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Ana Teresa Correia de Freitas. Concluiu o Mestrado integrado em Engenharia Eletrotécnica e de Computadores em 1990 pelo Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Título de Agregação em Biologia Computacional em 2010 pelo Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Doutoramento em Engenharia Electrotécnica e de Computadores em 2002/11/27 pela Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico. É Professora Catedrática na Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Investigadora no Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Collaboratora no Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, CEO desde 2013 na empresa HeartGenetics Genetics and Biotechnology SA. Em 2017 foi coordinatora da área científica "Metodologias e Tecnologias da Programação", no Departamento de Engenharia Informática do Instituto Superior Técnico na Universidade de Lisboa. Foi membro do concelho científico do Instituto Superior Técnico e Membro do Concelho Científico do Mestrado de Engenharia Biomédica no Instituto Superior Técnico. Publicou mais 40 artigos em revistas especializadas, num total de publicações superior a 100. Possui 6 livro(s) ou Atas. Recebeu 8 prémio(s) e/ou homenagens. Atua na(s) área(s) de Ciências da Engenharia e Tecnologias com ênfase em Engenharia Eletrotécnica, Eletrónica e Informática. Nas suas atividades profissionais interagiu com 195 colaborador(es) em coautorias de trabalhos científicos. No seu currículo Ciência Vitae os termos mais frequentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artístico-cultural são: Bioinformática; Algoritmos; Data mining; Saúde Digital; Genética Humana; Empreendedorismo; .
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Ana Teresa Correia de Freitas

Nomes de citação

  • Freitas, Ana Teresa

Identificadores de autor

Ciência ID
A419-C626-64E5
ORCID iD
0000-0002-2997-5990

Endereços de correio eletrónico

  • atf@inesc-id.pt (Profissional)

Domínios de atuação

  • Ciências da Engenharia e Tecnologias - Engenharia Eletrotécnica, Eletrónica e Informática

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Francês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador independente (B1) Utilizador proficiente (C1)
Espanhol; Castelhano Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1) Utilizador elementar (A1) Utilizador independente (B1)
Italiano Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B2) Utilizador elementar (A1) Utilizador independente (B2) Utilizador independente (B1)
Formação
Grau Classificação
2010/10/17
Concluído
 Biologia Computacional (Título de Agregado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
"Alignment of Biological Sequences" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 Approved
2002/11/27
Concluído
 Engenharia Electrotécnica e de Computadores (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
 Approved
1994
Concluído
 Engenharia Electrotécnica e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
 Very Good
1990
Concluído
 Engenharia Eletrotécnica e de Computadores (Mestrado integrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
 15 (on 20 point scale)
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
1990/09/01 - Atual Investigador (Investigação) Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

Docência no Ensino Superior

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2015/11/27 - Atual Professor Catedrático (Docente Universitário) Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2010 - 2013 Professor Associado (Docente Universitário) Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
2009/09/01 - 2010/07/30 Professor Visitante (Docente Universitário) Universidade da Madeira, Portugal
2008/08/15 - 2009/08/14 Professor Visitante (Docente Universitário) École normale supérieure de Lyon Département des sciences de la Terre, França
2007 - 2009 Professor Auxiliar (Docente Universitário) Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

Cargos e Funções

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2021/01/01 - 2024/01/01 Presidente da Assembleia de Escola Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2015/11/15 - Atual Full Professor at the Department of Computer Science and Engineering of Instituto Superior Técnico (IST), University of Lisbon (http://www.ist.utl.pt). Field: Algorithms and programming. Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2013/04/01 - Atual CEO HeartGenetics Genetics and Biotechnology SA, Portugal
2017/01/01 - 2017/12/31 Vice-chair of ESFRI ELIXIR (http://www.elixir-europe.org/). European Bioinformatics Institute, Reino Unido
2016/01/01 - 2017/12/31 Coordinator of the disciplinary field of Programming Methodology and Technology from the Department of Computer Science and Engineering of Instituto Superior Técnico Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2014/09/01 - 2017/12/31 Board member of ELIXIR (http://www.elixir-europe.org/), representing Portugal. ELIXIR unites Europe’s leading life science organisations. Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2014/01/01 - 2017/12/31 Member of the Health Network Council from Universidade de Lisboa, representing the Instituo Superior Técnico Universidade de Lisboa, Portugal
2014/01/01 - 2016/12/31 Member of Scientific Council of the Biomedical Engineering course at Instituto Superior Técnico Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2013/01/01 - 2016/12/31 Member of the Scientific Council of Instituto Superior Técnico Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2013/01/01 - 2016/12/31 Member of the Executive Committee of the Computer Science Department at Instituto Superior Técnico. Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2010/10/12 - 2015/11/15 Associate Professor (with Habilitation) at the Department of Computer Science and Engineering of Instituto Superior Técnico (IST), University of Lisbon (http://www.ist.utl.pt). Field: Algorithms and p Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2009/01/01 - 2015/01/01 Head of the Knowledge Discovery and Bioinformatics group (KDBIO) Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
2002/11/22 - 2010/10/11 Auxiliar Professor at the Department of Electronic Engeneering and Computers Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2009/09/07 - 2010/07/30 Auxiliar Professor at the Informatics Department Universidade da Madeira, Portugal
2008/08/15 - 2009/07/31 Invited Researcher Université Claude Bernard Lyon 1, França
2007/01/01 - 2008/12/31 Senior researcher of the Knowledge Discovery and Bioinformatics group (KDBIO) Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
1990/10/01 - 2002/11/22 Assistant professor at Department of Electronic Engeneering and Computers Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
Projetos

Projeto

Designação Financiadores
2013 - 2015 CAMP: Computational Analysis of MicroRNAs in Plants
PTDC/EIA-EIA/122534/2010
Investigador responsável
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Concluído
2010 - 2013 TAGS : THE POWER OF THE SHORT - TOOLS AND ALGORITHMS FOR NEXT GENERATION SEQUENCING APPLICATIONS.
PTDC/EIA-EIA/112283/2009
Investigador responsável
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Concluído
2010 - 2013 NEXT GENERATION SEQUENCING DATA ANALYSIS NETWORK
COST Action BM1006
Investigador
Concluído
2009 - 2013 MICROEGO - DID YOU ASK FOR SOMETHING SMALL? THE MICRORNAS POWER IN A EUCALYPTUS TENSION WORLD!
PTDC/AGR-GPL/098179/2008
Investigador
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Concluído
2009 - 2012 Pneumopath, A comprehensive dissection of pneumococcal-host interactions
FP7 European project
Investigador
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Concluído
2009 - 2012 Biohypo, Tackle the clinical relevance of biocide induced antibiotic resistance
FP7 European project
Investigador
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Concluído
2008 - 2010 GenEglobwq - Scanning for candidate genes underlying a pulp yield QTL in Eucalyptus globulus
PTDC/AGR-GPL/66564/2006
Investigador
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
2007 - 2010 Dyablo - Models for the Dynamic Behavior of Biological Network
PDCT/EIA/71587/2006
Investigador
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Concluído
2007 - 2010 ERA-PG - GENOME-WIDE ANALYSIS OF SHORT RNAS AS MODULATORS IN DEHYDRATION STRESS TOLERANCE USING TOLERANT AND GENETIC MODEL SYSTEM
ERAPGFP/06.030A
Investigador
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Concluído
2007 - 2010 ARN - ALGORITHMS FOR THE IDENTIFICATION OF GENE REGULATORY NETWORKS
PTDC/EIA/67722/2006
Investigador responsável
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Concluído
2005 - 2007 MAGIC - Unveiling Metabolic and Genetic Networks in Living Cells
Internal Research and Development Project INESC-ID
Investigador responsável
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Concluído
2004 - 2007 DBYeast - Infrastructures and Algorithms for Analysis and Identification of Gene Regulatory Networks
POSI/EIA/57398/2004
Investigador
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Concluído
2004 - 2007 Insights Into the Complex Regulatory Networks Acting in Yeast Cells Changed with Drugs/Chemical Stresses: Genome Wide Expressions Approaches Supported by Bioinformatics
POCTI/BIO/56838/2004
Investigador
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Concluído
2002 - 2007 BioGrid - Parallel Algorithms for Gene Annotation
POSI/SRI/47778/2002
Investigador
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Concluído
2001 - 2004 COOLCHIPS: An Environment for the Design and Analysis of Power Efficient Systems
POCTI/ESE/33705/2000
Investigador
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
1997 - 2001 Techniques for the Design of Low Power Circuits
PRAXIS XXI 2/2.1/TIT/1563/95
Investigador
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
1990 - 1995 QuickChips - A System Supporting ASIC Design and Providing Rapid Turnaround Prototyping
ESPRIT Project 6043
Investigador
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Concluído

Outro

Designação Financiadores
2007 - 2010 DynaMo - Dynamical modeling, control and optimization of metabolic networks
PTDC/EEA-ACR/69530/2006
Investigador
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Concluído
2004 - 2007 PI-Vert - Mathematical and Algorithmical Aspects of Biochemical and Evolutionary Network
ACI Nouvelles Interfaces des Mathématiques
Investigador
Université Claude Bernard Lyon 1, França
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em conferência
  1. Coimbra, M.E.; Fernandes, F.; Russo, L.M.S.; Freitas, A.T.. "Parallel efficient aligner of pyrosequencing reads". 2013.
    10.1145/2488551.2488593
  2. Dias, P.J.; Costa, C.P.; Sá-Correia, I.; Teixeira, M.C.; Monteiro, P.T.; Oliveira, A.L.; Freitas, A.T.. "Using systems biology approaches to study a multidrug resistance network". 2011.
    10.1109/ENBENG.2011.6026073
  3. Calçada, D.; Vinga, S.; Freitas, A.T.; Oliveira, A.L.. "Quantitative modeling the Saccharomyces cerevisiae FLR1 regulatory network using an S-system formalism". 2011.
    10.1109/HISB.2011.62
  4. Francisco, A.P.; Schbath, S.; Freitas, A.T.; Oliveira, A.L.. "Using graph modularity analysis to identify transcription factor binding sites". 2010.
    10.1109/BIBMW.2010.5703767
  5. Machado, C.M.; Couto, F.; Fernandes, A.R.; Santos, S.; Cardim, N.; Freitas, A.T.. "Semantic characterization of hypertrophic cardiomyopathy disease". 2010.
    10.1109/BIBMW.2010.5703841
  6. Monteiro, P.T.; Freitas, A.T.; Ropers, D.; Mateescu, R.; De Jong, H.. "Modeling and formal verification of biological regulatory networks: An integrative approach". 2010.
    10.1109/BIBMW.2010.5703920
  7. Carvalho, A.M.; Freitas, A.T.; Oliveira, A.L.; Sagot, M.-F.. "A highly scalable algorithm for the extraction of cis-regulatory regions". 2005.
  8. Carvalho, A.M.; Oliveira, A.L.; Freitas, A.T.; Sagot, M.-F.. "A parallel algorithm for the extraction of structured motifs". 2004.
  9. Freitas, A.T.; Oliveira, A.L.. "Implicit resolution of the Chapman-Kolmogorov equations for sequential circuits: An application in power estimation". 2003.
    10.1109/DATE.2003.1253699
  10. Freitas, A.T.; Oliveira, A.L.. "Circuit partitioning techniques for power estimation using the full set of input correlations". 2001.
Artigo em revista
  1. Miguel Monteiro; Ana Catarina Fonseca; Ana Teresa Freitas; Teresa Pinho e Melo; Alexandre P. Francisco; Jose M. Ferro; Arlindo L. Oliveira. "Using Machine Learning to Improve the Prediction of Functional Outcome in Ischemic Stroke Patients". IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 15 6 (2018): 1953-1959. https://doi.org/10.1109/TCBB.2018.2811471.
    10.1109/TCBB.2018.2811471
  2. Alaine B. Guerra; Jorge S. Oliveira; Rita C.B. Silva-Portela; Wydemberg Araújo; Aline C. Carlos; Ana Tereza R. Vasconcelos; Ana Teresa Freitas; et al. "Metagenome enrichment approach used for selection of oil-degrading bacteria consortia for drill cutting residue bioremediation". Environmental Pollution 235 (2018): 869-880. https://doi.org/10.1016/j.envpol.2018.01.014.
    10.1016/j.envpol.2018.01.014
  3. Machado, Catia M.; Rebholz-Schuhmann, Dietrich; Freitas, Anat; Couto, Francisco M.. "The semantic web in translational medicine: current applications and future directions". Briefings in Bioinformatics 16 1 (2015): 89-103. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000348188400009&KeyUID=WOS:000348188400009.
    10.1093/bib/bbt079
  4. Oliveira, Jorge S.; Araujo, Wydemberg; Lopes Sales, Ana Isabela; Brito Guerra, Alaine de; Silva Araujo, Sinara Carla da; de Vasconcelos, Ana Tereza Ribeiro; Agnez-Lima, Lucymara F.; Freitas, Ana Teresa. "BioSurfDB: knowledge and algorithms to support biosurfactants and biodegradation studies". Database : the journal of biological databases and curation 2015 (2015): http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=MEDLINE&KeyUT=MEDLINE:25833955&KeyUID=MEDLINE:25833955.
    10.1093/database/bav033
  5. Fernandes, F.; Freitas, A.T.. "SlaMEM: Efficient retrieval of maximal exact matches using a sampled LCP array". Bioinformatics 30 4 (2014): 464-471. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84894518038&partnerID=MN8TOARS.
    10.1093/bioinformatics/btt706
  6. Teixeira, M.C.; Monteiro, P.T.; Guerreiro, J.F.; Gonçalves, J.P.; Mira, N.P.; Dos Santos, S.C.; Cabrito, T.R.; et al. "The YEASTRACT database: An upgraded information system for the analysis of gene and genomic transcription regulation in Saccharomyces cerevisiae". Nucleic Acids Research 42 D1 (2014): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84891806965&partnerID=MN8TOARS.
    10.1093/nar/gkt1015
  7. Coelho, J. R.; Gaspar, I. M.; Silva, A. M.; Freitas, A. T.. "A MACHINE LEARNING APPROACH FOR THE IDENTIFICATION OF RISK FACTORS FOR CARDIOVASCULAR DISEASE". Cardiology 126 (2013): 272-272. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000326437200266&KeyUID=WOS:000326437200266.
  8. Machado, Catia M.; Freitas, Ana T.; Couto, Francisco M.. "Enrichment analysis applied to disease prognosis". Journal of Biomedical Semantics 4 (2013): http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000343706100002&KeyUID=WOS:000343706100002.
    10.1186/2041-1480-4-21
  9. Furi, Leonardo; Ciusa, Maria Laura; Knight, Daniel; Di Lorenzo, Valeria; Tocci, Nadia; Cirasola, Daniela; Aragones, Lluis; et al. "Evaluation of Reduced Susceptibility to Quaternary Ammonium Compounds and Bisbiguanides in Clinical Isolates and Laboratory-Generated Mutants of Staphylococcus aureus". Antimicrobial Agents and Chemotherapy 57 8 (2013): 3488-3497. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000321761800004&KeyUID=WOS:000321761800004.
    10.1128/aac.00498-13
  10. Santos, S.; Marques, V.; Nunes, A. C.; Freitas, A. T.; Gouveia, M. R.; Antunes, M.; Carreira, I. M.; et al. "Novel insights in hypertrophic cardiomyopathy (HCM) evaluation: mirs as biomarkers of HCM cardiac remodeling". European Journal of Heart Failure 12 (2013): S30-S30. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000332489100098&KeyUID=WOS:000332489100098.
  11. Coelho, J.R.; Carriço, J.A.; Knight, D.; Martínez, J.-L.; Morrissey, I.; Oggioni, M.R.; Freitas, A.T.. "The Use of Machine Learning Methodologies to Analyse Antibiotic and Biocide Susceptibility in Staphylococcus aureus". PLoS ONE 8 2 (2013): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84874218295&partnerID=MN8TOARS.
    10.1371/journal.pone.0055582
  12. Furi, L.; Ciusa, M.L.; Knight, D.; Di Lorenzo, V.; Tocci, N.; Cirasol, D.; Aragones, L.; et al. "Evaluation of reduced susceptibility to quaternary ammonium compounds and bisbiguanides in clinical isolates and laboratory-generated mutants of staphylococcus aureus". Antimicrobial Agents and Chemotherapy 57 8 (2013): 3488-3497. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84880261721&partnerID=MN8TOARS.
    10.1128/AAC.00498-13
  13. Da Fonseca, P.G.; Paiva, J.A.; Almeida, L.G.; Vasconcelos, A.T.; Freitas, A.T.. "Empirical assessment of sequencing errors for high throughput pyrosequencing data". BMC Research Notes 6 1 (2013): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84872462642&partnerID=MN8TOARS.
    10.1186/1756-0500-6-25
  14. Ciusa, M.L.; Furi, L.; Knight, D.; Decorosi, F.; Fondi, M.; Raggi, C.; Coelho, J.R.; et al. "A novel resistance mechanism to triclosan that suggests horizontal gene transfer and demonstrates a potential selective pressure for reduced biocide susceptibility in clinical strains of Staphylococcus aureus". International Journal of Antimicrobial Agents 40 3 (2012): 210-220. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84864624743&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.ijantimicag.2012.04.021
  15. Mendes, N.D.; Heyne, S.; Freitas, A.T.; Sagot, M.-F.; Backofen, R.. "Navigating the unexplored seascape of pre-miRNA candidates in single-genome approaches". Bioinformatics 28 23 (2012): 3034-3041. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84870441808&partnerID=MN8TOARS.
    10.1093/bioinformatics/bts574
  16. Abdulrehman, D.; Monteiro, P.T.; Teixeira, M.C.; Mira, N.P.; Lourenço, A.B.; Dos Santos, S.C.; Cabrito, T.R.; et al. "YEASTRACT: Providing a programmatic access to curated transcriptional regulatory associations in Saccharomyces cerevisiae through a web services interface". Nucleic Acids Research 39 SUPPL. 1 (2011): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-78651272522&partnerID=MN8TOARS.
    10.1093/nar/gkq964
  17. CalÇada, D.; Vinga, S.; Freitas, A.T.; Oliveira, A.L.. "Quantitative modeling of the saccharomyces cerevisiae FLR1 regulatory network using an s-system formalism". Journal of Bioinformatics and Computational Biology 9 5 (2011): 613-630. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-80053654755&partnerID=MN8TOARS.
    10.1142/S0219720011005690
  18. Monteiro, P.T.; Dias, P.J.; Ropers, D.; Oliveira, A.L.; Sá-Correia, I.; Teixeira, M.C.; Freitas, A.T.. "Qualitative modelling and formal verification of the FLR1 gene mancozeb response in Saccharomyces cerevisiae". IET Systems Biology 5 5 (2011): 308-316. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-80054711652&partnerID=MN8TOARS.
    10.1049/iet-syb.2011.0001
  19. Fernandes, F.; da Fonseca, P.G.S.; Russo, L.M.S.; Oliveira, A.L.; Freitas, A.T.. "Efficient alignment of pyrosequencing reads for re-sequencing applications". BMC Bioinformatics 12 (2011): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-79958812542&partnerID=MN8TOARS.
    10.1186/1471-2105-12-163
  20. Calcada, Dulce; Vinga, Susana; Freitas, Ana T.; Oliveira, Arlindo L.. "QUANTITATIVE MODELING OF THE SACCHAROMYCES CEREVISIAE FLR1 REGULATORY NETWORK USING AN S-SYSTEM FORMALISM". Journal of Bioinformatics and Computational Biology 9 5 (2011): 613-630. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000297095900003&KeyUID=WOS:000297095900003.
    10.1142/s0219720011005690
  21. Paiva, J.A.P.; Prat, E.; Vautrin, S.; Santos, M.D.; San-Clemente, H.; Brommonschenkel, S.; Fonseca, P.G.S.; et al. "Advancing Eucalyptus genomics: Identification and sequencing of lignin biosynthesis genes from deep-coverage BAC libraries". BMC Genomics 12 (2011): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-79952202673&partnerID=MN8TOARS.
    10.1186/1471-2164-12-137
  22. Teixeira, M.C.; Dias, P.J.; Monteiro, P.T.; Sala, A.; Oliveira, A.L.; Freitas, A.T.; Sá-Correia, I.. "Refining current knowledge on the yeast FLR1 regulatory network by combined experimental and computational approaches". Molecular BioSystems 6 12 (2010): 2471-2481. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-78149432402&partnerID=MN8TOARS.
    10.1039/c004881j
  23. Mendes, N.D.; Freitas, A.T.; Vasconcelos, A.T.; Sagot, M.-F.. "Combination of measures distinguishes pre-miRNAs from other stem-loops in the genome of the newly sequenced Anopheles darlingi". BMC Genomics 11 1 (2010): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-77957127423&partnerID=MN8TOARS.
    10.1186/1471-2164-11-529
  24. Monteiro, P.T.; Dumas, E.; Besson, B.; Mateescu, R.; Page, M.; Freitas, A.T.; De Jong, H.. "A service-oriented architecture for integrating the modeling and formal verification of genetic regulatory networks". BMC Bioinformatics 10 (2009): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-75649131791&partnerID=MN8TOARS.
    10.1186/1471-2105-10-450
  25. Fernandes, F.; Freitas, A.T.; Almeida, J.S.; Vinga, S.. "Entropic profiler - Detection of conservation in genomes using information theory". BMC Research Notes 2 (2009): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-77049089315&partnerID=MN8TOARS.
    10.1186/1756-0500-2-72
  26. Fernandes, F.; Pereira, L.; Freitas, A.T.. "CSA: An efficient algorithm to improve circular DNA multiple alignment". BMC Bioinformatics 10 (2009): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-68949145849&partnerID=MN8TOARS.
    10.1186/1471-2105-10-230
  27. Mendes, ND; Freitas, AT; Sagot, MF. "Current tools for the identification of miRNA genes and their targets". Nucleic Acids Research 37 8 (2009): 2419-2433. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000265953000010&KeyUID=WOS:000265953000010.
    10.1093/nar/gkp145
  28. Monteiro, P.T.; Mendes, N.D.; Teixeira, M.C.; D'orey, S.; Tenreiro, S.; Mira, N.P.; Pais, H.; et al. "YEASTRACT-DISCOVERER: New tools to improve the analysis of transcriptional regulatory associations in Saccharomyces cerevisiae". Nucleic Acids Research 36 SUPPL. 1 (2008): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-38549135468&partnerID=MN8TOARS.
    10.1093/nar/gkm976
  29. Monteiro, P.T.; Ropers, D.; Mateescu, R.; Freitas, A.T.; de Jong, H.. "Temporal logic patterns for querying dynamic models of cellular interaction networks". Bioinformatics 24 16 (2008): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-49549083532&partnerID=MN8TOARS.
    10.1093/bioinformatics/btn275
  30. Casimiro, A.C.; Vinga, S.; Freitas, A.T.; Oliveira, A.L.. "An analysis of the positional distribution of DNA motifs in promoter regions and its biological relevance". BMC Bioinformatics 9 (2008): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-41449103756&partnerID=MN8TOARS.
    10.1186/1471-2105-9-89
  31. CARVALHO, AM; FREITAS, AT; OLIVEIRA, AL; et al.. "An efficient algorithm for the identification of structured motifs in DNA promoter sequences". IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS 3 2 (2006): 126-140. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000237260400003&KeyUID=WOS:000237260400003.
  32. TEIXEIRA, MC; MONTEIRO, P; JAIN, P; et al.. "The YEASTRACT database: a tool for the analysis of transcription regulatory associations in Saccharomyces cerevisiae". NUCLEIC ACIDS RESEARCH 34 (2006): D446-D451. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000239307700098&KeyUID=WOS:000239307700098.
    10.1093/nar/gkj013
  33. Mendes, N.D.; Casimiro, A.C.; Santos, P.M.; Sá-Correia, I.; Oliveira, A.L.; Freitas, A.T.. "MUSA: A parameter free algorithm for the identification of biologically significant motifs". Bioinformatics 22 24 (2006): 2996-3002. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-33845359995&partnerID=MN8TOARS.
    10.1093/bioinformatics/btl537
  34. Carvalho, A.M.; Freitas, A.T.; Oliveira, A.L.; Sagot, M.-F.. "An efficient algorithm for the identification of structured motifs in DNA promoter sequences". IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 3 2 (2006): 126-139. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-33646730147&partnerID=MN8TOARS.
    10.1109/TCBB.2006.16
  35. CARVALHO, AM; FREITAS, AT; OLIVEIRA, AL; et al.. "Efficient extraction of structured motifs using box-links". STRING PROCESSING AND INFORMATION RETRIEVAL, PROCEEDINGS 3246 (2004): 267-268. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000224377200037&KeyUID=WOS:000224377200037.
  36. FREITAS, AT; OLIVEIRA, AL. "Implicit resolution of the Chapman-Kolmogorov equations for sequential circuits: An application in power estimation". DESIGN, AUTOMATION AND TEST IN EUROPE CONFERENCE AND EXHIBITION, PROCEEDINGS (2003): 1199-1199. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000182683800122&KeyUID=WOS:000182683800122.
  37. FREITAS, AT; OLIVEIRA, AL. "Circuit partitioning techniques for power estimation using the full set of input correlations". ICECS 2001: 8TH IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON ELECTRONICS, CIRCUITS AND SYSTEMS, VOLS I-III, CONFERENCE PROCEEDINGS (2001): 1642-1642. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000176019100217&KeyUID=WOS:000176019100217.
  38. MELO, LV; RODRIGUES, LM; SOUSA, AT; et al.. "GMR multilayer patterned structures". MAGNETIC ULTRATHIN FILMS, MULTILAYERS AND SURFACES 384 (1995): 553-553. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:A1995BE33K00048&KeyUID=WOS:A1995BE33K00048.
  39. LEAL, JL; RODRIGUES, LM; SOUSA, AT; et al.. "NARROW TRACKWIDTH TBCO-BIASED MAGNETORESISTIVE SPIN-VALVE SENSORS". JOURNAL OF MAGNETISM AND MAGNETIC MATERIALS 140 (1995): 2215-2216. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:A1995QM73000364&KeyUID=WOS:A1995QM73000364.
  40. FREITAS, PP; LEAL, JL; MELO, LV; et al.. "SPIN-VALVE SENSORS EXCHANGE-BIASED BY ULTRATHIN TBCO FILMS". APPLIED PHYSICS LETTERS 65 4 (1994): 493-495. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:A1994NY41400038&KeyUID=WOS:A1994NY41400038.
  41. LEAL, JL; OLIVEIRA, NJ; RODRIGUES, LM; et al.. "UNSHIELDED SPIN-VALVE SENSORS EXCHANGE-BIASED BY THIN TBCO LAYERS". IEEE TRANSACTIONS ON MAGNETICS 30 6 (1994): 3831-3833. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:A1994PU42900012&KeyUID=WOS:A1994PU42900012.
  42. Coelho, J.C.U.; Brenner, A.S.; Freitas, A.T.; Campos, A.C.L.; Wiederkehr, J.C.. "Progressive preoperative pneumoperitoneum in the repair of large abdominal hernias". European Journal of Surgery, Acta Chirurgica 159 6-7 (1993): 339-341. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0027164841&partnerID=MN8TOARS.
Livro
  1. Machado, C.M.; Couto, F.M.; Fernandes, A.R.; Santos, S.; Freitas, A.T.. Toward a translational medicine approach for hypertrophic cardiomyopathy. 2012.
    10.1007/978-3-642-32395-9_12
  2. Freitas, A.T.; Navarro, A.. Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics): Preface. 2012.
    10.1007/978-3-642-28062-7
  3. Pais, H.C.; McMillan, K.L.; Sentovich, E.M.; Freitas, A.T.; Oliveira, A.L.. Improved model checking techniques for state space analysis of gene regulatory networks. 2009.
    10.4018/978-1-60566-685-3.ch016
  4. Francisco, A.P.; Oliveira, A.L.; Freitas, A.T.. Identification of transcription factor binding sites in promoter regions by modularity analysis of the motif co-occurrence graph. 2008.
    10.1007/978-3-540-79450-9_21
  5. Monteiro, PT; Ropers, D; Mateescu, R; Freitas, AT; de Jong, H; Ghallab, M; Spyropoulos, CD; Fakotakis, N; Avouris, N. Temporal Logic Patterns for Querying Qualitative Models of Genetic Regulatory Networks. 2008.
  6. Carvalho, A.M.; Freitas, A.T.; Oliveira, A.L.; Sagot, M.-F.. Efficient extraction of structured motifs using box-links. 2004.
    10.1007/978-3-540-30213-1_37

Outros

Outra produção
  1. NG-meta-profiler: fast processing of metagenomes using NGLess, a domain-specific language. 2018. Luis Pedro Coelho; Renato Alves; Paulo Monteiro; Jaime Huerta-Cepas; Ana Teresa Freitas; Peer Bork. https://doi.org/10.1101/367755.
    10.1101/367755
Atividades

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2014/01/02 - 2018/04/03 Prospecção de genes aplicados à biodegradação de hidrocarbonetos e produção de surfactantes utilizando abordagens computacionais, PhD Thesis, Universidade Federal do Rio Grande do Norte - Brasil, Apr 2018 (Advisor)
Orientador
 Engenharia Informática e de Computadores (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2010/09/01 - 2014/11/09 Towards a mathematical model of risk assessment of biocide induced antibiotic resistance", Technical University of Lisbon, Work in progress, 2010 - 2014.
Orientador
 Engenharia Informática e de Computadores (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2009/09/01 - 2014/11/02 Approaches to Integrating Clinical and Biological Data
Coorientador
 Informática (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2009/09/02 - 2013/12/03 Algorithms for DNA assembly
Orientador
 Engenharia Informática e de Computadores (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
2008/09/01 - 2011/03/03 Efficient algorithms for the identification of miRNA motifs in DNA sequences
Orientador
 Engenharia Informática e de Computadores (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
Distinções

Prémio

2020 Prémio HINTT | Maturidade Digital

Outra distinção

2016 EU eHealth Competition 2016 (Amsterdam) selected as 1 of the 16 finalists, (http://www.ehealthcompetition.eu).
2016 EIT GoGlobal DigiHealth EU Program 2016 at Stanford GSV Labs in Silicon Valley (http://gsvlabs.com/portfolio-item/stanford/), selected as 1 of the 8 finalists (https://eithealth.eu/go-global-with-your-digital-health-start-up/).
2016 Health 2.0 2016 US Conference (Silicon Valley, US), selected as 1 of the 10 finalists.
2015 World Health Summit 2015 (Berlin), selected as 1 of the 10 finalists
2013 Everis Foundation Entrepreneurship Award 2013
2007 Prize Sartorius for Innovation in Biotechnology, at Micro-Biotec 2007, for the work that lead to the Yeastract information system and the article YEASTRACT-DISCOVERER
2001 Best paper award
1990 Scholarship