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Tomás M. Fernandes holds a MSc in Biochemistry (2018) and a BSc in Biochemistry (2016). He is currently a PhD candidate in the Biotechnology Doctoral Program from NOVA School of Science and Technology, NOVA University Lisbon. He is developing his PhD Thesis under a FCT PhD Grant (2019-2023) on the "Biochemistry and Bioenergetics of Heme Proteins" Laboratory, part of the "Structural and Molecular Biology" Group from UCIBIO. His Thesis focuses on the study of porin-cytochrome complexes from Geobacter sulfurreducens, using several biophysical techniques, with special emphasis on NMR spectroscopy. He is being supervised by Dr. Leonor Morgado and co-supervised by Prof. Dr. Carlos Salgueiro. Tomás Fernandes has published 10 papers in international peer-reviewed journals (8 as first author). He has participated in 25 conferences, national and international courses, where he was the author or co-author of 13 poster presentations and 5 oral communications. In 2019, Tomás Fernandes was awarded the Springer Nature Young Biophysicist Best Talk Award, for his work at the NOVA Biophysica conference. In 2020, he was awarded the Portuguese National Directory of Higher Education Merit Grant (3500 euros), due to his academic success.
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Tomás Monteiro Fernandes

Nomes de citação

  • M. Fernandes, Tomás

Identificadores de autor

Ciência ID
B716-5B27-7DF4
ORCID iD
0000-0001-7543-8822
Researcher Id
K-5496-2018

Endereços de correio eletrónico

  • tmo.fernandes@campus.fct.unl.pt (Profissional)

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Bioquímica

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Francês Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1)
Espanhol; Castelhano Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1) Utilizador elementar (A1) Utilizador independente (B1)
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Português Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Formação
Grau Classificação
2019/09/01 - 2023/09/01
Em curso
 Biotecnologia (Doutoramento)
Especialização em Biotecnologia
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2018/10/10
Concluído
 Bioquímica (Mestrado)
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
"Characterization of extracellular electron transfer components of Geobacter bacteria" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 18/20 Valores
2016/09/16
Concluído
 Bioquímica (Licenciatura)
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
"Structural and functional studies of two homologous multi-hemic proteins" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 14/20 Valores
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2018/12/01 - 2019/08/31 Estagiário de Investigação (Investigação) Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2019/09/01 - Atual Bolseiro de Doutoramento - Fundação Ciência e Tecnologia - SFRH/BD/145039/2019 e COVID/BD/153449/2023 Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2019/09 - 2023/09 From side to side: Structural and functional studies of the outer gates of extracellular electron transfer in Geobacter sulfurreducens
SFRH/BD/145039/2019
Bolseiro de Doutoramento
Fundação para a Ciência e a Tecnologia

Projeto

Designação Financiadores
2021/01/01 - 2025/12/31 Instituto para a Saúde e a Bioeconomia
LA/P/0140/2020
10.54499/LA/P/0140/2020
Bolseiro de Doutoramento
Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento, Portugal

Universidade de Lisboa Instituto de Bioengenharia e Biociências, Portugal

Universidade NOVA de Lisboa, Portugal

INESC Microsistemas e Nanotecnologias, Portugal

Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal

Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT, Portugal

Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2021/03/01 - 2024/11/30 Wired life - Exploring the unprecedented electron transfer paths revealed by bacterial electrically conductive filaments for bioenergy and bioelectronics applications
PTDC/BIA-BQM/4967/2020
10.54499/PTDC/BIA-BQM/4967/2020
Bolseiro de Doutoramento
Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT, Portugal

Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2022/01/17 - 2024/01/16 Labirinto Redox: Elucidação dos caminhos de transferência extracelular de electrões em bactérias para aplicações sustentáveis de base biológica
EXPL/BIA-BQM/0770/2021
10.54499/EXPL/BIA-BQM/0770/2021
Bolseiro de Doutoramento
Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT, Portugal

Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2020/01/01 - 2023/12/31 Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas
UIDB/04378/2020
10.54499/UIDB/04378/2020
Bolseiro de Doutoramento
Universidade NOVA de Lisboa, Portugal

Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal

Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal

Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT, Portugal

Universidade do Porto Instituto de Ciências Tecnologias e Agroambiente, Portugal

Universidade do Porto, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2020/01/01 - 2023/12/31 Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas
UIDP/04378/2020
10.54499/UIDP/04378/2020
Bolseiro de Doutoramento
Universidade NOVA de Lisboa, Portugal

Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal

Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal

Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT, Portugal

Universidade do Porto Instituto de Ciências Tecnologias e Agroambiente, Portugal

Universidade do Porto, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2018/12/01 - 2019/04/30 The difference that a cell wall makes: Optimization of bioelectrochemical systems by exploring the paradigm of extracellular electron transfer in Gram-positive bacteria
PTDC/BBB-BQB/4178/2014
Bolseiro de Mestrado
REQUIMTE Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas, Portugal
 Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Tomás M. Fernandes; Marta A. Silva; Leonor Morgado; Carlos A. Salgueiro. "Hemes on a string: insights on the functional mechanisms of PgcA from Geobacter sulfurreducens". Journal of Biological Chemistry (2023): https://doi.org/10.1016/j.jbc.2023.105167.
    10.1016/j.jbc.2023.105167
  2. Liliana R. Teixeira; Tomás M. Fernandes; Marta A. Silva; Leonor Morgado; Carlos A. Salgueiro. "Characterization of a Novel Cytochrome Involved in Geobacter sulfurreducens' Electron Harvesting Pathways". Chemistry - A European Journal (2022): https://doi.org/10.1002/chem.202202333.
    10.1002/chem.202202333
  3. "From iron to bacterial electroconductive filaments: Exploring cytochrome diversity using Geobacter bacteria". Coordination Chemistry Reviews 452 (2021): 214284-214284. http://dx.doi.org/10.1016/j.ccr.2021.214284.
    10.1016/j.ccr.2021.214284
  4. "Structural and functional insights of GSU0105, a unique multiheme cytochrome from G. sulfurreducens". Biophysical Journal (2021): http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2021.10.023.
    10.1016/j.bpj.2021.10.023
  5. "Protein engineering of electron transfer components from electroactive Geobacter bacteria". Antioxidants (2021): https://www.mdpi.com/2076-3921/10/6/844.
    10.3390/antiox10060844
  6. M. Fernandes, Tomás. "Structural and functional insights of an unprecedented multiheme cytochrome from Geobacter sulfurreducens". Biophysical Journal (2021): https://www.cell.com/biophysj/fulltext/S0006-3495(20)31841-5.
    10.1016/j.bpj.2020.11.934
  7. M. Fernandes, Tomás. "Thermodynamic properties of triheme cytochrome PpcF from Geobacter metallireducens reveal unprecedented functional mechanism.". Biochimica et Biophysica Acta - Bioenergetics (2020): https://doi.org/10.1016/j.bbabio.2020.148271.
    10.1016/j.bbabio.2020.148271
  8. M. Fernandes, Tomás. "Determination of the magnetic properties and orientation of the heme axial ligands of PpcA from Geobacter metallireducens by paramagnetic NMR". Journal of Inorganic Biochemistry (2019): http://dx.doi.org/10.1016/j.jinorgbio.2019.110718.
    10.1016/j.jinorgbio.2019.110718
  9. Portela, Pilar C.; Fernandes, Tomas M.; Dantas, Joana M.; Ferreira, Marisa R.; Salgueiro, Carlos A.. "Biochemical and functional insights on the triheme cytochrome PpcA from Geobacter metallireducens". Archives of Biochemistry and Biophysics 644 (2018): 8-16. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000430448600002&KeyUID=WOS:000430448600002.
    10.1016/j.abb.2018.02.017
  10. Fernandes, Tomas M.; Portela, Pilar C.; Dantas, Joana M.; Salgueiro, Carlos A.. "Microbial electricity production: Biomolecular elucidation of extracellular electron transfer mechanisms of Geobacter metallireducens". Free Radical Biology and Medicine 120 (2018): S87-S87. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000432836500272&KeyUID=WOS:000432836500272.
    10.1016/j.freeradbiomed.2018.04.287
  11. Fernandes, Tomas M.; Morgado, Leonor; Salgueiro, Carlos A.. "Thermodynamic and functional characterization of the periplasmic triheme cytochrome PpcA from Geobacter metallireducens". Biochemical Journal 475 (2018): 2861-2875. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000445511900001&KeyUID=WOS:000445511900001.
    10.1042/BCJ20180457
Resumo em conferência
  1. M. Fernandes, Tomás; Pedro, Dalila M.; Salgueiro, Carlos A.; Morgado, L.. "Structural and biophysical characterization of ExtJ from the outer membrane electron transfer complex ExtHIJKL of Geobacter sulfurreducens". Trabalho apresentado em 25th IUBMB – 46th FEBS – 15th PABMB 2022 – The Biochemistry Global Summit, Lisboa, 2022.
    Publicado
Tese / Dissertação
  1. Fernandes, Tomás Monteiro. "Characterization of extracellular electron transfer components of Geobacter bacteria". Mestrado, 2018. http://hdl.handle.net/10362/52580.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2023/05/24 Pinpointing the role of ExtJ from the outer membrane porin-cytochrome complex ExtHIJKL in Geobacter sulfurreducens
Aarhus University (Aarhus, Dinamarca)
2020/06/24 A challenging protein from Geobacter sulfurreducens: A new subclass of cytochromes? Applied Molecular Biosciences Unit (UCIBIO) Bioseminars
NOVA School of Science and Technology (Lisbon, Portugal)
2020/02/07 Protein engineering in electroactive microorganisms XV Technological Journeys (Jortec) of Biochemistry
Universidade Nova de Lisboa - Faculdade de Ciências e Tecnologia (Lisboa, Portugal)
2019/09/04 Redox characterization of multiheme cytochromes NOVA Biophysica
Universidade Nova de Lisboa - Faculdade de Ciências e Tecnologia (Lisboa, Portugal)
2018/02/02 Biochemical characterization of proteins involved in extracellular electron transfer in Geobacter Journeys of the Master’s Degrees of the Chemistry and Life Sciences Departments of the Faculty of Science and Technology, New University of Lisbon
Universidade Nova de Lisboa - Faculdade de Ciências e Tecnologia (Lisboa, Portugal)

