Identificação
            Identificação pessoal
- Nome completo
- Claudio Manuel Simões Loureiro Nunes Soares
Nomes de citação
- Soares, Claudio M.
Identificadores de autor
- Ciência ID
- DE12-5674-E511
- ORCID iD
- 0000-0003-1154-556X
Endereços de correio eletrónico
- claudio@itqb.unl.pt (Profissional)
Telefones
- Telefone
- 
                           - 214469734 (Profissional)
 
Moradas
- Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Universidade Nova de Lisboa. Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Universidade Nova de Lisboa, Av. da República – EAN,, 2780-157, Oeiras, Oeiras, Portugal (Profissional)
Websites
- http://www.itqb.unl.pt/~claudio (Profissional)
- http://www.itqb.unl.pt/pm (Académico)
Domínios de atuação
- Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Bioquímica
- Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biofísica
- Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática
Idiomas
| Idioma | Conversação | Leitura | Escrita | Compreensão | Peer-review | 
|---|---|---|---|---|---|
| Português | Utilizador proficiente (C1) | Utilizador proficiente (C1) | Utilizador proficiente (C1) | Utilizador proficiente (C1) | |
| Inglês | Utilizador proficiente (C1) | Utilizador proficiente (C1) | Utilizador proficiente (C1) | Utilizador proficiente (C1) | |
| Espanhol; Castelhano | Utilizador independente (B1) | Utilizador independente (B1) | Utilizador elementar (A1) | Utilizador independente (B1) | |
| Sueco | Utilizador elementar (A1) | Utilizador elementar (A1) | Utilizador elementar (A1) | Utilizador elementar (A1) | |
| Francês | Utilizador elementar (A1) | Utilizador independente (B1) | Utilizador elementar (A1) | Utilizador elementar (A1) | 
Formação
            | Grau | Classificação | |
|---|---|---|
| 2021/05/25 - 2021/05/25 Concluído | Biociências Moleculares (Título de Agregado) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | |
| 1990/11/01 - 1994/10/03 Concluído | Bioquímica  Teórica (Doutoramento) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal "Molecular dynamics simulation studies of porin from Rhodobacter capsulatus. Structural aspects and mechanism for pore closure" (TESE/DISSERTAÇÃO) | With honours | 
| 1994 Concluído | Filosofie Licentiatexamen (a Swedish degree higher than Master) (Outros) Uppsala Universitet, Suécia | Without classification | 
| 1986/09/01 - 1989/09/30 Concluído | Bioquímica (Licenciatura) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal "Estudos sobre aldeído desidrogenases de fígado de rato" (TESE/DISSERTAÇÃO) | 17 (in a scale of 20) | 
Percurso profissional
            Docência no Ensino Superior
| Categoria Profissional Instituição de acolhimento | Empregador | |
|---|---|---|
| 2022/04/01 - Atual | Professor Catedrático (Docente Universitário) | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2005/03/01 - 2022/03/31 | Professor Associado (Docente Universitário) | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 1999/02/01 - 2005/02/28 | Professor Auxiliar Convidado (Docente Universitário) | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
Cargos e Funções
| Categoria Profissional Instituição de acolhimento | Empregador | |
|---|---|---|
| 2020/06/01 - Atual | President of the Scientific Council | TAGUSPARK – Parque de Ciência e Tecnologia, Portugal | 
| 2016/10/01 - Atual | Member of European Science Foundation (ESF) College of Expert Reviewers | European Science Foundation, França | 
| 2023/05/01 - 2025/10/06 | Pró-Reitor | Universidade Nova de Lisboa, Portugal | 
| Universidade Nova de Lisboa, Portugal | ||
| 2013/03 - 2023/04/30 | Presidente do Conselho Científico | Universidade Nova de Lisboa, Portugal | 
| Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | ||
| 2013/03 - 2023/04/30 | Presidente do Conselho Pedagógico | Universidade Nova de Lisboa, Portugal | 
| Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | ||
| 2019/01/01 - 2022/12/31 | President of the Fiscal Committee | Sociedade Portuguesa de Bioquímica, Portugal | 
| 2013/05/31 - 2020/05/30 | Member of the Scientific Council | TAGUSPARK – Parque de Ciência e Tecnologia, Portugal | 
| 2010/01/01 - 2013/04/30 | ITQB representative in the Teaching Quality System | Universidade Nova de Lisboa, Portugal | 
| 2009/05/01 - 2010/03/31 | Member of the Scientific Council | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2009/05/01 - 2010/03/31 | Member of the Institute Council | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2009/05/01 - 2010/03/31 | Member of the Pedagogical Council | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2003/01/01 - 2008/12/31 | Member of the Scientific Advisory Council | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 1999/01/01 - 2002/12/31 | Member of the Co-ordinating Committee of the Scientific Council | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
Outros
| Categoria Profissional Instituição de acolhimento | Empregador | |
|---|---|---|
| 2015/01/01 - Atual | Coordinator | Molecular, Structural and Cellular Microbiology – MOSTMICRO Research Unit of ITQB NOVA, Portugal | 
| 2008/11/01 - Atual | First Secretary of the General Assembly | Sociedade Portuguesa de Biofísica, Portugal | 
| 1999/02/01 - Atual | Leader of the Protein Modelling Laboratory | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2013/03/01 - 2023/04/30 | Dean | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2017/01/01 - 2018/12/31 | President of the General Assembly | Sociedade Portuguesa de Bioquímica, Portugal | 
| 2015/01/01 - 2018/12/31 | Member of the FEBS (Federation of European Biochemical Societies) Advanced Courses Committee. | Federation of European Biochemical Societies, Reino Unido | 
| 2007/01/01 - 2017/12/29 | Responsible at ITQB for the MIT-Portugal collaboration program. | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2011/11/01 - 2017/07/31 | Member of the Council of the International Union for Pure and Applied Biophysics (IUPAB) | International Union for Pure and Applied Biophysics, Reino Unido | 
| 2013/01/01 - 2016/12/31 | General Secretary of the General Assembly | Sociedade Portuguesa de Bioquímica, Portugal | 
| 2011/03/01 - 2013/02/28 | Vice-Dean | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2007/01/01 - 2012/12 | Deputy Director of the PhD Program in Computational Biology | Instituto Gulbenkian de Ciência, Portugal | 
| 2009/05/01 - 2010/03/31 | Head of the Biological Chemistry Division | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2002/12/01 - 2008/10/31 | Chairman of the Portuguese Biophysical Society | Sociedade Portuguesa de Biofísica, Portugal | 
| 2005/06/01 - 2008/02/29 | Vice-Dean | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 1994/11/01 - 1999/01/31 | Post-doc | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 1990/11/01 - 1994/04/30 | PhD student | Uppsala Universitet, Suécia | 
| 1988/10/01 - 1989/09/30 | Diploma student | Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal | 
Projetos
            Bolsa
| Designação | Financiadores | |
|---|---|---|
| 2024/01/01 - Atual | Small biologics discovery: unlocking new antivirals for pandemic preparedness - ID 2023.00583.BD 2023.00583.BD École Polytechnique Fédérale de Lausanne, Suiça Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal | Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso | 
| 2025/01 - 2029/12 | MOLECULAR STRATEGIES AGAINST VIRAL ENTRY AND GLYCAN SHIELDING | European Commission | 
| 2022/11 - 2025/10 | The BioPlaTTAR Platform for the Tailored and Rapid Development of Antiviral Biopharmaceuticals HR22-00722 | Caixabank SA | 
| 2016/01 - 2018/12 | Engineering a highly active NiFeSe Hydrogenase for electrocatalytic and photocatalytic applications | Fundação para a Ciência e a Tecnologia | 
| 2016/01 - 2016 | Probing the pH-induced conformational change of influenza hamaggglutinin using micro-second long simulations 2010PA3220 Investigador responsável
                                    
                                  | Partnership for Advanced Computing In Europe Em curso | 
| 2013/03 - 2015/03 | Structural Determinants of Oxygen Tolerance in a NiFeSe Hydrogenase | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. | 
| 2009/06 - 2012/12 | Structural and functional study of the proteins mediating electron transfer between microorganisms and solid substrates with relevance for bio-energy production | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. | 
| 2007/01 - 2008/12 | Rationalization of cutinase enantioselectivity in nonaqueous media | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. | 
Projeto
| Designação | Financiadores | |
|---|---|---|
| 2023/09/01 - Atual | Life Sciences for a Healthy and Sustainable Future LA/P/0087/2020 Universidade Nova de Lisboa Molecular Structural and Cellular Microbiology, Portugal Universidade Nova de Lisboa, Portugal GREEN-IT, Portugal Instituto Gulbenkian de Ciência, Portugal Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica, Portugal Universidade de Lisboa Centro de Estudos Comparatistas, Portugal Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro Centro de Investigação e de Tecnologias Agro-Ambientais e Biologicas, Portugal Instituto Português de Oncologia de Lisboa Francisco Gentil EPE, Portugal | Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso | 
| 2021/01/01 - Atual | PI3K / AKT / mTOR pathway modulation as target therapy in the treatment of breast and colorectal cancer 2019.00199.CBM Investigador responsável
                                     Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso | 
| 2020/12/01 - Atual | Design of protein chimeras targeting SARS-CoV-2 FCT/CPCA/A0/7305/2020  Investigador
                                     Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso | 
| 2020/12 - Atual | Design of protein chimeras targeting SARS-CoV-2 FCT/CPCA/A0/7305/2020 | Fundação para a Ciência e a Tecnologia | 
| 2020/07/01 - Atual | A practical assay for routine detection of neutralizing antibodies against SARSCoV2 that bypasses requirements for high biosafety
                                 laboratory usage 613719605 Investigador
                                     Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso | 
| 2020/06/01 - Atual | Predicting SARS-CoV-2 susceptibility by tracking the genetic variability of the ACE2 receptor 613747728 Investigador
                                     Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso | 
| 2024/01 - 2028/12 | EvaMobs - Evolvable and rapidly adaptable monobodies: a broad-spectrum antiviral platform Horizon Europe HORIZON-HLTH-2023-DISEASE-03 Project 101137419 | HORIZON EUROPE Health | 
| 2024/09/01 - 2025/04/30 | Exploring structural dynamics of viral fusion proteins using Molecular Dynamics simulations 2024.06988.CPCA.A1, Universidade do Minho Advanced Computing Center, Portugal Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal | Fundação para a Ciência e a Tecnologia Rede Nacional de Computação Avançada Em curso | 
| 2019/01 - 2022/12 | Using computational and experimental methods to provide a global characterization of viral fusion peptides PTDC/CCI-BIO/28200/2017 Investigador responsável
                                    
