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- In 2003, I completed a Ph.D. in BioOrganic Chemistry at the Univ. of Bern, CH. In the following 6 years, as a pos-doc at ITQB-­UNL, I completely changed my scientific path to a new field, towards molecular modeling and simulation. In 2009, I was awarded my first FCT-funded contract as an independent researcher at the Faculty of Sciences, Univ. of Lisbon (FCUL), and the Machuqueiro Lab (http://mms.rd.ciencias.ulisboa.pt) was born. Since then, I have consolidated my scientific independence and transitioned to a group leader status, supported by the funding obtained over the years and the collaboration of many bright young students that have since joined the group. - During my research career, I have authored and co-authored 87 papers/book chapters in high-impact peer-­reviewed international journals (46 were published since 2018), an h-index of 29 (in G.Scholar), and a total number of citations of ~2700, giving an average of ~31 citations per paper. I also supervised 5 postdoc researchers (3 since 2018), 11 Ph.D. theses (4 completed & 7 are ongoing), and 19 MSc theses (10 since 2018). I have secured 3 FCT-funded projects as a PI (PTDC/QUI­BIQ/113721/2009: 150k Euros; PTDC/QEQ­COM/5904/2014: 185k Euros; and 2021.09635.CPCA: 12k Euros), 5 as co-PI/Team member (total: 656k Euros; ~100k for my group), which supported the creation of a competitive computational infrastructure (the BioISI cluster with ~2500 cores & ~40 GPU units), which I manage and is currently being shared with several groups of my research unit (BioISI). - My work on the development of constant­-pH MD methodologies applied to the water/membrane interface has become internationally recognized in the area of biomolecular electrostatics. This internationalization is clearly illustrated by the invitation to become editor of PlosOne, JCBC, and JMBi, and to review papers in very prestigious journals like JACS, JCTC, JCIM, Nature Sci. Rep., Biochemistry, JPhysChemLett, JPhysChemB, PlosOne, etc. I have also been invited to give talks at several expert meetings in the USA (''Proton Transfer in Biology'', 2010, CO; ''ACS Fall Meeting'', 2013, Indianapolis, IN; and the ''Protein Electrostatics'' (PE) in 2017, 2019, and 2022, Telluride, CO), and in Europe (''PE'' meetings, 2014, Lisbon, PT; 2016, Berlin, DE; 2018, Belgrade, SR; 2021, Genova, IT, ''webinar''), and 2023, Genova, IT. In addition, I have ~30 other invited oral presentations in national and international venues. In 2014, I organized the international ''Protein Electrostatics'' meeting where the most influential researchers in this field gathered in Lisbon. I have represented Portugal in the management committee of two COST Actions, CM1102 ''MultiGlycoNano'' and CA21162 ¿COZYME¿, which just started. I am also a member of 2 other COST Actions (CA18113 and CA21164). I was involved in an NIH grant approval (R01GM073857) in collaboration with Prof. Don Engelman (Yale) and I am also a member of the local cluster at FC.ID/ULisboa for HORIZON-WIDERA-2021-ACCESS-03, Project ID: 101079147 "Twinning for excellence in biophysics of protein interactions and self-assembly (TWIN2PIPSA)". I have a long tradition of participating in presentations for university students, intended to give an overview of the biomolecular modeling scientific area. Concerning the general public, I regularly participate in school presentations, public exhibitions, and other events.
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Miguel Machuqueiro

Nomes de citação

  • Machuqueiro, Miguel

Identificadores de autor

Ciência ID
D416-CB5B-AC3D
ORCID iD
0000-0001-6923-8744
Google Scholar ID
vMBlK7AAAAAJ
Researcher Id
C-8012-2011
Scopus Author Id
57221975472

Telefones

Telefone
  • 217500112 (Profissional)

Moradas

  • Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa. Campo Grande, Edifício C8 (sala 8.5.52), 1749-016, Lisboa, Lisboa, Portugal (Profissional)

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Bioquímica

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Francês Utilizador elementar (A1) Utilizador independente (B1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1)
Espanhol; Castelhano Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1) Utilizador elementar (A1) Utilizador independente (B1)
Italiano Utilizador elementar (A1) Utilizador independente (B1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1)
Alemão Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1)
Formação
Grau Classificação
2003/04/24
Concluído
 Doutoramento em Química Bioorgânica (Doutoramento)
Universidade de Berna, Suiça
"Chemical Models of Zinc-dependent Enzymes: Methyltransferases and Class II Aldolases" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 5 (0-6)
1998/06/30
Concluído
 Bioquímica (Licenciatura)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
"Simulação do Ciclo de Oxidação e Redução das Ubiquinonas num Modelo de Transporte Electrónico - Aplicação ao Peroxissoma" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 15 (0-20)
Percurso profissional

Docência no Ensino Superior

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2014/06/15 - 2019/04/30 Professor Auxiliar Convidado (Docente Universitário) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2019/05/01 - Atual Investigador Auxiliar (CEEC-IND 2017) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
(...)
2009/06/15 - 2014/06/14 Investigador Auxiliar (Ciência 2008) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2006/09/16 - 2009/06/14 Pós-Doutoramento (2º triénio) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2003/09/01 - 2006/09/15 Pós-Doutoramento (1º triénio) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
1999/04/09 - 2003/04/24 Doutoramento em Química Bioorgânica Universidade de Berna, Suiça
Universidade de Berna, Suiça
1996/10/01 - 1998/06/30 Estágio de Licenciatura em Bioquímica (FCUL) Instituto Rocha Cabral, Portugal
Instituto Rocha Cabral, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2022/03/01 - 2023/02/28 A fast deep learning approach to improve protein pKa predictions
2021.09635.CPCA
Investigador responsável
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2001/04/01 - 2003/03/31 Model Studies of Zn-dependent Methyltransferases
63802
Bolseiro de Doutoramento
Schweizerischer Nationalfonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung
Concluído
1999/04/01 - 2001/03/31 Model Studies of Zn-dependent Methyltransferases
54130
Bolseiro de Doutoramento
Schweizerischer Nationalfonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung
Concluído

Projeto

Designação Financiadores
2019/09 - Atual Understanding and exploiting the impacts of low pH on micro-organisms - EuroMicropH
CMST COST Action CA18113
Investigador
European Commission
Em curso
2019 - Atual Physical Basis of Disease: The case of Dialysis Related Amyloidosis
PTDC/FIS-OUT/28210/2017
Investigador
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2019 - Atual Uncovering blind spots in halogen bonding applications
PTDC/QUI-QFI/28455/2017
Investigador
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2019 - Atual Deal with PAINS: strategies to identify membrane modulators
PTDC/BIA-BFS/28419/2017
Investigador
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2019 - Atual Targeting multi-resistant tuberculosis with new potent isoniazid derivatives: an integrated medicinal chemistry approach
PTDC/MED-QUI/29036/2017
Investigador
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2018/09 - Atual EUropean TOPology Interdisciplinary Action - Eutopia
CMST COST Action CA17139
Investigador
European Commission
Em curso
2018/09 - Atual New diagnostic and therapeutic tools against multidrug resistant tumors - Stratagem
CMST COST Action CM17104
Investigador
European Commission
Em curso
2023/05/01 - 2024/04/30 In silico study of peptidic dendrimers as transfection agents in RNA vaccines
2022.15878.CPCA
Investigador responsável
Universidade de Lisboa Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2021/03/01 - 2024/02/29 Fármacos de ruténio-péptido: flechas para alvejar seletivamente o cancro da mama
PTDC/QUI-QIN/0146/2020
Investigador
Universidade de Lisboa Centro de Química Estrutural, Portugal

Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal

Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2016/04/01 - 2019/09/30 CpHMD-L simulations of pHLIP peptides: design of new tumor-targeted drug delivery systems
Provided by PTCRIS: 144544
Investigador responsável
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2013/07 - 2016/06 Increasing the realism of membrane modelling in constant-pH molecular dynamics methods: inclusion of electrochemical gradients and lipid titration
Provided by PTCRIS: 126847
126847
Investigador
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
Concluído
2011/01/01 - 2014/06/30 Adding realism to the molecular modeling of lipidic membranes: inclusion of pH effects
113721
Provided by PTCRIS: 113721
Investigador responsável
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
Concluído
2010/01 - 2013/06 Understanding structure-activity relationships in peptide dendrimers using a molecular modelling approach
Provided by PTCRIS: 100416
100416
Investigador
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
Concluído
2010/01 - 2013/06 Including protonation effects in the simulation of peptides and proteins in membrane environments
Provided by PTCRIS: 104378
104378
Investigador
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
Concluído
2010/01 - 2013/03 Study of pH-dependent protein misfolding using state-of-the-art molecular modeling methods
105238
Provided by PTCRIS: 105238
Investigador
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
Concluído
2006/10/15 - 2009/06/14 MEMBRANE-INDUCED STRUCTURAL CHANGES IN PROTEINS: A COMPUTER SIMULATION STUDY
SFRH/BPD/29358/2006
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2003/10/01 - 2006/09/30 EFEITO DO pH E DA OXI-REDUÇÃO NA ESTRUTURA E DINÂMICA DE BIOMOLÉCULAS: ESTUDOS DE MODELAÇÃO MOLECULAR
SFRH/BPD/14540/2003
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Nuno F. B. Oliveira; Filipe E. P. Rodrigues; João N. M. Vitorino; Patrícia F. N. Faísca; Miguel Machuqueiro. "Interfacial Dynamics and Growth Modes of ß2-Microglobulin Dimers". Journal of Chemical Information and Modeling (2023): https://doi.org/10.1021/acs.jcim.3c00399.
    10.1021/acs.jcim.3c00399
  2. Pedro M. S. Suzano; Ines D. S. Pires; Tomas F. D. Silva; Nuno F. B. Oliveira; Pedro B. P. S. Reis; Miguel Machuqueiro. "MembIT - a tool to calculate solute membrane insertions and deformations in molecular dynamics simulations". Journal of Computational Biophysics and Chemistry (2023): https://doi.org/10.1142/S2737416523500254.
    10.1142/S2737416523500254
  3. Maria João Álvaro-Martins; Violeta Railean; Filomena Martins; Miguel Machuqueiro; Rita Pacheco; Susana Santos. "Synthesis and the In Vitro Evaluation of Antitumor Activity of Novel Thiobenzanilides". Molecules (2023): https://doi.org/10.3390/molecules28041877.
    10.3390/molecules28041877
  4. Lucia Jimenez; Victor Mayoral-Varo; Carlos Amenábar; Judit Ortega; João G. N. Sequeira; Miguel Machuqueiro; Cristiana Mourato; et al. "Multiplexed cellular profiling identifies an organoselenium compound as an inhibitor of CRM1 -mediated nuclear export". Traffic (2022): https://doi.org/10.1111/tra.12872.
    10.1111/tra.12872
  5. Tomás F. D. Silva; Diogo Vila-Viçosa; Miguel Machuqueiro. "Increasing the Realism of in Silico pHLIP Peptide Models with a Novel pH Gradient CpHMD Method". Journal of Chemical Theory and Computation (2022): https://doi.org/10.1021/acs.jctc.2c00880.
    10.1021/acs.jctc.2c00880
  6. Claudia Istrate; Jéssica Marques; Pedro Bule; Sílvia Correia; Frederico Aires-da-Silva; Marlene Duarte; Ana Luísa Reis; et al. "In Silico Characterization of African Swine Fever Virus Nucleoprotein p10 Interaction with DNA". Viruses (2022): https://doi.org/10.3390/v14112348.
    10.3390/v14112348
  7. João G. N. Sequeira; Filipe E. P. Rodrigues; Telmo G. D. Silva; Pedro B. P. S. Reis; Miguel Machuqueiro. "Extending the Stochastic Titration CpHMD to CHARMM36m". The Journal of Physical Chemistry B (2022): https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.2c04529.
    10.1021/acs.jpcb.2c04529
  8. Pedro B.P.S. Reis; Marco Bertolini; Floriane Montanari; Walter Rocchia; Miguel Machuqueiro; Djork-Arné Clevert. "A Fast and Interpretable Deep Learning Approach for Accurate Electrostatics-Driven pKa Predictions in Proteins". Journal of Chemical Theory and Computation (2022): https://doi.org/10.1021/acs.jctc.2c00308.
    10.1021/acs.jctc.2c00308
  9. Pedro R. Magalhães; Pedro B. P. S. Reis; Diogo Vila-Viçosa; Miguel Machuqueiro; Bruno L. Victor. "Optimization of an in Silico Protocol Using Probe Permeabilities to Identify Membrane Pan-Assay Interference Compounds". Journal of Chemical Information and Modeling (2022): https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c00372.
    10.1021/acs.jcim.2c00372
  10. Nuno F. B. Oliveira; Miguel Machuqueiro. "Novel US-CpHMD Protocol to Study the Protonation-Dependent Mechanism of the ATP/ADP Carrier". Journal of Chemical Information and Modeling (2022): https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c00233.
    10.1021/acs.jcim.2c00233
  11. Viegas, Rui M. C.; Mestre, Ana S.; Mesquita, Elsa; Machuqueiro, Miguel; Andrade, Marta A.; Carvalho, Ana P.; Rosa, Maria João. Autor correspondente: Mestre, Ana S.. "Key Factors for Activated Carbon Adsorption of Pharmaceutical Compounds from Wastewaters: A Multivariate Modelling Approach". Water 14 2 (2022): 166. http://dx.doi.org/10.3390/w14020166.
    Publicado • 10.3390/w14020166
  12. Reis, Pedro B P S; Clevert, Djork-Arné; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "pKPDB: a protein data bank extension database of pKa and pI theoretical values". Bioinformatics 38 1 (2022): 297-298. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btab518.
    Publicado • 10.1093/bioinformatics/btab518
  13. Loureiro, Joana B.; Ribeiro, Rita; Nazareth, Nair; Ferreira, Tiago; Lopes, Elizabeth A.; Gama, Adelina; Machuqueiro, Miguel; et al. Autor correspondente: Saraiva, Lucília. "Mutant p53 reactivator SLMP53-2 hinders ultraviolet B radiation-induced skin carcinogenesis". Pharmacological Research 175 (2022): 106026. http://dx.doi.org/10.1016/j.phrs.2021.106026.
    Publicado • 10.1016/j.phrs.2021.106026
  14. Bueschbell, Beatriz; Caniceiro, Ana Beatriz; Suzano, Pedro M.S.; Machuqueiro, Miguel; Rosário-Ferreira, Nícia; Moreira, Irina S.. Autor correspondente: Moreira, Irina S.. "Network biology and artificial intelligence drive the understanding of the multidrug resistance phenotype in cancer". Drug Resistance Updates 60 (2022): 100811. http://dx.doi.org/10.1016/j.drup.2022.100811.
    Publicado • 10.1016/j.drup.2022.100811
  15. de Faria, Catarina Frazão; Moreira, Tânia; Lopes, Pedro; Costa, Henrique; Krewall, Jessica R.; Barton, Callie M.; Santos, Susana; et al. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Designing new antitubercular isoniazid derivatives with improved reactivity and membrane trafficking abilities". Biomedicine & Pharmacotherapy 144 (2021): 112362. http://dx.doi.org/10.1016/j.biopha.2021.112362.
    Publicado • 10.1016/j.biopha.2021.112362
  16. Rosário-Ferreira, Nícia; Baptista, Salete J.; Barreto, Carlos A. V.; Rodrigues, Filipe E. P.; Silva, Tomás F. D.; Ferreira, Sara G. F.; Vitorino, João N. M.; et al. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "In Silico End-to-End Protein–Ligand Interaction Characterization Pipeline: The Case of SARS-CoV-2". ACS Synthetic Biology 10 11 (2021): 3209-3235. http://dx.doi.org/10.1021/acssynbio.1c00368.
    Publicado • 10.1021/acssynbio.1c00368
  17. Silva, Tomás F. D.; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Improved Protocol to Tackle the pH Effects on Membrane-Inserting Peptides". Journal of Chemical Theory and Computation 17 7 (2021): 3830-3840. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.1c00020.
    Publicado • 10.1021/acs.jctc.1c00020
  18. Rodrigues, Filipe E. P.; Figueira, António J.; Gomes, Cláudio M.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Computational Analysis of the Interactions between the S100B Extracellular Chaperone and Its Amyloid ß Peptide Client". International Journal of Molecular Sciences 22 7 (2021): 3629. http://dx.doi.org/10.3390/ijms22073629.
    Publicado • 10.3390/ijms22073629
  19. Cristóvão, Joana S.; Moreira, Guilherme G.; Rodrigues, Filipe E. P.; Carapeto, Ana P.; Rodrigues, Mário S.; Cardoso, Isabel; Ferreira, António E. N.; et al. Autor correspondente: Gomes, Cláudio M.. "Cu2+-binding to S100B triggers polymerization of disulfide cross-linked tetramers with enhanced chaperone activity against amyloid-ß aggregation". Chemical Communications 57 3 (2021): 379-382. http://dx.doi.org/10.1039/d0cc06842j.
    Publicado • 10.1039/d0cc06842j
  20. Oliveira, Nuno F.B.; Rodrigues, Filipe E.P.; Vitorino, João N.M.; Loureiro, Rui J.S.; Faísca, Patrícia F.N.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Predicting stable binding modes from simulated dimers of the D76N mutant of ß2-microglobulin". Computational and Structural Biotechnology Journal 19 (2021): 5160-5169. http://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2021.09.003.
    Publicado • 10.1016/j.csbj.2021.09.003
  21. de Matos, Ana M.; Blázquez-Sánchez, M. Teresa; Bento-Oliveira, Andreia; de Almeida, Rodrigo F. M.; Nunes, Rafael; Lopes, Pedro E. M.; Machuqueiro, Miguel; et al. Autor correspondente: Rauter, Amélia P.. "Glucosylpolyphenols as Inhibitors of Aß-Induced Fyn Kinase Activation and Tau Phosphorylation: Synthesis, Membrane Permeability, and Exploratory Target Assessment within the Scope of Type 2 Diabetes and Alzheimer’s Disease". Journal of Medicinal Chemistry 63 20 (2020): 11663-11690. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jmedchem.0c00841.
    Publicado • 10.1021/acs.jmedchem.0c00841
  22. Reis, Pedro B. P. S.; Vila-Viçosa, Diogo; Rocchia, Walter; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "PypKa: A Flexible Python Module for Poisson–Boltzmann-Based pKa Calculations". Journal of Chemical Information and Modeling 60 10 (2020): 4442-4448. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00718.
    Publicado • 10.1021/acs.jcim.0c00718
  23. Oliveira, Nuno F. B.; Pires, Inês D. S.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Improved GROMOS 54A7 Charge Sets for Phosphorylated Tyr, Ser, and Thr to Deal with pH-Dependent Binding Phenomena". Journal of Chemical Theory and Computation 16 10 (2020): 6368-6376. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.0c00529.
    Publicado • 10.1021/acs.jctc.0c00529
  24. Dallavalle, Sabrina; Dobricic, Vladimir; Lazzarato, Loretta; Gazzano, Elena; Machuqueiro, Miguel; Pajeva, Ilza; Tsakovska, Ivanka; Zidar, Nace; Fruttero, Roberta. Autor correspondente: Fruttero, Roberta. "Improvement of conventional anti-cancer drugs as new tools against multidrug resistant tumors". Drug Resistance Updates 50 (2020): 100682. http://dx.doi.org/10.1016/j.drup.2020.100682.
    Publicado • 10.1016/j.drup.2020.100682
  25. Stark, Michal; Silva, Tomás F. D.; Levin, Guy; Machuqueiro, Miguel; Assaraf, Yehuda G.. Autor correspondente: Assaraf, Yehuda G.. "The Lysosomotropic Activity of Hydrophobic Weak Base Drugs is Mediated via Their Intercalation into the Lysosomal Membrane". Cells 9 5 (2020): 1082. http://dx.doi.org/10.3390/cells9051082.
    Publicado • 10.3390/cells9051082
  26. João Franco Machado; Miguel Machuqueiro; Fernanda Marques; M. Paula Robalo; M. Fátima M. Piedade; M. Helena Garcia; João D. G. Correia; et al. Autor correspondente: Morais, Tânia S.. "Novel “ruthenium cyclopentadienyl”–peptide conjugate complexes against human FGFR(+) breast cancer". Dalton Transactions 49 18 (2020): 5974-5987. https://doi.org/10.1039/D0DT00955E.
    Publicado • 10.1039/D0DT00955E
  27. Magalhães, P. R.; Machuqueiro, M.; Almeida, J. G.; Melo, J. G.; Cordeiro, M. N. D. S.; Cabo-Verde, S.; Gümüs, Z.H.; et al. Autor correspondente: Melo, R.. "Dynamical Rearrangement of Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 upon Antibody Binding: Effects on the Dimerization". Biomolecules 9 11 (2019): 706. http://dx.doi.org/10.3390/biom9110706.
    Publicado • 10.3390/biom9110706
  28. Laura Guedes; Pedro B. P. S. Reis; Miguel Machuqueiro; Asma Ressaissi; Rita Pacheco; Maria Luísa Serralheiro. Autor correspondente: Maria Luísa Serralheiro. "Bioactivities of Centaurium erythraea (Gentianaceae) Decoctions: Antioxidant Activity, Enzyme Inhibition and Docking Studies". Molecules (2019): https://doi.org/10.3390/molecules24203795.
    Publicado • 10.3390/molecules24203795
  29. Assaraf, Yehuda G.; Brozovic, Anamaria; Gonçalves, Ana Cristina; Jurkovicova, Dana; Line, Aija; Machuqueiro, Miguel; Saponara, Simona; et al. Autor correspondente: Vasconcelos, M. Helena. "The multi-factorial nature of clinical multidrug resistance in cancer". Drug Resistance Updates 46 (2019): 100645. http://dx.doi.org/10.1016/j.drup.2019.100645.
    Publicado • 10.1016/j.drup.2019.100645
  30. Rui J. S. Loureiro; Diogo Vila-Viçosa; Miguel Machuqueiro; Eugene I. Shakhnovich; Patrícia F. N. Faísca. Autor correspondente: Patrícia F. N. Faísca. "The Early Phase of ß2m Aggregation: An Integrative Computational Study Framed on the D76N Mutant and the ¿N6 Variant". Biomolecules (2019): https://doi.org/10.3390/biom9080366.
    Publicado • 10.3390/biom9080366
  31. Diogo Vila-Viçosa; Pedro B. P. S. Reis; António M. Baptista; Chris Oostenbrink; Miguel Machuqueiro. Autor correspondente: Diogo Vila-Viçosa. "A pH Replica Exchange Scheme in the Stochastic Titration Constant-pH MD Method". Journal of Chemical Theory and Computation (2019): https://doi.org/10.1021/acs.jctc.9b00030.
    Publicado • 10.1021/acs.jctc.9b00030
  32. Filipa Pires; Vananélia P. N. Geraldo; Bárbara Rodrigues; António de Granada-Flor; Rodrigo F. M. de Almeida; Osvaldo N. Oliveira, Jr.; Bruno L. Victor; Miguel Machuqueiro; Maria Raposo. Autor correspondente: Maria Raposo. "Evaluation of EGCG Loading Capacity in DMPC Membranes". Langmuir (2019): https://doi.org/10.1021/acs.langmuir.9b00372.
    Publicado • 10.1021/acs.langmuir.9b00372
  33. Quintal, Susana; Pires da Silva, Maria João; Martins, Soraia R. M.; Sales, Rita; Félix, Vítor; Drew, Michael G. B.; Meireles, Margarida; et al. Autor correspondente: Calhorda, Maria José. "Molybdenum(ii) complexes with p-substituted BIAN ligands: synthesis, characterization, biological activity and computational study". Dalton Transactions 48 23 (2019): 8449-8463. http://dx.doi.org/10.1039/c9dt00469f.
    Publicado • 10.1039/c9dt00469f
  34. Catarina Dias; João P. Pais; Rafael Nunes; Maria-Teresa Blázquez-Sánchez; Joaquim T. Marquês; Andreia F. Almeida; Patrícia Serra; et al. Autor correspondente: Amélia P. Rauter. "Sugar-based bactericides targeting phosphatidylethanolamine-enriched membranes". Nature Communications 9 1 (2018): https://doi.org/10.1038/s41467-018-06488-4.
    Publicado • 10.1038/s41467-018-06488-4
  35. Tomás F. D. Silva; Diogo Vila-Viçosa; Pedro B. P. S. Reis; Bruno L. Victor; Matthias Diem; Chris Oostenbrink; Miguel Machuqueiro. Autor correspondente: Miguel Machuqueiro. "The Impact of Using Single Atomistic Long-Range Cutoff Schemes with the GROMOS 54A7 Force Field". Journal of Chemical Theory and Computation (2018): https://doi.org/10.1021/acs.jctc.8b00758.
    Publicado • 10.1021/acs.jctc.8b00758
  36. Rafael Nunes; Diogo Vila-Viçosa; Miguel Machuqueiro; Paulo J. Costa. Autor correspondente: Paulo J. Costa. "Biomolecular Simulations of Halogen Bonds with a GROMOS Force Field". Journal of Chemical Theory and Computation (2018): https://doi.org/10.1021/acs.jctc.8b00278.
    Publicado • 10.1021/acs.jctc.8b00278
  37. Helena Gaspar; Soraia Bronze; Catarina Oliveira; Bruno L. Victor; Miguel Machuqueiro; Rita Pacheco; Maria João Caldeira; Susana Santos. Autor correspondente: Susana Santos. "Proactive response to tackle the threat of emerging drugs: Synthesis and toxicity evaluation of new cathinones". Forensic Science International 290 (2018): 146-156. https://doi.org/10.1016/j.forsciint.2018.07.001.
    Publicado • 10.1016/j.forsciint.2018.07.001
  38. Diogo Vila-Viçosa; Tomás F. D. Silva; Gregory Slaybaugh; Yana K. Reshetnyak; Oleg A. Andreev; Miguel Machuqueiro. Autor correspondente: Miguel Machuqueiro. "Membrane-Induced pKa Shifts in wt-pHLIP and Its L16H Variant". Journal of Chemical Theory and Computation (2018): https://doi.org/10.1021/acs.jctc.8b00102.
    Publicado • 10.1021/acs.jctc.8b00102
  39. Pedro B. P. S. Reis; Diogo Vila-Viçosa; Sara R. R. Campos; António M. Baptista; Miguel Machuqueiro. Autor correspondente: Miguel Machuqueiro. "Role of Counterions in Constant-pH Molecular Dynamics Simulations of PAMAM Dendrimers". ACS Omega (2018): https://doi.org/10.1021/acsomega.7b01708.
    Publicado • 10.1021/acsomega.7b01708
  40. Marques, S. C. R.; Mestre, A. S.; Machuqueiro, M.; Gotvajn, A. Z.; Marinsek, M.; Carvalho, A. P.; Marques, S.C.R.; et al. Autor correspondente: Carvalho, A. P.. "Apple tree branches derived activated carbons for the removal of beta-blocker atenolol". Chemical Engineering Journal Accepted (2018): 669-678. https://doi.org/10.1016/j.cej.2018.01.076.
    Publicado • https://doi.org/10.1016/j.cej.2018.01.076
  41. Filipe, Hugo A L; Sousa, Carla; Marques, Joaquim T; Vila-Vicosa, Diogo; de Granada-Flor, Antonio; Viana, Ana S; Santos, M Soledade C S; Machuqueiro, Miguel; de Almeida, Rodrigo F M. Autor correspondente: de Almeida, Rodrigo F M. "Differential targeting of membrane lipid domains by caffeic acid and its ester derivatives.". Free radical biology & medicine 115 (2018): 232-245. http://dx.doi.org/10.1016/j.freeradbiomed.2017.12.002.
    Publicado • 10.1016/j.freeradbiomed.2017.12.002
  42. Brito, Elsa; Gomes, Emma; Fale, Pedro L; Borges, Carlos; Pacheco, Rita; Teixeira, Vitor; Machuqueiro, Miguel; Ascensao, Lia; Serralheiro, Maria Luisa M. Autor correspondente: Fale, Pedro L. "Bioactivities of decoctions from Plectranthus species related to their traditional use on the treatment of digestive problems and alcohol intoxication.". Journal of ethnopharmacology 220 (2018): 147-154. https://doi.org/10.1016/j.jep.2018.04.006.
    Publicado • 10.1016/j.jep.2018.04.006
  43. Jesus, Ana R.; Vila-Vicosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Marques, Ana P.; Dore, Timothy M.; Rauter, Amelia P.. Autor correspondente: Dore, Timothy M.. "Targeting Type 2 Diabetes with C-Glucosyl Dihydrochalcones as Selective Sodium Glucose Co-Transporter 2 (SGLT2) Inhibitors: Synthesis and Biological Evaluation". Journal of Medicinal Chemistry 60 2 (2017): 568-579. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jmedchem.6b01134.
    Publicado • 10.1021/acs.jmedchem.6b01134
  44. Machuqueiro, Miguel; Victor, Bruno; Switala, Jacek; Villanueva, Jacylyn; Rovira, Carme; Fita, Ignacio; Loewen, Peter C.. Autor correspondente: Loewen, Peter C.. "The Catalase Activity of Catalase-Peroxidases Is Modulated by Changes in the pK(a) of the Distal Histidine". Biochemistry 56 17 (2017): 2271-2281. http://dx.doi.org/10.1021/acs.biochem.6b01276.
    Publicado • 10.1021/acs.biochem.6b01276
  45. Vila-Vicosa, Diogo; Victor, Bruno L.; Ramos, Jorge; Machado, Diana; Viveiros, Miguel; Switala, Jacek; Loewen, Peter C.; et al. Autor correspondente: Martins, Filomena. "Insights on the Mechanism of Action of INH-C-10 as an Antitubercular Prodrug". Molecular Pharmaceutics 14 12 (2017): 4597-4605. http://dx.doi.org/10.1021/acs.molpharmaceut.7b00719.
    Publicado • 10.1021/acs.molpharmaceut.7b00719
  46. Ressaissi, Asma; Attia, Nebil; Fale, Pedro Luis; Pacheco, Rita; Victor, Bruno L.; Machuqueiro, Miguel; Serralheiro, Maria Luisa M.. Autor correspondente: Serralheiro, Maria Luisa M.. "Isorhamnetin derivatives and piscidic acid for hypercholesterolemia: cholesterol permeability, HMG-CoA reductase inhibition, and docking studies". Archives of Pharmacal Research 40 11 (2017): 1278-1286. https://doi.org/10.1007/s12272-017-0959-1.
    Publicado • 10.1007/s12272-017-0959-1
  47. Loureiro, Rui J. S.; Vila-Vicosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Shakhnovich, Eugene I.; Faisca, Patricia F. N.. Autor correspondente: Faisca, Patricia F. N.. "A tale of two tails: The importance of unstructured termini in the aggregation pathway of beta 2-microglobulin". Proteins-Structure Function and Bioinformatics 85 11 (2017): 2045-2057. http://dx.doi.org/10.1002/prot.25358.
    Publicado • 10.1002/prot.25358
  48. Silva, Leticia; Rodrigues, Ana Margarida; Ciriani, Marina; Vieira Fale, Pedro Luis; Teixeira, Vitor; Madeira, Paulo; Machuqueiro, Miguel; et al. Autor correspondente: Marques Serralheiro, Maria Luisa. "Antiacetylcholinesterase activity and docking studies with chlorogenic acid, cynarin and arzanol from Helichrysum stoechas (Lamiaceae)". Medicinal Chemistry Research 26 11 (2017): 2942-2950. http://dx.doi.org/10.1007/s00044-017-1994-7.
    Publicado • 10.1007/s00044-017-1994-7
  49. Filipe, Luis C. S.; Campos, Sara R. R.; Machuqueiro, Miguel; Darbre, Tamis; Baptista, Antonio M.. Autor correspondente: Baptista, Antonio M.. "Structuring Peptide Dendrimers through pH Modulation and Substrate Binding". Journal of Physical Chemistry B 120 38 (2016): 10138-10152. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcb.6b05905.
    Publicado • 10.1021/acs.jpcb.6b05905
  50. Teixeira, Vitor H.; Capacho, Ana Sofia C.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "The role of electrostatics in TrxR electron transfer mechanism: A computational approach". Proteins-Structure Function and Bioinformatics 84 12 (2016): 1836-1843. http://dx.doi.org/10.1002/prot.25166.
    Publicado • 10.1002/prot.25166
  51. Vilas-Boas, Filipe; Bagulho, Ana; Tenente, Rita; Teixeira, Vitor H.; Martins, Gabriel; da Costa, Goncalo; Jeronimo, Ana; et al. Autor correspondente: Real, Carla. "Hydrogen peroxide regulates cell adhesion through the redox sensor RPSA". Free Radical Biology and Medicine 90 (2016): 145-157. http://dx.doi.org/10.1016/j.freeradbiomed.2015.11.019.
    Publicado • 10.1016/j.freeradbiomed.2015.11.019
  52. Teixeira, Vitor H.; Vila-Vicosa, Diogo; Reis, Pedro B. P. S.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "pKa Values of Titrable Amino Acids at the Water/Membrane Interface". Journal of Chemical Theory and Computation 12 3 (2016): 930-934. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.5b01114.
    Publicado • 10.1021/acs.jctc.5b01114
  53. Ressaissi, A.; Attia, N.; Falé, P. L. V.; Pacheco, R.; Teixeira, V. H.; Machuqueiro, M.; Borges, C.; Serralheiro, M. L. M.. Autor correspondente: Serralheiro, M. L. M.. "Aqueous extracts from nopal (Opuntia Ficus-Indica): antiacetylcholinesterase and antioxidant activity from phenolic bioactive compounds". Int J Green Herb Chem 5 (2016): 337-348. http://ijghc.com/download_frontend.php?id=205&table=Green%20Chemistry.
    Publicado
  54. Filipe, Luis C. S.; Machuqueiro, Miguel; Darbre, Tamis; Baptista, Antonio M.. Autor correspondente: Baptista, Antonio M.. "Exploring the Structural Properties of Positively Charged Peptide Dendrimers". Journal of Physical Chemistry B 120 43 (2016): 11323-11330. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcb.6b09156.
    Publicado • 10.1021/acs.jpcb.6b09156
  55. Magalhaes, Pedro R.; Machuqueiro, Miguel; Baptista, Antonio M.. Autor correspondente: Baptista, Antonio M.. "Constant-pH Molecular Dynamics Study of Kyotorphin in an Explicit Bilayer". Biophysical Journal 108 9 (2015): 2282-2290. http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2015.03.052.
    Publicado • 10.1016/j.bpj.2015.03.052
  56. Teixeira, Vitor H.; Ventura, Cristina; Leitao, Ruben; Rafols, Clara; Bosch, Elisabeth; Martins, Filomena; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Molecular Details of INH-C-10 Binding to wt KatG and Its S315T Mutant". Molecular Pharmaceutics 12 3 (2015): 898-909. http://dx.doi.org/10.1021/mp500736n.
    Publicado • 10.1021/mp500736n
  57. Vila-Vicosa, Diogo; Teixeira, Vitor H.; Baptista, Antonio M.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Constant-pH MD Simulations of an Oleic Acid Bilayer". Journal of Chemical Theory and Computation 11 5 (2015): 2367-2376. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.5b00095.
    Publicado • 10.1021/acs.jctc.5b00095
  58. Santos, Hugo A. F.; Vila-Vicosa, Diogo; Teixeira, Vitor H.; Baptista, Antonio M.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Constant-pH MD Simulations of DMPA/DMPC Lipid Bilayers". Journal of Chemical Theory and Computation 11 12 (2015): 5973-5979. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.5b00956.
    Publicado • 10.1021/acs.jctc.5b00956
  59. Carvalheda, C.A.; Campos, S.R.R.; Machuqueiro, M.; Baptista, A.M.. "Correction to "structural effects of pH and deacylation on surfactant protein C in an organic solvent mixture: A constant-pH MD study"". Journal of Chemical Information and Modeling 55 1 (2015): 206-206. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84921826482&partnerID=MN8TOARS.
    10.1021/ci5007454
  60. Vila-Vicosa, Diogo; Francesconi, Oscar; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Why a diaminopyrrolic tripodal receptor binds mannosides in acetonitrile but not in water?". Beilstein Journal of Organic Chemistry 10 (2014): 1513-1523. http://dx.doi.org/10.3762/bjoc.10.156.
    Publicado • 10.3762/bjoc.10.156
  61. Teixeira, Vitor H.; Vila-Vicosa, Diogo; Baptista, Antonio M.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Protonation of DMPC in a Bilayer Environment Using a Linear Response Approximation". Journal of Chemical Theory and Computation 10 5 (2014): 2176-2184. http://dx.doi.org/10.1021/ct5000082.
    Publicado • 10.1021/ct5000082
  62. Vila-Vicosa, Diogo; Teixeira, Vitor H.; Santos, Hugo A. F.; Baptista, Antonio M.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Treatment of Ionic Strength in Biomolecular Simulations of Charged Lipid Bilayers". Journal of Chemical Theory and Computation 10 12 (2014): 5483-5492. http://dx.doi.org/10.1021/ct500680q.
    Publicado • 10.1021/ct500680q
  63. Estacio, Silvia G.; Krobath, Heinrich; Vila-Vicosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Shakhnovich, Eugene I.; Faisca, Patricia F. N.. Autor correspondente: Faisca, Patricia F. N.. "A Simulated Intermediate State for Folding and Aggregation Provides Insights into Delta N6 beta(2)-Microglobulin Amyloidogenic Behavior". Plos Computational Biology 10 5 (2014): http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003606.
