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I am a computational biologist interested in the use of multi-omics to study cellular fate changes during development and disease. I graduated in Biology among the top of my class (top 3% Faculty of Sciences University of Lisbon (FCUL) 2011-2014) and of my MSc degree in Bioinformatics and Computational Biology (top 5% FCUL 2014-2016). After completing my thesis, I secured funding from TwinnToInfect (EU Horizon 2020) to spend 2 months at the Institut Pasteur in Paris, studying the transcriptomics of Plasmodium, the causative agent of Malaria. Then, I joined Professor Philip Zegerman Lab at the University of Cambridge for my PhD (2017 – 2022) funded by BBSRC and Cambridge Trust. During my PhD, I showed the importance of the correct timing of genome duplication for the coordination of gene expression with the chromatin landscape, using a multi-omics approach. After successfully submitting my thesis in January 2022, I started my postdoctoral work with Dr. Richard Mair as a Senior Bioinformatician at the Precision Brain Tumour Programme at the CRUK Cambridge Institute to apply my expertise to the study of brain tumours. In June 2023, I joined Professor Luis Graca team where I am applying single-cell multi-omics to the study of autoimmune diseases, such as Crohn’s disease and Antiphospholipid Syndrome. In June 2024, I was awarded an ERA fellowship (HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships) for the study of immune dysregulation in Crohn's disease. In a time where discipline boundaries are fading, I have made my career goal to become an interdisciplinary scientist with an integrative knowledge of biological systems, focusing on multi-omics approaches to study diseases, seeking a real impact on diagnostics and treatment.
Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Miguel Dinis Monteiro dos Santos

Nomes de citação

  • Santos, Miguel
  • Miguel Monteiro dos Santos

Identificadores de autor

Ciência ID
C516-00D6-CC1A
ORCID iD
0000-0002-5594-2682
Google Scholar ID
wTWkVLIAAAAJ&hl

Endereços de correio eletrónico

  • miguelsantos@medicina.ulisboa.pt (Profissional)

Domínios de atuação

  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática
  • Ciências Médicas e da Saúde - Medicina Básica - Imunologia
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Celular

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2)
Formação
Grau Classificação
2017/10/02 - 2023/02/25
Concluído
PhD in Biochemistry (Doctor of Philosophy)
Especialização em Bioinformatics
University of Cambridge Department of Biochemistry, Reino Unido
2014/09/01 - 2016/10/21
Concluído
Bioinformática e Biologia Computacional (Mestrado)
Especialização em Área de especialização: Biologia Computacional
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
"Iron Man(ipulation): unravelling the iron responsive genes network in malaria parasites" (TESE/DISSERTAÇÃO)
18
2011/09/05 - 2014/06/19
Concluído
Biologia Molecular e Genética (Licenciatura)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
17
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2024/10/01 - Atual Pós-doutorado (Investigação) Gulbenkian Institute for Molecular Medicine, Portugal
Gulbenkian Institute for Molecular Medicine, Portugal
2023/06/16 - 2024/09/30 Pós-doutorado (Investigação) Universidade de Lisboa Instituto de Medicina Molecular, Portugal
Universidade de Lisboa Instituto de Medicina Molecular, Portugal
2022/02/01 - 2023/05/26 Pós-doutorado (Investigação) Cancer Research UK Cambridge Research Institute, Reino Unido
Cancer Research UK Cambridge Research Institute, Reino Unido
2017/05/01 - 2017/06/30 Investigador visitante (Investigação) Institut Pasteur, França
Institut Pasteur, França
2016/09/26 - 2017/06/30 Investigador (Investigação) Universidade de Lisboa Instituto de Medicina Molecular, Portugal
Universidade de Lisboa Instituto de Medicina Molecular, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2021/07/06 - 2021/10/08 Internship Illumina Ltd, Reino Unido
Illumina Ltd, Reino Unido
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2017/09/04 - 2022/01/31 Role of DNA replication timing in gene expression and chromatin organisation
BBSRC BB/M011194/1
Bolseiro de Doutoramento
University of Cambridge Department of Biochemistry, Reino Unido
Biotechnology and Biological Sciences Research Council
Concluído
2017/09/04 - 2022/01/31 Role of DNA replication timing in gene expression and chromatin organisation
10421843
Bolseiro de Doutoramento
University of Cambridge Department of Biochemistry, Reino Unido
Cambridge Commonwealth European and International Trust
Concluído
2017/05/01 - 2017/06/30 Analysis of effect of Magnesium in Malaria Parasite Transcriptomes
692022
Staff Exchange Grant
Horizon 2020

