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Daniel Pedro de Jesus Faria. Concluiu o(a) Doutoramento em Doutoramento em Informática, Especialidade Bioinformática em 2012 pelo(a) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Doutoramento em Informática em 2012/09/18 pelo(a) Universidade de Lisboa e Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Biológica em 2004/10/31 pelo(a) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico. Publicou 4 artigos em revistas especializadas. Possui 5 livro(s). Atua na(s) área(s) de Ciências Exatas com ênfase em Ciências da Computação e da Informação e Ciências Exatas com ênfase em Ciências da Computação e da Informação com ênfase em Bioinformática. No seu currículo Ciência Vitae os termos mais frequentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artístico-cultural são: Ontologias; Modelos de conhecimento; Anotação funcional; Análise de enriquecimento funcional; .
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Daniel Pedro de Jesus Faria

Nomes de citação

  • Faria, Daniel

Identificadores de autor

Ciência ID
F712-80BD-030D
ORCID iD
0000-0003-1511-277X

Domínios de atuação

  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação
  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Inglês Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2)
Espanhol; Castelhano Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1)
Francês Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1)
Formação
Grau Classificação
2007/01/01 - 2012/09/28
Concluído
 Doutoramento em Informática, Especialidade Bioinformática (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
"Automated Knowledge Extraction From Protein Sequence" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 N/A
2006/06/30
Concluído
 Curso pós-graduado de especialização em Bioinformática (Pós-Graduação)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
"N/A" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 18
2004/10/31
Concluído
 Licenciatura em Engenharia Biológica (Licenciatura)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
"N/A" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 15
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2022/10/06 - Atual Investigador (Investigação) Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
2021/02/19 - 2022/10/05 Investigador Contratado (Investigação) Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal
Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
2019/09/01 - 2021/01/31 Pós-doutorado (Investigação) Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
2015/06/01 - 2019/08/31 Pós-doutorado (Investigação) Instituto Gulbenkian de Ciência, Portugal
Instituto Gulbenkian de Ciência, Portugal
2012/10/01 - 2014/10/31 Pós-doutorado (Investigação) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal

Docência no Ensino Superior

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2022/10/06 - Atual Professor Auxiliar (Docente Universitário) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2022/02/01 - 2022/06/30 Professor Auxiliar Convidado (Docente Universitário) Universidade Católica Portuguesa, Portugal
2021/02/01 - 2021/07/31 Professor Auxiliar Convidado (Docente Universitário) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2019/09/01 - Atual ELIXIR - Data for Life  European Life Sciences Infrastructure for Biological Information
info:eu-repo/grantAgreement/AKA/271642/FI
Bolseiro de Pós-Doutoramento
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
 Universidade do Algarve Faculdade de Ciências e Tecnologia
Em curso
2022/06/01 - 2027/05/31 AgroServ: Integrated SERvices supporting a sustainable AGROecological transition
101058020
Investigador
2020/06/01 - 2020/12/31 VITACOV: Vitamin D-related polymorphisms and vitamin D levels as risk biomarkers of COVID-19 infection severity
613401452
Investigador
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Concluído
2015/09/01 - 2019/08/31 ELIXIR-EXCELERATE: Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences.
info:eu-repo/grantAgreement/EC/H2020/676559/EU
Bolseiro de Pós-Doutoramento
Instituto Gulbenkian de Ciência, Portugal
 Universidade do Algarve Faculdade de Ciências e Tecnologia
Concluído
2012/10/01 - 2014/10/29 SOMER: Semantic Ontology Matching using External Resources
info:eu-repo/grantAgreement/FCT/3599-PPCDT/119119/PT
Investigador Pós-doutorado
Universidade de Lisboa Laboratório de Sistemas Informáticos de Grande Escala, Portugal
 Universidade do Algarve Faculdade de Ciências e Tecnologia
Concluído

Projeto

Designação Financiadores
2021/03/01 - 2024/02/29 Data sciEnce Tools for Epidemiologic surveillance using multiple sourCes of daTa - Improved flu/COVID-19 tracking and detection of new outbreaks
DSAIPA/DS/0133/2020
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2007/01/01 - 2010/12/31 PREVISÃO DE FUNÇÃO DE PROTEINAS POR MÉTODOS DE APRENDIZAGEM AUTOMÁTICA
SFRH/BD/29797/2006
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em conferência
  1. Faria, D.; Pesquita, C.; Tervo, T.; Couto, F.M.; Cruz, I.F.. "AML and AMLC results for OAEI 2019". 2019.
  2. Algergawy, A.; Faria, D.; Ferrara, A.; Fundulaki, I.; Harrow, I.; Hertling, S.; Jiménez-Ruiz, E.; et al. "Results of the ontology alignment evaluation initiative 2019". 2019.
  3. Jiménez-Ruiz, E.; Saveta, T.; Zamazal, O.; Hertling, S.; Röder, M.; Fundulaki, I.; Ngomo, A.-C.N.; et al. "Introducing the HOBBIT platform into the Ontology Alignment Evaluation campaign". 2018.
  4. Algergawy, A.; Cheatham, M.; Faria, D.; Ferrara, A.; Fundulaki, I.; Harrow, I.; Hertling, S.; et al. "Results of the ontology alignment evaluation initiative 2018". 2018.
  5. Faria, D.; Pesquita, C.; Balasubramani, B.S.; Tervo, T.; Carriço, D.; Garrilha, R.; Couto, F.M.; Cruz, I.F.. "Results of AML participation in OAEI2018". 2018.
  6. Cardoso, J.; Bakhshandeh, M.; Faria, D.; Pesquita, C.; Borbinha, J.. "Ontology-based approach for heterogeneity analysis of EA models". Trabalho apresentado em International Conference on Business Process Management, 2017.
    10.1007/978-3-319-58457-7_10
  7. Achichi, M.; Cheatham, M.; Dragisic, Z.; Euzenat, J.; Faria, D.; Ferrara, A.; Flouris, G.; et al. "Results of the ontology alignment evaluation initiative 2017?". 2017.
  8. Faria, D.; Balasubramani, B.S.; Shivaprabhu, V.R.; Mott, I.; Pesquita, C.; Couto, F.M.; Cruz, I.F.. "Results of AML in OAEI 2017". 2017.
  9. Achichi, M.; Cheatham, M.; Dragisic, Z.; Euzenat, J.; Faria, D.; Ferrara, A.; Flouris, G.; et al. "Results of the Ontology Alignment Evaluation Initiative 2016". 2016.
  10. Faria, D.; Pesquita, C.; Balasubramani, B.S.; Martins, C.; Cardoso, J.; Curado, H.; Couto, F.M.; Cruz, I.F.. "OAEI 2016 results of AML". 2016.
  11. Martins, C.; Faria, D.; Pesquita, C.. "Visualization and editing of biomedical ontology alignments in AgreementMakerLight". 2015.
  12. Cheatham, M.; Dragisic, Z.; Euzenat, J.; Faria, D.; Ferrara, A.; Flouris, G.; Fundulaki, I.; et al. "Results of the ontology alignment evaluation initiative 2015". 2015.
  13. Faria, D.; Martins, C.; Nanavaty, A.; Oliveira, D.; Balasubramani, B.S.; Taheri, A.; Pesquita, C.; Couto, F.M.; Cruz, I.F.. "AML results for OAEI 2015". 2015.
  14. Faria, D.; Martins, C.; Nanavaty, A.; Taheri, A.; Pesquita, C.; Santos, E.; Cruz, I.F.; Couto, F.M.. "Agreementmakerlight results for OAEI 2014". 2014.
  15. Pesquita, C.; Cheatham, M.; Faria, D.; Barros, J.; Santos, E.; Couto, F.M.. "Building reference alignments for compound matching of multiple ontologies using OBO cross-products". 2014.
  16. Faria, D.; Pesquita, C.; Santos, E.; Cruz, I.F.; Couto, F.M.. "AgreementMakerLight 2.0: Towards efficient large-scale ontology matching". 2014.
  17. Dragisic, Z.; Eckert, K.; Euzenat, J.; Faria, D.; Ferrara, A.; Granada, R.; Ivanova, V.; et al. "Results of the ontology alignment evaluation initiative 2014". 2014.
  18. Faria, D.; Pesquita, C.; Santos, E.; Cruz, I.F.; Couto, F.M.. "AgreementMakerLight results for OAEI 2013". 2013.
  19. Pesquita, C.; Faria, D.; Santos, E.; Couto, F.M.. "To repair or not to repair: Reconciling correctness and coherence in ontology reference alignments". 2013.
  20. Tavares, B.; Bastos, H.P.; Faria, D.; Ferreira, J.D.; Grego, T.; Pesquita, C.; Couto, F.M.. "The biomedical ontology applications (BOA) framework". 2011.
Artigo em revista
  1. "Vitamin D-related polymorphisms and vitamin D levels as risk biomarkers of COVID-19 disease severity". Scientific Reports 11 1 (2021): http://dx.doi.org/10.1038/s41598-021-99952-z.
    10.1038/s41598-021-99952-z
  2. "CorkOakDB—The Cork Oak Genome Database Portal". Database 2020 (2020): http://dx.doi.org/10.1093/database/baaa114.
    10.1093/database/baaa114
  3. Evangelia A. Papoutsoglou; Daniel Faria; Daniel Arend; Elizabeth Arnaud; Ioannis N. Athanasiadis; Inês Chaves; Frederik Coppens; et al. "Enabling reusability of plant phenomic datasets with MIAPPE 1.1". New Phytologist 227 1 (2020): 260-273. https://doi.org/10.1111/nph.16544.
    10.1111/nph.16544
  4. Faria, Daniel. "User validation in ontology alignment: functional assessment and impact". The Knowledge Engineering Review (2019): http://dx.doi.org/10.1017/s0269888919000080.
    10.1017/s0269888919000080
  5. Daniel Faria; Catia Pesquita; Isabela Mott; Catarina Martins; Francisco M. Couto; Isabel F. Cruz. "Tackling the challenges of matching biomedical ontologies". Journal of Biomedical Semantics 9 1 (2018): https://doi.org/10.1186/s13326-017-0170-9.
    10.1186/s13326-017-0170-9
  6. Santos, E.; Faria, D.; Pesquita, C.; Couto, F.M.. "Ontology alignment repair through modularization and confidence-based heuristics". PLoS ONE 10 12 (2015): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84957588757&partnerID=MN8TOARS.
    10.1371/journal.pone.0144807
  7. Faria, D.; Pesquita, C.; Santos, E.; Cruz, I.F.; Couto, F.M.. "Automatic background knowledge selection for matching biomedical ontologies". PLoS ONE 9 11 (2014): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84915758310&partnerID=MN8TOARS.
    10.1371/journal.pone.0111226
  8. Faria, D.; Pesquita, C.; Santos, E.; Palmonari, M.; Cruz, I.F.; Couto, F.M.. "The AgreementMakerLight ontology matching system". Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics) 8185 LNCS (2013): 527-541. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84886730657&partnerID=MN8TOARS.
    10.1007/978-3-642-41030-7_38
  9. Faria, D.; Schlicker, A.; Pesquita, C.; Bastos, H.; FerreiraAntó, A.E.N.; Albrecht, M.; Falcão, A.O.. "Mining GO annotations for improving annotation consistency". PLoS ONE 7 7 (2012): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84864674779&partnerID=MN8TOARS.
    10.1371/journal.pone.0040519
  10. Charro, N.; Hood, B.L.; Faria, D.; Pacheco, P.; Azevedo, P.; Lopes, C.; de Almeida, A.B.; et al. "Serum proteomics signature of Cystic Fibrosis patients: A complementary 2-DE and LC-MS/MS approach". Journal of Proteomics 74 1 (2011): 110-126. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-78649872123&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.jprot.2010.10.001
  11. Bastos, H.P.; Tavares, B.; Pesquita, C.; Faria, D.; Couto, F.M.. "Application of gene ontology to gene identification". Methods in Molecular Biology 760 (2011): 141-157. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-79960906222&partnerID=MN8TOARS.
    10.1007/978-1-61779-176-5_9
  12. Simões, T.; Charro, N.; Blonder, J.; Faria, D.; Couto, F.M.; Chan, K.C.; Waybright, T.; et al. "Molecular profiling of the human nasal epithelium: A proteomics approach". Journal of Proteomics 75 1 (2011): 56-69. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84858721493&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.jprot.2011.05.012
  13. Pesquita, C.; Faria, D.; Couto, F.M.. "Measuring coherence between electronic and manual annotations in biological databases". Proceedings of the ACM Symposium on Applied Computing (2009): 806-807. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-72949093556&partnerID=MN8TOARS.
    10.1145/1529282.1529452
  14. Taylor, I.W.; Linding, R.; Warde-Farley, D.; Liu, Y.; Pesquita, C.; Faria, D.; Bull, S.; et al. "Dynamic modularity in protein interaction networks predicts breast cancer outcome". Nature Biotechnology 27 2 (2009): 199-204. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-59849125136&partnerID=MN8TOARS.
    10.1038/nbt.1522
  15. Pesquita, C.; Faria, D.; Falcão, A.O.; Lord, P.; Couto, F.M.. "Semantic similarity in biomedical ontologies". PLoS Computational Biology 5 7 (2009): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-68249087607&partnerID=MN8TOARS.
    10.1371/journal.pcbi.1000443
  16. Faria, D.; Ferreira, A.E.N.; Falcão, A.O.. "Enzyme classification with peptide programs: A comparative study". BMC Bioinformatics 10 (2009): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-68949098339&partnerID=MN8TOARS.
    10.1186/1471-2105-10-231
  17. Pesquita, C.; Faria, D.; Bastos, H.; Ferreira, A.E.N.; Falcão, A.O.; Couto, F.M.. "Metrics for GO based protein semantic similarity: A systematic evaluation". BMC Bioinformatics 9 SUPPL. 5 (2008): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-47149083877&partnerID=MN8TOARS.
    10.1186/1471-2105-9-S5-S4
  18. Bastos, H.P.; Pesquita, C.; Faria, D.; Falcão, A.O.. "BOLOS: BLAST & ontology linked-hOmologue stars". Proceedings of the ACM Symposium on Applied Computing (2008): 1278-1281. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-56749095713&partnerID=MN8TOARS.
    10.1145/1363686.1363982
  19. Falcao, A.O.; Faria, D.; Ferreira, A.. "Peptide programs: Applying fragment programs to protein classification". International Conference on Information and Knowledge Management, Proceedings (2008): 37-44. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-68949093215&partnerID=MN8TOARS.
    10.1145/1458449.1458459
Livro
  1. Dragisic, Z.; Ivanova, V.; Lambrix, P.; Faria, D.; Jiménez-Ruiz, E.; Pesquita, C.. User validation in ontology alignment. 2016.
    10.1007/978-3-319-46523-4_13
  2. Pesquita, C.; Faria, D.; Santos, E.; Neefs, J.-M.; Couto, F.M.. Towards visualizing the alignment of large biomedical ontologies. 2014.
    10.1007/978-3-319-08590-6_10
  3. Faria, D.; Jiménez-Ruiz, E.; Pesquita, C.; Santos, E.; Couto, F.M.. Towards annotating potential incoherences in bioportal mappings. 2014.
  4. Pesquita, C.; Faria, D.; Stroe, C.; Santos, E.; Cruz, I.F.; Couto, F.M.. What's in a 'nym'? Synonyms in biomedical ontology matching. 2013.
    10.1007/978-3-642-41335-3_33

Outros

Norma ou política
  1. MIAPPE: Minimal Information About Plant Phenotyping Experiments. 2019. https://www.miappe.org/.
Outra produção
  1. RDMkit. Web portal with guidelines and good data management practices for enabling FAIR data by design. 2021. https://rdmkit.elixir-europe.org/.
  2. CorkOakDB. Genome portal for Quercus suber. 2020. http://www.corkoakdb.org/.
Atividades

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2021/02/01 - Atual Distributed Knowledge Graphs for Biomedical Explainable Artificial Intelligence
Coorientador
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2016/09/01 - 2022/07/31 Addressing Research Data Management with Semantic Technology
Coorientador
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Júri de grau académico

Tema
Tipo de participação 		Nome do candidato (Tipo de grau)
Instituição / Organização
2019/07/17 Computational approaches to virtual screening in human central nervous system therapeutic targets
Arguente
 Samina Kausar (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Arbitragem científica em conferência

Nome da conferência Local da conferência
2016/01/01 - Atual Extended Semantic Web Conference (ESWC)
2015/03/01 - Atual Ontology Matching Workshop

Membro de comissão

Descrição da atividade
Tipo de participação 		Instituição / Organização
2014/01/01 - Atual Organizing committee of the annual Ontology Alignment Evaluation Initiative
Membro