                                  | Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso | 
| 2019 - 2022 | SHIKIFACTORY100 - Modular cell factories for the production of 100 compounds from the shikimate pathway H2020-NMBP-BIO-2018 Investigador responsável
                                    
                                  | Em curso | 
| 2016/01 - 2018/12 | Engineering a highly active NiFeSe Hydrogenase for electrocatalytic and photocatalytic applications PTDC/BBB-BEP/2885/2014  Investigador responsável
                                    
                                  | Fundação para a Ciência e a Tecnologia | 
| 2016/01 - 2018/12 | Engineering a highly active NiFeSe Hydrogenase for electrocatalytic and photocatalytic applications PTDC/BBB-BEP/2885/2014 | Fundação para a Ciência e a Tecnologia | 
| 2017/01 - 2017/12 | Characterization of maltose translocation in the MalFGK2E transporter Proposal 2010PA4247 Investigador responsável
                                    
                                  | Partnership for Advanced Computing In Europe | 
| 2015/01 - 2017/12 | Molecular, Structural and Cellular Microbiology | Fundação para a Ciência e a Tecnologia | 
| 2014/01 - 2015/12 | Incentive - LA 4 - 2014 | Fundação para a Ciência e a Tecnologia | 
| 2013/03 - 2014 | Structural Determinants of Oxygen Tolerance in a NiFeSe Hydrogenase PTDC/BBB-BEP/0934/2012  Investigador responsável
                                    
                                  | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. Concluído | 
| 2013/03 - 2014 | Structural Determinants of Oxygen Tolerance in a NiFeSe Hydrogenase PTDC/BBB-BEP/0934/2012 | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. | 
| 2011 - 2014 | Interaction of proteins with CO releasing molecules (CORMS) PTDC/QUI-BIQ/117799/2010  Investigador responsável
                                    
                                  | Concluído | 
| 2010 - 2014 | Membrane fusion mechanism of Influenza Hemagglutinin: a simulation and biophysical approach. Investigador responsável
                                    
                                  | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. Concluído | 
| 2010 - 2014 | Proton transfer and proton pumping in haem-copper oxidases. Methodological developments and their application to unravel the
                                 molecular mechanism. Investigador responsável
                                    
                                  | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. Concluído | 
| 2011/01/01 - 2012/12/31 | Strategic Project - LA 4 - 2011-2012 PEst-OE/EQB/LA0004/2011 Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal Universidade Nova de Lisboa Medical School, Portugal Fundação Calouste Gulbenkian, Portugal Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica, Portugal | Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído | 
| 2010/01 - 2012/12 | Breaking Down The Wall - Microbial Hemicellulases for saccharification Investigador responsável
                                    
                                  | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. Concluído | 
| 2009/06 - 2012/12 | Structural and functional study of the proteins mediating electron transfer between microorganisms and solid substrates with
                                 relevance for bio-energy production MIT-Pt/BS-BB/0014/2008 Investigador responsável
                                    
                                  | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. Concluído | 
| 2009/01/01 - 2012/06/30 | Marcação específica de proteínas in vitro, in vivo e à superfície das células por um novo tipo de transglutaminase isolada
                                 do esporo de Bacillus subtilis PTDC/BIO/73946/2006 Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal | Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído | 
| 2010/01 - 2012 | Study of pH-dependent protein misfolding using state-of-the-art molecular modeling methods Investigador
                                    
                                  | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. Concluído | 
| 2010/01 - 2012 | Including protonation effects in the simulation of peptides and proteins in membrane environments Investigador
                                    
                                  | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. Concluído | 
| 2009 - 2012 | Site-specific labeling of proteins in vitro, in vivo and at the cell surface by a novel type of transglutaminase isolated
                                 from spores of Bacillus subtilis Investigador responsável
                                    
                                  | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. Concluído | 
| 2009/01 - 2011/12 | Investigation of redox-state-specific protein-protein interactions and energy transduction in the electron transfer chains
                                 of sulfate reducing bacteria Investigador responsável
                                    
                                  | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. Concluído | 
| 2008 - 2010 | Microbial enzymes involved in superoxide and nitric oxide reduction Investigador responsável
                                    
                                  | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. Concluído | 
| 2007 - 2010 | Towards biohydrogen production - study of a high-activity, oxygen-resistant bacterial hydrogenase Investigador responsável
                                    
                                  | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. Concluído | 
| 2006 - 2010 | White biotechnology for added value products from renewable plant polymers: Design of tailor-made biocatalysts and new industrial
                                 bioprocesses FP6-2004-NMP-NI-4/02456 IP project Investigador responsável
                                    
                                  | Concluído | 
| 2007/01 - 2008/11 | Heme-copper oxygen reductases - mechanisms of electron/proton transfer and oxygen reduction | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. | 
| 2005 - 2008 | Rationalization of cutinase enantioselectivity in nonaqueous media Investigador responsável
                                    
                                  | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. Concluído | 
| 2005 - 2008 | Nano-Engineering of Bacterial Laccases Investigador responsável
                                    
                                  | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. Concluído | 
| 2005/06/01 - 2007/12/31 | Racionalização da enantioselectividade da cutinase em meios não aquosos POCI/BIO/57193/2004 Universidade Católica Portuguesa Portuguesa Centro de Biotecnologia e Química Fina, Portugal Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal | Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído | 
| 2003 - 2006 | Increasing realism in protein modelling: including pH and redox effects into molecular dynamics simulations Investigador
                                    
                                  | Universidade do Algarve Faculdade de Ciências e Tecnologia Concluído | 
| 2002 - 2005 | Folding, Processing and Function of Normal and Mutant Cystic Fibrosis Transmembranar Conductance Regulator: Structural Implications Investigador responsável
                                    
                                  | Universidade do Algarve Faculdade de Ciências e Tecnologia Concluído | 
| 2001/07 - 2004/06 | Molecular modelling of key redox proteins in bacterial metabolism: methodology and applications Provided by PTCRIS: 32789 Investigador responsável
                                    
                                  | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. Concluído | 
| 2001/01/01 - 2004 | Electron transfer mechanisms and dynamics of a proton thruster: cytochrome c3 Investigador responsável
                                    
                                  | Universidade do Algarve Faculdade de Ciências e Tecnologia Concluído | 
| 2001 - 2003 | Novel respiratory complexes: Molecular basis for energy transduction POCTI/BME/32789/99 Investigador responsável
                                    
                                  | Universidade do Algarve Faculdade de Ciências e Tecnologia Concluído | 
| 2000/10/01 - 2002 | Structure-function relationships of serine hydrolases in non-conventional media Investigador responsável
                                    
                                  | Universidade do Algarve Faculdade de Ciências e Tecnologia | 
| 1996/01 - 1998/12 | Molecular modelling of proteins involved in electron transfer processes PRAXIS XXI/JNICT (PBICT/BIO/2037/95)  Investigador responsável
                                    
                                  | Concluído | 
| 1997 - 1998 | Structural determinants of electron transfer interactions between [Ni-Fe] hydrogenase and cytochrome c3 from D.desulfuricans
                                 ATCC 27774 PRAXIS XXI project  Investigador responsável
                                    
                                  | Concluído | 
| 1997 - 1998 | Structural determination of proteins using X-ray crystallography and its structural implications PRAXIS XXI project  Investigador responsável
                                    
                                  | Concluído | 
| 1996 - 1998 | Construction of novel redox proteins from modular building blocks EC BIOTECNOLOGY PROGRAM AREA 6.1 project (BIO4-CT96-0413) Investigador responsável
                                    
                                  | Concluído | 
| 1996 - 1997 | Crystal structure determination and molecular modelling of proteases and electron transfer proteins JNICT Luso-Hungariun project  Investigador responsável
                                    
                                  | Concluído | 
Produções
            Publicações
| Artigo em revista | 
 | 
| Capítulo de livro | 
 | 
| Livro | 
 | 
| Poster em conferência | 
 | 
| Resumo em conferência | 
 | 
Outros
| Outra produção | 
 | 
Atividades
            Apresentação oral de trabalho
| Título da apresentação | Nome do evento Anfitrião (Local do evento) | |
|---|---|---|
| 2021/12 | Lousa D, Valério M, Buga CC, Sequeira A, Victor BL, Laio A, Mendonça DA, Morais J, Melo MN, Rocha M, Castanho MARB, Veiga AS, Soares CM (2021) “Viral membrane fusion: characterizing and inactivating a crucial step of the infection by devastating pathogens.”, Invited oral presentation by D. Lousa in the EJIBCE 2021, Coimbra, Portugal, 20 December 2021 | EJIBCE 2021 EJIBCE 2021 (Coimbra, Portugal) | 
| 2021/12 | Araújo LB, Valério MF, Melo MN, Lousa D, Soares CM (2021), “SARS-CoV-2 variants impact RBD conformational dynamics and ACE2 accessibility.” Selected oral presentation by LB Araújo in the EJIBCE 2021, Coimbra, Portugal, 20 December 2021 | EJIBCE 2021 EJIBCE 2021 (Coimbra, Portugal) | 
| 2021/12 | Cruz C, Buga CC, Parreiras S, Valério M, Soares CM, Vicente JB and Lousa D (2021). “Protein Engineering of Mini Therapeutic Proteins against SARS-CoV-2”. Selected oral presentation in the 10th Bioinformatics Open Days – online meeting, Braga, Portugal, 5-8 May 2021 | 10th Bioinformatics Open Days 10th Bioinformatics Open Days  (Braga, Portugal) | 
| 2021/12 | Valério MF, Mendonça D, Morais J, Cruz CH, Castanho MARB, Veiga AS, Melo MN, Soares CM, Lousa D (2021) “Parainfluenza fusion peptide promotes membrane fusion by assembling into oligomeric pore-like structures.” Selected oral presentation by MF Valério in the EJIBCE 2021, Coimbra, Portugal, 20 December 2021 | EJIBCE 2021 EJIBCE 2021 (Coimbra, Portugal) | 
| 2021/04 | Valério MF, Mendonça D, Morais J, Cruz CH, Castanho MARB, Veiga AS, Melo MN, Soares CM, Lousa D (2021) “Parainfluenza Fusion Peptide Forms Oligomeric Pore-like Structures Inside A Membrane”. Selected oral presentation by MF Valério | 7th European Joint Theoretical/Experimental Meeting on Membranes – online meeting  (Graz, Áustria) | 
| 2019/07 | D. Lousa, A.R.T. Pinto, S.R.R. Campos, A.M. Baptista, A.S. Veiga, M.A.R.B. Castanho, C.M. Soares. “Effect of pH on the influenza fusion peptide structure and activity: A constant-pH molecular dynamics approach”. Selected oral presentation by D. Lousa in JOINT 12th EBSA congress, 10th ICBP - IUPAP congress, Madrid, Spain |  (Madrid, Espanha) | 
| 2019/02/02 | Characterizing the influenza virus fusion machinery: A computational approach | JORTEC Bioquímca 2019 FCT NOVA, Portugal (Caparica, Portugal) | 
| 2018/10/12 | Abreu, B, Soares, CM (2018) "Unveiling the role of the mutation F508del in cystic fibrosis" Oral communication (by B. Abreu) in the Lisbon Biophysics Networking Meeting: From Protein Dynamics to Membrane Biophysics: Instituto Superior Técnico, Portugal |  (Lisboa, Portugal) | 
| 2018/10 | Velada, I, Cardoso, H, Grzebelus, D, Lousa, D, Soares, CM, Macedo, ES, Arnholdt-Schmitt, B, Peixe, A (2018) “IBA-induced in vitro adventitious rooting in olive: a molecular response to cut injury and auxin application”. Selected oral presentation by I Velada in the Olive Bioteq 18, Seville, Spain |  (Sevilha, Espanha) | 
| 2018/05 | Lousa, D, Pinto, ART, Victor, BL, Laio, A, Veiga, AS, Castanho, MARB, Soares, CM (2018) “Molecular properties of the influenza fusion peptide: Combining simulation and experiment”. Invited talk at the 47th Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, Joinville, Brazil |  (Joinville, Brasil) | 
| 2016/09 | Soares, CM (2016) “MD Simulation of Biological Systems: from Enzymes to (other) Molecular Machines”. Invited talk at the 2016 Summer School in Computational Biology, Coimbra (Portugal) |  (Coimbra, Portugal) | 
| 2016/07 | Baptista, A. M., Oliveira, A. S., Campos, S. R. R., Magalhães, P. R., Soares C. M. (2016) "Couplings Involving Protonation and Conformation in Cytochrome c Oxidase: Insights from Constant-pH MD and PB/MC Simulations". Invited talk by AM Baptista at "Protein Electrostatics Berlin 2016", Berlin, Germany |  (Berlim, Alemanha) | 
| 2016/06 | Lousa, D., Pinto A. R. T., Veiga A. S., Laio A., Castanho M. A. R. B. Castanho and Soares C. M., "Structure and activity of the influenza fusion peptide: a combined simulation and experimental approach", selected oral presentation by D. Lousa in 5th International Iberian Biophysics Congress, Porto, Portugal |  (Porto, Portugal) | 
| 2016/06 | Oliveira, ASF, Campos, SRR, Baptista, AM, Soares, CM (2015) “Coupling between protonation and conformation in cytochrome c oxidase: Insights from constant-pH MD simulations”, selected oral presentation by ASF Oliveira in 5th International Iberian Biophysics Congress, Porto, Portugal |  (Porto, Portugal) | 
| 2016/02 | Lousa D., Pinto A. R. T., Veiga A. S., Laio A., Castanho M. A. R. B. Castanho and Soares C. M., "When simulation and experiment fuse: Analysing the interaction of the influenza fusion peptide with model membranes", selected oral presentation by D. Lousa in XV Iberic Peptide Meeting, Porto, Portugal |  (Porto, Portugal) | 
| 2015/12/18 | Oliveira, ASF, Campos, SRR, Baptista, AM, Soares, CM (2015) “Unraveling the coupling between protonation and conformation: Constant-pH MD simulations of Cytochrome c oxidase”. Oral presentation by ASF Oliveira at 3rd EJIBCE meeting held in Coimbra, Portugal |  (Coimbra, Portugal) | 
| 2015/12/18 | Lousa D., Pinto A. R. T., Veiga A. S., Laio A., Castanho M. A. R. B. Castanho and Soares C. M., "When simulation and experiment fuse: Analysing the interaction of the influenza fusion peptide with model membranes", selected oral presentation by D. Lousa in EJIBCE III, Coimbra, Portugal |  (Coimbra, Portugal) | 
| 2015/08 | Campos, S. R. R., Oliveira, A. S. F., Magalhães, P. R., Vila-Viçosa, D., Teixeira, V. H., Santos, H. A. F., Soares, C. M., Machuqueiro, M., Baptista, A. M. (2015) "Constant- pH molecular dynamics simulations of membrane systems: titrable lipids and proton pumps". Invited talk by A. M. Baptista at 250th American Chemical Society National Meeting, Boston MA, USA, |  (Boston, Portugal) | 
| 2015/07 | Baptista, A. M., Oliveira, A. S. F., Campos, S. R. R., Magalhães, P. R., Soares, C. M. (2015) "Constant-pH MD of cytochrome c oxidase". Invited talk by A. M. Baptista at Workshop on Protein Electrostatics, Telluride Science Research Center, Telluride CO, USA |  (Coloride, Estados Unidos) | 
| 2015/01/22 | Soares, CM (2015) “Structural bioinformatics towards the understanding of the molecular machines of life” Invited seminar held at Universidade do Minho |  (Braga, Portugal) | 
| 2014/12 | Damas, JM, Baptista, AM, Soares, CM “A new pathway for O2 diffusion inside laccases and multicopper oxidases”, Oral presentation by JM Damas at the EJIBCE II, Lisboa, Portugal |  (Lisboa, Portugal) | 
| 2014/08 | Damas, JM, Baltazar, CSA, Teixeira VH, Baptista, AM, Soares, CM (2014) “Modelling of important redox enzymes in biotechnology: laccases and hydrogenases”. Invited seminar in the conference “Molecular Modelling 2014: From biomolecules to materials”, Lamington National Park, Queensland, Australia |  (Queensland, Austrália) | 
| 2014/08 | Lousa, D, Victor, BL, Antunes, J, Soares, CM (2014) “Molecular dynamics simulation studies of the interaction of influenza hemagglutinin fusion peptide with membranes”. Invited seminar in “2014 IUPAB International Biophysics Congress”, Brisbane, Australia |  (Brisbane, Austrália) | 
| 2014/08 | Lousa D.; Victor B. L., Fernandez C. and Soares C. M., “Molecular insights into the role of the fusion peptide from influenza virus: A computational analysis”, selected oral presentation by D. Lousa in FEBS Young Scientists’ Forum, Paris |  (Paris, França) | 
| 2014/08 | Damas, JM, Bento, I, Silva, CS, Chen, Z, Brissos, V, Martins, LO, Lindley, PF, Baptista, AM, Soares, CM (2014) “Molecular Mechanisms in laccases: insights from structural and simulation studies”. Plenary Lecture in the 4th International Conference on Novel Enzymes |  (Ghent, Bélgica) | 
| 2014/06/30 | Damas, JM, Baltazar, CSA, Teixeira, VH, Baptista, AM, Soares, CM (2014) “Redox enzymes for biotechnology: modelling (and other) studies of laccases and hydrogenases”. Invited seminar in the SFB – Protonation dynamics in protein function, held in the Freie Universität, Berlin, Germany |  (Berlin, Alemanha) | 
| 2014/05 | Lousa, D, Victor, BL, Demmelhuber, L, Baptista, AM, Soares, CM (2014) “Interaction of Influenza hemagglutinin with membranes: a molecular dynamics analysis” Invited Conference held in XLIII Annual Meeting of the SBBq (The Brasilian Society for Biochemistry and Molecular Biology) held at Foz do Iguaçu, Paraná, Brazil |  (Paraná, Brasil) | 
| 2014/03/28 | Soares, CM (2014) “Structural bioinformatics towards the understanding of the molecular machines of life” Invited seminar (Portuguese Biophysical Society Conference) held at Universidade do Algarve |  (Algarve, Portugal) | 
| 2014/03 | Lousa, D, Cianci, M, Helliwell, JR, Halling, PJ, Baptista, AM, Soares,CM (2014) “Simulation of proteins in nonaqueous media”. Invited oral presentation in the CECAM meeting “Biological Molecules under non-natural conditions”, Stuttgart, Germany |  (Estugarda, Alemanha) | 
| 2014/03 | Cianci, M, Tomaszewski, B, Lousa, D, Baptista, AM, Soares,CM, Helliwell, JR, Halling, PJ (2014) “Analysis of counter-ion effects in nonaqueous enzymology of subtilisin”. Invited oral presentation (by M. Cianci) in the CECAM meeting “Biological Molecules under non-natural conditions”, Stuttgart, Germany |  (Estugarda, Alemanha) | 
| 2014/02 | Baltazar, CSA, Teixeira, VH, Soares, CM (2014) “Understanding the special properties of [NiFeSe] hydrogenases through the use of computational methodologies”. Short Oral Presentation (by CSA Baltazar) in the Biophysical Society 58th Annual Meeting, San Francisco, California, USA |  (California, Estados Unidos) | 
| 2013/11 | Oliveira, ASF, Victor, BL, Lousa, D, Baltazar, CA, Rafael, P, Fernandez, C, Melo, R, Baptista, AM, Soares, CM (2013) “Simulation of Membrane Proteins”. Oral presentation in INSTRUCT and BioStruct-X course “Structure and Function of Membrane Proteins - a multidisciplinary approach”, ITQB-UNL, Oeiras, Portugal |  (Oeiras, Portugal) | 
| 2013/07 | Oliveira, ASF, Damas, JM, Baptista, AM, Soares, CM (2013) “Exploring the dioxygen diffusion pathways in aa3 cytochrome c oxidases: insights from MD simulations”. Short Oral Presentation (by ASF Oliveira) in the 9th EBSA European Biophysics Congress, Lisbon, Portugal |  (Lisboa, Portugal) | 
| 2013/05/20 | Soares, CM “Simulation of proteins in nonaqueous media: basic knowledge towards enzyme engineering”. Invited seminar held at Instituto Superior Técnico, Lisbon |  (Lisboa, Portugal) | 
| 2013/05 | Soares, CM, Oliveira, AS, Damas, JM, Baptista, AM. “Simulating molecular mechanisms of ABC transporters”. Invited Lecture in the 11º Encontro Nacional de Química-Física”, Porto, Portugal |  (Porto, Portugal) | 
| 2012/09 | Cianci, M, Tomaszewski, M, Lousa, D, Baptista, AM, Soares, CM, Helliwell, JR, Halling, PJ (2012) “Analysis of counter-ion effects in nonaqueous enzymology of subtilisin”. Oral presentation (by M. Cianci) on the 6th International Congress on Biocatalysis, Hamburg, Germany |  (Hamburgo, Alemanha) | 
| 2012/07 | E. Campos, A. Asandei, C.E. McVey, J. C. Dias, A.S.F. Oliveira, C.M. Soares, T. Luchian, Y. Astier. "Sensing modified-gold nanoparticles with the a-hemolysin pore". Oral presentation (by E. Campos) in the 9th International Conference on Nanosciences & Nanotechnologies (NN12), Thessaloniki, Greece |  (Thessaloniki, Grécia) | 
| 2012/05/23 | Soares, CM (2012) “Simulating enzymes in non-standard media: structure, dynamics and selectivity”. Invited seminar held at Centro de Química da Universidade de Évora |  (Évora, Portugal) | 
| 2012/05 | Soares, CM, Lousa, D, Micaelo, NM, Baptista, AM (2012) “Simulating the unusual properties of enzymes in nonaqueous media: basic knowledge approaching rational engineering”. Plenary lecture held at the International Conference “In silico enzyme design and screening”. Trieste, Italy |  (Trieste, Itália) | 
| 2012/05 | Soares, CM (2012) “Understanding molecules and life through the eyes of structural bioinformatics”. Invited seminar held at “Jornadas de Química e Bioquímica”, Universidade da Beira Interior, Covilhã |  (Covilhã, Portugal) | 
| 2012/03 | Soares, CM (2011) Structural bioinformatics towards the understanding of molecules and life”. Invited seminar held at the “Bioinformatics Open Days”, Universidade do Minho, Braga |  (Braga, Portugal) | 
| 2011/10/14 | Soares, CM, Oliveira, AS, Damas, JM, Baptista, AM (2011) “The power stroke in ABC transporters: insights from simulation.”, Invited seminar held at Instituto Gulbenkian de Ciência |  (Oeiras, Portugal) | 
| 2011/09 | Soares, CM, Oliveira, AS, Damas, JM, Baptista, AM (2011) “Molecular mechanisms of ABC transporters: a simulation approach”, Invited seminar in the XXXIV Congreso de la Sociedade Española de Bioquímica y Biología Molecular (34th Congress of the Spanish Biochemical and Molecular Biology Society), Barcelona, Spain |  (Barcelona, Espanha) | 
| 2011/05 | Soares, CM, Oliveira, AS, Damas, JM, Baptista, AM (2011) “Insights into the molecular mechanisms of ABC transporters”, Invited seminar in the INTERBIO Symposium “Frontiers in Protein Research, ITQB-UNL, Oeiras, Portugal |  (Oeiras, Portugal) | 
| 2011/03/30 | Soares, CM (2011) “Do Computers Dream of Electric Molecules? Seeing life through biomolecular modelling”, Invited seminar held at Centro de Química e Bioquímica – Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Lisbon, Portugal |  (Lisboa, Portugal) | 
| 2011/02/15 | Soares, CM (2011) “Biomolecular modelling towards the understanding of Life at the molecular level”, Invited seminar held at Instituto de Higiene e Medicina Tropical – Universidade Nova de Lisboa, Lisbon, Portugal |  (Lisboa, Portugal) | 
| 2010/11/25 | Soares, CM (2010) “Life at the molecular level: contributions from biomolecular modelling / structural bioinformatics”, Invited seminar held at Instituto de Medicina Molecular – Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa, Lisbon, Portugal |  (Lisboa, Portugal) | 
| 2010/04/12 | Soares, CM (2010) “Protein Modelling Laboratory@ITQB-UNL”. Invited seminar in the INTERBIO workshop, ITQB-UNL, Oeiras, Portugal |  (Oeiras, Portugal) | 
| 2010/04/12 | Soares, CM (2010) “Protein Modelling Laboratory @ ITQB-UNL. (Recent) Past, present and (near) future”, Invited seminar held at Instituto Gulbenkian de Ciência |  (Oeiras, Portugal) | 
| 2008/09 | Soares, CM (2008) “Molecular modelling of hydrogenases”. Invited communication in the Workshop “Structure, dynamics, and function of proteins”, ITQB-UNL, Oeiras, Portugal |  (Oeiras, Portugal) | 
| 2007/05 | Soares, CM (2007) “Electron and proton transfer in redox proteins and redox chains. A modelling perspective”, Invited communication in the FEBS Workshop “Trends in transient interactions between biological macromolecules”- Seville, Spain |  (Sevilha, Espanha) | 
| 2004/11/01 | Victor, BL, Baptista, AM, Soares, CM (2004) “A new theoretical approach to study proton channels in the Quinol oxidase aa3 from Acidianus ambivalens”. Short oral presentation (by BL Victor) in the 3rd Portuguese-Spanish Biophysics Congress – Lisbon, Portugal |  (Lisboa, Portugal) | 
| 2004/11 | Soares, CM (2004) “Modelling enzymes for biotechnology applications”. Invited communication in the Cost Action 847 & D32 workshop - – Póvoa de Varzim, Portugal |  (Póvoa de Varzim, Portugal) | 
| 2004/10/29 | Micaelo, NM, Teixeira, VH, Baptista, AM, Soares, CM (2004) “Water dependent properties of cutinase in nonaqueous solvents”. Short oral presentation (by NM Micaelo) in the 3rd Portuguese-Spanish Biophysics Congress – Lisbon, Portugal |  (Lisboa, Portugal) | 
| 2003/10 | Soares, C.M. (2003) "Structural genomics: protein structure prediction". Seminar given in the 5th Short course of the Portuguese Biophysical Society "Genomics and Proteomics: biophysical perspectives" - Santarém, Portugal |  (Caparica, Portugal) | 
| 2003/10 | Soares, C.M. (2003) "Structural genomics: protein structure prediction". Seminar given in the 5th Short course of the Portuguese Biophysical Society "Genomics and Proteomics: biophysical perspectives"- Santarém, Portugal |  (Santarém, Portugal) | 
| 2003/09 | Soares, CM (2003) "Molecular dynamics simulations of proteins in nonaqueous solvents". Invited seminar in the "6º Encontro Nacional de Química-Física" - Lisbon, Portugal |  (Lisboa, Portugal) | 
| 2003/06 | Soares, CM (2003) "Protein modelling group @ ITQB. Biomolecular modelling / Structural bioinformatics". Seminar given at the "Oeiras mathematical and computational biology workshop" – Oeiras, Portugal |  (Oeiras, Portugal) | 
| 2003/06 | Martins, LO, Enguita, FJ, Pereira, MM, Teixeira, M, Costa, T, Soares, CM, Carrondo, MA, Henriques, AO (2003) "Biochemical and structural characterization of Bacillus subtilis spore coat protein CotA". Oral presentation (by LO Martins) in the Functional Genomics of Gram-positive Microorganisms" & "12th International Conference on Bacilli" - Baveno, Italy |  (Baveno, Itália) | 
| 2003/04 | Soares, CM (2003) "Modelação de proteínas/Bioinformática estrutural: perspectivas e aplicações". Seminar given at the "VI Jornadas de Engenharia Biológica da Universidade do Minho" – Gerês, Portugal |  (Gerês, Portugal) | 
| 2003/04 | Soares, CM (2003) "Da bioquímica à biofísica molecular. Uma visão mecanicista da vida". Seminar given at the "I Encontro Nacional de Estudantes de Bioquímica" – Coimbra, Portugal |  (Oeiras, Portugal) | 
| 2003/02 | Soares, CM (2003) "Modelling redox proteins: the molecular basis of electron and proton transfer". Seminar given at the Department of Biology, Universidade do Minho – Braga, Portugal |  (Braga, Portugal) | 
| 2002/12 | Martins, LO, Soares, CM, Pereira, MM, Teixeira, M, Costa, T, Enguita, FJ, Carrondo, MA, Henriques, AO (2002) "Studies in CotA, a laccase associated with the Bacillus subtilis spore coat". Oral presentation (by LO Martins) in the XIII Congresso Nacional de Bioquímica - Lisbon, Portugal |  (Lisboa, Portugal) | 
| 2002/07 | Jackson P, Price N, Soares C. (2002) "LEP1: an extensin peroxidase in lupin". Oral presentation (by P. Jackson) International Symposium of Plant peroxidases - Murcia, Spain |  (Murcia, Espanha) | 
| 2002/04 | Baptista, A.M., Soares, C.M. (2002) "Constant-pH molecular dynamics simulations using stochastic titration". Oral presentation (by A.M. Baptista) in the 223rd American Chemical Society National Meeting – Orlando, USA |  (Orlando, Estados Unidos) | 
| 2002/04 | Soares, C.M. (2002) "Transferência electrónica e protónica em proteínas: estudos de modelação molecular". Invited seminar in the Departamento de Química e Bioquímica, FCUL - Lisbon |  (Lisboa, Portugal) | 
| 2002/01 | Soares, C.M. (2002) "Molecular modelling studies on multi-haem cytochromes: methodological and biological aspects of electron and proton transfer". Invited seminar in the Competence Center for Computational Chemistry (C4) seminar program, ETH-Zurich – Zurich, Switzerland |  (Zurique, Suiça) | 
| 2001/10 | Soares, C.M. (2001) "Molecular dynamics simulation: beyond protein structure". Seminar given in the 3rd Short course of the Portuguese Biophysical Society "Proteins: from structure to dynamics" - Santarém, Portugal |  (Santarém, Portugal) | 
| 2001/10 | Soares, C.M., Baptista, A.M., Martel, P.J., Teixeira, V.H (2001) "Molecular modelling of redox proteins: from single molecules to redox chains". Seminar given in the in the IV Gulbenkian Autumn Meeting: Theoretical and computational Biology - Oeiras, Portugal |  (Oeiras, Portugal) | 
| 2001/02 | Soares, C.M. "Molecular modelling of electron and proton transfer in proteins". Seminar presented in the Departamento de Química, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade Nova de Lisboa - Monte de Caparica, Portugal |  (Caparica, Portugal) | 
| 2001/01 | Soares, C.M. "Modelação molecular de proteínas envolvidas em processos de oxidação-redução em bactérias redutoras de sulfato". Seminar presented in the Departamento de Química da Universidade do Minho, Braga |  (Braga, Portugal) | 
| 2001/01 | Soares, C.M. "Modelação molecular de proteínas: transferência electrónica e protónica em citocromos multihémicos". Seminar presented in the Centro de Física Computacional da Universidade de Coimbra - Coimbra, Portugal |  (Coimbra, Portugal) | 
| 2000/09 | Teixeira, V.H., Soares, C.M., Baptista, A.M. " Identification of the groups responsible for the Redox-Bohr effect in cytochromes c3 from various species: molecular modelling studies.". Oral presentation (by V.H. Teixeira) at the XII Congresso Nacional de Bioquímica - Póvoa de Varzim, Portugal |  (Póvoa de Varzim, Portugal) | 
| 2000/07 | Soares, C.M. (2000) "Electron and proton transfer in multihaem cytochromes: a modelling approach". Invited talk on the 5th European Biological Inorganic Chemistry Conference – Toulouse, France |  (Toulouse, França) | 
| 2000/03 | Soares, C.M. (2000) "Modelação molecular de biomoleculas". Seminar given in "Jornadas de Engenharia Biotecnologica" – Universidade do Algarve, Portugal |  (Algarve, Portugal) | 
| 1999/10 | Soares, C.M. (1999) "Theoretical aspects of molecular mechanics/dynamics simulation. Some applications". Seminar given in the 2nd Short course of the Portuguese Biophysical Society "Simulation of biological processes. Practical approaches" - Santarém, Portugal |  (Santarém, Portugal) | 
| 1998/09 | Soares, C.M., Martel, P.J., Baptista, A.M., Carrondo, M.A. “Molecular modelling studies in cytochromes c3“. Invited talk in the “ISQBP President’s Meeting: Molecular structure and dynamics in biology” - Elba, Italy |  (Elba, Itália) | 
| 1998/09 | Mendes, J., Soares, C.M., Carrondo, M.A. (1998) “Prediction of side chain conformation in proteins”. Seminar given (by J. Mendes) in the TMR Summer School “Structure and function of metalloproteins” – ITQB-UNL, Oeiras, Portugal |  (Oeiras, Portugal) | 
| 1998/07 | Soares, C.M. “Theoretical studies on tetraheme cytochromes c3”. Seminar given in the TMR Summer School “Spectroscopy and engineering of metalloproteins” – ITQB-UNL, Oeiras, Portugal |  (Oeiras, Portugal) | 
| 1998/01 | Soares, C.M. ”Electrostatic and molecular dynamics studies in cytochromes c3”. Seminar given in the Workshop on Structural Biology: Advances in X-Ray analysis, NMR, Modelling and Design - Cambridge University, UK |  (Cambridge, Reino Unido) | 
| 1995/12 | Soares, C.M., Martel, P.J., Carrondo, M.A. ”Molecular modelling studies of cytochrome c3”. Invited talk in the “1st Portuguese-Spanish Biophysics Congress” – Lisbon, Portugal |  (Lisboa, Portugal) | 
| 1995/11 | Soares, C.M. “Molecular modelling on electron transfer proteins. Some case studies”. Seminar given in the symposium “Protein Structure & Motion” – Barcelona, Spain |  (Barcelona, Espanha) | 
Orientação
| Título / Tema Papel desempenhado | Curso (Tipo) Instituição / Organização | |
|---|---|---|
| 2019/05 - Atual | Computational enzyme engineering Orientador | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2017/09 - Atual | Metabolic Engineering aided by computer-guide enzyme engineering for the optimization of cell factories Coorientador de Joana Filipa Azevedo Oliveira | Bioengenharia (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal | 
| 2017/09 - Atual | Viral Membrane Fusion: Structural determinants and dynamical behaviour Orientador | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2016/01 - Atual | The structural basis of substrate translocation in ABC transporters: a biomolecular simulation approach Orientador | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2016/01 - Atual | Efficient algorithms for protein docking Coorientador | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal | 
| 2016/01 - Atual | Genome-scale modeling of allosteric regulation in E. coli Coorientador | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal Universidade do Minho, Portugal | 
| 2014/01 - Atual | Membrane altering proteins: a computational study of viral membrane fusion and antimicrobial peptides Orientador de Davide Ribeiro da Cruz | Bioquímica (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2013/03 - Atual | Molecular mechanisms of viral membrane fusion: A computational analysis Orientador | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2008/01 - Atual | Ligand interaction and binding in laccases – reduced substrates, dioxygen and protons Orientador | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2018/03 - 2019/03 | Structural and dynamic properties of the Dengue fusion peptide in a membrane bilayer: A computational approach Coorientador | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2014/01 - 2018/12 | Improving predictions in metabolic engineering problems by incorporating enzyme structural information Coorientador de Tiago Filipe Coelho Resende | Bioengenharia (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal | 
| 2016 - 2017/05 | Exploring the Structural and dynamical properties of the dengue fusion peptide in a membrane bilayer using molecular simulation
                                 methods Coorientador | Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal | 
| 2011/03 - 2017/01 | Studying proton transfer and proton pumping in Cytochrome c Oxidases: methodological developments and their application. Orientador | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2011 - 2016/03 | Modelação molecular/bioinformática estrutural da hemaglutinina do vírus influenza Orientador de Jorge Miguel Penela Deus Antunes | Bioquímica (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal | 
| 2008 - 2012 | Molecular mechanisms of membrane fusion in influenza virus Orientador | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2008/10 - 2009/11 | Estudo da difusão do hidrogénio molecular numa hidrogenase [NiFeSe] por métodos de dinâmica molecular Orientador | Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal | 
| 2006/09 - 2007/10 | Modelação molecular dos domínios de ligação de nucleótido de um transportador ABC Orientador | Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal | 
| 2002/11 - 2007/02 | Molecular Modelling of Redox Proteins Involved in the Hydrogen Metabolism Orientador de Vítor Hugo Oliveira Teixeira | Bioquímica (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2003/04 - 2007 | Enzyme Structure and Function in Nonaqueous Solvents Orientador de Nuno Miguel da Silva Micaêlo | Bioquímica (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2003/03 - 2007 | Molecular Modeling of Redox Proteins Involved in the Oxygen and Nitric Oxide Metabolism Orientador de Bruno Lourenço da Silva Victor | Bioquímica (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2003 - 2007 | Methodological and computational developments for modeling protonation and redox processes in biological systems of relevant
                                 importance. Orientador | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2006 - 2006 | Molecular Modelling of Abc Transporters: from Atp Hydrolysis to Substrate Transport Orientador de Ana Sofia Fernandes de Oliveira | Bioquímica (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2006 - 2006 | Molecular determinants of nonaqueous biocatalysis: A computational analysis Orientador de Diana Andreia Pereira Lousa | Bioquímica (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2004/09 - 2005/02 | Criação de um sistema de computação distribuída para simulações moleculares Orientador | |
| 2001 - 2003 | Electrostatic studies in proteins Orientador | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 1998 - 2003 | The crystal structure of cytochrome c nitrite reductase from Desulfovibrio desulfuricans and modelling studies of electron
                                 transfer between flavodoxin and mono-heme cytochromes Coorientador de Carlos Manuel Alves da Costa Cunha | Bioquímica (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal | 
| 2000/09 - 2001/09 | Modelação molecular da interacção de proteínas em Desulfovibrio gigas Orientador | Universidade de Coimbra, Portugal | 
| 1998/09 - 2000/11 | Modelação e estudos de docking na transtirretina de dourada, Sparus aurata Orientador | Universidade do Algarve, Portugal | 
| 1999/09 - 2000/10 | Estudo comparativo de propriedades de redução e protonação em citocromos c3 de várias espécies de bactérias redutoras de sulfato Orientador | Universidade do Algarve, Portugal | 
| 2000 - 2000 | Modelling Sidechain Conformations in Proteins Coorientador de Joaquim Pires Antunes Mendes | Bioquímica (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
Organização de evento
| Nome do evento Tipo de evento (Tipo de participação) | Instituição / Organização | |
|---|---|---|
| 2022/07/09 - 2022/07/14 | IUBMB-FEBS-PABMB Biochemistry Congress (2022 - 2022) Congresso (Membro da Comissão Organizadora) | |
| 2021/10/14 - 2021/10/16 | XXI SPB – National Congress of Biochemistry (2021 - 2021) Congresso (Membro da Comissão Científica) | Universidade de Évora, Portugal | 
| 2021/06/14 - 2021/06/16 | 7th International Iberian Biophysics Congress (2021 - 2021) Congresso (Membro da Comissão Organizadora) | |
| 2019/03 - 2019/04 | 12th International Conference on Hydrogenases, Lisbon, Portugal (2019/03/31 - 2019/04/04) Conferência (Membro da Comissão Organizadora) | |
| 2018/06 - 2018/06 | 6th International Iberian Biophysics Congress and X Iberoamerican Congress of Biophysics, Castellón, Spain (2018/06/20 - 2018/06/22) Congresso (Membro da Comissão Científica) | |
| 2017/07 - 2017/07 | XXV National Meeting of the Portuguese Chemical Society, Lisboa, Portugal (2017/07/16 - 2017/07/19) Encontro (Membro da Comissão Organizadora) | Sociedade Portuguesa de Química, Portugal | 
| 2017/07 - 2017/07 | 19th IUPAB congress and 11th EBSA congress, Edinburgh, Scotland (2017/07/16 - 2017/07/20) Congresso (Membro da Comissão Científica) | |
| 2016/12 - 2016/12 | XIX National Congress of Biochemistry, Guimarães, Portugal (2016/12/08 - 2016/12/10) Congresso (Membro da Comissão Científica) | |
| 2016/06 - 2016/06 | 5th Iberian Biophysics Congress EBSA, Porto, Portugal (2016/06/15 - 2016/06/17) Congresso (Membro da Comissão Organizadora) | |
| 2013/07 - 2013/07 | 9th European Biophysics Congress EBSA (European Biophysical Societies Association), Lisbon, Portugal (2013/07/13 - 2013/07/17) Congresso (Membro da Comissão Organizadora) | |
| 2012/01 - 2012/01 | Jornadas de Bioinformática 2012, Barcelona, Spain (2012/01/23 - 2012/01/25) Outro (Membro da Comissão Científica) | |
| 2011/11 - 2011/11 | 10th Short course of the Portuguese Biophysical Society "Nanosciences for Life", Santarém, Portugal (2011/11/17 - 2011/11/19) Outro (Outra) | Sociedade Portuguesa de Biofísica, Portugal | 
| 2010/12 - 2010/12 | Congresso Nacional de Bioquímica 2010, Porto, Portugal (2010/12/15 - 2010/12/17) Congresso (Membro da Comissão Científica) | |
| 2010/10 - 2010/10 | Xth Spanish Symposium on Bioinformatics (JBI2010), Malaga, Spain (2010/10/27 - 2010/10/29) Simpósio (Membro da Comissão Científica) | |
| 2010/10 - 2010/10 | 9th Short course of the Portuguese Biophysical Society "Protein folding, misfolding and disease", Santarém, Portugal (2010/10/08 - 2010/10/10) Outro (Membro da Comissão Organizadora) | Sociedade Portuguesa de Biofísica, Portugal | 
| 2010/07 - 2010/07 | IV Spanish-Portuguese Biophysical Congress, Zaragoza, Spain (2010/07/07 - 2010/07/10) Congresso (Membro da Comissão Científica) | |
| 2009/10 - 2009/11 | 8th Short course of the Portuguese Biophysical Society "Systems Biology", Santarém, Portugal (2009/10/30 - 2009/11/01) Outro (Membro da Comissão Organizadora) | Sociedade Portuguesa de Biofísica, Portugal | 
| 2008/09 - 2008/09 | Workshop “Structure, dynamics, and function of proteins”, Oeiras, Portugal (2008/09/17 - 2008/09/19) Oficina (workshop) (Membro da Comissão Organizadora) | |
| 2008/07 - 2008/07 | 1st Portuguese-Spanish-British Joint Biophysics Congress 2008, Lisbon, Portugal (2008/07/10 - 2008/07/13) Congresso (Presidente da Comissão Organizadora) | |
| 2007/10 - 2007/10 | 7th Short course of the Portuguese Biophysical Society "Biospectroscopy and Imaging", Santarém, Portugal (2007/10/19 - 2007/10/21) Outro (Membro da Comissão Organizadora) | Sociedade Portuguesa de Biofísica, Portugal | 
| 2006/09 - 2006/09 | Oxizymes in Oeiras: 3rd European Meeting in Oxizymes, Oeiras, Portugal (2006/09/07 - 2006/09/09) Encontro (Membro da Comissão Organizadora) | |
| 2006/09 - 2006/09 | VI Ibero-American Congress of Biophysics, Madrid, Spain (2006/09/24 - 2006/09/27) Congresso (Membro da Comissão Organizadora) | |
| 2006/07 - 2006/07 | 8th European Biological Chemistry Conference, EUROBIC 8, Aveiro, Portugal (2006/07/02 - 2006/07/06) Conferência (Membro da Comissão Organizadora) | |
| 2005/10 - 2005/10 | 6th Short course of the Portuguese Biophysical Society "From cellular transport to neurosciences: a biophysical perspective",
                                 Santarém, Portugal (2005/10/14 - 2005/10/16) Outro (Membro da Comissão Organizadora) | Sociedade Portuguesa de Biofísica, Portugal | 
| 2004/10 - 2004/11 | 3rd Portuguese-Spanish Biophysics Congress, Lisbon, Portugal (2004/10/29 - 2004/11/01) Congresso (Presidente da Comissão Organizadora) | |
| 2003/10 - 2003/10 | 5th Short course of the Portuguese Biophysical Society "Genomics and Proteomics: biophysical perspectives", Santarém, Portugal (2003/10/17 - 2003/10/19) Outro (Membro da Comissão Organizadora) | Sociedade Portuguesa de Biofísica, Portugal | 
| 2002/10 - 2002/10 | 4th Short course of the Portuguese Biophysical Society "Bioenergetics: the cellular power plants", Santarém, Portugal (2002/10/05 - 2002/10/06) Outro | Sociedade Portuguesa de Biofísica, Portugal | 
| 2001/10 - 2001/10 | 3rd Short course of the Portuguese Biophysical Society "Proteins: from structure to dynamics", Santarém, Portugal (2001/10/04 - 2001/10/06) Outro (Membro da Comissão Organizadora) | Sociedade Portuguesa de Biofísica, Portugal | 
| 1999/10 - 1999/10 | 2nd Short course of the Portuguese Biophysical Society "Simulation of biological processes. Practical approaches, Santarém,
                                 Portugal (1999/10/02 - 1999/10/03) Outro (Presidente da Comissão Organizadora) | Sociedade Portuguesa de Biofísica, Portugal | 
Júri de grau académico
| Tema Tipo de participação | Nome do candidato (Tipo de grau) Instituição / Organização | |
|---|---|---|
| 2021/07 | Computational Studies Addressed to PLP-Dependent Enzymes Arguente principal | Henrique Silva Fernandes (Doutoramento) Universidade do Porto, Portugal | 
| 2021/06 | Studies on the function and substrate permeation in ABC transporters by biomolecular simulations Orientador | Bárbara Abreu (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2019/07 | Computational approaches to virtual screening in human central nervous system therapeutic targets Arguente principal | Samina Kausar (Doutoramento) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal | 
| 2018/03 | Anion transmembrane transport by synthetic molecules: a molecular modelling investigation Arguente principal | Igor Oliveira Marques (Doutoramento) Universidade de Aveiro, Portugal | 
| 2017/12 | Computational design and experimental characterization of metallopeptides as proteases for bioengineering applications Arguente principal | Henrique Daniel Figueiredo Carvalho (Doutoramento) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal | 
| 2015/12 | Optimization of a MM-PBSA/GBSA protocol for the prediction of binding free energy of Bcl-xL inhibitors Arguente principal | João Pedro do Vale Hipólito Cavalheiro (Mestrado) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal | 
| 2015/12 | Molecular modelling and simulation of pH effects in lipid bilayers Arguente principal | Diogo Ruivo dos Santos Vila Viçosa (Doutoramento) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal | 
| 2014/12 | Following amphiphilic molecules on their way through lipid membranes: development of a kinetic model of passive permeation
                                 through the blood-brain barrier Arguente principal | Hugo Alexandre Louro Filipe (Doutoramento) Hospitais da Universidade de Coimbra, Portugal | 
| 2013/09 | Constant-pH MD simulations of higher complexity lipid bilayer models: PA/PC binary mixtures Arguente principal | Hugo Alexandre Feiteira dos Santos (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal | 
| 2012/12 | Virtual screening with sense and sensibility in the search of new amyloid inhibitors Arguente principal | Carlos J. V. Simões (Doutoramento) | 
| 2012/07 | Reductive scavenging of reactive oxygen species in prokaryotes Arguente | Ana Filipa Pinto (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2012/03 | Propriedades electrónicas de espécies hidrofóbicas micro-solvatadas e em solução Arguente | Maria Margarida Pires dos Santos Mateus (Doutoramento) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal | 
| 2011/01 | Characterization of the activity of nitrous oxide reductase: biochemical, spectroscopic and mimetic approaches Arguente principal | Simone Dell’Acqua (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal | 
| 2010/11 | Molecular modelling of ABC transporter: from ATP hydrolysis to substrate transport Arguente | Ana Sofia Oliveira (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2010/11 | Protein conformational plasticity and aggregation. Transthyretin and gama-toxin as two case studies Arguente principal | Nuno Ricardo Santos Loureiro da Silva Ferreira (Doutoramento) Universidade de Coimbra, Portugal | 
| 2010/11 | Search based methods for protein structure prediction Arguente principal | Miguel Mourão Fialho Bugalho (Doutoramento) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal | 
| 2010/09 | Dengue virus infection and assembly. A biophysical study for unravelling the role of the capsid protein Arguente principal | João Miguel Calado da Silva Freire (Mestrado) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal | 
| 2010/06 | Theoretical study of the reactivity and energetics of organic radicals Arguente | Filipe Miguel Peres Agapito (Doutoramento) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal | 
| 2010/04 | CotA-laccase from Bacillus subtilis: structure-function studies of catalytic copper centers Arguente | Paulo Jorge Rêgo Durão (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2010/01 | Modelação molecular de associações entre aniões e receptors sintéticos Arguente principal | Sérgio Miguel Fernandes dos Santos (Doutoramento) Universidade de Aveiro, Portugal | 
| 2009/12 | Study of the effect of pH on the structure and function of peptides and proteins using molecular simulation methods Arguente | Sara Isabel Rodrigues Rasteiro de Campos (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2009/01 | Aromatase inhibitors in breast cancer. The discovery of new compounds by computational design and biochemical evaluation Arguente principal | Marco André Coelho das Neves (Doutoramento) Universidade de Coimbra, Portugal | 
| 2008/12 | Ligações de hidrogénio: estudo de alguns aspectos energéticos, electrónicos e dinâmicos por primeiros princípios Arguente | Sílvia da Conceição Gomes Estácio (Doutoramento) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal | 
| 2008/05 | Study of CFTR mutants and their processing properties: structural implications Arguente | Luísa Maria da Silva Pissarra (Doutoramento) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal | 
| 2007/10 | Superoxide defence strategies in anaerobic prokariotes: The mechanism of superoxide reductases Arguente | João Vieira Rodrigues (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2007/10 | Structure to function studies in hybrid cluster proteins and glucose-1-phosphate urydylyltranferases Presidente do júri | David Guerra Aragão (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2007/10 | Enzyme structure and function in nonaqueous solvents Arguente | Nuno Miguel da Silva Micâelo (Doutoramento) | 
| 2007/10 | Molecular modelling of redox proteins involved in the oxygen and nitric oxide metabolism Arguente | Bruno Lourenço da Silva Victor (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2007/05 | Regulation of arabinose metabolism in Bacillus subtilis. Linking structure and function Arguente | Irina Saraiva Franco (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2007/03 | A non-assigned herpesvirus gene inducing cell cycle arrest and apoptosis Presidente do júri | Rute Nascimento (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2007/03 | Hydrogen metabolism in Desulfovibrio vulgaris Hildenborough Arguente | Ana Filipa de Matos Almeida Valente (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2007/02 | The Role of Flavodiiron Proteins in Nitric Oxide Detoxification Arguente | João Filipe Bogalho Vicente (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2007/02 | Molecular modelling of redox proteins involved in the hydrogen metabolism Arguente | Vitor Hugo Oliveira Teixeira (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2006/12 | Thermodynamic and kinetic characterisation of multiheme cytochromes Arguente | Catarina Morais Vaz Paquete (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2005/12 | Assembly of the Bacillus subtilis spore coat Arguente | Teresa Vasconcelos Costa (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2005/10 | Structural and functional studies on the human salvage enzyme thymidine kinase 2 Arguente principal | João Filipe Viegas Barroso (Doutoramento) Universidade de Coimbra, Portugal | 
| 2004/06 | Study of the localization of fucosyltransferase III. Importance of the transmembrane and cytosolic domains Arguente | Vitor Lino Sousa (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2003/12 | Integrating protein structural information Arguente principal | Ludwig Krippahl (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal | 
| 2003/10 | The crystal structure of cytochrome c nitrite reductase from Desulfovibrio desulfuricans and modelling studies of electron
                                 transfer between flavodoxin and mono-heme cytochromes Arguente | Carlos Manuel Alves da Costa Cunha (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal | 
| 2003/07 | Structural studies of the tetrahaem cytochrome c3 and nine haem cytochrome c from Desulfovibrio desulfuricans ATCC 27774 in
                                 the oxidised and reduced state. Correlation with cooperativity effects Arguente | Isabel Maria Travassos de Almeida de Jesus Bento (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2002/10 | Protein stabilisation by diglycerol phosphate, a compatible solute from hyperthermophiles Arguente | Pedro Miguel Lamosa (Doutoramento) | 
| 2001/11 | Simulação de interacções intermoleculares em sistemas de interesse farmacológico Arguente principal | Elsa Fernanda de Sousa Henriques (Doutoramento) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal | 
| 2001/05 | Estudos de modelação e de ressonância magnética nuclear de complexos de inclusão entre ciclodextrinas e poliazamacrocíclos
                                 de gadolínio (III) Arguente principal | Carla Sofia de Oliveira Ferreira (Mestrado) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal | 
| 2000/07 | A determinação de propriedades estruturais, conformacionais e dinâmicas de moléculas em sistemas modelo de membranas e em
                                 solução Arguente principal | Miguel Xavier Jesus Josefat Fernandes (Doutoramento) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal | 
| 2000/07 | Modelling sidechain conformation in proteins Orientador | Joaquim Pires Antunes Mendes (Doutoramento) | 
Curso / Disciplina lecionado
| Disciplina | Curso (Tipo) | Instituição / Organização | |
|---|---|---|---|
| 2022 - 2022 | Biomolecular Simulation | Computational Biology and Bioinformatics (Mestrado) | Universidade Nova de Lisboa, Portugal | 
| 2014 - 2022 | Co-responsible of the course Advanced Topics in Bioinformatics | Bioquímica para a Saúde (Mestrado) | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal | 
| 2014 - 2022 | Responsible for the Protein biogenesis, folding and structure curricular unit | Biociências Moleculares (Doutoramento) | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2021 - 2021 | Fundamentals of Computational Biology | Computational Biology and Bioinformatics (Mestrado) | Universidade Nova de Lisboa, Portugal | 
| 2021 - 2021 | Perspectives in Computational Biology | Computational Biology and Bioinformatics (Mestrado) | Universidade Nova de Lisboa, Portugal | 
| 2018/05/21 - 2018/05/24 | Biomolecular modelling / Structural Bioinformatics | Bioquimica Médica (Doutoramento) | Universidade Federal do Rio de Janeiro, Brasil | 
| 2007 - 2018 | Molecular modelling methodologies | MIT-Portugal Bioengineering PhD program (Doutoramento) | |
| 2017/05 - 2017/05 | Biomolecular modelling | PhD Course in Pharmaceutical Biophysics | Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal | 
| 2009 - 2017 | Biomolecular modelling techniques | Engenharia Biológica (Mestrado integrado) | Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal | 
| 2015 - 2016 | Molecular modelling methodologies | Bionanotecnologia (Mestrado) | Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal | 
| 2014/05/12 - 2014/05/16 | Biomolecular modelling / Structural Bioinformatics | Bioquimica Médica (Doutoramento) | Universidade Federal do Rio de Janeiro, Brasil | 
| 2014 - 2014 | Molecular mechanics/dynamics, Molecular Visualization and Protein Structure Prediction | Ciências Biomédicas (Mestrado integrado) | Universidade do Algarve, Portugal | 
| 2013 - 2014 | Molecular modelling methodologies | Gulbenkian Programme In Integrative Biomedical Sciences (Doutoramento) | |
| 1999 - 2013 | Molecular modelling methodologies | ITQB PhD Program (Doutoramento) | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2012 - 2012 | Biomolecular modelling applications | Bioinformática (Mestrado) | Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal | 
| 2005 - 2010 | Biomolecular modelling techniques | Química Inorgânica Biomédica: Aplicações em Diagnóstico e Terapia (Mestrado) | Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal | 
| 2009 - 2009 | Biomolecular modelling techniques | Genética Molecular e Biomedicina (Mestrado integrado) | Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal | 
| 2005 - 2009 | Molecular modelling methodologies | Gulbenkian Program in Computational Biology (Doutoramento) | |
| 2008 - 2008 | An overview of Biomolecular modelling techniques in the course of Perspectives in Biochemistry | Bioquímica (Licenciatura) | Universidade do Minho, Portugal | 
| 2007 - 2007 | Protein structure prediction methodologies | Bioinformática (Mestrado integrado) | Universidade do Minho, Portugal | 
| 2006 - 2006 | Biomolecular modelling in the course of Molecular modeling | Química (Licenciatura) | Universidade do Minho, Portugal | 
| 2005 - 2005 | An overview of Biomolecular modelling techniques in the course of Perspectives in Chemistry and Biochemistry | Química (Licenciatura) | Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal | 
| 1998 - 2005 | Molecular modelling techniques in the course of Molecular Biophysics | Bioquímica (Licenciatura) | Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal | 
| 2004 - 2004 | Protein structure prediction in the course of Bioinformatics | Engenharia Biomédica (Licenciatura) | Universidade do Minho, Portugal | 
| 2004 - 2004 | Biomolecular modelling techniques | Química Farmacêutica (Mestrado) | Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal | 
| 2003 - 2003 | Molecular modelling techniques | Genética Molecular (Mestrado integrado) | Universidade do Minho, Portugal | 
| 2002 - 2002 | Molecular modelling techniques in the course of Simulation | Ciências da Engenharia - Engenharia Biomédica e Biofísica (Licenciatura) | Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal | 
| 2002 - 2002 | Molecular modelling techniques | Biofísica (Mestrado) | Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal | 
| 2002 - 2002 | Molecular modelling techniques in the course of Bioinformatics | Biotecnologia (Mestrado) | Universidade do Algarve, Portugal | 
| 1997 - 2001 | Molecular modelling | biologia e medicina (Doutoramento) | Instituto Gulbenkian de Ciência, Portugal | 
Membro de associação
| Nome da associação | Tipo de participação | |
|---|---|---|
| 1994 - Atual | Portuguese Biochemical Society | |
| 1994 - Atual | Portuguese Biophysical Society | |
| 1994 - Atual | Portuguese Chemical Society | |
| 1994 - Atual | The Biophysical Society (USA) | 
Membro de comissão
| Descrição da atividade Tipo de participação | Instituição / Organização | |
|---|---|---|
| 2019/10 - 2019/10 | Member of the selection committee for the selection of a Researcher with a Doctorate – “Abertura de Procedimento Concursal
                                 de Seleção Internacional para a Contratação de Investigador(a) Júnior Membro | Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal | 
| 2018/12 - 2018/12 | Member of the selection committee for the selection of a Researcher with a Doctorate – “Procedimento concursal para recrutamento
                                 de um investigador, para o exercício de atividades de investigação científica Membro | Universidade de Évora, Portugal | 
| 2018/06 - 2018/06 | Member of the selection committee for a “Chefe de Divisão” position in the Divisão de Apoio a Bolsas from “Fundação para a
                                 Ciência e Tecnologia” Membro | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal | 
| 2016/06 - 2016/07 | Member of the selection committee for four Assistant Researcher positions within the Research Unit MOSTMICRO from ITQB NOVA Membro | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal Molecular, Structural and Cellular Microbiology – MOSTMICRO Research Unit of ITQB NOVA, Portugal | 
| 2015/11 - 2015/11 | Member of the selection committee for one Assistant Professor position in the Faculty of Medicine from Lisbon University Membro | Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal | 
| 2012/04 - 2012/04 | Member of the selection committee for one Research position (Investigador Principal) of the Associated Laboratory ITQB/IGC/IBET/CEDOC Membro | |
| 2008/12 - 2008/12 | Member of the selection committee for a Research position (Investigador Auxiliar) of FFUC Membro | Universidade de Coimbra Faculdade de Farmácia, Portugal | 
| 2008/10 - 2008/10 | Member of the selection committee for a Research position (Investigador Auxiliar) of FCUL Membro | Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal | 
| 2007/09 - 2007/10 | Member of the selection committee for a Research position (Investigador Auxiliar) of FFUL Membro | Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal | 
| 2007/09 - 2007/09 | Member of the selection committee for 18 Research positions (Investigador Auxiliar) of ITQB-UNL/IBET Membro | |
| 2006/06 - 2006/06 | Member of the selection committee for a Research position (Investigador Auxiliar) of ITQB-UNL Membro | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2005/11 - 2005/11 | Member of the selection committee for a Research position (Investigador Auxiliar) of ITQB-UNL Membro | Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal | 
| 2005/06 - 2005/06 | Member of the selection committee for two Research positions of the Associated Laboratory ITQB/IGC/IBET Membro | |
| 2003/10 - 2003/10 | Member of the selection committee for four Research positions of the Associated Laboratory ITQB/IGC/IBET Membro | |
| 2003/09 - 2003/09 | Member of the selection committee for the Research position in Protein Crystallography of the Associated Laboratory REQUIMTE
                                 (FCT-UNL, Portugal) Membro | REQUIMTE Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal | 
Outro júri / avaliação
| Descrição da atividade | Instituição / Organização | |
|---|---|---|
| 2018 - Atual | Member the Editorial Board of the FEBS Open Bio Journal | |
| 2013 - Atual | Member the Editorial Board of the Scientific Reports Journal | |
| 2012 - Atual | Member the Editorial Board of the PLOS One Journal | |
| 2019 - 2022 | Member (2019) and Vice-Chair (2020 and 2021) of the EX4 (Human biology and medical sciences) discipline panel for evalution of EXPRO Grants. Czech Science Foundation | Akademie ved Ceske republiky, República Checa | 
| 2020 - 2021 | Member of the International Review Panel evaluating research proposals for the National Science Centre | National Science Centre, Polónia | 
| 2017 - 2019 | Evaluator of Second Triennium Pos-doctoral Fellowship proposals | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P., Portugal | 
| 2011 - 2019 | Member of the Editorial Board of the Biophysical Reviews Journal | |
| 2018 - 2018 | Evaluator of proposals for the Innovate Competition of the IMed Conference | |
| 2016 - 2018 | Chair of the Experimental Biology and Biochemistry panel for the national evaluation of PhD and Post-Doctoral Fellowships | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P., Portugal | 
| 2017 - 2017 | Evaluation of two projects from the National Science Centre | Narodowe Centrum Nauki, Polónia | 
| 2017 - 2017 | Evaluation of one project from the Deutsche Forschungsgemeinschaft (German Research Foundation) on the Emmy Noether Programme | Deutsche Forschungsgemeinschaft, Alemanha | 
| 2017 - 2017 | Evaluation one individual proposal (36 months) from the Deutsche Forschungsgemeinschaft (German Research Foundation) | Deutsche Forschungsgemeinschaft, Alemanha | 
| 2016 - 2016 | Evaluation of one project from the United States-Israel Binational Science Foundation | Binational Science Foundation, Israel | 
| 2016 - 2016 | Evaluation of one project from the National Science Centre | Narodowe Centrum Nauki, Polónia | 
| 2015/11 - 2015/11 | Evaluation of Marie Curie fellowships - H2020-MSCA-IF-2015 call | |
| 2013/10 - 2013/10 | Evaluation of Marie Curie fellowships - FP7-PEOPLE-2013-IEF-IIF-IOF LIF call | |
| 2013/07 - 2013/07 | Evaluation of FP7 ERA Chairs | |
| 2013/01 - 2013/02 | Member of the jury of the Santander Totta – Universidade Nova de Lisboa award, 2012/2013 Edition | |
| 2013 - 2013 | Evaluation of one project from the National Science Centre | Narodowe Centrum Nauki, Polónia | 
| 2013 - 2013 | Evaluation of one project for the Austrian Science Fund | Fonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung, Áustria | 
| 2012/10 - 2012/10 | Evaluation of Marie Curie fellowships - FP7-PEOPLE-2012-IEF-IIF-IOF LIF call | |
| 2012/08 - 2012/08 | Evaluation of a project from the Romanian National Research Council | |
| 2012/07 - 2012/07 | Evaluation of National Fundação para a Ciência e Tecnologia PhD and Post-Doctoral fellowships - Biological Sciences Panel | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P., Portugal | 
| 2012/07 - 2012/07 | Evaluation of a project from the American Chemical Society Petroleum Research Fund | American Chemical Society, Estados Unidos | 
| 2012/04 - 2012/04 | Evaluation of Marie Curie Career Integration Grants - FP7-PEOPLE-2012-CIG call | |
| 2012 - 2012 | Evaluation of two projects from the National Science Center, Poland | |
| 2011/10 - 2011/10 | Evaluation of Marie Curie fellowships - FP7-PEOPLE-2011-IEF-IIF-IOF LIF call | |
| 2011/04 - 2011/04 | Evaluation of Marie Curie Career Integration Grants - FP7-PEOPLE-2011-CIG call | |
| 2011 - 2011 | Evaluation of a project from the National Science Foundation | National Science Foundation, Estados Unidos | 
| 2011 - 2011 | Evaluation of a project from the Emmy Noether-Programm Nachwuchsgrupper Neuantrag | Deutsche Forschungsgemeinschaft, Alemanha | 
| 2011 - 2011 | Evaluation of two projects for the Austrian Science Fund | Fonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung, Áustria | 
| 2011 - 2011 | Evaluation of two research projects for the Cyprus Research Promotion Foundation | Cyprus Research Promotion Foundation, Chipre | 
| 2011 - 2011 | Evaluation of a research proposal from Agência de Inovação | Agência Nacional de Inovação SA, Portugal | 
| 2007 - 2011 | Evaluation of projects PICT | Agencia Nacional De Promoción Científica Y Tecnológica, Argentina | 
| 2010/10 - 2010/10 | Evaluation of Marie Curie fellowships - FP7-PEOPLE-2010-IEF-IIF-IOF LIF call | |
| 2009/10 - 2009/10 | Evaluation of Marie Curie fellowships - FP7-PEOPLE-2009-IEF-IIF-IOF LIF call | |
| 2009 - 2009 | Evaluation of a project from the NWO Grant Agency of The Netherlands | Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek, Países Baixos | 
| 2008/10 - 2008/10 | Evaluation of Marie Curie fellowships - FP7-PEOPLE-IEF/IOF/IIF-2008 LIF call | |
| 2008 - 2008 | Evaluation of a project from the Grant Agency | Akademie ved Ceske republiky, República Checa | 
| 2006/04 - 2006/05 | Evaluation of Marie Curie fellowships - FP6-Mobility-5/6/7 LIF call | |
| 2005/02 - 2005/03 | Evaluation of Marie Curie Research Training Networks - FP6-2004-Mobility-1 call | |
| 2004/05 - 2004/05 | Evaluation of FP6-NEST research projects | |
| 2004/02 - 2004/03 | Evaluation of Marie Curie Research Training Networks - FP6-2002-Mobility-1 call | 
Distinções
            Outra distinção
| 2023 | Oeiras Municipal Medal of Merit, Gold Grade (Medalha Municipal de Mérito, grau ouro) Camara Municipal Oeiras, Portugal | 