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação) 		Instituição / Organização
2017/10/03 - 2017/10/06 Conference Assistant - ISMET 6 (2017/10/03 - 2017/10/06)
Conferência (Coorganizador)
 Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento 		Nome do evento
Instituição / Organização
2022/08/05 - 2022/08/12 Poster Presentation - Structural and biophysical characterization of ExtJ from the outer membrane electron transfer complex ExtHIJKL of Geobacter sulfurreducens - Fernandes, T. M., Pedro, D. M., Salgueiro, C. A., Morgado, L.
Oficina (workshop)
Universität Basel Universitätsbibliothek, Suiça
2022/07/09 - 2022/07/14 Poster Presentation - Structural and biophysical characterization of ExtJ from the outer membrane electron transfer complex ExtHIJKL of Geobacter sulfurreducens - Fernandes, T. M., Pedro, D. M., Salgueiro, C. A., Morgado, L.
Conferência
 25th IUBMB – 46th FEBS – 15th PABMB 2022 – The Biochemistry Global Summit
2022/07/05 - 2022/07/05 Poster Presentation - Structural and biophysical characterization of ExtJ from the outer membrane electron transfer complex ExtHIJKL of Geobacter sulfurreducens - Fernandes, T. M., Pedro, D. M., Salgueiro, C. A., Morgado, L.
Encontro
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2022/07/03 - 2022/07/03 Poster Presentation - Unfolding extracellular electron transfer mechanisms with AlphaFold - Fernandes, T. M., Antunes, J. M. A., Morgado, L., Salgueiro, C. A.
Conferência
Universidade de Aveiro, Portugal
2022/07/03 - 2022/07/03 Poster Presentation - Biophysical studies of ExtJ from ExtHIJKL: A porin-cytochrome complex crucial to extracellular electron transfer in Geobacter sulfurreducens - Pedro, D. M., Fernandes, T. M., Salgueiro, C. A., Morgado, L.
Conferência
 2nd Meeting of Young Biophysicists
Universidade de Aveiro, Portugal
2021/11/23 - 2021/11/26 Poster Presentation - Coupling microbial engineering with structural biology: A new foundation to solve Geobacter's extracellular electron transfer paradigm - Fernandes, T. M., Morgado, L., Salgueiro, C. A.
Conferência
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2021/02/22 - 2021/02/26 Poster Presentation - Structural and functional insights of an unprecedented multiheme cytochrome from Geobacter sulfurreducens - Fernandes, T. M., Morgado, L., Folgosa, F., Teixeira, M., Salgueiro, C. A.
Conferência
 65th BPS (Biophysical Society) Annual Meeting
2021/02/16 - 2021/02/16 iNEXT-Discovery 1st Annual Scientific Meeting iNEXT-Discovery 1st Annual Scientific Meeting
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2020/12/07 - 2020/12/08 Poster Presentation - Structural and functional insights of an unprecedented multiheme cytochrome from Geobacter sulfurreducens - Fernandes, T. M., Morgado, L., Folgosa, F., Teixeira, M., Salgueiro, C. A.
Conferência
 16th Euromar Meeting
2020/12/07 - 2020/12/08 Poster - The thermodynamic properties of triheme cytochrome PpcF from Geobacter metallireducens in the presence of nitrate - Ferreira, M. R., Fernandes, T. M., Salgueiro, C. A.
Conferência
 16th Euromar Meeting
2019/10/07 - 2019/10/09 Poster Presentation - From side to side: Structural and functional studies of the outer gates of extracellular electron transfer in Geobacter sulfurreducens - Fernandes, T. M., Morgado, L., Salgueiro, C. A.
Oficina (workshop)
 EMBO Workshop – Tools for Structural Biology of Membrane Proteins
European Molecular Biology Laboratory Hamburg, Alemanha
2019/09/04 - 2019/09/06 Poster Presentation - Redox characterization of multiheme cytochromes - Fernandes, T. M., Morgado, L., Turner, D. L., Salgueiro, C. A.
Conferência
 NOVA Biophysica
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2019/09/04 - 2019/09/06 Poster - Elucidation of the functional mechanism of the triheme cytochrome PpcF from the bacterium Geobacter metallireducens - Ferreira, M. R., Fernandes, T. M., Salgueiro, C. A.
Conferência
 NOVA Biophysica
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
2019/03/21 - 2019/03/22 Poster - Paving the way for optimal electromicrobiological applications: structural and functional characterization of multiheme cytochromes from Geobacter bacteria - Salgueiro, C. A., Morgado, L., Dantas, J. M., Ferreira, M. R., Teixeira, L. R., Fernandes, T. M., Portela, P. C.
Conferência
 Electromicrobiology
Aarhus Universitet, Dinamarca
2018/08/12 - 2018/08/17 NMR Practical Course 2018 - Multidimensional NMR in Structural Biology
Max-Planck-Institut für biophysikalische Chemie, Alemanha
2018/08/12 - 2018/08/17 Poster Presentation - Using Exchange SpectroscopY NMR to study the triheme cytochrome PpcA from Geobacter metallireducens - Fernandes, T. M., Morgado L., Salgueiro, C. A.
Outro
 NMR Practical Course 2018 – Multidimensional NMR in Structural Biology
Max-Planck-Institut für biophysikalische Chemie, Alemanha
2018/07/06 - 2018/07/06 Poster Presentation - Using Exchange SpectroscopY NMR to study the triheme cytochrome PpcA from Geobacter metallireducens - Fernandes, T. M., Morgado L., Salgueiro, C. A.
Conferência
 1st Meeting of Young Biophysicists – Biophysics Party
2018/06/26 - 2018/06/29 Poster Presentation - Using Exchange SpectroscopY NMR to study the triheme cytochrome PpcA from Geobacter metallireducens - Fernandes, T. M., Morgado L., Salgueiro, C. A.
Conferência
 VIII Ibero-American NMR Meeting
2018/06/04 - 2018/06/07 Poster Presentation - Microbial electricity production: Biomolecular elucidation of extracellular electron transfer mechanisms of Geobacter metallireducens - Fernandes, T. M., Portela P. C., Dantas, J. M., Salgueiro, C. A.
Conferência
 XIX Biennial Meeting of the Society for Free Radical Research International
2018/04/14 - 2018/04/16 Course on Emerging Magnetic Resonance Techniques to Study Dynamic Molecular Machines Emerging Magnetic Resonance Techniques to Study Dynamic Molecular Machines
European Cooperation in Science and Technology, Bélgica
2017/12/07 - 2017/12/09 Poster Presentation - Diverging for The Same Goal: Characterization of Geobacter Extracellular Electron Transfer Pathways - Fernandes, T. M., Portela, P. C., Dantas, J. M., Ferreira, M. R., Salgueiro, C. A.
Conferência
 VII Microbiotec – Joint Congress of the Portuguese Society of Microbiology and the Portuguese Society of Biotechnology
Universidade Católica Portuguesa Escola Superior de Biotecnologia, Portugal
Distinções

Prémio

2022 Best Poster Presentation at 2nd Meeting of Young Biophysicists
Universidade de Aveiro, Portugal
2021 Poster Competition - Honorable Mention - Student Research Achievement Award (SRAA)
2020 Portuguese National Directory of Higher Education Merit Grant
2019 Springer Nature Young Biophysicist Best Talk Award at NOVA Biophysica
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal