Identificação
Identificação pessoal
- Nome completo
- Susana Vinga
Nomes de citação
- Vinga, Susana
Identificadores de autor
- Ciência ID
- 9713-F74D-4805
- ORCID iD
- 0000-0002-1954-5487
- Google Scholar ID
- tqCfgygAAAAJ
- Researcher Id
- B-8450-2008
- Scopus Author Id
- 55893670600
Endereços de correio eletrónico
- susanavinga@tecnico.ulisboa.pt (Profissional)
Telefones
- Telefone
-
- (+351) 218419504 (Profissional)
Moradas
- INESC-ID, Instituto Superior Técnico, Universidade de Lisboa. Av Rovisco Pais 1, 1049-001, Lisboa, Lisboa, Portugal (Profissional)
Websites
- http://web.ist.utl.pt/susanavinga/ (Profissional)
- https://sels.tecnico.ulisboa.pt/ (Pessoal)
Domínios de atuação
- Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática
- Ciências Exatas - Matemática - Estatística e Probabilidades
- Ciências da Engenharia e Tecnologias - Engenharia Eletrotécnica, Eletrónica e Informática - Automação e Sistemas de Controlo
- Ciências da Engenharia e Tecnologias - Engenharia Mecânica
Idiomas
Idioma | Conversação | Leitura | Escrita | Compreensão | Peer-review |
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Português (Idioma materno) | |||||
Inglês | Utilizador proficiente (C1) | Utilizador proficiente (C1) | Utilizador proficiente (C1) | Utilizador proficiente (C1) | |
Italiano | Utilizador proficiente (C1) | Utilizador proficiente (C1) | Utilizador proficiente (C1) | Utilizador proficiente (C1) | |
Francês | Utilizador independente (B1) | Utilizador proficiente (C1) | Utilizador independente (B1) | Utilizador independente (B1) | |
Alemão | Utilizador elementar (A1) |
Formação
Grau | Classificação | |
---|---|---|
2005
Concluído
|
Biological Sciences / Bioinformatics (Doutoramento)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
"Biological sequence analysis by vector maps: alignment-free comparison of DNA and proteins" (TESE/DISSERTAÇÃO)
|
Aprovada |
2002
Concluído
|
Applied Mathematics - Probability and Statistics (Pós-Graduação)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
|
4 |
1999
Concluído
|
Mechanical Engineering - Automation and Robotics (Licenciatura)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
|
17 |
1993
Concluído
|
Ensino Secundário (Ensino secundário)
Esc. Sec. Herculano de Carvalho, Portugal
|
19 |
Percurso profissional
Ciência
Categoria Profissional Instituição de acolhimento |
Empregador | |
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2018/02 - Atual | Investigador (Investigação) | Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal |
2013/09 - 2018/02 | Investigador principal (carreira) (Investigação) | Instituto de Engenharia Mecânica, Portugal |
Instituto de Engenharia Mecânica, Portugal (...) |
||
2006/01 - 2013/09 | Investigador Contratado (Investigação) | Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal |
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal |
Docência no Ensino Superior
Categoria Profissional Instituição de acolhimento |
Empregador | |
---|---|---|
2018/02 - Atual | Professor Associado (Docente Universitário) | Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal |
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal | ||
2016 - 2017 | Professor Auxiliar Convidado (Docente Universitário) | Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal |
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal | ||
2005/11 - 2013/08 | Professor Auxiliar Convidado (Docente Universitário) | Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências Médicas, Portugal |
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências Médicas, Portugal |
Projetos
Bolsa
Designação | Financiadores | |
---|---|---|
2021/01/01 - 2023/12/31 | OLISSIPO - Fostering Computational Biology Research and Innovation in Lisbon
Investigador responsável
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa, Portugal
|
EU Framework Programme for Research and Innovation Spreading Excellence and Widening Participation
Em curso
|
2019/01 - 2021/12 | PREDICT - Terapia personalizada para doenças reumáticas por intermédio de aprendizagem automática
Provided by PTCRIS: PTDC/CCI-CIF/29877/2017
|
Fundação para a Ciência e a Tecnologia |
2016/06 - 2019/12 | PERSEIDS - Personalizing cancer therapy through integrated modeling and decision
Investigador responsável
|
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.
