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Sandra Afonso. Concluiu o(a) Mestrado em Biologia Evolutiva e do Desenvolvimento em 2008/12/01 pelo(a) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências e Licenciatura em Engenharia Biotecnológica em 2003/12/01 pelo(a) Instituto Politécnico de Bragança. É Assistente de Investigação (carreira) no(a) Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos. Publicou 22 artigos em revistas especializadas.
Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Sandra Madalena Lousada Afonso

Nomes de citação

  • Afonso, Sandra

Identificadores de autor

Ciência ID
A41B-6D8D-C259
ORCID iD
0000-0001-7212-991X
Researcher Id
M-5702-2013
Scopus Author Id
53867813600

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Francês Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1) Utilizador elementar (A1) Utilizador independente (B1) Utilizador elementar (A1)
Espanhol; Castelhano Utilizador independente (B2) Utilizador independente (B2) Utilizador independente (B2) Utilizador independente (B2) Utilizador independente (B2)
Formação
Grau Classificação
2008/12/01
Concluído
 Biologia Evolutiva e do Desenvolvimento (Mestrado)
Especialização em Biologia Molecular - Genética
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
1996/10/01 - 2003/12/01
Concluído
 Engenharia Biotecnológica (Licenciatura)
Especialização em Biologia Molecular - Cultura de Células - Genética
Instituto Politécnico de Bragança, Portugal
 13
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2008/07/01 - Atual Assistente de Investigação (carreira) (Investigação) Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal
2010/09/01 - 2011/01/01 Assistente de Investigação (carreira) (Investigação) Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal
Max-Planck-Institut fur evolutionare Anthropologie Abteilung fur Evolutionare Genetik, Alemanha
2007/12/01 - 2008/07/01 Assistente de Investigação (carreira) (Investigação) Universidade de Lisboa Departamento de Biologia Animal, Portugal
Universidade de Lisboa Departamento de Biologia Animal, Portugal
2008/02/01 - 2008/06/10 Investigador visitante (Investigação) Universidade de Lisboa Departamento de Biologia Animal, Portugal
Texas A&M University Department of Veterinary Integrative Biosciences, Estados Unidos
2006/05/01 - 2007/11/30 Assistente de Investigação (carreira) (Investigação) Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
Projetos

Projeto

Designação Financiadores
2020/01/01 - Atual Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology
10.54499/UIDB/50027/2020
Desenvolvimento técnico
2021/01/01 - 2025/12/31 Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology (InBIO)
LA/P/0048/2020
10.54499/LA/P/0048/2020
Desenvolvimento técnico
Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal

Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal

Fundação Gaspar Frutuoso, Portugal

Universidade do Porto Instituto de Ciências Tecnologias e Agroambiente, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2020/01/01 - 2024/12/31 Research Network in Biodiversity and Evolutionary Biology
UIDP/50027/2020
10.54499/UIDP/50027/2020
Desenvolvimento técnico
Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal

Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal

Fundação Gaspar Frutuoso, Portugal

Universidade do Porto Instituto de Ciências Tecnologias e Agroambiente, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2021/03/15 - 2024/03/14 HybridChange – O potencial da hibridização para promover adaptação rápida durante alterações climáticas
PTDC/BIA-EVL/1307/2020
Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal

Universidade do Porto Instituto de Ciências e Tecnologias Agrárias e Agro-Alimentares, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2021/03/01 - 2024/02/29 Controlo da peste de quarentena Drosophila suzukii através de estudos epidemiológicos e novas técnicas de biocontrolo verdes
PTDC/ASP-PLA/4477/2020
Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal

Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, Portugal

Universidade do Porto Instituto de Ciências e Tecnologias Agrárias e Agro-Alimentares, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2008/01/01 - 2011/12/31 Genómica, Selecção e variabilidade nucleotidica no coelho Europeu, Oryctolagus cuniculus
PTDC/BIA-BDE/72304/2006
Universidade do Porto Instituto de Ciências e Tecnologias Agrárias e Agro-Alimentares, Portugal

Universidade dos Açores Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal

Universidade do Porto Instituto de Patologia e Imunologia Molecular, Portugal

The University of Arizona Department of Ecology and Evolutionary Biology, Estados Unidos
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Paulo Pereira; Sandra Afonso; António Múrias; Miguel Carneiro; Stephen J. Sabatino. "Adaptation to Freshwater in Allis Shad Involved a Combination of Genomic and Epigenomic Changes". Journal of Molecular Evolution (2025): https://doi.org/10.1007/s00239-025-10253-9.
    10.1007/s00239-025-10253-9
  2. Pedro Andrade; Aldina M. A. Franco; Marta Acácio; Sandra Afonso; Cristiana I. Marques; Francisco Moreira; Miguel Carneiro; Inês Catry. "Mechanisms underlying the loss of migratory behaviour in a long-lived bird". Journal of Animal Ecology (2025): https://doi.org/10.1111/1365-2656.70035.
    10.1111/1365-2656.70035
  3. Arbore, Roberto; Barbosa, Soraia; Brejcha, Jindich; Ogawa, Yohey; Liu, Yu; Nicolaï, Michaël P. J.; Pereira, Paulo; et al. "A molecular mechanism for bright color variation in parrots". Science 386 6721 (2024): http://dx.doi.org/10.1126/science.adp7710.
    10.1126/science.adp7710
  4. Guimarães-Moreira, Margarida; Marques, Cristiana I.; Afonso, Sandra; Lacerda, Beatriz; Carneiro, Miguel; Araújo, Pedro M.. Autor correspondente: Araújo, Pedro M.. "A missense mutation in the tyrosinase gene explains acromelanism in domesticated canaries". Animal Genetics 55 6 (2024): 838-842. http://dx.doi.org/10.1111/age.13481.
    10.1111/age.13481
  5. Pedro Andrade; Joel M. Alves; Paulo Pereira; Carl-Johan Rubin; Eugénio Silva; C. Grace Sprehn; Erik Enbody; et al. "Selection against domestication alleles in introduced rabbit populations". Nature Ecology & Evolution (2024): https://doi.org/10.1038/s41559-024-02443-3.
    10.1038/s41559-024-02443-3
  6. Sario, Sara; Marques, João P.; Farelo, Liliana; Afonso, Sandra; Santos, Conceição; Melo-Ferreira, José. Autor correspondente: Sario, Sara. "Dissecting the Invasion History of Spotted-Wing Drosophila (Drosophila suzukii) in Portugal Using Genomic Data". Journal of Pest Science (2024):
    Submetido
  7. Justin Merondun; Cristiana I. Marques; Pedro Andrade; Swetlana Meshcheryagina; Ismael Galván; Sandra Afonso; Joel M. Alves; et al. "Evolution and genetic architecture of sex-limited polymorphism in cuckoos". Science Advances (2024): https://doi.org/10.1126/sciadv.adl5255.
    10.1126/sciadv.adl5255
  8. Henrique Batalha-Filho; Silvia Britto Barreto; Mario Henrique Barros Silveira; Cristina Yumi Miyaki; Sandra Afonso; Nuno Ferrand; Miguel Carneiro; Fernando Sequeira. "Disentangling the contemporary and historical effects of landscape on the population genomic variation of two bird species restricted to the highland forest enclaves of northeastern Brazil". Heredity (2024): https://doi.org/10.1038/s41437-023-00662-1.
    10.1038/s41437-023-00662-1
  9. Roy, Shatadru Ghosh; Bakhrat, Anna; Abdu, Moty; Afonso, Sandra; Pereira, Paulo; Carneiro, Miguel; Abdu, Uri. "Mutations in SLC45A2 lead to loss of melanin in parrot feathers". G3: Genes|Genomes|Genetics (2024): https://publons.com/wos-op/publon/65098102/.
    10.1093/G3JOURNAL/JKAD254
  10. Razgour, Orly; Montauban, Cecilia; Festa, Francesca; Whitby, Daniel; Juste, Javier; Ibáñez, Carlos; Rebelo, Hugo; et al. "Applying genomic approaches to identify historic population declines in European forest bats". Journal of Applied Ecology 61 1 (2023): 160-172. http://dx.doi.org/10.1111/1365-2664.14540.
    10.1111/1365-2664.14540
  11. Joana L. Rocha; Pedro Silva; Nuno Santos; Mónia Nakamura; Sandra Afonso; Abdeljebbar Qninba; Zbyszek Boratynski; et al. "North African fox genomes show signatures of repeated introgression and adaptation to life in deserts". Nature Ecology & Evolution (2023): https://doi.org/10.1038/s41559-023-02094-w.
    10.1038/s41559-023-02094-w
  12. Razgour, Orly; Montauban, Cecilia; Festa, Francesca; Whitby, Daniel; Juste, Javier; Ibanez, Carlos; Rebelo, Hugo; et al. "Applying genomic approaches to identify historic population declines in European forest bats". BioRxiv (2023): https://publons.com/wos-op/publon/55934979/.
    10.1101/2023.05.24.542071
  13. Pedro Andrade; Mariana L Lyra; Juliana Zina; Deivson F O Bastos; Andrés E Brunetti; Délio Baêta; Sandra Afonso; et al. "Draft genome and multi-tissue transcriptome assemblies of the Neotropical leaf-frog Phyllomedusa bahiana". G3 Genes|Genomes|Genetics (2022): https://doi.org/10.1093/g3journal/jkac270.
    10.1093/g3journal/jkac270
  14. Toomey, Matthew B.; Marques, Cristiana I.; Araújo, Pedro M.; Huang, Delai; Zhong, Siqiong; Liu, Yu; Schreiner, Gretchen D.; et al. "A mechanism for red coloration in vertebrates". Current Biology 32 19 (2022): 4201-4214.e12. http://dx.doi.org/10.1016/j.cub.2022.08.013.
    10.1016/j.cub.2022.08.013
  15. Prem Aguilar; Pedro Andrade; Sandra Afonso; Miguel Á. Carretero; Guillem Pérez i de Lanuza; Catarina Pinho. "No genomic repercussions of assortative pairing in a colour polymorphic lizard". Journal of Evolutionary Biology (2022): https://doi.org/10.1111/jeb.13990.
    10.1111/jeb.13990
  16. Toomey, Matthew B.; Marques, Cristiana, I; Araujo, Pedro M.; Huang, Delai; Zhong, Siqiong; Liu, Yu; Schreiner, Gretchen D.; et al. "A mechanism for red coloration in vertebrates". Current Biology (2022): https://publons.com/wos-op/publon/54917709/.
    10.1016/J.CUB.2022.08.013
  17. Sara Freitas; Malgorzata A. Gazda; Miguel Â. Rebelo; Antonio J. Muñoz-Pajares; Carlos Vila-Viçosa; Antonio Muñoz-Mérida; Luís M. Gonçalves; et al. "Pervasive hybridization with local wild relatives in Western European grapevine varieties". Science Advances 7 47 (2021): https://doi.org/10.1126/sciadv.abi8584.
    10.1126/sciadv.abi8584
  18. "A non-lethal method for studying scorpion venom gland transcriptomes, with a review of potentially suitable taxa to which it can be applied". PLOS ONE 16 11 (2021): e0258712-e0258712. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0258712.
    10.1371/journal.pone.0258712
  19. Pedro Andrade; Tiago M. Rodrigues; Delphine Muths; Sandra Afonso; Susana Lopes; Raquel Godinho; Manuel Leitão; et al. "Genetic differentiation in Eurasian Woodcock ( Scolopax rusticola ) from the Azores". Ibis (2021): https://doi.org/10.1111/ibi.12991.
    10.1111/ibi.12991
  20. Andrade, Pedro; Gazda, Malgorzata A.; Araújo, Pedro M.; Afonso, Sandra; Rasmussen, Jacob. A.; Marques, Cristiana I.; Lopes, Ricardo J.; Gilbert., M. Thomas P.; Carneiro, Miguel. "Molecular parallelisms between pigmentation in the avian iris and the integument of ectothermic vertebrates". PLOS Genetics 17 2 (2021): e1009404. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pgen.1009404.
    Publicado • 10.1371/journal.pgen.1009404
  21. Ahmed Mostafa Emam; Sandra Afonso; Pedro González-Redondo; G.M.K. Mehaisen; A.A.A. Azoz; N.A. Ahmed; N. Fernand. "Status and origin of Egyptian local rabbits in comparison with Spanish common rabbits using mitochondrial DNA sequence analysis". World Rabbit Science (2020): https://doi.org/10.4995/wrs.2020.12219.
    10.4995/wrs.2020.12219
  22. Malgorzata A. Gazda; Pedro M. Araújo; Ricardo J. Lopes; Matthew B. Toomey; Pedro Andrade; Sandra Afonso; Cristiana Marques; et al. "A genetic mechanism for sexual dichromatism in birds". Science 368 6496 (2020): 1270-1274. https://doi.org/10.1126/science.aba0803.
    10.1126/science.aba0803
  23. Marques, João P.; Sotelo, Graciela; Galindo, Juan; Chaube, Pragya; Costa, Diana; Afonso, Sandra; Panova, Marina; et al. "Transcriptomic resources for evolutionary studies in flat periwinkles and related species". Scientific Data 7 1 (2020): http://dx.doi.org/10.1038/s41597-020-0408-8.
    10.1038/s41597-020-0408-8
  24. Gazda, Malgorzata Anna; Toomey, Matthew B; Araújo, Pedro M; Lopes, Ricardo J; Afonso, Sandra; Myers, Connie A; Serres, Kyla; et al. "Genetic Basis of De Novo Appearance of Carotenoid Ornamentation in Bare Parts of Canaries". Molecular Biology and Evolution (2020): http://dx.doi.org/10.1093/molbev/msaa006.
    10.1093/molbev/msaa006
  25. Afonso, Sandra. "Consequences of breed formation on patterns of genomic diversity and differentiation: the case of highly diverse peripheral Iberian cattle". BMC Genomics (2019): http://dx.doi.org/10.1186/s12864-019-5685-2.
    10.1186/s12864-019-5685-2
  26. Grashof, Dwin G. B.; Kerkkamp, Harald M. I.; Afonso, Sandra; Archer, John; Harris, D. James; Richardson, Michael K.; Vonk, Freek J.; van der Meijden, Arie. "Transcriptome annotation and characterization of novel toxins in six scorpion species". BMC Genomics 20 1 (2019): http://dx.doi.org/10.1186/s12864-019-6013-6.
    10.1186/s12864-019-6013-6
  27. Afonso, Sandra. "Gene expression across mammalian organ development". Nature (2019): http://dx.doi.org/10.1038/s41586-019-1338-5.
    10.1038/s41586-019-1338-5
  28. Afonso, Sandra. "Parallel adaptation of rabbit populations to myxoma virus". Science (2019): http://dx.doi.org/10.1126/science.aau7285.
    10.1126/science.aau7285
  29. Afonso, Sandra. "Regulatory changes in pterin and carotenoid genes underlie balanced color polymorphisms in the wall lizard". Proceedings of the National Academy of Sciences (2019): http://dx.doi.org/10.1073/pnas.1820320116.
    10.1073/pnas.1820320116
  30. Carneiro, Miguel; Vieillard, Jennifer; Andrade, Pedro; Boucher, Samuel; Afonso, Sandra; Blanco-Aguiar, José A.; Santos, Nuno; et al. "Retinoid-Related Orphan Nuclear Receptor RORB is Required for Saltatorial Locomotion in Rabbits". SSRN Electronic Journal (2019): http://dx.doi.org/10.2139/ssrn.3479444.
    10.2139/ssrn.3479444
  31. Rafati, N.; Blanco-Aguiar, J.A.; Rubin, C.J.; Sayyab, S.; Sabatino, S.J.; Afonso, S.; Feng, C.; et al. "A genomic map of clinal variation across the European rabbit hybrid zone". Molecular Ecology 27 6 (2018): 1457-1478. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85041749965&partnerID=MN8TOARS.
    10.1111/mec.14494
  32. Gazda, M.A.; Andrade, P.; Afonso, S.; Dilyte, J.; Archer, J.P.; Lopes, R.J.; Faria, R.; Carneiro, M.. "Signatures of selection on standing genetic variation underlie athletic and navigational performance in racing pigeons". Molecular Biology and Evolution 35 5 (2018): 1176-1189. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85053934374&partnerID=MN8TOARS.
    10.1093/molbev/msy030
  33. Toomey, M.B.; Marques, C.I.; Andrade, P.; Araújo, P.M.; Sabatino, S.; Gazda, M.A.; Afonso, S.; et al. "A non-coding region near Follistatin controls head colour polymorphism in the Gouldian finch". Proceedings. Biological sciences 285 1888 (2018): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85054445978&partnerID=MN8TOARS.
    10.1098/rspb.2018.1788
  34. Brusini, I.; Carneiro, M.; Wang, C.; Rubin, C.-J.; Ring, H.; Afonso, S.; Blanco-Aguiar, J.A.; et al. "Changes in brain architecture are consistent with altered fear processing in domestic rabbits". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 115 28 (2018): 7380-7385. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85049643502&partnerID=MN8TOARS.
    10.1073/pnas.1801024115
  35. Toomey, M.B.; Lopes, R.J.; Araújo, P.M.; Johnson, J.D.; Gazda, M.A.; Afonso, S.; Mota, P.G.; et al. "High-density lipoprotein receptor SCARB1 is required for carotenoid coloration in birds". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 114 20 (2017): 5219-5224. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85019581853&partnerID=MN8TOARS.
    10.1073/pnas.1700751114
  36. Carneiro, M.; Hu, D.; Archer, J.; Feng, C.; Afonso, S.; Chen, C.; Blanco-Aguiar, J.A.; et al. "Dwarfism and altered craniofacial development in rabbits is caused by a 12.1 kb deletion at the HMGA2 locus". Genetics 205 2 (2017): 955-965. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85021849586&partnerID=MN8TOARS.
    10.1534/genetics.116.196667
  37. Mohammadi, Saeed; Afonso, Sandra; Adibi, Mohammad Ali; Melo-Ferreira, José; Campos, Rita. "A new and highly divergent mitochondrial lineage in the Small Five-toed Jerboa,Allactaga elater, from Iran (Mammalia: Rodentia)". Zoology in the Middle East 62 3 (2016): 206-211. http://dx.doi.org/10.1080/09397140.2016.1202925.
    10.1080/09397140.2016.1202925
  38. Alves JM; Carneiro M; Afonso S; Lopes S; Garreau H; Boucher S; Allain D; et al. "Levels and Patterns of Genetic Diversity and Population Structure in Domestic Rabbits.". (2015): http://europepmc.org/abstract/med/26689909.
    10.1371/journal.pone.0144687
  39. Carneiro M; Albert FW; Afonso S; Pereira RJ; Burbano H; Campos R; Melo-Ferreira J; et al. "The genomic architecture of population divergence between subspecies of the European rabbit.". (2014): http://europepmc.org/abstract/med/25166595.
    10.1371/journal.pgen.1003519
  40. Carneiro M; Rubin CJ; Di Palma F; Albert FW; Alföldi J; Barrio AM; Pielberg G; et al. "Rabbit genome analysis reveals a polygenic basis for phenotypic change during domestication.". (2014): http://europepmc.org/abstract/med/25170157.
    10.1126/science.1253714
  41. Carneiro M; Baird SJ; Afonso S; Ramirez E; Tarroso P; Teotónio H; Villafuerte R; Nachman MW; Ferrand N. "Steep clines within a highly permeable genome across a hybrid zone between two subspecies of the European rabbit.". (2013): http://europepmc.org/abstract/med/23530594.
    10.1111/mec.12272
  42. Korrodi-Gregório L; Margarida Lopes A; Esteves SL; Afonso S; Lemos de Matos A; Lissovsky AA; da Cruz E Silva OA; et al. "An Intriguing Shift Occurs in the Novel Protein Phosphatase 1 Binding Partner, TCTEX1D4: Evidence of Positive Selection in a Pika Model.". (2013): http://europepmc.org/abstract/med/24130861.
    10.1371/journal.pone.0077236
  43. van der Loo W; Afonso S; de Matos AL; Abrantes J; Esteves PJ. "Pseudogenization of the MCP-2/CCL8 chemokine gene in European rabbit (genus Oryctolagus), but not in species of Cottontail rabbit (Sylvilagus) and Hare (Lepus).". (2012): http://europepmc.org/abstract/med/22894773.
    10.1186/1471-2156-13-72
  44. Carneiro M; Afonso S; Geraldes A; Garreau H; Bolet G; Boucher S; Tircazes A; et al. "The genetic structure of domestic rabbits.". (2011): http://europepmc.org/abstract/med/21216839.
    10.1093/molbev/msr003
Livro
  1. Costa, Rita; Evaristo, Isabel; Batista, Dora; Afonso, Sandra; Carrasquinho, Isabel; Inácio, Lurdes; Bonifácio, Luís; et al. Condução de Povoamentos de Pinheiro Manso e Características Nutricionais do Pinhão. Oeiras, Portugal: INRB. 2008.
    Publicado
Poster em conferência
  1. Marques, José; Galindo, Juan; Costa, Diana; Afonso, Sandra; Rolán-Álvarez, Emilio; Carneiro, Miguel; Faria, Rui. "Genetic and evolutionary basis of shell coloration in two sister species of marine snails, Littorina fabalis and L. obtusata". Trabalho apresentado em XV National Meeting of Evolutionary Biology, 2019.
Pré-impressão
  1. Andrade, Pedro; Franco, Aldina M. A.; Acacio, Marta; Afonso, Sandra; Marques, Cristiana I.; Moreira, Francisco; Carneiro, Miguel; Catry, Ines. "Mechanisms underlying the loss of migratory behaviour in a long-lived bird". 2024. http://dx.doi.org/10.1101/2024.03.06.583673.
    10.1101/2024.03.06.583673

Outros

Outra produção
  1. Evidence of post-domestication hybridization and adaptive introgression in Western European grapevine varieties. 2021. S. Freitas; M.A. Gazda; M. Rebelo; A.J. Muñoz-Pajares; C. Vila-Viçosa; A. Muñoz-Mérida; L.M. Gonçalves; et al. https://doi.org/10.1101/2021.03.03.432021.
    10.1101/2021.03.03.432021