Miguel Rocha (C71E-042A-53DE)

Curriculum Vitae

Miguel Rocha

PT: Professor Associado com Agregação da Universidade do Minho. Leciona no Departamento de Informática principalmente unidades curriculares relacionadas com Bioinformática e Aprendizagem Máquina/ Ciências de Dados, sendo também o DIretor do Curso de Mestrado em Bioinformática, que co-fundou em 2007. É investigador integrado do Centro de Engenharia Biológica, onde lidera o grupo de investigação em Bioinformatics and Systems Biology (mais de 15 membros atualmente), tendo sido/ sendo investigador responsável de 12 projetos de investigação e tendo participado em mais de outros 25 projetos como membro da equipa. É autor de mais de 280 publicações em conferências e revistas internacionais com revisão por pares. Orientou 25 teses de Doutoramento finalizadas (7 atualmente em curso) e mais de 100 dissertações de Mestrado. Foi Diretor do Centro de CIências da Tecnologia da Computação (2010-2013) e membro eleito do Conselho Científico da Escola de Engenharia (2019-2025). Foi ainda (2021-2024), o Presidente eleito do Conselho de Administração da Associação BPI4DAB (BioData.pt) e é membro (representante científico) do Board do ELIXIR. ------------------------------------------------------------------------------------------------------------ EN: He is an Associate Professor with Habilitation from the University of Minho, where he lectures in the Department of Informatics mainly subjects related to Bioinformatics and Machine Learning/ Data Sciences, being also the Director of the MSc in Bioinformatics, a degree he co-founded in 2007. He is a senior researcher at the Centre of Biological Engineering, where he leads the Bioinformatics and Systems Biology group (over 15 members). He is/has been the PI of 12 research projects, and he has also participated in more than 25 projects as a team member. He is the author of over 280 papers in internacional peer-reviewed conferences and journals. He supervised 25 PhD theses (concluded), 7 on-going) and over 100 master theses. He was the Director of the CCTC research centre at U. Minho (2010-2013) and an elected member of the Scientific Council of the School of Engineering (2019-25). He was President of the Board of the BIP4DAB (BioData.pt) Association (2021-2024) and is a member (scientific representative) of the ELIXIR board.

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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo: Miguel Rocha

Nomes de citação

Rocha, Miguel

Identificadores de autor

Ciência ID: C71E-042A-53DE
ORCID iD: 0000-0001-8439-8172
Google Scholar ID: http://scholar.google.com/citations?user=pT-rwEIAAAAJ&hl=en
Researcher Id: B-9404-2011
Scopus Author Id: 7102481188

Endereços de correio eletrónico

mrocha@di.uminho.pt (Profissional)

Telefones

Telefone

253604469 (Profissional)

Moradas

Campus de Gualtar, Dept. Informática, 4710-057, Braga, Braga, Portugal (Profissional)

Websites

http://ceb.uminho.pt/People/Profile/mrocha (Académico)

Domínios de atuação

Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática
Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Ciências da Computação

Idiomas

Idioma	Conversação	Leitura	Escrita	Compreensão	Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C1)
Espanhol; Castelhano	Utilizador elementar (A2)	Utilizador elementar (A2)	Utilizador elementar (A1)	Utilizador elementar (A2)	Utilizador elementar (A1)

Formação

	Grau	Classificação
2017/10/27 Concluído	Agregação na área científica de Informática (Título de Agregado) Universidade do Minho, Portugal
2004/04/16 Concluído	Doutoramento em Informática (Mestrado integrado) Especialização em Inteligência Artificial Universidade do Minho, Portugal "Optimização de Modelos Conexionistas de Aprendizagem via Computação Genética e Evolucionária" (TESE/DISSERTAÇÃO)
1995/10/01 - 1998/03/15 Concluído	Mestrado em Informática (Mestrado) Especialização em Sistemas Distribídos, Arquitecturas de Computador e Comunicações por Computador Universidade do Minho, Portugal "Uma Aproximação à Resolução do Problema do Caixeiro Viajante via Programação Genética" (TESE/DISSERTAÇÃO)	Muito Bom
1990/10/07 - 1995/09/30 Concluído	Engenharia de Sistemas e Informática (Licenciatura) Universidade do Minho, Portugal	17

Percurso profissional

Docência no Ensino Superior

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2012/08/01 - Atual	Professor Associado (Docente Universitário)	Universidade do Minho, Portugal

2004/04/16 - 2012/07/31	Professor Auxiliar (Docente Universitário)	Universidade do Minho, Portugal

1998/04/01 - 2004/04/15	Assistente (Docente Universitário)	Universidade do Minho, Portugal

1996/10/01 - 1997/09/30	Monitor (Docente Universitário)	Universidade do Minho, Portugal

Cargos e Funções

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2021/05/20 - 2024	Presidente	Associação BIP4DAB, Portugal

Outros

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2021/06 - Atual	Fundador e CSO	OmniumAi , Portugal

Projetos

Projeto

	Designação	Financiadores
2026/01/05 - 2029/01/04	VictuAI – Inteligência Artificial para o ciclo de vida dos suplementos alimentares NORTE2030-FEDER-02303300 Investigador responsável Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal	Agência Nacional de Inovação SA Em curso
2025/10/01 - 2028/09/30	IngredientIA - Ingredientes, microbioma e modelos de digestão para a saúde através da aplicação de Inteligência Artificial COMPETE2030-FEDER-02307500 Investigador responsável Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal	Agência Nacional de Inovação SA Em curso
2025/07/01 - 2028/06/30	CibusAI – Inteligência Artificial para a reformulação de produtos alimentares NORTE2030-FEDER-01199800 Investigador responsável Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal	Em curso
2021/01/01 - 2025/12/31	Laboratório Associado em Biotecnologia, Bioengenharia e Sistemas microELetromecânicos LA/P/0029/2020 10.54499/LA/P/0029/2020 Universidade do Minho, Portugal Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal Universidade do Minho Labbels, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2019/01/01 - 2023/02/28	SHIKIFACTORY100 – Modular cell factories for the production of 100 compounds from the shikimate pathway 814408 Investigador responsável Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal SilicoLife, Lda, Portugal Danmarks Tekniske Universitet - Riso Campus, Dinamarca European Molecular Biology Laboratory, Alemanha Universidade Nova de Lisboa, Portugal The University of Manchester, Reino Unido GalChimia SA, Espanha École Polytechnique Fédérale de Lausanne, Suiça	EU Framework Programme for Research and Innovation Nanotechnologies Advanced Materials Advanced Manufacturing and Processing and Biotechnology Em curso
2019/07/01 - 2022/06/30	DeepBio – Deep and machine learning for industrial biotechnology NORTE-01-0247-FEDER-039831 Investigador responsável Universidade do Minho, Portugal SilicoLife, Lda, Portugal	Agência Nacional de Inovação SA Em curso
2017/06 - 2020/06	BioData.pt - Portuguese Biological Data Network POCI-01-0145-FEDER-022231 Investigador responsável Universidade do Minho, Portugal Instituto Gulbenkian de Ciência, Portugal Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal Centro de Biotecnologia Agrícola e Agro-Alimentar do Alentejo, Portugal Universidade do Porto Instituto de Investigação e Inovação em Saúde, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2016/03 - 2020/02	DD-Decaf - Bioinformatics Services for Data-Driven Design of Cell Factories and Communities H2020-LEIT-BIO-2015-1 686070-1 Investigador Universidade do Minho, Portugal Danmarks Tekniske Universitet, Dinamarca École Polytechnique Fédérale de Lausanne Bibliothèque, Suiça SilicoLife, Lda, Portugal European Molecular Biology Laboratory, Alemanha	European Commission Em curso
2016/01/01 - 2018/12/31	SISBI – Sistema Inteligente de Suporte à Decisão em Biotecnologia Industrial NORTE-01-0247-FEDER-003381 Investigador responsável Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal SilicoLife, Lda, Portugal	Agência Nacional de Inovação SA Concluído
2015/04 - 2018/03	DYNAMICS - Analysis and optimization of industrial microorganisms under dynamic process conditions ERA-IB-2/0002/2014 Investigador Universidade do Minho, Portugal	European Commission Concluído
2014/03 - 2018/02	An integrated computational platform for knowledge extraction from metabolomics data applied to the analysis of natural products PVE Investigador Universidade Federal de Santa Catarina, Brasil	Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico Concluído
2014/01 - 2017/12	Biocontrol: network for studies of systems biology and control methods N/A Investigador Universidade Federal de Santa Catarina, Brasil	Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Concluído
2014/03 - 2017/05	DeYeastLibrary: Designer yeast strain library optimized for metabolic engineering applications N/A Investigador Universidade do Minho, Portugal	European Commission Concluído
2014/03 - 2017/02	PropMine: Desenvolvimento de ferramentas de descrição e classificação da própolis brasileira via metabolómica e mineração de dados PropMine Investigador responsável Universidade do Minho, Portugal Universidade Federal de Santa Catarina, Brasil	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico Concluído
2012/07 - 2015/06	PEM – Platform for Metabolic Engineering 23060 Investigador Universidade do Minho, Portugal SilicoLife, Lda, Portugal	Agência Nacional de Inovação SA European Regional Development Fund Concluído
2011/04 - 2014/09	The Transcriptome of the Oncogenic HOXA9 Homeoprotein in Human Glioblastoma: Characterization and Functional Significance PTDC/SAU-GMG/113795/2009 113795 Provided by PTCRIS: 113795 Investigador Universidade do Minho, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Universidade de Coimbra Concluído
2011/03 - 2014/07	ToMEGIM: Computational Tools for Metabolic Engineering using Genome-scale Integrated Models PTDC/EIA-EIA/115176/2009 115176 Provided by PTCRIS: 115176 Investigador responsável Universidade do Minho, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Universidade de Coimbra Concluído
2011/01 - 2014/06	In silico reconstruction of Streptococcus pneumoniae cellular networks and their impact on virulence PTDC/EBB-EBI/113824/2009 Provided by PTCRIS: 113824 113824 Investigador Universidade do Minho, Portugal Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Universidade de Coimbra Concluído
2011/01/01 - 2013/12/31	Projecto Estratégico - UI 752 - 2011-2012 PEst-OE/EEI/UI0752/2011 Universidade do Minho, Portugal Universidade do Minho Centro ALGORITMI, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2010/06 - 2013/12	GAsPar: General-purpose Aspect-Oriented framework for heterogeneous multicore Parallel systems PTDC/EIA-EIA/108937/2008 108937 Provided by PTCRIS: 108937 Investigador Universidade do Minho, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Universidade de Coimbra Concluído
2010/04 - 2013/09	HeliSysBio - Molecular Systems Biology Helicobacter pylori Provided by PTCRIS: 104235 104235 PTDC/EBB-EBI/104235/2008 Investigador Universidade do Minho, Portugal	Universidade de Coimbra Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2008/12 - 2012/11	SYSINBIO- Systems Biology as a Driver for Industrial Biotechnology 212766 Investigador Universidade do Minho, Portugal École Polytechnique Fédérale de Lausanne, Suiça Chalmers tekniska högskola, Suécia Danmarks Tekniske Universitet, Dinamarca Universität Stuttgart Biologisches Institut, Alemanha Universita degli Studi di Milano Facolta di Scienze e Tecnologie, Itália	European Commission Concluído
2009/04 - 2012/09	Bridging Systems and Synthetic Biology for the development of Improved Microbial Cell Factories MIT-Pt/BS-BB/0082/2008 84035 Provided by PTCRIS: 84035 Investigador Universidade do Minho, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Universidade de Coimbra Concluído
2008/01 - 2010/12	SPAM Telescope Miner: worldwide unsolicited email detection using data mining techniques PTDC/EIA/64541/2006 64541 Provided by PTCRIS: 64541 Investigador Universidade do Minho, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Universidade de Coimbra Concluído
2007/07 - 2010/12	AspectGrid: Pluggable Grid Aspects for Scientific Applications GRID/GRI/81880/2006 81880 Provided by PTCRIS: 81880 Investigador	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Universidade de Coimbra Concluído
2007 - 2009	Machine Learning Applications in Systems Biology Research FLAD-FCT Investigador Universidade do Minho, Portugal University of California Irvine, Estados Unidos	Fundação Luso-Americana Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2007 - 2009	Development of a user-friendly software platform for the rational design of improved microbial strains N/A Investigador Universidade do Minho, Portugal	Dupont Central Research and Development Concluído
2007 - 2009	Development of a case-based reasoning tool for cancer diagnosis using microarray datasets N/A Investigador Universidade do Minho, Portugal Universidade de Vigo - Campus Ourense, Espanha	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2005/07 - 2008/06	MOBioPro-Nature-based computation in the modeling and optimization of biotechnological processes 59899 Provided by PTCRIS: 59899 Investigador responsável	Universidade de Coimbra
2005 - 2007	Neural Network based techniques for Internet Congestion Control N/A Investigador Universidade do Minho, Portugal University College London, Reino Unido	Conselho de Reitores das Universidades Portuguesas British Council Portugal Concluído
2003 - 2006	Intelligent Agents Simulation for the RoboCup POSI/ROBO/ 43904/2002 Investigador Universidade do Minho Centro ALGORITMI, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído

Produções

Publicações

Artigo em conferência	Sá, Bruno; Oliveira, Alexandre; Rocha, Miguel. "Evolutionary Algorithms for Metabolic Transformation through Multi-gene Knockout Optimization". Trabalho apresentado em GECCO 2025, 2025. Publicado • 10.1145/3712256.3726477 Alves, Nuno; Osório, Nuno S.; Pereira, Vítor; Rocha, Miguel. "Leveraging Large Language Models on Assay Descriptions to Improve the Prediction of Inhibitors for Mycobacterium Tuberculosis.". Trabalho apresentado em IWANN 2025, 2025. Publicado • 10.1007/978-3-032-02725-2_9 Sampaio, Marta; Rocha, Miguel; Dias, O.. Autor correspondente: Sampaio, Marta. "A multi-omics approach for understanding grape metabolism throughout development". Trabalho apresentado em 10th IFAC International Conference on Foundations of Systems Biology in Engineering, 2024. Em revisão Oliveira, Alexandre; Rocha, Miguel; Dias, O.. Autor correspondente: Dias, O.. "Metabolic modelling reveals key pathways in COVID-19 in an effort to drive drug purposing". Trabalho apresentado em 10th IFAC International Conference on Foundations of Systems Biology in Engineering, Corfu, 2024. Publicado • 10.1016/j.ifacol.2024.10.016 Sampaio, Marta; Rocha, Miguel; Dias, O.. Autor correspondente: Sampaio, Marta. "iplants: a repository of plant metabolic data". Trabalho apresentado em 18th International Conference on Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics, Salamanca, 2024. Em revisão João Correia; Vítor Pereira; Miguel Rocha. "Combining Evolutionary Algorithms with Reaction Rules Towards Focused Molecular Design". 2023. 10.1145/3583131.3590413 Baptista, D.; Correia, J.; Pereira, B.; Rocha, M.. "A Comparison of Different Compound Representations for Drug Sensitivity Prediction". Trabalho apresentado em PACBB 2021, Salamanca, 2021. Publicado • 10.1007/978-3-030-86258-9_15 Pereira, V.; Rocha, M.. "Combinatorial Optimization of Succinate Production in Escherichia coli". Trabalho apresentado em PACBB 2021, Salamanca, 2021. 10.1007/978-3-030-86258-9_16 Antunes, D.; Martins, D.; Correia, F.; Rocha, M.; Arrais, J.P.. "Computational Methods for the Identification of Genetic Variants in Complex Diseases". Trabalho apresentado em PACBB 2021, Salamanca, 2021. Publicado • 10.1007/978-3-030-86258-9_1 Pereira, B.; Maraschin, M.; Rocha, M.. "Computational Tools for the Analysis of 2D-Nuclear Magnetic Resonance Data". Trabalho apresentado em PACBB 2021, Salamanca, 2021. 10.1007/978-3-030-86258-9_6 Alves, N.; Rodrigues, R.; Rocha, M.. "BioTMPy: A Deep Learning-Based Tool to Classify Biomedical Literature". Trabalho apresentado em PACBB 2021, Salamanca, 2021. 10.1007/978-3-030-86258-9_12 Sequeira, A.M.; Rocha, M.. "Recurrent Deep Neural Networks for Enzyme Functional Annotation". Trabalho apresentado em PACBB 2021, Salamanca, 2021. 10.1007/978-3-030-86258-9_7 Reis, J.; Phan, T.K.; Kheirkhah, M.; Yang, F.; Griffin, D.; Rocha, M.; Rio, M.. "R2L: Routing with Reinforcement Learning". 2021. 10.1109/IJCNN52387.2021.9533549 Camaz, G.; Pereira, V.; Rocha, M.; Sousa, P.. "Optimizing NFV deployment in Segment Routing,Otimização de implementações NFV em Segment Routing". 2021. 10.23919/CISTI52073.2021.9476304 Rocha, Miguel; Sequeira, Ana Marta; Lousa, Diana. "A Python Automated Platform for the Classification of Proteins Using Machine Learning". Trabalho apresentado em 14th International Conference Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics (PACBB 2020), L'Aquila, 2020. Rocha, Miguel; Cruz, Fernando; Dias, Oscar. "Reconciliation of Regulatory Data: The Regulatory Networks of Escherichia coli and Bacillus subtilis". Trabalho apresentado em 14th International Conference Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics (PACBB 2020), L'Aquila, 2020. Pereira, Vitor; Rocha, Miguel; Sousa, Pedro. "Hybrid IP/SDN Routing for Inter-Data Center Communications". Trabalho apresentado em 2019 IEEE 8th International Conference on Cloud Networking (CloudNet), 2020. 10.1109/cloudnet47604.2019.9064118 Sequeira, A.M.; Lousa, D.; Rocha, M.. "ProPythia: A Python Automated Platform for the Classification of Proteins Using Machine Learning". Trabalho apresentado em 14th International Conference Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics (PACBB 2020), 2020. 10.1007/978-3-030-54568-0_4 Lima, D.; Cruz, F.; Rocha, M.; Dias, O.. "Reconciliation of Regulatory Data: The Regulatory Networks of Escherichia coli and Bacillus subtilis". Trabalho apresentado em 14th International Conference Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics (PACBB 2020), 2020. 10.1007/978-3-030-54568-0_16 Jorge Ferreira; Vítor Vieira; Jorge Gomes; Sara Correia; Miguel Rocha. "Troppo - A Python Framework for the Reconstruction of Context-Specific Metabolic Models". Trabalho apresentado em PACBB 2'019, 2019. Publicado • 10.1007/978-3-030-23873-5_18 Sampaio, M.; Rocha, M.; Oliveira, H.; Dias, O.. "Predicting Promoters in Phage Genomes Using Machine Learning Models". Trabalho apresentado em Int. Conf. Practical Applications Bioinformatics and Computational Biology (PACBB 2019), Ávila, 2019. Publicado • 10.1007/978-3-030-23873-5_13 Correia, J.; Resende, T.; Baptista, D.; Rocha, M.. "Artificial Intelligence in Biological Activity Prediction". Trabalho apresentado em Int. Conf. on Practical Applications of Bioinformatics and Computational Biology (PACBB 2019), 2019. Publicado • 10.1007/978-3-030-23873-5_20 Cruz, F.; Lima, D.; Faria, J.P.; Rocha, M.; Dias, O.. "Towards the Reconstruction of Integrated Genome-Scale Models of Metabolism and Gene Expression". Trabalho apresentado em Int. Conf. Practical Applications Bioinformatics and Computational Biology (PACBB 2019), Ávila, 2019. Publicado • 10.1007/978-3-030-23873-5_21 Rocha, Miguel; Phan, Truong Khoa; Reis, Joao; Griffin, David; Rio, Miguel. "Triptych: Multi-objective Optimisation of Service Deployment Costs, Application Delay and Bandwidth Usage". Trabalho apresentado em 2019 IFIP Networking Conference (IFIP Networking), Warsaw, 2019. 10.23919/ifipnetworking.2019.8816840 Reis, J.; Rocha, M.; Phan, T.K.; Griffin, D.; Le, F.; Rio, M.. "Deep Neural Networks for Network Routing". 2019. 10.1109/IJCNN.2019.8851733 Pereira, V.; Rocha, M.; Sousa, P.. "Hybrid IP/SDN Routing for Inter-Data Center Communications". 2019. 10.1109/CloudNet47604.2019.9064118 Rodrigues, R.; Costa, H.; Rocha, M.. "Automating the extraction of essential genes from literature". Trabalho apresentado em Industrial Conference on Data Mining, New York, 2018. 10.1007/978-3-319-95786-9_6 Cardoso, S.; Baptista, D.; Santos, R.; Rocha, M.. "A review on metabolomics data analysis for cancer applications". Trabalho apresentado em Int. Conf. Practical Applications Bioinformatics and Computational Biology (PACBB 2018), Toledo, 2018. Publicado • 10.1007/978-3-319-98702-6_19 Bauer, C.M.; Vilaça, P.; Ramlov, F.; de Oliveira, E.R.; Cabral, D.Q.; Schmitz, C.; Corrêa, R.G.; Rocha, M.; Maraschin, M.. "In silico predictions for fucoxanthin production by the diatom phaeodactylum tricornutum". Trabalho apresentado em Int. Conf. Practical Applications Bioinformatics and Computational Biology (PACBB 2018), Toledo, 2018. Publicado • 10.1007/978-3-319-98702-6_17 Cabral, D.; Cardoso, S.; Rocco, S.; Sforça, M.; Hengeltraub, S.F.; Bauer, C.; Rocha, M.; Maraschin, M.. "17a-ethinylestradiol analysis of endo- and exometabolome of ulva lactuca (chlorophyta) by ¹H-NMR spectroscopy and bioinformatics tools". Trabalho apresentado em Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics, 12th International Conference, Toledo, 2018. 10.1007/978-3-319-98702-6_26 Vieira, V.; Ferreira, J.; Rodrigues, R.; Rocha, M.. "Metabolite integration pipeline for the improvement of human metabolic models". Trabalho apresentado em PACBB 2018 - Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics, 12th International Conference, Toledo, 2018. 10.1007/978-3-319-98702-6_23 Sequeira, J.C.; Rocha, M.; Madalena Alves, M.; Salvador, A.F.. "MOSCA: An automated pipeline for integrated metagenomics and metatranscriptomics data analysis". Trabalho apresentado em PACBB 2018, 2018. Publicado • 10.1007/978-3-319-98702-6_22 Pereira, V.; Rocha, M.; Sousa, P.. "Segment routing single link failure congestion optimization". Trabalho apresentado em ICETE, 2018. Pereira, V.; Sousa, P.; Rocha, M.. "Evolutionary computation at work for the optimization of link state routing protocols". Trabalho apresentado em Workshops of GECCO 2017, 2017. 