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João Carlos Sequeira da Costa has a college degree in Biochemistry (2015) and a master's degree in Bioinformatics with specialization in Information Technologies (2017) in University of Minho. He is a PhD student in Chemical and Biological Engineering in University of Minho. He participated in three research projects as research fellow. He has published two papers in conference proceedings, four papers in international peer reviewed journals (2 Q1, 1 Q2 and 1 Q3, according to Scimago in 2022) and one abstract in Bioinformatics Open Days 2018. He has one oral presentation at an international congress, two at national congresses, and three posters in Bioinformatics Open Days conferences. He has assisted in the supervision of four master thesis in Bioinformatics. He has developed a bioinformatics pipeline for integrated analysis of omics data, two tools for functional annotation of proteins and one tool for representation of genomic potential and gene differential expression in metabolic maps. He has participated in two proteomics courses, one in 2018 (36 hours) and one in 2019 (28 hours). He has helped organize several bioinformatics events: a MATLAB workshop (2016), Bioinformatics Open Days (2017) and a proteomics workshop (2019). Most frequent terms to contextualize his scientific activity are: metagenomics; metatranscriptomics; metaproteomics; next-generation sequencing; mass spectrometry. He is currently working in Engineering and Technology Sciences and Bioinformatics applied to Environmental Biotechnology. His scientific interests are the study of complex microbial communities and interactions between microorganisms and materials by using bioinformatics tools.
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
João Carlos Sequeira da Costa

Nomes de citação

  • Sequeira, João C.

Identificadores de autor

Ciência ID
E910-B758-A0E2
ORCID iD
0000-0002-2691-9950

Endereços de correio eletrónico

  • jsequeira@ceb.uminho.pt (Profissional)

Domínios de atuação

  • Ciências da Engenharia e Tecnologias - Biotecnologia Ambiental

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C1)
Formação
Grau Classificação
2015/09/01 - 2017/12/15
Concluído
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho Escola de Engenharia, Portugal
"Development of an automated pipeline for meta-omics data analysis" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 17
2012/09/01 - 2015/07/31
Concluído
 Bioquímica (Licenciatura)
Universidade do Minho Escola de Ciências, Portugal
"Genetic Scale Metabolic Model of a CD4+ T lymphocyte infected with HIV-1" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 16
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2017/09/10 - 2019/05/31 Investigador (Investigação) Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2017/09/10 - 2018/03/31 Novel anaerobes for a biobased economy
info:eu-repo/grantAgreement/EC/SEVENTH FRAMEWORK PROGRAMME/323009/EU
Bolseiro de Investigação
European Commission
Concluído

Projeto

Designação Financiadores
2022/01 - Atual GLOMICAVE
952908
Investigador
Technology Centre of Catalonia Eurecat, Espanha
 European Union's Research and Innovation
Em curso
2022/01/01 - 2024/12/31 O papel dos materiais condutores na aceleração da produção de metano a partir de resíduos em processos de digestão anaeróbia
PTDC/BTA-BTA/2249/2021
Universidade do Minho, Portugal

Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal

Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2018/06/01 - 2019/05/31 MORE - Enhanced microbial oil bioremediation by ferric minerals
PTDC/AAG-TEC/3500/2014
Bolseiro de Investigação
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
Em curso
Produções

Publicações

Artigo em conferência
  1. OLIVEIRA, ALEXANDRE; Cunha, Emanuel; Cruz, Fernando; Capela, João; Sequeira, João C.; Sampaio, Marta; Óscar Dias. Autor correspondente: Óscar Dias. "Towards a multivariate analysis of genome-scale metabolic models derived from the BiGG models database". Trabalho apresentado em PACBB 2021, Salamanca, 2021.
    Publicado
  2. Sequeira, J.C.; Rocha, M.; Madalena Alves, M.; Salvador, A.F.. "MOSCA: An automated pipeline for integrated metagenomics and metatranscriptomics data analysis". Trabalho apresentado em Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics, 12th International Conference, Toledo, 2018.
    Publicado • 10.1007/978-3-319-98702-6_22
Artigo em revista
  1. Sequeira, João C.; Rocha, Miguel; Alves, M. Madalena; Salvador, Andreia F.. Autor correspondente: Salvador, Andreia F.. "UPIMAPI, reCOGnizer and KEGGCharter: Bioinformatics tools for functional annotation and visualization of (meta)-omics datasets". Computational and Structural Biotechnology Journal 20 (2022): 1798-1810. http://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2022.03.042.
    Publicado • 10.1016/j.csbj.2022.03.042
  2. Martins, Valdo R.; Freitas, Carlos J. B.; Castro, A. Rita; Silva, Rita M.; Gudiña, Eduardo J.; Sequeira, João C.; Salvador, Andreia F.; Pereira, M. Alcina; Cavaleiro, Ana J.. "Corksorb Enhances Alkane Degradation by Hydrocarbonoclastic Bacteria". Frontiers in Microbiology 12 (2021): http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2021.618270.
    Publicado • 10.3389/fmicb.2021.618270
  3. Cavaleiro, Ana J.; Guedes, Ana P.; Silva, Sérgio A.; Arantes, Ana L.; Sequeira, João C.; Salvador, Andreia F.; Sousa, Diana Z.; Stams, Alfons J. M.; Alves, M. Madalena. "Effect of Sub-Stoichiometric Fe(III) Amounts on LCFA Degradation by Methanogenic Communities". Microorganisms 8 9 (2020): 1375. http://dx.doi.org/10.3390/microorganisms8091375.
    Publicado • 10.3390/microorganisms8091375
  4. Sequeira, João C.; Miguel Rocha; M. Madalena Alves; Andreia F. Salvador. "A rapid bioinformatics workflow for functional annotation of omics and meta-omics datasets". in preparation, to be submitted to Microbial Ecology (2020):
  5. Sequeira, João C.. "Modelling Interactions between Microorganisms and Nanomaterials: A Review of Mathematical and Multi-dimensional Methods". In preparation, to be submitted to Biotechnology Advances (2020):
  6. Sequeira, João C.. "MOSCA 2.0: a bioinformatics framework for metagenomics, metatranscriptomics and metaproteomics data analysis". In preparation, to be submitted to Frontiers in Microbiology (2020):
Poster em conferência
  1. Sequeira, João C.; Pereira, Vítor; Alves, Maria Madalena; Rocha, Miguel; Salvador, Andreia F.. Autor correspondente: Salvador, Andreia F.. "User-friendly and reproducible Metaproteogenomics: studying communities on all levels of life". Trabalho apresentado em BOD 2023 - XII Bioinformatics Open Days, 2023.
  2. Sequeira, João C.; Pereira, Vítor; Alves, Maria Madalena; Rocha, Miguel; Salvador, Andreia F.. Autor correspondente: Salvador, Andreia F.. "Uncovering the role of conductive nanomaterials on anaerobic digestion". Trabalho apresentado em Ciência 2023, 2023.
  3. Sequeira, João C.; Pereira, Vítor; Alves, Maria Madalena; Rocha, Miguel; Salvador, Andreia F.. Autor correspondente: Salvador, Andreia F.. "Metaproteogenomics analysis of an anaerobic bioreactor with the MOSCA pipeline". Trabalho apresentado em 2nd Microbiome PT Summit, 2023.
  4. Sequeira, João C.; Rocha, Miguel; Alves, M. Madalena; Salvador, Andreia F.. "Improving analysis of meta-omics data with the MOSCA framework". Trabalho apresentado em 4th International Conference on Biogas Microbiology, 2022.
  5. Sequeira, João C.; Miguel Rocha; Alves, M. Madalena; Salvador, Andreia F.. Autor correspondente: Salvador, Andreia F.. "UPIMAPI, reCOGnizer and KEGGCharter: three tools for functional annotation". Trabalho apresentado em Bioinformatic Open Days 2021, 2021.
  6. Sequeira, João C.; M. Rocha; M. Madalena Alves; Andreia F. Salvador. "Development of an automated pipeline for metagenomics and metatranscriptomics data analyses". Trabalho apresentado em Bioinformatics Open Days 2018, 2018.
Recurso online
  1. Sequeira, João C.; Miguel Rocha; M. Madalena Alves; Andreia F. Salvador. UPIMAPI - UniProt Id Mapping through API. 2020. https://github.com/iquasere/UPIMAPI.
  2. Sequeira, João C.; Miguel Rocha; M. Madalena Alves; Andreia F. Salvador. reCOGnizer - a tool for domain based annotation with the COG database. 2020. https://github.com/iquasere/reCOGnizer.
  3. Sequeira, João C.. KEGGCharter - A tool for representing genomic potential and transcriptomic expression into KEGG pathways. 2020.
Resumo em conferência
  1. Sequeira, João C.; Pereira, Vítor; Alves, Maria Madalena; Rocha, Miguel; Salvador, Andreia F.. Autor correspondente: Salvador, Andreia F.. "Individual-Based Modeling elucidates about the role of nanomaterials on methane production". Trabalho apresentado em BOD 2024 - XIII Bioinformatics Open Days, Braga, 2024.
  2. Freitas, P José; Sequeira, João C.; Diogo Cachetas; Rocha, Miguel; Salvador, Andreia F.. "Prediction of plastic-degrading enzymes in omics data from marine environments". Trabalho apresentado em Bioinformatics Open Days 2023, Braga, 2023.
  3. Sequeira, João C.; Pereira, Vítor; Alves, Maria Madalena; Rocha, Miguel; Salvador, Andreia F.. "A user-friendly bioinformatics pipeline for metaproteogenomics data analysis". Trabalho apresentado em Bioinformatics Open Days, Braga, 2023.
Tese / Dissertação
  1. Sequeira, João C.. "Development of an automated pipeline for meta-omics data analysis". Mestrado, Universidade do Minho Escola de Engenharia, 2017. http://hdl.handle.net/1822/56113.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2022/05/11 Improving analysis of meta-omics data with the MOSCA framework International Conference on Biogas Microbiology
(Braga, Portugal)
2018/06/21 MOSCA: an automated pipeline for integrated metagenomics and metatranscriptomics data analysis (presenting author) 12th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics
Universidad de Castilla-La Mancha (Toledo, Espanha)
2018/03/16 Development of an automated pipeline for metagenomics and metatranscriptomics data analyses Bioinformatics Open Days 2018
(Braga, Portugal)

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação) 		Instituição / Organização
2017/02/22 - 2017/02/24 Bioinformatics Open Days 2017 (2017/02/22 - 2017/02/24)
Conferência (Membro da Comissão Organizadora)
 Núcleo de Estudos de Bioinformática da Universidade do Minho, Portugal
2016/10/01 - 2016/10/10 Introduction to matrices; introduction to MATLAB (2016/10/10 - 2016/10/10)
Oficina (workshop) (Coorganizador)
 Núcleo de Estudos de Bioinformática da Universidade do Minho, Portugal

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento 		Nome do evento
Instituição / Organização
2018/05/28 - 2018/06/01 Proteomics Data Analysis 2018 (36 hours of intensive hands-on training)
Oficina (workshop)
 Proteomics Data Analysis 2018
The Gulbenkian Training Programme in Bioinformatics, Portugal
2014/07/11 - 2015/02/01 Foldit, a game about de novo protein design
Concurso
 De novo protein design by citizen scientists
The Foldit Team, Estados Unidos

Membro de associação

Nome da associação Tipo de participação
2013/09/10 - Atual Associação Recreativa e Cultura Universitária do Minho Música, organização de eventos

Tutoria

Tópico Nome do aluno
2021/10/27 - 2022/10/31 Development of a knowledgebase for plastics' biodegradation Joana Marques Gabriel
2021/10/27 - 2022/10/31 Development of Genome-Scale Metabolic Models for methanogens and syntrophic co-cultures Mariana Sofia Gomes Coelho
2021/10/19 - 2022/10/31 Mining metagenomics datasets for novel plastic-degrading enzymes José Pedro Silva Freitas
2021/10/19 - 2022/10/31 Development of MOSGUITO: a user-friendly graphical interface for meta-omics data analyses José Henrique Lopes Pereira
2021/03/16 - 2021/06/30 Methanobacterium formicicum Metabolic Model Diogo Macedo Cachetas
2021/03/08 - 2021/06/30 Development of MOSGUITO for the interactive visualization of results from MOSCA José Henrique Lopes Pereira