Concluído
|
2015/09 - 2018/08 | SOUND - Statistical multi-Omics UNDerstanding of patient samples. | Horizon 2020 |
2013/11 - 2016/10 | BacHBerry - BACterial Hosts for production of Bioactive phenolics from bERRY fruits | European Commission Seventh Framework Programme for Research and Technological Development |
2013/07 - 2016/06 | Large-Scale Data Management in Cloud Environments | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. |
2013/04 - 2016/03 | A Paradigm Shift in the Design of Analog and Mixed-Signal Nanoelectronic Circuits and Systems. | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. |
2013/06 - 2015/10 | Pharmacokinetic/Pharmacogenetic modulation of HIV infection therapy by bayesian and artificial intelligence methods | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. |
2014/04 - 2015/03 | CancerSys - Multiscale modeling for personalized therapy of bone metastasis
Investigador responsável
|
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. |
2010/04 - 2013/10 | EnviGP - Improving Genetic Programming for the Environment and Other Applications | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. |
2010/04 - 2013/09 | PneumoSyS - A systems biology approach to the role of pneumococcal carbon metabolism in colonization and invasive disease | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. |
2010/01 - 2012/12 | HIVCONTROL - Control based on dynamic modeling of HIV-1 infection for therapy design
Investigador responsável
|
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. |
2009/03 - 2012/08 | PNEUMOPATH - A comprehensive dissection of pneumococcal-host interactions | European Commission Seventh Framework Programme for Research and Technological Development |
2008/01 - 2010/12 | GenEglobwq - Scanning for candidate genes underlying a pulp yield QTL in Eucalyptus globulus | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. |
2008/01 - 2010/12 | ARN - Algorithms for the identification of genetic Regulatory Networks | Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. |
2007/09 - 2010/12 | DynaMo - Dynamical modeling, control and optimization of metabolic networks
Investigador responsável
|
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. |
Produções
Publicações
Artigo em conferência |
|
Artigo em revista |
|
Capítulo de livro |
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Livro |
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Outros
Outra produção |
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Atividades
Orientação
Título / Tema Papel desempenhado |
Curso (Tipo) Instituição / Organização |
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2018/04/01 - 2022/12/07 | Computational Biology for Modeling Oncological Omics Data: the way towards personalized medicine.
Orientador de Ana Carolina Amaral Peixoto
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Doutoramento em Bioengenharia - MIT Portugal (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2018 - 2021/07/06 | Characterization of host-gut microbiota interactions and identification of key players based on a unified reference for standardized
quantitative metagenomics and metabolic analysis framework
Coorientador
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PhD Bioinformatics (Doutoramento)
Université Claude Bernard Lyon 1, França
|
2014 - 2021/02/23 | Adaptive Clinical Decision Support System for Personalized Medicine
Orientador
|
Engenharia Informática e de Computadores (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2018 - 2020/11/24 | Models and algorithms for investigating and exploiting communities of microorganisms
Coorientador
|
PhD Bioinformatics (Doutoramento)
Université Claude Bernard Lyon 1, França
|
2019 - 2019 | Time series data imputation - Comparison of Dynamic Time Warping
with Needleman-Wunsch algorithm
Orientador
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|
2019 - 2019 | MSAX: Multivariate symbolic aggregate approximation for time series classification
Orientador
|
|
2019 - 2019 | Latent factors of Mult-Omics data and Clustering
Orientador
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|
2019 - 2019 | Computational analysis of isoform level regulation in T helper cells
Coorientador
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2019 - 2019 | Prediction of Treatment Response in Patients with Multiple Myeloma undergoing Chemotherapy using MRI derived Imaging Biomarkers
Orientador
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2019 - 2019 | The relationship between the speed of spread of HIV in the population and the virus evolutionary rate
Orientador
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2019 - 2019 | Analysis of heterogeneous and high-dimensional data of rheumatic diseases patients through clustering methods.
Orientador
|
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2019 - 2019 | Previsão de biotoxinas marinhas em moluscos bivalves baseada em aprendizagem automática
Orientador
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2019 - 2019 | Identification of common gene signatures in microarray and RNA-sequencing data using network-based regularization
Orientador
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2019 - 2019 | Latent variable modelling and variational inference for single-cell RNA-seq differential expression analysis
Orientador
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2018 - 2018 | Temporal sequence alignment and agglomerative clustering for the analysis of medical longitudinal data
Orientador
|
Engenharia Electrotécnica e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2018 - 2018 | Identification of Transcription Factors Binding Sites (TFBS) in Yeast using Information Theory
Orientador
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Engenharia Biológica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2018 - 2018 | Studying Bone Remodelling and Tumour Growth for Therapy Predictive Control
Orientador
|
Engenharia Mecânica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
|
2018 - 2018 | Unravelling breast and prostate common gene singnatures by Bayesian network learning
Orientador
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Engenharia Electrotécnica e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
|
2018 - 2018 | Probabilistic Modelling of Single-cell Transcriptomics
Orientador
|
Engenharia Electrotécnica e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2018 - 2018 | Outlier detection for multivariate time series.
Orientador
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2018 - 2018 | Unveiling Interpretable Behavior In Two-Way High-Dimensional Clinical Data
Orientador
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2018 - 2018 | Network-based Regularization for Survival Analysis.
Orientador
|
|
2017 - 2017 | Feature analysis to predict treatment outcome in rheumatoid arthritis
Orientador
|
Engenharia Electrotécnica e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
|
2017 - 2017 | Dynamic Modeling of Bone Remodeling, Tumor Growth and Therapy:Simplifying and Diffusing with Variable Order Derivatives
Orientador
|
Engenharia Mecânica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2017 - 2017 | Cancer patients stratification using multivariate clustering analysis for therapy optimization
Orientador
|
Engenharia Mecânica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2017 - 2017 | Análise da Fiabilidade de um Captor Electroactivo Iónico (IPMC)
Orientador
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Engenharia Electrotécnica e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
|
2017 - 2017 | Non-linear mixed effect models for mechanical trials of biomaterials
Orientador
|
Engenharia Mecânica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
|
2017 - 2017 | Modelling cancer progression through joint models for longitudinal and time-to-event data
Orientador
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Engenharia Electrotécnica e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2016 - 2016 | Tryptophan Metabolism Profiling for Psychiatric Diagnostic Support
Orientador
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Engenharia Biomédica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2016 - 2016 | Biochemical and biomechanic integrated modeling of bone
Orientador
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Engenharia Biomédica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2016 - 2016 | Localização Automática do Núcleo Subtalâmico para Estimulação Cerebral Profunda na Doença de Parkinson
Orientador
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Engenharia Mecânica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2016 - 2016 | Improvement of yeast-based production of itaconic acid guided by in silico metabolic modeling
Orientador
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Microbiologia (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2012 - 2016 | Models and algorithms applied to metabolism: From revealing the responses to perturbations towards the design of microbial
consortia
Coorientador
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PhD BioInformatique (Doutoramento)
Université Claude Bernard Lyon 1, França
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2015 - 2015 | Hybrid Modeling and Identification of Biomedical Time-series
Orientador
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Engenharia Electrotécnica e de Computadores (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2015 - 2015 | Outlier detection in survival analysis
Orientador
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Engenharia Electrotécnica e de Computadores (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2015 - 2015 | Fuzzy Clustering of Short Time Series with Missing Data for the Survival Prediction of Oncological Patients
Orientador
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Engenharia Mecânica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2015 - 2015 | Modelagem da Metástase Óssea utilizando Derivadas Fracionárias
Orientador
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Engenharia Mecânica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2015 - 2015 | Alternative splicing analysis for finding novel molecular signatures in renal carcinomas
Orientador
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Engenharia Biomédica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2014 - 2014 | Analyses of alternative splicing landscapes in clear cell renal cell carcinomas reveal putative novel prognosis factors
Orientador
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Engenharia Biomédica (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2010 - 2014 | Application of data mining techniques to identify disease susceptibility from genotype data
Coorientador
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PhD in Information Systems and Computer Engineering (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2006 - 2009 | Automatic Reverse Engineering of Biochemical Systems from Time Series
Coorientador
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PhD Thesis in Biology (Doutoramento)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
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Júri de grau académico
Tema Tipo de participação |
Nome do candidato (Tipo de grau) Instituição / Organização |
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2020 | Metabolic Systems Biology for Stem Cell Bioprocesses
Arguente
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João Alberto Pacheco Marques de Vasconcelos e Sá (Doutoramento)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
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2019 | Mathematical modelling of the impacts of environment using metabolic networks and game theory.
Arguente
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Taneli Pusa (Doutoramento)
Université Claude Bernard Lyon 1, França
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2019 | How to make a single product per cell? Lessons from X chromosome inactivation and antigen receptor gene recombination
Arguente
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Delphine Pessoa (Doutoramento)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
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2018 | Prospecção de genes aplicados à biodegradação de hidrocarbonetos e produção de surfactantes utilizando abordagens computacionais.
Arguente
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Jorge dos Santos Oliveira (Doutoramento) |
2018 | A mathematical model of the phosphoinositide pathway in human pulmonary epithelial cells
Arguente principal
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Daniel Vigário Olivença (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
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2016 | Compression and analysis of genomic data
Arguente principal
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Diogo Rodrigo Marques Pratas (Doutoramento)
Universidade de Aveiro, Portugal
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2016 | Towards the rational design of standard biological parts for Synthetic Biology: applications to microbial systems.
Arguente principal
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Rui Miguel Correia Portela (Doutoramento)
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
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2015 | Functional enviromics: applications to bioprocess monitoring and control
Arguente principal
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Ines Azevedo Isidro (Doutoramento)
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal
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2014 | The Drosophila melanogaster network landscape: prediction and analysis of transcriptional regulatory and protein-protein interaction
networks.
Arguente
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Rogério Paulo Pelaio Candeias (Doutoramento)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
|
2014 | Towards a risk assessment model for biocide use
Arguente
|
Joana Maria Rosado da Silva Coelho (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
|
2012 | Variability in Biological Systems: Modeling Consequences and Applications
Arguente principal
|
Filipe de Sousa e Menezes Miguel Grácio (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Instituto Superior Técnico, Portugal
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2009 | Global Tolerance of Biochemical Systems and its Design Implications
Arguente
|
Pedro Miguel Brás Macedo Coelho (Doutoramento)
Universidade de Coimbra, Portugal
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2008 | Efficient Biclustering Algorithms for Time Series Gene Expression Data Analysis
Vogal
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Sara Alexandra Cordeiro Madeira (Doutoramento) |
Arbitragem científica em revista
Nome da revista (ISSN) | Editora | |
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2021/12/16 - Atual | Frontiers in Bioinformatics | |
2019 - Atual | PLoS ONE (1932-6203) | Public Library of Science |
2019 - Atual | Genes (2073-4425) | MDPI AG |
2015 - Atual | BMC Bioinformatics (1471-2105) | Springer (Biomed Central Ltd.) |
Distinções
Prémio
2022 | Prémio Científico Universidade de Lisboa / Caixa Geral de Depósitos - Computer Science and Engineering
Caixa Geral de Depositos, Portugal
Universidade de Lisboa, Portugal |
2017 | Prémio Científico Universidade de Lisboa / Caixa Geral de Depósitos - Computer Science and Engineering
Universidade de Lisboa / Caixa Geral de Depósitos, Portugal
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2010 | Prémios Jovens Investigadores - Eng. Informática
UTL/Caixa Geral de Depósitos, Portugal
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1989 | Winner of the VII National Mathematical Olympiads |
Outra distinção
2012 | Investigador FCT (Development Grant) - IF/00653/2012
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
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2008 | Travel Fellowship – ECCB’2008 |
2007 | Travel Fellowship – ISBM/ECCB’2007 |
2006 | Post-doctoral Grant Ref. SFRH/BPD/24254/2005
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
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2001 | PhD Grant Ref. SFRH/BD/3134/2000
Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
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