Identification
Personal identification
- Full name
- Francisco Couto
Citation names
- Couto, Francisco
- Couto, Francisco M
Author identifiers
- Ciência ID
- AB14-EC64-0200
- ORCID iD
- 0000-0003-0627-1496
- Google Scholar ID
- 9_78rfMAAAAJ
- Scopus Author Id
- 6603489917
Email addresses
- fjcouto@edu.ulisboa.pt (Professional)
Addresses
- LASIGE, Departamento de Informática, Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Campo Grande, 1749-016, Lisboa, Lisboa, Portugal (Professional)
Websites
- https://webpages.ciencias.ulisboa.pt/~fjcouto/ (Professional)
Knowledge fields
- Exact Sciences - Computer and Information Sciences - Bioinformatics
- Exact Sciences - Computer and Information Sciences - Information Science
Languages
Language | Speaking | Reading | Writing | Listening | Peer-review |
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Portuguese (Mother tongue) | |||||
English | Advanced (C1) | Advanced (C1) | Advanced (C1) | Advanced (C1) | Advanced (C1) |
Education
Degree | Classification | |
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2022/01/01
Concluded
|
Informática (Doutoramento)
Major in Sem especialidade
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
"Recommender system to support comprehensive exploration of large scale scientific datasets" (THESIS/DISSERTATION)
|
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2019
Concluded
|
Biologia (Doutoramento)
Major in Especialidade: Biologia de Sistemas
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
""Development of a text mining approach to disease network discovery"" (THESIS/DISSERTATION)
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|
2016/05/23
Concluded
|
Informática (Título de Agregado)
Major in Engenharia Informática
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
Aprovado por unanimidade |
2014
Concluded
|
Bioinformática e Biologia Computacional (Mestrado)
Major in Área de especialização: Bioinformática
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
"Identifying interactions between chemical entities in text" (THESIS/DISSERTATION)
|
|
2006/05/04
Concluded
|
Informática (Doutoramento)
Major in Bioinformática
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
"ReBIL: Relating Biological Information through Literature" (THESIS/DISSERTATION)
|
Dinstinção e Louvor |
2000/09/01 - 2001/07
Concluded
|
Engenharia Informática e Computadores (Mestrado integrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
"Identificação de Componentes Reutilizáveis através de Especificações Formais" (THESIS/DISSERTATION)
|
5 (escala de 0 a 5) |
1995/09/01 - 2000/07/31
Concluded
|
Engenharia Informática e Computadores (Licenciatura)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
|
18 |
Affiliation
Science
Category Host institution |
Employer | |
---|---|---|
2001/09/01 - Current | Researcher (Research) | Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal |
2016/01/01 - 2016/06/01 | Visiting Researcher (Research) | Bioalma, Spain |
2003/01/01 - 2005/12/31 | Visiting Researcher (Research) | AFMB, France |
2004/01/01 - 2004/06/01 | Visiting Researcher (Research) | European Bioinformatics Institute, United Kingdom |
Teaching in Higher Education
Category Host institution |
Employer | |
---|---|---|
2013/12/31 - Current | Associate Professor (University Teacher) | Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal |
2006/05/04 - 2013/12/30 | Assistant Professor (University Teacher) | Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal |
2001/09/01 - 2006/09/01 | Lecturer (University Teacher) | Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal |
2000/09/01 - 2001/09/01 | Lecturer (University Teacher) | Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal |
1998/09/01 - 2000/09/01 | Tutor (University Teacher) | Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico Departamento de Matemática, Portugal |
Projects
Grant
Designation | Funders | |
---|---|---|
2019 - 2022 | GEnvIA: Gene-Environment Interaction in Autism Spectrum Disorder
02/SAICT/2017
Researcher
|
Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT |
2018/10 - 2021/09 | DeST: Deep Semantic Tagger
Principal investigator
|
Fundação para a Ciência e a Tecnologia |
2018 - 2018 | Classifying Relations via Long Short-Term Memory Networks along Biomedical Ontologies
Principal investigator
|
EU Framework Programme for Research and Innovation Research Infrastructures and E-Infrastructures |
2012 - 2015 | BiobankCloud: Scalable, Secure Storage of Biobank Data
Researcher
|
European Commission Seventh Framework Programme for Research and Technological Development Information and Communication Technologies |
2012/03 - 2014/10 | SOMER: Semantic Ontology Matching using External Resources
Principal investigator
|
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. |
2011/01 - 2014/06 | In silico reconstruction of Streptococcus pneumoniae cellular networks and their impact on virulence
Researcher
|
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. |
2010/10 - 2014/04 | REACTION - Retrieval, Extraction, and Aggregation Computing Technology for Integrating and Organizing News
Researcher
|
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. |
2011 - 2013 | SPNET: In silico reconstruction of Streptococcus pneumoniae cellular networks and their impact on virulence
PTDC/EBB-EBI/113824/2009
Researcher
|
Fundação para a Ciência e a Tecnologia |
2010 - 2012 | VPH: Virtual Physiological Human Network of Excellence
223920
Researcher
|
European Commission Seventh Framework Programme for Research and Technological Development |
2009 - 2012 | EPIWORK: Developing the Framework for an Epidemic Forecast infrastructure
231807
Researcher
|
European Commission Seventh Framework Programme for Research and Technological Development Information and Communication Technologies |
2008/01 - 2010/12 | ARN - Algorithms for the identification of genetic Regulatory Networks
Researcher
|
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. |
2008/01 - 2010/10 | GREASE-II - Geographic Reasoning for Search Engines
Researcher
|
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. |
Contract
Designation | Funders | |
---|---|---|
2022/01/01 - 2023/06/30 | Deep graph learning approaches to personalized medicine
EXPL/CCI-BIO/0126/2021
FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal
Universidade de Lisboa Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, Portugal Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal |
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
|
2017 - 2018 | Unbabel 2017: Um novo ecossistema de Machine and Crowd Translation
LISBOA-01-0247-FEDER-010432
Principal investigator
|
Agência Nacional de Inovação SA
Concluded
|
Outputs
Publications
Book |
|
Book chapter |
|
Conference paper |
|
Journal article |
|
Report |
|
Thesis / Dissertation |
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Activities
Oral presentation
Presentation title | Event name Host (Event location) |
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2020 | Biomedical data and text processing using shell scripting | Tutorial at the nineteenth European Conference on Computational Biology (ECCB2020) |
2020 | Multilingual text mining: Overcoming the lack of clinical NLP resources | Talk at the First Multilingual clinical NLP workshop (MUCLIN)
(Switzerland)
|
Supervision
Thesis Title Role |
Degree Subject (Type) Institution / Organization |
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2022 - 2022 | Deep Semantic Entity Linking
Supervisor
|
Informática (PhD)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
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2018 - 2022 | Recommender system to support comprehensive exploration of large scale scientific datasets
Supervisor
|
Informática (PhD)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2021 - 2021 | Named Entity Recognition and Linking in a Multilingual Biomedical Setting
Supervisor
|
Bioinformática e Biologia Computacional (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2021 - 2021 | Development of a Corpus for User-based Scientific Question Answering
Supervisor
|
Bioinformática e Biologia Computacional (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2021 - 2021 | Prostate MRI Radiomics for Prediction of Gleason Score
Supervisor
|
Bioinformática e Biologia Computacional (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2021 - 2021 | Extracting Negative Biomedical Relations from Literature
Supervisor
|
Bioinformática e Biologia Computacional (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2020 - 2020 | Applying deep learning extreme multi-label classification to the biomedical and multilingual panoramas
Co-supervisor
|
Bioinformática e Biologia Computacional (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2020 - 2020 | Recommender Systems Based on Deep Learning Techniques
Supervisor
|
Ciência de Dados (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2019 - 2019 | The role of antisense transcription on regulation of gene expression | Bioinformática e Biologia Computacional (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2019 - 2019 | Extracting phenotype-gene relations from biomedical literature using distant supervision and deep learning | Bioinformática e Biologia Computacional (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2019 - 2019 | Exploring Biomedical Ontologies, Personalized PageRank and Semantic Similarity in the Entity Linking task
Supervisor
|
Bioinformática e Biologia Computacional (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2019 - 2019 | Information Retrieval using Machine Learning for Database Curation
Supervisor
|
Bioinformática e Biologia Computacional (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2016 - 2019 | "Development of a text mining approach to disease network discovery"
Supervisor
|
Biologia (PhD)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2018 - 2018 | Extracting biomedical relations from biomedical literature
Supervisor
|
Bioinformática e Biologia Computacional (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2015 - 2018 | " A System medicine approach to study autism spectrum disorder, based on genomic, and clinical data"
Co-supervisor
|
Biologia (PhD)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2017 - 2017 | Previsão da localização subcelular de Proteínas Humanas com base em Aprendizagem Automática | Bioinformática e Biologia Computacional (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2017 - 2017 | Anthropometric data analytics: a portuguese case study | Bioinformática e Biologia Computacional (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2017 - 2017 | Semantic annotation of electronic health records in a multilingual environment | Bioinformática e Biologia Computacional (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2017 - 2017 | Identifying human phenotype terms in text using a machine learning approach | Bioinformática e Biologia Computacional (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2017 - 2017 | Biomedical semantic question and answering system | Informática (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2016 - 2016 | Aplicações na web para validação e classificação de notícias pela crowd | Engenharia Informática (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2016 - 2016 | Impacto das obras musicais lusófonas nas redes sociais | Engenharia Informática (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2016 - 2016 | Quanto valem os metadados? | Engenharia Informática (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2016 - 2016 | Desenvolvimento de uma rede social desportiva | Engenharia Informática (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2016 - 2016 | Radiation monitoring system in clinical imaging | Bioinformática e Biologia Computacional (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2010 - 2016 | "Semantic Similarity Across Biomedical Ontologies"
Supervisor
|
Informática (PhD)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2015 - 2015 | 3D Visualization of Very Large Databases - Integrating and expanding the state of the art in Bioinformatics and Astroinformatics | Bioinformática e Biologia Computacional (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2015 - 2015 | Development of a scalable, precise, and high-coverage genomics mapping tool for NGS | Bioinformática e Biologia Computacional (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2015 - 2015 | Análise de corpora jornalístico através das ocorrências de N-gramas | Engenharia Informática (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2015 - 2015 | Towards an engaging social TV on a second screen | Engenharia Informática (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2015 - 2015 | Recommendation system for modern television | Engenharia Informática (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2015 - 2015 | Recognition and normalization of biomedical entities within clinical notes | Engenharia Informática (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2015 - 2015 | Desenvolvimento de aplicação web de pesquisa, gestão e partilha de eventos | Engenharia Informática (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2015 - 2015 | Anti and pro-longevity genes differentiation and overlap with age-related diseases | Bioinformática e Biologia Computacional (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2015 - 2015 | Assessing pseudogene expression during neural differentiation by RNA-Seq | Bioinformática e Biologia Computacional (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
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2009 - 2015 | Functional coherence and annotation agreement metrics for enzyme families
Supervisor
|
Informática (PhD)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
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2014 - 2014 | NGSOnto: proposta de uma ontologia para descrever o processo de sequenciação de alto desempenho | Bioinformática e Biologia Computacional (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
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2014 - 2014 | Identifying interactions between chemical entities in text | Bioinformática e Biologia Computacional (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
|
2014 - 2014 | Impacto de obras literárias nas redes sociais | Engenharia Informática (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
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2014 - 2014 | Towards an intelligent biographical cognitive prosthesis | Engenharia Informática (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
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2010 - 2014 | Knowledge representation for data integration and exploration in translational medicine
Co-supervisor
|
Informática (PhD)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
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2008 - 2014 | "Information search in Web Archives"
Co-supervisor
|
Informática (PhD)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
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2013 - 2013 | Metagenomic analysis of Mariana Trench sediment samples | Bioinformática e Biologia Computacional (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
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2013 - 2013 | A tool for ontology instance matching | Informática (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
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2013 - 2013 | Implementação de uma base de dados geográficos para a gestão das matérias-primas do grupo Cimpor | Sistemas de Informação Geográfica - Tecnologias e Aplicações (Master)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
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2008 - 2013 | Identifying Chemical Entities on Literature: a Machine Learning Approach using Dictionaries as Domain Knowledge
Supervisor
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Informática (PhD)
Universidade de Lisboa, Portugal
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2008 - 2008 | Automated extension of Biomedical Ontologies | Informática (PhD)
Universidade de Lisboa, Portugal
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Event organisation
Event name Type of event (Role) |
Institution / Organization | |
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2020 - Current | Semantic Indexing and Information Retrieval for Health from heterogeneous content types and languages
Held in conjunction with the 42nd European Conference on Information Retrieval (ECIR2020) (2020)
Workshop (Co-organisor)
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Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal Centro Nacional de Supercomputación, Spain |
Evaluation committee
Activity description Role |
Institution / Organization | Funding entity | |
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2020 - Current | Review of Research Proposal
Evaluator
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King Abdullah University of Science and Technology | |
2020 - Current | Review of Research Proposal
Evaluator
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Schweizerischer Nationalfonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung |
Distinctions
Award
2018 | Scientific Prize in Computer Science and Computer Engineering
Caixa Geral de Depositos, Portugal
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2017 | Honorable mention in Computer Science and Computer Engineering
Caixa Geral de Depositos, Portugal
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2004 | Young Engineer Innovation Prize
Ordem dos Engenheiros, Portugal
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