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Identification

Personal identification

Full name
Camila Borges Fernandes

Author identifiers

Ciência ID
7219-CB52-700F
Education
Degree Classification
2014/09/01 - 2019/06/28
Concluded
Biology (Doutoramento)
Major in Microbiologia e Biologia Molecular
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
""A metadata analysis of walnut associated Xanthomonas spp.: from population diversity to comparative genomics."" (THESIS/DISSERTATION)
2011 - 2013/01
Concluded
Master in Biomedical Scienses - Specialization in Molecular Biology in Tropical and International Medicine (Mestrado)
Universidade Nova de Lisboa, Portugal

Instituto de Higiene e Medicina Tropical/Universidade Nova de Lisboa, Portugal
"Caracterização de Múltiplos Polimorfismos de Pneumocystis jirovecii por Multiplex PCR/Single Base Extension" (THESIS/DISSERTATION)
19
2006 - 2010
Concluded
Biology (Licenciatura)
Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias, Portugal
15
Affiliation

Science

Category
Host institution
Employer
2013/07/01 - 2014/08/31 Researcher (Research) Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
2013/04 - 2013/06 Research Trainee (Research) Instituto de Higiene e Medicina Tropical/Universidade Nova de Lisboa, Portugal
2011/09 - 2013/03 Research Trainee (Research) Instituto de Higiene e Medicina Tropical/Universidade Nova de Lisboa, Portugal
2009/08 - 2009/08 Research Trainee (Research) Administração Regional de Saúde de Lisboa e Vale do Tejo IP, Portugal

Other Careers

Category
Host institution
Employer
2019/01/01 - Current Técnico Superior (Técnico Superior) Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal

Others

Category
Host institution
Employer
2014/09/01 - 2018/09/30 PhD Student Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
Projects

Grant

Designation Funders
2014 - 2018/12/31 Xanthomonas arboricola pv. juglandis – unveiling the biogeographic distribution of emergent and acutely virulent Xaj genotypes to infer epidemiological patterns and improve phytosanitary control
SFRH/BD/95913/2013
PhD Student Fellow
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal

Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded

Other

Designation Funders
2019 - Current Projeto REGIS – “Conservação de Recursos Genéticos Florestais na Madeira" PA1416
REGIS
Researcher
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
Ongoing
2016 - 2019/12/31 Bacterial evolution beyond the cultured isolates - Xanthomonas arboricola pv. juglandis
PTDC/BIA-EVF/3635/2014
Researcher
Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Ongoing
2015 - 2018/12/31 Estudo multifuncional do fluido xilémico de cultivares portuguesas de oliveira e a sua relação com a suscetibilidade à infeção por Xylella fastidiosa
Researcher
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal

Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal

Instituto Politécnico de Bragança, Portugal

Direcção-Geral de Alimentação e Veterinária, Portugal

Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2013 - 2014/08/31 DNA array for in planta detection and genotyping of quarantine phytopathogenic bacteria
PTDC/AGR-PRO/111857/2009
Research Technician Fellow
Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal

Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluded
2011 - 2012/05/01 The usefulness of serologic infection markers in Pneumocystis jirovecii pneumonia (PcP): A new diagnostic approach
CMDT Projects 2011
Technical development
Instituto de Higiene e Medicina Tropical/Universidade Nova de Lisboa, Portugal
Concluded
Outputs

Publications

Conference abstract
  1. Nones, Stefano; Cruz, Leonor; Fernandes, Camila; Martins, Lídia; Sousa, Edmundo. "New insights into the bacterial diversity associated with symptomatic Quercus suber trees infested by the ambrosia beetle Platypus cylindrus (Coleoptera: Curculionidae)". Paper presented in Integrated Protection in Oak Forests IOBC-WPRS Bulletin, 2020.
    Published
  2. Cruz, Leonor; Fernandes, Camila; Duarte, Lídia. "Bacterioses dos frutos secos: riscos, epidemiologia e controlo de doenças com potencial impacto económico em pomares portugueses". Paper presented in Actas Portuguesas da Horticultura, 2020.
    Published
  3. Esteves, F.; Calé, S.S.; Seringa, M.; Badura, F.; de Sousa, B.; Fernandes, Camila; Gaspar, J.; et al. "Biomarcadores serológicos no contexto da Pneumonia por Pneumocystis jirovecii (PPC): Uma abordagem moderna para uma enfermidade centenária.". Paper presented in Acta Parasitológica Portuguesa, 2012.
    Published
Conference paper
  1. Cruz, Leonor; Fernandes, Camila; Duarte, Lídia. "Bacterioses dos frutos secos: riscos, epidemiologia e controlo de doenças com potencial impacto económico em pomares portugueses". Paper presented in 4º Simpósio Nacional de Fruticultura, 2018.
    Published
  2. Fernandes, Camila; Esteves, Francisco; Matos, Olga. "Múltiplos marcadores moleculares de Pneumocystis jirovecii: aplicações de novas metodologias". Paper presented in 2º Congresso Nacional de Medicina Tropical, Lisbon, 2013.
    Published
Conference poster
  1. Martins, Leonor; Fernandes, Camila; Blom, Jochen; Pothier, Joël F.; Tavares, Fernando. "Genomic insights into the evolution of pathogenicity in a new walnut-associated Xanthomonas species". Paper presented in Congress of Microbiology and Biotechnology 2019 (Microbiotec19), 2019.
  2. Fernandes, Camila; Martins, Leonor; Blom, Jochen; Pothier, Joël F.; Tavares, Fernando. "Comparative genomics highlight putative pathoadaptations of a new Xanthomonas sp. isolated from walnut and Xanthomonas arboricola pv. juglandis". Paper presented in 3rd Annual Conference of the Euroxanth COST Action, 2019.
    10.1063/1.5115745
  3. Martins, Leonor; Fernandes, Camila; Albuquerque, Pedro; Tavares, Fernando. "Development of a qPCR method to determine Xanthomonas arboricola pv. juglandis load in infected walnut samples.". Paper presented in 6th Xanthomonas Genomics Conference XGC 2018, 2018.
  4. Fernandes, Camila; Pothier, Joël F.; Tavares, Fernando. "Whole-Genome sequencing of distinct Xanthomonas arboricola lineages isolated from a single walnut tree host". Paper presented in 6th Xanthomonas Genomics Conference. 2nd Annual EuroXanth Conference, 2018.
  5. Varela, R; Fernandes, Camila; Barradas, T; Cordeiro, A; Arías-Calderón, R; Menino, R; Castelo Branco, A; Fernandes, L; Sá-Pereira, P. "Avaliação do potencial antimicrobiano de endófitos de oliveira para uso como agentes de controlo biológico de Xylella fastidiosa". Paper presented in VII Simpósio Nacional de Olivicultura, 2018.
    10.17648/sinaferm-2015-33443
  6. Sá-Pereira, P; Machado, H; Fernandes, Camila; Teixeira, C; Gomes, P. "Characterization of synthetic peptides bioactivity on Xylella fastidiosa growth profile and biofilm disaggregation". Paper presented in European Conference on Xylella fastidiosa: finding answers to a global problem., 2017.
  7. Fernandes, Camila; Albuquerque, Pedro; Sousa, Rui; Santos, Lurdes; Godinho-Ferreira, P; Cruz, Leonor; Tavares, Fernando. "Estudo da diversidade de Xanthomonas arboricola pv. juglandis em Portugal revela um padrão de distribuição cosmopolita". Paper presented in Proteção das Plantas 2017: 2º Simpósio SCAP, 8º Congresso da SPF e 11º Encontro Nacional de Proteção Integrada, 2017.
  8. Gomes, Catarina; Cruz, Joana; Fernandes, Camila; Oliveira, Helena; Cruz, Leonor. "Phylogenetic characterization of Ralstonia solanacearum species complex isolates collected from Rosa spp. in Portugal". Paper presented in Proteção das Plantas 2017: 2º Simpósio SCAP, 8º Congresso da SPF e 11º Encontro Nacional de Proteção Integrada, 2017.
  9. Fernandes, Camila; Albuquerque, Pedro; Sousa, Rui; Cruz, Leonor; Tavares, Fernando. "Detection, identification and diversity of Xanthomonas arboricola pv. juglandis by multiplex PCR and dot blot hybridization using nine DNA markers". Paper presented in 7th Congress of European Microbiologists (FEMS2017), 2017.
  10. Albuquerque, Pedro; Fernandes, Camila; Cruz, Leonor; Tavares, Fernando. "Diversity of Xanthomonas arboricola pv. juglandis in Portugal evoques a cosmopolitan dispersion". Paper presented in 7th Congress of European Microbiologist (FEMS 2017), 2017.
  11. Fernandes, C.; Esteves, F.; Matos, O.. "Characterization of multiple plymorphisms in Pneumocystis jirovecii by multiplex PCR/Single Base Extension (MPCR/SBE) - Preliminary Results". Paper presented in International Workshops on Opportunistic Protists (IWOP 12), 2012.
Journal article
  1. Fernandes, Camila; Martins, Leonor; Teixeira, Miguel; Blom, Jochen; Pothier, Joël F.; Fonseca, Nuno A.; Tavares, Fernando. "Comparative Genomics of Xanthomonas euroxanthea and Xanthomonas arboricola pv. juglandis Strains Isolated from a Single Walnut Host Tree". Microorganisms 9 3 (2021): 624. http://dx.doi.org/10.3390/microorganisms9030624.
    10.3390/microorganisms9030624
  2. Teixeira, Miguel; Fernandes, Camila; Chaves, Cátia; Pinto, Joana; Tavares, Fernando; Fonseca, Nuno A.. "Complete Genome Sequence Obtained by Nanopore and Illumina Hybrid Assembly of Xanthomonas arboricola pv. juglandis CPBF 427, Isolated from Buds of a Walnut Tree". Microbiology Resource Announcements 10 10 (2021): http://dx.doi.org/10.1128/mra.00085-21.
    10.1128/mra.00085-21
  3. Fernandes, Camila; Albuquerque, Pedro; Mariz-Ponte, Nuno; Cruz, Leonor; Tavares, Fernando. "Comprehensive diversity assessment of walnut-associated xanthomonads reveal the occurrence of distinct Xanthomonas arboricola lineages and of a new species ( Xanthomonas euroxanthea ) within the same tree". Plant Pathology (2021): http://dx.doi.org/10.1111/ppa.13355.
    10.1111/ppa.13355
  4. Martins, Leonor; Fernandes, Camila; Blom, Jochen; Dia, Nay C.; Pothier, Joël F.; Tavares, Fernando. "Xanthomonas euroxanthea sp. nov., a new xanthomonad species including pathogenic and non-pathogenic strains of walnut". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 70 12 (2020): 6024-6031. http://dx.doi.org/10.1099/ijsem.0.004386.
    Published • 10.1099/ijsem.0.004386
  5. Teixeira, Miguel; Martins, Leonor; Fernandes, Camila; Chaves, Cátia; Pinto, Joana; Tavares, Fernando; Fonseca, Nuno A.. "Complete Genome Sequences of Walnut-Associated Xanthomonas euroxanthea Strains CPBF 367 and CPBF 426 Obtained by Illumina/Nanopore Hybrid Assembly". Microbiology Resource Announcements 9 45 (2020): http://dx.doi.org/10.1128/mra.00902-20.
    10.1128/mra.00902-20
  6. Martins, Leonor; Fernandes, Camila; Blom, Jochen; Dia, Nay C.; Pothier, Joël F.; Tavares, Fernando. "Xanthomonas euroxanthea sp. nov., a new xanthomonad species including pathogenic and non-pathogenic strains of walnut". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (2020): http://dx.doi.org/10.1099/ijsem.0.004386.
    Open access • Published • 10.1099/ijsem.0.004386
  7. Martins, Leonor; Fernandes, Camila; Albuquerque, Pedro; Tavares, Fernando. "Assessment of Xanthomonas arboricola pv. juglandis Bacterial Load in Infected Walnut Fruits by Quantitative PCR". Plant Disease 103 10 (2019): 2577-2586. http://dx.doi.org/10.1094/pdis-12-18-2253-re.
    Published • 10.1094/pdis-12-18-2253-re
  8. Fernandes, Camila; Blom, Jochen; Pothier, Joël F.; Tavares, Fernando. "High-Quality Draft Genome Sequence of Xanthomonas arboricola pv. juglandis CPBF 1521, Isolated from Leaves of a Symptomatic Walnut Tree in Portugal without a Past of Phytosanitary Treatment". Microbiology Resource Announcements 7 16 (2018): 1-3. http://dx.doi.org/10.1128/mra.00887-18.
    Published • 10.1128/mra.00887-18
  9. Fernandes, Camila; Blom, Jochen; Pothier, Joël F.; Tavares, Fernando. "High-Quality Draft Genome Sequence of Xanthomonas sp. Strain CPBF 424, a Walnut-Pathogenic Strain with Atypical Features". Microbiology Resource Announcements 7 15 (2018): 1-3. http://dx.doi.org/10.1128/mra.00921-18.
    Published • 10.1128/mra.00921-18
  10. Fernandes, C.; Sousa, R.; Tavares, F.; Cruz, L.. "First Report of Xanthomonas arboricola Causing Bacterial Blight on Pecan Trees in Portugal". Plant Disease 102 12 (2018): 2632. http://dx.doi.org/10.1094/pdis-03-18-0467-pdn.
    Published • 10.1094/pdis-03-18-0467-pdn
  11. Fernandes, Camila; Albuquerque, Pedro; Sousa, Rui; Cruz, Leonor; Tavares, Fernando. "Multiple DNA Markers for Identification of Xanthomonas arboricola pv. juglandis Isolates and its Direct Detection in Plant Samples". Plant Disease 101 6 (2017): 858-865. http://dx.doi.org/10.1094/pdis-10-16-1481-re.
    Published • 10.1094/pdis-10-16-1481-re
  12. Esteves, F.; Lee, C.-H.; de Sousa, B.; Badura, R.; Seringa, M.; Fernandes, C.; Gaspar, J. F.; Antunes, F.; Matos, O.. "(1–3)-Beta-D-glucan in association with lactate dehydrogenase as biomarkers of Pneumocystis pneumonia (PcP) in HIV-infected patients". European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases 33 7 (2014): 1173-1180. http://dx.doi.org/10.1007/s10096-014-2054-6.
    Published • 10.1007/s10096-014-2054-6
Magazine article
  1. Fernandes, Camila; Martins, Leonor; Sousa, Rui; Cruz, Leonor; Tavares, Fernando. "Bacteriose da nogueira: epidemiologia de um relevante problema fitossanitário em Portugal", VIDA RURAL - Revista Profissional de Agronegócios, 2020
  2. Cruz, Leonor; Fernandes, Camila; Duarte, Lídia; Velez, Isaura; Lopes, Amélia. "Bacterioses da floresta: a doença do choro dos choupais causada por Lonsdalea populia", VIDA RURAL - Revista Profissional de Agronegócios, 2020
  3. Fernandes, Camila; Duarte, Lídia; Velez, Isaura; Cruz, Leonor. "Cancro bacteriano das prunóideas: novos surtos em Portugal", VIDA RURAL - Revista Profissonal de Agronegócios, 2020
  4. Cruz, Leonor; Fernandes, Camila; Duarte, Lídia; Velez, Isaura. "Bacteriose dos frutos secos: riscos, epidemiologia e controlo de doenças com potencial impacto económico", VIDA RURAL - Revista Profissional de Agronegócios, 2019
Online resource
  1. Duarte, Lídia; Fernandes, Camila; Cruz, Joana; Velez, Isaura; Cruz, Leonor. Boas práticas na cultura da batata-doce: doenças provocadas por bactérias. 2020. https://projects.iniav.pt/BDMIRA/images/desdobraveis/Folheto24.pdf.
  2. Fernandes, Camila; Duarte, Lídia; Cruz, Leonor. Boletim Técnico SAFSV-BT- 02/2019 : Cancro bacteriano das prunóideas. 2019. http://www.iniav.pt/fotos/editor2/bt_2_2019_cerejeiras.pdf.
Thesis / Dissertation
  1. Camila Borges Fernandes. "A metadata analysis of walnut associated Xanthomonas spp.: from population diversity to comparative genomics". PhD, Universidade do Porto Faculdade de Ciências, 2019. https://hdl.handle.net/10216/122012.
  2. FERNANDES, Camila Borges. "Caracterização de múltiplos polimorfismos de Pneumocystis Jirovecii por multiplex-PCR/Single base extension". Master, 2013. http://hdl.handle.net/10362/13985.
Activities

Oral presentation

Presentation title Event name
Host (Event location)
2019/10/08 New insights into the bacterial diversity associated to symptomatic Quercus suber trees infested by the ambrosia beetle Platypus cylindrus (Coleoptera: Platypodidae) 9th meeting - IOBC WPRS Working Group - Integrated Protection in Oak Forests
INIAV (Lisbon, Portugal)
2019/09/10 Comparative genomics highlight putative pathoadaptations of a new Xanthomonas sp. isolated from walnut and Xanthomonas arboricola pv. juglandis 3rd Annual Conference of the EuroXanth COST Action
Faculty of Horticulture, Lednice (Lednice, Czech Republic)
2018/12/05 Insights into sympatric lifestyle of walnut Xanthomonas isolates through comparative genomics TiBE 2018 - Host Parasite Interaction
CIBIO-InBIO (Porto, Portugal)
2017/12/13 Xanthomonas arboricola pv. juglandis: an endemic walnut pathogen in Portugal 1st Annual Conference of the EuroXanth COST Action
Instituto Pedro Nunes (Coimbra, Portugal)
2017/12/13 Guidelines to discover new xanthomonads species-specific markers for detection and genotyping from the in silico analysis to experimental validation 1st Annual Conference of the Euroxanth COST Action
Instituto Pedro Nunes (Coimbra, Portugal)
2017/12/08 Xanthomonas arboricola pv. juglandis: an endemic pathogen in Portugal Congress of Microbiology and Biotechnology 2017 (Microbiote17)
Universidade Católica Portuguesa (Porto, Portugal)
2017/10/26 Nove marcadores moleculares para a deteção, identificação e tipagem de Xanthomonas arboricola pv. juglandis. Proteção das Plantas 2017: 2º Simpósio SCAP, 8º Congresso da SPF e 11º Encontro Nacional de Proteção Integrada.
Escola Superior de Agrária de Santarém (Santarém, Portugal)
2014/10/26 Bacterial canker of kiwi caused by Pseudomonas syrngae pv. actinidiae in Portugal - Disease importance and pathogen characterization Novos Desafios na Proteção das Plantas: 1º Simpósio SAP e 7º Congresso da SPF
INIAV (Lisbon, Portugal)

Event participation

Activity description
Type of event
Event name
Institution / Organization
2020/03/09 - 2020/03/13 3rd Training School on “Tracking bacteria in planta“
Workshop
3rd Training School on “Tracking bacteria in planta“
European Cooperation in Science and Technology, Belgium

Institut National de Recherche pour l'Agriculture l'Alimentation et l'Environnement Centre Occitanie-Toulouse, France
2020/01/13 - 2020/01/17 Coordenação do Estágio "Phytobacteriology in Practice"
Other
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
2018/02/19 - 2018/02/23 Short Term Scientific Missions (STSM) of the COST Action EuroXanth: Integrating science on Xanthomonadaceae for integrated plant disease management in Europe.
Other
Xanthomonas arboricola pv. juglandis genomics and comparative genomics
Institute of Natural Resource Sciences (ZHAW), Switzerland

European Cooperation in Science and Technology, Belgium
2016/07/04 - 2016/07/08 Coordenação de estágios integrado no programa Ciência Viva no Laboratório - Ocupação Científica de Jovens nas Férias
Other
Estágio "O solo - Um mundo microbiano que os nossos olhos não podem ver!"
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
2016/07/04 - 2016/07/08 Coordenação de estágios integrado no programa Ciência Viva no Laboratório - Ocupação Científica de Jovens nas Férias
Other
Estágios "CSI Vegetal: Bactérias Assassinas"
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
2015/07/06 - 2015/07/10 Participação da execução de estágios integrado no programa Ciência Viva no Laboratório - Ocupação Científica de Jovens nas Férias
Other
Estágio "CSI Vegetal: Bactérias Assassinas"
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
2014/06/30 - 2014/07/04 Coordenação de estágios integrado no programa Ciência Viva no Laboratório - Ocupação Científica de Jovens nas Férias
Other
Estágio "Fitobacteriologista por uma semana"
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
2009/12/11 - 2009/12/13 Workshop Prático de Recuperação de Animais Silvestres
Workshop
Centro de Recuperação e Investigação de Animais Selvagens, Portugal

Mentoring / Tutoring

Topic Student name
2019/11/01 - 2020/01/10 Bacterial isolation, DNA extraction, PCR, Sequence analysis, Phylogenetic analysis Reguieg Khadidja
2017/09/25 - 2017/09/29 Dot blot methodology Leonor Martins
2017/01/01 - 2017/03/31 PCR and Sequence Analysis Stefano Nones
Distinctions

Other distinction

2020 Grant training school "Tracking bacteria in planta”
European Cooperation in Science and Technology, Belgium
2018 Grant Short Term Scientific Mission (STSM39949)
European Cooperation in Science and Technology, Belgium
2013 Professor Doutor Manuel Pinto Award - The Best Master Student
Instituto de Higiene e Medicina Tropical/Universidade Nova de Lisboa, Portugal
2013 PhD Grant SFRH/BD/95913/2013
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal