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Joaquim Rui de Castro Rodrigues. Concluiu o(a) Doutoramento em Investigação Biomédica e Biotecnologia em 2013 pelo(a) Universidad de Extremadura e Licenciatura em Licenciatura em Bioquímica em 1995 pelo(a) Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia. É Assistente no(a) Instituto Politécnico de Leiria Escola Superior de Tecnologia e Gestão. Publicou 30 artigos em revistas especializadas. Possui 1 capítulo(s) de livros. Recebeu 2 prémio(s) e/ou homenagens. No seu currículo Ciência Vitae os termos mais frequentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artístico-cultural são: Adenosine Diphosphate Ribose; Animals; Cyclic ADP-Ribose; Hydrolysis; Manganese; Models, Molecular; Pyrophosphatases; Rats; Substrate Specificity; Acid Anhydride Hydrolases; Apyrase; Catalytic Domain; Humans; Liver; Molecular Docking Simulation; Molecular Sequence Data; Mutagenesis, Site-Directed; Structural Homology, Protein; Binding Sites; Cyclic AMP; Cytidine Diphosphate; Enzyme Activation; Hydrogen-Ion Concentration; Magnesium; Mutation; Zebrafish Proteins; Zebrafish; Triokinase; Dihydroxyacetone kinase; FMN cyclase; Phosphoryl transfer mechanism; Protein domain mobility; Active-site closure; Normal mode analysis; Molecular dynamics simulation; Essential dynamics; Catalysis; Dimerization; Flavin-Adenine Dinucleotide; Fructose; Glyceraldehyde; Kinetics; Molecular Dynamics Simulation; Phosphorus-Oxygen Lyases; Phosphorylation; Phosphotransferases (Alcohol Group Acceptor); Protein Structure, Tertiary; Recombinant Proteins; Assay systems; Biocatalysis; Calcium signalling; Enzyme mechanisms; Protein design; Interleukin-4; Four-helix bundle; Conformational stability; Disulfide bridges; Urea; Thermal unfolding; Enthalpy; Entropy; Biomaterials; Metal binding; Biopolymer; Antioxidant; Research Subject Categories::TECHNOLOGY::Bioengineering; Research Subject Categories::TECHNOLOGY::Chemical engineering::Chemical process and manufacturing engineering::Materials; Recursos biológicos; Biodiversidade molecular; Serviços dos ecossistemas; Extinção de espécies; Compostos naturais; Biotecnologia ambiental; Ensino das Ciências; Polysaccharide; Hydrogel; Morphology; Research Subject Categories::NATURAL SCIENCES::Chemistry::Biochemistry; Research Subject Categories::NATURAL SCIENCES::Chemistry::Physical chemistry::Surface and colloid chemistry; Alginate; Copper ions; Gel; Langmuir model; Research Subject Categories::NATURAL SCIENCES::Chemistry::Organic chemistry::Polymer chemistry; Research Subject Categories::TECHNOLOGY::Bioengineering::Structural biochemistry; Biosorption; Heavy metals; Biomaterial; Effluent; Water treatment; Research Subject Categories::NATURAL SCIENCES::Chemistry::Environmental chemistry::Environmental toxicology; Research Subject Categories::TECHNOLOGY::Chemical engineering; Lead; Metal recovery; Electroplating effluent; Research Subject Categories::TECHNOLOGY::Other technology::Environmental engineering; Heavy metal; Ion Exchange; Lewatit TP 207; Desorption; Industrial wastewater; Pollution prevention; Research Subject Categories::NATURAL SCIENCES::Chemistry::Environmental chemistry; Research Subject Categories::TECHNOLOGY::Bioengineering::Biotechnological separation; .
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Joaquim Rui de Castro Rodrigues

Nomes de citação

  • Rodrigues, Joaquim

Identificadores de autor

Ciência ID
9018-0B83-E2C6
ORCID iD
0000-0002-9756-1124
Researcher Id
L-4137-2014
Scopus Author Id
10242931100

Moradas

  • Instituto Politécnico de Leiria. Morro do Lena - Alto do Vieiro, 2411-901, Leiria, Leiria, Portugal (Profissional)

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Francês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador elementar (A1) Utilizador proficiente (C1)
Espanhol; Castelhano Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador independente (B1) Utilizador proficiente (C1)
Formação
Grau Classificação
2013
Concluído
 Investigação Biomédica e Biotecnologia (Doutoramento)
Universidad de Extremadura, Espanha
"Estudio de las actividades y los centros activos de las enzimas ADPRibasa-Mn y Trioquinasa/FMN ciclasa" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 "sobresaliente cum laude"
1995
Concluído
 Bioquímica (Licenciatura)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
"O Uso de Quelatos de Gadolínio no Estudo da Superfície de Proteínas" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 Bom (14 valores)
Percurso profissional

Docência no Ensino Superior

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2013/09/30 - Atual Professor Adjunto (Docente Ensino Superior Politécnico) Instituto Politécnico de Leiria Escola Superior de Tecnologia e Gestão, Portugal
2018 - 2018 Professor Adjunto (Docente Ensino Superior Politécnico) Universidade do Porto Laboratório de Processos de Separação e Reacção Laboratório de Catálise e Materiais, Portugal
2004/09/15 - 2013/09/29 Assistente (Docente Ensino Superior Politécnico) Instituto Politécnico de Leiria Escola Superior de Tecnologia e Gestão, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2007/02/05 - 2011/08/31 PhD Student Universidad de Extremadura, Espanha
2002/01/01 - 2004/08/31 Research assistant fellowship Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2000/01/01 - 2001/12/31 Laboratory technician Universidade de Coimbra Departamento de Química, Portugal
1999/01/01 - 1999/12/31 Research scholarship Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
1997/01/01 - 1998/12/31 NMR laboratory technician Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
1996/09/01 - 1996/12/31 Chemistry high-school teacher Escola Secundária de Monserrate, Portugal
Produções

Publicações

Artigo em conferência
  1. Lagoa, Ricardo; Vanat, Pavlo; Ferreira, Stefanie; Silva, João; Marques-da-Silva, Dorinda; Ribeiro, Vânia; Vaz, Daniela C.; Barreiros, Fátima; Rodrigues, Joaquim Rui. "Alginate films encapsulating polyphenols for nutraceutical and biomedical applications". 2017.
  2. Manso, João; Silva, Rui; Rodrigues, Joaquim Rui; Lagoa, Ricardo. "Modelling of metal recovery from industrial wastewater using a biopolymer sorbent". 2007.
  3. Stahl, F.; Berrar, D.; Silva, C.; Rodrigues, J.R.; Brito, R.M.M.; Dubitzky, W.. "Grid warehousing of molecular dynamics protein unfolding data". 2005.
    10.1109/CCGRID.2005.1558594
  4. Rodrigues, Joaquim. "Detection of hydrophobic clusters in molecular dynamics protein unfolding simulations using association rules". 2005.
    doi.org/10.1007/11573067_33
  5. Rodrigues, Joaquim Rui; Lagoa, Ricardo. "Kinetic studies of alginate gelation". 2005.
Artigo em revista
  1. Iralis López-Villamizar; Alicia Cabezas; Rosa María Pinto; José Canales; João Meireles Ribeiro; Joaquim Rui Rodrigues; María Jesús Costas; José Carlos Cameselle. "Molecular Dissection of Escherichia coli CpdB: Roles of the N Domain in Catalysis and Phosphate Inhibition, and of the C Domain in Substrate Specificity and Adenosine Inhibition". International Journal of Molecular Sciences (2021): https://doi.org/10.3390/ijms22041977.
    10.3390/ijms22041977
  2. João Silva; Pavlo Vanat; Dorinda Marques-da-Silva; Joaquim Rui Rodrigues; Ricardo Lagoa. "Metal alginates for polyphenol delivery systems: Studies on crosslinking ions and easy-to-use patches for release of protective flavonoids in skin". Bioactive Materials (2020): https://doi.org/10.1016/j.bioactmat.2020.03.012.
    10.1016/j.bioactmat.2020.03.012
  3. Lagoa, Ricardo; Silva, João; Rodrigues, Joaquim Rui; Bishayee, Anupam. "Advances in phytochemical delivery systems for improved anticancer activity". Biotechnology Advances 38 (2020): 107382. http://dx.doi.org/10.1016/j.biotechadv.2019.04.004.
    10.1016/j.biotechadv.2019.04.004
  4. Joaquim Rui Rodrigues; Jose Carlos Cameselle; Alicia Cabezas; João Ribeiro. "Closure of the Human TKFC Active Site: Comparison of the Apoenzyme and the Complexes Formed with Either Triokinase or FMN Cyclase Substrates". International Journal of Molecular Sciences (2019): https://www.mdpi.com/1422-0067/20/5/1099.
    10.3390/ijms20051099
  5. João Meireles Ribeiro; José Canales; Alicia Cabezas; Joaquim Rui Rodrigues; Rosa María Pinto; Iralis López-Villamizar; María Jesús Costas; et al. "Specific cyclic ADP-ribose phosphohydrolase obtained by mutagenic engineering of Mn2+-dependent ADP-ribose/CDP-alcohol diphosphatase". Scientific Reports 8 1 (2018): https://doi.org/10.1038/s41598-017-18393-9.
    10.1038/s41598-017-18393-9
  6. Cabezas, Alicia; Ribeiro, Joao Meireles; Rodrigues, Joaquim Rui; Lopez-Villamizar, Iralis; Fernandez, Ascension; Canales, Jose; Pinto, Rosa Maria; et al. "Molecular Bases of Catalysis and ADP-Ribose Preference of Human Mn2+-Dependent ADP-Ribose/CDP-Alcohol Diphosphatase and Conversion by Mutagenesis to a Preferential Cyclic ADP-Ribose Phosphohydrolase.". PloS one 10 2 (2015): e0118680-e0118680. http://hdl.handle.net/10400.8/3009.
    10.1371/journal.pone.0118680
  7. Rui Rodrigues, Joaquim; Couto, Ana; Cabezas, Alicia; Maria Pinto, Rosa; Meireles Ribeiro, Joao; Canales, Jose; Jesus Costas, Maria; Carlos Cameselle, Jose. "Bifunctional Homodimeric Triokinase/FMN Cyclase CONTRIBUTION OF PROTEIN DOMAINS TO THE ACTIVITIES OF THE HUMAN ENZYME AND MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION OF DOMAIN MOVEMENTS". Journal of Biological Chemistry 289 15 (2014): 10620-10636.
    10.1074/jbc.M113.525626
  8. Rui Rodrigues, Joaquim; Fernandez, Ascension; Canales, Jose; Cabezas, Alicia; Meireles Ribeiro, Joao; Jesus Costas, Maria; Carlos Cameselle, Jose; et al. "Characterization of Danio rerio Mn2+-Dependent ADP-Ribose/CDP-Alcohol Diphosphatase, the Structural Prototype of the ADPRibase-Mn-Like Protein Family". Plos One 7 7 (2012): http://hdl.handle.net/10400.8/3008.
    10.1371/journal.pone.0042249
  9. Rodrigues, J. Rui; Simoes, Carlos J. V.; Silva, Candida G.; Brito, Rui M. M.. "Potentially amyloidogenic conformational intermediates populate the unfolding landscape of transthyretin: Insights from molecular dynamics simulations". Protein Science 19 2 (2010): 202-219.
    10.1002/pro.289
  10. Canales, José; Fernández, Ascensión; Rodrigues, Joaquim Rui; Ferreira, Rui; Ribeiro, João Meireles; Cabezas, Alicia; Costas, María Jesús; et al. "Hydrolysis of the phosphoanhydride linkage of cyclic ADP-ribose by the Mn2+-dependent ADP-ribose/CDP-alcohol pyrophosphatase". Febs Letters 583 10 (2009): 1593-1598. http://hdl.handle.net/10400.8/3028.
    10.1016/j.febslet.2009.04.023
  11. Lagoa, Ricardo; Rodrigues, Joaquim Rui; Lagoa, R.; Rodrigues, J. R.. "Kinetic analysis of metal uptake by dry and gel alginate particles". Biochemical Engineering Journal 46 3 (2009): 320-326. http://hdl.handle.net/10400.8/2342.
    10.1016/j.bej.2009.06.007
  12. Canales, Jose; Fernandez, Ascension; Meireles Ribeiro, Joao; Cabezas, Alicia; Rui Rodrigues, Joaquim; Carlos Cameselle, Jose; Jesus Costas, Maria. "Mn2+-dependent ADP-ribose/CDP-alcohol pyrophosphatase: a novel metallophosphoesterase family preferentially expressed in rodent immune cells". Biochemical Journal 413 (2008): 103-113.
    10.1042/BJ20071471
  13. Silva, Rui M. P.; Manso, Joao P. H.; Rodrigues, Joaquim R. C.; Lagoa, Ricardo J. L.; Manso, João P. H.; Rodrigues, Joaquim Rui; Lagoa, Ricardo. "A comparative study of alginate beads and an ion-exchange resin for the removal of heavy metals from a metal plating effluent". Journal of Environmental Science and Health Part a-Toxic/hazardous Substances & Environmental Engineering 43 11 (2008): 1311-1317. http://hdl.handle.net/10400.8/2350.
    10.1080/10934520802177953
  14. Lagoa, Ricardo; Rodrigues, J. R.; Rodrigues, Joaquim Rui. "Evaluation of dry protonated calcium alginate beads for biosorption applications and studies of lead uptake". Applied Biochemistry and Biotechnology 143 2 (2007): 115-128. http://hdl.handle.net/10400.8/2351.
    10.1007/s12010-007-0041-4
  15. Vaz, DC; Rodrigues, JR; Sebald, W; Dobson, CM; Brito, RMM; Vaz, Daniela C.; Rodrigues, J. Rui; et al. "Enthalpic and entropic contributions mediate the role of disulfide bonds on the conformational stability of interleukin-4". Protein Science 15 1 (2006): 33-44. http://hdl.handle.net/10400.8/4260.
    10.1110/ps.051593306
  16. Rodrigues, J. Rui; Lagoa, Ricardo; Rodrigues, Joaquim Rui. "Copper ions binding in Cu-alginate gelation". Journal of Carbohydrate Chemistry 25 2-3 (2006): 219-232. http://hdl.handle.net/10400.8/2349.
    10.1080/07328300600732956
  17. Correia, BE; Loureiro-Ferreira, N; Rodrigues, JR; Brito, RMM. "A structural model of an amyloid protofilament of transthyretin". Protein Science 15 1 (2006): 28-32.
    10.1110/ps.051787106
  18. Berrar, D.; Stahl, F.; Silva, C.; Rodrigues, J.R.; Brito, R.M.M.; Dubitzky, W.. "Towards data warehousing and mining of protein unfolding simulation data". Journal of Clinical Monitoring and Computing 19 4-5 (2005): 307-317. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-30344471278&partnerID=MN8TOARS.
    10.1007/s10877-005-0676-z
  19. Brito, RMM; Dubitzky, W; Rodrigues, JR. "Protein folding and unfolding simulations: A new challenge for data mining". Omics-a Journal of Integrative Biology 8 2 (2004): 153-166.
    10.1089/1536231041388311
Capítulo de livro
  1. Lagoa, Ricardo; Rodrigues, Joaquim Rui. "Biodiversidade, as Biotecnologias e a procura de uma nova Bioeconomia". 2016.
Distinções

Outra distinção

2015 Prémio Publicação Científica Internacional na área das Ciências da Vida e da Saúde
Instituto Politécnico de Leiria, Portugal
2007 Projeto finalista do Prémio Start - Prémio Nacional de Empreendedorismo