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Tomás Fernandes da Silva. Concluiu o(a) Doutoramento em Bioquímica em 2023/01/10 pelo(a) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Mestrado em Bioquímica em 2017 pelo(a) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências e Licenciatura em Bioquímica em 2015 pelo(a) Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências. É Pós-doutorado no(a) Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati. Publicou 9 artigos em revistas especializadas. Possui 1 capítulo(s) de livros. Organizou 5 evento(s). Participou em 1 evento(s). Recebeu 1 prémio(s) e/ou homenagens. Participa e/ou participou como Bolseiro de Doutoramento em 1 projeto(s), Bolseiro de Mestrado em 1 projeto(s) e Bolseiro de Pós-Doutoramento em 1 projeto(s). Atua na(s) área(s) de Ciências Naturais com ênfase em Ciências Biológicas com ênfase em Biofísica e Ciências Naturais com ênfase em Ciências Biológicas com ênfase em Biofísica. No seu currículo Ciência Vitae os termos mais frequentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artístico-cultural são: dinâmica-molecular; pH-replica-exchange; perfis-pKa; acidez-tumoral; mecânica-molecular; vesículas; Lípidos; Electrostática; Péptidos; Proteínas; pHLIP; fármacos; pH-gradient; Ácidos nucleicos; CpHMD; enhanced sampling techniques; tumor acidity; pH gradient; peptide-membrane models; tumoral acidity; Lewis Base drugs; pHRE; Nucleic Acids; Metadynamics; RNA; Biomolecules (q-bio; BM); Biological Physics (physics; bio-ph); Chemical Physics (physics; chem-ph); FOS: Biological sciences; FOS: Physical sciences; .
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Tomás Fernandes da Silva

Nomes de citação

  • Silva, Tomás F.D.

Identificadores de autor

Ciência ID
A31B-EA41-A32E
ORCID iD
0000-0003-4608-2673

Endereços de correio eletrónico

  • tfernand@sissa.it (Profissional)
  • tfs94@protonmail.com (Pessoal)

Moradas

  • BioISI | Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas. Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa, Campo Grande, Edifício C8 (sala 8.5.53), 1749-016, Lisboa, Lisboa, Portugal (Profissional)
  • Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati - via Bonomea, 265 room 331, 34136 , Trieste, Friuli-Venezia Giulia , Itália (Profissional)

Domínios de atuação

  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biofísica
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biofísica

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Italiano Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B2) Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B2) Utilizador elementar (A1)
Formação
Grau Classificação
2023/01/10
Concluído
 Bioquímica (Doutoramento)
Especialização em Bioquímica Teórica
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
"In silico tumor-targeting technologies for the evasion of acidity-induced multidrug resistance" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 Aprovado com Distinção e Louvor
2017
Concluído
 Bioquímica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
"Computational study of pH-dependent membrane insertion mechanism of pHLIP peptides" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 18
2015
Concluído
 Bioquímica (Licenciatura)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
"n/a" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 15
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2023/01/15 - Atual Pós-doutorado (Investigação) Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati, Itália
2018/03/01 - 2018/08/31 Investigador (Investigação) FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2023/01 - 2025/01 Coupling CpHMD with metadynamics to study pH-dependent effects in nucleic acids
ALTF 399-2022
Bolseiro de Pós-Doutoramento
Gesellschaft zur Förderung der Lebenswissenschaften Heidelberg GmbH
2018/09/01 - 2022/11/01 Desenvolvimento e aplicação de técnicas de amostragem aumentada dependente do pH na optimização da tecnologia pHLIP como marcador tumoral
SFRH/BD/140886/2018
Bolseiro de Doutoramento
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal

Universidade de Lisboa Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, Portugal
Associação para a Inovação e Desenvolvimento da FCT
Concluído

Projeto

Designação Financiadores
2018/10/01 - 2022/09/30 Deal with PAINS: strategies to spot membrane modulators
PTDC/BIA-BFS/28419/2017
Investigador
FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2019/01/01 - 2019/12/31 Instituto de Biosistemas & Ciências Integrativas
UID/Multi/04046/2019
154697UID
Bolseiro de Doutoramento
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal

Universidade do Minho, Portugal

Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal

Universidade de Lisboa Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, Portugal

FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal

Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2018/03/01 - 2018/09/01 CpHMD-L simulations of pHLIP peptides: design of new tumor-targeted drug delivery systems
PTDC/QEQ-COM/5904/2014
Bolseiro de Mestrado
FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Tomás F. D. Silva; Hannah Visca; Craig Klumpp; Oleg A. Andreev; Yana K. Reshetnyak; Miguel Machuqueiro. "Arginine Residues Modulate the Membrane Interactions of pHLIP Peptides". Journal of Chemical Information and Modeling (2023): https://doi.org/10.1021/acs.jcim.3c00360.
    10.1021/acs.jcim.3c00360
  2. Suzano, Pedro M. S.; Pires, Inês D. S.; Silva, Tomás F.D.; Oliveira, Nuno F. B.; Reis, Pedro B. P. S.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "MembIT – A Tool to Calculate Solute Membrane Insertions and Deformations in Molecular Dynamics Simulations". Journal of Computational Biophysics and Chemistry (2023): 1-9. http://dx.doi.org/10.1142/s2737416523500254.
    Publicado • 10.1142/s2737416523500254
  3. Silva, Tomás F.D.; Diogo Vila-Viçosa; Miguel Machuqueiro. "Increasing the Realism of in Silico pHLIP Peptide Models with a Novel pH Gradient CpHMD Method". Journal of Chemical Theory and Computation (2022): https://doi.org/10.1021/acs.jctc.2c00880.
    Publicado • 10.1021/acs.jctc.2c00880
  4. Borges, Patrícia T.; Silva, Diogo; Silva, Tomás F.D.; Brissos, Vânia; Cañellas, Marina; Lucas, Maria Fátima; Masgrau, Laura; et al. Autor correspondente: Martins, Lígia O.. "Unveiling molecular details behind improved activity at neutral to alkaline pH of an engineered DyP-type peroxidase". Computational and Structural Biotechnology Journal 20 (2022): 3899-3910. http://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2022.07.032.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1016/j.csbj.2022.07.032
  5. Nícia Rosário-Ferreira; Salete J. Baptista; Carlos A. V. Barreto; Filipe E. P. Rodrigues; Tomás F. D. Silva; Sara G. F. Ferreira; João N. M. Vitorino; et al. "In Silico End-to-End Protein–Ligand Interaction Characterization Pipeline: The Case of SARS-CoV-2". ACS Synthetic Biology (2021): https://doi.org/10.1021/acssynbio.1c00368.
    10.1021/acssynbio.1c00368
  6. Tomás F. D. Silva; Diogo Vila-Viçosa; Miguel Machuqueiro. "Improved Protocol to Tackle the pH Effects on Membrane-Inserting Peptides". Journal of Chemical Theory and Computation 17 7 (2021): 3830-3840. https://doi.org/10.1021/acs.jctc.1c00020.
    10.1021/acs.jctc.1c00020
  7. Stark, Michal; Silva, Tomás F. D.; Levin, Guy; Machuqueiro, Miguel; Assaraf, Yehuda G.. "The Lysosomotropic Activity of Hydrophobic Weak Base Drugs is Mediated via Their Intercalation into the Lysosomal Membrane". Cells 9 5 (2020): 1082. http://dx.doi.org/10.3390/cells9051082.
    Acesso aberto • Publicado • 10.3390/cells9051082
  8. Silva, Tomás F. D.; Vila-Viçosa, Diogo; Reis, Pedro B. P. S.; Victor, Bruno L.; Diem, Matthias; Oostenbrink, Chris; Machuqueiro, Miguel. "The Impact of Using Single Atomistic Long-Range Cutoff Schemes with the GROMOS 54A7 Force Field". Journal of Chemical Theory and Computation 14 11 (2018): 5823-5833. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.8b00758.
    10.1021/acs.jctc.8b00758
  9. Vila-Viçosa, Diogo; Silva, Tomás F. D.; Slaybaugh, Gregory; Reshetnyak, Yana K.; Andreev, Oleg A.; Machuqueiro, Miguel. "Membrane-Induced pKa Shifts in wt-pHLIP and Its L16H Variant". Journal of Chemical Theory and Computation 14 6 (2018): 3289-3297. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.8b00102.
    Publicado • 10.1021/acs.jctc.8b00102
Capítulo de livro
  1. Oliveira, Nuno F. B.; Silva, Tomás F. D.; Reis, Pedro B. P. S.; Machuqueiro, Miguel. "pK a Calculations in Membrane Proteins from Molecular Dynamics Simulations". In Computational Design of Membrane Proteins, 185-195. Springer US, 2021.
    Publicado • 10.1007/978-1-0716-1468-6_11
Poster em conferência
  1. Silva, Tomás F.D.; Bussi, Giovanni. Autor correspondente: Silva, Tomás F.D.. "Coupling constant-pH MD simulations and metadynamics to study RNA oligomers". Trabalho apresentado em 3rd MOSBRI conference (Molecular-scale Biophysics Research Infrastructure), 2024.
  2. Silva, Tomás F.D.; Bussi, Giovanni. Autor correspondente: Silva, Tomás F.D.. "Constant pH metadynamics simulations in the study of RNA oligomers". Trabalho apresentado em Emerging Theoretical Approaches to Compliment Single-Particle Cryo-Electron Microscopy BPS Thematic Meeting, 2024.
  3. Silva, Tomás F.D.; Suzano, Pedro; Pires, I.D.S.; Oliveira, Nuno F. B.; Reis, Pedro B P S; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Suzano, Pedro. "MembIT - a tool to calculate membrane-insertion properties of solutes". Trabalho apresentado em 3D-BIOINFO-PT Annual Meeting, 2022.
  4. Suzano, Pedro; Silva, Tomás F.D.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Suzano, Pedro. "A Computational Method to Estimate pH Effects in Antitumor Drug Resistance". Trabalho apresentado em 2nd Chem & Biochem Students Meeting, 2022.
  5. Silva, Tomás F.D.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Machuqueiro, Miguel. "Improved realism of peptide-membrane simulations using a pH-Gradient/CpHMD protocol". Trabalho apresentado em 8º Encontro Jovens Investigadores de Biologia Computacional Estrutural (EJIBCE2021), 2021.
  6. Silva, Tomás F.D.; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel. "Computational Methods to Tackle the pH Effects on Membrane-Inserting Peptides". Trabalho apresentado em Computer Simulation and Theory of Macromolecules 2021, Online Workshop, 2021.
  7. Suzano, Pedro; Silva, Tomás F.D.; Machuqueiro, Miguel. Autor correspondente: Suzano, Pedro. "In silico Study of Acid-Induced Anti-Tumor Drug Resistance". Trabalho apresentado em Computer Simulation and Theory of Macromolecules 2021, Online Workshop, 2021.
  8. Silva, Tomás F.D.; Machuqueiro, Miguel. "pH-dependent membrane crossing mechanism of lipophilic antitumoral drugs". Trabalho apresentado em EJIBCE 2019, 2019.
  9. Silva, Tomás F.D.; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel. "Improving in silico membrane pKa calculations of pHLIP peptides,". Trabalho apresentado em EUROPIN Summer School on Drug Design, 2019.
  10. Silva, Tomás F.D.; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel. "pH Replica Exchange simulations of pHLIP peptides". Trabalho apresentado em 12th EBSA - IUPAP Biophysics Congress, 2019.
  11. Silva, Tomás F.D.; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel. "Applying a pHRE method to pHLIP Peptides". Trabalho apresentado em BioISI PhD Symposium, 2019.
  12. Silva, Tomás F.D.; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel. "A pH Replica Exchange approach to pHLIP peptides". Trabalho apresentado em Integrative Approaches to Protein Folding & Aggregation, 2019.
  13. Silva, Tomás F.D.; Vila-Viçosa, Diogo; Slaybaugh, Gregory; Reshetnyak, Yana K.; Andreev, Oleg A.; Machuqueiro, Miguel. "Replica Exchange CpHMD simulations of pHLIP peptides". Trabalho apresentado em Protein Electrostatics, 2018.
  14. Vila-Viçosa, Diogo; Reis, Pedro B P S; Silva, Tomás F.D.; Machuqueiro, Miguel. "Coupling enhanced sampling and biased MD simulations with CpHMD". Trabalho apresentado em Protein Electrostatics, 2018.
  15. Magalhães, Pedro Rafael; Vila-Viçosa, Diogo; Silva, Tomás; Machuqueiro, Miguel. "pH effects on PG/PC and PS/PC lipid binary mixtures". Trabalho apresentado em Protein Electrostatics, 2018.
    10.3390/mol2net-04-05922
  16. Silva, Tomás F.D.; Reis, Pedro B P S; Victor, Bruno; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel. "Evaluating GROMOS force fields without the twin-range cutoff scheme". Trabalho apresentado em Free Energy Calculations from Molecular Simulation: Aplications in Life and Medical Sciences, 2017.
Pré-impressão
  1. Tomas F. D. Silva; Giovanni Bussi. "Characterizing RNA oligomers using Stochastic Titration Constant-pH Metadynamics simulations". 2024. https://arxiv.org/abs/2410.16064.
    10.48550/ARXIV.2410.16064
Resumo em conferência
  1. Silva, Tomás F.D.; Bussi, Giovanni. "CpH-MetaD: coupling wt-metadynamics and CpHMD in the study of RNA oligomers". Trabalho apresentado em 2023 3D-BioInfo-PT Meeting, Coimbra, 2023.
  2. Silva, Tomás F.D.; Vila-Viçosa, Diogo; Machuqueiro, Miguel. "Tackling the realism: A pH gradient approach to transmembrane peptides’ simulations". Trabalho apresentado em 2022 3D-BioInfo-PT Meeting, Oeiras, 2022.
  3. Silva, Tomás; Vila-Viçosa, Diogo; Reis, Pedro; Victor, Bruno; Diem, Matthias; Oostenbrink, Chris; Machuqueiro, Miguel. "The impact of using single atomistic long range cutoff schemes with the GROMOS 54A7 force field". Trabalho apresentado em EJIBCE 2018, Porto, 2019.
    Publicado • 10.3390/mol2net-04-06146
  4. Silva, Tomás; Vila-Viçosa, Diogo; Reshetnyak, Yana; Andreev, Oleg; Machuqueiro, Miguel. "In silico studies on the pH induced membrane insertion of pHLIP peptides". Trabalho apresentado em EJIBCE 2017, Coimbra, 2017.
    10.3390/mol2net-03-05079
Tese / Dissertação
  1. "In silico tumor-targeting technologies for the evasion of acidity-induced multidrug resistance". Doutoramento, 2023.
  2. Silva, Tomás F.D.. "Computational study of pH-dependent membrane insertion mechanism of pHLIP peptides". Mestrado, 2017.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2024/12 Characterizing RNA oligomers using Stochastic Titration Constant-pH Metadynamics simulations 2024 3D-BioInfo-PT Meeting
(Lisboa, Portugal)
2023/12 CpH-MetaD: coupling wt-metadynamics and CpHMD in the study of RNA oligomers 2023 3D-BioInfo-PT Meeting
(Coimbra, Portugal)
2022/12 Tackling the realism: a pH-Gradient/CpHMD approach to transmembrane peptides’ simulations 2022 3D-BioInfo-PT Meeting
(Oeiras, Portugal)
2018/12 The impact of using single atomistic long range cutoff schemes with the GROMOS 54A7 EJIBCE 2018
2017/12 In silico studies on the pH induced membrane insertion of pHLIP peptides EJIBCE 2017
(Coimbra, Portugal)

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação) 		Instituição / Organização
2024/07/12 - 2024/07/16 CECAM School 2024 Assistant lecturer on: - Calculations on small molecules: water and Zundel ion - Effect of solvation on small organic molecules - Normal modes and molecular properties (2024/07/08 - 2024/07/19)
Oficina (workshop) (Outra)
 Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati, Itália
2024/07/09 - 2024/07/09 CECAM School 2024 - Lecturer on “Introduction to Force Fields” (2024/07/08 - 2024/07/19)
Oficina (workshop) (Outra)
 Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati, Itália
2022/01/01 - 2022/07/20 2nd Chem & Biochem Students Meeting (2022/07/15 - 2022/07/15)
Conferência (Coorganizador)
 Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2021/12 - 2021/12 3d-BioInfo-PT Intermediate Workshop "Computational Structural Biology Tools” - Molecular Dynamics Module (2021/12 - 2021/12)
Oficina (workshop) (Outra)
 Universidade de Coimbra, Portugal
2019/12/20 - 2019/12/20 EJIBCE 2019 (2019/12/20 - 2019/12/20)
Encontro (Membro da Comissão Organizadora)
 Universidade de Lisboa Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas, Portugal

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento 		Nome do evento
Instituição / Organização
2024/12/19 - 2024/12/20 Introduction to enhanced sampling: Meta-Dynamics
Oficina (workshop)
 Intermediate Workshop 3D-BioInfo-Meeting
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
Distinções

Prémio

2018 Best Scientific Poster Communication @ Protein Electrostatics 2018, Belgrade