    Publicado • 10.1371/journal.pcbi.1003606
  64. Mestre, Ana S.; Machuqueiro, Miguel; Silva, Mariline; Freire, Ruben; Fonseca, Isabel M.; Santos, M. Soledade C. S.; Calhorda, Maria Jose; Carvalho, Ana P.. Autor correspondente: Carvalho, Ana P.. "Influence of activated carbons porous structure on iopamidol adsorption". Carbon 77 (2014): 607-615. http://dx.doi.org/10.1016/j.carbon.2014.05.065.
    Publicado • 10.1016/j.carbon.2014.05.065
  65. Martins, Alice; Santos, Maria S.; Dias, Catarina; Serra, Patricia; Cachatra, Vasco; Pais, Joao; Caio, Joao; et al. Autor correspondente: Rauter, Amelia P.. "Tuning the Bioactivity of Tensioactive Deoxy Glycosides to Structure: Antibacterial Activity Versus Selective Cholinesterase Inhibition Rationalized by Molecular Docking". European Journal of Organic Chemistry 8 (2013): 1448-1459. http://dx.doi.org/10.1002/ejoc.201201520.
    10.1002/ejoc.201201520
  66. Filipe, Luis C. S.; Machuqueiro, Miguel; Darbre, Tamis; Baptista, Antonio M.. Autor correspondente: Baptista, Antonio M.. "Unraveling the Conformational Determinants of Peptide Dendrimers Using Molecular Dynamics Simulations". Macromolecules 46 23 (2013): 9427-9436. http://dx.doi.org/10.1021/ma401574b.
    Publicado • 10.1021/ma401574b
  67. Vila-Vicosa, Diogo; Teixeira, Vitor H.; Santos, Hugo A. F.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Conformational Study of GSH and GSSG Using Constant-pH Molecular Dynamics Simulations". Journal of Physical Chemistry B 117 25 (2013): 7507-7517. http://dx.doi.org/10.1021/jp401066v.
    Publicado • 10.1021/jp401066v
  68. Carvalheda, Catarina A.; Campos, Sara R. R.; Machuqueiro, Miguel; Baptista, Antonio M.. Autor correspondente: Baptista, Antonio M.. "Structural Effects of pH and Deacylation on Surfactant Protein C in an Organic Solvent Mixture: A Constant-pH MD Study". Journal of Chemical Information and Modeling 53 11 (2013): 2979-2989. http://dx.doi.org/10.1021/ci400479c.
    Publicado • 10.1021/ci400479c
  69. Henriques, Joao; Costa, Paulo J.; Calhorda, Maria Jose; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Charge Parametrization of the DvH-c(3) Heme Group: Validation Using Constant-(pH,E) Molecular Dynamics Simulations". Journal of Physical Chemistry B 117 1 (2013): 70-82. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000313220600008&KeyUID=WOS:000313220600008.
    Publicado • 10.1021/jp3082134
  70. Vila-Vicosa, Diogo; Campos, Sara R. R.; Baptista, Antonio M.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Reversibility of Prion Misfolding: Insights from Constant-pH Molecular Dynamics Simulations". Journal of Physical Chemistry B 116 30 (2012): 8812-8821. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000306989800009&KeyUID=WOS:000306989800009.
    Publicado • 10.1021/jp3034837
  71. Gamelas, Carla A.; Bandeira, Nuno A. G.; Pereira, Claudia C. L.; Calhorda, Maria Jose; Herdtweck, Eberhardt; Machuqueiro, Miguel; Romao, Carlos C.; Veiros, Luis F.. Autor correspondente: Calhorda, Maria Jose. "Indenyl ring slippage in crown thioether complexes [IndMo(CO)2L]+ and C-S activation of trithiacyclononane: Experimental and theoretical studies". Dalton Transactions 40 40 (2011): 10513-10525. http://dx.doi.org/10.1039/C1DT10607D.
    10.1039/c1dt10607d
  72. Machuqueiro, Miguel; Baptista, Antonio M.. Autor correspondente: Baptista, Antonio M.. "Is the prediction of pK(a) values by constant-pH molecular dynamics being hindered by inherited problems?". Proteins-Structure Function and Bioinformatics 79 12 (2011): 3437-3447. http://dx.doi.org/10.1002/prot.23115.
    Publicado • 10.1002/prot.23115
  73. Filipe, LCS; Machuqueiro, M; Baptista, AM. Autor correspondente: Baptista, AM. "Unfolding the Conformational Behavior of Peptide Dendrimers: Insights from Molecular Dynamics Simulations". Journal of the American Chemical Society 133 13 (2011): 5042-5052. http://dx.doi.org/10.1021/ja111001v.
    10.1021/ja111001v
  74. Campos, SRR; Machuqueiro, M; Baptista, AM. Autor correspondente: Baptista, AM. "Constant-pH Molecular Dynamics Simulations Reveal a beta-Rich Form of the Human Prion Protein". Journal of Physical Chemistry B 114 39 (2010): 12692-12700. http://dx.doi.org/10.1021/jp104753t.
    10.1021/jp104753t
  75. Machuqueiro, M; Campos, SRR; Soares, CM; Baptista, AM. Autor correspondente: Baptista, AM. "Membrane-Induced Conformational Changes of Kyotorphin Revealed by Molecular Dynamics Simulations". Journal of Physical Chemistry B 114 35 (2010): 11659-11667. http://dx.doi.org/10.1021/jp104418g.
    Publicado • 10.1021/jp104418g
  76. Machuqueiro, M; Baptista, AM. Autor correspondente: Baptista, AM. "Molecular Dynamics at Constant pH and Reduction Potential: Application to Cytochrome c(3)". Journal of the American Chemical Society 131 35 (2009): 12586-12594. http://dx.doi.org/10.1021/ja808463e.
    Publicado • 10.1021/ja808463e
  77. Machuqueiro, M; Baptista, AM. Autor correspondente: Baptista, AM. "Acidic range titration of HEWL using a constant-pH molecular dynamics method". Proteins-Structure Function and Bioinformatics 72 1 (2008): 289-298. http://dx.doi.org/10.1002/prot.21923.
    Publicado • 10.1002/prot.21923
  78. Machuqueiro, M; Baptista, AM. Autor correspondente: Baptista, AM. "The pH-dependent conformational states of kyotorphin: A constant-pH molecular dynamics study". Biophysical Journal 92 6 (2007): 1836-1845. http://dx.doi.org/10.1529/biophysj.106.092445.
    Publicado • 10.1529/biophysj.106.092445
  79. Machuqueiro, M; Baptista, AM. Autor correspondente: Baptista, AM. "Constant-pH molecular dynamics with ionic strength effects: Protonation-conformation coupling in decalysine". Journal of Physical Chemistry B 110 6 (2006): 2927-2933. http://dx.doi.org/10.1021/jp056456q.
    Publicado • 10.1021/jp056456q
  80. Fernandez-Lopez, R; Kofoed, J; Machuqueiro, M; Darbre, T. Autor correspondente: Darbre, T. "A selective direct aldol reaction in aqueous media catalyzed by zinc-proline". European Journal of Organic Chemistry 24 (2005): 5268-5276. http://dx.doi.org/10.1002/ejoc.200500352.
    Publicado • 10.1002/ejoc.200500352
  81. Teixeira, VH; Cunha, CA; Machuqueiro, M; Oliveira, ASF; Victor, BL; Soares, CM; Baptista, AM. Autor correspondente: Baptista, AM. "On the use of different dielectric constants for computing individual and pairwise terms in Poisson-Boltzmann studies of protein ionization equilibrium". Journal of Physical Chemistry B 109 30 (2005): 14691-14706. http://dx.doi.org/10.1021/jp052259f.
    Publicado • 10.1021/jp052259f
  82. Kofoed, Jacob; Machuqueiro, Miguel; Reymond, Jean-Louis; Darbre, Tamis. Autor correspondente: Darbre, Tamis. "Zinc–proline catalyzed pathway for the formation of sugars". Chem. Commun. 13 (2004): 1540-1541. http://dx.doi.org/10.1039/b404465g.
    10.1039/b404465g
  83. Darbre, Tamis; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Darbre, Tamis. "Zn-Proline catalyzed direct aldol reaction in aqueous media". Chemical Communications 9 (2003): 1090-1091. http://dx.doi.org/10.1039/b301117h.
    Publicado • 10.1039/b301117h
  84. Machuqueiro, Miguel; Darbre, Tamis. Autor correspondente: Darbre, Tamis. "Zinc mediated methyl transfer from trimethyl phosphate to chelating and non-chelating alkyl thiols. Model for Zn-dependent methyltransferases". Journal of Inorganic Biochemistry 94 1-2 (2003): 193-196. http://dx.doi.org/10.1016/s0162-0134(02)00625-6.
    10.1016/s0162-0134(02)00625-6
Capítulo de livro
  1. Salete J. Baptista; Beatriz Bueschbell; Pedro R. Magalhães; António J. Preto; Agostinho Lemos; Nícia Rosário-Ferreira; Anke C. Schiedel; et al. Autor correspondente: Moreira, Irina S.. "Arrestin and G Protein Interactions with GPCRs: A Structural Perspective". In GPCRs as Therapeutic Targets, editado por Annette Gilchrist. Estados Unidos: John Wiley & Sons, Inc., 2022.
    Publicado • 10.1002/9781119564782.ch5
  2. Magalhães, Pedro R.; Reis, Pedro B. P. S.; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel; Victor, Bruno L.. Autor correspondente: Victor, Bruno L.. "Identification of Pan-Assay INterference compoundS (PAINS) Using an MD-Based Protocol". In Computational Design of Membrane Proteins, editado por Miguel Machuqueiro; Irina S. Moreira; Joana B. Mourão, 263-271. Springer US, 2021.
    Publicado • 10.1007/978-1-0716-1468-6_15
  3. Oliveira, Nuno F. B.; Silva, Tomás F. D.; Reis, Pedro B. P. S.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "pKa Calculations in Membrane Proteins from Molecular Dynamics Simulations". In Computational Design of Membrane Proteins, editado por Miguel Machuqueiro; Irina S. Moreira; Joana B. Mourão, 185-195. Estados Unidos: Springer US, 2021.
    Publicado • 10.1007/978-1-0716-1468-6_11
Atividades

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2021 - 2023 Computational biophysics evaluation of promising smart metallodrug delivery systems
Orientador de Inês Domingos da Silva Pires
 Biochemistry (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2018 - 2023 In silico tumor-targeting technologies for the evasion of acidity-induced multidrug resistance
Orientador de Tomás Fernandes da Silva
 Theoretical Biochemistry (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2018 - 2023 A new generation of user-friendly and machine learning-accelerated methods for protein pKa calculations
Orientador de Pedro de Brito Pires Santos Reis
 Theoretical Biochemistry (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2020 - 2022 PyBindE: Development of a Simple Python MM-PBSA Implementation for Estimating Protein-Protein and Protein-Ligand Binding Energies
Orientador de João Nuno Marques Vitorino
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2020 - 2022 Developing a computational method to calculate pH-dependent membrane permeabilities for anti-tumour drugs
Orientador de Pedro Miguel Sousa Suzano
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2020 - 2022 High-throughput virtual screening to identify non-covalent inhibitors of CRM1 with anti-tumoral potential
Orientador de João Gonçalo Nunes Sequeira
 Bioinformatics (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2019 - 2020 Study of the interaction between the amyloid B peptide and the S100B protein using computational techniques
Orientador de Filipe Eduardo Pequito Rodrigues
 Biochemistry (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2019 - 2020 The role of electrostatics in the mechanism of ATP/ADP Carrier function: an in silico study
Orientador de Nuno Filipe Baltazar Maia Costa de Oliveira
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2016 - 2017 Computational study of pH-dependent membrane insertion mechanism of pHLIP peptides
Orientador de Tomás Fernandes da Silva
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2016 - 2017 Improving pKa calculations of membrane inserting amino acids using replica exchange CpHMD simulations
Orientador de Pedro de Brito Pires Santos Reis
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2016 - 2017 Encapsulamento da Catequina EGCG no Lipossoma: Múltiplas Abordagens
Coorientador de Bárbara Rodrigues
Universidade Nova de Lisboa Departamento de Física, Portugal
2011 - 2016 Studying the structural features of peptide dendrimers using a combined computational and experimental approach
Coorientador de Luís Carlos Santos Filipe
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2014 - 2015 Synthesis of new antibiotic glycosides and computational studies on their interaction with model lipid bilayers
Orientador de Rafael de Santana Nunes
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2011 - 2015 Molecular modeling and simulation of pH effects in lipid bilayers
Orientador de Diogo Ruivo dos Santos Vila Viçosa
 Theoretical Biochemistry (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2013 - 2014 Cyclodextrins as anti-asthmatic drug carriers: an in silico study
Orientador de Bruno Emanuel de Sá Calçada
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2012 - 2013 Constant-pH MD simulations of higher complexity lipid bilayer models: PA/PC binary mixtures
Orientador de Hugo Alexandre Feiteira dos Santos
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2011 - 2012 Avaliação in silico da tioredoxina redutase como alvo para terapia anti-tumoral
Orientador de Ana Sofia Capacho
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2010 - 2011 Study of pH-dependent misfolding of surfactant protein C using state-of-the-art molecular modelling techniques
Coorientador de Catarina Carvalheda Santos
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2009 - 2010 Application of QM and MM methodologies to cytochrome c3: charge parametrization of the heme group for classic force fields
Orientador de João Manuel Almeida Henriques
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2009 - 2010 Reversibility of prion misfolding by constant-pH molecular dynamics simulations
Orientador de Diogo Vila Viçosa
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Júri de grau académico

Tema
Tipo de participação 		Nome do candidato (Tipo de grau)
Instituição / Organização
2023/01/04 Overcoming Multidrug Resistance: search for human P-glycoprotein modulators and insights on drug efflux mechanism
Arguente principal
 Cátia Alexandra Marques Bonito Ferreira (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2022/12/12 Analysis of residue interaction networks in molecular dynamics simulations
Arguente principal
 Gonçalo Miguel Fonseca Monteiro (Mestrado)
Instituto Politécnico de Setúbal Escola Superior de Tecnologia do Barreiro, Portugal
2021/11/30 SARS-CoV-2 membrane protein: from genomic data to structural new insights
Arguente principal
 Manuel Maria Moura Neves Moreira Pires (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2021/06/22 Computational studies addressed to multifunctional enzyme complexes
Arguente principal
 Carla Sílvia Silva Teixeira (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2020/12/10 The structural and functional role of CACNG2 mutations in psychiatric disorders
Arguente principal
 Raquel Pina Gouveia (Mestrado)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
2019 Disclosing the aggregation mechanism of ß2-microglobulin in amyloid disease
Arguente
 Rui Loureiro (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2018 Molecular modeling study of beta-lactogrlobulin dimerization: a first step to hypoallergen design for immunotherapy
Arguente principal
 Lucie da Rocha (Mestrado)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2017 Reversing multidrug resistance (MDR) in cancer cells by targeting P-glycoprotein (Pgp)— Insights into the mechanism of MDR reversal from in silico Pgp modeling
Arguente
 Ricardo José Ferreira (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2016 Modelação molecular/Bioinformática estrutural da hemaglutinina do virus influenza
Arguente principal
 Jorge Antunes (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2013 Estudos de Inibição Enzimática
Arguente principal
 Marta Perez Gomes (Doutoramento)
Universidade do Porto, Portugal
2013 Theoretical investigation of the energy of olefin- and sila-olefin insertion/ß-H elimination reactions of two late transition metals – DFT MO calculations
Arguente
 Rita Ferro (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2012 Propriedades Electrónicas de Espécies Hidrofóbicas Micro-solvatadas e em Solução
Arguente
 Margarida Mateus (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2011 Molecular Modelling of transmembranar transporters for Chloride
Arguente principal
 Igor Marques (Mestrado)
Universidade de Aveiro, Portugal

Arbitragem científica em revista

Nome da revista (ISSN) Editora
2018 - Atual Journal of Computational Biophysics and Chemistry (2737-4165) World Scientific
2018 - Atual The Journal of Membrane Biology (0022-2631) Springer
2013 - Atual PLOS ONE (1932-6203) PLOS

Entrevista / Programa (rádio / tv)

Programa Tema
2020/10/05 - Atual 90 Segundos de Ciência Science

Membro de comissão

Descrição da atividade
Tipo de participação 		Instituição / Organização
2020/01/01 - 2024/12/31 Member of the Coordination team of the BioISI research unit. Responsible for the Computational Biology Thematic Line.
Outro
 Universidade de Lisboa Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, Portugal
2018/01/01 - 2019/12/31 Member of the Coordination team of the Centro de Química e Bioquímica research unit. Responsible for budget and funding management.
Outro
 Universidade de Lisboa Centro de Química e Bioquímica, Portugal
Distinções

Outra distinção

2016 Conference grant award (400 Euros) for the participation in the Protein Electrostatics Berlin in Berlin, Germany
Technische Universität Berlin Institut für Lebensmitteltechnologie und Lebensmittelchemie, Alemanha
2015 36 months grant for postdoctoral studies awarded by the Portuguese Foundation for Science and Technology in a highly competitive call.
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2013 Conference grant award (900 Euros) for the participation in the 246th ACS Meeting in Indianapolis, USA
Fundação Luso-Americana, Portugal
2010 Conference grant award (1200 Euros) for the participation in the Proton Transfer Electrostatics in Telluride, CO, USA.
Fundação Luso-Americana, Portugal
2009 5 years contract under the Ciência2008 program by the Portuguese Foundation for Science and Technology in a highly competitive call.
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2006 36 months grant for postdoctoral studies awarded by the Portuguese Foundation for Science and Technology in a highly competitive call.
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2003 36 months grant for postdoctoral studies awarded by the Portuguese Foundation for Science and Technology in a highly competitive call.
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
1999 48 months grant for doctoral studies awarded by the Swiss National Science Foundation.
Schweizerischer Nationalfonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung, Suiça
1997 Prize awarded by the Portuguese office for the Ministry of Education under the program PRODEP for excellence in completion of undergraduate studies.
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal