???global.info.a_carregar???
André Alberto de Sousa Melo. Publicou 57 artigos em revistas especializadas. Possui 1 livro(s). Participa e/ou participou como Investigador em 7 projeto(s) e Investigador responsável em 1 projeto(s). Atua na(s) área(s) de Ciências Exatas com ênfase em Química com ênfase em Química Física. No seu currículo Ciência Vitae os termos mais frequentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artístico-cultural são: Chemistry and Biochemistry; Chemistry; Agricultural and Forestry Sciences - Food Science and Technology; Quantum Chemistry; Molecular dynamics; Molecular interactions; Energy decomposition methods; Ionic liquids; Materials; Biological interest systems; .
Ler resumo completo ↓
Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
André Alberto de Sousa Melo

Nomes de citação

  • Melo, André

Identificadores de autor

Ciência ID
7412-6871-9D42
ORCID iD
0000-0001-6455-7834

Telefones

Telefone
  • 220402503 (Profissional)
Telemóvel
  • 961862045 (Pessoal)

Moradas

  • Departamento de Química e Bioquímica, Faculdade de Ciências da Universidade do Porto, 4169-007 P, Porto, Porto, Portugal (Profissional)

Domínios de atuação

  • Ciências Exatas - Química - Química Física

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Percurso profissional

Docência no Ensino Superior

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
1999/04/21 - Atual Professor Auxiliar (Docente Universitário) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
1991/03/01 - 1999/04/20 Assistente (Docente Universitário) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
1987/12/17 - 1991/02/28 Assistente Estagiário (Docente Universitário) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
Projetos

Projeto

Designação Financiadores
2018/07/01 - 2021/06/30 REALM - Reactive Learning Machines
PTDC/QUI-QIN/30649/2017
Investigador
Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2018/07/01 - 2021/06/30 PlasCO2 - Green CO2 Technologies for the Cleaning of Plastics in Museums and Heritage Collections
PTDC/ART-OUT/29692/2017
Investigador
Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2016/06/01 - 2019/05/31 NanoDesk - Advanced web tools for promoting the application of nanotechnology and the safe use of nanomaterial in the plastic sector
SOE1/P1/E0215
Investigador
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2014/04/01 - 2016/04/30 FOODnanoHEALTH: Qualidade e Segurança Alimentar — uma abordagem (nano)tecnológica
NORTE-01-0145-FEDER-000011
Investigador
Comissao de Coordenacao e Desenvolvimento Regional do Norte
Em curso
2007/03/01 - 2010/10/31 FOOD NEOCOLORS - Synthesis and physical-chemical characterization of new anthocyanin-derived pigments with potential application in the Food Industry
info:eu-repo/grantAgreement/FCT/5876-PPCDTI/65503/PT
Investigador
Universidade do Porto Centro de Investigação em Química, Portugal
 Universidade do Algarve Faculdade de Ciências e Tecnologia
2005/01/01 - 2008/01/01 Molecular modelling and synthesis of bioactive peptides
info:eu-repo/grantAgreement/FCT/POCI/55673/PT
Investigador responsável
Rede de Química e Tecnologia Laboratório Associado para a Química Verde, Portugal
 Universidade do Algarve Faculdade de Ciências e Tecnologia
2002/01/02 - 2005/01/02 Influence of Procyanidin Structures on their Ability to Complex with Anthocyanins - A Molecular Interpretation of Colour
info:eu-repo/grantAgreement/FCT/POCI/40124/PT
Investigador
Universidade do Algarve Faculdade de Ciências e Tecnologia
Concluído
2001/01/01 - 2004/01/01 Investigation of mimetic modifications of bioactive peptides by inclusion of novel synthetic amino acids
POCTI/QUI/35380/1999
Investigador
Universidade do Minho, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Ana I. Furtado; Raquel Viveiros; Vasco D. B. Bonifácio; André Melo; Teresa Casimiro. "Biomolecular Fishing: Design, Green Synthesis, and Performance of l-Leucine-Molecularly Imprinted Polymers". ACS Omega (2023): https://doi.org/10.1021/acsomega.2c05714.
    10.1021/acsomega.2c05714
  2. Rebelo, Patrícia; Pacheco, João G.; Voroshylova, Iuliia V.; Melo, André; Cordeiro, M. Natália D.S.; Delerue-Matos, Cristina. "A simple electrochemical detection of atorvastatin based on disposable screen-printed carbon electrodes modified by molecularly imprinted polymer: Experiment and simulation". Analytica Chimica Acta 1194 (2022): 339410. http://dx.doi.org/10.1016/j.aca.2021.339410.
    10.1016/j.aca.2021.339410
  3. Fernandes, HS; Cerqueira, NMFSA; Sousa, SF; Melo, A. "A Molecular Mechanics Energy Partitioning Software for Biomolecular Systems". MOLECULES (2022):
    10.3390/molecules27175524
  4. Rita P. Magalhães; Tatiana F. Vieira; André Melo; Sergio F. Sousa. "Identification of novel candidates for inhibition of LasR, a quorum-sensing receptor of multidrug resistant Pseudomonas aeruginosa, through a specialized multi-level in silico approach". Molecular Systems Design & Engineering 7 5 (2022): 434-446. http://dx.doi.org/10.1039/d2me00009a.
    10.1039/d2me00009a
  5. Rodrigues, DJL; Santos, LMNBF; Melo, A; Lima, CFRAC. "Theoretical Study on the Diels–Alder Reaction of Fullerenes: Analysis of Isomerism, Aromaticity, and Solvation". Organics (2022):
    10.3390/org3040025
  6. Martins, Fábio G.; Melo, André; Sousa, Sérgio F.. "Identification of New Potential Inhibitors of Quorum Sensing through a Specialized Multi-Level Computational Approach". Molecules 26 9 (2021): 2600. http://dx.doi.org/10.3390/molecules26092600.
    10.3390/molecules26092600
  7. Melo, André; Sandra A. C. Figueiredo; Marco Preto; Gabriela Moreira; Teresa P. Martins; Kathleen Abt; André Melo; Vitor M. Vasconcelos; Pedro N. Leão. "Discovery of cyanobacterial natural products containing fatty acid residues". Angewandte Chemie International Edition 60 (2021): 2-11. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/anie.202015105.
    10.1002/ange.202015105
  8. Martins, FG; Melo, A; Sousa, SF; Martins, Fábio G.; Melo, André; Sousa, Sérgio F.. "Databases for the study of biofilms: current status and potential applications". BIOFOULING 37 1 (2021): 96-108.
    Publicado • 10.1080/08927014.2021.1876849
  9. Rebelo, P; Pacheco, JG; Voroshylova, IV; Melo, A; Cordeiro, MNDS; Delerue Matos, C; Rebelo, Patrícia; et al. "Rational development of molecular imprinted carbon paste electrode for Furazolidone detection: theoretical and experimental approach". SENSORS AND ACTUATORS B-CHEMICAL 329 129112 (2021):
    Publicado • 10.1016/j.snb.2020.129112
  10. Michael González-Durruthy; Amal Kanta Giri; Irina Moreira; Riccardo Concu; André Melo; Juan M. Ruso; M. Natália D.S. Cordeiro. "Computational modeling on mitochondrial channel nanotoxicity". Nano Today 34 (2020): 100913-100913. https://doi.org/10.1016/j.nantod.2020.100913.
    10.1016/j.nantod.2020.100913
  11. Rita P. Magalhães; Tatiana F. Vieira; Henrique S. Fernandes; André Melo; Manuel Simões; Sérgio F. Sousa. "The Biofilms Structural Database". Trends in Biotechnology 38 9 (2020): 937-940. https://doi.org/10.1016/j.tibtech.2020.04.002.
    10.1016/j.tibtech.2020.04.002
  12. Preto, AJ; Barreto, Carlos A., V; Baptista, Salete J.; Almeida, Jose Guilherme; Lemos, Agostinho; Melo, André; Cordeiro, M. Natalia D. S.; et al. "Understanding the Binding Specificity of G-Protein Coupled Receptors toward G-Proteins and Arrestins: Application to the Dopamine Receptor Family". Journal of Chemical Information and Modeling 60 (2020): 3969-3984. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00371.
    Publicado • 10.1021/acs.jcim.0c00371
  13. Halder, Amit Kumar; Melo, André; Cordeiro, M. Natalia D. S.. "A unified in silico model based on perturbation theory for assessing the genotoxicity of metal oxide nanoparticles". Chemosphere 244 125489 (2020): http://dx.doi.org/10.1016/j.chemosphere.2019.125489.
    10.1016/j.chemosphere.2019.125489
  14. Rebelo, Patrícia; Pacheco, João G; Cordeiro, M. Natalia D. S.; Melo, André; delerue-matos, C. "Azithromycin electrochemical detection using a molecularly imprinted polymer prepared on a disposable screen-printed electrode". Analytical Methods 12 (2020): 1486-1494. http://dx.doi.org/10.1039/c9ay02566a.
    10.1039/c9ay02566a
  15. Pedro R. Magalhães; Miguel Machuqueiro; José G. Almeida; André Melo; M. Natalia D. S. Cordeiro; Sandra Cabo Verde; Zeynep H. Gümüs; et al. "Dynamical Rearrangement of Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 upon Antibody Binding: Effects on the Dimerization". BIOMOLECULES (2019): https://doi.org/10.1101/752980.
    10.1101/752980
  16. González-Durruthy, Michael; Monserrat, Jose M; de Oliveira, Patricia V; Fagan, Solange Binotto; Werhli, Adriano V; Machado, Karina; Melo, André; et al. "Computational MitoTarget Scanning Based on Topological Vacancies of Single-Walled Carbon Nanotubes with the Human Mitochondrial Voltage-Dependent Anion Channel (hVDAC1)". Chemical Research in Toxicology 32 (2019): 566-577. http://dx.doi.org/10.1021/acs.chemrestox.8b00266.
    10.1021/acs.chemrestox.8b00266
  17. Melo, André; Teixeira, Filipe; Cordeiro, M. Natalia D. S.. "Exploring rare chemical phenomena using fractional nuclearcharges: The cis-effect in N2F2". International Journal of Quantum Chemistry 118 e25662 (2018):
    DOI: 10.1002/qua.25662
  18. Teixeira, Filipe; Mosquera, Ricardo; Melo, André; Freire, Cristina; Cordeiro, M. Natalia D. S.. "Driving Forces in the Sharpless Epoxidation Reaction: A Coupled AIMD/QTAIM Study". INORGANIC CHEMISTRY 56 (2017): 2124-2134.
    10.1021/acs.inorgchem.6b02770
  19. Lima, Carlos F. R. A. C.; Costa, José C. S.; Lima, Luis M. Spencer S; Melo, André; Silva, Artur M. S.; Santos, Luís M. N. B. F. "Energetic and Structural Insights into the Molecular and Supramolecular Properties of Rubrene". Chemistry Select 2 (2017): 1759-1769.
    10.1002/slct.201601636
  20. Ribeiro, F.M.S.; Lima, C.F.R.A.C.; Vaz, I.C.M.; Rodrigues, A.S.M.C.; Sapei, E.; Melo, A.; Silva, A.M.S.; Santos, L.M.N.B.F.. "Vaporization of protic ionic liquids derived from organic superbases and short carboxylic acids". Physical Chemistry Chemical Physics 19 25 (2017): 16693-16701. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85024109204&partnerID=MN8TOARS.
    10.1039/c7cp02023f
  21. Melo, Rita; Fieldhouse, Robert; Melo, André; Correia, João D. G.; Cordeiro, M. Natalia D. S.; Gumus, Zeynep H.; Costa, Joaquim; Bonvin, Alexandre M. J. J.; Moreira, Irina S. "A Machine Learning Approach for Hot-Spot Detection at Protein-Protein Interfaces". International Journal of Molecular Sciences 17 1215 (2016): http://www.mdpi.com/1422-0067/17/8/1215.
    10.3390/ijms17081215
  22. Lima, C.F.R.A.C.; Taveira, R.J.S.; Costa, J.C.S.; Fernandes, A.M.; Melo, A.; Silva, A.M.S.; Santos, L.M.N.B.F.. "Understanding M-ligand bonding and: Mer -/ fac -isomerism in tris(8-hydroxyquinolinate) metallic complexes". Physical Chemistry Chemical Physics 18 24 (2016): 16555-16565. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84975266666&partnerID=MN8TOARS.
    10.1039/c6cp02608g
  23. Teixeira, F.; Mosquera, R.; Melo, A.; Freire, C.; Cordeiro, M.N.D.S.. "Roots of Acetate-Vanadium Linkage Isomerism: A QTAIM Study". Inorganic Chemistry 55 7 (2016): 3653-3662. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84964380492&partnerID=MN8TOARS.
    10.1021/acs.inorgchem.6b00168
  24. Lima, C.F.R.A.C.; Fernandes, A.M.; Melo, A.; Gonçalves, L.M.; Silva, A.M.S.; Santos, L.M.N.B.F.. "Diarylferrocene tweezers for cation binding". Physical Chemistry Chemical Physics 17 37 (2015): 23917-23923. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84941903111&partnerID=MN8TOARS.
    10.1039/c5cp04530d
  25. Munteanu, C.R.; Pimenta, A.C.; Fernandez-Lozano, C.; Melo, A.; Cordeiro, M.N.D.S.; Moreira, I.S.. "Solvent accessible surface area-based hot-spot detection methods for protein-protein and protein-nucleic acid interfaces". Journal of Chemical Information and Modeling 55 5 (2015): 1077-1086. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84930213013&partnerID=MN8TOARS.
    10.1021/ci500760m
  26. Lima, C.F.R.A.C.; Costa, J.C.S.; Melo, A.; Tavares, H.R.; Silva, A.M.S.; Santos, L.M.N.B.F.. "Effect of Self-Association on the Phase Stability of Triphenylamine Derivatives". Journal of Physical Chemistry A 119 25 (2015): 6676-6682. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84933037453&partnerID=MN8TOARS.
    10.1021/acs.jpca.5b01079
  27. Pimenta, A. C.; Dourado, D. F. A. R.; Martins, J. M.; Melo, A.; Dias Soeiro Cordeiro, M. N.; Almeida, R. D.; Morra, G.; Moreira, I. S.. "Dynamic Structure of NGF and proNGF Complexed with p75NTR: Pro-Peptide Effect". Journal of Chemical Information and Modeling 54 7 (2014): 2051-2067.
    10.1021/ci500101n
  28. Teixeira, F.; Mosquera, R.A.; Melo, A.; Freire, C.; Cordeiro, M.N.D.S.. "Effects of axial coordination on immobilized Mn(salen) catalysts". Journal of Physical Chemistry A 118 45 (2014): 10788-10796. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84924308449&partnerID=MN8TOARS.
    10.1021/jp506206b
  29. Kleandrova, V.V.; Luan, F.; González-Díaz, H.; Ruso, J.M.; Melo, A.; Speck-Planche, A.; Cordeiro, M.N.D.S.. "Computational ecotoxicology: Simultaneous prediction of ecotoxic effects of nanoparticles under different experimental conditions". Environment International 73 (2014): 288-294. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84907334885&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.envint.2014.08.009
  30. Teixeira, F.; Mosquera, R.A.; Melo, A.; Freire, C.; Cordeiro, M.N.D.S.. "Principal component analysis of Mn(salen) catalysts". Physical Chemistry Chemical Physics 16 46 (2014): 25364-25376. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84908592539&partnerID=MN8TOARS.
    10.1039/c4cp00721b
  31. Teixeira, F.; Mosquera, R.; Melo, A.; Freire, C.; Cordeiro, M.N.D.S.. "Charge distribution in Mn(salen) complexes". International Journal of Quantum Chemistry 114 8 (2014): 525-533. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84897631297&partnerID=MN8TOARS.
    10.1002/qua.24604
  32. Luan, F.; Kleandrova, V.V.; González-Díaz, H.; Ruso, J.M.; Melo, A.; Speck-Planche, A.; Cordeiro, M.N.D.S.. "Computer-aided nanotoxicology: Assessing cytotoxicity of nanoparticles under diverse experimental conditions by using a novel QSTR-perturbation approach". Nanoscale 6 18 (2014): 10623-10630. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84906561362&partnerID=MN8TOARS.
    10.1039/c4nr01285b
  33. Teixeira, F.; Melo, A.; Cordeiro, M.N.D.S.. "Aza-Diels-Alder addition of cyclopentadiene to propynyliminoglyoxylates". Computational and Theoretical Chemistry 1012 (2013): 54-59. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84875827794&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.comptc.2013.02.014
  34. Gaspar, A.; Teixeira, F.; Uriarte, E.; Milhazes, N.; Melo, A.; Cordeiro, M.N.D.S.; Ortuso, F.; Alcaro, S.; Borges, F.. "Towards the Discovery of a Novel Class of Monoamine Oxidase Inhibitors: Structure-Property-Activity and Docking Studies on Chromone Amides". ChemMedChem 6 4 (2011): 628-632. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-79953066953&partnerID=MN8TOARS.
    10.1002/cmdc.201000452
  35. Carvalho, A.R.F.; Oliveira, J.; De Freitas, V.; Mateus, N.; Melo, A.. "On the contribution of intramolecular kinetics properties of an important rotamer of vinylpyranoanthocyanin-phenol pigment (portisin)". International Journal of Quantum Chemistry 111 7-8 (2011): 1355-1360. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-79953245969&partnerID=MN8TOARS.
    10.1002/qua.22570
  36. Teixeira, F.; Melo, A.; Cordeiro, M.N.D.S.. "Response to Comment on Uncertainties in scaling factors for ab initio vibrational zero-point energies' and Calibration sets and the accuracy of vibrational scaling factors: A case study with the X3LYP hybrid functional' [J. Chem. Phys. 134, 167101 (2011)]". Journal of Chemical Physics 134 16 (2011): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-79955691604&partnerID=MN8TOARS.
    10.1063/1.3581086
  37. Luan, F.; Melo, A.; Borges, F.; Cordeiro, M.N.D.S.. "Affinity prediction on A3adenosine receptor antagonists: The chemometric approach". Bioorganic and Medicinal Chemistry 19 22 (2011): 6853-6859. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-80054972494&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.bmc.2011.09.032
  38. Lima, C.F.R.A.C.; Rocha, M.A.A.; Melo, A.; Gomes, L.R.; Low, J.N.; Santos, L.M.N.B.F.. "Structural and thermodynamic characterization of polyphenylbenzenes". Journal of Physical Chemistry A 115 42 (2011): 11876-11888. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-80054921832&partnerID=MN8TOARS.
    10.1021/jp207593s
  39. Carvalho, A.R.F.; Oliveira, J.; de Freitas, V.; Silva, A.; Mateus, N.; Melo, A.. "A computational study of vinylpyranoanthocyanin-phenolic pigments (portisins)". Journal of Molecular Structure: THEOCHEM 946 1-3 (2010): 113-118. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-77649185405&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.theochem.2009.07.034
  40. Carvalho, A.R.F.; Oliveira, J.; De Freitas, V.; Mateus, N.; Melo, A.. "Unusual color change of vinylpyranoanthocyanin?phenolic pigments". Journal of Agricultural and Food Chemistry 58 7 (2010): 4292-4297. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-77950635751&partnerID=MN8TOARS.
    10.1021/jf904246g
  41. Carvalho, A.R.F.; Oliveira, J.; Freitas, V.d.; Mateus, N.; Melo, A.. "A theoretical interpretation of the color of two classes of pyranoanthocyanins". Journal of Molecular Structure: THEOCHEM 948 1-3 (2010): 61-64. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-77950371713&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.theochem.2010.02.020
  42. Mourão, Z.S.; Melo, A.. "Energy decomposition analysis of cis and trans isomers of 1,2-dihaloethylenes and 2-butene". Journal of Molecular Structure: THEOCHEM 946 1-3 (2010): 7-12. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-77649180567&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.theochem.2009.11.020
  43. Teixeira, F.; Melo, A.; Cordeiro, M.N.D.S.. "Calibration sets and the accuracy of vibrational scaling factors: A case study with the X3LYP hybrid functional". Journal of Chemical Physics 133 11 (2010): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-77956947985&partnerID=MN8TOARS.
    10.1063/1.3493630
  44. Carvalho, A.R.F.; Melo, A.. "Quantum Semiempirical Energy Based (SEEB) descriptors performance with benzamidine inhibitors of trypsin". Molecular Informatics 29 6-7 (2010): 525-531. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-77956959525&partnerID=MN8TOARS.
    10.1002/minf.201000024
  45. Marques, J.R.F.; da Fonseca, R.R.; Drury, B.; Melo, A.. "Amino acid patterns around disulfide bonds". International Journal of Molecular Sciences 11 11 (2010): 4673-4686. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-78650971596&partnerID=MN8TOARS.
    10.3390/ijms11114673
  46. Lima, C.F.R.A.C.; Sousa, C.A.D.; Rodriguez-Borges, J.E.; Melo, A.; Gomes, L.R.; Low, J.N.; Santos, L.M.N.B.F.. "The role of aromatic interactions in the structure and energetics of benzyl ketones". Physical Chemistry Chemical Physics 12 37 (2010): 11228-11237. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-77956547971&partnerID=MN8TOARS.
    10.1039/c003941a
  47. Marques, J.R.F.; da Fonseca, R.R.; Drury, B.; Melo, A.. "Conformational characterization of disulfide bonds: A tool for protein classification". Journal of Theoretical Biology 267 3 (2010): 388-395. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-77958153886&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.jtbi.2010.09.012
  48. Teixeira, F.; Rodríguez-Borges, J.E.; Melo, A.; Cordeiro, M.N.D.S.. "Stereoselectivity of the aza-Diels-Alder reaction between cyclopentadiene and protonated phenylethylimine derived from glyoxylates. A density functional theory study". Chemical Physics Letters 477 1-3 (2009): 60-64. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-67650730806&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.cplett.2009.06.009
  49. Carvalho, A.R.F.; Puga, A.T.; Melo, A.. "Exact and effective pair-wise potential for protein-ligand interactions obtained from a semiempirical energy partition". International Journal of Molecular Sciences 9 9 (2008): 1652-1664. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-53549090736&partnerID=MN8TOARS.
    10.3390/ijms9091652
  50. Preto, M.A.C.; Melo, A.; Rodrigues, L.M.; Maia, H.L.S.; Ramos, M.J.. "Structural insight on the activity of type 1 angiotensin II peptide antagonists using MD simulations". Journal of Physical Chemistry B 112 43 (2008): 13620-13628. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-55949133121&partnerID=MN8TOARS.
    10.1021/jp802349w
  51. da Fonseca, R.R.; Antunes, A.; Melo, A.; Ramos, M.J.. "Structural divergence and adaptive evolution in mammalian cytochromes P450 2C". Gene 387 1-2 (2007): 58-66. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-33845624599&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.gene.2006.08.017
  52. da Fonseca, R.; Melo, A.; Iori, F.; Menziani, C.; Ramos, M.J.. "Molecular interactions between human cytochrome P450 1A2 and flavone derivatives". Medicinal Chemistry 2 4 (2006): 401-406. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-33746110349&partnerID=MN8TOARS.
    10.2174/157340606777723988
  53. Melo, A.; Alfaia, A.J.I.; Reis, J.C.R.; Calado, A.R.T.. "Unusual solvent effect on a SN2 reaction. A quantum-mechanical and kinetic study of the menshutkin reaction between 2-amino-l- methylbenzimidazole and iodomethane in the gas phase and in acetonitrile". Journal of Physical Chemistry B 110 4 (2006): 1877-1888. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-32544437396&partnerID=MN8TOARS.
    10.1021/jp055660a
  54. Carvalho, A.R.F.; Melo, A.. "Energy partitioning in association processes". International Journal of Quantum Chemistry 104 2 SPEC. IS (2005): 240-248. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-23044498573&partnerID=MN8TOARS.
    10.1002/qua.20419
  55. da Fonseca, R.; Marini, M.; Melo, A.; Menziani, M.C.; Ramos, M.J.. "Computational insight into anti-mutagenic properties of CYP1A flavonoid ligands.". Medicinal chemistry 1 4 (2005): 355-360. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-33746168094&partnerID=MN8TOARS.
    10.2174/1573406054368729
  56. Preto, M.A.C.; Melo, A.; Maia, H.L.S.; Mavromoustakos, T.; Ramos, M.J.. "Molecular dynamics simulations of angiotensin II in aqueous and dimethyl sulfoxide environments". Journal of Physical Chemistry B 109 37 (2005): 17743-17751. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-25844451749&partnerID=MN8TOARS.
    10.1021/jp0521048
  57. Ramos, M.J.; Magalhães, A.L.; Melo, A.S.; Fernandes, P.A.. "Foreword". Journal of Molecular Structure: THEOCHEM 729 1-2 SPEC. (2005): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-24344432007&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/j.theochem.2005.04.028
  58. Ramos, M.J.; Fernandes, P.A.; Melo, A.. "Modeling chemical and biological systems: A successful course for undergraduate students". Journal of Chemical Education 81 1 (2004): 72-75. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0347603485&partnerID=MN8TOARS.
    10.1021/ed081p72
  59. Da Fonseca, R.; Menziani, M.C.; Melo, A.; Ramos, M.J.. "Modelling the metabolic action of human and rat CYP1A2 and its relationship with the carcinogenicity of heterocyclic amines". Molecular Physics 101 17 (2003): 2731-2741. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-1542377628&partnerID=MN8TOARS.
    10.1080/00268970310001603112
  60. Mateus, N.; Carvalho, E.; Carvalho, A.R.F.; Melo, A.; González-Paramás, A.M.; Santos-Buelga, C.; Silva, A.M.S.; De Freitas, V.. "Isolation and structural characterization of new acylated anthocyanin-vinyl-flavanol pigments occurring in aging red wines". Journal of Agricultural and Food Chemistry 51 1 (2003): 277-282. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0037223787&partnerID=MN8TOARS.
    10.1021/jf020695i
  61. Preto, M.A.C.; Melo, A.; Costa, S.P.G.; Maia, H.L.S.; Ramos, M.J.. "Parametrization of Synthetic Amino Acids". Journal of Physical Chemistry B 107 51 (2003): 14556-14562. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0345802766&partnerID=MN8TOARS.
    10.1021/jp030544y
  62. Melo, A.; Ramos, M.J.. "Theoretical study of the amino acid interactions in the binding region of the trypsin-pancreatic trypsin inhibitor complex". Journal of Molecular Structure: THEOCHEM 580 (2002): 251-262. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0037192687&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/S0166-1280(01)00621-2
  63. Henriques, E.S.; Floriano, W.B.; Reuter, N.; Melo, A.; Brown, D.; Gomes, J.A.N.F.; Maigret, B.; Nascimento, M.A.C.; Ramos, M.J.. "The search for a new model structure of ß-factor XIIa". Journal of Computer-Aided Molecular Design 15 4 (2001): 309-322. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0035059225&partnerID=MN8TOARS.
    10.1023/A:1011128521816
  64. Melo, A.; Puga, A.T.; Gentil, F.; Brito, N.; Alves, A.P.; Ramos, M.J.. "Byte Structure Variable Length Coding (BS-VLC): A New Specific Algorithm Applied in the Compression of Trajectories Generated by Molecular Dynamics". Journal of Chemical Information and Computer Sciences 40 3 (2000): 559-566. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0042683587&partnerID=MN8TOARS.
    10.1021/ci990069u
  65. Melo, A.; Ramos, M.J.; Floriano, W.B.; Gomes, J.A.N.F.; Leao, J.F.R.; Magalhaes, A.L.; Maigret, B.; Nascimento, M.C.; Reuter, N.. "Theoretical study of arginine-carboxylate interactions". Journal of Molecular Structure: THEOCHEM 463 1-2 (1999): 81-90. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0033597076&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/S0166-1280(98)00396-0
  66. Ramos, M.J.; Melo, A.; Henriques, E.S.; Gomes, J.A.N.F.; Reuter, N.; Maigret, B.; Floriano, W.B.; Nascimento, M.A.C.. "Modeling enzyme-inhibitor interactions in serine proteases". International Journal of Quantum Chemistry 74 3 (1999): 299-314. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0000260421&partnerID=MN8TOARS.
    10.1002/(sici)1097-461x(1999)74:3<299::aid-qua3>3.0.co;2-k
  67. Melo, A.; Ramos, M.J.. "A new partitioning scheme for molecular interacting systems within a multiconfigurational or monoconfigurational Hartree-Fock formalism". International Journal of Quantum Chemistry 72 3 (1999): 157-176. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0000180321&partnerID=MN8TOARS.
    10.1002/(
  68. Melo, A.; Ramos, M.J.. "The nature of trypsin-pancreatic trypsin inhibitor binding: Free energy calculation of Tyr39? Phe39mutation in trypsin". Journal of Peptide Research 50 5 (1997): 382-387. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-0030840144&partnerID=MN8TOARS.
  69. Melo, A.; Ramos, M.J.. "Proton transfer in arginine-carboxylate interactions". Chemical Physics Letters 245 4-5 (1995): 498-502. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-3843081245&partnerID=MN8TOARS.
    10.1016/0009-2614(95)01058-H
  70. Melo, André. "Theoretical study of ionization potentials in monosubstituted benzenes". International Journal of Quantum Chemistry (1993): http://dx.doi.org/10.1002/qua.560460506.
    10.1002/qua.560460506
Livro
  1. Ramos, M.J.; Melo, A.; Henriques, E.S.. Modelling enzyme - Ligand interactions. 2001.
Resumo em conferência
  1. Carvalho, A; Melo, A. "Natural inhibitors of proteases - pharmacological target for destabilization/stabilization of the protease/inhibitor complex". 2004.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2016/07/07 Teoria das Catástrofes e Reações Químicas 12º Colóquio Internacional do Centro de Estudos Teatrais da Universidade do Porto – Teatro e Violência
(Porto, Portugal)
2006/11/15 Estudo teórico de processos químicos em soluções não aquosas
Universidade do Minho (Braga, Portugal)
2006/09/25 Molecular Simulations of Angiotensin II Analogs VI Ibero-American Congress of Biophysics
(Madrid, Espanha)
2003/02/23 Métodos teóricos aplicados ao estudo de sistemas químicos XXI ciclo de conferências do Departamento de Química da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa
(Monte da Caparica, Portugal)
2002/03/20 Modelação molecular de sistemas com interesse biológico Bioinformática 2002
(Aveiro, Portugal)
2001/11/23 Computational Modelling of Biomolecular Systems IV Gulbenkian Autumn Meeting, Theoretical and Computational Biology, 1st Portuguese Meeting of Theoretical and Computational Biology
(Oeiras, Portugal)

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado 		Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2018/08/16 - 2019/11/12 Identification of New Drugs Against Biofilm Formation and Development
Orientador
 Mestrado em Química (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2003/11/27 - 2011/05/25 Theoretical Study of Molecular Interactions Based in the Analysis of the Electronic Density
Orientador
 Doutoramento em Química (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2005/10/10 - 2011/02/14 Métodos Computacionais na Previsão de Propriedades Físico-Químicas de Sistemas Moleculares
Orientador
 Doutoramento em Química (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2004/11/08 - 2010/12/16 Estudo Teórico de Pontes Dissulfureto em Proteínas
Orientador
 Doutoramento em Química (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2002/05/10 - 2007/02/06 Alquilação de bases púricas e pirimídicas por iodetos de alquilo : estudos experimentais e teóricos
Coorientador
 Doutoramento em Farmácia (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2002/01/22 - 2005/12/06 Computational Studies on Cytochromes P450
Coorientador
 Doutoramento em Química
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2003/12/10 - 2005/03/18 Estudo Computacional da Decomposição de Energia em Processos de Associação Molecular
Orientador
 Métodos Computacionais em Ciências e Engenharia (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação) 		Instituição / Organização
2005/05/05 - 2005/05/07 7º Encontro de Química-Física da Sociedade Portuguesa de Química, Divisão de Química-Física (2005/05/05 - 2005/05/07)
Encontro (Coorganizador)
 Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2004/09/08 - 2004/09/12 XXX Congresso Internacional dos Químicos Teóricos de Expressão Latina (2004/09/08 - 2004/09/12)
Congresso (Coorganizador)
 Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
1995/06/21 - 1995/06/23 2º Encontro de Química-Física da Sociedade Portuguesa de Química, Divisão de Química-Física (1995/06/21 - 1995/06/23)
Encontro (Coorganizador)
 Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Júri de grau académico

Tema
Tipo de participação 		Nome do candidato (Tipo de grau)
Instituição / Organização
2020/01/24 Synthesis and Computational Studies of Iminosugars Type Products obtained from D-Erythrose
Arguente
 Cristina Elisabete Araújo de Sousa (Doutoramento)
Universidade do Minho Escola de Ciências, Portugal
2019/11/25 Computational study of ion selective separation through graphene nanowindows
Arguente principal
 Carlos Manuel Silva Pereira (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2018/09/25 Self-Replication and Non-enzymatic Catalytic Networks subject to Open Flow
Arguente principal
 Larwsk Hayann Gonçalves da Silva (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2017/12/15 Surface Phenomena Associated to Transition Metals Nanocatalizers: A Computational Study
Arguente
 Ana Cristina Da Silveira De Moura (Doutoramento)
Universidade de Vigo, Espanha
2015/12/21 Advanced chemoinformatic models to speed up the discovery of antimicrobial agents. From protein inhibitors to antibacterial compounds and back
Vogal
 Alejandro Speck Planche (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2015/12/10 Estudo Computacional de Reações Químicas em Nanoreatores
Arguente principal
 Isabel Cristina da Silva Tavares (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2014/07/25 Chemoselectivity of Immobilized Transition Metal Catalysts: a Computational Study
Vogal
 Filipe Carlos Teixeira Gi (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2013/11/21 Study of Protein-nucleic acid Complexes
Arguente principal
 Luís Filipe de Castro Fernandes (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2013/11/08 An Ab Initio Study of the Hydrogen Chloride - Ammonia Complex
Arguente principal
 Gustavo Jorge Teixeira Tavares da Silva (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2013/09/20 Combination of AdrResS with Quantum Mechanics
Arguente principal
 Ana Maria de Carvalho Vicente da Cunha (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2011/11/07 Desenvolvimento de um Campo de Forças para Simulações de Dinâmica Molecular de Sistemas Biomoleculares
Vogal
 José Gaspar Rangel Pamplona Pizarro Pinto (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2011/11/07 Nanotecnologia aplicada aos pesticidas
Arguente principal
 Bárbara Clara da Silva Alves Brito (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2011/05/25 Theoretical Study of Molecular Interactions Based in the Analysis of the Electronic Density
Orientador
 Zenaida Sobral Mourão (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2011/02/14 Métodos Computacionais na Previsão de Propriedades Físico-Químicas de Sistemas Moleculares
Orientador
 Alexandre Rodrigues Faria de Carvalh (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2010/12/16 Estudo Teórico de Pontes Dissulfureto em Proteínas
Orientador
 José Rui Ferreira Marques (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2008/12/12 Cálculos computacionais em complexos derivados do calix [2] furano [2] pirrol
Arguente
 Cláudia Andreia Teixeira dos Santos (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2008/12/04 Computational Prediction of Rodent Carcinogenicity and Identification of Structural Alerts in Chemical Carcinogen
Vogal
 Aliuska Morales Helguera (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2008/07/24 Reconhecimento do Substrato pela Protease do HIV-1
Arguente principal
 Marta Andreia da Silva Perez Gomes (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2007/02/06 Alquilação de bases púricas e pirimídicas por iodetos de alquilo : estudos experimentais e teóricos
Orientador
 António José Infante Alfaia (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Faculdade de Farmácia, Portugal
2005/12/06 Computational Studies on Cytochromes P450
Orientador
 Rute Andréia Rodrigues da Fonseca (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2005/03/18 Estudo Computacional da Decomposição de Energia em Processos de Associação Molecular
Orientador
 Alexandre Rodrigues Faria de Carvalho (Mestrado)
Universidade do Porto Faculdade de Engenharia, Portugal
2001/12/19 Estudo de Processos Electroquímicos em Solução
Vogal
 Alfredo Jorge Palace Carvalho (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2001/11/26 Simulação de Interacções Intermoleculares em Sistemas de Interesse Farmacológico
Vogal
 Elsa Fernanda de Sousa Henriques (Doutoramento)
Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal