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António José Preto Martins Gomes. Concluiu o(a) Mestrado em Mestrado em Bioquímica em 2017 pelo(a) Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Licenciatura em Filosofia em 2018 pelo(a) Universidade de Coimbra e Licenciatura em Licenciatura em Bioquímica em 2015 pelo(a) Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia. É Investigador Contratado no(a) CNC.IBILI. Publicou 6 artigos em revistas especializadas. Possui 2 capítulo(s) de livros. Organizou 4 evento(s). Participou em 6 evento(s). Recebeu 3 prémio(s) e/ou homenagens. Participa e/ou participou como Investigador em 2 projeto(s). Atua na(s) área(s) de Ciências Médicas e da Saúde com ênfase em Biotecnologia Médica, Ciências Exatas com ênfase em Ciências da Computação e da Informação com ênfase em Bioinformática e Ciências Naturais com ênfase em Ciências Biológicas com ênfase em Bioquímica. Nas suas atividades profissionais interagiu com 46 colaborador(es) em coautorias de trabalhos científicos. No seu currículo Ciência Vitae os termos mais frequentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artístico-cultural são: Machine Learning; Drug ; Feature ; Proteins ; Membrane Proteins; GPCRs; Clinical features; Patient; .
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
António José Preto Martins Gomes

Nomes de citação

  • Preto, A.J.
  • A. J. Preto

Identificadores de autor

Ciência ID
CC15-8E98-0FAC
ORCID iD
0000-0003-4203-2230
Google Scholar ID
s0YHYZcAAAAJ
Scopus Author Id
57195053330

Domínios de atuação

  • Ciências Médicas e da Saúde - Biotecnologia Médica
  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Bioquímica

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Português Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Espanhol; Castelhano Utilizador elementar (A1) Utilizador independente (B1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1)
Formação
Grau Classificação
2018/11 - 2022/11
Concluído
 Experimental Biology and Biomedicine (Doutoramento)
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2020 - 2021
Concluído
 Advanced Pos-University Training in Clinical Neuropsychology (Especialização pós-licenciatura)
Especialização em Neuropsychology
Cognos - Formação e Desenvolvimento , Portugal
 18
2018
Concluído
 Filosofia (Licenciatura)
Universidade de Coimbra, Portugal
 13.1
2017
Concluído
 Mestrado em Bioquímica (Mestrado)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
"A bioinformatics approach for the understanding of membrane protein complexes" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 17.3
2017
Concluído
 Bioquímica (Mestrado)
Especialização em Sem especialização
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
"A bioinformatics approach for the understanding of membrane protein complexes" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 17 valores
2015
Concluído
 Licenciatura em Bioquímica (Licenciatura)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
"A novel bioinformatic approach towards predicting protein phosphorylation sites" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 13.4
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2017/11/23 - Atual Investigador Contratado (Investigação) CNC.IBILI, Portugal
2015/01 - 2015/07 Estagiário de Investigação (Investigação) Universidade de Coimbra, Portugal
2014 - 2015 Estagiário de Investigação (Investigação) Universidade de Coimbra, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2019/11 - 2023/11 Deep Learning application to in silico Drug Design
SFRH/BD/144966/2019
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2018 - 2021 Deep learning in cancer drug discovery: a pipeline for the generation of new therapies
FCT- POCI-01-0145-FEDER-031356
Investigador
Em curso
2018 - 2021 Membrane proteins – development of new computational approaches and its application to G-Protein Coupled Receptors
FCT - PTDC/QUI-OUT/32243/2017
Investigador
2018 - 2021 Membrane proteins ¿ development of new computational approaches and its application to G-Protein Coupled Receptors
FCT - PTDC/QUI-OUT/32243/2017
 N/A

Projeto

Designação Financiadores
2021/02/01 - 2024/01/31 Descoberta do Interactoma vírus-hospedeiro: uma abordagem guiada por AI e dados multi-ómicos <br>
DSAIPA/DS/0118/2020
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal

CNC.IBILI, Portugal

Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2021/02/01 - 2024/01/31 Descoberta do Interactoma vírus-hospedeiro: uma abordagem guiada por AI e dados multi-ómicos <br>
DSAIPA/DS/0118/2020
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal

CNC.IBILI, Portugal

Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2019/11/01 - 2022/10/31 Deep-Learning application to in silico Drug Design
SFRH/BD/144966/2019
Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2019/11/01 - 2022/10/31 Deep-Learning application to in silico Drug Design
SFRH/BD/144966/2019
Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2018/09/03 - 2022/03/04 Proteínas Membranares - desenvolvimento de novas técnicas de modelação computacional e sua aplicação ao estudo dos recetores acoplados a proteína G
PTDC/QUI-OUT/32243/2017
Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal

Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2018/09/03 - 2022/03/04 Proteínas Membranares - desenvolvimento de novas técnicas de modelação computacional e sua aplicação ao estudo dos recetores acoplados a proteína G
PTDC/QUI-OUT/32243/2017
Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal

Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
Produções

Publicações

Artigo em conferência
  1. Moreira, Irina S.; Koukos, Panos; Melo, Rita; Almeida, Jose G.; Preto, Antonio J.; Schaarschmidt, Jorg; Trellet, Mikael; et al. "Spoton: A Machine-Learning Approach for Hot-Spot Determination". Trabalho apresentado em Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2017.
    10.1016/j.bpj.2016.11.284
  2. Moreira, Irina; Almeida, José; Preto, António; Melo, Rita; Gümüs, Zeynep; Costa, Joaquim; Bonvin, Alexandre. "Co-evolution importance on binding Hot-Spot prediction methods". Trabalho apresentado em Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2017.
    10.3390/mol2net-02-03889
  3. Filipe, Pedro; Preto, António; Koukos, Panos; Bonvin, Alexandre; Moreira, Irina. "Alpha-helical and beta-sheet membrane- membrane protein dimers: centralizing information". Trabalho apresentado em Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2017.
    10.3390/mol2net-03-05107
  4. Bueschbell, Beatriz; Preto, António; Barreto, Carlos; Schiedel, Anke; Moreira, Irina. "Creating a valid in silico Dopamine D2-receptor model for small molecular docking studies". Trabalho apresentado em Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2017.
    10.3390/mol2net-03-05088
Artigo em revista
  1. A. J. Preto; Caniceiro, Ana B.; Francisco Duarte; Fernandes, Hugo; Lino Ferreira; Mourão, Joana; Moreira, Irina S. Autor correspondente: Moreira, Irina S. "POSEIDON: Peptidic Objects SEquence-based Interaction with cellular DOmaiNs: a new database and predictor". Journal of Cheminformatics 16 18 (2024): https://jcheminf.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13321-024-00810-7.
    Acesso aberto • Publicado
  2. Luiz Filipe Piochi; Preto, A.J.; Moreira, Irina S. Autor correspondente: Moreira, Irina S. "DELFOS-drug efficacy leveraging forked and specialized networks-benchmarking scRNA-seq data in multi-omics-based prediction of cancer sensitivity". Bioinformatics 1 39(11) (2023): https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37862234/.
    Acesso aberto • Publicado
  3. Beatriz Caniceiro; Bueschbell, Beatriz; Barreto, Carlos A.V.; A. J. Preto; Moreira, Irina S. Autor correspondente: Moreira, Irina S. "MUG: A mutation overview of GPCR subfamily A17 receptors". Computational and Structural Biotechnology Journal 21 (2023): 586-600. http://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2022.12.031.
    Publicado • 10.1016/j.csbj.2022.12.031
  4. A. J. Preto; Paulo C. Correia; Moreira, Irina S.. Autor correspondente: Moreira, Irina S.. "DrugTax: package for drug taxonomy identification and explainable feature extraction". Journal of Cheminformatics 14 73 (2022): https://jcheminf.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13321-022-00649-w.
    Acesso aberto • Publicado
  5. António J Preto; Pedro Matos-Filipe; Joana Mourão; Irina S Moreira. "SYNPRED: prediction of drug combination effects in cancer using different synergy metrics and ensemble learning". GigaScience (2022): https://doi.org/10.1093/gigascience/giac087.
    10.1093/gigascience/giac087
  6. Barreto, Carlos A.V.; Baptista, Salete J.; Preto, A.J.; Silvério, Daniel; Moreira, Irina S. "Decoding Partner Specificity of Opioid Receptor Family". Frontiers in Molecular Biosciences 8 (2021): https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2021.715215/full.
    Publicado • 10.3389/fmolb.2021.715215
  7. A. J. Preto; Irina S. Moreira. "SPOTONE: Hot Spots on Protein Complexes with Extremely Randomized Trees via Sequence-Only Features". International Journal of Molecular Sciences (2020): https://doi.org/10.3390/ijms21197281.
    10.3390/ijms21197281
  8. A. J. Preto; Carlos A. V. Barreto; Salete J. Baptista; José Guilherme de Almeida; Agostinho Lemos; André Melo; M. Nátalia D. S. Cordeiro; et al. "Understanding the Binding Specificity of G-Protein Coupled Receptors toward G-Proteins and Arrestins: Application to the Dopamine Receptor Family". Journal of Chemical Information and Modeling (2020): https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00371.
    10.1021/acs.jcim.0c00371
  9. Preto, A.J.. "Understanding the binding specificity of G-protein coupled receptors towards G-proteins and Arrestins: application to the dopamine receptor family". Journal of Chemical Information and Modeling (2020):
    Aceite para publicação
  10. Rosário-Ferreira, N.; Preto, A.J.; Melo, R.; Moreira, I.S.; Brito, R.M.M.. "The central role of non-structural protein 1 (NS1) in influenza biology and infection". International Journal of Molecular Sciences 21 4 (2020): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85079907100&partnerID=MN8TOARS.
    10.3390/ijms21041511
  11. Bueschbell, B.; Barreto, C.A.V.; Preto, A.J.; Schiedel, A.C.; Moreira, I.S.. "A complete assessment of dopamine receptor-ligand interactions through computational methods". Molecules 24 7 (2019): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85063758354&partnerID=MN8TOARS.
    10.3390/molecules24071196
  12. Melo, Rita; Lemos, Agostinho; Preto, Antonio J.; Almeida, Jose G.; Correia, Joao D.G.; Sensoy, Ozge; Moreira, Irina S.. "Computational Approaches in Antibody-drug Conjugate Optimization for Targeted Cancer Therapy". Current Topics in Medicinal Chemistry 18 13 (2018): 1091-1109. http://dx.doi.org/10.2174/1568026618666180731165222.
    10.2174/1568026618666180731165222
  13. Melo, Rita; Lemos, Agostinho; Preto, António J.; Bueschell, Beatriz; Matos-Filipe, Pedro; Barreto, Carlos; Almeida, José G.; et al. "An overview of antiretroviral agents for treating HIV infection in paediatric population". Current Medicinal Chemistry 25 (2018): http://dx.doi.org/10.2174/0929867325666180904123549.
    10.2174/0929867325666180904123549
  14. Lemos, A.; Melo, R.; Preto, A.J.; Almeida, J.G.; Moreira, I.S.; Cordeiro, M.N.D.S.. "In silico studies targeting G-protein coupled receptors for drug research against Parkinson’s disease". Current Neuropharmacology 16 6 (2018): 786-848. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85052540247&partnerID=MN8TOARS.
    10.2174/1570159X16666180308161642
  15. Almeida, Jose G.; Preto, Antonio J.; Koukos, Panagiotis I.; Bonvin, Alexandre M.J.J.; Moreira, Irina S.. "Membrane proteins structures: A review on computational modeling tools". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes 1859 10 (2017): 2021-2039. http://dx.doi.org/10.1016/j.bbamem.2017.07.008.
    10.1016/j.bbamem.2017.07.008
  16. Moreira, Irina S.; Koukos, Panagiotis I.; Melo, Rita; Almeida, Jose G.; Preto, Antonio J.; Schaarschmidt, Joerg; Trellet, Mikael; et al. "SpotOn: High Accuracy Identification of Protein-Protein Interface Hot-Spots". Scientific Reports 7 1 (2017): http://dx.doi.org/10.1038/s41598-017-08321-2.
    10.1038/s41598-017-08321-2
Capítulo de livro
  1. Luiz Piochi; Ana Teresa Gaspar; Nícia Rosário-Ferreira; António Preto; Irina S. Moreira. "From single-omics to interactomics: How can ligand-induced perturbations modulate single-cell phenotypes?". 45-83. Elsevier, 2022.
    10.1016/bs.apcsb.2022.05.006
  2. António J. Preto; Pedro Matos-Filipe; José G. de Almeida; Joana Mourão; Irina S. Moreira. "Predicting Hot Spots Using a Deep Neural Network Approach". 2021.
    10.1007/978-1-0716-0826-5_13
  3. Barreto, C.A.V.; Baptista, S.J.; Preto, A.J.; Matos-Filipe, P.; Mourão, J.; Melo, R.; Moreira, I.. "Prediction and targeting of GPCR oligomer interfaces". 105-149. 2020.
    10.1016/bs.pmbts.2019.11.007
  4. Antonio J. Preto, Pedro Matos-Filipe, Panagiotis I. Koukos, Pedro Renault, Sergio F. Sousa, and Irina S. Moreira. "Structural Characterization of Membrane Protein Dimers". In Protein Supersecondary Structures: Methods in Molecular Biology. 2019.
    No prelo
  5. Preto, A.J.; Matos-Filipe, P.; Koukos, P.I.; Renault, P.; Sousa, S.F.; Moreira, I.S.. "Structural Characterization of Membrane Protein Dimers". 403-436. 2019.
    10.1007/978-1-4939-9161-7_21
  6. Antonio J. Preto, Jose G. Almeida, Joerg Schaarschmidt, Li C. Xue, Irina S. Moreira, Alexandre M.J.J. Bonvin. "Computational Tools for the Structural Characterization of Proteins and Their Complexes from Sequence-Evolutionary Data". In Encyclopedia of Analytical Chemistry: Applications, Theory and Instrumentation, 1-19. 2018.
    Publicado
Poster em conferência
  1. Caniceiro, A. B.; Büschbell, Beatriz; Preto, A.J.; Barreto, Carlos A.V.; Moreira, I.S.. "MUTPROT database: a mutation overview of GPCR sub-family A17 receptors". Trabalho apresentado em Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2021.
  2. Gouveia, R. P.; Barreto, Carlos A.V.; Baptista, Salete J.; Preto, A.J.; Caldeira, Gladys Lima; Carvalho, Ana Luisa; Melo, Rita; Irina de Sousa Moreira. "The study of AMPAR: Stargazin interface through molecular dynamics". Trabalho apresentado em Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2021.
  3. Preto, A.J.; Joana Mourão; José Almeida; Panagiotos I. Koukos; Rita Melo; Irina S. Moreira. "SpotONN : predicting hot spots with minimal information via deep neural networks". Trabalho apresentado em Vienna Cost Action, 2019.
  4. Gaspar AC, Pires MN, Preto AJ, Moreira ISM. "Text Mining for Recognition of Cancer Biomarkers". Trabalho apresentado em Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2018.
  5. Matos-Filipe P, Preto AJ, Almeida AJ, Koukos PI, Bonvin AMJJ, Moreira ISM. "MENSAdb: A Major Structural Statistical Analysis of Membrane Protein Dimers". Trabalho apresentado em Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2018.
  6. Pinho X, Preto AJ, Moreira IS. "Machine Learning to Predict Binding Affinity of Ligand-Target Interactions". Trabalho apresentado em Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2018.
  7. Preto AJ, Almeida JG, Lemos A, Kurkcuoglu Z, Melo R, Telle M, Melo A, Cordeiro MNDS, Morra G, Sensoy O, Bonvin AMJJ, Mor. "Evolutionary conservation on dopamine receptors’ interface with intracellular partners". Trabalho apresentado em Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2017.
  8. Panos K, Moreira IS, Melo R, Almeida JG, Preto, AJ, Schaarschmidt J, Trellet M, Gumus ZH, Costa J, Bonvin AMJJ. "SpotOn: determination of protein-protein binding hotspots". Trabalho apresentado em Chemistry As Innovating Sciences, 2016.
  9. Preto AJ, Almeida JG, Melo R, Gumus ZH, Costa J, Bonvin AMJJ, Moreira IS. "Coevolution role on binding hot-spot prediction". Trabalho apresentado em Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, 2016.
Tese / Dissertação
  1. Preto, A.J.. "A bioinformatics approach for the understanding of membrane protein complexes". Mestrado, Universidade de Coimbra, 2017. https://estudogeral.sib.uc.pt/handle/10316/83091.

Outros

Outra produção
  1. SynPred: Prediction of Drug Combination Effects in Cancer using Full-Agreement Synergy Metrics and Deep Learning. 2021. António J. Preto; Pedro Matos-Filipe; Joana Mourão; and Irina S. Moreira. https://doi.org/10.20944/preprints202104.0395.v1.
    10.20944/preprints202104.0395.v1
  2. MENSADB: A Thorough Structural Analysis of Membrane Protein Dimers. 2019. Matos-Filipe, Pedro; Bonvin, Alexandre M. J. J.; Preto, A.J.; Moreira, Irina S.; Koukos, Panagiotis I.; Mourão, J.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2023/01/04 Drug Design, Artificial Intelligence, Explainability and Deep Learning - How keywords become buzzwords and how they help shape the near future, by António José Preto, organised by Biodata.pt. 3D Biotalks
Biodata.pt (Online, Portugal)
2021/05/07 SynPred: Prediction of Drug Combination 1 Effects in Cancer using Full-Agreement Synergy Metrics and Deep Learning X Bioinformatics Open Days
(Braga, Portugal)
2020/09/19 Understanding the Binding Specificity of G-Protein Coupled Receptors towards G-Proteins and Arrestins: Application to the Dopamine Receptor Family 2nd CIBB Innovative Therapies Retreat 2020
Center for Innovative Biomedicine and Biotechnology (Coimbra, Portugal)
2018/12/21 An in silico Predictor of Protein Dimer Interfaces Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural
(Porto, Portugal)

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2022/02/01 - 2022/07/12 Deep Learning applied to IC50 prediction
Coorientador
 Licenciatura em Bioquímica (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade de Coimbra, Portugal
2022/02/01 - 2022/07/12 Machine Learning in Predicting IC50 between Kinases and Ligands
Coorientador
 Licenciatura em Bioquímica (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade de Coimbra, Portugal
2022/02/01 - 2022/07/12 GOBLIN: Graph-Oriented Binding Ligand Interaction Novel predictor
Coorientador
 Licenciatura em Bioquímica (Licenciatura/Bacharelato)
Universidade de Coimbra, Portugal

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação) 		Instituição / Organização
2020/05/01 - 2020/05/23 Webinars cycle during the COVID-19 pandemic, "Para além da pandemia", organised by the National Biochemists' Associaton (ANBIOQ). 1st of May - "Vaccines research and development" - with António Roldão (IBET - Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica). 2nd of May - "The science communication challenge" - with Catarina Ramos (Champalimaud Foundation / Fundação Champalimaud) and Sara Sá (Visão Maganize). 23rd of May - "Multi-oriented strategies and computational biochemistry" - with Pedro Beltrão (EMBL-EBI). (2020/05/01 - 2020/05/23)
Conferência (Coorganizador)
 Associação Nacional de Bioquímicos, Portugal
2018 - 2018 Organizing member of “Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural” (2018 - 2018)
Conferência (Outra)
2017 - 2017 Organizing member of “Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural” (2017 - 2017)
Conferência (Coorganizador)
2017 - 2017 MYD - Mind Your Data - first edition. Data science centered conference with the participation of Feedzai, Critical Software, Fraunhofer among others (2017 - 2017)
Conferência (Presidente da Comissão Organizadora)
2015 - 2015 Lead Organizer of the IX Biochemistry Student’s Meeting (2015 - 2015)
Encontro (Presidente da Comissão Organizadora)

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento 		Nome do evento
Instituição / Organização
2019/12/26 - Atual VII Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural, em Lisboa
Conferência
 VII EJIBCE
2024/02/05 - 2024/02/05 Using Python to deploy Artificial Intelligence, by António José Preto and Daniel Ramalhão, organised by JEFAI, February 5th and 6th.
Oficina (workshop)
 JEFAI Artificial Intelligence
2023/02/08 - 2023/02/08 Computational biophysics evaluation of promising smart metallodrugs delivery systems.
Conferência
 3D Biotalks
BioData.pt, Portugal
2022/11/30 - 2022/11/30 Warm-up sessions for the upcoming Mind Your Data edition.
Conferência
 MYD Sessions
JEST - Junior Enterprise for Scient and Technology, Portugal
2022/11/24 - 2022/11/24 Três estudantes de doutoramento falam sobre a sua investigação num ambiente informal de um bar. Inserida na programação da Semana da Ciência e da Tecnologia 2022, está a chegar a próxima edição do PubhD Coimbra. Vamos contar com a participação de três estudantes de doutoramento de áreas muitos distintas da Universidade de Coimbra. É já no dia 24 de novembro, a partir das 22 horas, no Liquidâmbar. Contamos convosco!
Seminário
 PubhD Coimbra
PubhD, Portugal
2022/11/09 - 2022/11/09 "Computer-Guided Development of Novel Drugs Against SARS-CoV-2: From Virtual Screening to the Patents", by Fábio G. Martins
Encontro
 3D Biotalks
BioData.pt, Portugal
2022/10/28 - 2022/10/28 4th Annual Meeting of the Centre for Innovative Biomedicine and Biotechnology (CIBB)
Conferência
 4th meeting of the CIBB thematic area 'Innovative Therapies'
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2022/10/12 - 2022/10/12 Mariana Valério, Ph.D. student at Protein Modelling Laboratory at ITQB NOVA, Oeiras, presents the talk entitled "Molecular Dynamics Studies of Viral Fusion Proteins”.
Conferência
 3D Biotalks
BioData.pt, Portugal
2022/09/12 - 2022/09/13 GPU AI programming Bootcamp at Instituto de Sistemas e Robótica. Primarily targeted at the community of Portuguese researchers and students who use GPUs as the main tool for their HPC+AI workloads. The event will be held online next September 12th and 13th. Registration is free. Please see the link below. https://www.openhackathons.org/s/siteevent/a0C5e000005UMhDEAW/se000136
Outro
 NCC Portugal AI for Science Bootcamp
NVIDIA Corp, Estados Unidos

Universidade de Coimbra Instituto de Sistemas e Robótica, Portugal
2022/07/01 - 2022/07/01 "Faster protein pka predictions with deep learning", by Pedro Reis
Conferência
 3D Biotalks
BioData.pt, Portugal
2022/06/01 - 2022/06/01 "Recent Artificial Intelligence tools and architectures for Structural Biology", by Francisco Fernandes
Conferência
 BioData.pt Talks
BioData.pt, Portugal
2022/05/05 - 2022/05/05 An overview of mutations distribution within GPCR sub-family A17 in one database - MUG database, by Beatriz Caniceiro
Conferência
 3D Biotalks
BioData.pt, Portugal
2022/04/06 - 2022/04/06 Coarse graining molecules: The case of phosphoinositides By: Luís Pedro Borges Araújo
Conferência
 3D Biotalks
BioData.pt, Portugal
2021/12/13 - 2021/12/13 Computational Biology: Different computational biology fields, scientific research and funding - António Preto
Oficina (workshop)
 Fields of the Future / Áreas do Futuro
Núcleo de Estudantes de Bioquímica da Associação Académica de Coimbra (NEBIOQ/AAC), Portugal
2021/10/19 - 2021/10/19 This is the third of a series of 10 webinars organised by the ELIXIR 3D-BioInfo Community. The series will present the five major aims of the Community around protein structural annotations, protein complexes, protein ligand interactions, protein nucleic acid interactions and protein engineering. See the webinar series page for details.
Conferência
 ELIXIR 3D-Bioinfo Community Webinar: Development of models for protein-ligand interactions
2021/05/05 - 2021/05/08 Bioinformatics Open Days - Participation on the event; - Oral Communication; - Workshop Lecturer: "Data-driven Molecular Design: Importance of data interpretation and pipeline interpretability on artificial intelligence targeting biological problems".
Conferência
 Bioinformatics Open Days
2020/10/10 - 2020/10/10 Lecturer of Machine Learning Basics with Orange - at the Meet.Lab, organised by "Núcleo de Estudantes de Biologia da Associação Académica de Coimbra". Lecture title: "Dados (Multi)ómicos – da genómica, transcriptómica e proteómica, à mais recente metabolómica, epigenómica e farmacogenómica”
Conferência
 Meet.Lab
2020/09/10 - 2020/09/10 Lecturer on Data Science and Artificial Intelligence. 1h theoretical background. 1h practical background. 1h hands-on problem (3h total).
Seminário
 Summer School of Computational Biology, 2020
Universidade de Coimbra, Portugal
2020/05/23 - 2020/05/23 Online Webinar moderator. "Para além da pandemia", organised by ANBIOQ - National Biochemists' Association. Session with Pedro Beltrão (EMBL-EBI). Available at: https://www.youtube.com/watch?v=vzByXWigWi4.
Conferência
 "Para além da Pandemia"
ANBIOQ - Associação Nacional de Bioquímicos, Portugal
2020/02/02 - 2020/02/02 Um dos oradores do debate "AI integrada no futuro da espécie Humana", organizada pela Junior Enterprise for Science and Technology.
Conferência
 Mind Your Data
2019/09/07 - 2019/09/07 Structural Biology Summer School at Vienna, Austria followed by poster presentation.
Conferência
 COST ACTION 17104
2018/11/05 - 2018/11/08 Web Summit 2018
Conferência
 Web Summit
2018 - 2018 Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural
Conferência
 EJIBCE
2017/03/29 - 2017/03/31 GLISTEN Symposium - GPCR centered conference in the city of Porto, Portugal.
Conferência
 GLISTEN
2017 - 2017 Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural
Conferência
 EJIBCE
2016/09 - 2016/09 Summer school on computational biology techniques. In particular, the attendant performed a course on Molecular Dynamics of Lipid Membranes.
Outro
 Computational Biology Summer School
2016 - 2016 Encontro de Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural
Conferência
 EJIBCE

Comissão de avaliação

Descrição da atividade
Tipo de assessoria 		Instituição / Organização Entidade financiadora
2015 - 2018 Evaluator at A3ES: "Agência de Avaliação e Acreditação do Ensino Superior"

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2022/03/01 - 2022/03/01 Machine learning - from statistics to artificial intelligence and back Hands-on session: machine learning in genomics and proteomics (Doutoramento) Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2021/02/23 - 2021/02/23 Lecturer on the topic: the basics of machine learning for computational biology using orange PDBBEB - PhD Programme in Experimental Biology and Biomedicine (Doutoramento) Universidade de Coimbra, Portugal
2020/02/24 - 2020/02/24 PDBEB Courses 2019/2020 - Computational Biology Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal

Entrevista (jornal / revista)

Descrição da atividade Jornal / Forum
2022/11/03 Plataforma desenvolvida na Universidade de Coimbra permite prever efeito da combinação de fármacos para tratar o câncer Farma t4h
2022/11/02 Synpred, a plataforma capaz de prever combinações de fármacos anticancerígenos SIC notícias
2022/11/02 Saúde Plataforma desenvolvida na Universidade de Coimbra permite prever efeito da combinação de fármacos para tratar o cancro Descla
2022/10/31 Investigadores do Centro de Neurociências e Biologia Celular da Universidade de Coimbra (UC) desenvolveram uma plataforma na Internet, denominada "Synpred", capaz de utilizar algoritmos do campo da inteligência artificial para prever combinações de fármacos anticancerígenos. O Jornal Económico
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro Porto Canal
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro CNN Portugal
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro Sapo Lifestyle
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro Expresso
2022/10/31 Plataforma desenvolvida na Universidade de Coimbra permite prever efeito da combinação de fármacos para tratar o cancro Notícias UC
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro. Rádio Comercial
2022/10/31 "Synpred", a plataforma que antecipa a resposta da combinação de fármacos anticancerígenos. A plataforma, desenvolvida pela Universidade de Coimbra, pretende ajudar a definir as melhores "combinações farmacológicas, que operam de forma segura e eficaz". Saúde Online
2022/10/31 Plataforma desenvolvida na Universidade de Coimbra permite prever efeito da combinação de fármacos para tratar o cancro E-Global
2022/10/31 Plataforma desenvolvida na Universidade de Coimbra permite prever efeito da combinação de fármacos para tratar o cancro Mais Beiras
2022/10/31 UC desenvolve plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro Campeão das Províncias
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro MSN
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro RTP Notícias
2022/10/31 Plataforma desenvolvida na Universidade de Coimbra permite prever efeito da combinação de fármacos para tratar o cancro News Cision
2022/10/31 Coimbra researchers develop platform that predicts the effect of drugs to treat cancer Portugal Posts English
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro - Uma equipa da Universidade de Coimbra desenvolveu a plataforma Synpred com o objetivo de antecipar a resposta biológica da combinação de fármacos anticancerígenos. Observador
2022/10/31 Plataforma desenvolvida na Universidade de Coimbra permite prever efeito da combinação de fármacos para tratar o cancro A nação
2022/10/31 Investigadores do Centro de Neurociências e Biologia Celular da Universidade de Coimbra (CNC-UC) desenvolveram uma nova plataforma online, Synpred, capaz de utilizar algoritmos do campo da inteligência artificial para prever combinações de fármacos anticancerígenos. VMTV
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro Cidade FM
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro M80
2022/10/31 Coimbra: Plataforma prevê efeito de fármacos para tratar o cancro Terras de Sicó
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro Saúde +
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro JM-Madeira
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro Smooth FM
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro - de acordo com a Universidade de Coimbra, “esta nova tecnologia representa um avanço na área, constituindo uma plataforma pública interativa que pode ser utilizada de forma intuitiva”. TVI notícias
2022/10/31 Investigadores do Centro de Neurociências e Biologia Celular da Universidade de Coimbra (CNC-UC) desenvolveram uma nova plataforma online, Synpred, capaz de utilizar algoritmos do campo da inteligência artificial para prever combinações de fármacos anticancerígenos. Atlas da Saúde
2022/10/31 Plataforma desenvolvida na UC permite prever efeito da combinação de fármacos para tratar o cancro. Atualmente, o desenvolvimento de resistência farmacológica no cancro é uma problemática comum que resulta de uma variedade de fatores, como por exemplo, da sobre-exposição a fármacos anticancerígenos. Rua Direita
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro As Beiras
2022/10/31 Plataforma desenvolvida na Universidade de Coimbra permite prever efeito da combinação de fármacos para tratar o cancro CentroTV
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro Rádio Calheta
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro Notícias de Coimbra
2022/10/31 Cientistas criam plataforma que prevê efeito de fármacos contra o cancro. Chama-se Synpred e é capaz de utilizar algoritmos do campo da inteligência artificial para prever combinações de fármacos anticancerígenos. Notícias ao Minuto
2022/10/31 Site "Synpred" avalia junção de fármacos para tratamento de doenças A Cabra
2022/10/31 Investigadores de Coimbra desenvolvem plataforma que prevê efeito de fármacos para tratar o cancro HealthNews
2022/10/31 Plataforma desenvolvida na U C permite prever efeito da combinação de fármacos para tratar o cancro Jornal de Proença
2021/08/18 Analysis of the precarious state of scientific work in Portugal, direct inquire to researchers. Aided in the construction of the enquire as well as with the data analysis and press release writing, as member of "ANBIOQ - Associação Nacional de Bioquímicos". This resulted in news in several noteworthy Portuguese newspapers. Observador
2021/08/08 Analysis of the precarious state of scientific work in Portugal, direct inquire to researchers. Aided in the construction of the enquire as well as with the data analysis and press release writing, as member of "ANBIOQ - Associação Nacional de Bioquímicos". This resulted in news in several noteworthy Portuguese newspapers. Público

Membro de associação

Nome da associação Tipo de participação
2019/03/17 - Atual ANBIOQ - Associação Nacional de Bioquímicos Presidente da Mesa da Assembleia
2016 - 2018 JEST - Junior Enterprise for Science and Technology Co-founder and Chief Executive Officer
2016 - 2017 Direção Geral da Associação Académica de Coimbra General Coordinator of Market Policies and Entrepreneurship
2013 - 2015 Núcleo de Estudantes de Bioquímica da Associação Académica de Coimbra President, Administrator and member

Membro de comissão

Descrição da atividade
Tipo de participação 		Instituição / Organização
2017 - 2018 Académica Startuc - Comission for student entrepreneurship at the University of Coimbra
Outro

Tutoria

Tópico Nome do aluno
2021/09/01 - 2022/10/13 Leveraging Machine Learning to design CPP for therapeutic cargo delivery Francisco Duarte
2022/08/15 - 2022/09/28 A bioinformatics approach for ligand binding prediction Luís Moreira
2022/07/09 - 2022/09/09 UC Summer Internships - Application of Machine Learning Techniques for antiviral compounds' activity prediction Paulo Correia
2022/01/10 - 2022/07/15 in silico perspective on psychedelic studies - characterization of the interaction between small molecules and 5-HT2AR Guilherme Lopes Gabriel
2019/09/15 - 2020/09/15 Workshop de Python - Inteligência Artificial Os nomes do participantes não podem ser divulgados.
2020/02/21 - 2020/02/21 Introduction to R for Machine Learning 25 students - Encontro Nacional de Estudantes de Física
2019/02/01 - 2019/02/28 Modeling Stargazin Raquel Gouveia
2018 - 2019 Text Mining Manuel Pires
2018 - 2019 Text Mining Ana Teresa Gaspar
2018 - 2019 Drug affinity Xavier Pinho
2018 - 2019 Drug Synergy Pedro Matos-Filipe
2018/09 - 2018/09 Machine Learning with Python Computational Biology Summer School selected students (3)
2018/02/25 - 2018/02/25 Python programming for Biochemistry Attending conference (IV Reunião Nacional de Bioquímicos) participants
2018 - 2018 Bioinformática group at Computational Biology Summer School
2017/09 - 2017/09 Machine Learning with R Summer School in Computational Biology selected students (3)
2017 - 2017 Bionformática Group at Computational Biology Summer School
2016 - 2016 Laboratórios de Fisiologia e Biofísica Celular Turma de Licenciatura de Bioquímica da Universidade de Coimbra de Laboratórios de Fisiologia e Biofí
2015 - 2015 Laboratórios de Bioquímica II Turma de Laboratórios de Bioquímica II da Licenciatura de Bioquímica da Universidade de Coimbra
Distinções

Prémio

2018 Bolsa de Investigação (BIM POCI-01-0145-FEDER-031356)
2017 BrainHealth 2020 Research Scholarship
2017 3% Best student Award, Master's Degree in Biochemistry
Universidade de Coimbra, Portugal
2013 3% Best students award
Universidade de Coimbra, Portugal