10.1145/3067695.3076110 Maia, P.; Rocha, I.; Rocha, M.. "Identification of robust strain designs via tandem pFBA/LMOMA phenotype prediction". Trabalho apresentado em GECCO 2017 Workshops, 2017. 10.1145/3067695.3082542 Osório, N.; Vilaça, P.; Rocha, M.. "A critical evaluation of automatic atom mapping algorithms and tools". Trabalho apresentado em 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, 2017. 10.1007/978-3-319-60816-7_31 Alves, T.; Rodrigues, R.; Costa, H.; Rocha, M.. "Development of text mining tools for information retrieval from patents". Trabalho apresentado em 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, 2017. 10.1007/978-3-319-60816-7_9 Santiago, A.M.; Rocha, M.; Dourado, A.; Arrais, J.P.. "Mixed-integer programming model for profiling disease biomarkers from gene expression studies". Trabalho apresentado em IWBBIO 2017 - International Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering, 2017. 10.1007/978-3-319-56154-7_6 Lopes, S.; Moresco, L.; Peruch, L.A.M.; Rocha, M.; Maraschin, M.. "UV-vis spectrophotometry and chemometrics as tools for recognition of the biochemical profiles of organic banana peels (Musa sp.) according to the seasonality in southern Brazil". Trabalho apresentado em 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, 2017. 10.1007/978-3-319-60816-7_35 Moresco, R.; Afonso, T.; Uarrota, V.G.; Navarro, B.B.; Nunes, E.C.; Rocha, M.; Maraschin, M.. "Classification tools for carotenoid content estimation in manihot esculenta via metabolomics and machine learning". Trabalho apresentado em PACBB 2017 - 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, 2017. 10.1007/978-3-319-60816-7_34 Oliveira, E.R.; Wickert, E.; Ramlov, F.; Moresco, R.; Simão, L.; Navarro, B.B.; Bauer, C.; et al. "Influence of solar radiation on the production of secondary metabolites in three rice (Oryza sativa) cultivars". Trabalho apresentado em PACBB 2017 - 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, 2017. 10.1007/978-3-319-60816-7_36 Cardoso, S.; Maraschin, M.; Peruch, L.A.M.; Rocha, M.; Pereira, A.. "Characterization of the chemical composition of banana peels from southern brazil across the seasons using nuclear magnetic resonance and chemometrics". Trabalho apresentado em International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, 2017. 10.1007/978-3-319-60816-7_39 Pereira, V.; Rocha, M.; Sousa, P.. "Automated network resilience optimization using computational intelligence methods". Trabalho apresentado em Intelligent Distributed Computing IX, 2016. 10.1007/978-3-319-25017-5_46 Ferreira, J.; Correia, S.; Rocha, M.. "Reconstruction of metabolic models for liver cancer cells". Trabalho apresentado em PACBB 2016, 2016. 10.1007/978-3-319-40126-3_22 Vieira, V.; Maia, P.; Rocha, I.; Rocha, M.. 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Trabalho apresentado em EMO 2016, 2016. 10.1007/978-3-319-15892-1_39 Pereira, R.T.; Costa, H.; Carneiro, S.; Rocha, M.; Mendes, R.. "Reconstructing transcriptional Regulatory Networks using data integration and Text Mining". Trabalho apresentado em BIBM 2015, 2015. 10.1109/BIBM.2015.7359907 Valente, E.; Rocha, M.. "Transcript-based reannotation for microarray probesets". Trabalho apresentado em SAC 2015, 2015. 10.1145/2695664.2695704 Tomazzoli, M.M.; Pai Neto, R.D.; Moresco, R.; Westphal, L.; Zeggio, A.R.S.; Specht, L.; Costa, C.; Rocha, M.; Maraschin, M.. "UV-visible scanning spectrophotometry and chemometric analysis as tools to build descriptive and classification models for propolis from Southern Brazil". Trabalho apresentado em PACBB 2015, Salamanca, 2015. 10.1007/978-3-319-19776-0_3 Correia, S.; Rocha, M.. "A critical evaluation of methods for the reconstruction of tissue-specific models". 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Trabalho apresentado em PACBB 2015, 2015. 10.1007/978-3-319-19776-0_4 Rocha, O.; Vilaça, P.; Rocha, M.; Mendes, R.. "Reg4OptFlux: An OptFlux plug-in that comprises meta-heuristics approaches for Metabolic engineering using integrated models". Trabalho apresentado em NABIC 2014, 2014. 10.1109/NaBIC.2014.6921882 Barbosa, P.; Dias, O.; Arrais, J.P.; Rocha, M.. "Metagenomic analysis of the saliva microbiome with merlin". Trabalho apresentado em PACBB 2014, 2014. 10.1007/978-3-319-07581-5_23 Moresco, R.; Uarrota, V.G.; Nunes, E.C.; Coelho, B.; Amante, E.R.; Gervin, V.M.; Eduardo M Campos, C.; Rocha, M.; Maraschin, M.. "Discrimination of Brazilian Cassava Genotypes (Manihot Esculenta Crantz) According to Their Physicochemical Traits and Functional Properties Through Bioinformatics Tools". Trabalho apresentado em 8th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics (PACBB 2014), 2014. 10.1007/978-3-319-07581-5_7 Liu, F.; Vilaça, P.; Rocha, I.; Rocha, M.. "Evaluating pathway enumeration algorithms in metabolic engineering case studies". Trabalho apresentado em PACBB 2014, 2014. 10.1007/978-3-319-07581-5_26 Evangelista, P.; Rocha, M.; Rocha, I.. "Evolutionary computation for predicting optimal reaction knockouts and enzyme modulation strategies". Trabalho apresentado em CEC 2013, 2013. 10.1109/CEC.2013.6557705 Maia, P.; Rocha, I.; Rocha, M.. "An integrated framework for strain optimization". Trabalho apresentado em CEC 2013, 2013. 10.1109/CEC.2013.6557571 Carreira, R.; Rocha, M.; Villas-Bôas, S.G.; Rocha, I.. "Algorithms to infer metabolic flux ratios from fluxomics data". Trabalho apresentado em BIBM, 2013. 10.1109/BIBM.2013.6732490 Rocha, M.. "Large scale metabolic characterization using flux balance analysis and data mining". Trabalho apresentado em ICANNGA 2013, 2013. 10.1007/978-3-642-37213-1-35 Noronha, A.; Vilaça, P.; Rocha, M.. "Network Visualization Tools to Enhance Metabolic Engineering Platforms". Trabalho apresentado em PACBB 2013, 2013. 10.1007/978-3-319-00578-2_18 Pereira, V.; Sousa, P.; Cortez, P.; Rio, M.; Rocha, M.. "Robust optimization of intradomain routing using Evolutionary Algorithms". Trabalho apresentado em DCAI 2013, 2013. 10.1007/978-3-319-00551-5_25 Pereira, V.; Rocha, M.; Cortez, P.; Rio, M.; Sousa, P.. "A framework for robust traffic engineering using evolutionary computation". Trabalho apresentado em IFIP International Conference on Autonomous Infrastructure, Management and Security, 2013. 10.1007/978-3-642-38998-6_1 Cortez, P.; Vaz, R.; Rocha, M.; Rio, M.; Sousa, P.. "Evolutionary symbiotic feature selection for email spam detection". Trabalho apresentado em ICINCO 2012, 2012. Correia, S.; Rocha, M.. "Computational tools for strain optimization by adding reactions". Trabalho apresentado em PACBB 2012, 2012. 10.1007/978-3-642-28839-5_28 Gonçalves, E.; Rocha, I.; Rocha, M.. "Computational tools for strain optimization by tuning the optimal level of gene expression". Trabalho apresentado em 6th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, Salamanca, 2012. 10.1007/978-3-642-28839-5_29 Maraschin, M.; Somensi-Zeggio, A.; Oliveira, S.K.; Kuhnen, S.; Tomazzoli, M.M.; Zeri, A.C.M.; Carreira, R.; Rocha, M.. "A machine learning and chemometrics assisted interpretation of spectroscopic data - A NMR-based metabolomics platform for the assessment of Brazilian propolis". Trabalho apresentado em PRIB 2012, 2012. 10.1007/978-3-642-34123-6_12 Cardoso, J.; Vilaça, P.; Soares, S.; Rocha, M.. "An algorithm to assemble gene-protein-reaction associations for genome-scale metabolic model reconstruction". Trabalho apresentado em PRIB 2012, 2012. 10.1007/978-3-642-34123-6_11 Rocha, M.; Sa, T.; Sousa, P.; Cortez, P.; Rio, M.. "Multiobjective evolutionary algorithms for intradomain routing optimization". Trabalho apresentado em CEC 2011, 2011. 10.1109/CEC.2011.5949897 Sousa, P.; Cortez, P.; Rio, M.; Rocha, M.. "Traffic engineering approaches using multicriteria optimization techniques". Trabalho apresentado em WWIC, 2011. 10.1007/978-3-642-21560-5_9 Pinto, J.P.; Rocha, I.; Rocha, M.. "Highlighting metabolic strategies using network analysis over strain optimization results". Trabalho apresentado em ACM BCB 2011, 2011. 10.1007/978-3-642-24855-9_10 Lourenço, A.; Carneiro, S.; Pinto, J.P.; Rocha, M.; Ferreira, E.C.; Rocha, I.. "Interpreting the regulatory interplay in E. Coli metabolic pathways". Trabalho apresentado em PACBB 2011, 2011. 10.1007/978-3-642-19914-1_40 Evangelista, P.; Pinho, J.; Gonçalves, E.; Maia, P.; Sobral, J.L.; Rocha, M.. 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Capítulo de livro	Tiago Sousa; João Correia; Vitor Pereira; Miguel Rocha. "Combining Multi-objective Evolutionary Algorithms with Deep Generative Models Towards Focused Molecular Design". 2021. 10.1007/978-3-030-72699-7_6 Rocha, Miguel. "Banana (Musa spp.) as a Source of Bioactive Compounds for Health Promotion". In Handbook of Banana Production, Postharvest Science, Processing Technology, and Nutrition, 227-244. Springer, 2020. Publicado G. Uarrota, Virgílio; de Fatima Moreira de Bairros, Angela; Gindri, Diego; Santini Leolato, Lucieli; Camargo de Andrade, Gisiane; Nerling, Daniele; Stefen, Deivid; et al. "From Neglected and Underutilized Crops to Powerful Sources of Vitamin A: Three Case Studies of Mozambican Cultivated Tacca leontopetaloides, Cowpea, and Cassava". In Vitamin A. IntechOpen, 2019. 10.5772/intechopen.84829 Bauer, C.M.; Schmitz, C.; Corrêa, R.G.; Herrera, C.M.; Ramlov, F.; Oliveira, E.R.; Pizzato, A.; et al. "In vitro fucoxanthin production by the Phaeodactylum tricornutum diatom". In Studies in Natural Products Chemistry, 211-242. Elsevier, 2019. 10.1016/b978-0-12-817901-7.00008-3 Ferreira, Jorge; Vieira, Vitor; Rocha, Miguel. "Genome-Scale Metabolic Models". In Reference Module in Biomedical Sciences. Elsevier, 2019. 10.1016/b978-0-12-801238-3.11514-4 Bauer, C.M.; Schmitz, C.; Corrêa, R.G.; Herrera, C.M.; Ramlov, F.; Oliveira, E.R.; Pizzato, A.; et al. "In vitro fucoxanthin production by the Phaeodactylum tricornutum diatom". 211-242. 2019. 10.1016/B978-0-12-817901-7.00008-3 Valente, E.; Rocha, M.. "DNA microarrays: Fundamentals, data integration and applications". 349-362. 2019. Dias, O.; Rocha, M.; Ferreira, E.C.; Rocha, I.. "Reconstructing high-quality large-scale metabolic models with merlin". 1-36. 2018. 10.1007/978-1-4939-7528-0_1 Vilaça, P.; Maia, P.; Giesteira, H.; Rocha, I.; Rocha, M.. "Analyzing and designing cell factories with OptFlux". 37-76. 2018. 10.1007/978-1-4939-7528-0_2 Valente, E.; Rocha, M.; Ferreira, E.C.; Rocha, I.. "Modelling of biotechnological processes -An approach based on artificial neural networks". In Computational Intelligence Techniques for Bioprocess Modelling, Supervision and Control, 311-332. Springer Berlin Heidelberg, 2009. 10.1007/978-3-642-01888-6_11 Mendes, R.; Rocha, I.; Pinto, J.P.; Ferreira, E.C.; Rocha, M.. "Differential evolution for the offline and online optimization of fed-batch fermentation processes". In Advances in Differential Evolution, 299-317. 2008. 10.1007/978-3-540-68830-3_13 Cortez, P.; Rocha, M.; Neves, J.. "Time series forecasting by evolutionary neural networks". In Artificial neural networks in real-life applications, 47-70. 2005. 10.4018/978-1-59140-902-1.ch003
Edição de livro	Mohamad, M.S.; Rocha, M.P.; De Paz, J.F.; Fdez-Riverola, F.; González, P., ed. Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics, 12th International Conference. Springer International Publishing. 2018. Publicado • 10.1007/978-3-319-98702-6 • Editor Fdez-Riverola, F.; De Paz, J.F.; Mohamad, M.S.; Pinto, T.; Rocha, M., ed. 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics - Part of the Advances in Intelligent Systems and Computing book series (AISC, volume 616). Springer International Publishing. 2017. 10.1007/978-3-319-60816-7 Mohamad, M.S.; Rocha, M.P.; Fdez-Riverola, F.; Mayo, F.J.D.; De Paz, J.F., ed. 10th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics - Part of the Advances in Intelligent Systems and Computing book series (AISC). Springer International Publishing. 2016. 10.1007/978-3-319-40126-3 Overbeek, R.; Rocha, M.P.; Fdez-Riverola, F.; De Paz, J.F., ed. 9th International Conference on Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics - Part of the Advances in Intelligent Systems and Computing book series (AISC). Springer. 2015. Mohamad, M.S.; Nanni, L.; Rocha, M.P.; Fdez-Riverola, F.; Sáez-Rodríguez, J.; De Paz Santana, J.F., ed. 7th International Conference on Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics. 2013. 10.1007/978-3-319-00578-2 Rocha, M.P.; Luscombe, N.; Rodríguez, J.M.C.; Fdez-Riverola, F., ed. Advances in Intelligent and Soft Computing - Proc. of the PACBB 2012. 2012. Omatu, S.; Rocha, M.P.; Bravo, J.; Fernandez, F.; Corchado, E.; Bustillo, A.; Corchado, J.M., ed. Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics): Preface. 2009.
Edição de número de revista	Florentino Fdez-Riverola; Miguel Rocha. "Selected Extended Papers of the 12th International Conference on Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics (PACBB)". Journal of Integrative Bioinformatics 16 1 (2019): https://doi.org/10.1515/jib-2019-0004. 10.1515/jib-2019-0004 Rocha, M.; Fdez-Riverola, F.. "Advanced practical applications of computational biology & bioinformatics: PACBB’15". Current Bioinformatics 13 6 (2018): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85057221728&partnerID=MN8TOARS. 10.2174/157489361306181107184700 Fdez-Riverola, F.; Rocha, M.. "Selected Extended Papers of the 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics (PACBB)". Journal of integrative bioinformatics 14 4 (2017): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85060610159&partnerID=MN8TOARS. 10.1515/jib-2017-0071 Rocha, M.; Fdez-Riverola, F.. "Selected papers from the annual PACBB conference 2014: Special issue". Current Bioinformatics 11 5 (2016): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84995902524&partnerID=MN8TOARS.
Livro	Fdez-Riverola, F.; Rocha, M.; Mohamad, M.S.; Caraiman, S.; Gil-González, A.B.. Preface. 2023. Rocha, M.; Fdez-Riverola, F.; Mohamad, M.S.; Casado-Vara, R.. Preface. 2022. Panuccio, G.; Fdez-Riverola, F.; Casado-Vara, R.; Rocha, M.; Mohamad, M.S.. Preface. 2021. Fdez-Riverola, F.; Rocha, M.; Mohamad, M.S.; Zaki, N.; Castellanos-Garzón, J.A.. Preface. 2020. Mohamad, M.S.; Rocha, M.P.; De Paz, J.F.; Fdez-Riverola, F.; González, P.. Preface. 2019. Overbeek, R.; Rocha, M.P.; Fdez-Riverola, F.; De Paz, J.F.. 9th International Conference on Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics. 2015. 10.1007/978-3-319-19776-0
Poster em conferência	Pereira, Vítor; Barbosa, Carolina; Cruz, Fernando; Rocha, Miguel. "Harnessing computational strain design with MEWpy and SDDB". Trabalho apresentado em RECOMB 2023, 2023. Moreira, Pedro; Parada, Mariana; Vicente, João; Soares, Cláudio M; Rocha, Miguel; Lousa, Diana. "De novo antibody design targeting SARS-CoV-2 BA.5 RBD". Trabalho apresentado em V International Conference NOVA health Chronic Disease and Infection, 2022. Carvalho, Lucas; Pereira, Vítor; Araujo, Guido; Carrazolle, Marcelo; Pereira, Gonçalo; Rocha, Miguel. "Improving xylose-fermenting yeast for 2G ethanol production via constraint-based modeling combined with omics data analysis". Trabalho apresentado em ECCB2022 21st European Conference on Computational Biology, 2022. Rodrigues, Ruben; Costa, Hugo; Rocha, Miguel. "BioTML: a machine learning framework for biomedical text mining". Trabalho apresentado em BioCreative Challenge Workshop, 2015.
Pré-impressão	Delora Baptista; Pedro G. Ferreira; Miguel Rocha. "A systematic evaluation of deep learning methods for the prediction of drug synergy in cancer". 2022. https://doi.org/10.1101/2022.05.16.492054. 10.1101/2022.05.16.492054
Recurso online	Joana Martins; Carlos Magalhães; Vítor Vieira; Miguel Rocha; Nuno S. Osório. HABIT – a webserver for interactive T cell neoepitope discovery. 2019. https://doi.org/10.1101/535716. 10.1101/535716
Resumo em conferência	Azeredo, Joana; Costa e Silva, Elsa; Lino-Neto, Teresa; Ribeiro, Eugénia; Rocha, Miguel; Tereso, Anabela Pereira ; Costa, Manuel João. "A participação em comunidade de prática docente para a inovação pedagógica uma experiência de professores na implementação de TBL (Team-Based Learning)". Trabalho apresentado em Congresso Nacional de Práticas Pedagógicas no Ensino Superior (CNaPPES.19), Santarém, 2019. Publicado Dias, Oscar; Rocha, Miguel; Ferreira, Eugénio C.; Rocha, Isabel; Rocha, I.. "MEtabolic models Reconstruction using genome scaLe INformation (merlin) - assessment and validation". Trabalho apresentado em Copenhagen Biosciences Conferences - 7th Conference: Cell Factories and Biosustainability, Copenhagen, 2015. Publicado Dias, Oscar; Rocha, Miguel; Ferreira, Eugénio C.; Rocha, Isabel; Rocha, I.. "Merlin Latest Developments for Pathways Analysis". Trabalho apresentado em MPA2015 - Metabolic Pathway Analysis 2015, Braga, 2015. Publicado Dias, Oscar; Rocha, Miguel; Rocha, Isabel; Ferreira, Eugénio C.. "Metabolic reconstruction of less characterized microorganisms: a new methodology for reaction identification from genome sequencing data.". Trabalho apresentado em JORNADAS DE BIOINFORMÁTICA, Lisboa, 2009. Publicado

Propriedade Intelectual

Pedido provisório de patente

2019. "Method for n-butanol production using heterologous expression of anaerobic pathways".
Divulgado

Outros

Outra produção

A pipeline for the reconstruction and evaluation of context-specific human metabolic models at a large-scale. 2021. Vítor Vieira; Jorge Ferreira; Miguel Rocha. https://doi.org/10.1101/2021.07.22.453372.
10.1101/2021.07.22.453372
BioISO: an objective-oriented application for assisting the curation of genome-scale metabolic models. 2021. Fernando Cruz; João Capela; Eugénio C. Ferreira; Miguel Rocha; Oscar Dias. https://doi.org/10.1101/2021.03.07.434259.
10.1101/2021.03.07.434259
IEC7871 Quercus suber model: The first multi-tissue diel cycle genome-scale metabolic model of a woody tree. 2021. Cunha, E.; Silva, M.; Chaves, I.; Demirci, H.; Lagoa, D.R.; Lima, D.; Rocha, M.; Rocha, I.; Dias, O.. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85105056577&partnerID=MN8TOARS.
10.1101/2021.03.09.434537
ViralFP: A webserver of viral fusion proteins. 2021. Moreira, P.; Sequeira, A.M.; Pereira, S.; Rodrigues, R.; Rocha, M.; Lousa, D.. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85111200512&partnerID=MN8TOARS.
Reconstruction of consensus tissue-specific metabolic models. 2018. Sara Correia; Bruno Costa; Miguel Rocha. https://doi.org/10.1101/327262.
10.1101/327262

Atividades

Orientação

	Título / Tema Papel desempenhado	Curso (Tipo) Instituição / Organização
2020/10 - 2025/11	A deep learning framework towards the multidimensional topography of carcinogenesis to guide prevention and therapy Orientador	Programa Doutoral Informática (Doutoramento) Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2020/11 - 2025/09	A Systems Biology approach to model COVID19 phenotypes and drive drug discovery Coorientador	Engenharia Biomédica (Doutoramento) Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2025 - 2025	AI2SM: Artificial Intelligence to expose plant Secondary Metabolism Coorientador	Informática (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal
2019/10 - 2024/12	DeepRetro: a computational framework for retrosynthesis and pathway design towards optimizing compound bioproduction Orientador	Doutoramento Informática (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal
2019/10 - 2024/10	Uncovering the role of conductive nanomaterials in anaerobic digestion Coorientador	Engenharia Química e Biológica (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal
2019/10 - 2024/07	M3L: Exploring synergies between metabolic modelling and machine learning for studying plants Coorientador	Informática Universidade do Minho, Portugal
2024 - 2024	Artificial intelligence approaches to foster the development of novel antibiotics Orientador	Informática (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal
2018/10 - 2023/07	Blueprint: Documenting the Complexity of Metabolic Regulation by Reconstruction of Integrated Metabolic-Regulatory Models Coorientador	Engenharia Biomédica (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal
2018/10 - 2023/05	Systems-level modelling of the cancer and immune metabolome to improve immunotherapeutic outcomes Orientador	Engenharia Biomédica (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal
2016/10 - 2023/03	Metabolic modelling of cancer stem cells and interplay between cancer metabolism and epigenetics Orientador	Universidade de Coimbra, Portugal
2016/10 - 2023/03	Metabolomics-based approaches for Food authentication and Traceability Orientador	Engenharia Química e Biológica (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal
2023 - 2023	Desenvolvimento de métodos de aprendizagem profunda para a análise de dados de scRNA Orientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2023 - 2023	A computational framework towards the study of metabolic interactions of the gut microbiome and the human host in Type 2 Diabetes Orientador	Engenharia Biomédica (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal
2023 - 2023	Desenvolvimento de uma aplicação baseada em deep learning para prever sensibilidade de linhas celulares de cancro a fármacos Orientador	Engenharia Informática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2023 - 2023	MitoSignatures: Assinaturas de expressão mitocondrial em cancros em órgãos com elevada taxa metabólica Coorientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2023 - 2023	Desenvolvimento de uma arquitetura automática de aprendizagem de máquina para a classificação de proteínas Orientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2021 - 2023	Development of Deep Learning Models for scRNA data analysis Coorientador	Mestrado em Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2016 - 2023	Metabolomics- based approaches for food authentication and traceability Orientador	Doutoramento em Engenharia Química e Biológica (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal
2021/10 - 2022/12	Development of a deep learning-based computational framework for the classification of protein sequences Orientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2020/10 - 2022/12	Predicting the impact of psychoactive compounds on human gut bacteria with metabolic modelling Orientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2020/10 - 2022/02	Developing deep learning methods to predict phenotypes and clinical outcomes from transcriptomics data Orientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2022 - 2022	Desenvolvimento de classificadores de sequências de ADN baseado em deep learning Orientador	Engenharia Informática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2022 - 2022	Integração de modelos cinéticos de metabolismo e baseados em restrições Coorientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2022 - 2022	Transcriptomica monocelular no plexo coroide: implicações para a esclerose multipla Coorientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2022 - 2022	Desenvolvimento de uma ferramenta bioinformática para a identificação de novas enzimas envolvidas na degradação de plásticos Coorientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2022 - 2022	Regulação transcricional da neurogénese pelo fator proneural Ascl1 Coorientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2022 - 2022	Modelos generativos de aprendizagem profunda para o desenho de novas enzimas. Coorientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2022 - 2022	Desenvolvimento de métodos de aprendizagem profunda para prever fenótipos e resultados clínicos através de dados transcriptómicos Orientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2022 - 2022	Desenvolvimento de uma plataforma computacional para a classificação de sequências proteicas baseada em deep learning. Orientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2022 - 2022	Desenvolvimento de técnicas de processamento de linguagem para análise de sequências proteicas. Orientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2022 - 2022	Desenvolvimento de um sistema de recomendação para artigos científicos baseado em deep learning. Orientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2022 - 2022	Twitter Observatory: desenvolvimento de ferramentas para análise de sentimentos em mensagens da rede social Twitter Orientador	Engenharia Informática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2022 - 2022	Twitter Observatory: desenvolvimento de ferramentas para recolha e classificação de informação da rede social Twitter Orientador	Engenharia Informática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2021 - 2022	Development of DNA sequence classifiers based on deep learning Orientador	Engenharia Informática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2021 - 2022	Twitter Observatory: developing tools to recover and classify information for the social network Twitter Orientador	Engenharia Informática Universidade do Minho, Portugal
2021 - 2022	Development of tools for sentiment analysis in the Portuguese Language Orientador	Engenharia Informática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2021 - 2022	Development of a recommendation system for scientific literature based on deep learning Orientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2021 - 2022	Mining metagenomics datasets for novel plastic degrading enzymes Coorientador	Bioinformática Universidade do Minho, Portugal
2021 - 2022	Integrating Kinetic and Constraint-based Models of Metabolism Coorientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2020 - 2022	Transcriptional regulation of neurogenesis by the proneural factor Ascl1 Coorientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2019 - 2022	Development of language modelling techniques for protein sequence analysis Orientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2022	A framework for predicting drug sensitivity and synergy in cancer cells using deep learning Orientador	Doutoramento em Engenharia Biomédica (Doutoramento)
2017 - 2022	Integrative Pathway Analysis Approaches for Cancer Research and Drug Development, Orientador	Doutoramento em Engenharia Biomédica (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal
2019/09 - 2021/03	Network Anomaly Detection using Adversarial Deep Learning Orientador	Engenharia Informática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2019/10 - 2021/02	Computational methods for the identification of genetic variants in complex diseases Orientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2021 - 2021	Implementing a webserver for managing and detecting viral fusion proteins Orientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2021 - 2021	Extracting knowledge from documents related with Candida invasive fungal infections in iron overload context Coorientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2021 - 2021	Network anomaly detection using adversarial deep learning Orientador	Engenharia Informática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2021 - 2021	Computacional methods for the identification of genetic variants in complex diseases Coorientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2020 - 2021	A model validation pipeline for healthy tissue genome-scale metabolic models Orientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2020 - 2021	Computational approaches for the integration of in vitro chemical and screening data sets Orientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2019 - 2021	Transformers for sentiment analysis on social media Orientador	Engenharia Informática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2021	In vitro cultivation of Phaeodactylum tricornutum and Chlorella sp. for the production of fucoxanthin and beta-carotene supported in nanomatrices Coorientador	Biotecnologia e Biociências (Doutoramento)
2019 - 2020	Development of a Tool based on Deep Learning able to classify Biomedical Literature Orientador	Mestrado em Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2019 - 2020	Extracting knowledge from documents related with Candida invasive fungal infections in iron overload context Orientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2019 - 2020	Development of deep learning-based tools for the design of new compounds with desired biological activities Orientador	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2018 - 2020	Development of Algorithms for the Analysis and Data Mining of Chemical Compound Prices Orientador	Mestrado em Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2016 - 2020	In vitro cultivation of Phaeodactylum tricornutum and Chlorella sp. for the production of fucoxanthin and beta-carotene supported in nanomatrices Coorientador	Programa Doutoral Biotecnologia e Biociências (Doutoramento) Universidade Federal de Santa Catarina, Brasil
2018 - 2019	Predict immune responses to neoantigens using Machine Learning Orientador de Ana Carolina Silva	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2018 - 2019	Identification and classification of transporter proteins using deep learning models Orientador de Andrea Ferreira Meireles Silva	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2018 - 2019	Development of a Framework for Identification of Candida Species and Detection of Antifungal Resistance Coorientador de Ana Patricia Mota de Oliveira	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2018 - 2019	Developing deep learning methods to predict cancer and its outcome from transcriptomics data Orientador de Óscar Marques Soares	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2018 - 2019	Building an automated platform for the classification of peptides/proteins using machine learning Orientador de Ana Marta Sequeira	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2018 - 2019	A web server to predict and annotate fungal secretomes or secreted proteins Coorientador de João Pedro Rodrigues Baptista	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2018 - 2019	In silico investigation of drugs for the treatment of dengue fever disease Coorientador de Daniel Carpinteiro Soares	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2018 - 2019	In silico objective-driven optimization of microbial communities Coorientador de José Miguel Dantas de Sousa	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2019	Development of a web-based platform for Biomedical Text Mining Orientador de Emanuel Queiroga Amorim Fernandes	Engenharia Informática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2013 - 2019	Robust internet traffic engineering approaches using evolutionary computation Coorientador de Vítor Manuel Sá Pereira	Informática (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2018	Desenvolvimento de uma base de dados e ferramenta web para caracterização in silico de plasmideos Coorientador de Catarina Freitas de Sousa Santos	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2018	Desenvolvimento de ferramentas para análise de sentimentos em redes sociais Orientador de Luis Filipe Ferreira Brito	Mestrado Integrado em Engenharia Informática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2018	Implementation and comparison of variant calling in exome sequencing data with clinical applications Coorientador de Marta Carolina Cabral Moreno	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2018	Developing methods for the context-specific reconstruction of metabolic models of cancer cells Orientador de Jorge Alexandre Correia Gomes	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2018	HIV-TB-Host Protein Interaction Network Orientador de João Filipe Silva Correia	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2018	Building a database of common genetic variation in the Portuguese population using a WES approach Coorientador de Ana Raquel Salgado Ramos	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2018	Development of a tool for partial automated annotation of metabolic reactions Coorientador de Pedro Miguel Teixeira Queirós	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2017 - 2018	Development of a Scoring System to Assess Potential Biomarkers for Atrial Fibrillation Coorientador de Beatriz Teixeira de Magalha~es	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2016 - 2018	A text mining based approach for biomarker discovery Orientador de André Miguel Portugal Abrantes Cruzeiro Santiago	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2016 - 2018	Developing deep learning computational tools for câncer using omics data Orientador de Luis da Cunha Peixoto	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2013 - 2018	Evaluation and development of algorithms and computational tools for metabolic pathway optimization Orientador de Filipe Alexandre Wang Liu	Informática (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal
2016 - 2017	Desenvolvimento de ferramentas baseadas em web para análise e mineração de dados espectrais Orientador de Telma Adriana Pereira Afonso	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2016 - 2017	Desenvolvimento de ferramentas baseadas em web para análise e mineração de dados de metabolómica Orientador de Sara Manso de Sousa Cardoso	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2016 - 2017	Desenvolvimento de uma pipeline automatizada para análise de dados de meta-ómicas Coorientador de João Carlos Sequeira da Costa	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2016 - 2017	HABIT (HLA binding intelligence) - um servidor web integrado para gerar e interpretar previsões de ligação de péptido HLA Coorientador de Joana dos Santos Martins	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2016 - 2017	Identificação e caracterização de variação estrutural no genoma do sobreiro Coorientador de Hugo Carvalho Magalhães	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2015 - 2017	Development of integrated models of hepatocyte cells / Desenvolvimento de modelos integrados para hepatócitos Orientador de Jorge Miguel Lourenço Ferreira	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2014 - 2017	Bioprospecção, metabolômica e caracterização amilácea e de carotenoides em germoplasma biofortificado de mandioca (Manihot esculenta Crantz) via ferramentas de bioinformática Coorientador de Rodolfo Moresco	Biotecnologia e Biociências (Doutoramento) Universidade Federal de Santa Catarina, Brasil
2015 - 2016	Development of a data integration pipeline for human metabolic models and databases Orientador de Susana Raquel da Silva Barbosa	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2015 - 2016	Development of text mining tools for information retrieval and extraction from patents Orientador de Tiago Alexandre Pinto Alves	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2015 - 2016	Machine learning approaches for predicting effects of drug combinations in cancer treatment Orientador de Delora Soeiro Baptista	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2015 - 2016	Analise de padrões em dados genómicos multi-plataforma disponiveis pelo TCGA Coorientador de João António Moreira da Silva	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2015 - 2016	A critical evaluation of automatic atom mapping algorithms and tools Orientador de Nuno Manuel Carneiro Osório	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2015 - 2016	Exploração de paralelismo massivo em algoritmos evolucionários Coorientador de Tiago Augusto Simões Martins	Engenharia Informática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2012 - 2016	A framework for the reconstruction and analysis of tissue specific genome-scale metabolic models Orientador de Sara Alexandra Gomes Correia	Informática (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal
2012 - 2016	Network Inference of Logic-Based Ordinary Differential Equations Models Orientador de David Saque Henriques	Informática (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal
2014 - 2015	Development of a machine learning framework for Biomedical Text Mining Orientador de Rúben Rodrigues	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2014 - 2015	Analysis of transcriptomics data for inference of the function of the ATXN3 gene in neuronal cells Orientador de Manuel José Ferreira	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2010 - 2015	Modeling microbes: New methods for integrated metabolic and regulatory network reconstruction Coorientador de José Pedro Lopes Faria	Bioengenharia (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal
2009 - 2015	Algorithms and computational tools for metabolic flux analysis Orientador de Rafael de Castro Carreira	Engenharia Biomédica (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal
2009 - 2015	Algorithms and Tools for in silico Design of Cell Factories Coorientador de Paulo Jorge Maia Silva	Bioengenharia (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal
2009 - 2015	Development of computational tools for the integrated analysis of DNA microarray data with applications in cancer research Orientador de Eduardo Sabina dos Santos Valente	Informática (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal
2009 - 2015	Novel approaches for dynamic modeling of E. coli and their application in Metabolic Engineering Coorientador de Pedro Tiago Evangelista	Bioengenharia (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal
2013 - 2014	Development of an integrated platform for the in silico phenotype simulation of microbial strains Orientador de Hugo Miguel Melo Giesteira	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2013 - 2014	Computational tools for pathway optimization towards metabolic engineering applications Orientador	Engenharia Informática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2013 - 2014	Development of an integrated computational platform for metabolomics data analysis and knowledge extraction Orientador de Christopher Costa	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2013 - 2014	Extraction of kinetic information from literature Orientador de Ana Alão Freitas	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2012 - 2013	Taxonomic and functional analysis of metagenomes Coorientador de Pedro Santos Barbosa	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2012 - 2013	Development of a computational platform for the visualization of metabolic models Orientador de Alberto Miguel Silva de Noronha	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2012 - 2013	Desenvolvimento de um sistema integrado para o tratamento de dados de sequenciação de próxima geração Orientador de Marco André Ferreira Reis	Bioinformática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2012 - 2013	Computational tools for pathway optimization towards metabolic engineering applications Orientador de Filipe Alexandre Wang Liu	Engenharia Informática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2012 - 2013	Enhancing Machine Learning Methods for the Prediction of Cancer Cell Sensitivity to Drugs Orientador de Vi´tor Daniel Costa	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2011 - 2012	Engenharia de Tráfego Robusta Usando Computação Evolucionária Coorientador de Vítor Manuel Pereira	Engenharia de Redes e Serviços de Comunicações (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2011 - 2012	Development of an integrated computational workflow for the reconstruction of genome-scale models Orientador de João Cardoso	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2011 - 2012	Estudo de um modelo de automatização de análises de diversidade genética em populações humanas Coorientador de Sara Fonseca	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2011 - 2012	Integration of Logic Modelling and Network Visualization Tools Orientador de Emanuel Gonçalves	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2008 - 2012	Design principles for controlling gene expression Coorientador de João Carlos Azevedo Salgado Guimarães	Informática (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal
2008 - 2012	Computational Tools for large-scale biological network analysis Orientador de José Pedro Basto Gouveia Pereira Pinto	Informática (Doutoramento) Universidade do Minho, Portugal
2010 - 2011	Calibration of Logic Based Ordinary Differential Equation Models Orientador de David Saque Henriques	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2010 - 2011	Desenvolvimento de ferramentas computacionais para optimização de estirpes por adição de reações ao modelo metabólico Orientador de Sara Correia	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2009 - 2010	Studying the effect of regulatory and thermodynamic constraints on genome-scale model predictions Orientador de José Pedro Faria	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2008 - 2009	Desenvolvimento de ferramentas computacionais para a simulação e análise de redes de regulação genética com base em modelos booleanos Orientador de Paulo Vilaça	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2008 - 2009	Implementação de um ambiente integrado baseado em componentes para a análise de dados de expressão genética Orientador de Danilo Santos	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2008 - 2009	Desenvolvimento de algoritmos evolucionários para ambientes Grid com aplicações à optimização de sistemas biológicos Orientador de Jorge Pinho	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2008 - 2009	Multi-objective Evolutionary Algorithms for in the silico Optimization of Mutant Strains Orientador de Paulo Jorge Maia Silva	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2008 - 2009	Computational Tools for the Simulation and Optimization of Biological Processes with Dynamical Models Orientador de Pedro Tiago Evangelista	BioinformÃ¡tica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2007 - 2009	Desenvolvimento de ferramentas computacionais para a optimização de processos de fermentação em Biotecnologia Orientador de Orlando Rocha	Engenharia Informática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2007 - 2009	Um Estudo sobre a Emergência de Linguagens para a Comunicação de Agentes em Ambientes de Vida Artificial Orientador de Carlos Manuel Silva	Informática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2007 - 2008	Computational Tools for the Reconstruction of Genome-scale Metabolic Models Orientador de Óscar Manuel Dias	Informática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2006 - 2007	Ferramentas computacionais para a Modelação e controlo de processos biotecnológicos Orientador de Eduardo Valente	Informática (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal
2006 - 2007	Utilização de técnicas de Bioinformática para a Optimização de um processo de Biotecnologia Industrial Orientador	Engenharia Biológica (Mestrado) Universidade do Minho, Portugal