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Mário Nuno Ramos de Almeida Ramirez. Concluiu o(a) Título de Agregado em Microbiologia em 2015/12/15 pelo(a) Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina e Doutoramento em Biologia em 1998 pelo(a) Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia. É Professor Associado no(a) Instituto de Medicina Molecular e Investigador no(a) Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina. Publicou 114 artigos em revistas especializadas. Orientou 7 tese(s) de doutoramento e coorientou 2. Orientou 10 dissertação(ões) de mestrado e coorientou 5. Recebeu 1 prémio(s) e/ou homenagens. Participa e/ou participou como Investigador em 1 projeto(s) e Investigador responsável em 4 projeto(s). Atua na(s) área(s) de Ciências Médicas e da Saúde com ênfase em Ciências da Saúde com ênfase em Doenças Infeciosas, Ciências Naturais com ênfase em Ciências Biológicas com ênfase em Microbiologia e Ciências Exatas com ênfase em Ciências da Computação e da Informação com ênfase em Bioinformática. Nas suas atividades profissionais interagiu com 549 colaborador(es) em coautorias de trabalhos científicos. No seu currículo Ciência Vitae os termos mais frequentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artístico-cultural são: Resistência aos antibióticos; Epidemiologia Molecular; Infecções respiratórias ; Streptococcus ; Genómica; Biologia de populações; Evolução; Virulência; Sequenciação de alto débito; Identificação bacteriana e rastreio; Doenças Infecciosas; Analise de Dados automatizada; Doença pneumocócica; Vacinas conjugadas pneumocócicas; Virulência e complemento genético; Genómica populacional; Streptococcus pneumoniae; análise de redes; virulência; biologia de sistemas; Infecção; Resistência a antimicrobianos; Medicina personalizada; Vacinas pneumocócicas; Análise de DNA por microarrays (CGH); Infecções por estreptococos do grupo A; Resistência aos antimicrobianos; Modelos matemáticos de transmissão; Biologia de populações bacterianas; Bacterial Evolution; análise filogenética; algoritmos e estruturas de dados; NGS (Next Generation Sequencing); plataforma suportada na cloud; .
Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Mário Nuno Ramos de Almeida Ramirez

Nomes de citação

  • Ramirez, Mário

Identificadores de autor

Ciência ID
9C1C-F2A2-4226
ORCID iD
0000-0002-4084-6233
Google Scholar ID
EWHFzOAAAAAJ&h
Researcher Id
B-4993-2008
Scopus Author Id
7201568476

Moradas

  • Av. Prof. Egas Moniz, 1649-028, Lisboa, Lisboa, Portugal (Profissional)

Websites

  • http://im.fm.ul.pt (Profissional)
  • https://imm.medicina.ulisboa.pt/pt/investigacao/laboratorios/ramirez-lab/ (Profissional)

Domínios de atuação

  • Ciências Médicas e da Saúde - Ciências da Saúde - Doenças Infeciosas
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Microbiologia
  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2) Utilizador proficiente (C2)
Francês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Italiano Utilizador proficiente (C1) Utilizador independente (B2) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador independente (B2)
Espanhol; Castelhano Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador independente (B2) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Formação
Grau Classificação
2015/12/15
Concluído
Microbiologia (Título de Agregado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
1998
Concluído
Biologia (Doutoramento)
Especialização em Especialidade: Biologia Molecular
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
"Dna Exchange in Natural Populations of Streptococcus Pneumoniae" (TESE/DISSERTAÇÃO)
Percurso profissional

Ciência

2004/01/01 - Atual Investigador (Investigação)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal

Docência no Ensino Superior

2007/01/01 - Atual Professor Associado (Docente Universitário)
Instituto de Medicina Molecular, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2011 - 2014/06 In silico reconstruction of Streptococcus pneumoniae cellular networks and their impact on virulence
Provided by PTCRIS: 113824
113824
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
2009 - 2012/12 Implications for therapy and disease presentation of the changes triggered by the use of the pneumococcal 7-valent conjugate vaccine
Provided by PTCRIS: 83065
83065
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
2008 - 2012/05 Population and genomic consequences of vaccination against Streptococcus pneumoniae
64888
Provided by PTCRIS: 64888
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
2008 - 2012/02 Streptococcus pyogenes invasive disease and antimicrobial resistance - two faces of a changing pathogen
72321
Provided by PTCRIS: 72321
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
2008 - 2011/09 A computational biology approach using Streptococcus pneumoniae as a model towards an integrative view of bacteria/host interactions and evolution
71499
Provided by PTCRIS: 71499
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
2007 - 2008/12 Molecular epidemiology of Streptococcus agalactiae infections in Portugal
82582
Provided by PTCRIS: 82582
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
2005 - 2007/06 Molecular epidemiology of Streptococcus agalactiae infections in Portugal
57646
Provided by PTCRIS: 57646
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.

Projeto

Designação Financiadores
2018 - 2021/09/30 Ferramentas para análise filogenética em larga escala
PTDC/CCI-BIO/29676/2017
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal

Instituto de Medicina Molecular João Lobo Antunes, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2017 - 2020/12/31 Plataforma Ómica para Prevenção e Controlo de infecções e de Resistência aos Antimicrobianos.
SAICTPAC/0015/2015
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal

Fundação Calouste Gulbenkian, Portugal

Instituto de Medicina Molecular João Lobo Antunes, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2016 - 2019/11/30 BacGenTrack – Um sistema integrado para analise de genomas bacterianos usando metodos de sequenciação de alto débito: identificação de estirpes e visualização de resultados
TUBITAK/0004/2014
Instituto de Medicina Molecular João Lobo Antunes, Portugal

Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2016 - 2019/09/30 As alterações dos pneumococos: adaptações à vacinação e a transição entre colonização e doença
PTDC/DTP-EPI/1555/2014
Instituto de Medicina Molecular João Lobo Antunes, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2015 - 2016 Infections by group B streptococci in Portugal and Iceland: raising awareness and contributing to preventive strategies
147DT
Investigador responsável
Instituto de Medicina Molecular João Lobo Antunes, Portugal
EEA Grants
2013 - 2015/05/31 A acção das vacinas conjugadas: alterações da população pneumocócica e as suas consequências genómicas
PTDC/DTP-EPI/1759/2012
Instituto de Medicina Molecular João Lobo Antunes, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2011 - 2014/06/30 Reconstrução in silico de redes celulares de Streptococcus pneumoniae e avaliação do seu impacto na virulência
PTDC/EBB-EBI/113824/2009
Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal

Universidade de Lisboa Centro de Química e Bioquímica, Portugal

Universidade do Minho, Portugal

Instituto de Medicina Molecular João Lobo Antunes, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2009 - 2011 CAREPNEUMO - Combating antibiotic resistance pneumococci by novel strategies based on in vivo and in vitro host-pathogen interactions
FP7-HEALTH-2007-223111
Investigador responsável
Instituto de Medicina Molecular João Lobo Antunes, Portugal
União Europeia
2006 - 2006 Population based identification of pneumococcal virulence and colonization factors
N/A
Investigador responsável
Instituto de Medicina Molecular João Lobo Antunes, Portugal
National Institute of Allergy and Infectious Diseases
2004 - 2006 Pneumococcal Resistance Epidemicity and Virulence - an International Study: PREVIS
FP6-2002-CT-503413
Investigador
Instituto de Medicina Molecular João Lobo Antunes, Portugal
União Europeia
2001 - 2004 Caracterização do impacto de bacteriófagos em populações naturais de Streptococcus pneumoniae
POCTI/BME/34418/99-00
Investigador responsável
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Catarina I. Mendes; Erley Lizarazo; Miguel P. Machado; Diogo N. Silva; Adriana Tami; Mário Ramirez; Natacha Couto; John W. A. Rossen; João A. Carriço. "DEN-IM: dengue virus genotyping from amplicon and shotgun metagenomic sequencing". Microbial Genomics (2020): https://doi.org/10.1099/mgen.0.000328.
    10.1099/mgen.0.000328
  2. Catarina Silva-Costa; Maria J. Brito; Sandra I. Aguiar; Joana P. Lopes; Mário Ramirez; José Melo-Cristino. "Dominance of vaccine serotypes in pediatric invasive pneumococcal infections in Portugal (2012–2015)". Scientific Reports (2019): https://doi.org/10.1038/s41598-018-36799-x.
    10.1038/s41598-018-36799-x
  3. A. Friães; J. Melo-Cristino; M. Ramirez. "Changes in emm types and superantigen gene content of Streptococcus pyogenes causing invasive infections in Portugal". Scientific Reports (2019): https://doi.org/10.1038/s41598-019-54409-2.
    10.1038/s41598-019-54409-2
  4. Mark van der Linden; Rafael Mamede; Natascha Levina; Peter Helwig; Pedro Vila-Cerqueira; João André Carriço; José Melo-Cristino; Mário Ramirez; Elisabete R Martins. "Heterogeneity of penicillin-non-susceptible group B streptococci isolated from a single patient in Germany". Journal of Antimicrobial Chemotherapy (2019): https://doi.org/10.1093/jac/dkz465.
    10.1093/jac/dkz465
  5. Tiago F Jesus; Bruno Ribeiro-Gonçalves; Diogo N Silva; Valeria Bortolaia; Mário Ramirez; João A Carriço. "Plasmid ATLAS: plasmid visual analytics and identification in high-throughput sequencing data". Nucleic Acids Research (2019): https://doi.org/10.1093/nar/gky1073.
    10.1093/nar/gky1073
  6. Echaniz-Aviles, Gabriela; Guerreiro, Soraia, I; Silva-Costa, Catarina; Mendes, Catarina, I; Carrico, Joao Andre; Noemi Carnalla-Barajas, Maria; Soto-Nogueron, Araceli; et al. "Streptococcus pneumoniae Serotype 3 in Mexico (1994 to 2017): Decrease of the Unusual Clonal Complex 4909 Lineage following PCV13 Introduction". Journal of Clinical Microbiology (2019): https://publons.com/publon/2896153/.
    10.1128/JCM.01354-18
  7. Ramirez, Mário. "Group B Streptococcal Neonatal and Early Infancy Infections in Iceland, 1976-2015". Pediatric Infectious Disease Journal (2019): https://publons.com/publon/28258762/.
  8. Dias, Oscar; Saraiva, Joao; Faria, Cristiana; Ramirez, Mario; Pinto, Francisco; Rocha, Isabel. "iDS372, a Phenotypically Reconciled Model for the Metabolism of Streptococcus pneumoniae Strain R6". Frontiers in Microbiology (2019): https://publons.com/publon/20997934/.
    10.3389/FMICB.2019.01283
  9. Pinho, Marcos D.; Foster, Geoffrey; Pomba, Constanga; Machado, Miguel P.; Baily, Johanna L.; Kuiken, Thijs; Melo-Cristino, Jose; et al. "Streptococcus canis Are a Single Population Infecting Multiple Animal Hosts Despite the Diversity of the Universally Present M-Like Protein SCM". Frontiers in Microbiology (2019): https://publons.com/publon/28258761/.
    10.3389/FMICB.2019.00631
  10. Andreia N. Horácio; Daniela Flavia Hozbor; Catarina Silva-Costa; Elísia Lopes; Mário Ramirez; José Melo-Cristino. "Conjugate vaccine serotypes persist as major causes of non-invasive pneumococcal pneumonia in Portugal despite declines in serotypes 3 and 19A (2012-2015)". PLOS ONE (2018): https://doi.org/10.1371/journal.pone.0206912.
    10.1371/journal.pone.0206912
  11. Silva, Mickael; Machado, Miguel P.; Silva, Diogo N.; Rossi, Mirko; Moran-Gilad, Jacob; Santos, Sergio; Ramirez, Mario; Carrico, Joao Andre. "chewBBACA: A complete suite for gene-by-gene schema creation and strain identification". Microbial Genomics 4 3 (2018): http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000431156100010&KeyUID=WOS:000431156100010.
    10.1099/mgen.0.000166
  12. Carrico, J. A.; Rossi, M.; Moran-Gilad, J.; Van Domselaar, G.; Ramirez, M.. "A primer on microbial bioinformatics for nonbioinformaticians". Clinical Microbiology and Infection 24 4 (2018): 342-349. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000427826500005&KeyUID=WOS:000427826500005.
    10.1016/j.cmi.2017.12.015
  13. Silva-Costa, Catarina; Brito, Maria Joao; Pinho, Marcos D.; Friaes, Ana; Aguiar, Sandra I.; Ramirez, M.; Melo-Cristino, Jose; Portuguese Grp Study Streptococcal; Pediat Infect Dis Soc. "Pediatric Complicated Pneumonia Caused by Streptococcus pneumoniae Serotype 3 in 13-Valent Pneumococcal Conjugate Vaccinees, Portugal, 2010-2015". Emerging Infectious Diseases 24 7 (2018): 1307-1314. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000435635900017&KeyUID=WOS:000435635900017.
    10.3201/eid2407.180029
  14. Lopes, Elisia; Fernandes, Tania; Machado, Miguel P.; Carrico, Joao Andre; Mello-Cristino, Jose; Ramirez, Mario; Martins, Elisabete R.; Portuguese Grp Study Streptococcal. "Increasing macrolide resistance among Streptococcus agalactiae causing invasive disease in non-pregnant adults was driven by a single capsular-transformed lineage, Portugal, 2009 to 2015". Eurosurveillance 23 21 (2018): 14-23. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000433285600004&KeyUID=WOS:000433285600004.
    10.2807/1560-7917.ES.2018.23.21.1700473
  15. Natacha Couto; Leonard Schuele; Erwin C. Raangs; Miguel P. Machado; Catarina I. Mendes; Tiago F. Jesus; Monika Chlebowicz; et al. "Critical steps in clinical shotgun metagenomics for the concomitant detection and typing of microbial pathogens". Scientific Reports (2018): https://publons.com/publon/17448617/.
    10.1038/S41598-018-31873-W
  16. Catarina Pato; José Melo-Cristino; Mario Ramirez; Ana Friães. "Streptococcus pyogenes Causing Skin and Soft Tissue Infections Are Enriched in the Recently Emerged emm89 Clade 3 and Are Not Associated With Abrogation of CovRS". Frontiers in Microbiology (2018): https://publons.com/publon/17504803/.
    10.3389/FMICB.2018.02372
  17. Jorge Diamantino-Miranda; Herminia de Lencastre; Sandra Isabel Aguiar; João André Carriço; José Melo-Cristino; Mário Ramirez. "Clonal and serotype dynamics of serogroup 6 isolates causing invasive pneumococcal disease in Portugal: 1999-2012". PLOS ONE (2017):
    10.1371/journal.pone.0170354
  18. Martins, Elisabete R.; Pedroso-Roussado, Cristiano; Melo-Cristino, Jose; Ramirez, Mario; Portuguese Grp Study Streptococcal. "Streptococcus agalactiae Causing Neonatal Infections in Portugal (2005-2015): Diversification and Emergence of a CC17/PI-2b Multidrug Resistant Sublineage". Frontiers in Microbiology 8 (2017): http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000397612100001&KeyUID=WOS:000397612100001.
    10.3389/fmicb.2017.00499
  19. Nascimento, Marta; Sousa, Adriano; Ramirez, Mario; Francisco, Alexandre P.; Carrico, Joao A.; Vaz, Catia. "PHYLOViZ 2.0: providing scalable data integration and visualization for multiple phylogenetic inference methods". Bioinformatics 33 1 (2017): 128-129. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000397091600019&KeyUID=WOS:000397091600019.
    10.1093/bioinformatics/btw582
  20. Jamet, Anne; Touchon, Marie; Ribeiro-Goncalves, Bruno; Carrico, Joao Andre; Charbit, Alain; Nassif, Xavier; Ramirez, Mario; Rocha, Eduardo P. C.. "A widespread family of polymorphic toxins encoded by temperate phages". Bmc Biology 15 (2017): http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000408678700001&KeyUID=WOS:000408678700001.
    10.1186/s12915-017-0415-1
  21. Machado MP; Ribeiro-Gonçalves B; Silva M; Ramirez M; Carriço JA. "Epidemiological Surveillance and Typing Methods to Track Antibiotic Resistant Strains Using High Throughput Sequencing". Antibiotics: Methods and Protocols (2017): https://publons.com/publon/11299000/.
    10.1007/978-1-4939-6634-9_20
  22. Bruno Ribeiro-Gonçalves; Alexandre P. Francisco; Cátia Vaz; Mário Ramirez; João André Carriço. "PHYLOViZ Online: web-based tool for visualization, phylogenetic inference, analysis and sharing of minimum spanning trees". Nucleic Acids Research (2016):
    10.1093/nar/gkw359
  23. Pinho, Marcos D.; Erol, Erdal; Ribeiro-Goncalves, Bruno; Mendes, Catarina I.; Carrico, Joao A.; Matos, Sandra C.; Preziuso, Silvia; et al. "Beta-hemolytic Streptococcus dysgalactiae strains isolated from horses are a genetically distinct population within the Streptococcus dysgalactiae taxon". Scientific Reports 6 (2016): http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000381482100001&KeyUID=WOS:000381482100001.
    10.1038/srep31736
  24. Horacio, Andreia N.; Silva-Costa, Catarina; Lopes, Joana P.; Ramirez, Mario; Melo-Cristino, Jose; Portuguese Grp Study Streptococcal. "Serotype 3 Remains the Leading Cause of Invasive Pneumococcal Disease in Adults in Portugal (2012-2014) Despite Continued Reductions in Other 13-Valent Conjugate Vaccine Serotypes". Frontiers in Microbiology 7 (2016): http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000388523200001&KeyUID=WOS:000388523200001.
    10.3389/fmicb.2016.01616
  25. Horacio, Andreia N.; Silva-Costa, Catarina; Diamantino-Miranda, Jorge; Lopes, Joana P.; Ramirez, Mario; Melo-Cristino, Jose; Portuguese Grp Study Streptococcal. "Population Structure of Streptococcus pneumoniae Causing Invasive Disease in Adults in Portugal before PCV13 Availability for Adults: 2008-2011". Plos One 11 5 (2016): http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000376587300078&KeyUID=WOS:000376587300078.
    10.1371/journal.pone.0153602
  26. Bjoernsdottir, E. S.; Martins, E. R.; Erlendsdottir, H.; Haraldsson, G.; Melo-Cristino, J.; Kristinsson, K. G.; Ramirez, M.. "Changing epidemiology of group B streptococcal infections among adults in Iceland: 1975-2014". Clinical Microbiology and Infection 22 4 (2016): http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000375399900015&KeyUID=WOS:000375399900015.
    10.1016/j.cmi.2015.11.020
  27. Barato, P.; Martins, E. R.; Vasquez, G. M.; Ramirez, M.; Melo-Cristino, J.; Martinez, N.; Iregui, C.. "Capsule impairs efficient adherence of Streptococcus agalactiae to intestinal epithelium in tilapias Oreochromis sp". Microbial Pathogenesis 100 (2016): 30-36. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000388548100004&KeyUID=WOS:000388548100004.
    10.1016/j.micpath.2016.08.040
  28. Ana Friães; Miguel P. Machado; Catarina Pato; João Carriço; José Melo-Cristino; Mario Ramirez. "Emergence of the Same Successful Clade among Distinct Populations of emm89 Streptococcus pyogenes in Multiple Geographic Regions". mBio 6 6 (2015): https://doi.org/10.1128/mBio.01780-15.
    10.1128/mBio.01780-15
  29. Raquel Arinto-Garcia; Marcos Daniel Pinho; João André Carriço; José Melo-Cristino; Mário Ramirez; S. S. Richter. "Comparing Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization–Time of Flight Mass Spectrometry and Phenotypic and Molecular Methods for Identification of Species within the Streptococcus anginosus Group". Journal of Clinical Microbiology 53 11 (2015): 3580-3588. http://dx.doi.org/10.1128/JCM.01892-15.
    10.1128/JCM.01892-15
  30. Silva-Costa, Catarina; Friaes, Ana; Ramirez, Mario; Melo-Cristino, Jose. "Macrolide-resistant Streptococcus pyogenes: prevalence and treatment strategies". Expert Review of Anti-Infective Therapy 13 5 (2015): 615-628. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000356442600009&KeyUID=WOS:000356442600009.
    10.1586/14787210.2015.1023292
  31. Coelho, Luis Pedro; Pato, Catarina; Friaes, Ana; Neumann, Ariane; von Koeckritz-Blickwede, Maren; Ramirez, Mario; Carrico, Joao Andre. "Automatic determination of NET (neutrophil extracellular traps) coverage in fluorescent microscopy images". Bioinformatics 31 14 (2015): 2364-2370. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000358173500017&KeyUID=WOS:000358173500017.
    10.1093/bioinformatics/btv156
  32. Teixeira, Andreia Sofia; Monteiro, Pedro T.; Carrico, Joao A.; Ramirez, Mario; Francisco, Alexandre P.. "Not Seeing the Forest for the Trees: Size of the Minimum Spanning Trees (MSTs) Forest and Branch Significance in MST-Based Phylogenetic Analysis". Plos One 10 3 (2015): http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000351987300036&KeyUID=WOS:000351987300036.
    10.1371/journal.pone.0119315
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  111. Nesin, M.; Ramirez, M.; Tomasz, A.. "Capsular transformation of a multidrug-resistant Streptococcus pneumoniae in vivo". Journal of Infectious Diseases 177 3 (1998): 707-713. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0031887641&partnerID=MN8TOARS.
  112. Ramirez, M.; Tomasz, A.. "Molecular characterization of the complete 23F capsular polysaccharide locus of Streptococcus pneumoniae". Journal of Bacteriology 180 19 (1998): 5273-5278. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0031683056&partnerID=MN8TOARS.
  113. Ramirez, M.; Morrison, D.A.; Tomasz, A.. "Ubiquitous distribution of the competence related genes comA and comC among isolates of Streptococcus pneumoniae". Microbial Drug Resistance 3 1 (1997): 39-52. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0030987056&partnerID=MN8TOARS.
  114. Sanches, I.S.; Ramirez, M.; Troni, H.; Abecassis, M.; Padua, M.; Tomasz, A.; De Lencastre, H.. "Evidence for the geographic spread of a methicillin-resistant Staphylococcus aureus clone between Portugal and Spain". Journal of Clinical Microbiology 33 5 (1995): 1243-1246. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0028958767&partnerID=MN8TOARS.

Outros

Outra produção
  1. Mário Ramirez; Joáo A. Carriço; Mark van der Linden; José Melo-Cristino. 2015. Molecular Epidemiology of Streptococcus pneumoniae. http://dx.doi.org/10.1016/b978-0-12-410530-0.00001-6.
    10.1016/b978-0-12-410530-0.00001-6
  2. Mario Ramirez. 2015. Streptococcus pneumoniae. http://dx.doi.org/10.1016/b978-0-12-397169-2.00086-x.
    10.1016/b978-0-12-397169-2.00086-x
  3. João André Carriço; Mário Ramirez. 2014. Analysis of Typing Results. http://dx.doi.org/10.1002/9781118278666.ch5.
    10.1002/9781118278666.ch5
Atividades

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado
Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2012 - 2019 Understanding pherotype specificity and its influence on the genetic structure of Streptococcus pneumoniae
Orientador
Ciências e Tecnologias da Saúde
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2012 - 2018 Naturally ocurring mutations in regulatory proteins among Streptococcus pyogenes isolates from distinct human infections
Orientador
Ciências e Tecnologias da Saúde (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2014 - 2015 Streptococcus agalactiae in neonatal infections – a changing population?
Orientador
Microbiologia
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2013 - 2014 Streptococcus anginosus como agentes de infeção em humanos: um estudo epidemiológico numa taxonomia em mudança
Orientador
Microbiologia Médica (Mestrado)
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2011 - 2014 Characterization of Streptococcus pyogenes associated with tonsillo-pharyngitis in Portugal with particular emphasis on macrolide resistance
Coorientador
Ciências e Tecnologias da Saúde (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2007 - 2014 Lancefield group C and G streptococci in human infection: Molecular typing, virulence and antimicrobial susceptibility
Orientador
Ciências e Tecnologias da Saúde (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2012 - 2013 Distribuição e diversidade de elementos genéticos associados à virulência em Streptococcus pneumoniae
Orientador
Microbiologia Aplicada (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2011 - 2013 Exotoxin profile of Lancefield group C and G streptococci from animal and human infections
Orientador
Ciências Biofarmacêuticas (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2010 - 2013 Molecular Characterization of Streptococus Pyogenes isolates associated with invasive infections and pharyngitis in Portugal: Evaluation of typing methods and relatioship with invasive ability
Coorientador
Ciências e Tecnologias da Saúde (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2010 - 2011 Streptococcus pyogenes como agente de infecção da pele e tecidos moles
Orientador
Microbiologia Aplicada (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2008 - 2011 Lysis strategy of streptococcus pneumoniae bacteriophages: mechanisms and host implications.
Orientador
Ciências e Tecnologias da Saúde (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2008 - 2011 New insights into the sociomicrobiology of Streptococcus pneumoniae: exploring biofilm formation
Orientador
Ciências e Tecnologias da Saúde (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2007 - 2011 Caracterização fenotípica e genotípica de Streptococcus pneumoniae responsável por infecção em crianças de idade pré-escolar
Orientador
Ciências e Tecnologias da Saúde (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2007 - 2011 Streptococcus agalactiae causing human infections: genetic diversity and capsular switching.
Orientador
Ciências e Tecnologias da Saúde (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2008 - 2009 Staphylococcus aureus adquirido na comunidade, em idade pediátrica: resistência aos antimicrobianos, importância da leucocidina de Panton-Valentine, caracterização molecular e correlação com a clínica
Orientador
Microbiologia Clínica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2007 - 2008 Aplicação de Espectroscopia de FT-IR para a Serotipagem e Avaliação da Susceptibilidade à Penicilina em Streptococcus Peneumoniae
Coorientador
Microbiologia Clínica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2007 - 2008 Estudo Genético e Fenótipico do Operão fsr e gelE-sprE em Diferentes Espécies de Enterococcus
Coorientador
Microbiologia Clínica
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2007 - 2008 Transformações capsulares em Streptococcus agalactiae
Orientador
Microbiologia Clínica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2006 - 2008 Avaliação de estruturas mosaico em estirpes clínicas de Chlamydia trachomatis
Coorientador
Microbiologia Clínica
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2006 - 2008 Pesquisa de serogrupos e genes virulentos de Escherichia coli produtora de shiga-toxina em alimentos e em fezes de bovinos
Coorientador
Microbiologia Clínica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2003 - 2008 Contribuição para a Caracterização da População de Streptococcus Pneumoniae Causadora de Infecções Graves
Orientador
Ciências e Tecnologias da Saúde (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2006 - 2007 A Partícula de Reconhecimento de Sinal do Streptococcus Pneumoniae é Essencial para a sua Viabilidade
Coorientador
Microbiologia Clínica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2006 - 2007 Estudo da contribuição de proteínas fágicas e da autolisina bacteriana na lise de Streptococcus pneumoniae
Orientador
Microbiologia Clínica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2005 - 2007 Caracterização dos mecanismos moleculares de resistência às fluoroquinolonas em estirpes clínicas de Escherichia coli de origem animal
Coorientador
Microbiologia Clínica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2005 - 2006 Caracterização fenotípica e genotípica de Streptococcus pneumoniae responsáveis por infecção em crianças de idade pré-escolar
Orientador
Microbiologia Clínica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2005 - 2006 N/A
Coorientador
Microbiologia Clínica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2004 - 2005 Caracterização de Bacteriófagos em Populações Naturais de Streptococcus Pneumoniae
Orientador
Mestrado em Microbiologia Clínica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina, Portugal
2001 - 2002 Epidemiologia molecular de estirpes de Streptococcus pneumoniae isoladas em Portugal
Orientador
Mestrado em Microbiologia Molecular (Mestrado)
Universidade de Aveiro, Portugal
Distinções

Prémio

2016 Prémios Científicos Universidade de Lisboa. 2016. Menção honrosa
Universidade de Lisboa Reitoria, Portugal