Projeto

Designação Financiadores
2024/06/16 - 2026/06/15 Elucidating the cellular basis of therapeutic resistance in Crohn's disease
CD-ResOMics – GA 101180576
ERA Fellow
Universidade de Lisboa Instituto de Medicina Molecular, Portugal
European Commission Marie Sklodowska-Curie Actions
Em curso
2022/02/01 - 2023/05/26 Precision Brain Tumour Programme
Minderoo PBTP
Senior Bioinformatician
Minderoo Foundation Limited
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Gretchen Diffendall; Aurelie Claes; Anna Barcons-Simon; Prince Nyarko; Florent Dingli; Miguel M Santos; Damarys Loew; Antoine Claessens; Artur Scherf. "RNA polymerase III is involved in regulating Plasmodium falciparum virulence". eLife (2024): https://doi.org/10.7554/eLife.95879.3.
    10.7554/eLife.95879.3
  2. Jenkinson, Fiona; Tan, Kang Wei; Schöpf, Barbara; Santos, Miguel M.; Zegerman, Philip. "Dephosphorylation of the pre-initiation complex is critical for origin firing". Molecular Cell 83 1 (2023): 12-25.e10. http://dx.doi.org/10.1016/j.molcel.2022.12.001.
    10.1016/j.molcel.2022.12.001
  3. Miguel M. Santos; Mark C. Johnson; Lukáš Fiedler; Philip Zegerman. "Global early replication disrupts gene expression and chromatin conformation in a single cell cycle". Genome Biology (2022): https://doi.org/10.1186/s13059-022-02788-7.
    10.1186/s13059-022-02788-7
  4. Mark C Johnson; Geylani Can; Miguel Monteiro Santos; Diana Alexander; Philip Zegerman. "Checkpoint inhibition of origin firing prevents inappropriate replication outside of S-phase". eLife (2021): https://doi.org/10.7554/eLife.63589.
    10.7554/eLife.63589
  5. Morafraile, Esther C.; Hänni, Christine; Allen, George; Zeisner, Theresa; Clarke, Caroline; Johnson, Mark C.; Santos, Miguel M.; et al. "Checkpoint inhibition of origin firing prevents DNA topological stress". Genes & Development 33 21-22 (2019): 1539-1554. http://dx.doi.org/10.1101/gad.328682.119.
    10.1101/gad.328682.119
  6. Julie C. Ribot; Rita Neres; Vanessa Zuzarte-Luís; Anita Q. Gomes; Liliana Mancio-Silva; Sofia Mensurado; Daniel Pinto-Neves; et al. "¿d-T cells promote IFN-¿–dependent Plasmodium pathogenesis upon liver-stage infection". Proceedings of the National Academy of Sciences (2019): https://doi.org/10.1073/pnas.1814440116.
    10.1073/pnas.1814440116
Pré-impressão
  1. Camila Ramos; Marco Louro; Miguel Santos; Francisco M. Couto. "Knowledge Ratings in MetaboLights". 2016. https://arxiv.org/abs/1604.07997.
    10.48550/ARXIV.1604.07997
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2024/04/17 Elucidating the Cellular Basis for Autoantibody Production and Disease Progression in Primary Antiphospholipid Syndrome (Poster) XLIX Annual Meeting of the Portuguese Society for Immunology
Portuguese Society of Imunology (Porto, Portugal)
2019/05/02 Role of DNA replication timing in transcription and chromatin organisation Gurdon Institute Internal Seminar series
Gurdon Institute, University of Cambridge (Cambridge , Reino Unido)
2019/01/16 Unravelling the genome structural landscape using MNase-Seq (Poster) EMBO Young Investigator Programme PhD Course
European Molecular Biology Organisation (Heidelberg, Alemanha)

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado
Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2021/01/22 - 2021/04/30 Effects of replication timing on chromatin states and transcription in budding yeast
Coorientador de Lukáš Fiedler
Natural Sciences Tripos Part I (Licenciatura/Bacharelato)
University of Cambridge Department of Biochemistry, Reino Unido

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação)
Instituição / Organização
2024/07/08 - 2024/07/12 The Hitchhiker's Guide to scRNA-seq. 5-day international workshop on the analysis of single-cell transcriptomics which included sessions on fundamentals of scRNA-seq, Data Integration, Trajectory Analysis and Spatial Transcriptomics. (2024/07/08 - 2024/07/12)
Oficina (workshop) (Membro da Comissão Organizadora)
Gulbenkian Institute for Molecular Medicine, Portugal

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento
Nome do evento
Instituição / Organização
2019/01/14 - 2019/01/19 EMBO Young Investigator PhD Course
Conferência
EMBO Young Investigator PhD Course
European Molecular Biology Laboratory, Alemanha

Membro de associação

Nome da associação Tipo de participação
2024/02/20 - Atual Sociedade Portuguesa de Imunologia Member

Revisão ad hoc de artigos em revista

Nome da revista (ISSN) Editora
2024/05/31 - 2024/06/21 Communications Biology (2399-3642) Nature Publishing Group
2024/02/22 - 2024/03/05 Communications Biology (2399-3642) Nature Publishing Group
2021/04/01 - 2021/04/09 Genes and Development (1549-5477) Cold Spring Harbor Laboratory Press
2020/05/15 - 2020/06/08 Nature (1476-4687) Nature Publishing Group
Distinções

Prémio

2014 Top Undergraduate Students Award - Faculty of Sciences, University of Lisbon, (FCUL)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2012 Top First Year Students’ Award. Faculty of Sciences, University of Lisbon, (FCUL)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal