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PT: Professor Associado com Agregação da Universidade do Minho. Leciona no Departamento de Informática principalmente unidades curriculares relacionadas com Bioinformática e Aprendizagem Máquina/ Ciências de Dados, sendo também o DIretor do Curso de Mestrado em Bioinformática, que co-fundou em 2007. É investigador integrado do Centro de Engenharia Biológica, onde liderao grupo de investigação em Bioinformatics and Systems Biology (mais de 15 membros atualmente), tendo sido/ sendo investigador responsável de 9 projetos de investigação e tendo participado em cerca de outros 20 projetos como membro da equipa. É autor de mais de 240 publicações em conferências e revistas internacionais com revisão por pares. Orientou 18 teses de Doutoramento finalizadas (10 atualmente em curso) e mais de 80 dissertações de Mestrado. Foi Diretor do Centro de CIências da Tecnologia da Computação (2010-2013) e é membro eleito do Conselho Científico da Escola de Engenharia (desde 2019). É ainda atualmente (desde 2021), o Presidente eleito do Conselho de Administração da Associação BPI4DAB (BioData.pt) e membro (representante científico) do Board do ELIXIR. ------------------------------------------------------------------------------------------------------------ EN: He is an Associate Professor with Habilitation from the University of Minho, where he lectures in the Department of Informatics mainly subjects related to Bioinformatics and Machine Learning/ Data Sciences, being also the Director of the MSc in Bioinformatics, a degree he co-founded in 2007. He is a senior researcher at the Centre of Biological Engineering, where he leads the Bioinformatics and Systems Biology group (over 15 members). He is/has been the PI of 9 research projects, and he has also participated in around 20 projects as a team member. He is the author of over 240 papers in internacional peer-reviewed conferences and journals. He supervised 18 PhD theses (concluded), 10 on-going) and over 80 master theses. He was the Director of the CCTC research centre at U. Minho (2010-2013) and is an elected member of the Scientific Council of the School of Engineering since 2019. He is also currently President of the Board of the BIP4DAB (BioData.pt) Association and member (scientific representative) of the ELIXIR board.
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Miguel Rocha

Nomes de citação

  • Rocha, Miguel

Identificadores de autor

Ciência ID
C71E-042A-53DE
ORCID iD
0000-0001-8439-8172
Google Scholar ID
http://scholar.google.com/citations?user=pT-rwEIAAAAJ&hl=en
Researcher Id
B-9404-2011
Scopus Author Id
7102481188

Endereços de correio eletrónico

  • mrocha@di.uminho.pt (Profissional)

Telefones

Telefone
  • 253604469 (Profissional)

Moradas

  • Campus de Gualtar, Dept. Informática, 4710-057, Braga, Braga, Portugal (Profissional)

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática
  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Ciências da Computação

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Espanhol; Castelhano Utilizador elementar (A2) Utilizador elementar (A2) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A2) Utilizador elementar (A1)
Formação
Grau Classificação
2017/10/27
Concluído
 Agregação na área científica de Informática (Título de Agregado)
Universidade do Minho, Portugal
2004/04/16
Concluído
 Doutoramento em Informática (Mestrado integrado)
Especialização em Inteligência Artificial
Universidade do Minho, Portugal
"Optimização de Modelos Conexionistas de Aprendizagem via Computação Genética e Evolucionária" (TESE/DISSERTAÇÃO)
1995/10/01 - 1998/03/15
Concluído
 Mestrado em Informática (Mestrado)
Especialização em Sistemas Distribídos, Arquitecturas de Computador e Comunicações por Computador
Universidade do Minho, Portugal
"Uma Aproximação à Resolução do Problema do Caixeiro Viajante via Programação Genética" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 Muito Bom
1990/10/07 - 1995/09/30
Concluído
 Engenharia de Sistemas e Informática (Licenciatura)
Universidade do Minho, Portugal
 17
Percurso profissional

Docência no Ensino Superior

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2012/08/01 - Atual Professor Associado (Docente Universitário) Universidade do Minho, Portugal
2004/04/16 - 2012/07/31 Professor Auxiliar (Docente Universitário) Universidade do Minho, Portugal
1998/04/01 - 2004/04/15 Assistente (Docente Universitário) Universidade do Minho, Portugal
1996/10/01 - 1997/09/30 Monitor (Docente Universitário) Universidade do Minho, Portugal

Cargos e Funções

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2021/05/20 - Atual Presidente Associação BIP4DAB, Portugal
Projetos

Projeto

Designação Financiadores
2019/01/01 - 2023/02/28 SHIKIFACTORY100 – Modular cell factories for the production of 100 compounds from the shikimate pathway
814408
Investigador responsável
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal

SilicoLife, Lda, Portugal

Danmarks Tekniske Universitet - Riso Campus, Dinamarca

European Molecular Biology Laboratory, Alemanha

Universidade Nova de Lisboa, Portugal

The University of Manchester, Reino Unido

GalChimia SA, Espanha

École Polytechnique Fédérale de Lausanne, Suiça
EU Framework Programme for Research and Innovation Nanotechnologies Advanced Materials Advanced Manufacturing and Processing and Biotechnology
Em curso
2019/07/01 - 2022/06/30 DeepBio – Deep and machine learning for industrial biotechnology
NORTE-01-0247-FEDER-039831
Investigador responsável
Universidade do Minho, Portugal

SilicoLife, Lda, Portugal
Agência Nacional de Inovação SA
Em curso
2018/10 - 2021/09 ViralFP - Using computational and experimental methods to provide a global characterization of viral fusion peptides
NORTE-01-0145-FEDER-028200
Investigador responsável
Universidade do Minho, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2017/06 - 2020/06 BioData.pt - Portuguese Biological Data Network
POCI-01-0145-FEDER-022231
Investigador responsável
Universidade do Minho, Portugal

Instituto Gulbenkian de Ciência, Portugal

Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

Centro de Biotecnologia Agrícola e Agro-Alimentar do Alentejo, Portugal

Universidade do Porto Instituto de Investigação e Inovação em Saúde, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2016/03 - 2020/02 DD-Decaf - Bioinformatics Services for Data-Driven Design of Cell Factories and Communities
H2020-LEIT-BIO-2015-1 686070-1
Investigador
Universidade do Minho, Portugal

Danmarks Tekniske Universitet, Dinamarca

École Polytechnique Fédérale de Lausanne Bibliothèque, Suiça

SilicoLife, Lda, Portugal

European Molecular Biology Laboratory, Alemanha
European Commission
Em curso
2016/01/01 - 2018/12/31 SISBI – Sistema Inteligente de Suporte à Decisão em Biotecnologia Industrial
NORTE-01-0247-FEDER-003381
Investigador responsável
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal

SilicoLife, Lda, Portugal
Agência Nacional de Inovação SA
Concluído
2015/04 - 2018/03 DYNAMICS - Analysis and optimization of industrial microorganisms under dynamic process conditions
ERA-IB-2/0002/2014
Investigador
Universidade do Minho, Portugal
 European Commission
Concluído
2014/03 - 2018/02 An integrated computational platform for knowledge extraction from metabolomics data applied to the analysis of natural products
PVE
Investigador
Universidade Federal de Santa Catarina, Brasil
 Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
Concluído
2014/01 - 2017/12 Biocontrol: network for studies of systems biology and control methods
N/A
Investigador
Universidade Federal de Santa Catarina, Brasil
 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Concluído
2014/03 - 2017/05 DeYeastLibrary: Designer yeast strain library optimized for metabolic engineering applications
N/A
Investigador
Universidade do Minho, Portugal
 European Commission
Concluído
2014/03 - 2017/02 PropMine: Desenvolvimento de ferramentas de descrição e classificação da própolis brasileira via metabolómica e mineração de dados
PropMine
Investigador responsável
Universidade do Minho, Portugal

Universidade Federal de Santa Catarina, Brasil
Fundação para a Ciência e a Tecnologia

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
Concluído
2012/07 - 2015/06 PEM – Platform for Metabolic Engineering
23060
Investigador
Universidade do Minho, Portugal

SilicoLife, Lda, Portugal
Agência Nacional de Inovação SA

European Regional Development Fund
Concluído
2011/04 - 2014/09 The Transcriptome of the Oncogenic HOXA9 Homeoprotein in Human Glioblastoma: Characterization and Functional Significance
PTDC/SAU-GMG/113795/2009
Investigador
Universidade do Minho, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2011/03 - 2014/07 ToMEGIM: Computational Tools for Metabolic Engineering using Genome-scale Integrated Models
PTDC/EIA-EIA/115176/2009
Investigador responsável
Universidade do Minho, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2011/01 - 2014/06 In silico reconstruction of Streptococcus pneumoniae cellular networks and their impact on virulence
PTDC/EBB-EBI/113824/2009
Investigador
Universidade do Minho, Portugal

Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2010/06 - 2013/12 GAsPar: General-purpose Aspect-Oriented framework for heterogeneous multicore Parallel systems
PTDC/EIA-EIA/108937/2008
Investigador
Universidade do Minho, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2010/04 - 2013/09 HeliSysBio - Molecular Systems Biology Helicobacter pylori
PTDC/EBB-EBI/104235/2008
Investigador
Universidade do Minho, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2008/12 - 2012/11 SYSINBIO- Systems Biology as a Driver for Industrial Biotechnology
212766
Investigador
Universidade do Minho, Portugal

École Polytechnique Fédérale de Lausanne, Suiça

Chalmers tekniska högskola, Suécia

Danmarks Tekniske Universitet, Dinamarca

Universität Stuttgart Biologisches Institut, Alemanha

Universita degli Studi di Milano Facolta di Scienze e Tecnologie, Itália
European Commission
Concluído
2009/04 - 2012/09 Bridging Systems and Synthetic Biology for the development of Improved Microbial Cell Factories
MIT-Pt/BS-BB/0082/2008
Investigador
Universidade do Minho, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2008/01 - 2010/12 SPAM Telescope Miner: worldwide unsolicited email detection using data mining techniques
PTDC/EIA/64541/2006
Investigador
Universidade do Minho, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2008/01 - 2010/12 SPAM Telescope Miner: worldwide unsolicited email detection using data mining techniques
64541
Provided by PTCRIS: 64541
Investigador
Universidade de Coimbra
2007/07 - 2010/12 AspectGrid: Pluggable Grid Aspects for Scientific Applications
GRID/GRI/81880/2006
Investigador
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2007 - 2009 Machine Learning Applications in Systems Biology Research
FLAD-FCT
Investigador
Universidade do Minho, Portugal

University of California Irvine, Estados Unidos
Fundação Luso-Americana

Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2007 - 2009 Development of a user-friendly software platform for the rational design of improved microbial strains
N/A
Investigador
Universidade do Minho, Portugal
 Dupont Central Research and Development
Concluído
2007 - 2009 Development of a case-based reasoning tool for cancer diagnosis using microarray datasets
N/A
Investigador
Universidade do Minho, Portugal

Universidade de Vigo - Campus Ourense, Espanha
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2005/07 - 2008/06 MOBioPro-Nature-based computation in the modeling and optimization of biotechnological processes
POSC/ EIA/59899/2004
Investigador responsável
Universidade do Minho, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2005 - 2007 Neural Network based techniques for Internet Congestion Control
N/A
Investigador
Universidade do Minho, Portugal

University College London, Reino Unido
Conselho de Reitores das Universidades Portuguesas

British Council Portugal
Concluído
2003 - 2006 Intelligent Agents Simulation for the RoboCup
POSI/ROBO/ 43904/2002
Investigador
Universidade do Minho Centro ALGORITMI, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em conferência
  1. Baptista, D.; Correia, J.; Pereira, B.; Rocha, M.. "A Comparison of Different Compound Representations for Drug Sensitivity Prediction". Trabalho apresentado em PACBB 2021, Salamanca, 2021.
    Publicado • 10.1007/978-3-030-86258-9_15
  2. Pereira, V.; Rocha, M.. "Combinatorial Optimization of Succinate Production in Escherichia coli". Trabalho apresentado em PACBB 2021, Salamanca, 2021.
    10.1007/978-3-030-86258-9_16
  3. Antunes, D.; Martins, D.; Correia, F.; Rocha, M.; Arrais, J.P.. "Computational Methods for the Identification of Genetic Variants in Complex Diseases". Trabalho apresentado em PACBB 2021, Salamanca, 2021.
    Publicado • 10.1007/978-3-030-86258-9_1
  4. Pereira, B.; Maraschin, M.; Rocha, M.. "Computational Tools for the Analysis of 2D-Nuclear Magnetic Resonance Data". Trabalho apresentado em PACBB 2021, Salamanca, 2021.
    10.1007/978-3-030-86258-9_6
  5. Alves, N.; Rodrigues, R.; Rocha, M.. "BioTMPy: A Deep Learning-Based Tool to Classify Biomedical Literature". Trabalho apresentado em PACBB 2021, Salamanca, 2021.
    10.1007/978-3-030-86258-9_12
  6. Sequeira, A.M.; Rocha, M.. "Recurrent Deep Neural Networks for Enzyme Functional Annotation". Trabalho apresentado em PACBB 2021, Salamanca, 2021.
    10.1007/978-3-030-86258-9_7
  7. Reis, J.; Phan, T.K.; Kheirkhah, M.; Yang, F.; Griffin, D.; Rocha, M.; Rio, M.. "R2L: Routing with Reinforcement Learning". 2021.
    10.1109/IJCNN52387.2021.9533549
  8. Camaz, G.; Pereira, V.; Rocha, M.; Sousa, P.. "Optimizing NFV deployment in Segment Routing,Otimização de implementações NFV em Segment Routing". 2021.
    10.23919/CISTI52073.2021.9476304
  9. Rocha, Miguel; Sequeira, Ana Marta; Lousa, Diana. "A Python Automated Platform for the Classification of Proteins Using Machine Learning". Trabalho apresentado em 14th International Conference Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics (PACBB 2020), L'Aquila, 2020.
  10. Rocha, Miguel; Cruz, Fernando; Dias, Oscar. "Reconciliation of Regulatory Data: The Regulatory Networks of Escherichia coli and Bacillus subtilis". Trabalho apresentado em 14th International Conference Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics (PACBB 2020), L'Aquila, 2020.
  11. Pereira, Vitor; Rocha, Miguel; Sousa, Pedro. "Hybrid IP/SDN Routing for Inter-Data Center Communications". Trabalho apresentado em 2019 IEEE 8th International Conference on Cloud Networking (CloudNet), 2020.
    10.1109/cloudnet47604.2019.9064118
  12. Sequeira, A.M.; Lousa, D.; Rocha, M.. "ProPythia: A Python Automated Platform for the Classification of Proteins Using Machine Learning". Trabalho apresentado em 14th International Conference Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics (PACBB 2020), 2020.
    10.1007/978-3-030-54568-0_4
  13. Lima, D.; Cruz, F.; Rocha, M.; Dias, O.. "Reconciliation of Regulatory Data: The Regulatory Networks of Escherichia coli and Bacillus subtilis". Trabalho apresentado em 14th International Conference Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics (PACBB 2020), 2020.
    10.1007/978-3-030-54568-0_16
  14. Jorge Ferreira; Vítor Vieira; Jorge Gomes; Sara Correia; Miguel Rocha. "Troppo - A Python Framework for the Reconstruction of Context-Specific Metabolic Models". Trabalho apresentado em PACBB 2'019, 2019.
    Publicado • 10.1007/978-3-030-23873-5_18
  15. Sampaio, M.; Rocha, M.; Oliveira, H.; Dias, O.. "Predicting Promoters in Phage Genomes Using Machine Learning Models". Trabalho apresentado em Int. Conf. Practical Applications Bioinformatics and Computational Biology (PACBB 2019), Ávila, 2019.
    Publicado • 10.1007/978-3-030-23873-5_13
  16. Correia, J.; Resende, T.; Baptista, D.; Rocha, M.. "Artificial Intelligence in Biological Activity Prediction". Trabalho apresentado em Int. Conf. on Practical Applications of Bioinformatics and Computational Biology (PACBB 2019), 2019.
    Publicado • 10.1007/978-3-030-23873-5_20
  17. Cruz, F.; Lima, D.; Faria, J.P.; Rocha, M.; Dias, O.. "Towards the Reconstruction of Integrated Genome-Scale Models of Metabolism and Gene Expression". Trabalho apresentado em Int. Conf. Practical Applications Bioinformatics and Computational Biology (PACBB 2019), Ávila, 2019.
    Publicado • 10.1007/978-3-030-23873-5_21
  18. Rocha, Miguel; Phan, Truong Khoa; Reis, Joao; Griffin, David; Rio, Miguel. "Triptych: Multi-objective Optimisation of Service Deployment Costs, Application Delay and Bandwidth Usage". Trabalho apresentado em 2019 IFIP Networking Conference (IFIP Networking), Warsaw, 2019.
    10.23919/ifipnetworking.2019.8816840
  19. Reis, J.; Rocha, M.; Phan, T.K.; Griffin, D.; Le, F.; Rio, M.. "Deep Neural Networks for Network Routing". 2019.
    10.1109/IJCNN.2019.8851733
  20. Pereira, V.; Rocha, M.; Sousa, P.. "Hybrid IP/SDN Routing for Inter-Data Center Communications". 2019.
    10.1109/CloudNet47604.2019.9064118
  21. Rodrigues, R.; Costa, H.; Rocha, M.. "Automating the extraction of essential genes from literature". Trabalho apresentado em Industrial Conference on Data Mining, New York, 2018.
    10.1007/978-3-319-95786-9_6
  22. Cardoso, S.; Baptista, D.; Santos, R.; Rocha, M.. "A review on metabolomics data analysis for cancer applications". Trabalho apresentado em Int. Conf. Practical Applications Bioinformatics and Computational Biology (PACBB 2018), Toledo, 2018.
    Publicado • 10.1007/978-3-319-98702-6_19
  23. Bauer, C.M.; Vilaça, P.; Ramlov, F.; de Oliveira, E.R.; Cabral, D.Q.; Schmitz, C.; Corrêa, R.G.; Rocha, M.; Maraschin, M.. "In silico predictions for fucoxanthin production by the diatom phaeodactylum tricornutum". Trabalho apresentado em Int. Conf. Practical Applications Bioinformatics and Computational Biology (PACBB 2018), Toledo, 2018.
    Publicado • 10.1007/978-3-319-98702-6_17
  24. Cabral, D.; Cardoso, S.; Rocco, S.; Sforça, M.; Hengeltraub, S.F.; Bauer, C.; Rocha, M.; Maraschin, M.. "17a-ethinylestradiol analysis of endo- and exometabolome of ulva lactuca (chlorophyta) by 1H-NMR spectroscopy and bioinformatics tools". Trabalho apresentado em Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics, 12th International Conference, Toledo, 2018.
    10.1007/978-3-319-98702-6_26
  25. Vieira, V.; Ferreira, J.; Rodrigues, R.; Rocha, M.. "Metabolite integration pipeline for the improvement of human metabolic models". Trabalho apresentado em PACBB 2018 - Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics, 12th International Conference, Toledo, 2018.
    10.1007/978-3-319-98702-6_23
  26. Sequeira, J.C.; Rocha, M.; Madalena Alves, M.; Salvador, A.F.. "MOSCA: An automated pipeline for integrated metagenomics and metatranscriptomics data analysis". Trabalho apresentado em PACBB 2018, 2018.
    Publicado • 10.1007/978-3-319-98702-6_22
  27. Pereira, V.; Rocha, M.; Sousa, P.. "Segment routing single link failure congestion optimization". Trabalho apresentado em ICETE, 2018.
  28. Pereira, V.; Sousa, P.; Rocha, M.. "Evolutionary computation at work for the optimization of link state routing protocols". Trabalho apresentado em Workshops of GECCO 2017, 2017.
    10.1145/3067695.3076110
  29. Maia, P.; Rocha, I.; Rocha, M.. "Identification of robust strain designs via tandem pFBA/LMOMA phenotype prediction". Trabalho apresentado em GECCO 2017 Workshops, 2017.
    10.1145/3067695.3082542
  30. Osório, N.; Vilaça, P.; Rocha, M.. "A critical evaluation of automatic atom mapping algorithms and tools". Trabalho apresentado em 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, 2017.
    10.1007/978-3-319-60816-7_31
  31. Alves, T.; Rodrigues, R.; Costa, H.; Rocha, M.. "Development of text mining tools for information retrieval from patents". Trabalho apresentado em 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, 2017.
    10.1007/978-3-319-60816-7_9
  32. Santiago, A.M.; Rocha, M.; Dourado, A.; Arrais, J.P.. "Mixed-integer programming model for profiling disease biomarkers from gene expression studies". Trabalho apresentado em IWBBIO 2017 - International Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering, 2017.
    10.1007/978-3-319-56154-7_6
  33. Lopes, S.; Moresco, L.; Peruch, L.A.M.; Rocha, M.; Maraschin, M.. "UV-vis spectrophotometry and chemometrics as tools for recognition of the biochemical profiles of organic banana peels (Musa sp.) according to the seasonality in southern Brazil". Trabalho apresentado em 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, 2017.
    10.1007/978-3-319-60816-7_35
  34. Moresco, R.; Afonso, T.; Uarrota, V.G.; Navarro, B.B.; Nunes, E.C.; Rocha, M.; Maraschin, M.. "Classification tools for carotenoid content estimation in manihot esculenta via metabolomics and machine learning". Trabalho apresentado em PACBB 2017 - 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, 2017.
    10.1007/978-3-319-60816-7_34
  35. Oliveira, E.R.; Wickert, E.; Ramlov, F.; Moresco, R.; Simão, L.; Navarro, B.B.; Bauer, C.; et al. "Influence of solar radiation on the production of secondary metabolites in three rice (Oryza sativa) cultivars". Trabalho apresentado em PACBB 2017 - 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, 2017.
    10.1007/978-3-319-60816-7_36
  36. Cardoso, S.; Maraschin, M.; Peruch, L.A.M.; Rocha, M.; Pereira, A.. "Characterization of the chemical composition of banana peels from southern brazil across the seasons using nuclear magnetic resonance and chemometrics". Trabalho apresentado em International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, 2017.
    10.1007/978-3-319-60816-7_39
  37. Pereira, V.; Rocha, M.; Sousa, P.. "Automated network resilience optimization using computational intelligence methods". Trabalho apresentado em Intelligent Distributed Computing IX, 2016.
    10.1007/978-3-319-25017-5_46
  38. Ferreira, J.; Correia, S.; Rocha, M.. "Reconstruction of metabolic models for liver cancer cells". Trabalho apresentado em PACBB 2016, 2016.
    10.1007/978-3-319-40126-3_22
  39. Vieira, V.; Maia, P.; Rocha, I.; Rocha, M.. "Development of an integrated framework for minimal cut set enumeration in constraint-based models". Trabalho apresentado em PACBB 2016: 10th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, 2016.
    10.1007/978-3-319-40126-3_20
  40. Rodrigues, R.; Costa, H.; Rocha, M.. "Development of a machine learning framework for biomedical text mining". Trabalho apresentado em PACBB 2016 - Practical Applications of Bioinformatics and Computational Biology, 2016.
    10.1007/978-3-319-40126-3_5
  41. Moresco, R.; Uarrota, V.G.; Pereira, A.; Tomazzoli, M.; Nunes, E.C.; Peruch, L.A.M.; Costa, C.; Rocha, M.; Maraschin, M.. "Carotenoid analysis of cassava genotypes roots (Manihot Esculenta Crantz) cultivated in southern Brazil using chemometric tools". Trabalho apresentado em PACBB 2016, 2016.
    10.1007/978-3-319-19776-0_2
  42. Pereira, V.; Sousa, P.; Cortez, P.; Rio, M.; Rocha, M.. "Comparison of single and multi-objective evolutionary algorithms for robust link-state routing". Trabalho apresentado em EMO 2016, 2016.
    10.1007/978-3-319-15892-1_39
  43. Pereira, R.T.; Costa, H.; Carneiro, S.; Rocha, M.; Mendes, R.. "Reconstructing transcriptional Regulatory Networks using data integration and Text Mining". Trabalho apresentado em BIBM 2015, 2015.
    10.1109/BIBM.2015.7359907
  44. Valente, E.; Rocha, M.. "Transcript-based reannotation for microarray probesets". Trabalho apresentado em SAC 2015, 2015.
    10.1145/2695664.2695704
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  96. Lourenço, A.; Carreira, R.; Carneiro, S.; Maia, P.; Glez-Peña, D.; Fdez-Riverola, F.; Ferreira, E.C.; Rocha, I.; Rocha, M.. "@Note: A workbench for Biomedical Text Mining". Journal of Biomedical Informatics 42 4 (2009): 710-720. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-67649367551&partnerID=MN8TOARS.
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  97. Rocha, M.; Maia, P.; Mendes, R.; Pinto, J.P.; Ferreira, E.C.; Nielsen, J.; Patil, K.R.; Rocha, I.. "Natural computation meta-heuristics for the in silico optimization of microbial strains". BMC Bioinformatics 9 (2008): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-58149307906&partnerID=MN8TOARS.
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  99. Sousa, P.; Rocha, M.; Rio, M.; Cortez, P.. "Automatic provisioning of QoS aware OSPF configurations". Journal of Networks 2 2 (2007): 1-10. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84866842607&partnerID=MN8TOARS.
  100. Cortez, P.; Rocha, M.; Neves, J.. "Evolving time series forecasting ARMA models". Journal of Heuristics 10 4 (2004): 415-429. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-3142742672&partnerID=MN8TOARS.
    10.1023/B:HEUR.0000034714.09838.1e
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    10.1023/A:1015259001150
Capítulo de livro
  1. Tiago Sousa; João Correia; Vitor Pereira; Miguel Rocha. "Combining Multi-objective Evolutionary Algorithms with Deep Generative Models Towards Focused Molecular Design". 2021.
    10.1007/978-3-030-72699-7_6
  2. Rocha, Miguel. "Banana (Musa spp.) as a Source of Bioactive Compounds for Health Promotion". In Handbook of Banana Production, Postharvest Science, Processing Technology, and Nutrition, 227-244. Springer, 2020.
    Publicado
  3. G. Uarrota, Virgílio; de Fatima Moreira de Bairros, Angela; Gindri, Diego; Santini Leolato, Lucieli; Camargo de Andrade, Gisiane; Nerling, Daniele; Stefen, Deivid; et al. "From Neglected and Underutilized Crops to Powerful Sources of Vitamin A: Three Case Studies of Mozambican Cultivated Tacca leontopetaloides, Cowpea, and Cassava". In Vitamin A. IntechOpen, 2019.
    10.5772/intechopen.84829
  4. Bauer, C.M.; Schmitz, C.; Corrêa, R.G.; Herrera, C.M.; Ramlov, F.; Oliveira, E.R.; Pizzato, A.; et al. "In vitro fucoxanthin production by the Phaeodactylum tricornutum diatom". In Studies in Natural Products Chemistry, 211-242. Elsevier, 2019.
    10.1016/b978-0-12-817901-7.00008-3
  5. Ferreira, Jorge; Vieira, Vitor; Rocha, Miguel. "Genome-Scale Metabolic Models". In Reference Module in Biomedical Sciences. Elsevier, 2019.
    10.1016/b978-0-12-801238-3.11514-4
  6. Bauer, C.M.; Schmitz, C.; Corrêa, R.G.; Herrera, C.M.; Ramlov, F.; Oliveira, E.R.; Pizzato, A.; et al. "In vitro fucoxanthin production by the Phaeodactylum tricornutum diatom". 211-242. 2019.
    10.1016/B978-0-12-817901-7.00008-3
  7. Valente, E.; Rocha, M.. "DNA microarrays: Fundamentals, data integration and applications". 349-362. 2019.
  8. Dias, O.; Rocha, M.; Ferreira, E.C.; Rocha, I.. "Reconstructing high-quality large-scale metabolic models with merlin". 1-36. 2018.
    10.1007/978-1-4939-7528-0_1
  9. Vilaça, P.; Maia, P.; Giesteira, H.; Rocha, I.; Rocha, M.. "Analyzing and designing cell factories with OptFlux". 37-76. 2018.
    10.1007/978-1-4939-7528-0_2
  10. Valente, E.; Rocha, M.; Ferreira, E.C.; Rocha, I.. "Modelling of biotechnological processes -An approach based on artificial neural networks". In Computational Intelligence Techniques for Bioprocess Modelling, Supervision and Control, 311-332. Springer Berlin Heidelberg, 2009.
    10.1007/978-3-642-01888-6_11
  11. Mendes, R.; Rocha, I.; Pinto, J.P.; Ferreira, E.C.; Rocha, M.. "Differential evolution for the offline and online optimization of fed-batch fermentation processes". In Advances in Differential Evolution, 299-317. 2008.
    10.1007/978-3-540-68830-3_13
  12. Cortez, P.; Rocha, M.; Neves, J.. "Time series forecasting by evolutionary neural networks". In Artificial neural networks in real-life applications, 47-70. 2005.
    10.4018/978-1-59140-902-1.ch003
Edição de livro
  1. Mohamad, M.S.; Rocha, M.P.; De Paz, J.F.; Fdez-Riverola, F.; González, P.. Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics, 12th International Conference. Springer International Publishing. 2018.
    Publicado • 10.1007/978-3-319-98702-6 • Editor
  2. Fdez-Riverola, F.; De Paz, J.F.; Mohamad, M.S.; Pinto, T.; Rocha, M.. 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics - Part of the Advances in Intelligent Systems and Computing book series (AISC, volume 616). Springer International Publishing. 2017.
    10.1007/978-3-319-60816-7
  3. Mohamad, M.S.; Rocha, M.P.; Fdez-Riverola, F.; Mayo, F.J.D.; De Paz, J.F.. 10th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics - Part of the Advances in Intelligent Systems and Computing book series (AISC). Springer International Publishing. 2016.
    10.1007/978-3-319-40126-3
  4. Overbeek, R.; Rocha, M.P.; Fdez-Riverola, F.; De Paz, J.F.. 9th International Conference on Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics - Part of the Advances in Intelligent Systems and Computing book series (AISC). Springer. 2015.
  5. Mohamad, M.S.; Nanni, L.; Rocha, M.P.; Fdez-Riverola, F.; Sáez-Rodríguez, J.; De Paz Santana, J.F.. 7th International Conference on Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics. 2013.
    10.1007/978-3-319-00578-2
  6. Rocha, M.P.; Luscombe, N.; Rodríguez, J.M.C.; Fdez-Riverola, F.. Advances in Intelligent and Soft Computing - Proc. of the PACBB 2012. 2012.
  7. Omatu, S.; Rocha, M.P.; Bravo, J.; Fernandez, F.; Corchado, E.; Bustillo, A.; Corchado, J.M.. Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics): Preface. 2009.
Edição de número de revista
  1. Florentino Fdez-Riverola; Miguel Rocha. "Selected Extended Papers of the 12th International Conference on Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics (PACBB)". Journal of Integrative Bioinformatics 16 1 (2019): https://doi.org/10.1515/jib-2019-0004.
    10.1515/jib-2019-0004
  2. Rocha, M.; Fdez-Riverola, F.. "Advanced practical applications of computational biology & bioinformatics: PACBB’15". Current Bioinformatics 13 6 (2018): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85057221728&partnerID=MN8TOARS.
    10.2174/157489361306181107184700
  3. Fdez-Riverola, F.; Rocha, M.. "Selected Extended Papers of the 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics (PACBB)". Journal of integrative bioinformatics 14 4 (2017): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85060610159&partnerID=MN8TOARS.
    10.1515/jib-2017-0071
  4. Rocha, M.; Fdez-Riverola, F.. "Selected papers from the annual PACBB conference 2014: Special issue". Current Bioinformatics 11 5 (2016): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84995902524&partnerID=MN8TOARS.
Livro
  1. Fdez-Riverola, F.; Rocha, M.; Mohamad, M.S.; Caraiman, S.; Gil-González, A.B.. Preface. 2023.
  2. Rocha, M.; Fdez-Riverola, F.; Mohamad, M.S.; Casado-Vara, R.. Preface. 2022.
  3. Panuccio, G.; Fdez-Riverola, F.; Casado-Vara, R.; Rocha, M.; Mohamad, M.S.. Preface. 2021.
  4. Fdez-Riverola, F.; Rocha, M.; Mohamad, M.S.; Zaki, N.; Castellanos-Garzón, J.A.. Preface. 2020.
  5. Mohamad, M.S.; Rocha, M.P.; De Paz, J.F.; Fdez-Riverola, F.; González, P.. Preface. 2019.
  6. Overbeek, R.; Rocha, M.P.; Fdez-Riverola, F.; De Paz, J.F.. 9th International Conference on Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics. 2015.
    10.1007/978-3-319-19776-0
Pré-impressão
  1. Marta Sampaio; Miguel Rocha; Oscar Dias. "A diel multi-tissue genome-scale metabolic model ofVitis vinifera". 2024. https://doi.org/10.1101/2024.01.30.578056.
    10.1101/2024.01.30.578056
  2. Delora Baptista; Pedro G. Ferreira; Miguel Rocha. "A systematic evaluation of deep learning methods for the prediction of drug synergy in cancer". 2022. https://doi.org/10.1101/2022.05.16.492054.
    10.1101/2022.05.16.492054
Recurso online
  1. Joana Martins; Carlos Magalhães; Vítor Vieira; Miguel Rocha; Nuno S. Osório. HABIT – a webserver for interactive T cell neoepitope discovery. 2019. https://doi.org/10.1101/535716.
    10.1101/535716

Propriedade Intelectual

Pedido provisório de patente
  1. 2019. "Method for n-butanol production using heterologous expression of anaerobic pathways".
    Divulgado

Outros

Outra produção
  1. A pipeline for the reconstruction and evaluation of context-specific human metabolic models at a large-scale. 2021. Vítor Vieira; Jorge Ferreira; Miguel Rocha. https://doi.org/10.1101/2021.07.22.453372.
    10.1101/2021.07.22.453372
  2. BioISO: an objective-oriented application for assisting the curation of genome-scale metabolic models. 2021. Fernando Cruz; João Capela; Eugénio C. Ferreira; Miguel Rocha; Oscar Dias. https://doi.org/10.1101/2021.03.07.434259.
    10.1101/2021.03.07.434259
  3. IEC7871 Quercus suber model: The first multi-tissue diel cycle genome-scale metabolic model of a woody tree. 2021. Cunha, E.; Silva, M.; Chaves, I.; Demirci, H.; Lagoa, D.R.; Lima, D.; Rocha, M.; Rocha, I.; Dias, O.. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85105056577&partnerID=MN8TOARS.
    10.1101/2021.03.09.434537
  4. ViralFP: A webserver of viral fusion proteins. 2021. Moreira, P.; Sequeira, A.M.; Pereira, S.; Rodrigues, R.; Rocha, M.; Lousa, D.. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85111200512&partnerID=MN8TOARS.
  5. Reconstruction of consensus tissue-specific metabolic models. 2018. Sara Correia; Bruno Costa; Miguel Rocha. https://doi.org/10.1101/327262.
    10.1101/327262
Atividades

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2021 - 2023 Development of Deep Learning Models for scRNA data analysis
Coorientador
 Mestrado em Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2016 - 2023 Metabolomics- based approaches for food authentication and traceability
Orientador
 Doutoramento em Engenharia Química e Biológica (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2021/10 - 2022/12 Development of a deep learning-based computational framework for the classification of protein sequences
Orientador
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2020/10 - 2022/12 Predicting the impact of psychoactive compounds on human gut bacteria with metabolic modelling
Orientador
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2020/10 - 2022/02 Developing deep learning methods to predict phenotypes and clinical outcomes from transcriptomics data
Orientador
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2021 - 2022 Development of DNA sequence classifiers based on deep learning
Orientador
 Engenharia Informática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2021 - 2022 Twitter Observatory: developing tools to recover and classify information for the social network Twitter
Orientador
 Engenharia Informática
Universidade do Minho, Portugal
2021 - 2022 Development of tools for sentiment analysis in the Portuguese Language
Orientador
 Engenharia Informática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2021 - 2022 Development of a recommendation system for scientific literature based on deep learning
Orientador
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2021 - 2022 Mining metagenomics datasets for novel plastic degrading enzymes
Coorientador
 Bioinformática
Universidade do Minho, Portugal
2021 - 2022 Integrating Kinetic and Constraint-based Models of Metabolism
Coorientador
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2020 - 2022 Transcriptional regulation of neurogenesis by the proneural factor Ascl1
Coorientador
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2019 - 2022 Development of language modelling techniques for protein sequence analysis
Orientador
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2022 A framework for predicting drug sensitivity and synergy in cancer cells using deep learning
Orientador
 Doutoramento em Engenharia Biomédica (Doutoramento)
2017 - 2022 Integrative Pathway Analysis Approaches for Cancer Research and Drug Development,
Orientador
 Doutoramento em Engenharia Biomédica (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2019/09 - 2021/03 Network Anomaly Detection using Adversarial Deep Learning
Orientador
 Engenharia Informática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2019/10 - 2021/02 Computational methods for the identification of genetic variants in complex diseases
Orientador
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2020 - 2021 A model validation pipeline for healthy tissue genome-scale metabolic models
Orientador
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2020 - 2021 Computational approaches for the integration of in vitro chemical and screening data sets
Orientador
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2019 - 2021 Transformers for sentiment analysis on social media
Orientador
 Engenharia Informática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2021 In vitro cultivation of Phaeodactylum tricornutum and Chlorella sp. for the production of fucoxanthin and beta-carotene supported in nanomatrices
Coorientador
 Biotecnologia e Biociências (Doutoramento)
2019 - 2020 Development of a Tool based on Deep Learning able to classify Biomedical Literature
Orientador
 Mestrado em Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2019 - 2020 Extracting knowledge from documents related with Candida invasive fungal infections in iron overload context
Orientador
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2019 - 2020 Development of deep learning-based tools for the design of new compounds with desired biological activities
Orientador
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2018 - 2020 Development of Algorithms for the Analysis and Data Mining of Chemical Compound Prices
Orientador
 Mestrado em Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2016 - 2020 In vitro cultivation of Phaeodactylum tricornutum and Chlorella sp. for the production of fucoxanthin and beta-carotene supported in nanomatrices
Coorientador
 Programa Doutoral Biotecnologia e Biociências (Doutoramento)
Universidade Federal de Santa Catarina, Brasil
2018 - 2019 Predict immune responses to neoantigens using Machine Learning
Orientador de Ana Carolina Silva
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2018 - 2019 Identification and classification of transporter proteins using deep learning models
Orientador de Andrea Ferreira Meireles Silva
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2018 - 2019 Development of a Framework for Identification of Candida Species and Detection of Antifungal Resistance
Coorientador de Ana Patricia Mota de Oliveira
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2018 - 2019 Developing deep learning methods to predict cancer and its outcome from transcriptomics data
Orientador de Óscar Marques Soares
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2018 - 2019 Building an automated platform for the classification of peptides/proteins using machine learning
Orientador de Ana Marta Sequeira
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2018 - 2019 A web server to predict and annotate fungal secretomes or secreted proteins
Coorientador de João Pedro Rodrigues Baptista
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2018 - 2019 In silico investigation of drugs for the treatment of dengue fever disease
Coorientador de Daniel Carpinteiro Soares
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2018 - 2019 In silico objective-driven optimization of microbial communities
Coorientador de José Miguel Dantas de Sousa
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2019 Development of a web-based platform for Biomedical Text Mining
Orientador de Emanuel Queiroga Amorim Fernandes
 Engenharia Informática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2013 - 2019 Robust internet traffic engineering approaches using evolutionary computation
Coorientador de Vítor Manuel Sá Pereira
 Informática (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2018 Desenvolvimento de uma base de dados e ferramenta web para caracterização in silico de plasmideos
Coorientador de Catarina Freitas de Sousa Santos
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2018 Desenvolvimento de ferramentas para análise de sentimentos em redes sociais
Orientador de Luis Filipe Ferreira Brito
 Mestrado Integrado em Engenharia Informática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2018 Implementation and comparison of variant calling in exome sequencing data with clinical applications
Coorientador de Marta Carolina Cabral Moreno
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2018 Developing methods for the context-specific reconstruction of metabolic models of cancer cells
Orientador de Jorge Alexandre Correia Gomes
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2018 HIV-TB-Host Protein Interaction Network
Orientador de João Filipe Silva Correia
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2018 Building a database of common genetic variation in the Portuguese population using a WES approach
Coorientador de Ana Raquel Salgado Ramos
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2018 Development of a tool for partial automated annotation of metabolic reactions
Coorientador de Pedro Miguel Teixeira Queirós
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2018 Development of a Scoring System to Assess Potential Biomarkers for Atrial Fibrillation
Coorientador de Beatriz Teixeira de Magalha~es
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2016 - 2018 A text mining based approach for biomarker discovery
Orientador de André Miguel Portugal Abrantes Cruzeiro Santiago
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2016 - 2018 Developing deep learning computational tools for câncer using omics data
Orientador de Luis da Cunha Peixoto
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2013 - 2018 Evaluation and development of algorithms and computational tools for metabolic pathway optimization
Orientador de Filipe Alexandre Wang Liu
 Informática (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2016 - 2017 Desenvolvimento de ferramentas baseadas em web para análise e mineração de dados espectrais
Orientador de Telma Adriana Pereira Afonso
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2016 - 2017 Desenvolvimento de ferramentas baseadas em web para análise e mineração de dados de metabolómica
Orientador de Sara Manso de Sousa Cardoso
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2016 - 2017 Desenvolvimento de uma pipeline automatizada para análise de dados de meta-ómicas
Coorientador de João Carlos Sequeira da Costa
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2016 - 2017 HABIT (HLA binding intelligence) - um servidor web integrado para gerar e interpretar previsões de ligação de péptido HLA
Coorientador de Joana dos Santos Martins
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2016 - 2017 Identificação e caracterização de variação estrutural no genoma do sobreiro
Coorientador de Hugo Carvalho Magalhães
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2015 - 2017 Development of integrated models of hepatocyte cells / Desenvolvimento de modelos integrados para hepatócitos
Orientador de Jorge Miguel Lourenço Ferreira
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2014 - 2017 Bioprospecção, metabolômica e caracterização amilácea e de carotenoides em germoplasma biofortificado de mandioca (Manihot esculenta Crantz) via ferramentas de bioinformática
Coorientador de Rodolfo Moresco
 Biotecnologia e Biociências (Doutoramento)
Universidade Federal de Santa Catarina, Brasil
2015 - 2016 Development of a data integration pipeline for human metabolic models and databases
Orientador de Susana Raquel da Silva Barbosa
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2015 - 2016 Development of text mining tools for information retrieval and extraction from patents
Orientador de Tiago Alexandre Pinto Alves
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2015 - 2016 Machine learning approaches for predicting effects of drug combinations in cancer treatment
Orientador de Delora Soeiro Baptista
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2015 - 2016 Analise de padrões em dados genómicos multi-plataforma disponiveis pelo TCGA
Coorientador de João António Moreira da Silva
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2015 - 2016 A critical evaluation of automatic atom mapping algorithms and tools
Orientador de Nuno Manuel Carneiro Osório
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2015 - 2016 Exploração de paralelismo massivo em algoritmos evolucionários
Coorientador de Tiago Augusto Simões Martins
 Engenharia Informática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2012 - 2016 A framework for the reconstruction and analysis of tissue specific genome-scale metabolic models
Orientador de Sara Alexandra Gomes Correia
 Informática (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2012 - 2016 Network Inference of Logic-Based Ordinary Differential Equations Models
Orientador de David Saque Henriques
 Informática (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2014 - 2015 Development of a machine learning framework for Biomedical Text Mining
Orientador de Rúben Rodrigues
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2014 - 2015 Analysis of transcriptomics data for inference of the function of the ATXN3 gene in neuronal cells
Orientador de Manuel José Ferreira
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2010 - 2015 Modeling microbes: New methods for integrated metabolic and regulatory network reconstruction
Coorientador de José Pedro Lopes Faria
 Bioengenharia (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2009 - 2015 Algorithms and computational tools for metabolic flux analysis
Orientador de Rafael de Castro Carreira
 Engenharia Biomédica (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2009 - 2015 Algorithms and Tools for in silico Design of Cell Factories
Coorientador de Paulo Jorge Maia Silva
 Bioengenharia (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2009 - 2015 Development of computational tools for the integrated analysis of DNA microarray data with applications in cancer research
Orientador de Eduardo Sabina dos Santos Valente
 Informática (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2009 - 2015 Novel approaches for dynamic modeling of E. coli and their application in Metabolic Engineering
Coorientador de Pedro Tiago Evangelista
 Bioengenharia (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2013 - 2014 Development of an integrated platform for the in silico phenotype simulation of microbial strains
Orientador de Hugo Miguel Melo Giesteira
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2013 - 2014 Computational tools for pathway optimization towards metabolic engineering applications
Orientador
 Engenharia Informática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2013 - 2014 Development of an integrated computational platform for metabolomics data analysis and knowledge extraction
Orientador de Christopher Costa
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2013 - 2014 Extraction of kinetic information from literature
Orientador de Ana Alão Freitas
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2012 - 2013 Taxonomic and functional analysis of metagenomes
Coorientador de Pedro Santos Barbosa
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2012 - 2013 Development of a computational platform for the visualization of metabolic models
Orientador de Alberto Miguel Silva de Noronha
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2012 - 2013 Desenvolvimento de um sistema integrado para o tratamento de dados de sequenciação de próxima geração
Orientador de Marco André Ferreira Reis
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2012 - 2013 Computational tools for pathway optimization towards metabolic engineering applications
Orientador de Filipe Alexandre Wang Liu
 Engenharia Informática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2012 - 2013 Enhancing Machine Learning Methods for the Prediction of Cancer Cell Sensitivity to Drugs
Orientador de Vi´tor Daniel Costa
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2011 - 2012 Engenharia de Tráfego Robusta Usando Computação Evolucionária
Coorientador de Vítor Manuel Pereira
 Engenharia de Redes e Serviços de Comunicações (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2011 - 2012 Development of an integrated computational workflow for the reconstruction of genome-scale models
Orientador de João Cardoso
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2011 - 2012 Estudo de um modelo de automatização de análises de diversidade genética em populações humanas
Coorientador de Sara Fonseca
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2011 - 2012 Integration of Logic Modelling and Network Visualization Tools
Orientador de Emanuel Gonçalves
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2008 - 2012 Design principles for controlling gene expression
Coorientador de João Carlos Azevedo Salgado Guimarães
 Informática (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2008 - 2012 Computational Tools for large-scale biological network analysis
Orientador de José Pedro Basto Gouveia Pereira Pinto
 Informática (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2010 - 2011 Calibration of Logic Based Ordinary Differential Equation Models
Orientador de David Saque Henriques
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2010 - 2011 Desenvolvimento de ferramentas computacionais para optimização de estirpes por adição de reações ao modelo metabólico
Orientador de Sara Correia
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2009 - 2010 Studying the effect of regulatory and thermodynamic constraints on genome-scale model predictions
Orientador de José Pedro Faria
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2008 - 2009 Desenvolvimento de ferramentas computacionais para a simulação e análise de redes de regulação genética com base em modelos booleanos
Orientador de Paulo Vilaça
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2008 - 2009 Implementação de um ambiente integrado baseado em componentes para a análise de dados de expressão genética
Orientador de Danilo Santos
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2008 - 2009 Desenvolvimento de algoritmos evolucionários para ambientes Grid com aplicações à optimização de sistemas biológicos
Orientador de Jorge Pinho
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2008 - 2009 Multi-objective Evolutionary Algorithms for in the silico Optimization of Mutant Strains
Orientador de Paulo Jorge Maia Silva
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2008 - 2009 Computational Tools for the Simulation and Optimization of Biological Processes with Dynamical Models
Orientador de Pedro Tiago Evangelista
 Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2007 - 2009 Desenvolvimento de ferramentas computacionais para a optimização de processos de fermentação em Biotecnologia
Orientador de Orlando Rocha
 Engenharia Informática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2007 - 2009 Um Estudo sobre a Emergência de Linguagens para a Comunicação de Agentes em Ambientes de Vida Artificial
Orientador de Carlos Manuel Silva
 Informática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2007 - 2008 Computational Tools for the Reconstruction of Genome-scale Metabolic Models
Orientador de Óscar Manuel Dias
 Informática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2006 - 2007 Ferramentas computacionais para a Modelação e controlo de processos biotecnológicos
Orientador de Eduardo Valente
 Informática (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2006 - 2007 Utilização de técnicas de Bioinformática para a Optimização de um processo de Biotecnologia Industrial
Orientador
 Engenharia Biológica (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal