliveira, Ricardo; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno F.. "Detection of Microorganisms by Fluorescence In Situ Hybridization Using Peptide Nucleic Acid". In Methods in Molecular Biology, 217-230. Springer US, 2020.
    10.1007/978-1-0716-0243-0_13
  5. Rocha, Rui; Almeida, Carina. "Detection of bacteria by PNA-FISH". In RNA-FISH - METHODS AND PROTOCOLS - Methods in Molecular Biology, editado por Giselbert Hauptmann. Springer, Springer Nature 2020,, 2020.
    Aceite para publicação
  6. Boas, Diana Vilas; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno; Sillankorva, Sanna; Azeredo, Joana. "Techniques to Assess Phage–Biofilm Interaction". In Methods in Molecular Biology, 137-146. Springer New York, 2018.
    10.1007/978-1-4939-8940-9_11
  7. Azevedo, Andreia S.; Almeida, Carina; Melo, L. F.; Azevedo, N. F.. "Role of E. coli on catheter-associated urinary tract infections". Universidade do Minho. Centro de Engenharia Biológica (CEB), 2015.
  8. Almeida, Carina; Azevedo, N.. "Multi-species biofilms". In Clinical Biofilms – current concepts and advanced techniques, 63-75. Braga, Portugal: Universidade do Minho. Departamento de Engenharia Biológica (DEB), 2014.
    Publicado
  9. Boas, Diana Patrícia Andrade Vilas; Alves, Diana; Almeida, Carina; Sillankorva, Sanna; Nicolau, Ana. "Microscopy techniques for the study of biofilm". In Clinical Biofilms: Current Concepts and Advanced Techniques. Braga: Universidade do Minho. Departamento de Engenharia Biológica (DEB), 2014.
    Publicado
  10. Almeida, Carina; Rodrigues, Célia F.; Jorge, Paula; Costa, Ana Rita. "Analysis of biofilm metabolites". In Clinical Biofilms: Current Concepts and Advanced Techniques. Universidade do Minho. Departamento de Engenharia Biológica (DEB), 2014.
  11. Almeida, Carina; Vieira, Maria João; Nicolau, Ana. "31. Técnicas de microscopia para o estudo de biofilmes". In Biofilmes - Na Saúde, No Ambiente, Na Indústria. Publindústria, 2012.
  12. Almeida, Carina; Azevedo, N. F.; Cerqueira, L.; Keevil, C. W.; Vieira, M. J.. "RT-PCR and PNA-FISH as novel methods for the detection of specific microorganisms in heterotrophic biofilm communities". In Bolfilms : coming of age. 2007.
Livro
  1. Almeida, C.; Azevedo, N.F.. Preface. 2021.
  2. Almeida, Carina. Livro de Resumos: 1º Simpósio INIAV para a Segurança Alimentar - Ruma à Alimentação do Futuro. Vila do Conde, Portugal: INIAV. 2019.
    Publicado • Editor
Poster em conferência
  1. Sousa, Ana Luísa; Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe Ribeiro Pinto Oliveira; Almeida, Carina. "Prediction and design of aptamer structures and their interaction with a target molecule". Trabalho apresentado em Microbiotec 19, 2019.
  2. Oliveira, Ricardo; Ferreira- Bravo, Irani; Sousa, Ana Luísa; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe Ribeiro Pinto Oliveira; DeStefano, Jeffrey; Almeida, Carina. "De novo selection of Staphylococcal enterotoxin A-specific aptamers using nucleic acid mimics (NAM)". Trabalho apresentado em 1º Simpósio INIAV para a Segurança Alimentar, 2019.
  3. Sousa, Ana Luísa; Oliveira, Ricardo; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe Ribeiro Pinto Oliveira; Almeida, Carina. "Prediction of aptamers´ structures and their interaction with Staphylococcal enterotoxin A". Trabalho apresentado em 1º Simpósio INIAV para a Segurança Alimentar, 2019.
  4. Azevedo, Andreia Sofia Mateus; Fernandes, Ricardo Manuel; Faria, Ana Rita; Silvestre, Óscar Ferreira; Nieder, Jana Berit; Wengel, Jesper; Azevedo, Nuno Filipe; Almeida, Carina Manuela Fernandes. "Application of nucleic acid mimics and spectral imaging to fluorescence in situ hybridization for the characterization of microbial communities". Trabalho apresentado em BioRemid2019 - 2nd International Meeting on New Strategies in Bioremediation Processes, 2019.
  5. Oliveira, Ricardo; Sousa, Ana Luísa; Pinho, Eva; Azevedo, Nuno Filipe Ribeiro Pinto Oliveira; Almeida, Carina. "De novo selection of toxin-specific aptamers using nucleic acid mimics". Trabalho apresentado em 3rd Doctoral Congress in Engineering, 2019.
  6. Ballem, Andressa; Gonçalves, Soraia; Ferreira, A. I.; Fernandes, C.; Saavedra, Maria J.; Pinto, Carlos; Oliveira, Hugo Alexandre Mendes; Almeida, Gonçalo; Almeida, Carina Manuela Fernandes. "Prevalence of shigatoxigenic Escherichia coli in bovine cattle: a survey in the north region of portugal". Trabalho apresentado em SAlimentar 2019 - 1º Simpósio INIAV para a Segurança Alimentar, 2019.
  7. Oliveira, Ricardo Bruno Costa; Azevedo, Andreia Sofia Mateus; Azevedo, Nuno; Almeida, Carina Manuela Fernandes. "Identification of genes associated with beta-lactam resistance in clinical isolates of Gram-negative bacteria". Trabalho apresentado em FEMS 2019 - 8th Congress of European Microbiologists, 2019.
  8. Azevedo, Andreia S.; Teixeira, H.; Ferreira, R.; Figueiredo, C.; Wengel, J.; Almeida, Carina; Azevedo, N. F.. "Combining nucleic acid mimics and spectral imaging with fluorescence in situ hybridization for the analysis of the gastric micro-biogeography". Trabalho apresentado em Helicobacter, 2019.
  9. Gonçalves, Soraia; Ferreira, Isabel; Guedes, Hugo; Oliveira, Hugo Alexandre Mendes; Almeida, Carina Manuela Fernandes; Afonso, Isabel; Almeida, Gonçalo. "Perfil de resistência a antibióticos de Escherichia coli produtoras e não produtoras da toxina Shiga". Trabalho apresentado em SAlimentar 2019 - 1º Simpósio INIAV para a Segurança Alimentar, 2019.
  10. Araújo, Daniela; Azevedo, N.; Barbosa, Ana; Almeida, Carina; Rodrigues, M. Elisa; Henriques, Mariana; Silva, Sónia Carina. "2´OMethylRNA EFG1 antisense oligomer to control Candida albicans filamentation". Trabalho apresentado em 15th Annual Meeting of the Oligonucleotide Therapeutics Society, 2019.
  11. Azevedo, Andreia Sofia Mateus; Fernandes, R.; Azevedo, Nuno; Almeida, Carina. "Optimizing locked nucleic acid/2'-o-methyl-RNA fluorescence in situ hybridization (LBA/2'OME-FISH) procedures for bacterial detection". Trabalho apresentado em FEMS 2019 - 8th Congress of European Microbiologists, 2019.
  12. Azevedo, Andreia S.; Sousa, I. M.; Fernandes, R.; Azevedo, N. F.; Almeida, Carina. "Optimizing locked nucleic acid/2-O-methyl-RNA fluorescence in situ hybridization (LNA/2OMe-FISH) for bacterial detection". Trabalho apresentado em CHEMPOR 2018 - 13th International Chemical and Biological Engineering Conference, 2018.
  13. Melo, Luís D. R.; Pinto, Graça; Oliveira, Fernando E.; França, Ângela Maria Oliveira Sousa; Boas, Diana Patrícia Andrade Vilas; Almeida, Carina; Sillankorva, Sanna; Cerca, Nuno; Azeredo, Joana. "Disclosing the complexity involved in phage-biofilm interaction: the case study of a Sep1virus phage infecting S. epidermidis". Trabalho apresentado em Book of Abstracts of CEB Annual Meeting 2017, 2017.
  14. Azevedo, Andreia Sofia; Almeida, Carina; Gomes, Luciana Calheiros; Ferreira, Carla; Mergulhão, Filipe J.; Melo, Luís F.; Azevedo, Nuno Filipe Ribeiro Pinto Oliveira. "An in vitro dynamic model of catheter-associated urinary tract infections to investigate the role of uncommon bacteria on the Escherichia coli microbial consortium". Trabalho apresentado em Biofilms 7 - Microbial Works of Art, 2016.
  15. Gerola, Gislaine P.; Azevedo, Andreia S.; Almeida, Carina Manuela Fernandes; Peres, Joana; Mergulhão, Filipe J.; Azevedo, Nuno F.. "Cooperation or conflict? Impact of intraspecific diversity on Escherichia coli biofilms". 2016.
  16. Azevedo, A. S.; Pereira, B.; Almeida, Carina; Melo, Luís F.; Wengel, J.; Azevedo, N. F.. "Detection and discrimination of microorganisms using Locked Nucleic Acid - Fluorescence In Situ Hybridization (LNA-FISH)". Trabalho apresentado em CHEMPOR 2014 - Book of Extended Abstracts of the 12th International Chemical and Biological Engineering Conference, 2014.
  17. Azevedo, Andreia; Almeida, Carina; Melo, L. F.; Azevedo, N. F.. "Interaction between non-disease causing microorganism and E. coli in catheter-associated urinary tract biofilms". Trabalho apresentado em Eurobiofilms 2013, 2013.
  18. Carvalho, Joana; Fokt, Hanna; Cleto, S.; Almeida, Carina; Vieira, M. J.. "Enterobactin : like siderophore gene cluster induction in Cronobacter sakazakii strain". Trabalho apresentado em FEMS 2013 - 5th Congress of European Microbiologists, 2013.
  19. Almeida, Carina; Cerqueira, L.; Azevedo, N. F.; Vieira, M. J.. "Helicobacter pylori : role of water on survival and transmission". Trabalho apresentado em 3rd SCIENTIFIC MEETING OF THE INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING, 2012.
  20. Machado, António; Salgueiro, Débora; Almeida, Carina; Henriques, Ana Filipa Frutuoso Mendes; Haesebrouck, Freddy; Vaneechoutte, Mario; Rodrigues, L. R.; Cerca, Nuno. "Detection of Lactobacillus and Gardnerella species in vaginal samples by PNA-FISH". Trabalho apresentado em 6th ASM conference on Biofilms, 2012.
  21. Machado, António; Almeida, Carina; Carvalho, A.; Salgueiro, D.; Vieira, M. J.; Rodrigues, L. R.; Azevedo, N. F.; Cerca, Nuno; Henriques, Ana Filipa Frutuoso Mendes. "Comparison between classical and molecular (FISH and PCR) methods for Lactobacillus spp. detection in Clinical Samples". Trabalho apresentado em Gordon Research Conference on Microbial Adhesion & Signal Transduction, 2011.
  22. Almeida, Carina; Azevedo, N. F.; Cerqueira, L.; Bento, Joana C.; Vieira, M. J.; Keevil, C. W.. "Development of a rapid method for Proteus spp. detection in urine by peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridisation (PNA)". Trabalho apresentado em European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID), 2011.
  23. Almeida, Carina; Vieira, M. J.; Keevil, C. W.; Fernandes, R. M.; Azevedo, N. F.. "Characterization of multispecies biofilms by peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA-FISH)". 2010.
  24. Almeida, Carina; Azevedo, N. F.; Keevil, C. W.; Vieira, M. J.. "Discriminating multi-species populations in biofilms with peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA FISH)". 2010.
  25. Almeida, Carina; Azevedo, N. F.; Keevil, C. W.; Vieira, M. J.. "Salmonella enterica adhesion to different surfaces in the presence of Echerichia coli – biofilm analyses by fluorescence in situ hybridization using a new peptide nucleic acid probe". Trabalho apresentado em Eurobiofilms 2009, 2009.
  26. Almeida, Carina; Azevedo, N. F.; Iversen, C.; Fanning, S.; Keevil, C. W.; Vieira, M. J.. "Development and application of a novel Peptide Nucleic Acid probe for the specific detection of Cronobacter (Enterobacter sakazakii) in powdered infant formula". Trabalho apresentado em 1st International Conference on Cronobacter, 2009.
  27. Azevedo, N. F.; Jardim, T.; Almeida, Carina; Melo, A.; Gomes, C.; Keevil, C. W.; Vieira, M. J.. "Detection of staphylococcus epidermidis on biofilms by fluorescence in situ hybridization (FISH) using a novel peptide nucleic acid (PNA) probe". Trabalho apresentado em International Symposium on Microbial Ecology (ISME12), 2008.
  28. Almeida, Carina; Azevedo, N. F.; Keevil, C. W.; Vieira, M. J.. "A fluorescence in situ hybridization method using a peptide nucleic acid probe for the detection of Salmonella spp. in biofilms". Trabalho apresentado em Eurobiofilms 2008, 2008.
  29. Azevedo, N. F.; Almeida, Carina; Keevil, C. W.; Vieira, M. J.. "Cultivability and viability of enterohepatic and gastric Helicobacter spp. in water: implications for transmission". Trabalho apresentado em Zoonoses and Public Health, 2007.
  30. Azevedo, N. F.; Almeida, Carina; Jardim, T.; Keevil, C. W.; Vieira, M. J.. "Development of novel peptide nucleic acid (PNA) probes for the rapid identification of pathogens by fluorescence in situ hybridizationd (FISH)". Trabalho apresentado em CONGRESSO NACIONAL MICRO'07 BIOTEC'07, 2007.
Tese / Dissertação
  1. Almeida, Carina. "Development and application of PNA probes for the detection of specific bacteria by FISH". Doutoramento, Universidade do Minho, 2010. http://hdl.handle.net/1822/11782.

Propriedade Intelectual

Patente
  1. Araújo, Daniela; Azevedo, Nuno; Almeida, Carina; Henriques, Mariana; Silva, Sónia. 2019. "Antisense Oligomers for controlling Candida albicans infections". Portugal.
    Pendente
  2. Almeida, Carina; Sousa, José Mário; Rocha, Rui; Cerqueira, Laura; Vieira, Maria João; Azevedo, Nuno Filipe Ribeiro Pinto Oliveira. 2014. "Peptide nucleic acid probe, kit and method for detection and/or quantification of Escherichia coli O157:H7 and applications thereof.".
  3. Cerqueira, Laura; Almeida, Carina; Azevedo, Nuno Filipe Ribeiro Pinto Oliveira; Vieira, Maria João. 2014. "Peptide nucleic acid probe, kit and method for detection and/or quantification of Aspergillus fumigatus and applications thereof".
  4. Vieira, Maria João; Almeida, Carina; Azevedo, N. F.; Soares, José António Baptista Machado; Cerca, Nuno. 2012. "Sondas de ácido péptido nucleico, estojo e método para detectar espécies do género Lactobacillus spp. e/ou Gardnerella spp. e respectivas aplicações". Portugal.
    Expirada
  5. Almeida, Carina; Azevedo, N. F.; Keevil, C. W.; Vieira, M. J.. 2011. "Peptide nucleicacid probe, kit and method for detection and/or quantification of Salmonella spp. and applications thereof".
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2019/01 The challenges of technology transfer: a personal perspective 2019 NanoGateway Winter School
INL (Braga, Portugal)
2018/11 CodedFISH: an innovative tool for the detection of clinical pathogens BMeeting 2018
IPP (Porto, Portugal)
2014/12 Chromoperformance I Encontro Anual de Spin-offs da Universidade do Minho
(Braga, Portugal)
2014/05 Biomode – Biomolecular Determination, SA. Biotecnologia e Bioengenharia: Tecnologias de largo espectro para a especialização inteligente e transferência de valor para a economia
(Braga, Portugal)
2013/03 Biomolecular Determination SA - Entrepreneurship in bioinformatics. Bioinformatics Open Days
(Braga, Portugal)
2013/02 Biomode – Biomolecular Determination, SA. Enterprise Research in Portugal. 3rd Portuguese Meeting of Bioengineering
(Braga, Portugal)
2013/02 From the lab to the market: the challenges for scientists. Special Session Women in Engineering. 3rd Portuguese Meeting of Bioengineering
(Braga, Portugal)
2012/03 Helicobacter pylori: role of water on survival and transmission 3rd Scientific Meeting of Institute for Biotechnology and Bioengineering
Instituto Superior Técnico (Lisboa, Portugal)
2007/09 RT-PCR and PNA-FISH as novel methods for the detection of specific microorganisms in heterotrophic biofilm communities Biofilm Club
(Gregynog, Reino Unido)

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2018/10 - Atual Locked nucleic acid (LNA) aptamers for the detection of Staphylococcal Enterotoxins
Orientador de Ricardo Bruno da Costa Oliveira
 Doctoral Program in Chemical and Biological Engineering (Doutoramento)
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal

Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2018/07 - Atual Lab on a Chip for Pathogen Analysis
Coorientador de Pablo Rodriguez Mateos
 ViBrANT International Training Network (Doutoramento)
University of Hull, Reino Unido

Biomode SA, Portugal
2018/05 - Atual Shiga toxin-producing E. coli in ruminants: assessing prevalence, animal reservoirs and new bacteriophage-derived control strategies
Coorientador de Andressa Ballen
 Doctoral Program in Chemical and Biological Sciences (Doutoramento)
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal

Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal
2017/10 - Atual Safety and efficacy evaluation of a phage cocktail for the biocontrol of STEC E. coli in food products
Coorientador de Maria da Graça Cerqueira Pinto
 Doctoral Program in Chemical and Biological Engineering (Doutoramento)
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal

Universidade do Minho, Portugal
2017/04 - Atual Quantification and categorization of E. coli in food samples by a novel color-coded tag FISH method
Coorientador de Ricardo Manuel Fernandes
 Doctoral Program in Chemical and Biological Engineering (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal

Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2019 - 2022/07/25 Selection of toxin-specific aptamers using nucleic acid mimics
Orientador de Eva Patricia Paiva dos Santos Pinho
Post-doctoral researcher (Outra)
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal
2018 - 2019 Tipagem de genes de isolados de Escherichia coli que codificam a toxina shiga
Orientador de Ana Isabel Nunes Janeiro Ferreira
 Degree in Medical Biothecnology (Licenciatura/Bacharelato)
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal

Instituto Politécnico do Porto, Portugal
2017 - 2019 NAM-CLASI-FISH: a new accurate tool for the analysis of gastric microbiome
Orientador de Andreia Sofia Mateus Azevedo
 Post-doctoral researcher (Outra)
Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2018 Caracterização de uma coleção de culturas de bactérias láticas de diferentes origens com vista à sua utilização industrial
Orientador de Ana Rita Martins
Degree in Biothecnology (Licenciatura/Bacharelato)
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal

Instituto Politécnico de Viana do Castelo, Portugal
2013/09 - 2017/12 Development of a universal fixation step for FISH procedures
Coorientador de Rui Rocha
 Doctoral Program in Chemical and Biological Engineering (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal

Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal

Biomode SA, Portugal
2016/09 - 2017/11 Design and validation of a peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA FISH) method for the detection of Campylobacter spp.
Orientador de Ricardo Bruno da Costa Oliveira
Master n Bioengineering (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2015/09 - 2016/12 Validation of a PNA-FISH method for Vibrio detection in food matrices
Orientador de Francisca Marçal Queiroz Pinheiro Guedes
 Master in Bioengineering (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2015/09 - 2016/12 Development and validation of a PNA-FISH method for Aeromonas detection
Orientador de Cátia Filipa Magalhães Ferreira
 Master in Bioengineering (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2013/09 - 2014/11 Characterization of Proteus mirabilis bacteriophages and their action against biofilms
Coorientador de Patrícia Isabel Martins Veiga
 Master in Bioengineering (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2013 - 2014 Characterization of antimicrobial metabolites produced by Pseudoalteromonas atlantica
Coorientador de Francisco Ventura
 Master in Biomedical Engineering (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2012 - 2013 Optimizing a multiplex PNA-FISH method for foodborne bacteria
Coorientador de José Mario Sousa
 Master in Bioengineering (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2012 - 2013 Interference studies for a PNA-FISH based product (Probe4Pylori)
Coorientador de Teresa Maria Conde Lopes
 Master in Biological Engineering (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal

Biomode SA, Portugal
2012 - 2013 Conjugates of peptide nucleic acid-biotin for the detection of bacteria using in situ hybridization
Coorientador de Diogo Henrique Fernandes Constante
Master in Bioengineering (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2011 - 2012 Certification of biotechnological processes and products
Coorientador de Vasco Rafael Fernandes dos Santos
 Master in Biological Engineering (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2011 - 2012 Development of PNA-FISH methods for the detection of food pathogens
Coorientador de Ana Isabel Oliveira Rocha Fontão
 Master in Biological Engineering (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal

Biomode SA, Portugal
2010 - 2011 Desenvolvimento de sonda de PNA para detecção de Escherichia coli O157:H7 por FISH
Coorientador de José Mário Sousa
 Degree in Applied Biochemistry (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade do Minho, Portugal

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação) 		Instituição / Organização
2019 - Atual 1º Simpósio INIAV para a Segurança Alimentar - Rumo à Alimentação do Futuro (2019)
Conferência (Membro da Comissão Organizadora)
 Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal
2013/07/18 - 2013/07/20 FISH - Fundamentals and Applications Workshop (2013)
Oficina (workshop) (Membro da Comissão Organizadora)
 Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento 		Nome do evento
Instituição / Organização
2014 - 2014 Collaboration in the organization of the “IV International Practical Course - Advanced Practical Course on Biofilms”
Oficina (workshop)
 IV International Practical Course in Biofilms
Universidade do Minho, Portugal
2011 - 2011 Collaboration in the organization, and attendance, of the “Third International Practical Course on Biofilm Sciences”
Oficina (workshop)
 Third International Practical Course on Biofilm Sciences
Universidade do Minho, Portugal
2009 - 2009 Collaboration in the organization, and attendance, of the “Second International Practical Course on Biofilm Sciences"
Oficina (workshop)
 Second International Practical Course on Biofilm Sciences
Universidade do Minho, Portugal
2006 - 2006 Collaboration in the organization, and attendance, of the “First International Practical Course on Biofilm Sciences”
Oficina (workshop)
 First International Practical Course on Biofilm Sciences
Universidade do Minho, Portugal

Júri de grau académico

Tema
Tipo de participação 		Nome do candidato (Tipo de grau)
Instituição / Organização
2018/03 The use of antisense nucleic acid mimics for suppressing microRNAs involved in Gastric Cancer
Arguente
 Joana Filipa Torrinha Ferreira Lima (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2017/12 Metodologia para deteção e diferenciação entre a estirpe vacinal e estirpes selvagens de Salmonella spp. por RT-PCR
Arguente principal
 Bárbara da Costa Branco (Mestrado)
Universidade de Aveiro, Portugal
2017/11 Antisense therapy to control adhesion and filamentation of Candida albicans
Arguente principal
 Nuno Morais Azevedo (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2017/11 P. aeruginosa adaptation in cystic fibrosis environment challenged by the presence of other bacteria
Arguente principal
 Rosana Isabel Araújo Monteiro (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2017/11 Design and validation of a peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA FISH) method for the detection of Campylobacter spp
Orientador
 Ricardo Bruno da Costa Oliveira (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2017/07 Unraveling the potential of nucleic acid mimics to target Helicobacter pylori infections - the effect of biological barriers
Arguente
 Rita Sobral Fernandes Machado dos Santos (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2016/11 Validation of a PNA-FISH method for Vibrio detection in food matrices
Orientador
 Francisca Marçal Queiroz Pinheiro Guedes, (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2016/11 Development and validation of a PNA-FISH method for Aeromonas detection
Orientador
 Cátia Filipa Magalhães Ferreira (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2016/11 The role of prophages on virulence transduction in Acinetobacter baumanii biofilms
Arguente principal
 Rodrigo Pimenta de Oliveira Monteiro (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2014/12 Characterization of antimicrobial metabolites produced by Pseudoalteromonas atlantica
Orientador
 Francisco Duarte da Cunha Ventura (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2014/11 Virulence of Salmonella enterica Enteritidis biofilms after exposure to disinfectants
Arguente principal
 Maria João Romeu (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2013/12 Development of a multiplex assay using peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA FISH) for identification of foodborne pathogens
Orientador
 José Mário Sousa (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2011/07 Desenvolvimento de sonda de PNA para detecção de Escherichia coli O157:H7 por FISH
Orientador
 José Mário Sousa (Outro)
Universidade do Minho, Portugal

Arbitragem científica em revista

Nome da revista (ISSN) Editora
2019 - Atual Jornal of Virology
2017 - Atual Frontiers in Microbiology (1664-302X) Frontiers Media SA
2016 - Atual PLoS ONE (1932-6203) Public Library of Science
2016 - Atual Virology Journal (1743-422X) Springer (Biomed Central Ltd.)
2016 - Atual Journal of Zhejiang University SCIENCE B (1862-1783) Zhejiang University Press
2016 - Atual Food Control (0956-7135) Elsevier
2015 - Atual Antibiotics (2079-6382) MDPI AG
2015 - Atual International Journal of Food Microbiology (0168-1605) Elsevier
2014 - Atual Infection and Drug Resistance (1178-6973) Dove Medical Press
2013 - Atual Journal of Clinical Microbiology (1098-660X) American Society for Microbiology
2011 - Atual BMC Research Notes (1756-0500) Springer (Biomed Central Ltd.)

Comissão de avaliação

Descrição da atividade
Tipo de assessoria 		Instituição / Organização Entidade financiadora
2020 - 2020 Reviewer of H2020 European Commission projects European Commission
2018/07/09 - 2018/07/09 Evaluation of entrepreneurship projects under the scope of the iTeams program, MIT-Portuga Doctoral program
2016 - 2016 Reviewer of H2020 European Commission projects
Avaliador
 European Commission

Consultoria / Parecer

Descrição da atividade Instituição / Organização
2018 - 2018 Expert report on "Quick and accurate methods for bacteria detection" PRESANS, França

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2014 - 2015 Laboratory of Chemical Technology Integrated Master in Biological Engineering (Mestrado integrado) Universidade do Minho, Portugal
2014 - 2015 Engineering Science Topics (Licenciatura) Universidade do Minho, Portugal

Membro de comissão

Descrição da atividade
Tipo de participação 		Instituição / Organização
2019 - Atual Part of the scientific committee of the “1º Simpósio INIAV para a Segurança Alimentar”, under the subject "Rumo à Alimentação do Futuro"
Membro
 Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (Polo Vairão), Portugal
Distinções

Outra distinção

2014 Series A funds (1.600.000€): The spin-off Biomode SA was award with an investment to support the certification and the market entry
2012 BES National Innovation Contest (60 000€), in the Natural Resources & Food section
2011 Post-Doc fellowship (SFRH/BPD/74480/2010)
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2010 Seed funds (300.000€): The spin-off Biomode was awarded with an investment (InovCapital-ACTec venture fund) intended to support the products development and certification.
2009 Prize for Best Poster - Cronobacter Conference 2009
University College Dublin, Irlanda
2006 PhD fellowship (SFRH/BD/29297/2006)
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2005 Merit scholarship
Universidade do Minho, Portugal
2004 Merit scholarship
Universidade do Minho, Portugal